RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00686

RNA: TMR_00686
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......)))))))))).((((.((((((..(((((((((..((((.((((((.(((...............((((((((.....))))).)))(((((((........))))))).(((((..(((....)))...(((((((.....(((((....)))))))))))))))))))))))))).((((((.(((((((((((((...)))))))))))))....((....))))))))..((((((((..(((((....)))))))))))))))))..))))))........)))..)))))).(((((((((.((((....))))))..)))))))......)))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((.......)))))))))).((((.(.....(((((.........))))).....).))))................(((((.....)))))....(((((((........)))))))..............(((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).............)))))))..(((((((((((((...))))))))))))).................((.((((((((.(((((....))))).)))))))).))....................................................)).(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((.........)))))))........(((((((((((.........)))))........................((((((((.....))))).)))(((((((........)))))))((((((..((((....(....)))))(((..(((((((....)))))))..)))))))))................(((((((((((((...)))))))))))))..............((.((.((((((((.(((((....))))).)))))))).)).))...................))))))...........................(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((.((((..(((((.....(((((((...............))))))).......................((((.(..((((((........(((((...(((((.........(((((((..((.(((..(((((((....)))))))..)))...))........)))))))..(((((((((((((...)))))))))))))......)))))..)))))..((((((((.((((......)))).))))))))))))))...).))))..........))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((.......)))))))))).((((.(.....(((((.........))))).....).)))).............((((((((.....))))).)))(((((((........)))))))(((.((....))..(((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).............)))))))..(((((((((((((...)))))))))))))..............(..((.((((((((.(((((....))))).)))))))).))..)........................................)))......)).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......)))))))))).....(((((((..(((((((((..((((.((((((...................((((((((.....))))).)))(((((((........)))))))((((((..((((..........))))(((..(((((((....)))))))..)))))))))..)))))).((((((.(((((((((((((...)))))))))))))............))))))..((((((((.((((......)))).))))))))))))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((....).)))))))))).....(((((((..(((((((((..((((.((((((.(((................(((((((.....))))).)).(((((((........))))))).(((((..((((.(......).)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).((((((.(((((((((((((...)))))))))))))....((....))))))))...(((((((..(((((....)))))))))))).))))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......))))))))))......((((((((([[[[[[[[..[[[)))........................((((((((.....))))).)))(((((((........)))))))((((((..((((..........)))).((..(((((((....)))))))..)).))))))................(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.(((((....))))).)))))))).]]]..]]]]]]........]]...))))))...(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((....).)))))))))).....(((((((..(((((((((..((((.((((((.((.................(((((((.....))))).)).(((((((........)))))))((((((..((((.(......).)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).((((((.(((((((((((((...)))))))))))))....((....))))))))..((((((((..(((((....)))))))))))))))))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......))))))))))((((((......(((((.........)))))......................))))))....(((..)))((((((.((((((........))))))(((((....((((..))))....((((((((.(((((((....))))))).............(((((((((((((.(((((((((((((...)))))))))))))....(((..))))))))...((((((((..((((((..))))))))))))))((((...............))))....)))))))).)))))))).))))).)))))).(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((..((((....)).))..))))).....(((((((..(((((((((..(((..((((((.(((...............((((((((.....))))).)))(((((((........))))))).(((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).((((((.((..(((((((((...)))))))))..))....((....))))))))..((((((((.((((......)))).)))))))).)))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((....).)))))))))).....(((((((..(((((((((..((((.((((((.((................((((((((.....))))).)))(((((((........)))))))(((((((.((((..........)))).....(((((((....)))))))....))))))))))))))).((((((.(((((((((((((...)))))))))))))............))))))..((((((((..(((((....)))))))))))))))))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......)))))))))).((((.......(((((.........))))).......))))............((((((....((((...))))...((((((...........((((.(((((..((((..(((((((..........(((((((....)))))))..................)))))))..(((((((((((((...))))))))))))).............))))...((((((((..(((((....))))))))))))).))))).))))...((((................))))..))))))....))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((..((((....).)))..))))).....(((((((..(((((((((..(((..((((((.(((................(((((((.....))))).)).(((((((........))))))).(((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).((((((.((..(((((((((...)))))))))..))....((....))))))))..((((((((.((((......)))).)))))))).)))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((.((((((.(((.....))).))))))((((.(((((((((((..(((((((((..(((..((((((.(((...............((((((((.....))))).)))(((((((........))))))).(((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).((((((.((..(((((((((...)))))))))..))....((....))))))))..((((((((.((((......)))).)))))))).)))..))))))........)))..)))))))...))))))))...)).)).((....(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((..((((....)).))..)))((.(..((((((((..(((((((((..((((.((((((.(((...............((((((((.....))))).)))(((((((........))))))).(((((..((((.((....)).))))(((..(((((((....)))))))..))))))))))))))))).((((((.((..(((((((((...)))))))))..))....((....))))))))..((((((((.((((......)))).))))))))))))..))))))........)))..)))))))...)..)))(((....)))...))))(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....))))))..((((((((((((((((((((...)))(((((((((..))).((.((((.((..((......))(((.(.((((((((((((((((...))))..(((((((........))))))).)(((.(((((((......))..))))))))(((((((....))))))))))))))).)))).))).(((((((..)))).)))((.((((((((.(..(........)..).))))))))))..(((((((.(((((......))))).))))))))))))))))).).))).(((.(((((..))))))))...))))..(.(((((((..)..))))))...))))))..))).)))).)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((..((((....).)))..))))).....(((((((..(((((((((..(((..((((((....................(((((((.....))))).)).(((((((........))))))).(((((..((((..........)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))...))))))..(((((.((..(((((((((...)))))))))..))....((....)))))))...((((((((.((((......)))).)))))))).)))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((..((((....).)))..))))).....(((((((..(((((((((..((((.((((((.(((................(((((((.....))))).)).(((((((........))))))).(((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).((((((.((..((((((..(...)..))))))..))....((....))))))))..((((..((.((((......)))).))..))))))))..))))))........)))..)))))))..(((((..(((....))).))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((.......)))))))))).((((.......(((((((....)).))))).......))))................(((((.....))))).((((.(((((........))))).(((.(((..((((..........)))).))).(((((.........))))).((((...............)))).)))...)))).((((.((((.((.....)))))).(((((....((((....))))....(((((....))))).)))))..((((...............))))..............)))).((((....))))....(((((.......))))).))))))....
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