|
|
|
GGGGCUGAUUUAGGAUUCGACGGGAAUUCAGAAGUCUGAGGUGCAUGCCGAGGUGCGGUAGGCCUCGUUAACAAACCGCAAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACGCACUAGCAGCUUAAUACCCUGCUCAGAGCUCUCUCGCCCUAGCUUCCGCACGUAAGACGGGGAAUAACGAGAGAUCAAACCCAAACGCGCUAGCCCGGAUUCUCCCGCCUGAGAGAUGAACGGCGAAUUAUAAUUCAGGAUAGUCAUUCAUUAGCGUGUCGGUUCGCAGGUGGAUGGUGAAUUUAAAGAUCGACUAAGCAUGUAGUACCAAUGAUGAAAGGUUUUCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((...((((((((((((((<<<<<<...))))).......>>>>>>.............................((.((.((((.........))))..)).))(((((((((((..(((..aa.aaa)))..)))).....)))))))..........AAA.AA..(((.....((((...[[[[[)))).....)))..........]]]]]...(((((.(..(.(((.{{{{{{{)))..)..)))))).........}}}}}}}...)))))...))))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((..(((....)))..)).(((((...............))))).........((((....)))).........((.(.(((((.........)))))..).))((((((.((((..(((........)))..))))......))))))..................(((.....(((..........))).....)))......................((((((.(((........))).)))))).................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((...(((((.......((((((.(((...(((((........((.........)).......)))))...))))))))).((((((((....(((((...((..(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))))).((((...(((((((((....((((.(((.(((............)))((((....)))).))).)))).....))))))))).)))).)))))..(((.............)))...))))).))).)))))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((.....))))))............(((((((...((((((...................................................)))))).........................(((((((...............................))))))).................................((((((....................))))))...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))))...................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....(((...(((((((((......(((((...............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))................................((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))...)))....))))))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((.....)))))).)).((((((...((((((((((((.......)))))).....................((((....))))..............(((((.........)))))....(.((((((((((.......((.........))))).....))))))).)....................(...((((........))))....)...((((....))))......((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))).....................))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((........(...(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((.(.(((((.........)))))..).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((........................))))...(((.((((((.(((........))).)))))).)))...................))))))...)))...).......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((...(((((((((.....((((((...............)))))).............................((.((.((((.........))))..)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................(((.....((((........)))).....)))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.((((((.....)))))).)))(((((((..((((((((((((.(....))))))).....................((((....))))............(.(((((.........)))))..).(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)................((.((...((((.(....).))))....))))(((((())))))......((((((((((.(((.(....).))).))))))))))...................))))))...(((..........))).)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.......(...((((((((((((((.........))))).....................((((....))))..............(((((.........)))))....(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)................((((....(((.((....).))))....))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))...)))...)......))))))))............................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....(((((((((((..(((....[[[[[[.)))...........]]]]]]........((((....)))).........)))))(((((.........)))))......(((((((((((..(((.[[[....)))..)))).....)))))))............]]].....(((...((((...[[[[[))))....)))...........]]]]]..............(((.[[[[[[.)))...(((((.....)))))...]]]]]]............(((..........)))..))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.((((((.....))))))))).(((((((.(((((((((((((.......))))))..........((.........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)).(((.(((.............))).)))..)))))))..(((..........))).)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....((((((((.((((((((((((.......)))))).....................((((....))))..............(((((.........)))))......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....(((...((((((((....................................................[[[[[[[)))))))).)))......]]]]]]].....................))))))....))...............))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((..........(.(((((...((..(((....)))..))..(((((.((...)).....)))))...........)))))..........(((((.(((((((((.((...)).))))).))))..((((((((((..(((........)))..))))).....)))))...................((((....((((.(....).))))....))))...........(..((..(((((.((((.(((.(.....)))).)))))).)))....))...)...........................))))).)))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....(((((((.(((((((((((((.......))))))..........((.........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((...(........).((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).....))...((((..((......))..)))).)))))))..(((..........))).)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....((((((((((((((((((([[[[[[.....))))...................((((((..................(((((............(((((.......(((((((((((.....]]]]]].......)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((....................))))))...........))))))))).)))).)))))....)))))...........)))))).)))))))..(((..........)))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((...(.....)..((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....))....................(.(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).)..................))))........(((((........................)))))..(((.((((((.(((........))).)))))).)))...................))))))...)))...........)))))))............................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((hhhhhhh..(({{{{{(.nnnnnnnn(bbbbbbb(.(d((((((o(....(((((........aaaaaa....a(.llllllll.lll.)).f(jjj[((.ggggggg)AAAAA])fffff((.)AA)JJJ.))))O)iii()))))D)eec..FFFFFF)e(....mmm.mmmmmmmmm)))))))))).(((((((.)M..<<<<))LLL..)CEE.IIIGGGG.)Gkkkkkk..MMMMMMMMM)BBBB)B))))))).MMEHHHHHHH..))))BBNNNN.NNNN}}}GG)..KKKKKK....LLLLLLLL...(((((>>>>.}})))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......((..(((.((((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((................))))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....(((...(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....................))))........((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........(.....)...)))))....)))...)))....))))))))............................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((................))))))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....(((...(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....))))(....)...(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....................))))........((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........(.....)...)))))....)))...)))....))))))))............................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....(((...((..((((((((((.........)))))........((............(((....))).(....)...(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))......................))........((((((......................))))))..((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))...)))....))))))))............................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....(((((((((...(((((.....))))).)))))......(((((.((........((((....))))....(((((((....)).(((((....(((((.......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)))))(((((.....))))).........)))))..)))))........))...)))))..))))(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.((((((.....))))))))).(((((((((((((((((((((.......)))))).....................((((....))))............(((((((.........))))).))...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).))))..........((((..(((....)))..)))).)))))))..(((..........)))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....)))))).......((((((...(((((.....))))).)))))).....(((((...........((((....))))....((((((.................(((((.......(((((((.......(((((.........))))).....)))))))...((((...(((((((((....((((......((((((....................))))))..)))).....))))))))).)))).)))))....((((..............))))....)))))).............)))))......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..........................((((.............))))(((((...............))))).........((((....))))..............(((((.........)))))......(((((((((((..................)))).....)))))))..................(((.....((((........)))).....)))..................((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......)))).........................................))))))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((...........((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)))))).........(((((......................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))..........))))))))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....(((((((((...(((((.....))))).)))))......(((((.((........((((....))))....(((((((....)).(((((....(((((.....(.(((((((((((..(((.(....).)))..)))).....))))))).).((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)))))..(((..(.......)..)))...)))))..)))))........))...)))))..))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......((((((.....))))))..(((.(((..((((.(((((((((.......))))))..........)))........((((....)))).........))))...))))))........)))).(((((((((((((((..(((........)))..)))).....))))))...........(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))))...((((((.......((..((((((.......(((.........)))......))))))..)).(((((.......)))))....)))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....(((((((((...(((((.....))))).)))))......(((((.((........((((....))))....(((((((....)).(((((...((((((.....(.(((((((((((..(((.(....).)))..)))).....))))))).).((((...(((((((((....((((.(((.(((............)))((((....)))).))).)))).....))))))))).)))).))))).)(((..(.......)..)))...)))))..)))))........))...)))))..))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((..........))))))))))(((.(.(((((((((.((..))))))))..).))))))((.(((..)))))......(((((((((((.(.(.(.(((((((((.....(((..)))(.((((((((((((..(((((((..)).))).)))).).).))))))).((...((((.(((((((..((..))((((......)))).(((((.(((((.(...........)))))).))))))))))))...........)))).))...(((......))).))))))).))).)...(......))))))))))))).))(((((.....))))).))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.(.(.((((((((...........(((((((((......(((((..((...))......))))).......((((((.....(.(.(.......((.((.((((.........))))..)).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))..(..........)...).)).............(((((......................))))).(.((((((((((.(((........))).))))))))))..........).)))))).)))))...))))..........))))))))....).......).)))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....((((((.................................................((((....))))..................((((.....(((((.......(((((((((((..(((.(....).)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..............((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).))))).........................)))).........................))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((...(((((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((.(((((((.........))))).)).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))...................(((.....((((........)))).....)))...................(((((((((.(((........))).)))))))))................))..))))))...)))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....))))))....(((((((.(((((((...((((((.(((((...(((....))).)).........((((....)))).....)))))))))....(((...((.(((((.......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...((((...(((((((((..(((......)))((((((..((((........))))..))))))...........))))))))).)))).)))))))...)))...................)))))))..(((..........))).)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((.....))).((((....)))).((((.........((((((...............))))))........((((....)))).........)))).(((((.........)))))..(((((((((((.......(((((.........))))).....)))))))..........((((((((.......(((((......))))).........((((....)))).((((....))))..))))))))..))))...(((...((((..........)))).(((......))).))).....((((.....))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((.....))).((((....)))).((((....((((.aaaaaa....)))).......AAAAAA........((((....)))).........)))).(((((.........)))))....(((.[[[[[....))).((((.........))))......]]]]]..(((.......((((((((.......(((((.<<<<.)))))......>>>>(((....)))..((((....))))..))))))))..((((...{{{....{{{))))......}}}.((((......))))}}}..))).(((.....)))....(((((.......)))))))))))).... |