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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00687



RNA: TMR_00687
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((..(((((...........(((((((....((((.............................((((......(((((((.........)))))))((((((..((((..........))))(((..(((((((....)))))))..)))))))))......))))......(((((.(((((((...))))))).))))).))))....))))))).(((((((.(((.((((......)))).))).)))))))......................))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((.......(((((.........)))))...((((((((.............(((((....((((...))))..(((((((.........)))))))..)))))...((((((((.((((..((((..(((((((....)))))))...........................(((((.(((((((...))))))).))))).................))))..))))))))))))......((((..((((........)))).......)))).....))))))))))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((.....((((((((...((.......)).(((((((((...(((....)))...............((((((((.....))))).)))..))))))))).)))))))).((((((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).))))))))))))))))).((.(((((.((..((((((..((.(((((.((((........((((.((.(((((((.(((.((((......)))).))).))))))).)))))).........))))...))))).))..)))))).)).))))).))....(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.......(((((((((.....((((((((...((.......))((((((((((...(((....)))...............((((((((.....))))).)))..)))))))))))))))))).((((((((..((((.((....)).))))(((..(((((((....)))))))..)))))))))))))))))))).((.(((((.((..((((((..((.(((((.((((........((((.((.(((((((.(((.((((......)))).))).))))))).)))))).........))))...))))).))..)))))).)).))))).))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((..((((....))))(((((((((...))))..)))))(((((((..((......).)..))))))).))))))..((((((((..(((..)))))..(((((((((...).).))))))).)))))).((((..)))))((((((((((((((((((((..))))))))(((((((((.........((..))((((((((((((((((..))).)))).))))..(((.((..)).)))((((((((((((((((((......)))))))))))))))))).).))).).((((.(((.......)).).))))(((....).)).))))))))).))))))))..)))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((.....((((((((..............((((((((((...(((....)))...............((((((((.....))))).)))..)))))))))))))))))).((((((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).))))))))))))))))).((.(((((.(((((((.....)))))...((((..((((...((((.((.(((((((.(((.((((......)))).))).))))))).))))))......................)))).))))..)).))))).))....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((((..(.....((((((((...((.......)).(((((((((...(((....)))...............((((((((.....))))).)))..))))))))).))))))))..(((((((..((((.((....)).)))).((..(((((((....)))))))..)).))))))).)..)))))).((..((((.((..((((((.....(((((.((((........((((.((..((((((..((.((((......)))).))..))))))..)))))).........))))...))))).....)))))).)).))))..))....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((.......)))))))))).((((.......(((((.........)))))......((((..............)))).(((.....))).)))).(((((((.........)))))))((((((..((((..........)))).)))))).((((....((((....))))....)))).(((((((...(((((.....)))))...((((((.((........))))))))..(((.((.......)))))..(((....))).))))))).((((...............))))...........(((((.............))))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((...[[[.)).)))).]]]..(((((.((((...eee(((((.bbbbbb..)))))........BBBBBB....))))..(((((....(((.....)))..(((((((.........)))))))..))))).cccc..EEE))...CCCC.))).(((((((....)))))))..(((((.<<<<<<.....)).)))>>>>>>...(((..aaaaaa.))).((((......)))).AAAAAA.{{{{{{{..(((..ddd))).((((DDD..))))..((((fffff..........)))).........FFFFF))))...}}}}}}}.......(((((.......)))))...........