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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00626



RNA: TMR_00626
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((.((((((.............))))))))))))).(((((((((((.......)))).))))))).....(((((.((....((((((.....(((((((((..............))))))))).((((((((((((((.......))))))))).)))))...))))))..)))))))(((((.((.((..(((((((((((.........)))).))))))).(((((((.((((((....(((((((....(((((...............))))))))))))(((....))).))))))))))))))).)))))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((.(((....(((....)))....)))...))))...(((((((((((.......)))).))))))).....(((((....))))).........((((((((((((.......))).)))))))))(((((((((((((((.......))))))))).))))))((((........))...(((.((((((((.......))))))))))).................(((((.........(((((.........))))).))))).........................(((((.......)))))...))..........(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.((........(((((.....((((.......(((((((................))))))).......(((((...........)))))............((.......))..........((((...((((((.........))))))....))))..................(((........................))).................(((((..((((...................))))))))).........................)))).......))))).......)).)))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.((.((.(..(((((((...((((((......(((((((................))))))).......(((((...........)))))((((((((...((((.....))))))))))))(((((((((((((((.......))))))))).)))))).................((((......((((((((((.....(.......)....))))))((.(((((..((((((...............))))))))))).)).....))))....))))....)))))).....)))))))..))).)).)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((.((((((....)))))).))))..)))))..(((((((((((.......)))).))))))).......(((((...........)))))(((((((((((((.....)))).)))))))))(((((((((((((((.......))))))))).))))))((((((....))))...(((.((((((((.......))))))))))).............(((.(((((..(......(((((.........))))))))))).))).....................(((((.......)))))...))..........(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((.(((.............))).)))).)))..((((..[[[[[[[[[[[))))...]]]].]]]]]]].....(((((....)))))((((((.......[[[[[[[[.........))))))((((((((((((((((((((.......))))))))).)))))).)))))...]]]]]]]](((.((((((((.[[[[[[))))))))))).........]]]]]]..(((...........[[[[[.))).....]]]]]...((((((....[[[[.))))))........]]]]...(((..[[[))).....]]]((((.[[[[[))))..]]]]].)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((.(((..((......)).))).)))).)))(.((((((((((((.....))))).....))))))))........(((((...........)))))(((((((((...(((.....))))))))))))(((((((((((((((.......))))))))).)))))).(((((....)))))..(((((.((.((..(((((((((((.........)))).))))))).((((((((.(((((.(((((.........)))))(((((((.......))))))).((((......))))..))))))))))))))).)))))))..(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((..(((((....)))))..)))..))))))..(((((((................))))))).......(((((...........)))))(((((((((...(((.....))))))))))))....(((((((((((.......)))))))))))((((((((........(((...(((.((((((((.......))))))))))).................[[[[[[...................................................................))).]]]]]])))))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((.(((..((......)).))).)))).)))..((((((((((((.....))))).....))))))).........(((....)))....((((...(((((((((...(((.....))))))))))))....(((((((((((.......)))))))))))(((((.(((((....)))))))))).))))...((((..(((((....(((.((((((...((..((..((.(.(......).)..)).)).))........(((((((.......))))))).((((......)))).)))))).)))....))))).))))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((.((((((.............))))))))))))).(((((((.....((((..)))).))))))).......(((((...........)))))(((((((((......(((..)))))))))))).((((((((((((((.......)))))))))))(((((((...........(((((...((((((((.......))))))))[[[[........)))))..(((((((.((((((....(((((((.......((((..))))............)))))))....]]]]...))))))))))))))))))))..)))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((................)))))........(...............................((.((((....)))).))....((((((.(((((((.........)))))))..))))))...................((((((((...........)))))))).................((((((((((...(((.........)))..)))))))))).....................)..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((....((((..((((...((((.(((((.((((((((((((((.....))))).....))))))).......(((((.((...(((((((.....(((((((((...(((.....)))))))))))).((((((((((((((.......))))))))).)))))...))))))).)))))))..)).))))).)))).))))..)))).))..)))...((((..((((((((((.((((((..(((((((((..........((((((.......))))))))))))).......))..))))))))))).))).)).))))..(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((.(((.............))).)))).)))..((((((((((((..[[[)))))..]]]))))))).......(((((....))))).........(((((((((...(((.....)))))))))))).((((((((((((((.(....))))))))))).))))(.(((((....))))))............((((..(((((....(((.((((((.((((..((.((.................)))).))))......(((((((.......))))))).((((......)))).)))))).)))....))))).))))..(((((......))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((.....))))..((((((..((((((((.....(((((....((((((.......(((((..(((((....(((((...............(((((((((((((.....)))).)))))))))....(((((((((((.......))))))))))).))))).))))).)))))........((((((((.......))))))))))))))....))))).....)))))))).........((((((..........(((((((.......)))))))))))))....(((((.......))))).......))))))..(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((..(((((.(((((((((....((((((.((((((((.((..(((((....((((((....((((((((..(((((...((((((........).)))))(((((((((...(((.....)))))))))))).((((((((((((((.......))))))))).)))))...))))).))))).)))....(((((..(.(....))..)))))))))))....)))))..)).)))))))).........(((((((..........((((((.......)))))))))))))....(((((.(....)))))).)))))).))))))))).)..))))..))...)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((...(((..((....((((..((((...((((.(((((.((((((((((((((.....))))).....))))))).......(((((.((...(((((((.....(((((((((...(((.....)))))))))))).((((((((((((((.......))))))))).)))))...))))))).)))))))..)).))))).)))).))))..)))).))..)))............((((((((.(((((..(((((((((..........((((((.......))))))))))))).......))..)))))))))))))))).)).(((..(((((........))))).......)))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..((((((((.((..((....))..)).)))(((((.((..(((((....((((((....)))(((((..(((((...((((((........).)))))(((((((((...(((.....))))))))))))(((((((((((((((.......))))))))).))))))..))))).)))))....(((.(((((..(.(....))..)))))))))))....)))))..)).)))))))))).))))..(((((.(((..........((((((.........))))))(((....(((((.(....)))))).))).))).))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((.((((.((........)))))))))))))).(((((((.......)))))))......(((((((.((((....((((((........).)))))((((((((((((......).)).)))))))))(((((((((((((((.......))))))))).))))))...))))))))))).(((((.((((((((.((..)))))))))))))))(((......)))(((((((((.(((....(((((((((.((((..(((((..))))).((...)))))))))))))))((.(....))))))))))).))).).(....).((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((....((((..(((....((((.(((((..........((((((................)))))).......((((.((....((((((.....(((((((((...(((.....))))))))))))(((((((((((((((.......))))))))).))))))..))))))..))))))......))))).))))..)))..)))).))..))......((..((((((((((..(((((....((((((..............((.........))....))))))...........))))).))))).))).)).))....(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((....((((..((((...((((.(((((...((.((.(((((((((((.......)))).))))))).....(((((.((...(((((((.....(((((((((...(((.....)))))))))))).((((((((((((((.......))))))))).)))))...))))))).))))))))).))))))).)))).))))..)))).))..))).....((..(((((((((((.(((((..((((((((..........(..((((.......))))..))))))).......))..))))))))))).))).)).))....(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........((((.....))))...(((.....))).))))....(((((((((((.......)))).)))))))........((((.........))))...(((((((((...(((.....)))))))))))).((((((((((((((.......))))))))).)))))..(((((....)))))..(((((.((.....(((((((..................))))))).((((((((.(((((.(((((.........)))))..(((((.......)))))...((((......))))..)))))))))))))...)))))))..(((((........)))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((....((((.....)))).(((((.....))))).((((...<<<<<<<<<<))))...>>>>.>>>>>>........[[[)))).((((.{{{......{{{))))...((((}}}..))))....}}}.((((((((((((((.((....)))))))))).)))))).(((........]]].)))(((.(((((.((....))))))).((((.......aaaaa..)))).((((................AAAAA.....))))((((.......))))....((((......))))...(((..bbb)))......)))....(((((.BBB...))))).))))))....