RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00706

RNA: TMR_00706
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..(((((.((((((...(((((...........)))))...))))))........((((..(((..((((((((((((((.....(((((((.............))))))).(((((..((((((((.......))))))))...))))).......))))).(((.....))).))))))))).(((....))).........))).(((((.(((((((((((((........))).)))))))))))))))..............)))).)))))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((....(...(((..(((((..(((((...(((((...........)))))...)))))....))................(................(((((((.............))))))))(((((..((((((((.......))))))))...)))))...............(((..(.(((((........))))).).))).................((((((((((((((........))).))))))))))).........................)))..)))...)...))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((.................((((..................................................................................................................................................................................................................................................................))))...................))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....................(((....(((..(((((((((......(((((...........)))))...............................(((.((((.....)))))))........................(((((..((((((((.......))))))))...)))))......(((((....((.....(((((........)))))....)).................(((((((((((..((........)).))))))))))).)))))..........)))))...))))..))).......)))......(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..((((((((((((...(((((...........)))))...))))))..)))................((...((((.....))))((((((.............))))))))((((((.((((((((.......)))))))).).)))))...............(((.((.(((((........))))).))))).............(((.((((((((((((((........))).))))))))))))))......................)))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((..................[[[[[[[[[[...[[[[[....))))...]]]]]...]]]]]]..]]]]...............((((((.[[[[[..............(((......))).))))))(((((..((((((((.......))))))))...))))).......]]]]]...(((....(((((..[[[[[[)))))...)))........]]]]]]...((((((((((((((.[[[[[[[))).)))))))))))......]]]]]]].............(((((...)))))..........(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..(((((.((((((...(((((...........)))))...)))))).....................(((((((((.....))).........(((......))).)))))).(((((((((((...((((((((.((..((....))...))...)))))))).(((.((.(((((........))))).)))))....................(((((((((((........))).)))))))).)))))))))))..............)))))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...((...((...(((((aa(((((...(((((...........)))))...)))))....))................((((((((<<.....))(((((((.............))))))).(((((..(((((((([[[[[[[))))))))...))))).......]]]]]]].{{{....>>{{))))))....}}.....}}}.................((((((((((((((........))).)))))))))))..................AA.....)))...))...))..))))))...(((((.......))))))))))))....
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...............(((((((.((((((.......(((((....................................))))).)))))).......(((((((.............)))))))..(((((((((.....((((((((..........[[[[[[.....)))))))).(((....(((((........)))))...))).................(((((((((((..]]]]]].......)))))))))))))))))))).......)))))))...(((((...))))).))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((j((((((((d...((....aaaaa...aaaaaa)D)))))..((((ggggggggg....))))..cccccccccccc....))J))iii..((((((((b.((((((.hh(((((((ee(ffff....)C)))))))..hhhhhhhhh.hhhhhhhhhhhh.AAAAAA))))))(({{{{..HHHHHHHH.CCCCC.)EE.B))))))))..FFFF((((()}.......(((..HHHH<<<<<<<<<<(....[[[[[[[[))))]]]]]]]]>>HHHHH>>>>>>>>)A....)))))CCCCCC)HHHH}}})AAAA).(((.GGGGGGGGG..))).HH))))))).III
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((......(((((...........)))))........(...(..............................................................(((((.(((.((((.........)))).)))..)))))...............((((((((...............)))))))).................((((((((((.(((........)))..))))))))))............))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(....(((((...........))))).......((...(..............................................................(((((.(((.((((.........)))).)))..)))))...............((((((((...............)))))))).................(((((((((..(((........)))...)))))))))............))))))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((........................((((((((((...(((((...........)))))...))))))..))))...............((((((((.........(((((((.............))))))).(((((..((((((((.......))))))))...))))).........(((((..((((..(((((........)))))(((((.............((((.(((((((((((...............)))))))))))))))...............)))))..........))))..)))))....)))))))).)))))...)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..(((((.((((((...(((((...........)))))...))))))........((((..(((..(((((((((.((((((.((.(((((...(((......))))))))..(((((..((((((((.......))))))))...)))))...............)))))).)).))))))))).(((....))).........))).(((((.(((((((((((((........))).)))))))))))))))..............)))).)))))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...)))((((............(((((((((((((((((((...(((((...........)))))...))))))..))).........(((..(((((((((.((((((.((.(((((...(((......))))))))..(((((..((((((((.......))))))))...)))))...............)))))).)).))))))))).(((....))).........)))......))))))))))...(((((.((((((.((((((....(((((......)))))......)))).)).))))))..))))).))))..(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..(((((.((((((...(((((...........)))))...))))))..((((........(((..(((((((((.((((((.((((((((...(((......))))))))).(((((..((((((((.......))))))))...)))))...............)))))).)).))))))))).(((....))).........))).((((.((((((((((((((........))).)))))))))))))))...............)))))))))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......)...(((((((.((((((((((..(((((((((.((((.((((.((.(((((..((.((((...))).).))..((((..))))....)))))))(...(((.............)))....).).))))..)))((((((((((.....((((((...(................)....))))))(((......).))(((((((((....(........)...))))))))).((((((((((((((........))).))))))))))))))))))).))....).)))))...)))..)))))))))))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..(((((.((((((...(((((...........)))))...)))))).....................((((((.....................((......))..))))))..((((((((......((((((.......................))))))..(((.((.(((((........))))).)))))..................(((((((((((((........))).)))))))))).))))))))...............)))))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((..(((..(((((.((((((...(((((...........)))))...))))))........((((..(((..(((((((((.((((((.((.(((((...(((......))))))))..(((((..((((((((.......))))))))...)))))...............)))))).)).))))))))).(((....))).........))).((((.((((((((((((((........))).)))))))))))))))..............)))).)))))..)))..)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....(((((.........................)))))...(((((...........)))))....)))).(((((................((((.((((.....))))))))..(((((......)).)))......((((.(((.....))).(((..........)))............))))..)))))..(((((........)))))....((((.........((((....)))).((((....((((......)))).((((....)))).....)))).......)))).((((.....))))..........(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((....<<<<<...)))..............(((..>>>>>...(((((...[[[[[...))))).(((.....)))))).......((((..]]]]]..))))(((......bbbbb..)))......(((.BBBBB.........)))....((((....)))).(((.....aaaaa...............)))..(((((AAAAA...)))))....((((......(((..((.........{{{{.........)).)))}}}}......(((((......)))))......)))).((((.....))))..........(((((.......))))))))))))....

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