RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00698

RNA: TMR_00698
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((...........))))))...((((..(((((........(((((((((((........))))..)))))))..........)))))..)))).............((((((.........))))))((((((((((((...........))))))))))))......................(((.((....))..)))........................((((..((((.(((((....))))).))))..)))).....................((((((......))))))...(((((...((..(((((.......)))))..)).))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((........((((((..(((((..........................................................................((((.........))))...((((.........................))))........................................................................................................................))))).....))))))........)))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.((((.......)))).))))....(((..[[[)))..]]]((((.[[[[[[[....))))..........]]]]]]]............((((.(((....))).))))..((((((.........))))))((((((((((((..[[[[[[[[[)))))))))))).....]]]]]]]]].(((....[[[[.))).....]]]]...((((.[[[[[......)))).((((..((((.(((((....))))).))))..)))).]]]]]..........((((((.[[[[[.(((((((...)))))))))))))..(((((.......)))))...]]]]]...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((....))..))))))).(((((..(((((........(((((((((((........))))..)))))))..........)))))..))))).((((((.(((.((((((.........))))))((((((((((((...........)))))))))))).........(((((.(((....((((.((...)).))))...))).)).))).(((((..((.((((..((((.(((((....))))).))))..)))).))...........)))))..(((((((....)))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((............................(((((((((((........))))..)))))))............((((.(((....))).))))...(((((.........))))).((((((((((((...........))))))))))))...............(((....((((((....))).)))...)))..............(((.[[[[..[[[[.[[[[)))...]]]].]]]]..]]]]..........................................{{{))))))...(((((.......))))))))))))}}}.
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.((....))..))))))......................(((((((((((........))))..)))))))............((((.(((....))).))))..((((((.........))))))((((((((((((...........)))))))))))).........(((((.(((....((((.((...)).))))...))).)).))).(((((..((.((((..((((.(((((....))))).))))..)))).))...........)))))..(((((((....)))))))...............(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((...(((((((......[[[[[[[[.......(((((............)))))....)))))))........)))))))))))(((((((..(((((((((((((((((.........))))))((((((((((((...........))))))))))))..........(((..)))........))))))....((((((((((((((((.((((((((...)))).......)))).((((.....)))).......)))))......)))))).....))))).(((((((...))))))))))))....)))))))....))))..]]]]]]]]..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((bbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbb(..iiiiiiiiiiiiiiiii.iii(..((((jjjjjjj(.<<<<(..{{{{{{{{{.......{{(ggg))))ccccc....)>.))))))).(((((((.eeee.)>>>J((((((((((((..[[[[[[[[[)))))))))))).((..]]]]]]]]]JJJJJJ.))..aaaaaaa.((((h((ffffff..)III...H)))).))))))).IIIIII.)BBBBBBB.)F((.BBB....BBBBBBBBB..)GGAAAAAAA.IIICCCCC.FFFFF)G}}.BBB..}}}}}}}}}.ddddd.EEEE))DDDDD.IIIIIIII..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((......................)))))........(...(.....................(.((((.........)))).)((((((..(((.............)))..))))))...............(((((((................)))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.((....))..))))))..(((((..(((((........(((((((((((........))))..)))))))..........)))))..)))))..[[[[.)))))))...]]]]............((((((((((((..<<<<<<<<<)))))))))))).....>>>>>>>>>.(((...{{{{{{)))..(((((((..(((((((((((.(((....)))((((..((((.(((((....))))).))))..)))).)))))......)))))))))).)))...}}}}}}.......(((((...((..(((((.......)))))..)).))))).
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((((((..((...(((..((((((..((((((....((((.(((((((((((........))))..)))))))............((((.(((....))).)))).....)))).....)).))))..((((((((((((...........)))))))))))).))))))...)))...))....((((((....)).)))).....)))))))..(((((..((.((((..((((.(((((....))))).))))..)))).))...........)))))........)))).)))).((((.((((........(((((.......)))))))))))))...
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((..((((........))))..))))).(..)(((((((...))))).)).(((.............).))..(((...((....((.(((....(..(.....(((((((.(......)))))))((((((((((((...........)))))))))))))((.(((.(.(((..)))).))))).......(((((((((.........((((((((.((((((..))))))).))))).)).))))).))))))...))).))...)).))).((......)))))))))))).(...)(((((...((.(((((((.....)))))).))).))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((..((....(((((((..............(((((((((((........))))..)))))))............((((.(((....))).))))..(((((((......).))))))((..((((((((...........))))))))..))........(((((.........(((.((....))..))).....................((.((((..((((.(((((....))))).))))..)))).))...........)))))............)))))))....))..)))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((..((....(((((((((.(((((.((((.(((((((((((........))))..)))))))............((((.(((....))).)))).....)))).........((((.((..((((((((...........))))))))..))..))))..(((((.((((....((((((....)).)))).((.......))....)))).((.((((..((((.(((((....))))).))))..)))).))...........))))).))))).)...))))))))....))..)))))...(((((.......))))))))))))....
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((...........)))))).((...bbb.))....(((((.<<<...<<<<<)))))...>>>>>(((..>>>.............))).......((((...aaa)))).((((......(((....))).(((((((...{{{{{{{{{.))))))))))).....}}}}}}}}}.AAA....((((((....)).))))...BBB..(((((....((((((....)).)))).(((((....)))))..[[[[[[....)))))...((((.((....))))))...((((((.....))))))]]]]]]...((((.......)))).)))))))....

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