|
|
|
GGGGUCGACUUGGAUUUCGACGGGAGCUAAAUAGCCUCGGUUGCAUGUCGGCAUGGGCACGCCGUAAAACUACCCGCAAUCAAUAAACGCAAACAACGCAAACUACGCUCCCGCUUACGCCAAAGCUGCGUAAGUCUAACUCUUCGGAGCCGUCAAGCCUCACAAUGCUAACUAGUGGGGAUUUGGCGUAACUUUGUUAGCCGCUCUCUCGUCUCAUCCGAAGCGAGGGAAAAGAUUAGGAUUGCCCAUCACUUCCGCCUUGGGGGCUUGAGCAAAGCGAUGGAAAGAGCUUUCAACCCCAUCUAAGCAUGUAGAGACUGGGGUGGGUUUGGCUUUCGGACUGGGGUUCGAUUCCCCACGACUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((...(((((((((.(((((((((.[[[[...))))........]]]].........................................(.((.(((................))).)).).(((((((((((((...{{{{{{..)))))).))))))).......}}}}}}...((((((((...<<<<.<<)))))))).....>>.>>>>...(((((..((....(((.aaaa.a.)))...)).)))))...........A.AAAA......)))))....)))))))))....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..(((((....)))....((((.......((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..((...)).)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...((((((((..........))))))))...)))).))..))))))).......))).(((((..((((...((((..........))))))))))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((....(((((((..................................(............(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((.(.......).)))))).))))))).......)........((((((((.((....)).))))))))............)))))))...........(((((...((...(((((..........))))))).))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((...(((.((((.((((((................................................................((((((((.......))))))))...........................................................................................................................................................................))))))....)))).)))....))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((.................................................(((((.((((((((.......))))))))..........)))))..(((((((((..((.((.((...(((((.((..(((..(((...))).)))...(((((((.((....)).)))))))...........))..)))))...))..)).)).)))))))))..(((((..........)))))....)))).....)))))....)))))))))...)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((..((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..(((((....)))...............((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((.(.......).)))))).))))))).....))))).))...((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......))).(((((..(((...(((((..........))))))))))))).....))))))...)))))))))..)))))))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...))))((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((....(((....)))....((((..........(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....)))))......((((((((..........))))))))...)))).....))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((........................(((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).).)).((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......)))...((((.((((...((((..........))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))))))....((((.......)))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.................................................((((((((.......))))))))....(((....))).(((((((((((((...........)))))).)))))))................((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......)))..((((..(((....((((..........)))).)))))))......))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(.....)..((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.((((...........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).)))))))......)))).))...((((((((.((....)).))))))))........))..))))))).......)))...((((.((((...((((..........))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))))))....((((.......)))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((...((((.....................................)))).(((.((((((((.......))))))))(((((.[[[[[[[..(((((((((((((...........)))))).))))))).......)))))....(((((((.....]]]]]]])))))))........))).))))))).......))).(((((((((.....))))....(((((..)))))..))))).....)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((([((.bbbbbbbbbbb(ffffffffffffffff((((eeeeeee.)))).fff..((...((.iii..i(...dd.....ddddd...)).kkkk.kkkkkkkkkkkkkkkDDDDD))))]))).))((((((KK)){{{{{{{{{.{{{.(((((()I<<<<<<<KKKKKKKKKK<<<<)))))).))hhhhhhh(jjj.)))))))HHHHHHH>>>>.(((((..EEEEEEE...(((((aa}}}}}}}}}}}}DD...KKK.))))).KKKKFFF..gggggg)))))FFFFFF.JJJ..GGGGGGAA)FFFFFFFFFFBBBBBBBBBBB.III>>>>>>>)))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((...........))))).........(...(........................((.((((.......)))).))................((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................(((((((........)))))))................((((((((((..(((...........))).))))))))))..................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((...........))))).........(...(........................((.((((.......)))).))................((((((..(((((((.......)))))))...))))))..................(((((((........)))))))................(((((((((...(((...........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...))))((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((....(((....)))..............(((.(((((..........(((((.((((((((.(....)))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).)).).((((((((..........))))))))............))))))).......))).(.((((.((((...((((..........))))))))))))).....))))))...)))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((((.(((((((((......((((........)))).....((((..((((((.......(((((..((((.......(((((.((((((((.......))))))))..........))))).......((((((...........)))))).....))))...))))).......((((((((..........)))))))).........))))))...............(((((((((.....))))..(((((.....))))).))))).........)))).)))))))))..))))))))))))....((((......))))..))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......)))...((((.((((...((((..(....)..))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).((..(((.((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).))).))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..(((((....)))....((((.......((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))...)))).))..))))))).......))).(((((((....))(((((..(....)..)))))...))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...((..)).((((((((((((.(....(((((((((((..)))))..)).))))...)(((((((.(((((..(.((((.((..))))..(((...(((((((((((((.(((..))))))))))((((((((..)))..(((((((((((((...........))))).))))))))((((...))))..((((((((((((........))))))))).))))))))((..))(((((.(((((.((..)))).((..))..))).))))))).))))....)))).((........)).).)))))))))))))))))))))))))))((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..................((((.......((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))...)))).....))))))).......)))...((((.((((...((((..(....)..))))))))))))......))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((((((.(((((((((((((((.((((((((((..((.........................((.(((((..........(((((.((((((((.......))))))))..........)))))(((((((((((((...........)))))).))))))).....))))).))...(((((((..((....))..)))))))........))..))))))).......))).(((((((((.....))))....((((....))))..))))).....))))))...)))))))))..))))))))..))....((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........)))))((((((....((((....)))).(((....)))(((...............)))...............................)))))).(((((((.......)))))))...........((((........((((((...........))))))....(((............)))..((((((((.((....)).))))))))..............((((............)))).((((.....))))....((((....)))).((((((((((......))))...))))))..(((((.....))))).((((.......))))....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((((.((((....))))))))..(((....))).((((....))))...((((.(((.........[[[[[[......................)))<<<<<.((((......)))).)))).((((((((.....))))).......((((((.bbbbbbb...))))))..BBBBBBB.)))..>>>>>..((((((((((.((....)).)))))............]]]]]]((((....(((..{{{))).((((}}}..)))).))))..))))).....))))).((((......))))......((((((((......(((((..aaa.)))))...AAA..))).))))). |