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GGGGAUGACUGGUUUCGACGCUGUUUGUGUACUCGUGGGAAGCGGGUCGAGGAUGCGAGGUUGUCUCGUUAACGAUCCUCGCAAAAUAUAAGUGCCAACUUAAAGCGCACUGAUCUAAGUCUUGCUGCUUAAGCGCUUAGAUCUGUCGGUAUAGGGCUUGUCUUCGGCCCUGUAUCCGGCAUGGUUUUAGAGGACUUGCCGCGUGUUUGCCGCUUGCGUGAACACCGGGACUUUAUUGCAAGCUGGGCCUGUUGAUUUAGAUUCCGCUGCAAAGAAUCAGGGCUGAGUAUAACGGUUUUAGCGGAUACACCCGUAGAAGUCACGGGCUCCAUGCCGCGGACGGGGGUUCGAUUCCCCCCAUCUCCACUG |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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