|
|
|
GGGGCAUUAACGGUUUCGACAGGGUGGUGAAAUCUGCUUUGUGAUGCAGGCCGAGAGUGAGUCUUCUCUCGAAAAUCCUGGACUCAAAAAAUAAUAAGUGCAAACAACAUUGUACCUUUUGCUCGUAAGCAAGUAGCUGCUCUAGCUUAAUUGCAAAAACACCUCUUAUAGGUUCGAGCGUCUGUGGUUUGACUCCGUUAAUAAUUGCAGACUUAACCCCAACGGAUGCUCUAGCAAUUUUUCUCUGGUUACCUGCUAGUUAAGAUUUAACCAGAGCAUCCCACUAUCCGGGAUAAUGGAUAGUCCCAGCUCUGAGGGUUAAGAAGGGCUAAACCUGUGAAUGAGUGAAGGGUGAAUAGCCAUUUUGGACAUGGGUUCGACUCCCAUAUGCUCCAUAC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(...((..((..(.((.((((.(((((.{{{{{{...))))).........}}}}}}.........................(....(((((.(.((.((...(.(.....).)...)).)).))))))....)................((((((((((....bbbbbb...))))))))))........BBBBBB....((((((..(...[[[[[[[.)..))))))..........]]]]]]].(((((..<<<<<)))))...>>>>>((((..aaaaa..)))).....AAAAA....))))...)).)..))..))....).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...)))))...).) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((.........((((((..(((....)))(((((((((((((..((((..(((((...)))))...))))...........((((((((...(((.(((((((((.............)))))))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....)))..))))))))))))))))))))).....)).))))......)))))))))...))..))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....))))....................((........))((((((((((((((..(((.(.(((.((((..(((.......................)))..))))((((((((((.((.....))...))))))))))(((((((....(((((((((.(..(((.....(((((.....)))))....)))....).))))))))).((((((((......))))))))...........))))))).....)))...).)))..))))))))))))))................(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......))...........((((.((((((........))))))............................((((......))))................................................((.......)).......((((((((((.............))))))))))...........(((((((((((.....(..........)....))))...............))))))).((((((((......))))))))....((.................))....))))........................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(...((..((..(.((.((((.((((((........))))))...........................................((((...(((........(.((((((((.((((.......................)))).))).((((((((((.............))))))))))...........(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).(((((((........)))))))..))))).)..))).....))))......))))...)).)..))..))....).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((......)))))))))....((((.((((((.(....).)))))).....))))....................(((......)))((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((...................)))))).))))((((((((((((((...))))..))))))))))((((((((...(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......)))))))).........).)))))))....))))..)).)))..))))))))))))))................(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((.[[[[...)))..]]]].((((.[[[[[[[))))...........]]]]]]]..........................((((((((((((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((((((((((.(((((...)))))...)))))))).....(((...(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))...........))).........))).)))))))))))))))))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((.((........)).)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))....((((.......)))).))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....)))).................................(((((((((((((..((...(((((((((..((.......................[[))..))))((((((((((.............))))))))))(((((((....(((((((((....(((.....(((((.....)))))....)))......))))))))).((((((((......))))))))...........)))))))....)))))...]]))..))))))))))))).................{{{{{..)))..}}}}}))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((.((........)).)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....))))...[[[[[[.......................[[[[[[[[[[[[[[..((((..(((((...)))))...))))...........[[[[[[[[[..[[[.[[[[[[[[[.....))))))))]]]]]]]]]((((((((....(((((..............(((((((((................)))))))))))))).((((((((......))))))))..(((..))).))))))))....]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]........]]]]]]..(((((.......)))))..))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((......(((((...................))))).........(...(..........................................((.((((...................)))).))....(((((.((((.............)))).)))))..................(((((((...............))))))).......................((((((((((.(((.........))).)))))))))).........))..))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((.(....(((((...................))))).........(...(..........................................((.((((...................)))).))....(((((.((((.............)))).)))))..................(((((((...............))))))).......................(((((((((..(((.........)))..))))))))).........)).)))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...)))))..))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((..............)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((..............)))))...)))))).......(((((((((.....((((((((((((((...)))))..)))))))))...........(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))...((((((...........)))))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........((.(((.((((((((......))))))))))).)).(((((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......))))))..(((((...(((((.((........)).)))))...)))))........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))...((((((....))))))..))).((((...)))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((..........................(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..((((((((..(((((((...)))))..))..)))))(((((((((..(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))).....))).))))))))))))))..)))))))....(((.....)).).)))))))))..))...))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((((((.......(.((((........)))).)(((((((......)))))))...).))))..((((((.(((((((((((...((((..))))..(((((((((((((((.(...........))))))))))))))))))))))))))).))).)))...((..)).)))))))))))))).).((((((((((((((..(.(((((..............((((((((((((........).).))))))))))))))).((((((((((..)))))))))).)(((..))).))))))))(.((.(((..(((((........))))).....))))).)))))..))(((((...)..))))((((...)))). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((..........................(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).....((.....))...)))))))))..))...))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((........((((........))))..((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..........(((.((......))))).(((((........))))).((((((........))))))....)))...................((((((......))))))...(((((....)))))..((((.....))))....(((......((((.....))))..((((((((((((.......))).(((...........))).......)))))))))..))).....(((..(((.....))).((((.....)))).)))..(((((.......))))).(((((..((((.((((.....))))......(((((.((((.............))))...))))).....)))).((((.......)))).....))))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((.((......))))).(((((........))))).((((((.cccccc.))))))........CCCCCC............((((((......)))))).....)).)))..((((..((((.....))))...))))......((((.....))))((((((..{{{{{)))))).((((((......}}}}}...ddddd..)))))).(((((.(((..........DDDDD..)))..((((.....)))).))))).((((.<<<<<<))))....>>>>>>(((..bbbbb..)))......BBBBB...((((....[[[.[[...)))).....]]]]].(((((...aaa)))))..AAA...)))))).... |