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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00699



RNA: TMR_00699
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((((((...(((....)))..)))(((((...............)))))..........).)))...................((((((.........))))).)..........(((((..(((........)))..)))))..................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....((((..(((((.......((((((.(((...(((((........((.........)).......)))))...))))))))).((((((((..((((((((..(((((((((((((((..(((........)))..))))).....)))))...............((((((((((.((.....(((((((((((..........))))..))))))).)))))..))))))).....)))))...))))).)))((.........))...))))).))).)))))..))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((((((...........................................................................................(((((((...............................)))))))................................(((((((....................)))))))..((((((.(((((((........)))))))))))))...................)))))))......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((...........(((.(((((.((((.........)))).................................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((((....................))))))...(((((.((((.(((........))).)))))))))...................)))))....)))..........))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))(((................((((((.......))))))..........)))........((((....))))(((((((.......(((((.........)))))......(((((((((((.......(.........))))).....)))))))..................((((....((((........))))....))))..(((((...........(((((.((((.(((........))).)))))))))........)))))............................)))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((........(...(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((........................))))...((((.(((((.(((........))).)))))))))...................))))))...)))...).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....((((..(((((((((.....((((((...............)))))).............................((.((.((((.........))))..)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((((........))))....))))..((((((((....))))(((((.((((.(((........))).))))))))).........))))......)))))...))))..))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..((((..(((((((((((((((.(....))))))).....................((((....))))............(.(((((.........)))))..).(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)................((((....((((.(....).))))....))))..(((((...........(((((.((((.(((.(....).))).)))))))))........)))))......))))))...)))..))))...............(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..............((((((((.(.....(...(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((((.......))).)....))))..................((((.(((((.(((........))).)))))))))...................))))))...)))...).....)))))))))....((((.......))))..))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))......(((((...(((((.[[[.))))).)))))........]]]...........((((....))))((((((((......(((((.........)))))......(((((((((((..(((..[[[[[.)))..)))).....)))))))...........]]]]]..((((....((((..[[[[[[))))....))))..........]]]]]]..(((((.((((.(((.[[[[[[[))).))))))))).........]]]]]]]........................))))))))....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((.(((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))...((((........((.((((....((((........))))....)))).))..........)))).(((((.((((.(((........))).)))))))))...............))..)))))))..((((........)))).)))))))(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.......{{{{{{{{)))...(((..(((((((((((((((.......)))))).....................(((......)))..............(((((.........)))))......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((((...[[[[.))))....))))...........]]]]...((((..((((.(((........))).)))).))))...................))))))...)))..))).....}}}}}}}}...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.........(.((((((...((..(((....)))..))..(((((.((...)).....)))))...........)))))).........(((((((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))..................((((...(((((.(....)).))))...))))..................(((.((((((.(((.(.....)))).))))))))).....................................)))))..))))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((.(((((((((((((.......))))))........((((.........((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................(.((((....((((........))))....)))).)............((..((.....))..))(........)....)))).......................)))))))..((((........)))).)))))))(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((((((((((.....((((((...............))))))..........(((....((((((..((((((.....((((((........(((...)))(((((((....(((....)))........[[[[[[...)))))))............)))))))))))).]]]]]].(((((((....................)))))))......)))))).))).((((((((((..))))..............))))))...)))))))..((((........))))))))))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((......(((..(((((((((((((((.......))))))..........((............))................((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))................(.((((....((((........))))....)))).)................(((((.((((.(((........))).)))))))))...................))))))...)))..))).....))))))))...(((((........)))))..........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((...........((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....))....................(.(((((((((((..(((........)))..))))).....)))))).)..................)))).........((((........................))))...(((.((((((.(((........))).)))))))))...................))))))...)))..........))))))))...............................
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((......(((..(((.(((((((((((.....)..))))).....................((((....)))).........(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((...(......))).....))))..................(((((.((((.(((........))).)))))))))...................)))))....)))..))).....))))))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((................))))))))..................(((((.(((..(((........)))..))))))))...............)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((......(((..(((.((((((((((.........))))).....................((((....)))).........(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((...(......))).....))))..................(((((.((((.(((........))).)))))))))...................)))))....)))..))).....))))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((......(((..((..(((((((((((.....)..)))))..........((............))................((((..((((.........))))...))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((........................))))..................(((((.((((.(((........))).)))))))))...................))))).....))..))).....))))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((.(((((((.....((((((...............))))))......((((((.............((((((.(((((((.........))))).))...(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))..................)))))).(((((((.((((.(((.(((.((((..((.(((((....)))))....))....)))).))).))).)))).)).)).))).........)))))).)))))))..((((........)))).)))))))(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((.....)))))))).)(((((((((((((((((((((.......))))))........((((.........((((....)))).....(((((..((((((([[[......))))).))...(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))............]]]....)))))..((((........))))........................((((.....))))(((........)))..)))).......................)))))))..((((........))))))))))))((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....((((..(((((....((((((.......)))))).......(((((.........((((....))))...((((((((.(((((..........((((........(((((((((((..................))))).....))))))..................((((....((((........))))....))))...........))))..........))))).)))).)))).....))))).............................)))))..))))....))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....(((...............)))(((((...............)))))...................................(((((.........)))))......(((((((((((..................)))).....)))))))..................((((....((((........))))....)))).......................(((((.(((........))).)))))..................((((......)))).............))))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((...........((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((.(((((((.........)))).))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....................))))..........(((((....................)))))....(((((.((((.(((........))).)))))))))...................)))))...))))..........))))))))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((.(((((((.....((((((..(.........)..))))))......((((((.............((((((.....((((((.....((((.......((((..((..(.(((....))).)..))..))))....))))..((.....)).....)))))))))))).(((((((.((((.(((.(((.((((..((.(((((....)))))....))....)))).))).))).)))).)).)).))).........)))))).)))))))..((((........)))).)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...((((((((.....)))))))))))))).((.(((....((((((.......))))))..........((.........((((....)))).........))....))).))......(((((.......(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))...((((........((.((((....((((........))))....)))).))........((.((((((.....)))))).))..)))).))))).(((((..........((..(((((..(((............)))..))))).))....(((((........)))))....))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((((((((((((((((.......))))))....((.(((((.........((((....))))(..((((((((.(((((.((((.((.(((...((((.(.(((((((((((..(((........)))..))))).....)))))).)...(((........))).((((......))))))))))))).))))((..(((((.....))))).)).....))))).)))).))))..)..)))))..))..................)))))))..((((........))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...((((((.(......)))))))))))))..(((((.((.((.(.(((.((((..(((((..((..))((.(((...........))))))))))..)))))))).))))(((..(..).(((..))))))((((((.((((.((((..((..))))).)))))......)))))).(((((((...((((((((.(...(((.((((......)))(((((....((..))...)))))....(((((.(((..((((......))))..)))))))).)))).....((..)).((......)).)))).)))))..))))))..).((((((((.....))))))..)).))))).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((.(...((((((((......(....(((((((((......(((((..((...))......))))).......(((((........(......((.((.((.((((.........))))..)).))((((((.((((..(((........)))..))))......))))))..(...(......(..(.((((....((.((.....).).))....))))...)......)...).).(((((.((((.(((........))).))))))))).....))..)...))))).)))))...))))......)...))))))))............).)))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.....))))))))..(((((((.(((((((......(((((...............))))).......((((((.............((((((.....((((((.................((((((.((((..(((........)))..))))......))))))............))))))))))))..((((((.((((.(...(((..(((.............................)))..)))...).)))).)).)).))..........)))))).)))))))..((((........)))).)))))))(((((......))))).)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((..........)).....(((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))..................((((....((((........))))....))))..................((((.(((((.(((........))).)))))))))...............))..)))))))...((.(((((.....))))).))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((..((((.....))))..))..(((((((.(((((((((((((.......))))))....((.(((((.........((((....))))...((((((((.(((((.......((.((((...(((..(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))...............((.((((....((((........))))....)))).)).)))....)))).)).......))))).)))).)))).....)))))..))..................)))))))..((((........)))).)))))))(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.....)))))))).))))...(((((.........((((((...............))))))........((((....)))).........))))).((((.........))))....)))))....(((((..................)))))..(((((...((((.............)))).(((......)))))))).((((..........))))..((((.((((((.....)))))).((((........))))....))))........(((((((......))).((((........))))..))))..(((((........)))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.......(((((.....))))).((((.[[[[[..))))...((((((bbbbb..)))))).......BBBBB.........((((....))))...............((((.........))))]]]]].((((((((..<<<<<<<(((((....)).)))<<<....))))(((((..........)))))>>.((((..>>>.))))...)))).(((((((...)))>>..)))).(((((({{{..)))))).}}}...(((((.....>>>)))))........(((((((......)))).(((....aaaa)))....)))..(((((AAAA...))))).))))))....