|
|
|
GGGGGCGACCUGGCUUCGACGGGGAGAGAGAAUUCGAGAGCGCGUGCCGAGGUCCCCGACAACCUCGCUAAUCCUCGGGAAAAAAAUCAAACGCCAACGAUAACUCGUAUGCGUUGGCCGCCUAAAGAGAUUUAGGUAGCCCGUUGGCGUCCGUGGGGCCUACAACGCGGACGCCGACGCCAUCUACAGCAGGCUAGCCGAUCACUCUUGUUCAGGGGCGGCCGGCGAAACUCUCUGAACUGGUCCAAUCCGGAUCCUGUCAGUCGGAGCUGGUGAGGAUGAGAAAGCCGUAGCAUAGACUGACUACGCACGUAGUGGUCUCGUAGGACCUAUUCUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.((....((...(.((.(((((((((({{{{.{....))))).......}.}}}}...................................(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((.<<<<<.<..)))))))))))))).........>.>>>>>...............((((((((.[[[[[[......))))))))]]]]]]..((((..((.((aaaaaaa)).....))..)))).................AAAAAAA...))))).....)).)...))...)).))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((....((((((...(((..(((((((((.(((...(((((...............)))))......(((..........)))..))))))))))))((((((((.(((((.....(((((((.(((((((((((((..........)))))))))))))((........)).))))).)).....)))))......))))))))..)))..))))))((...(((((.....)))))...)).))))))))))).((((((.((...((....))..(((((.(((((....))))))))))........))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((....((((((................((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..))))(((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))).))).....)))))......)))))))))......)))))).....(((((.....)))))......)))))))))))......((((((...........(((((.(((((....))))))))))...........))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.............(..((((((....................................................................................................................................................................................................................................................................)))))).....).............))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((((((((((((................((((((....................))))))..............(((((((............)))))))..((((((....))))))(((..((((((((((((((..........))))))))))))))....)))..........((((.((.(((........))).)).))))....))))))......((((.....)))))))..).))))))))))).......(((((.(((.......(((((.(((((....))))))))))....))..)..)))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((((.((.((((((..((((..........((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..))))(((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..(....)..))))))))))))))(........)..)))).))).....)))))......))))))))).)))).)))))).....(((((.....))))))...).))))))))))))..(..((((((.(((.......(((((.(((((....))))))))))....))..)..))))))..)(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((....((((((...........((((.((((((....(((.....))).....))))))............))))..((((....))))...((((((((((((.((((((((....(((((.(((((((((((((..........))))))))))))).............)))))...)))..)))))......))))))))))))...)))))).....(((((.....)))))......))))))))))))(((((((.........(((......)))(((((....)))))(((((....))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......)))).........((((((((.(((((((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((..........)))))))))))))).(((((.((.(((....((((.((.(((((....))))).)).))))....((((((((...(((((.....)))))...))))..))))))).)).))))).......(((((((.....)).))))))))))...(((((....)))))..)))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((.....((((.................(((((((...[[[..)).]]]......)))))..............((..((((....))))..))(((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............))))).)).....)))))......))))))))))).....))))......(((((.....)))))......))))))))))).....(({{{{...((.......((((((.((((....))))))))))....))....))}}}}....(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((.((.((.......(((((((.((..(((((((....(((.....))).....))))))............((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((..........))))))))))))))..........)..))..((((.((.((((......)))).)).))))....))))).))...(((((.....))))))).)).))))))))))).((((((........(((((((.....)).)))))........(((((....))))).))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((....((((((....((((...((((.((((((....(((.....))).....))))))............)))).........))))....((((((((((((.(((((.......(((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))))........)))))......))))))))))))...)))))).....(((((.....)))))......)))))))))))((((((((.....................((((((..))))))(((((....)))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((.................)))))........(...(..........................((.((((....)))).))....((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))..................((((((((((..(((........)))..)))))))))).......................))..))))))....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((.................)))))........(...(..........................((.((((....)))).))....((((((.(((((((..........))))))).))))))...................((((((((..........))))))))..................(((((((((...(((........)))...))))))))).......................)).)))))))....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......))))......(((.(((((..(((((.(((((((((.......((((((((.(((..(((.................((((....))))...((((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............))))).)).....)))))......))))))))))))...))).((((...(((((.....)))))...))))..)))..))))))))..((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..))))...))))).....)))))))))..))))))))....))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((............[[[(((((.{{{{.((((((....................))))))...........(((((.(((((....)))).))))))(((.(((((((....))))))).)))((((((((((((((..........)))))))))))))).................((((....(((((....)))))....))))....)))))......(((((.....)))))......)))))))))...((((((......(.(((((((.....)).))))))}}}}...(((((....))))).))))))]]].(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((..((((((....((((((.........((((((........))))))......)))))).................((((....))))...((((((((((((.(((((.......(((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))))........)))))......))))))))))))...)))))).....(((((.....)))))......)))))))))))......((((((...........(((((.(((((....))))))))))...........))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......))))....(.((((.((((..(((((.(((((((((.......((((((((.(((..(((.................((((....))))...((((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..(....)..))))))))))))))............)))).))).....)))))......))))))))))))...))).((((...(((((.....)))))...))))..)))..))))))))((((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..)))))).))))).....)))))))))..)))))))).)..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((((((((.(((((.(((...(((...(((..((((((((....(((.....))).....)))))).........))..)))...)))...))).....((((((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............)))).))).....)))))......))))))))))))...))))).((...(((((.....)))))...)).)))))))))))..(((((((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..))))))....))).)))).((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((.(((...(((...(.((((.((((((....(((.....))).....))))))((......))..)))))..)))...))).....((((((((((((.(((((.....(((((((.(((((((((((((..(....)..)))))))))))))((........)).))))).)).....)))))......))))))))))))...))))))((...(((((.....)))))...)).))))))))))))..(..((((((.(.(((((((.....)).)))))).......(((((....)))))..))))))..)(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(.(((.(((......))))))).).((((((((((((.(((((((((..)))))))))((.((.(....((((......))))(((((((.(.(......)))))))))(((((((((..)))))))).)..(((((((((((((((........))))))))))))))).((((((((((((((...(((((((..(((((((((((((........)..))).)))))))))..))))).))).)))))(((((..))))).))))))))))).)).((((((.......).)))))))))).))((((......))))...)))))...((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(..((((((((..........................((((((....(((.....))).....))))))..................(((......)))....(.(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((..(....)..))))))))))))))............))))).)).....)))).......))))))))).)..........(....(((((.....)))))....).))))))))..)...........................................((((......))))...........(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......))))......(((.(((((..(((((.(((((((((.......((((((((.(((..(((..........(((((..((((....))))..)))))((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((..........))))))))))))))............))))).)).....)))))......)))))))).......))).((((...(((((.....)))))...))))..)))..))))))))((((((..(((((.((.(((.....))).)))))..))..)))))).))))).....)))))))))..))))))))....))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((.......)))).........((((...........))))...(((((...............)))))...........((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....))))))).....(((((((((((((..........))))))))))))))))...........(((.((((....((((.....)))).)))).(((.....((((....((((......)))).((((.(((((....)))))..)))).))))..)))..))).....((((((((....)))).(((((....))))).....))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.<<<<<<))))..........>>>.>>>...((((((((((.[[[[[..)))))).......]]]]]...........((((..((((....))))..)))).(((.(((((((....)))))))....((((((((((((((..........)))))))))))))).(((((...(((((...aaaa......)))))(((((((....AAAA.....)))))))...(((((..{{{)))))....((((.}}}))))....))))).....)))...))))...((((((((....)))).(((((....))))).....))))..(((((.......)))))))))))).... |