|
|
|
GGGGGUGCACUGGCUUCGACGGGGGUCACAAAAUCACUUGGUGCAUGCCGAGGGGGCCGCUUUCCUCGUAAAUCCAGCAGCAAACUUAUAGUUGCCAACGAAGACAACUUCGCUGUAGCCGCUUAAGGCUUAAGCCUCGAAACUGCUUGUGUCCGUGCUCGCAGCGUAGAGUCAUCAUCACGGAACCGCUGAGACGUGGCCGUCUGCCCAUCCUCGGUUAAAUCUAGCAGACUGGUUUCCGGGUGCGCUUUGCCUGUCGUGCUGCCCGGCGACGAGACCUAACGGCGAGGAUAAGCAUGUAGGGCCGGGGAUGGAGUACUUUCGGACGGCGGUUCGAUUCCGCCCACCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......(((.(.((((.((((((((((..aa.aaa..))))).......AAA.AA..............................(((..((((......))))..)))(((.(...((.(((((<<<<<<.<)))))))).))).....>.>>>>>>...((((((..(((([.[[[[[[)))).))))))........]]]]]].](((.(..((.((((....{{{{{{))))...)).).)))..........}}}.}}}....)))))....))))).))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..((((((((((........((.((((((....)))))).)).......))))))).....((((.((((........))))....((((....)))))))).(((((((..((((....))))(((((.(((((...((((.(((((((((((((((((((..(((.........)))...)))))..)))))..(((((((((((....)))).....(((((((((((((((..........)))).)))))).....)))))......)))))))..)).))).))))))))....))))).)))))...))))))))))..)))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(..........)...............(......)((((((((....))))))))........(((((.........)))))((.(((((....))))).))..........((((....)))).............................................((((((((.(((((....)))))((((((((((((((...............(((.((((((((((..........)))).)))))).))).............................)))))))))))).))..........)))))))).........))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................((((((........)))))).....................(((((.(......).)))))...............................................................................................................................(.(((((.....................))))).)........................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......(((.(.((((.((((((((((..........))))).....(.(((((..........((((..........))))...(((..((((......))))..))).......))))).)(((((.(((.(((((((....................)))))......((((((((((...................)))))).)))).(((((.((((..........))))..))))).............))))).))))).)))))....))))).))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((....))))))(((.........(((....))((((((((....))))))))......).(((((.........)))))((.(((((....))))).))..((......(((((()))))).......)).)))...(((((((........))).......))))((((((((((((((....)))))((((((((((((((.......((...((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).(((.......)))....))......)))))))))))).)).........))))))))).........))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....((((((.[[[[[[[...........((((((....))))))))))))....]]]]]]].......(((((...[[[...))))).....]]]........(((..((((......))))..))).......((((.....[[[[[[[[[))))....]]].......]]]]]].((((..[[[[))))..]]]]..(((((((((((........(((((...[[[.[[[[[[[[[[))))).....]]]].]]]]]].]]]....(((.......))).............))))))))))).......(((((.[[[[[)))))..]]]]].)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.....(((((...............((....(((.(((((((....))))))))))...)).(((((.........)))))...(((((....)))))((..((((......))))..))))))).....))).)))(((((((((........))).......)))))).((((......))))(((..((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))....)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................................((((((......)))))).........(((((.........)))))....((((....))))......(((......))).....................................................(((....................(((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))..........[[[[[)))....]]]]]))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((....)))))))...........((....((.(((((((......)))))))))...)).(((((.........)))))...(((((....)))))((..((((......))))..))................(((((.((((........)))).......((((..((((......)))))))).((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))....)))))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((...(((((((...........(((((((..))))))).[[[[.....))))))).......(((((.........)))))...(((((....)))))....)))))....(((((..))))).............(((((......(((((....................)))))(((((....)))))..((((((((((((............((((...))))((((.(((((((((((((...]]]].)))))).........)))))))....))))....))))))))))))........)))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.......(((((................)))))........(........................((.(((......))).))...((((((..(((..............)))..))))))................((((((((...............))))))))................((((((((((.(((..........)))..))))))))))..................)..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(.....(((((................)))))........(........................((.(((......))).))...((((((..(((..............)))..))))))................((((((((...............))))))))................(((((((((..(((..........)))...)))))))))..................).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((....)))))))............))))...(((((((((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.....(((.(((((.........))))).))))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))...((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))))))))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((....)))))))..........(((....((.((((((((....))))))))))...)))(((((.........)))))...(((((....)))))....((((......))))......((((.(........(((((.((((........)))).......((((..((((......)))))))).((((((((((((((....(((...)))...(((.((((((((((..........)))).)))))).)))....((((.((((........)).))))))))))))))))).)))....)))))[[[[[)))))..]]]]]))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..(((((((...........((((((....))))))..........))))))).......(((((.........)))))...(((((....)))))....((((......)))).)))))......(((((((((........))))).)))).............((((((((((((((....)))))..((((((((((((....((((....)))).......((((.(((((((((((((........)))))).........)))))))....))))....))))))))))))............))))))))).........))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((....))))))............)))))...(((((((((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.....(((.(((((.........))))).))))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))...((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))))))))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((((....)))))))........((((((....))))))..((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.....(((.(((((.........))))).))))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))......(((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))).))).((.(((((.......)))))....))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(....)..))))(((......)))))))..((((((((((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((....((((....)))).((.((.....)).)))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))...((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))))))))).)(((((.......))))).)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((........))))).)).).))))((((((..)..(((((((((((....((((((..((((((((..((((...)))).....(((((....)))))))))....((((((...))))))((((...((((..((......))..))))...))))........).)))..))).)))..))))((((((..(((((((((((..((....((.(((.......(((((((((..........)))).)))))((......))((........)))))).)...))..)))))))))))((..))...))))))((((...)..)))))).))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................(((((..(....)..)))))..........................................((((((((.......((((....))))....................)).)))))).......................................(((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))...........................))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.......((..((.........((..(((.....(((((..(....)..)))))....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.(..((((....))))..).((.....))...)).))).)))))).)).))).)).....)))..)))..)).....((((((((((((((((((((.............((.((..((((((((((..........)))).))))))..)).)).((((...((........))...))))))))))))))).))......))))))).....))..)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....(((((((....)))))))........((((((....)))))).(((.......))).....)))).(((((.........)))))...(((((....)))))....((((......)))).((((.........))))...(((((((((........)))).......))))).((((......))))..((((((...................)))))).......(((((.......))))).((((((....))).)))...((((...((........))...))))...((((.((((.....))))...(((((.......)))))...)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...(((((((....)))))))........((((((....)))))).(((.......)))........((((.(((.((.....)))))....((((....)))))))).((((aaaa..)))).AAAA.((((..((((<<<<<.....<<<<))))....>>>>......>>>>>..((((......))))..((((((...[[[[[....[[[[[..)))))).]]]]]..((((..{{{{{)))).(((((((....))).))))..((((.((((}}}}}...)).)))))).((((((..]]]]]..))))))..bbbbb.))))..BBBBB......)))). |