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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00681



RNA: TMR_00681
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....((((..(((...((((((((((........)))))........((((..(.............................((((.((((........))))..((((((((((((((.....))))))...(((((....))))).))))))))....))))...............(((((((((((...............))).))))))))((((((....(((...........))).))))))..........)..)))).....))))).....))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))........((((((((.....((((.((((..(((((((((((........)))))........((((...((((.(.((((....)))).).))))...(((((((((.(....).))))))((((((((((((((((.))))))))...(((((....))))).)))))))).....)))...............(((((((((((((..........)))..))))))))))(((((((((((((....)))))).)...)))))).............)))).....))))))....))))))))....))))))))(..(((((.......)))))..)........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))........((((((((........((((....))))..(((((.[[[[[..))))).......]]]]]..........((((....))))..))))))))(((((((((........))))).(((((((((((((((...)))))))...(((((....))))).))))))))....)))).((((..[[[[(((.((((...)))).)))........))))..]]]]....(((((((.((((((.[[[)))))).....)))))))...............]]].............((((.....[[[[....))))..(((((........))))).]]]].....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)).))))......((((.((.(((((.(((.((((........)))))))........((...((((...((((....))))...))))...)).((((((........))))))(((((((((((((((...)))))))...(((((....))))).)))))))).........((((.((((.(((.((((...)))).))).))))...)))).((((.....)))).))))).))))))(((((.(((...((..(((...........)))..))......)))..)))))(((((((.....))))))).(((((......))))).)))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))(((.....((..((((.....((((.((((..(((((((((((........)))))........((((...((((...((((....))))...))))..((...(((((.(((..((((((..((((((((.((((((...))))))....(((((....))))).)))))))).......((((...((((.(((.((((...)))).))).))))......((((((.....)))))))))).....)))))))))))))))).................)))).....))))))....))))))))....))))..))...(((((........)))))......))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....((((.((((..(((((((((((........)))))........(((((..((((...((((....))))...))))....)))))..((((..((((.....((((((((.......((((...))))..(((((....))))).)))))))).........((((.((((.....((((...)))).....))))...))))..))))....(((((((.((((((....)))))).....)))))))..............))))...))))))....))))))))....))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))(((.....((..((((.....((((.((((..(((((((((((........)))))........((((...((((...((((....))))...))))..((...(((((.(((..((((((..((((((((.((((((...))))))....(((((....))))).)))))))).......((((...((((.(((.((((...)))).))).))))......((((((.....)))))))))).....)))))))))))))))).................)))).....))))))....))))))))....))))..))...(((((........)))))......))).
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))(((......(..((((.....((((.((((..(((((((((((........)))))........((((...((((...((((....))))...)))).(.(((((((((........))))).(((((((((((((((...)))))))...(((((....))))).))))))))....)))).)((((.(((.....((((((((((..................))))))))))....(((((((((....)))))).))).))).))))...........)))).....))))))....))))))))....))))..)(((.(((((........)))))...)))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(....))).))))..(...)..(((((.........(....)(((((((((......)))))))))(..((((..((((((..))))))..)))).((.((((((((........))))))))))))))))((.((((((((....((((((((.((..((.((....(..............)...)).....((((((((((((((.(..(.......((..))......((((((((((((((....)))))).))...)))))))).))))))))))))))...))..))...).)))))))...))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))........((..((((.....((((.((((..(((((((((((........)))))........((((...((((...((((....))))...))))........((((........))))..((((((((.((((((...))))))....(((((....))))).))))))))..............((((.(((.(((.....))).))).)))).........................(((((......)))))........................)))).....))))))....))))))))....))))..))...............................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..(((......((((.((((..(((((((((((........)))))........((((...((((...((((....))))...))))...(((((((((........))))).((((((((.((((((...))))))....(((((....))))).))))))))....))))..((((.(((.....((((((((((..................))))))))))....(((((((((....)))))).))).))).))))...........)))).....))))))....)))))))).....)))..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((.......)).)))))))....((((((....)))...(((((........)))))........)))....((((...((((....))))...))))...((((.((((........))))..((((((((.(((((.....)))))....(((((....))))).))))))))......)))).......((((...(((((...((......))...))))).((((((......)))))).(((((((((.....)))).....((((..............)))).......((((....))))....))))).))))..(((((........)))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....)))).........(((((..........((((....))))..(((((.<<<<<..))))).......>>>>>...((((...((((....))))...))))...((((.((((........))))..((((((((.(((((.....)))))....(((((....))))).))))))))....)))).((((((..((((...(((((................))))).((((.....)))).(((((((((....)))))).(((((...{{{{........))))).}}}}.......((((....)))).....)))..))))..[[[[[..))))))]]]]]...)))))..