CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00711



RNA: TMR_00711
Rfam family: tmRNA

GGGGUCGACUUGGAUUUCGACGGGAGCUAAAUAGCCUCGGUUGCAUGUCGGCAUGGGCACGCCGUAAAACUACCCGCAAUCAAUAAACGCAAACAACGCAAACUACGCUCCCGCUUACGCCAAAGCUGCGUAAGUCUAACUCUUCGGAGCCGUCAAGCCUCACAAUGCUAACUAGUGGGGAUUUGGCGUAACUUUGUUAGCCGCUCUCUCGUCUCAUCCGAAGCGAGGGAAAAGAUUAGGAUUGCCCAUCACUUCCGCCUUGGGGGCUUGAGCAAAGCGAUGGAAAGAGCUUUCAACCCCAUCUAAGCAUGUAGAGACUGGGGUGGGUUUGGCUUUCGGACUGGGGUUCGAUUCCCCACGACUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............((((((((((...(((((((((.(((((((((.[[[[...))))........]]]].........................................(.((.(((................))).)).).(((((((((((((...{{{{{{..)))))).))))))).......}}}}}}...((((((((...<<<<.<<)))))))).....>>.>>>>...(((((..((....(((.aaaa.a.)))...)).)))))...........A.AAAA......)))))....)))))))))....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..(((((....)))....((((.......((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..((...)).)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...((((((((..........))))))))...)))).))..))))))).......))).(((((..((((...((((..........))))))))))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((....(((((((..................................(............(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((.(.......).)))))).))))))).......)........((((((((.((....)).))))))))............)))))))...........(((((...((...(((((..........))))))).))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((...(((.((((.((((((................................................................((((((((.......))))))))...........................................................................................................................................................................))))))....)))).)))....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((.................................................(((((.((((((((.......))))))))..........)))))..(((((((((..((.((.((...(((((.((..(((..(((...))).)))...(((((((.((....)).)))))))...........))..)))))...))..)).)).)))))))))..(((((..........)))))....)))).....)))))....)))))))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((..((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..(((((....)))...............((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((.(.......).)))))).))))))).....))))).))...((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......))).(((((..(((...(((((..........))))))))))))).....))))))...)))))))))..)))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((....(((....)))....((((..........(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....)))))......((((((((..........))))))))...)))).....))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((........................(((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).).)).((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......)))...((((.((((...((((..........))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))))))....((((.......)))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.................................................((((((((.......))))))))....(((....))).(((((((((((((...........)))))).)))))))................((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......)))..((((..(((....((((..........)))).)))))))......))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(.....)..((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.((((...........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).)))))))......)))).))...((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......)))...((((.((((...((((..........))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))))))....((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((...((((.....................................)))).(((.((((((((.......))))))))(((((.[[[[[[[..(((((((((((((...........)))))).))))))).......)))))....(((((((.....]]]]]]])))))))........))).))))))).......))).(((((((((.....))))....(((((..)))))..))))).....)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((([((.bbbbbbbbbbb(ffffffffffffffff((((eeeeeee.)))).fff..((...((.iii..i(...dd.....ddddd...)).kkkk.kkkkkkkkkkkkkkkDDDDD))))]))).))((((((KK)){{{{{{{{{.{{{.(((((()I<<<<<<<KKKKKKKKKK<<<<)))))).))hhhhhhh(jjj.)))))))HHHHHHH>>>>.(((((..EEEEEEE...(((((aa}}}}}}}}}}}}DD...KKK.))))).KKKKFFF..gggggg)))))FFFFFF.JJJ..GGGGGGAA)FFFFFFFFFFBBBBBBBBBBB.III>>>>>>>))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((...........))))).........(...(........................((.((((.......)))).))................((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................(((((((........)))))))................((((((((((..(((...........))).))))))))))..................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((...........))))).........(...(........................((.((((.......)))).))................((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................(((((((........)))))))................(((((((((...(((...........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((....(((....)))..............(((.(((((..........(((((.((((((((.(....)))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).)).).((((((((..........))))))))............))))))).......))).(.((((.((((...((((..........))))))))))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((((((.(((((((((......((((........)))).....((((..((((((.......(((((..((((.......(((((.((((((((.......))))))))..........))))).......((((((...........)))))).....))))...))))).......((((((((..........)))))))).........))))))...............(((((((((.....))))..(((((.....))))).))))).........)))).)))))))))..))))))))))))....((((......))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......)))...((((.((((...((((..(....)..))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....))).((..(((.((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).))).)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..(((((....)))....((((.......((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))...)))).))..))))))).......))).(((((((....))(((((..(....)..)))))...))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((..)).((((((((((((.(....(((((((((((..)))))..)).))))...)(((((((.(((((..(.((((.((..))))..(((...(((((((((((((.(((..))))))))))((((((((..)))..(((((((((((((...........))))).))))))))((((...))))..((((((((((((........))))))))).))))))))((..))(((((.(((((.((..)))).((..))..))).))))))).))))....)))).((........)).).)))))))))))))))))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..................((((.......((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))...)))).....))))))).......)))...((((.((((...((((..(....)..))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((........)))))((((((....((((....)))).(((....)))(((...............)))...............................)))))).(((((((.......)))))))...........((((........((((((...........))))))....(((............)))..((((((((.((....)).))))))))..............((((............)))).((((.....))))....((((....)))).((((((((((......))))...))))))..(((((.....))))).((((.......))))....))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((.((((....))))))))..(((....))).((((....))))...((((.(((.........[[[[[[......................)))<<<<<.((((......)))).)))).((((((((.....))))).......((((((.bbbbbbb...))))))..BBBBBBB.)))..>>>>>..((((((((((.((....)).)))))............]]]]]]((((....(((..{{{))).((((}}}..)))).))))..))))).....))))).((((......))))......((((((((......(((((..aaa.)))))...AAA..))).))))).