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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00712



RNA: TMR_00712
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((....(((((((.((((((((.((((((....))))))..(((((((......(((........)))........)))))))..(((.............)))))))))))..(((((..(((..(((((..((........))..)))))..)))))))))))))))))))..((((.((((..(((..(((((....((((((((((...........)))))))))))))))..)))..(((...((((..((....)).((((((((((((((..........)))).))))))))))...))))..))).)))))))).....)))))..(((.((((((.....(((((....)))))))))))))).)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((((.(((((((.((((((((((..((.......((((((((....)))))))).....))....)).((((..((((((.((....)).)))))).))))..))))))))..(((((..(((..(((((.(((........))).)))))..)))))))))))))))...(....................).................)))))))((((((((((((.....))).))))))))).............((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).))................((((.....)))).....................(((((.......))))).))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.......................((((((........)))))).....................(((((..........)))))........................................................................................................................................................................(((.(((((.....................))))).)))............................................))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((...(((.(.((((((((((...((((....))))((((......(((((.((..............................((((((((((..((((..((((......))))..))))...)))))....(((......)))....(((...((((((..............))))))...)))...........)))))(((((((((.(........).)))))))))........))..)))))((((((((.((((..........))))..))))))))............)))).....)))))...)))))).)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.(((((((.(((((((((((((((....).((((((((....)))))))).....)))..))).((((..((((((.((....)).)))))).))))..))))))))..(((((..(((..(((((.(((........))).)))))..))))))))))))))).((((((....((....))..))))))...............)))))))((((((((((((.....))).)))))))))...........(.((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).))..)....(((((.(..(((((...)))))..).........)))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....(((((((.((((((((..(((((...(((((((((((....))))))))........)))...((((...))))))))).......(((....)))..))))))))..(((((.......(((((.(((........))).))))).....)))))))))))))))).......((((.(((.....[[[)))))))............]]]((((((((((((..[[[))).)))))))))..........]]]...((((((((((((((...[[[....)))).))))))))))..............]]]..(((((...)))))........)))))...((((.[[[[[))))...]]]]].))))))....
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.(((((((.((((((((....(((....)))(((((((....))))))).....................((((((.((....)).)))))).......))))))))..(((((..(((..(((((.(((........))).)))))..)))))))))))))))..(((((..............)))))................))))))).(((((((.(((.....)))..))))))).................((((((((((((((..........)))).)))))))))).....................................................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.(((((((.((((((((.((((((....))))))((((......)))).(........(((((.........)))))(......).).((....))...))))))))....(((........)))....((((((....))))))((((...)))).))))))).((((((..((......))..))))))....((......)).)))))))).((((((((((.....)))).))))))............(((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).)))..((((((.(..(((((...))))).........)..))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.(((((((.((((((((.(((((((..)))))))..[[[[[[.....(((((......(((((.........))))).)))))................))))))))..(((((........(((....(((((((..))))))).)))...)))))))))))).((((((..............))))))...............)))))))(((((((((.]]]]]].....))))))))).......(((..))).((((((((((((((..........)))).)))))))))).........((((((....(((((...)))))............))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.......(((((................)))))........(...(................................((.((((......)))).))...............................((((((..(((.(((........))).)))..))))))..................((((((((..........))))))))..................((((((((((.(((..........)))..))))))))))................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(.....(((((................)))))........(...(................................((.((((......)))).))...............................((((((..(((.(((........))).)))..))))))..................((((((((..........))))))))..................(((((((((..(((..........)))...)))))))))................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.(((...(((.((..((((..(((.....))).(((((((((.....(((.(((((.........)))))....((((((......(((((((..((((((...((((......))))....((((((....)))))).......))))))...)))))))..((((..((((....))..))..)))))))))).....)))...((((((((((((.....)))).))))))))..........(((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).)))....)))))..)))).....))))..)))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.(((((((.((((((((.((((((....))))))((((......))))..........(((((.........)))))......................))))))))....((((.[[[..))))....((((((....))))))((((]]])))).))))))).((((((..............))))))....(((....))).))))))))(((((((((((.....)))).)))))))...........(((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).)))..(((((((((.(((((...)))))........))).))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...((((....))))...........(((((....((((((((....))))))))...((((..(((((......((((((..........)))))).(((((((..((((((...((((......))))....((((((....)))))).......))))))...)))))))..((((.((((.......(((((....((((((((((...........))))))))))((((((...................))))))..(((((((((((.................)))))))))))...))))).....)))))))).......))))).))))...))))).))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((.(((...(((.((..((((..(((.....))).(((((((((.....(((.(((((.........)))))....((((((......(((((((..((((((...((((......))))....((((((....)))))).......))))))...)))))))..((((..((..(....)..))..)))))))))).....)))...((((((((((((.....)))).))))))))..........(((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).)))....)))))..)))).....))))..)))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((..((.....(((((((.((((((((.((((((....))))))..(((((((......(((........)))........))))))).........(((....)))..))))))))..(((((.......(((((.(((........))).))))).....)))))))))))).....))..))))((((.((((((.((((..((((....((.((.....((((((((((((.....)))).))))))))..........(((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).)))..)))).))))..)))).))....)))).)))).....)))).((.(((((.......)))))....)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.(((((((.((((((((..(((((((.((((((((..(....)..)))))........))))).(((.....))))))))(((.....((....)))))))))))))..((((((((.....)))....((((((....)))))).......)))))))))))).((((((..(((....)))..))))))...............)))))))).((((((((((.....)))).))))))(((.........(((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).)))..(((((((((.(((((...)))))........))).)))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((...((.((((..(((((((((((((((.(.(((.((((((((..))))))))))))).)))..))).((((.(((((((.(......).)))))))))))..))))))))..)).)))).(((......)))(((((((..)))))))((.((..))))))))((((..(((((..((......))..)))))...)))).(((...(..).(((((.((((((((((.....)))).))))))..(..........)..))))).((((((((((..(....)..)))).)))))).(((...)))...(..)(((((..((..))))).))....))).))))....(..)((((......)..)))..)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((...(((((((.(((((((.((((((((.............(((((..(....)..)))))...............((...((((((.(......).))))))..))...))))))))..(((((.......(((((.(((........))).))))).....))))))))))))..........................................))))))).(((((((((((.....)))).))))))).........)).((((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).)).))....(((((....(((((...))))).(((.((((((...................))))))))).)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(.(((...(((.((..((((..(((.....))).(((((((((((((.(((.(((((.........)))))....((((((......(((((((..((((((...((((......))))....((((((....)))))).......))))))...)))))))..((((..((..(....)..))..)))))))))).....)))...((((((((((((.....)))).)))))))).............((.((((((((((((((..........)))).)))))))))).))...))))).))))..)))).....))))..)))))...))))..)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....(((((((.((.....)))))))))...((((....)))).(((((......)))))....)))).(((((.........)))))................(((((((..((((((...((((......))))....((((((....)))))).......))))))...)))))))..(((((..(((((((....))).(((.....)))..)))).(((...(((((((((.....)))).))))).(((..........))).))).(((((((((((..........)))).))))))).))))).......(((((....((((.....)))).....(((.......)))...(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((ddd((((....(((....))).((((((..((((((....)))))).ccc..))).CCC))).....)))).....(((.....)))((((((((((.......bbb............)))))BBB.....)))))....((((((....))))))(((.....))).))))))..((((((.........DDD..))))))...(((..((((((......[[[[.)))))).(((({{{..))))..((((.(((..<<<<<...)))...((((aaa..))))>AAA..((((......>>>>...........)))).}}}...((((.....)))).(((]]]]....)))))))..(((((.......)))))..)))......