CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00680



RNA: TMR_00680
Rfam family: tmRNA

GGGGGCGACCUGGCUUCGACGGGGAGAGAGAAUUCGAGAGCGCGUGCCGAGGUCCCCGACAACCUCGCUAAUCCUCGGGAAAAAAAUCAAACGCCAACGAUAACUCGUAUGCGUUGGCCGCCUAAAGAGAUUUAGGUAGCCCGUUGGCGUCCGUGGGGCCUACAACGCGGACGCCGACGCCAUCUACAGCAGGCUAGCCGAUCACUCUUGUUCAGGGGCGGCCGGCGAAACUCUCUGAACUGGUCCAAUCCGGAUCCUGUCAGUCGGAGCUGGUGAGGAUGAGAAAGCCGUAGCAUAGACUGACUACGCACGUAGUGGUCUCGUAGGACCUAUUCUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((((((.((....((...(.((.(((((((((({{{{.{....))))).......}.}}}}...................................(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((.<<<<<.<..)))))))))))))).........>.>>>>>...............((((((((.[[[[[[......))))))))]]]]]]..((((..((.((aaaaaaa)).....))..)))).................AAAAAAA...))))).....)).)...))...)).))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((....((((((...(((..(((((((((.(((...(((((...............)))))......(((..........)))..))))))))))))((((((((.(((((.....(((((((.(((((((((((((..........)))))))))))))((........)).))))).)).....)))))......))))))))..)))..))))))((...(((((.....)))))...)).))))))))))).((((((.((...((....))..(((((.(((((....))))))))))........))))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((....((((((................((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..))))(((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))).))).....)))))......)))))))))......)))))).....(((((.....)))))......)))))))))))......((((((...........(((((.(((((....))))))))))...........))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.............(..((((((....................................................................................................................................................................................................................................................................)))))).....).............))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((((((((((((................((((((....................))))))..............(((((((............)))))))..((((((....))))))(((..((((((((((((((..........))))))))))))))....)))..........((((.((.(((........))).)).))))....))))))......((((.....)))))))..).))))))))))).......(((((.(((.......(((((.(((((....))))))))))....))..)..)))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((((.((.((((((..((((..........((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..))))(((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..(....)..))))))))))))))(........)..)))).))).....)))))......))))))))).)))).)))))).....(((((.....))))))...).))))))))))))..(..((((((.(((.......(((((.(((((....))))))))))....))..)..))))))..)(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((((....((((((...........((((.((((((....(((.....))).....))))))............))))..((((....))))...((((((((((((.((((((((....(((((.(((((((((((((..........))))))))))))).............)))))...)))..)))))......))))))))))))...)))))).....(((((.....)))))......))))))))))))(((((((.........(((......)))(((((....)))))(((((....))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......)))).........((((((((.(((((((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((..........)))))))))))))).(((((.((.(((....((((.((.(((((....))))).)).))))....((((((((...(((((.....)))))...))))..))))))).)).))))).......(((((((.....)).))))))))))...(((((....)))))..)))))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((.....((((.................(((((((...[[[..)).]]]......)))))..............((..((((....))))..))(((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............))))).)).....)))))......))))))))))).....))))......(((((.....)))))......))))))))))).....(({{{{...((.......((((((.((((....))))))))))....))....))}}}}....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((.((.((.......(((((((.((..(((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((..........))))))))))))))..........)..))..((((.((.((((......)))).)).))))....))))).))...(((((.....))))))).)).))))))))))).((((((........(((((((.....)).)))))........(((((....))))).))))))....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((....((((((....((((...((((.((((((....(((.....))).....))))))............)))).........))))....((((((((((((.(((((.......(((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))))........)))))......))))))))))))...)))))).....(((((.....)))))......)))))))))))((((((((.....................((((((..))))))(((((....)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((.................)))))........(...(..........................((.((((....)))).))....((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))..................((((((((((..(((........)))..)))))))))).......................))..))))))....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((.................)))))........(...(..........................((.((((....)))).))....((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))..................(((((((((...(((........)))...))))))))).......................)).)))))))....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))......(((.(((((..(((((.(((((((((.......((((((((.(((..(((.................((((....))))...((((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............))))).)).....)))))......))))))))))))...))).((((...(((((.....)))))...))))..)))..))))))))..((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..))))...))))).....)))))))))..))))))))....)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((............[[[(((((.{{{{.((((((....................))))))...........(((((.(((((....)))).))))))(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((..........)))))))))))))).................((((....(((((....)))))....))))....)))))......(((((.....)))))......)))))))))...((((((......(.(((((((.....)).))))))}}}}...(((((....))))).))))))]]].(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((..((((((....((((((.........((((((........))))))......)))))).................((((....))))...((((((((((((.(((((.......(((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))))........)))))......))))))))))))...)))))).....(((((.....)))))......)))))))))))......((((((...........(((((.(((((....))))))))))...........))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))....(.((((.((((..(((((.(((((((((.......((((((((.(((..(((.................((((....))))...((((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..(....)..))))))))))))))............)))).))).....)))))......))))))))))))...))).((((...(((((.....)))))...))))..)))..))))))))((((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..)))))).))))).....)))))))))..)))))))).)..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....(((((((((((.(((((.(((...(((...(((..((((((((....(((.....))).....)))))).........))..)))...)))...))).....((((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))).))).....)))))......))))))))))))...))))).((...(((((.....)))))...)).)))))))))))..(((((((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..))))))....))).)))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((((((((((.(((...(((...(.((((.((((((....(((.....))).....))))))((......))..)))))..)))...))).....((((((((((((.(((((.....(((((((.(((((((((((((..(....)..)))))))))))))((........)).))))).)).....)))))......))))))))))))...))))))((...(((((.....)))))...)).))))))))))))..(..((((((.(.(((((((.....)).)))))).......(((((....)))))..))))))..)(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(.(((.(((......))))))).).((((((((((((.(((((((((..)))))))))((.((.(....((((......))))(((((((.(.(......)))))))))(((((((((..)))))))).)..(((((((((((((((........))))))))))))))).((((((((((((((...(((((((..(((((((((((((........)..))).)))))))))..))))).))).)))))(((((..))))).))))))))))).)).((((((.......).)))))))))).))((((......))))...)))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(..((((((((..........................((((((....(((.....))).....))))))..................(((......)))....(.(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((..(....)..))))))))))))))............))))).)).....)))).......))))))))).)..........(....(((((.....)))))....).))))))))..)...........................................((((......))))...........(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))......(((.(((((..(((((.(((((((((.......((((((((.(((..(((..........(((((..((((....))))..)))))((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............))))).)).....)))))......)))))))).......))).((((...(((((.....)))))...))))..)))..))))))))((((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..)))))).))))).....)))))))))..))))))))....)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((.......)))).........((((...........))))...(((((...............)))))...........((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....))))))).....(((((((((((((..........))))))))))))))))...........(((.((((....((((.....)))).)))).(((.....((((....((((......)))).((((.(((((....)))))..)))).))))..)))..))).....((((((((....)))).(((((....))))).....))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.<<<<<<))))..........>>>.>>>...((((((((((.[[[[[..)))))).......]]]]]...........((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....)))))))....((((((((((((((..........)))))))))))))).(((((...(((((...aaaa......)))))(((((((....AAAA.....)))))))...(((((..{{{)))))....((((.}}}))))....))))).....)))...))))...((((((((....)))).(((((....))))).....))))..(((((.......))))))))))))....