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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00625



RNA: TMR_00625
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((.........((((((..(((....)))(((((((((((((..((((..(((((...)))))...))))...........((((((((...(((.(((((((((.............)))))))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....)))..))))))))))))))))))))).....)).))))......)))))))))...))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....))))....................((........))((((((((((((((..(((.(.(((.((((..(((.......................)))..))))((((((((((.((.....))...))))))))))(((((((....(((((((((.(..(((.....(((((.....)))))....)))....).))))))))).((((((((......))))))))...........))))))).....)))...).)))..))))))))))))))................(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.(...((..((..(.((.((((.((((((........))))))...........................................((((...(((........(.((((((((.((((.......................)))).))).((((((((((.............))))))))))...........(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).(((((((........)))))))..))))).)..))).....))))......))))...)).)..))..))....).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((......)))))))))....((((.((((((.(....).)))))).....))))....................(((......)))((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((...................)))))).))))((((((((((((((...))))..))))))))))((((((((...(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......)))))))).........).)))))))....))))..)).)))..))))))))))))))................(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((...(((.[[[[...)))..]]]].((((.[[[[[[[))))...........]]]]]]]..........................((((((((((((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((((((((((.(((((...)))))...)))))))).....(((...(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))...........))).........))).)))))))))))))))))))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((.((........)).)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))....((((.......)))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....)))).................................(((((((((((((..((...(((((((((..((.......................[[))..))))((((((((((.............))))))))))(((((((....(((((((((....(((.....(((((.....)))))....)))......))))))))).((((((((......))))))))...........)))))))....)))))...]]))..))))))))))))).................{{{{{..)))..}}}}})))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((.((........)).)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.....(((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....))))...[[[[[[.......................[[[[[[[[[[[[[[..((((..(((((...)))))...))))...........[[[[[[[[[..[[[.[[[[[[[[[.....))))))))]]]]]]]]]((((((((....(((((..............(((((((((................)))))))))))))).((((((((......))))))))..(((..))).))))))))....]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]........]]]]]]..(((((.......)))))..)))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((..............)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((..............)))))...)))))).......(((((((((.....((((((((((((((...)))))..)))))))))...........(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))...((((((...........)))))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((........((.(((.((((((((......))))))))))).)).(((((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......))))))..(((((...(((((.((........)).)))))...)))))........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))...((((((....))))))..))).((((...)))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((..........................(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..((((((((..(((((((...)))))..))..)))))(((((((((..(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))).....))).))))))))))))))..)))))))....(((.....)).).)))))))))..))...)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((((((.......(.((((........)))).)(((((((......)))))))...).))))..((((((.(((((((((((...((((..))))..(((((((((((((((.(...........))))))))))))))))))))))))))).))).)))...((..)).)))))))))))))).).((((((((((((((..(.(((((..............((((((((((((........).).))))))))))))))).((((((((((..)))))))))).)(((..))).))))))))(.((.(((..(((((........))))).....))))).)))))..))(((((...)..))))((((...)))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((..........................(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).....((.....))...)))))))))..))...)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((((((((((........((((........))))..((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..........(((.((......))))).(((((........))))).((((((........))))))....)))...................((((((......))))))...(((((....)))))..((((.....))))....(((......((((.....))))..((((((((((((.......))).(((...........))).......)))))))))..))).....(((..(((.....))).((((.....)))).)))..(((((.......))))).(((((..((((.((((.....))))......(((((.((((.............))))...))))).....)))).((((.......)))).....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((.((......))))).(((((........))))).((((((.cccccc.))))))........CCCCCC............((((((......)))))).....)).)))..((((..((((.....))))...))))......((((.....))))((((((..{{{{{)))))).((((((......}}}}}...ddddd..)))))).(((((.(((..........DDDDD..)))..((((.....)))).))))).((((.<<<<<<))))....>>>>>>(((..bbbbb..)))......BBBBB...((((....[[[.[[...)))).....]]]]].(((((...aaa)))))..AAA...))))))....