RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00696

RNA: TMR_00696
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((.((((..((((((((((.(((((.(((.....(((....)))))).(((((....(((((...........)))))...)))))...))))).(((((..((((....))))..)))))....(((((....)))))....((((((....((((((..(((((..(((.((((((....)))))))))..)))))...))))))......((((((((((((..............)))))))))))).....((((.(((((((((((((((..(((..........)))...)))))))).)))))))))))...))))))))))))...))))..))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((((....((((.((((..((((.......((((((.........))))))........................................................................................((((...........)))).............((((.((((........)))))))).......................((((((((..................)))))))).................(((((..........(((.........)))..))))).......................)))).....)))).))))...)))))))................................
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((..((((..(((..((((.((((....))))..............((.........))....................................................................((((....)))).............................................................................................................................................................................................)))).....)))..)))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((.((((..((((..((((((((....))))..............(((((...))))).................(((((((.....((((.......))))..)))))))((((((((((....(((((....))))....)...).)))))))))....................(((((((...(((..........)))...)))))))((((((((((((..............))))))))))))...(((....(((((((..((((((....(((.......)))....))))))...)))))))..)))........)))).....))))..))))))))))))))....((((.......)))).)))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......))))))).................((.((((((((((((((.((((...(...((((.....)))).)((...........))(((((((.....(((((.....)))))..)))))))((((((((((....(((((....))))).......).)))))))))............(((((((((((((((...(((......))).......)))))))((((((((((((..............)))))))))))).......(..(((((((((((((((....(((.......)))....)))))))).))))))).)..........................))))))))...)))).)))))))).)))))).))..)))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............((((((((((..........(((((..((((....)))).....(((.....))).[[[[[..)))))....]]]]]..(((.[[[[[[[)))..(((((.....)))))..]]]]]]](((((((((......((((....))))(((....))))))))))))....(((((..(((.((((((....)))))))))..)))))..........(((((((.((((((((((((.....((((((((.((((((....))))))))).)))))......))))))))))))((((((((((..................)))))))))).)))))))..............))))))))))(((.[[[[)))..]]]]....))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((((.((((..((((((((((((((....))))...(((....))).(((((...))))).................(((((((.....(((((.....)))))..)))))))((((((((((....(((((....))))).......).)))))))))....(((((..(((.((((((....)))))))))..))))).((((....))))......(((((((((((((.(((..(((((.((((((....)))))))))))..))).))..))))))))))).((((((((((..................))))))))))...))))))...))))..))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((.((((..((((((((((((((....)))).........((...((((.....)))).))..............(((((((......(((.......)))...)))))))((((((((......(((((....)))))..........))))))))....(((((..(((.................)))..))))).................(({{{{{{{{{{..........{{..{{{{{{))....}}}}}}.}}((((((((((((}}}}}}}}}}.[[[[[[[[[[....)))))).)))))).]]]]]]]]]]...))))))...))))..))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((...(...((.(((((((((((....(.((....................)))...........................................((((.......(......)))).)....((((.............((((......(.......))).........).....)))))......................(.(((((.((.(...........))).)))))).......................................(((.((...........))..))).............................))))))...)))).)))...)..)))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......))))))....((.....))...(.((.((((((((((((((.((((.......(((((...))))).................(((((((.....(((((.....)))))..)))))))((((((((.(....(((((....))))).......)..))))))))....(((((..(((.((((((....)))))))))..)))))..................((((((((((((((.(((..((((.(((((((....)))))))))))..))).))..)))))))))))).....................((.....(((((((..(.(.....).)...)))))))....))...)))).)))))))).)))))).)))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..........((((((((((((..)))))...(((....))).(((((...))))).................(((((((.....(((((.....)))))..)))))))(((((((((.....(((((....))))).........)))))))))....................(((((((......................)))))))...((((((((((((.(((((((((....(((((((..))))))))))))))))......))))))))))))((((((((((..................))))))))))...)))))))............))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.(((((.......(((((...........))))).....(...(...........................................................................((.((((...........)))).))....(((((..(((.((((........)))))))..))))).................((((((((..................)))))))).................(((((..........(((.........)))..)))))...................))..)))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.(((((.(.....(((((...........)))))....((...(...........................................................................((.((((...........)))).))....(((((..(((.((((........)))))))..))))).................((((((((..................)))))))).................(((((..........(((.........)))..)))))...................)))))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......))))))..................((.((((((((((((((.((((....((.((((.((((...(((((.((.....)).)))))..((((((.(((.(((((((((..((((....))))..)))))....(((((....)))))..(((((..((.((((((....(((....)))....)))))).))..)))))..)))).))))))))).(((((((.((((((((((((.(((.(((((..((((((((....))))))))..))))).)))..))))))))))))((((((((((..((..........))..)))))))))).)))))))........))))..)))).)))))).)))))))).)))))).)).))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......))))))...(((.....)))..(.((.((((((((((((((.((((((((...(((((...))))).))))............((((((([[[[[(((((.....)))))..)))))))((((((((......(((((....)))))..........))))))))....(((((..(((.((((((....)))))))))..)))))..]]]]]..........(((((((((((((...(((.(((((.(((((((....))))))))))).)))).....)))))))))))))(((.....(((...)))..{{{.{{..{{{{{{)))(((.....)))....}}}}}}..}}}}}..)))).)))))))).)))))).)))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((((...................(((((..........)))))...........................................................................................................................................(((((........................)))))...((((..........................)))).................(((((..........(((.........)))..)))))............................................)))))))................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......))))))..................((.((((((((((((((.((((.(((...((((.....)))).)))......((((((......(((((((.((.(((((((((..((((....))))..)))))....(((((....)))))..((((((..(.((((((....(((....)))....)))))).)..))))))..)))).)))))))))......((((((((((((...(......)...)))))))))))).))))))((((.(((((((((....((((..(((((((((((((..((..........))..)))))))))).)))...))))....))))))))).)))))))).)))))))).)))))).)).))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((((.......))))))).....((((((...((((..((((....)))).....(((.....)))........))))))))))........(((((...))))).....))).(((((..((((....))))..)))))....(((((....))))).((((((((((((.((((((..(((((..(((.((((((....)))))))))..)))))...)))))).(((((((.((((((((((((((...(((((..((((((((....))))))))..)))))..))..))))))))))))((((((((((..((..........))..)))))))))).))))))).))))..))))))))........(((.(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......)))))))..............((.((.((((((((((((((.((((((((...((((.....)))).)))).....((((((......((((((.(((.(((((((((..((((....))))..)))))(((((((((....))))(((((.((((.((((((.((........)).)).)))).))))))))).))))).)))).)))))))))......((((((((((((...(......)...)))))))))))).))))))((((.(((((((((....((((..(((((((((((((..((..........))..)))))))))).)))...))))....))))))))).)))))))).)))))))).)))))).)))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(....))))))).((((((...)))).)).((.((((((((((((((..((.(((((((((.(((((..(......).))))))).)))((((((.(.(..((((.......))))).))))))).(((((((((((.((((((....)))))..).)).)).)))))))))))))......((((((((((((((((...............((...)))))))((((((((((((((...(......)...)))))))))))))).(((((.(((((((((((((((.......................))))))).)))))))..).)))).).......((..))...)))))))))))...(..))))))))).))).))))).))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((.......).)).)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((.......))))))..................((.((((((((((((((.((((.......((((.....))))......................((((((.....(((((((((..((((....))))..)))))....(((((....)))))......................................................))))....))))))..((((....((((((((((...............(((((......)))))................)))))))))).((((((((((..................))))))))))...))))......................)))).)))))))).)))))).))..)))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..(((((.(((((..((((((((((((((....))))...........((((.(((((((((.(((((.((.....)).)))))..(((((((.((.(((((((((..((((....))))..)))))....(((((....)))))..((..((..(.((((((....(((....)))....)))))).)..))..))..)))).)))))))))...........))))))))))))).(((((((.((((((((....)))))))).(((((((((((((((..((((.....))))......)))))))).))))))).))))))).....))))))...))))..))))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.......)))))))..(((.....))).((((..(((......))).....(((((....((((.....)))).(((...........))).))))).....(((((.....))))).(((....))).....))))....((((....)))).(((((.....))))).(((..........(((.((((....))))))).(((....))).((((....)))).(((((....))))).)))........(((((....))))).(((..(((.....)))(((......((((.....)))).((((.....)))).))).((((....)))).....((((((((((........)))).))))))..(((((.......))))).))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......))))))..((((.....)))).(((..((((....)))).....(((.....)))........))).((............((((..[[[)))).(((((..<<<))))).(((....)))>>>...(((((....]]]))))).((((((...aaaa))))))...........AAAA.((((....))))....(((....))).((((....)))).(((((....))))).))....(((.{{{{)))((((....))))..}}}}.(((((.(((......((((.....)))).((((.....)))).))).((((....))))....))))).(((((..........)))))......(((((.......))))).))))))....

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