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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00716



RNA: TMR_00716
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((((........((.((((((....)))))).)).......))))))).....((((.((((........))))....((((....)))))))).(((((((..((((....))))(((((.(((((...((((.(((((((((((((((((((..(((.........)))...)))))..)))))..(((((((((((....)))).....(((((((((((((((..........)))).)))))).....)))))......)))))))..)).))).))))))))....))))).)))))...))))))))))..)))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(..........)...............(......)((((((((....))))))))........(((((.........)))))((.(((((....))))).))..........((((....)))).............................................((((((((.(((((....)))))((((((((((((((...............(((.((((((((((..........)))).)))))).))).............................)))))))))))).))..........)))))))).........)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................((((((........)))))).....................(((((.(......).)))))...............................................................................................................................(.(((((.....................))))).)........................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......(((.(.((((.((((((((((..........))))).....(.(((((..........((((..........))))...(((..((((......))))..))).......))))).)(((((.(((.(((((((....................)))))......((((((((((...................)))))).)))).(((((.((((..........))))..))))).............))))).))))).)))))....))))).))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((....))))))(((.........(((....))((((((((....))))))))......).(((((.........)))))((.(((((....))))).))..((......(((((()))))).......)).)))...(((((((........))).......))))((((((((((((((....)))))((((((((((((((.......((...((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).(((.......)))....))......)))))))))))).)).........))))))))).........)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((.[[[[[[[...........((((((....))))))))))))....]]]]]]].......(((((...[[[...))))).....]]]........(((..((((......))))..))).......((((.....[[[[[[[[[))))....]]].......]]]]]].((((..[[[[))))..]]]]..(((((((((((........(((((...[[[.[[[[[[[[[[))))).....]]]].]]]]]].]]]....(((.......))).............))))))))))).......(((((.[[[[[)))))..]]]]].))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((.....(((((...............((....(((.(((((((....))))))))))...)).(((((.........)))))...(((((....)))))((..((((......))))..))))))).....))).)))(((((((((........))).......)))))).((((......))))(((..((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))....)))..(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((....)))))))...........((....((.(((((((......)))))))))...)).(((((.........)))))...(((((....)))))((..((((......))))..))................(((((.((((........)))).......((((..((((......)))))))).((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))....)))))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((...(((((((...........(((((((..))))))).[[[[.....))))))).......(((((.........)))))...(((((....)))))....)))))....(((((..))))).............(((((......(((((....................)))))(((((....)))))..((((((((((((............((((...))))((((.(((((((((((((...]]]].)))))).........)))))))....))))....))))))))))))........)))))(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....)))))))............))))...(((((((((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.....(((.(((((.........))))).))))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))...((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))))))))))..(((((.......))))).))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((((((...........((((((....))))))..........))))))).......(((((.........)))))...(((((....)))))....((((......)))).)))))......(((((((((........))))).)))).............((((((((((((((....)))))..((((((((((((....((((....)))).......((((.(((((((((((((........)))))).........)))))))....))))....))))))))))))............))))))))).........)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....))))))............)))))...(((((((((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.....(((.(((((.........))))).))))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))...((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))))))))))..(((((.......))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..(((((((....)))))))........((((((....))))))..((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.....(((.(((((.........))))).))))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))......(((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))).))).((.(((((.......)))))....)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(....)..))))(((......)))))))..((((((((((((((((((..((....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((....((((....)))).((.((.....)).)))).))).)))))).)).))).)).....)))..))..)))).))))))...((((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).)))))))))).)(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((........))))).)).).))))((((((..)..(((((((((((....((((((..((((((((..((((...)))).....(((((....)))))))))....((((((...))))))((((...((((..((......))..))))...))))........).)))..))).)))..))))((((((..(((((((((((..((....((.(((.......(((((((((..........)))).)))))((......))((........)))))).)...))..)))))))))))((..))...))))))((((...)..)))))).)))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((((..(....)..)))))..........................................((((((((.......((((....))))....................)).)))))).......................................(((((((((((((.............((.(((.((((((((((..........)))).)))))).))).)).((((...((........))...))))))))))))))).))...........................)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.......((..((.........((..(((.....(((((..(....)..)))))....(((.(((((.........)))))....((.(((..((.(((((((((((.(..((((....))))..).((.....))...)).))).)))))).)).))).)).....)))..)))..)).....((((((((((((((((((((.............((.((..((((((((((..........)))).))))))..)).)).((((...((........))...))))))))))))))).))......))))))).....))..))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....(((((((....)))))))........((((((....)))))).(((.......))).....)))).(((((.........)))))...(((((....)))))....((((......)))).((((.........))))...(((((((((........)))).......))))).((((......))))..((((((...................)))))).......(((((.......))))).((((((....))).)))...((((...((........))...))))...((((.((((.....))))...(((((.......)))))...))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...(((((((....)))))))........((((((....)))))).(((.......)))........((((.(((.((.....)))))....((((....)))))))).((((aaaa..)))).AAAA.((((..((((<<<<<.....<<<<))))....>>>>......>>>>>..((((......))))..((((((...[[[[[....[[[[[..)))))).]]]]]..((((..{{{{{)))).(((((((....))).))))..((((.((((}}}}}...)).)))))).((((((..]]]]]..))))))..bbbbb.))))..BBBBB......)))).