CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00623



RNA: TMR_00623
Rfam family: tmRNA

GGGGAUGUUCCGGUUUCGACCGGAAAGACGGAGGCUUAAGCUGCAGGCGGAGUGCCGAUCUCCUGAUUCGGCAAACACUAUAACUGCCGAAAAUAACGACAGUUUCGAUUACGCCUUAGCUGCAUAAUCGCGGAAUCUGCUUUGCACUGCUCCGAGCGGGGCAUGAUUCCGACGCCAAUCGGGGCUUGCUUUUUAGCGGCGUGUAAACGUUAAAAGGGACUUUUUUUACACUAAGGAUUCGACGCUUUCGGUGCUGCUACCGGAUCCCUACAACCACCUCGCACCGAUAAGCCUGUAGACGCUUCUGAUUCCCUUUUCGGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCAUCUCCAUCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((((((((..((((.(..(((((.(((((((((.[[[[[.))))....]]]]].................................((((((.((.......)).))))))((((((.((((((((...<<<<<<<)))))))).).))))).......>>>>>>>...((((((((((..{{{{{{{)))))))))).......}}}}}}}((.(((((((..(.(.aaaaaaa.).)..))))))).))..........AAAAAAA...)))))...).))))..).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((((....)))))))...(((((((.....((((((((..((((..((((((((((((.(((.........(((((.............))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..))))))))))..(((((....))))).(((((((.................)))))))...)))))...)))).(((((((.......((.............))..)))))))...))))))))..)))))))..)))))....((((.(((((........))))).)))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))..............((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((.(......).)))))))).))))))).................((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))))(((((((..........................)))))))...))))))))..)))))))...((.......))..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((..........(..(((((((((((..................................((((.............))))...........................................................................................................................................................................................)))))))...))))..)........)))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))....((((.(..((((..(((((((((.......))))...(((((((...........)))))))......................((((((...........(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..(((......)))...((((((((((.........)))))))))).............))))))...........(((((((..........................)))))))...))))).....))))..).))))...........(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((....(((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))...(((....))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((.(......).)))))))).)))))))..(((......)))...((((((((((...(....)))))))))))................)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...)))))))).))))))))..((((.....)))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((((((.......))))...(((((((...........)))))))........(((((.[[[[[[......)))))..]]]]]](((((((((((((((...[[[[[[[)))))))).))))))).......]]]]]]]...((((((((((..[[[[[[[)))))))))).......]]]]]]]...((((((.......[[[[[[[.......)))))).............]]]]]]]...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((....))))))....(((((((.....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..))))))))))(((.(((....))))))(((((((....(((((...))))))))))))...))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((..((((.((....(((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..)))))))))).....((((((((((.........))))))))))......................)).)))).(((((((..........................)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((....))))))....(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))...(((....))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..(((......))).((((....))))..(((((((....(((((...))))))))))))..)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.....[[[[[[[[.[[[[[[[.....[[[[[[[[((((.......))))...(((((((...........))))))).............((((.....((((((...........((((((((((...))).(((((((..))))))).)))))))..(((......)))...((((((((((.........)))))))))).............))))))..)))).....[[[[[[[....))))))................]]]]]]]...]]]]]]]]..]]]]]]].....]]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.....(((((.........))))).........(..........................((.((((.....)))).))...((((((..(((.(((..........))).)))...))))))...................((((((((.........)))))))).................((((((((((.(((........)))..))))))))))..................)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(...(((((.........))))).........(..........................((.((((.....)))).))...((((((..(((.(((..........))).)))...))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((..(((........)))...)))))))))..................).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........))))))).........(((..(((((..((....))........(((((((((((((((((..........)))))))).))))))).))..)))))..)))..((((((((((..[[[[[[[)))))))))).......]]]]]]]..)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...((((((((....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))...(((....))).((((((.............))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..(((......))).((((....))))..(((((((....(((((...))))))))))))..)))).))).)))))(((((((.(.......................))))))))...))))))))).)))))))..((((.....)))).((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((...((((...........(((((((...........))))))).............((((.....((((((...........(((((((((((((((..........)))))))).))))))).................((((((((((.........)))))))))).............))))))..))))....(((((((....)))))))................))))......))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........))))))).........(((..(((((..((....))........(((((((((((((((((.(......).)))))))).))))))).))..)))))..)))..((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..(((((((....))))))).(((((((((.....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..)))))))))).....((((((((((.........)))))))))).................))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..))...)))).(((.(((((........)))))...)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((.(......).)))))))).)))))))..))))))))))((.((((....))))))(((((((.(((......)))....)))))))...)))).)).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....))))))))..(..)(((..(((((((((.(((.(((((((((....))).)))(..)))).)).)))).(..........)))))))((((((.(.(......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).))))))))..))(((((((((.((((((((((((.(.(...))))))))))))))(.............)((((((((((((........))).)))))))))((((((....((((...))).)...)))))))..)))).)))).(((....)))..(((((........)))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))..........((..(((((..................(((((((((((((((((.(......).)))))))).))))))).))..)))))..))...((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))))(((((((..........................)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((..((((.(((..((((..(((((((...........))))))).........(((..(((((..((....))........(((((((((((((..((..........))..)))).))))))).))..)))))..)))..((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))).(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((....)))))))......((((((.(((((.(((((...((((((((....))).)))))........(((((.............))))).......))))))))))........(((((......)))))..((((((....))))))....(((((......)))))....(((....))).((((....))))....((((.((((.........))))..........(((((((....))))))).))))...................)))))).((((....))))..((((.....)))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((....))))))......{{{{{..........(((.....))).(((....))){{{{{{.))).......}}}}}}...(((((.(((((........}}}}}))))).......(((..[[[)))...((((.(((((....)))))..]]](((((......)))))...((((....))))..))))...)))))..((((.((((.........))))..........(((((((....))))))).)))).......))))........((((........))))..(((((((.....)))).(((((........)))))......))).