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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00683



RNA: TMR_00683
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((....)))...(((..((((((((..........(((..(((((.(((((((...((((((......((((.........))))......)))))))))))))(((((((((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......)))))))))))).....)))))))).((((((((((((...(((((((.((..(((.((....(((....(((((((..((((((...(((((....)))))..))))))..(((..(((((((((.....(((((....))))))))))))))....))).))))))).)))..)))))...))))))))).....)))))))))))).))))))))...))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................(((((.(((....)))))))).((((((.................))))))........((((((.(.....).))))))..((((((((.((.(((((((........))))))))).))))))..((((((.......))))))....))..(((((.(((((((............................................((((..(((...........)))..((((....)))).........(((((((((.((((........))))..)))))))))..........))))............................))))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........................................((((((........))))))..........................((((.........))))...............................................................................................................................................................................................(..........)...................................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((((.......((((.(((.(((((.......((((((.................))))))....(((.((((((.((...)).)))))).)))((((((.((.(((((((........))))))))).))))))..((((((.......))))))((((..(((((((.((((((........)))))).....))))))).......)))).......(((((((((((((....))).))))(((((....)))))........(((((((((...(((.......)))...))))))))).........))))))......)))))....))).))))......)))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.......)))(((..((((((((((.(((....)))))((..((((((.................))))))...)).(.((((((.(.....).)))))).)((((((((.((.(((((((........))))))))).))))))..((((((.......))))))....))..(((((.(((((((.((.((((((....(....................((....))(((((((((((((....)).))))((((((....)))))).......(((((((((.((((.(....).))))..)))))))))........)))))))..............))))...))).))))))))))))))..))))))))...))).)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..[[[[[))).....]]]]](((((.(((....))))))))....((((..........................[[[.[[[[[[)))).....]]]]]].]]]....(((...(((((((........)))))))....)))(((.[[[[[[.)))...]]]]]]......(((((((.((((((.[[[[[[[)))))).....)))))))........]]]]]]]..((((...........[[[[))))..((((((....))))))]]]]((((((((((((.....(((((....)))))))))))))).........[[[[[))).....]]]]]....(((..((((...))))..)))..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((....(((.((((((.((((.(((((.(((....)))))))).((((((.................))))))........((((((.((...)).))))))(((((((((((...(((((((........)))))))....))).....(((((.......))))).)))).)))).(((.(((((......))))).)))....)))))))))).)))....)))).((((((.((((....(((((.(((((.((((((....))))))..((((.(((((((((.....(((((....))))))))))))))...))))..(((((........)))))..))))).)))))..))))))))))..(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((((..{{{............))))......((((((.................))))))........((((((.........))))))..(((((((((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......)))))))))))).............(([[[[[[[[[[.((.....(((......................((((((.........................................(((((((((...(((.......)))...))))))))).........))))))................)))....))..))]]]]]]]]]](((((}}}....))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((...(((.((((((.((((.(((((.(((....)))))))).((((((.................)))))).........(((((.((...)).))))).(((((((.(((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......)))))).)))).))).(((.(((((......))))).)))....)))))))))).)))....(((((((((...((((..(((.((((.((((.((((((....)))))).......(((((((((.....(((((....)))))))))))))).........(((((........)))))..))((...)))))))).)))..)))))))))))))....))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..))))...(((..((((((((.(((((....(((...)))((((((.................))))))..))))).((((((.........))))))..(((((((((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......))))))))))))..(((((.((((((((((((((..........................)))))))...(((((((((((.........))))(((((((..))))))).......(((((((((.....(((((....))))))))))))))........)))))))..............((((...))))..))))))))))))..))))))))...))).)))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..((((.((((((.cccccccc.(((((mm.m(jjj(bbbbbb(eeeeeeeee(ddd.ddd(ffffffff..)))))mmmmmmmm..)F))))a(..)F..a(((g(FFppp.(((((((...)FFF.)))))))(([[[[[[[(.llMMMMMMMM....lllll))G))).aaaaaa(.nnnn(iiiiiiiiiiiiiiiiii)FDD)))))).LLLLL.AAAAAAA..kkkkkkkkk((.{{{{(.<<<<<(..hhhhhIIIIII)))DEEEEEEEEA>>>)>>HHHHH.oo...))))))))))EBJJJMMM)L.L]].}}}})KK.OO)]]]]])PDDD)NNNN.)KKKKPP.IIIIIIIIIIII.CCCCCCCC..)))..BBBBB...KKK
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.......(((((...................))))).........(...(..............................................................(.((((.......)))).)......((((((.(((((((........))))))).....))))))...................((((((................))))))..................((((((((((.(((........)))..)))))))))).................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(.....(((((...................))))).........(...(..............................................................(.((((.......)))).)......((((((.(((((((........))))))).....))))))...................((((((................))))))..................(((((((((..(((........)))...))))))))).................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.......))).((..((((((((.....(((((((..(((..((((((.................))))))...)))..(((...((((........((((...((((((.((.(((((((........))))))))).))))))....))))......((((((((.....(((((((.((((((........)))))).....)))))))...((((.(((((((..((........))..))))...))).)))).......))))))))....((((..(((.....(((((....))))))))..))))...........))))..))).)))))))...(((..(((.....)))..)))....))))))))..))...)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((.((((((.((((((((((.(((....)))))))).((((((.................))))))........((((((.........))))))(((((((((((((.(((((((((...)).)))))))))..)))....((((((.......))))))))))).))).(((.(((((......))))).)))...))))))))))).))).)(((((((((((...((((..(((.((((.((((.((((((....))))))..((((.(((((((((.....(((((....))))))))))))))...))))..(((((........)))))..)))).......)))).)))..))))))))))))).)).))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.......))).((..((((((((.....(((((((..(((..((((((.................))))))...)))..(((...((((........((((...(((..(.((.(((((((........))))))))).)..)))....))))......((((((((.....(((((((.((((((.(....).)))))).....)))))))...((((.(((((((..((........))..))))...))).)))).......))))))))....((((..(((.....(((((....))))))))..))))...........))))..))).)))))))..((((..(((.....)))..))).)..))))))))..))...)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.....((.(((((........))))).)).....((((.(((((....((((((.................))))))...(((((.((((((.((..((((.......(((((((((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......)))))))))))).((((((.((((((........)))))).....))))))))))..))..))......(((.(((.((((((....)).))))))))))...)))).)))))..))).))))))..))))).(((((.........))))).............(((((....(((......((((...))))....)))((((...(((((.......))))))))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.......)))(((..((((((((.(((((....(((...)))((((((.................))))))..))))).((((((.(.....).))))))..(((((((((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......))))))))))))..(((((.(((((((((((((((((.((((.....))))))))......)))))).((((((((((.((((((......((.((((((....)))))).))....)).)))).))))..(((((....)))))..))))))..........(((((........)))))..((((...))))..))))))))))))..))))))))...))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..))))..((..((((((((((((((((((....)))))(((((((((((((.(........)))))))))).).)))((((((((.(.(...))))))))))(((((((((...(((((((((...)).)))))))....)))....(((((((...)..))))))))))))(.(((((.(((((((..(...((((.((.(......))))))).(((..))).((((..(((((((((((((((.(.(((......))))).))))))...((((((((((((((((((........))))).))))))))).).))))))))))))))).((......))((((...)))).))))))))))))))))))))))))))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................((((((((........................................................((((((.(.....).))))))....(((.(((...(((((((........)))))))....)))....((((((.......)))))).)))....(((((.(((((((....................................................................(..(......)..)........((((..(((...................)))..))))..........................................))))))))))))..)))))))).......)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.......))).((..((((((((.....(((((((..(((..((((((.................))))))...))).((((...((((........((((...(((..(.((.(((((((........))))))))).)..)))....))))......((((((((.....(((((((.((((((........)))))).....)))))))...((((.(((((((..((........))..))))...))).)))).......))))))))....((((..(((.....(((((....))))))))..))))...........))))..)))))))))))...(((..(((.....)))..)))....))))))))..))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....(((...((....))...))).)))).(((((..((((.....)))).((((..................))))..))))).((((((.........))))))..(((((.......(((((((........)))))))...........((((((.......)))))).))))).((((((((((((......)))))..((((.....))))..........))))))).((((((.(((((((....)).))))).(((((......((((.....))))......))))).((((....))))..))))))(((.......))).((((..............((((............))))....(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.....((((.{{{....)))).....bbbbb...(((..<<<))).bbbb..>>>....}}}))...BBBB....BBBBB.((((((.........))))))..((((((......(((((((........))))))).[[[.......((((((.......)))))))))))).((((((((((((......)))))..((((..aaa))))AAA.......)))))))((((((..(((((((....)).))))).(((((......((((.....))))......))))).((((....))))...))))))..........(((((........)))))..(((]]]..))).......ccccc....ccc..)))..CCC.CCCCC.......