|
|
|
GGGGAUGUUCCGGUUUCGACCGGAAAGACGGAGGCUUAAGCUGCAGGCGGAGUGCCGAUCUCCUGAUUCGGCAAACACUAUAACUGCCGAAAAUAACGACAGUUUCGAUUACGCCUUAGCUGCAUAAUCGCGGAAUCUGCUUUGCACUGCUCCGAGCGGGGCAUGAUUCCGACGCCAAUCGGGGCUUGCUUUUUAGCGGCGUGUAAACGUUAAAAGGGACUUUUUUUACACUAAGGAUUCGACGCUUUCGGUGCUGCUACCGGAUCCCUACAACCACCUCGCACCGAUAAGCCUGUAGACGCUUCUGAUUCCCUUUUCGGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCAUCUCCAUCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((((.(..(((((.(((((((((.[[[[[.))))....]]]]].................................((((((.((.......)).))))))((((((.((((((((...<<<<<<<)))))))).).))))).......>>>>>>>...((((((((((..{{{{{{{)))))))))).......}}}}}}}((.(((((((..(.(.aaaaaaa.).)..))))))).))..........AAAAAAA...)))))...).))))..).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((((....)))))))...(((((((.....((((((((..((((..((((((((((((.(((.........(((((.............))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..))))))))))..(((((....))))).(((((((.................)))))))...)))))...)))).(((((((.......((.............))..)))))))...))))))))..)))))))..)))))....((((.(((((........))))).))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))..............((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((.(......).)))))))).))))))).................((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))))(((((((..........................)))))))...))))))))..)))))))...((.......))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((..........(..(((((((((((..................................((((.............))))...........................................................................................................................................................................................)))))))...))))..)........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))....((((.(..((((..(((((((((.......))))...(((((((...........)))))))......................((((((...........(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..(((......)))...((((((((((.........)))))))))).............))))))...........(((((((..........................)))))))...))))).....))))..).))))...........(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((....(((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))...(((....))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((.(......).)))))))).)))))))..(((......)))...((((((((((...(....)))))))))))................)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...)))))))).))))))))..((((.....)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((((((.......))))...(((((((...........)))))))........(((((.[[[[[[......)))))..]]]]]](((((((((((((((...[[[[[[[)))))))).))))))).......]]]]]]]...((((((((((..[[[[[[[)))))))))).......]]]]]]]...((((((.......[[[[[[[.......)))))).............]]]]]]]...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((....))))))....(((((((.....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..))))))))))(((.(((....))))))(((((((....(((((...))))))))))))...))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((..((((.((....(((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..)))))))))).....((((((((((.........))))))))))......................)).)))).(((((((..........................)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((....))))))....(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))...(((....))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..(((......))).((((....))))..(((((((....(((((...))))))))))))..)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.....[[[[[[[[.[[[[[[[.....[[[[[[[[((((.......))))...(((((((...........))))))).............((((.....((((((...........((((((((((...))).(((((((..))))))).)))))))..(((......)))...((((((((((.........)))))))))).............))))))..)))).....[[[[[[[....))))))................]]]]]]]...]]]]]]]]..]]]]]]].....]]]]]]]]...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.....(((((.........))))).........(..........................((.((((.....)))).))...((((((..(((.(((..........))).)))...))))))...................((((((((.........)))))))).................((((((((((.(((........)))..))))))))))..................)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(...(((((.........))))).........(..........................((.((((.....)))).))...((((((..(((.(((..........))).)))...))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((..(((........)))...)))))))))..................).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........))))))).........(((..(((((..((....))........(((((((((((((((((..........)))))))).))))))).))..)))))..)))..((((((((((..[[[[[[[)))))))))).......]]]]]]]..)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...((((((((....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))...(((....))).((((((.............))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..(((......))).((((....))))..(((((((....(((((...))))))))))))..)))).))).)))))(((((((.(.......................))))))))...))))))))).)))))))..((((.....)))).((((((...).))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((...((((...........(((((((...........))))))).............((((.....((((((...........(((((((((((((((..........)))))))).))))))).................((((((((((.........)))))))))).............))))))..))))....(((((((....)))))))................))))......))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........))))))).........(((..(((((..((....))........(((((((((((((((((.(......).)))))))).))))))).))..)))))..)))..((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((....))))))).(((((((((.....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).)))))))..)))))))))).....((((((((((.........)))))))))).................))).))).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..))...)))).(((.(((((........)))))...))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.........(((((.((.......)).))))).((((((.((.......)).))))))(((((((((((((((.(......).)))))))).)))))))..))))))))))((.((((....))))))(((((((.(((......)))....)))))))...)))).)).)))))(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....))))))))..(..)(((..(((((((((.(((.(((((((((....))).)))(..)))).)).)))).(..........)))))))((((((.(.(......)).))))))(((((((((((((((..........)))))))).))))))))..))(((((((((.((((((((((((.(.(...))))))))))))))(.............)((((((((((((........))).)))))))))((((((....((((...))).)...)))))))..)))).)))).(((....)))..(((((........))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((.(((((.(((..((((..(((((((...........)))))))..........((..(((((..................(((((((((((((((((.(......).)))))))).))))))).))..)))))..))...((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))))(((((((..........................)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((((((.....((((((((..((((.(((..((((..(((((((...........))))))).........(((..(((((..((....))........(((((((((((((..((..........))..)))).))))))).))..)))))..)))..((((((((((.........))))))))))................)))).))).)))).(((((((.......((..........)).....)))))))...))))))))..)))))))..((((.....)))).(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((....)))))))......((((((.(((((.(((((...((((((((....))).)))))........(((((.............))))).......))))))))))........(((((......)))))..((((((....))))))....(((((......)))))....(((....))).((((....))))....((((.((((.........))))..........(((((((....))))))).))))...................)))))).((((....))))..((((.....)))).(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((....))))))......{{{{{..........(((.....))).(((....))){{{{{{.))).......}}}}}}...(((((.(((((........}}}}}))))).......(((..[[[)))...((((.(((((....)))))..]]](((((......)))))...((((....))))..))))...)))))..((((.((((.........))))..........(((((((....))))))).)))).......))))........((((........))))..(((((((.....)))).(((((........)))))......))). |