|
|
|
GGGGCAUUAACGGUUUCGACAGGGUGGUGAAAUCUGCUUUGUGAUGCAGGCCGAGAGUGAGUCUUCUCUCGAAAAUCCUGGACUCAAAAAAUAAUAAGUGCAAACAACAUUGUACCUUUUGCUCGUAAGCAAGUAGCUGCUCUAGCUUAAUUGCAAAAACACCUCUUAUAGGUUCGAGCGUCUGUGGUUUGACUCCGUUAAUAAUUGCAGACUUAACCCCAACGGAUGCUCUAGCAAUUUUUCUCUGGUUACCUGCUAGUUAAGAUUUAACCAGAGCAUCCCACUAUCCGGGAUAAUGGAUAGUCCCAGCUCUGAGGGUUAAGAAGGGCUAAACCUGUGAAUGAGUGAAGGGUGAAUAGCCAUUUUGGACAUGGGUUCGACUCCCAUAUGCUCCAUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(...((..((..(.((.((((.(((((.{{{{{{...))))).........}}}}}}.........................(....(((((.(.((.((...(.(.....).)...)).)).))))))....)................((((((((((....bbbbbb...))))))))))........BBBBBB....((((((..(...[[[[[[[.)..))))))..........]]]]]]].(((((..<<<<<)))))...>>>>>((((..aaaaa..)))).....AAAAA....))))...)).)..))..))....).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...)))))...).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((.........((((((..(((....)))(((((((((((((..((((..(((((...)))))...))))...........((((((((...(((.(((((((((.............)))))))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....)))..))))))))))))))))))))).....)).))))......)))))))))...))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....))))....................((........))((((((((((((((..(((.(.(((.((((..(((.......................)))..))))((((((((((.((.....))...))))))))))(((((((....(((((((((.(..(((.....(((((.....)))))....)))....).))))))))).((((((((......))))))))...........))))))).....)))...).)))..))))))))))))))................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......))...........((((.((((((........))))))............................((((......))))................................................((.......)).......((((((((((.............))))))))))...........(((((((((((.....(..........)....))))...............))))))).((((((((......))))))))....((.................))....))))........................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(...((..((..(.((.((((.((((((........))))))...........................................((((...(((........(.((((((((.((((.......................)))).))).((((((((((.............))))))))))...........(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).(((((((........)))))))..))))).)..))).....))))......))))...)).)..))..))....).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((......)))))))))....((((.((((((.(....).)))))).....))))....................(((......)))((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((...................)))))).))))((((((((((((((...))))..))))))))))((((((((...(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......)))))))).........).)))))))....))))..)).)))..))))))))))))))................(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((.[[[[...)))..]]]].((((.[[[[[[[))))...........]]]]]]]..........................((((((((((((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((((((((((.(((((...)))))...)))))))).....(((...(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))...........))).........))).)))))))))))))))))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((.((........)).)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))....((((.......)))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....)))).................................(((((((((((((..((...(((((((((..((.......................[[))..))))((((((((((.............))))))))))(((((((....(((((((((....(((.....(((((.....)))))....)))......))))))))).((((((((......))))))))...........)))))))....)))))...]]))..))))))))))))).................{{{{{..)))..}}}}}))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((.((........)).)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((......)))))))))....((((.((((((........)))))).....))))...[[[[[[.......................[[[[[[[[[[[[[[..((((..(((((...)))))...))))...........[[[[[[[[[..[[[.[[[[[[[[[.....))))))))]]]]]]]]]((((((((....(((((..............(((((((((................)))))))))))))).((((((((......))))))))..(((..))).))))))))....]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]........]]]]]]..(((((.......)))))..))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((......(((((...................))))).........(...(..........................................((.((((...................)))).))....(((((.((((.............)))).)))))..................(((((((...............))))))).......................((((((((((.(((.........))).)))))))))).........))..))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((.(....(((((...................))))).........(...(..........................................((.((((...................)))).))....(((((.((((.............)))).)))))..................(((((((...............))))))).......................(((((((((..(((.........)))..))))))))).........)).)))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...)))))..))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((..............)))))...)))))).......(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))))))((((((((((..(((((((((......((((..(((((.....)))))..)))).......))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....(((((........))))).((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......)))))).((((((...(((((..............)))))...)))))).......(((((((((.....((((((((((((((...)))))..)))))))))...........(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))...((((((...........)))))).))))))))).)))))..))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........((.(((.((((((((......))))))))))).)).(((((((((........))))))...(((((..(((((...........((((((......))))))..(((((...(((((.((........)).)))))...)))))........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))).)))))..))))).....)))...((((((....))))))..))).((((...)))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((..........................(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..((((((((..(((((((...)))))..))..)))))(((((((((..(((((((((.(.((((((...(((((.....)))))..))))))...).))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))).....))).))))))))))))))..)))))))....(((.....)).).)))))))))..))...))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((((((.......(.((((........)))).)(((((((......)))))))...).))))..((((((.(((((((((((...((((..))))..(((((((((((((((.(...........))))))))))))))))))))))))))).))).)))...((..)).)))))))))))))).).((((((((((((((..(.(((((..............((((((((((((........).).))))))))))))))).((((((((((..)))))))))).)(((..))).))))))))(.((.(((..(((((........))))).....))))).)))))..))(((((...)..))))((((...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((.......(((((........))))).((((((........))))))...)))))).(((((..........................(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).....((.....))...)))))))))..))...))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..((((((((((........((((........))))..((((((........))))))...)))))).................((.((((........(((((((..(((((..((((..(((((...)))))...))))...........(((((((((..(((.((((..(((((((...))))..)))..))))((((((((((..(((((((((...((((((...(((((.....)))))..)))))).....))))))))).((((((((......))))))))........)).))))))))....))).))))))))))))))..))))))).........)))).))......))))..))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..........(((.((......))))).(((((........))))).((((((........))))))....)))...................((((((......))))))...(((((....)))))..((((.....))))....(((......((((.....))))..((((((((((((.......))).(((...........))).......)))))))))..))).....(((..(((.....))).((((.....)))).)))..(((((.......))))).(((((..((((.((((.....))))......(((((.((((.............))))...))))).....)))).((((.......)))).....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((.((......))))).(((((........))))).((((((.cccccc.))))))........CCCCCC............((((((......)))))).....)).)))..((((..((((.....))))...))))......((((.....))))((((((..{{{{{)))))).((((((......}}}}}...ddddd..)))))).(((((.(((..........DDDDD..)))..((((.....)))).))))).((((.<<<<<<))))....>>>>>>(((..bbbbb..)))......BBBBB...((((....[[[.[[...)))).....]]]]].(((((...aaa)))))..AAA...)))))).... |