|
|
|
GGGGCUGAUUCAGGAUUCGACGGGAAUUUUGAAACCCGAGGAGCAUGUCGUGGGGCGGUUGGCCACGUAAAAAGCCGCAAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACGCACUAGCAGCUUAAUAACCUGCUGAGAGCUCUCCUGCCCUAGCUUCUGCUUGUAAGACGGGGAAUAACAGGGGAUCAAACCCAAACGAGCUAGAACGGAUUCUCCCGCCUGAGAGAUGAACUUCGAAUUAUAAUUCAGGAUAGCCAUAAGAUAGCGUGUCGGUUCGCAGUUUUACGGUGAAAUCAAAGAUCGACUAAACAUGUAGCGCCAACGGUGAACGAUUUUCGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.(...(((...((.(((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>..............................((.((.((((.........))))..)).))(((((((((((..(((..aaaaaa)))..)))).....)))))))..........AAAAAA..(((.....((((...[[[[[)))).....)))..........]]]]]...(((.(.(((..(((.{{{{{{{)))...)))).))).........}}}}}}}...)))))...).))...)))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((..(((..((......))..)))((((((............))))))..........)..)))..................((((((.........))))).).....((((((((((..(((........)))..)))).....))))))......................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((((((((((......((((((............)))))).......((((((....((((.......((((..((((((.........))))))...(((.(((((...((..((((((((((.....(((..................)))..)))))).))))((((.((((........)))).....)))).....))...))))).))).........)))))))).(((((.........))))).........)))))).))))))..((((...)))).....)))))))..((((((....)))))).))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................((((((.........)))))).....(((((((...............................))))))).................................((((((....................)))))).......((((((((((........)))))))))).................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((...........((..(((((......(((((..............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))..........))))))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((..................(((((........................((((....))))..............(((((.........))))).((....))..((.((....................))......))(((.......)))..........................................((((....))))......(((.((((((.(((........))).)))))).)))............................)))))............)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((........(...((.((((((......((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........)))))).).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((........................))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...................))))))....))...).......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((......(((...((.((((((..((((((((((............))))))..............................((.((.((((.........))))..)).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))......)))).........(((.....((((........)))).....)))........(((....((.(((.((((((.(((........))).)))))).)))...))....))).......)))))...).))...))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((((.....((((...((.((((((........................((((....))))..............(((((.........)))))((((())))).(((((((((....)))........)))).....))(((.......))).........................(((..............(((((()))))))))...(((.((((((.(((.(....).))).)))))).)))............................)))))).))..)))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((..........)))..((.((((((......(((((..............))))).........((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................(((.....((((.......))).)....)))...................((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))...................))))))....))................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((..[[[))))))))))..]]]..........(((((.[[[[[[..))))).....]]]]]].........((((....)))).........(((.((((((.........)))))).[[[[[....)))...]]]]]..((((((....[[[[........(((.......)))..)))))).((((....))))]]]]((((((..((((........))))..))))))...(((.((((((.(((.[[[[[[[))).)))))).))).........]]]]]]]......(((..((((...)))).)))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((.(((.(((..((((((((((............)))))).........((((....))))............((..((((..........))))..)).(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....)))).))).)))....(((......)))((((((..((((........))))..))))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...............(((......)))((((...)))).......)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..((((((.............((((((............)))))).........((((....))))..............(((((.........)))))......(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................(((((......................)))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))............................................))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.((((..(((...((((((...((..(((....)))..))..(((((.((...))....)))))...........)))))).........(((((.(((((((((.........))))).)))).(((((((((((..(((........)))..)))).)....))))))..................((((...(((((.(....)).))))...))))..................((((((((((.(((.(.....)))).)))))))))).......................))))).))).)))).))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..((((((.....(((((...((.((((((........................((((....))))..........(..((((((.........))))))...)..((((((((((..((..........))..)))).....))))))......................(((......)))((((((..((((........))))..))))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...............(.(......).).)))))).))..)))))))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((((((((((((((([[[[[....)))))..................((((((....((((.......((((..((((((.........))))))...(((.(((((..(((((((((((((((...)))))......)))(((......)))....)))))))..(((((((((]]]]].)))))......))))..........))))).))).........)))))))).(((((.........))))).........)))))).))))))..((((...)))).....)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.((((((((.....(((...((.((((((..(((.((((((............)))))).........((((....))))..............(((((.........)))))..((..(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))))...................(((......)))((((((..(((..........)))..))))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...............))).))))))....))...)))....))))))))..))).......................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((...........((.(((((((((((.........))))).......((((.........((((....)))).........((...(((((.........)))))....(.((((((.((((((......))........)))).....))).))).)................))))))........((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....))..........))))))))............................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))......................(((((((..............)))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.......(...(((.((((((((((.........)))))......(((...........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))......................((((........(.....).....)))).............)))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))....)))...)......))))))))............................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))......................(((((((..............)))))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.......((..((..((((((((((.........))))).....((((...........((((....))))(........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))......................((((........(.....).....))))...........).)))).((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))..))......))))))))............................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((......((...))..((((((((((.........)))))....................((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))......................(((......................)))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).................))))))))............................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....)))))))))).((((.(((((.((.(((((.((((((............)))))).........((((....)))).....))))))).((((((.........))))))...)))))..(((...(((....))).)))...))))........((((((..(((((...((........(((......)))((((((..((((........))))..))))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))....((.(((((((.(((......)))((((...))))..))))))).)).)).)))))...)))))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..((((((......((((......((((((........................((((....))))............(((((((.........)))))).)...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..........(((........((((...).)))((((((..((((........))))..))))))...[[[.[[[[[[.[[[))).....]]].]]]]]].]]]...............(((......))).)))))).....)))).))))))..((((((....)))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((((((((((......((((((............)))))).......((((((.((((..((((...(((((..((((((.........)))))).....(((((((((((..................)))).....)))))))..............((((.......(((((......))))).........((((....))))....)))).........)))))....))))..))))..................)))))).))))))..((((...)))).....)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................((((.....(((..............)))((((((............))))))....))))............(((((..(((....((((((.........)))))).....(((((((((((..................)))).....)))))))..................(((.....((((........)))).....)))................(((...((((((.(((........))).)))))).......(((...)))...))).................)))......)))))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((......((...))..((((((((((.........))))).......((((.........((((....)))).........((....((((.........)))).....(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)....................))))))......(((((.....................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).................))))))))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..((((((.....(((((...((.((((((..........((..((......((((((.((((..((((...(((((..((((((.........)))))).(.(((.(((((..(((((((...((((.....))))........(((.......)))....)))))))..(((((((((.(......).)).))).))))..........))))).))))........)))))....))))..))))..(..((....))..)..))))))....))..)))))))).))..)))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((.(((.((.((((..(((...(((((..(((...((((.((.(((((.((((((............)))))).........((((....)))).....))))))).((((((.........))))))...)))).....((((..(((........)))..)))).......)))..))))))))...)))))).)))))).........((((((..((((........))))..))))))....)).((((((.(((........))).)))))).((((...((.(((((((.(((......)))((((...))))..))))))).))..(((((........))))).....)))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((((((((((((..((((((((((............)))))).........((((....))))((.......((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..((((.....).)))..)))).....)))))))))...))))..(((.((....(((......)))((((((..((((........))))..))))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))........)).))).....))))))..((((...)))).....)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(......))))))))).)(((((((.(..)(((((..((.((((((((((((((((..((.(((...........))))).(((((....(((.(((((((((........))))))..((((((((((((((((((((.((((.((..........)))))))))......(...)..))))))(((..)).)((........)).((..))(...)......)).)))))))))(....).))).)))...)))))..))))))).)))..(((...)))...(((((..))))).))))))))..))))))))))))..(((((.((..)))))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.....((((((((.((...(....((.((((((......((((((.((...))....)))))).......((((((....(........((...(...(((((.........)))))...((.(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............)).)...)).........(((((...((.........)...)...)))))...(((.((((((.(((........))).)))))).))).........)..)))))).)))))...).))...).))...))))))))..............)))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....))))))))))..((((((......((((...((.((((((........................(((......))).......((((..((((((.........))))))...(((.(((((..(((((((...((((.....))))........(((.......)))....)))))))..........................................))))).))).........)))).................................................)))))).))..)))).))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............(((..........((((.((......)).))))((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))......)))..............((......)).(((((......................)))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...............(((......)))..((.................))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..((((.....))))..))))..((((..(.....((((...((.((((((..........((..((......((((((.......((((((((.((.((..((((((.........((((..(((((.....((((..(((........)))..)))).......(((.......)))....)))))....(((......)))((((((..((((........))))..)))))).))))........))).)))..)).)).)))))).)).((....)).....))))))....))..)))))))).))..)))))..))))..(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((.....)))))))))).(((..((......))..)))..(((.(((..........)))...........((((....))))....))).......(((((.........))))).((((((..........))).))).(((((.............))))).................((((.......(((((......)))))..((((...((((....))))..((((((.........)).)))).))))...((((..((((..........))))...))))...))))........((((.....))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.((((.{{{{.....)))).}}}}..((((..(((....))).((((((..........)))...........((((....))))...))).......((((((.........))))))...)))).))).((((...[[[[[[[[[[.....)))).......(((((((........]]]]]].]]]]..))).))))...((((((...((((...((((....))))..((((((.........)).)))).))))...(((...((((..........)))).............(((.....))))))...))))))..(((((.......))))).)))))).... |
