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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00703



RNA: TMR_00703
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((...((((((((((((((<<<<<<...))))).......>>>>>>.............................((.((.((((.........))))..)).))(((((((((((..(((..aa.aaa)))..)))).....)))))))..........AAA.AA..(((.....((((...[[[[[)))).....)))..........]]]]]...(((((.(..(.(((.{{{{{{{)))..)..)))))).........}}}}}}}...)))))...))))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((..(((....)))..)).(((((...............))))).........((((....)))).........((.(.(((((.........)))))..).))((((((.((((..(((........)))..))))......))))))..................(((.....(((..........))).....)))......................((((((.(((........))).))))))....................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((...(((((.......((((((.(((...(((((........((.........)).......)))))...))))))))).((((((((....(((((...((..(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))))).((((...(((((((((....((((.(((.(((............)))((((....)))).))).)))).....))))))))).)))).)))))..(((.............)))...))))).))).)))))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((.....))))))............(((((((...((((((...................................................)))))).........................(((((((...............................))))))).................................((((((....................))))))...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))))......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....(((...(((((((((......(((((...............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))................................((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))...)))....))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.((((((.....)))))).)).((((((...((((((((((((.......)))))).....................((((....))))..............(((((.........)))))....(.((((((((((.......((.........))))).....))))))).)....................(...((((........))))....)...((((....))))......((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))).....................))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((........(...(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((.(.(((((.........)))))..).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((........................))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...................))))))...)))...).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((...(((((((((.....((((((...............)))))).............................((.((.((((.........))))..)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................(((.....((((........)))).....)))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((((.....)))))).)))(((((((..((((((((((((.(....))))))).....................((((....))))............(.(((((.........)))))..).(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)................((.((...((((.(....).))))....))))(((((())))))......((((((((((.(((.(....).))).))))))))))...................))))))...(((..........))).)))))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.......(...((((((((((((((.........))))).....................((((....))))..............(((((.........)))))....(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)................((((....(((.((....).))))....))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))...)))...)......))))))))...............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....(((((((((((..(((....[[[[[[.)))...........]]]]]]........((((....)))).........)))))(((((.........)))))......(((((((((((..(((.[[[....)))..)))).....)))))))............]]].....(((...((((...[[[[[))))....)))...........]]]]]..............(((.[[[[[[.)))...(((((.....)))))...]]]]]]............(((..........)))..))))))(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((((.....))))))))).(((((((.(((((((((((((.......))))))..........((.........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)).(((.(((.............))).)))..)))))))..(((..........))).)))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....((((((((.((((((((((((.......)))))).....................((((....))))..............(((((.........)))))......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....(((...((((((((....................................................[[[[[[[)))))))).)))......]]]]]]].....................))))))....))...............))))))(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((..........(.(((((...((..(((....)))..))..(((((.((...)).....)))))...........)))))..........(((((.(((((((((.((...)).))))).))))..((((((((((..(((........)))..))))).....)))))...................((((....((((.(....).))))....))))...........(..((..(((((.((((.(((.(.....)))).)))))).)))....))...)...........................))))).)))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....(((((((.(((((((((((((.......))))))..........((.........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((...(........).((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).....))...((((..((......))..)))).)))))))..(((..........))).)))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....((((((((((((((((((([[[[[[.....))))...................((((((..................(((((............(((((.......(((((((((((.....]]]]]].......)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((....................))))))...........))))))))).)))).)))))....)))))...........)))))).)))))))..(((..........)))))))))))(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((...(.....)..((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....))....................(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)..................))))........(((((........................)))))..(((.((((((.(((........))).)))))).)))...................))))))...)))...........)))))))...............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((hhhhhhh..(({{{{{(.nnnnnnnn(bbbbbbb(.(d((((((o(....(((((........aaaaaa....a(.llllllll.lll.)).f(jjj[((.ggggggg)AAAAA])fffff((.)AA)JJJ.))))O)iii()))))D)eec..FFFFFF)e(....mmm.mmmmmmmmm)))))))))).(((((((.)M..<<<<))LLL..)CEE.IIIGGGG.)Gkkkkkk..MMMMMMMMM)BBBB)B))))))).MMEHHHHHHH..))))BBNNNN.NNNN}}}GG)..KKKKKK....LLLLLLLL...(((((>>>>.}}))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......((..(((.((((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((................))))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....(((...(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....................))))........((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........(.....)...)))))....)))...)))....))))))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((................))))))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....(((...(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....))))(....)...(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....................))))........((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........(.....)...)))))....)))...)))....))))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....(((...((..((((((((((.........)))))........((............(((....))).(....)...(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))......................))........((((((......................))))))..((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))...)))....))))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....(((((((((...(((((.....))))).)))))......(((((.((........((((....))))....(((((((....)).(((((....(((((.......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)))))(((((.....))))).........)))))..)))))........))...)))))..))))(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((((.....))))))))).(((((((((((((((((((((.......)))))).....................((((....))))............(((((((.........))))).))...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).))))..........((((..(((....)))..)))).)))))))..(((..........)))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....)))))).......((((((...(((((.....))))).)))))).....(((((...........((((....))))....((((((.................(((((.......(((((((.......(((((.........))))).....)))))))...((((...(((((((((....((((......((((((....................))))))..)))).....))))))))).)))).)))))....((((..............))))....)))))).............)))))......(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..........................((((.............))))(((((...............))))).........((((....))))..............(((((.........)))))......(((((((((((..................)))).....)))))))..................(((.....((((........)))).....)))..................((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......)))).........................................)))))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((...........((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)))))).........(((((......................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))..........))))))))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....(((((((((...(((((.....))))).)))))......(((((.((........((((....))))....(((((((....)).(((((....(((((.....(.(((((((((((..(((.(....).)))..)))).....))))))).).((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)))))..(((..(.......)..)))...)))))..)))))........))...)))))..))))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.......((((((.....))))))..(((.(((..((((.(((((((((.......))))))..........)))........((((....)))).........))))...))))))........)))).(((((((((((((((..(((........)))..)))).....))))))...........(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))))...((((((.......((..((((((.......(((.........)))......))))))..)).(((((.......)))))....)))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....(((((((((...(((((.....))))).)))))......(((((.((........((((....))))....(((((((....)).(((((...((((((.....(.(((((((((((..(((.(....).)))..)))).....))))))).).((((...(((((((((....((((.(((.(((............)))((((....)))).))).)))).....))))))))).)))).))))).)(((..(.......)..)))...)))))..)))))........))...)))))..))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((((..........))))))))))(((.(.(((((((((.((..))))))))..).))))))((.(((..)))))......(((((((((((.(.(.(.(((((((((.....(((..)))(.((((((((((((..(((((((..)).))).)))).).).))))))).((...((((.(((((((..((..))((((......)))).(((((.(((((.(...........)))))).))))))))))))...........)))).))...(((......))).))))))).))).)...(......))))))))))))).))(((((.....))))).)))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((.(.(.((((((((...........(((((((((......(((((..((...))......))))).......((((((.....(.(.(.......((.((.((((.........))))..)).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))..(..........)...).)).............(((((......................))))).(.((((((((((.(((........))).))))))))))..........).)))))).)))))...))))..........))))))))....).......).)))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....((((((.................................................((((....))))..................((((.....(((((.......(((((((((((..(((.(....).)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..............((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).))))).........................)))).........................))))))(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((...(((((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))...................(((.....((((........)))).....)))...................(((((((((.(((........))).)))))))))................))..))))))...)))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....))))))....(((((((.(((((((...((((((.(((((...(((....))).)).........((((....)))).....)))))))))....(((...((.(((((.......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)))))))...)))...................)))))))..(((..........))).)))))))(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((.....))).((((....)))).((((.........((((((...............))))))........((((....)))).........)))).(((((.........)))))..(((((((((((.......(((((.........))))).....)))))))..........((((((((.......(((((......))))).........((((....)))).((((....))))..))))))))..))))...(((...((((..........)))).(((......))).))).....((((.....))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((.....))).((((....)))).((((....((((.aaaaaa....)))).......AAAAAA........((((....)))).........)))).(((((.........)))))....(((.[[[[[....))).((((.........))))......]]]]]..(((.......((((((((.......(((((.<<<<.)))))......>>>>(((....)))..((((....))))..))))))))..((((...{{{....{{{))))......}}}.((((......))))}}}..))).(((.....)))....(((((.......))))))))))))....