RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00624

RNA: TMR_00624
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((((.(((((((((((((((.....(((((....((((((.((((..........))))))).....)))..))))).((((((.....((((.....(((((((((((((((..........)))))))))..))))))))))....((((((((((.((((((((.(((...))))))))))).((((....))))..)).))).)))))))))))(((((((..((...................)).....)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.((.((((((((((((((((((...(((((((.........)))))))......(((((.((....)).))))).(((.((((((.....)))))).)))(((((((((((((((..........)))))))))..)))))).................((((((((((..........))))))))))..................(((((((.....................))))))).........................)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((.....................((((((.....................................................................................................................................................................................................................................................))))))......................))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((....(((((((((((..(((((((((((.....((((......((((.......(((((..........))))).(((.((((((.....)))))).)))((((((.((((...((((......))))...)))).)))))).))))....))))..))))))..(((.....)))((((.((((.......(.(((((........(((((((......((.......))....))))))).)))))).....))))..))))...))))).....)))))))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(..((..(((((((.((.((((((((((((((((((..((((((((((....)).)))))))......(((((.((....)).))))).(((.((((((.....)))))).)))(((((((((((((((.(......).)))))))))..)))))).................((((((((((((()...)).))))))))))(((....)))........(((((((.(......(((....)))..))))))))......................)..)))))))...)))))))))))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.......)))).......(((((((((((..((((....[[[[[[[...))))..]]]]]]]......(((((..........))))).....((((((.....))))))....(((((((((((((((...[[[[[[.)))))))))..))))))........]]]]]]...((((((((((..[[[[[[..)))))))))).........]]]]]]...(((((((......[[[[[[[........)))))))...............]]]]]]].............)))))))))))............(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((((.(((((((((((((((..((((.(((.((((.(.((.((((.......(((((.((....)).))))).(((.((((((.....)))))).)))(((((((((((((((..........)))))))))..)))))).)))).))))))).)))((((((((((.(((...)))))))))))))(((....))).((((...(((((((..((.(((...))).))....)))))))((.....))......))))))))..)))))))...))))))))))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((.((((((((((((((((((((([[[[[[.))))....]]]]]].......(((((..........)))))......(((((..{{{))))).....(((((((((((((((..........)))))))))..)))))).................((((((((((.......}}}))))))))))...............................(((((((..............................)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((.(((((((((((((((((.(((((((((((....)).))))))).))...(((((.((....)).))))).(((.((((((.....)))))).)))(((((((((((((((..........)))))))))..))))))..((....((((((((.((((((((((.(((...)))))))))))))(((....)))......))).)))))..))..(((((((........(..............)......)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((......[[[[[[[....[[[[[[[[[[[[[[[[[[...(((((((.........))))))).......[[[[[..........(((((((..((((((.....))))))....(((((((((((((((..........)))))))))..))))))........)))))))..((((((((((..........))))))))))....[[[[[[........[[[[[[[((((.....))))...)))))]]]]]]].]]]]]].]]]]]............]]]]]]]...]]]]]]]]]]]..]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((....iiii((((aaaaaaaaaaaaaaaaaa(((llllll(bb)))(((()LLLLLL.{{(((.hhhh(..mmm..((.cccc))CCCCmmmmmmmmmmmm.)))))))kkkkk(dddddddddddddj..((gggg..)J))..)KKKKK..[[(eee))))))))).(((((((((ffff.MMMMM)))))))))((((((((((((((((((.<<<<<<MMMMMMM)DDDDDDDDDD.))))>>>>>>.BB)G}}.)MMMH..FFFFGGG)..AAAAAAA)EEAAAAAAAAAAA))..E]].))))))))))))HHHIIII..)))))))DDD.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......((((.........)))).........(........................((.((((...)))).))....((((((.(((.((((..........)))).)))...))))))...................((((((((..........)))))))).................((((((((((.(((.........))).....))))))))))...................)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....((((.........)))).........(........................((.((((...)))).))....((((((.(((.((((..........)))).)))...))))))...................((((((((..........)))))))).................(((((((((..(((.........)))......)))))))))...................).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.((.((((((((((((((((((..(((((((..((.(((....((.(((.....(((((.((....)).)))))........((((.((((((((...(((((((((((((((((..........)))))))))..)))))).)).....((((((((((.((((((((.(((...))))))))))).((((....))))..)).))).)))))))))).))))))).)))))..)))))..))))....((.....))...)))..)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((....((((((((((((((((((...(((((((.........))))))).......(((((..........(((((((..((((((.....))))))....(((((((((((((((..........)))))))))..))))))........)))))))..((((((((((..........))))))))))....((((((........(((((((((((.....))))........))))))).)))))).)))))............))))))))...))))))))))..)))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((((.(((((((((((((((..(((((((..(((.((....((.(((.....(((((.((....)).)))))........((((.((((((((...(((((((((((((((((.(......).)))))))))..)))))).)).....((((((((((.((((((((.(((...))))))))))).((((....))))..)).))).)))))))))).))))))).)))))..)))))..))))....((.....))...)))..)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((.......))))....(((((.(((((((((((((((..(((((((..(((.((....((.(((.....(((((.((....)).)))))........((((.((((((((...(((((((((((((((((..........)))))))))..)))))).)).....((((((((((.((((((((.(((...))))))))))).((((....))))..)).))).)))))))))).))))))).)))))..)))))..))))....((.....))...)))..)))))))...)))))))))))))..))).(((.(((((........)))))...)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((....))).))))))......(((((.((....)).)))))))((.((((((.....)))))).))(((((((((((((((((..((((((...((.....))((((.(.((((.(((((((....)))...))))..((((((((((((.(((....))).)))))))((((......)))).)))))))))).))))...)))))).)).)))))))))...)).))))...)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(....)))))).((((.((((((((((((((((((..((((((((((....))).)))))))....((((((.(......).))))))(((((((((((..)).)))))))))((((((((((((((((.(((((((..(((.((.......(..)...((((((((((..))))).).))))))((((((((..(........)..))))).))).....((((((((.((..)))).)))))))))))))))))).))))))))).)..).)))....)))))).))))..))))))))))))........((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((.(((((((((((((((((..(((((((..((..((...............(((((.((....)).)))))........((((.((((((((...(((((((((((((((((.(......).)))))))))..)))))).)).....((((((((.....................((((..((....))..))))......))).)))))))))).)))))))........)).))..))))....((.....))...)))..)))))))...))))))))))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..((.((.((((((((((((((((((..(((((((..(((.((....((.(((.....(((((.((....)).)))))........((((.((((((((...(((((((((((((((((..........)))))))))..)))))).)).....((((((((((.((((((((((.....)).)))))))).((((....))))..)).))).)))))))))).))))))).)))))..)))))..))))....((.....))...)))..)))))))...)))))))))))))))..)))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.......))))....((((.........)))).((((..(((((((((....))).))))))......(((((..........))))).....((((((.....))))))....((((((.((((((((..........))))))))...)))))).))))....((((....))))...((((....)))).((((..((....))..)))).((((((......))))))..(((((((..............................)))))))....((((..((((.........))))...))))..(((((........)))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...((((.......))))...<<<<<<<.(((((((.....)))..(((((((((....))).)))))).......{{{{.)))).....}}}}.((((.((((((.....))))))....((((((.((((((((bbbbb.....))))))))...)))))).........((((....))))..(((((....)))))((((..((....))..)))).((((((..aaaa)))))).((((.[[((((.......))))........))))........((((...]]AAAA)))).BBBBB.((((((.....)).))))...)))).)))))....>>>>>>>.

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