# Base: http://www.owl-ontologies.com/Ontology1174405183.owl#
@prefix xsd:     <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
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default:putative
      a       owl:DatatypeProperty ;
      rdfs:range xsd:string .

default:tRNA_A
      a       default:tRNA ;
      default:has_taxon default:Archaea .

default:ms2i6A-ms2io6A
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_83 ;
      default:has_product default:ms2io6A ;
      default:has_substrate
              default:ms2i6A .

default:m3U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_O ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Eukaryota
      a       default:Taxon .

default:f5U-cmnm5U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_308 ;
      default:has_product default:cmnm5U ;
      default:has_substrate
              default:f5U .

default:Activity_249
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmC2; nm5s2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:G-Grp
      a       default:glycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_145 ;
      default:has_product default:Grp ;
      default:has_substrate
              default:G .

default:gluQtRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:glutamyl ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:m5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_172
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:rRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A , default:mRNA_E .

default:Activity_196
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:mRNA_V
      a       default:mRNA ;
      default:has_taxon default:Viral .

default:tm5U-tm5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_266 ;
      default:has_product default:tm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:tm5U .

default:ms2t6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:thiomethyl , default:carbamoyl , default:threonyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:m6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_97
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_B .

default:Activity_66
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.36"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:rRNA_B , default:tRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:Activity_62
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_166
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:hydroxyl
      a       default:other .

default:mRNA
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:RNAType .

default:other_enzyme
      a       default:Enzyme_class .

default:hn6A-ms2hn6A
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_99 ;
      default:has_product default:ms2hn6A ;
      default:has_substrate
              default:hn6A .

default:U-D
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_200 ;
      default:has_product default:D ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:has_taxon
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:range default:Taxon .

default:Activity_49
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Activity_192
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:mRNA_B
      a       default:mRNA ;
      default:has_taxon default:Eubacteria .

default:ncm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C , default:carbamoyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:f5se2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:formyl , default:selenium ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:nm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C , default:primary_amine ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_126
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:OHyW
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:acetylamide , default:hydroxyl , default:wyosine , default:glutamyl , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:G-Gm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_139 ;
      default:has_product default:Gm ;
      default:has_substrate
              default:G .

default:Activity_72
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_89
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:m3Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:chrRNA
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:RNAType .

default:A-m6A
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_53 , default:Activity_54 ;
      default:has_product default:m6A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:reference_moiety
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:domain default:Modified_Base ;
      rdfs:range default:Unmodified_Base .

default:Activity_76
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:C-m4C
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_182 ;
      default:has_product default:m4C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:tRNA
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:RNAType .

default:mchm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:hydroxyl , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_225
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmC2"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:dihydrouridine_synthase
      a       default:Enzyme_class .

default:Activity_47
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:other_reaction
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:I-Im
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_72 ;
      default:has_product default:Im ;
      default:has_substrate
              default:I .

default:m4Cm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:mcm5U-mchm5U
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_282 ;
      default:has_product default:mchm5U ;
      default:has_substrate
              default:mcm5U .

default:Eubacteria
      a       default:Taxon .

default:Activity_216
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:rRNA_E .

default:m4C-m44C
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_178 ;
      default:has_product default:m44C ;
      default:has_substrate
              default:m4C .

default:m44Cm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:ncm5Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_aromatic_C , default:carbamoyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:i6A-io6A
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_85 ;
      default:has_product default:io6A ;
      default:has_substrate
              default:i6A .

default:carbamoyl
      a       default:other .

default:m44C-m44Cm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_180 ;
      default:has_product default:m44Cm ;
      default:has_substrate
              default:m44C .

default:snRNA_A
      a       default:snRNA ;
      default:has_taxon default:Archaea .

default:Activity_87
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_276
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:glycosylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:C-m5C
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_172 ;
      default:has_product default:m5C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:pseudouridine
      a       default:ring_modification .

default:m1I-m1Im
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_76 ;
      default:has_product default:m1Im ;
      default:has_substrate
              default:m1I .

default:selenium
      a       default:heavy_atom .

default:ac4Cm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:acetylamide ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:Am-m6Am
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_47 ;
      default:has_product default:m6Am ;
      default:has_substrate
              default:Am .

default:acp3U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:aspartyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:G-m2G
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_119 , default:Activity_120 ;
      default:has_product default:m2G ;
      default:has_substrate
              default:G .

default:secondary_amine
      a       default:other .

default:has_activity
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:domain default:Reaction ;
      rdfs:range default:Activity .

default:m2G-m2Gm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_126 ;
      default:has_product default:m2Gm ;
      default:has_substrate
              default:m2G .

default:Activity_117
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:cm5U-mcm5U
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_280 ;
      default:has_product default:mcm5U ;
      default:has_substrate
              default:cm5U .

default:aminoacylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:Activity_200
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:rRNA_B , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:f5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:formyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_260
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "CH2-THF"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_B .

default:m1A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:g6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:glycyl , default:carbamoyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:A-hn6A
      a       default:carbamoylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_97 ;
      default:has_product default:hn6A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:annotationProperty_164
      a       owl:DatatypeProperty , owl:AnnotationProperty .

default:ester_formation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:Activity_120
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.52"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:se2U-f5se2U
      a       default:formylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_306 ;
      default:has_product default:f5se2U ;
      default:has_substrate
              default:se2U .

default:Activity_284
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:cmo5U-mcmo5U
      a       default:ester_formation ;
      default:has_activity
              default:Activity_296 ;
      default:has_product default:mcmo5U ;
      default:has_substrate
              default:cmo5U .

default:Activity_162
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:m7G-m7m2G
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_133 ;
      default:has_product default:m7m2G ;
      default:has_substrate
              default:m7G .

default:Activity_206
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:m2A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_141
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_253
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "nm5s2U, nm5se2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Chemical_group
      a       owl:Class .

default:Activity_111
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "tRNA G(34)"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:m5U-m5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_262 ;
      default:has_product default:m5s2U ;
      default:has_substrate
              default:m5U .

default:Activity_214
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_E .

default:tRNA_B
      a       default:tRNA ;
      default:has_taxon default:Eubacteria .

default:m1Im
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:keto , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:heavy_atom_substitution
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:Activity_182
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_M , default:tRNA_B .

default:has_substrate
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:domain default:Reaction ;
      rdfs:range default:Base .

default:Activity_148
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.51"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_B , default:rRNA_E .

default:Activity_286
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:C-hm5C
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_170 ;
      default:has_product default:hm5C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:norvalyl
      a       default:aminoacyl_group .

default:Activity_103
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:Activity_270
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:mcm5Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:methyl_at_O2 , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:U
      a       default:Unmodified_Base .

default:D
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:partial_saturation ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_223
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmC1"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:peroxy
      a       default:other .

default:m2Gm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:QtRNA-manQtRNA
      a       default:glycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_115 ;
      default:has_product default:manQtRNA ;
      default:has_substrate
              default:QtRNA .

default:cm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_44
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:rRNA_E , default:mRNA_E .

default:ho5U-cmo5U
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_294 ;
      default:has_product default:cmo5U ;
      default:has_substrate
              default:ho5U .

default:o2yW
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:peroxy , default:acetylamide , default:wyosine , default:glutamyl , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_91
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:yW-OHyW
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_164 ;
      default:has_product default:OHyW ;
      default:has_substrate
              default:yW .

default:cm5U-chm5U
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_276 ;
      default:has_product default:chm5U ;
      default:has_substrate
              default:cm5U .

default:i6A-ms2i6A
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_81 ;
      default:has_product default:ms2i6A ;
      default:has_substrate
              default:i6A .

default:Activity_185
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:rRNA_B , default:tRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A , default:mRNA_E .

default:methyl_at_aliphatic_C
      a       default:methyl_group .

default:Activity_300
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.-"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_E , default:rRNA_E .

default:partial_saturation
      a       default:ring_modification .

default:m6A-m66A
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_58 ;
      default:has_product default:m66A ;
      default:has_substrate
              default:m6A .

default:D-m5D
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_204 ;
      default:has_product default:m5D ;
      default:has_substrate
              default:D .

default:m1I
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:keto , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_314
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:mRNA_E .

default:m22Gm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:mcm5U-mcm5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_284 ;
      default:has_product default:mcm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:mcm5U .

default:cmnm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:secondary_amine , default:methyl_at_aromatic_C , default:glycyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_298
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.-"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_E , default:rRNA_E .

default:aspartyl
      a       default:aminoacyl_group .

default:U-m3U
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_206 ;
      default:has_product default:m3U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:galQtRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:galactosyl ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Activity_294
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "alternative pathway"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:I
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:keto ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:ac4C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:acetylamide ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:Activity_296
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_131
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.56"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:mRNA_B , default:mRNA_E , default:mRNA_A .

default:Activity_176
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_B .

default:ms2io6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:thiomethyl , default:hydroxyl , default:isopentenyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Mitochondria
      a       default:Taxon .

default:cm5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:sulfur ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_105
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:mnm5se2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:secondary_amine , default:methyl_at_aromatic_C , default:selenium ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:rRNA_B
      a       default:rRNA ;
      default:has_taxon default:Eubacteria .

default:Activity_264
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:preQ0base-preQ1base
      a       default:other_reaction ;
      default:has_activity
              default:Activity_101 ;
      default:has_product default:preQ1base ;
      default:has_substrate
              default:preQ0base .

default:carbamoylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:f5s2U-cmnm5s2U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_310 ;
      default:has_product default:cmnm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:f5s2U .

default:tm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:tauryl , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:f5Cm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:formyl ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:f5Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:formyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:mnm5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:secondary_amine , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:mRNA_A
      a       default:mRNA ;
      default:has_taxon default:Archaea .

default:Activity_274
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_E .

default:U-m5U
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_260 , default:Activity_259 ;
      default:has_product default:m5U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:C-k2C
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_190 ;
      default:has_product default:k2C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:cmnm5se2U-nm5se2U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_255 ;
      default:has_product default:nm5se2U ;
      default:has_substrate
              default:cmnm5se2U .

default:hydroxymethyl
      a       default:other .

<http://www.owl-ontologies.com/Ontology1174405183.owl>
      a       owl:Ontology .

default:Activity_251
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:galactosyl
      a       default:glycosyl_group .

default:Qbase
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:queuosine ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Base
      a       owl:Class .

default:nm5s2U-mnm5s2U
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_249 ;
      default:has_product default:mnm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:nm5s2U .

default:Gm-m2Gm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_141 ;
      default:has_product default:m2Gm ;
      default:has_substrate
              default:Gm .

default:imG-14-imG2
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_158 ;
      default:has_product default:imG2 ;
      default:has_substrate
              default:imG-14 .

default:ms2m6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:thiomethyl , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:cmnm5s2U-nm5s2U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_247 ;
      default:has_product default:nm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:cmnm5s2U .

default:Activity_239
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:m2G
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:m66Am
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:s2U-f5s2U
      a       default:formylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_304 ;
      default:has_product default:f5s2U ;
      default:has_substrate
              default:s2U .

default:pseudouridine_synthase
      a       default:Enzyme_class .

default:f5U-f5Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_241 ;
      default:has_product default:f5Um ;
      default:has_substrate
              default:f5U .

default:cmnm5Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:secondary_amine , default:glycyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:snRNA
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:RNAType .

default:U-acp3U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_298 ;
      default:has_product default:acp3U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:cmnm5U-cmnm5Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_221 ;
      default:has_product default:cmnm5Um ;
      default:has_substrate
              default:cmnm5U .

default:hydroxylase
      a       default:Enzyme_class .

default:methyl_at_aromatic_O
      a       default:methyl_group .

default:U-s4U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_219 ;
      default:has_product default:s4U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:Activity_93
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:acetylamide
      a       default:other .

default:has_product
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:domain default:Reaction ;
      rdfs:range default:Modified_Base .

default:mannosyl
      a       default:glycosyl_group .

default:methyl_at_aromatic_N
      a       default:methyl_group .

default:Activity_147
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:wyosine
      a       default:ring_modification .

default:glutamyl
      a       default:aminoacyl_group .

default:oQtRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:epoxide ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:U-f5U
      a       default:formylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_302 ;
      default:has_product default:f5U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:cmo5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:methoxy ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:keto
      a       default:other .

default:Y-m3Y
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_210 ;
      default:has_product default:m3Y ;
      default:has_substrate
              default:Y .

default:Activity_233
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmA"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:m66A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_243
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Um-f5Um
      a       default:formylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_239 ;
      default:has_product default:f5Um ;
      default:has_substrate
              default:Um .

default:ho5U-mo5U
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_290 ;
      default:has_product default:mo5U ;
      default:has_substrate
              default:ho5U .

default:imG-mimG
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_156 ;
      default:has_product default:mimG ;
      default:has_substrate
              default:imG .

default:s2Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:methyl_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:imG
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N , default:wyosine ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:ribose_at_O2
      a       default:glycosyl_group .

default:rRNA_A
      a       default:rRNA ;
      default:has_taxon default:Archaea .

default:preQ0base
      a       default:Unmodified_Base ;
      rdfs:comment "preQ0base"^^xsd:string .

default:Activity_156
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:glycyl
      a       default:aminoacyl_group .

default:nm5se2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C , default:primary_amine , default:selenium ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:cmnm5se2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:secondary_amine , default:methyl_at_aromatic_C , default:glycyl , default:selenium ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:U-s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_233 ;
      default:has_product default:s2U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:Activity_143
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:ho5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:hydroxyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:tm5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:tauryl , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Y-m1Y
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_212 ;
      default:has_product default:m1Y ;
      default:has_substrate
              default:Y .

default:Activity_247
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmC1; cmnm5s2U, nm5s2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:cmnm5U-nm5U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_223 ;
      default:has_product default:nm5U ;
      default:has_substrate
              default:cmnm5U .

default:has_rna
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:range default:RNAType .

default:threonyl
      a       default:aminoacyl_group .

default:Activity_229
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmA; nm5s2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_107
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "AdoMet"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_56
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:mRNA_E .

default:A-Arp
      a       default:glycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_51 ;
      default:has_product default:Arp ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:m4Cm-m44Cm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_176 ;
      default:has_product default:m44Cm ;
      default:has_substrate
              default:m4Cm .

default:mo5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methoxy ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:U-cm5U
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_274 ;
      default:has_product default:cm5U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:se2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:selenium ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:mcmo5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:methoxy , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_101
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "B tRNA G(34) is replaced by preQ1, A tRNA G15 is replaced by preQ0"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:m5Cm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:tauryl
      a       default:other .

default:m1G-imG-14
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_150 ;
      default:has_product default:imG-14 ;
      default:has_substrate
              default:m1G .

default:G-m1G
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_147 , default:Activity_148 ;
      default:has_product default:m1G ;
      default:has_substrate
              default:G .

default:QtRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:queuosine ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Activity_268
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:rRNA_B , default:tRNA_E , default:tRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A , default:mRNA_E .

default:Activity_83
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:G
      a       default:Unmodified_Base .

default:Qbase-QtRNA
      a       default:transglycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_111 ;
      default:has_product default:QtRNA ;
      default:has_substrate
              default:Qbase .

default:s2C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:Modified_Base
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Base ;
      rdfs:subClassOf
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:has_group ;
                owl:someValuesFrom default:Chemical_group
              ] ;
      owl:disjointWith default:Unmodified_Base ;
      owl:equivalentClass
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:reference_moiety ;
                owl:someValuesFrom default:Unmodified_Base
              ] .

default:yW
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:acetylamide , default:wyosine , default:glutamyl , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_237
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmA"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_257
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmC2; nm5se2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_B .

default:transglycosylase
      a       default:Enzyme_class .

default:Activity
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf owl:Thing ;
      rdfs:subClassOf
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:has_rna ;
                owl:someValuesFrom default:RNAType
              ] .

default:f5C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:formyl ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:methyl_group
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Chemical_group .

default:m44C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:preQ1tRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C , default:primary_amine ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:m66A-m66Am
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_60 ;
      default:has_product default:m66Am ;
      default:has_substrate
              default:m66A .

default:Activity_198
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_B .

default:A-Am
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_45 , default:Activity_44 ;
      default:has_product default:Am ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:Activity_60
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:mRNA_E .

default:Am
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_160
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:t6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carbamoyl , default:threonyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:f5se2U-cmnm5se2U
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_312 ;
      default:has_product default:cmnm5se2U ;
      default:has_substrate
              default:f5se2U .

default:carboxymethyl
      a       default:other .

default:manQtRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:mannosyl ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Activity_212
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:rRNA_E .

default:transglycosylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:Activity_170
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_E .

default:ms2i6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:thiomethyl , default:isopentenyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Im
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:keto ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:other
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Chemical_group .

default:RNAType
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf owl:Thing ;
      rdfs:subClassOf
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:has_taxon ;
                owl:someValuesFrom default:Taxon
              ] .

default:m5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:methylester
      a       default:other .

default:QtRNA-galQtRNA
      a       default:glycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_117 ;
      default:has_product default:galQtRNA ;
      default:has_substrate
              default:QtRNA .

default:f5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:formyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_288
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "ho5U-presence unconfirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Gm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:mnm5s2U-mnm5se2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_237 ;
      default:has_product default:mnm5se2U ;
      default:has_substrate
              default:mnm5s2U .

default:Taxon
      a       owl:Class .

default:Activity_124
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:preQ1base
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C , default:primary_amine ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Activity_278
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:k2C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:lysyl ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:imG-yW
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_152 ;
      default:has_product default:yW ;
      default:has_substrate
              default:imG .

default:m7m2G
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:OHyWx
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:hydroxyl , default:wyosine , default:glutamyl ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:nm5s2U-nm5se2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_253 ;
      default:has_product default:nm5se2U ;
      default:has_substrate
              default:nm5s2U .

default:epoxide
      a       default:other .

default:m7m2G-m7m22G
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_137 ;
      default:has_product default:m7m22G ;
      default:has_substrate
              default:m7m2G .

default:Activity_70
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E , default:tRNA_B , default:mRNA_E .

default:Activity_158
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:Cm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:preQ1tRNA-oQtRNA
      a       default:other_reaction ;
      default:has_activity
              default:Activity_107 ;
      default:has_product default:oQtRNA ;
      default:has_substrate
              default:preQ1tRNA .

default:m7m22G
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_aromatic_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_180
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_B .

default:cyano
      a       default:other .

default:Activity_272
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_119
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:tRNA_E .

default:i6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:isopentenyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:primary_amine
      a       default:other .

default:Activity_168
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Activity_122
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:rRNA_B , default:tRNA_E , default:tRNA_B , default:rRNA_E .

default:sulfur
      a       default:heavy_atom .

default:heavy_atom
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Chemical_group .

default:Activity_99
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_B .

default:Activity_245
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_64
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_B , default:tRNA_B .

default:m5D
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aliphatic_C , default:partial_saturation ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_310
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_M , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Activity_190
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "ATP+Lys"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_M , default:tRNA_B .

default:Activity_150
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E .

default:nm5U-mnm5U
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_225 ;
      default:has_product default:mnm5U ;
      default:has_substrate
              default:nm5U .

default:mo5U-cmo5U
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_292 ;
      default:has_product default:cmo5U ;
      default:has_substrate
              default:mo5U .

default:Activity_187
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_M .

default:io6A-ms2io6A
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_87 ;
      default:has_product default:ms2io6A ;
      default:has_substrate
              default:io6A .

default:Unmodified_Base
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Base ;
      owl:disjointWith default:Modified_Base .

default:cmnm5s2U-cmnm5se2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_251 ;
      default:has_product default:cmnm5se2U ;
      default:has_substrate
              default:cmnm5s2U .

default:Activity_221
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:m22G
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:second_methyl_at_other_N , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:C-f5C
      a       default:formylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_194 ;
      default:has_product default:f5C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:Activity_128
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_A , default:tRNA_A , default:snRNA_E , default:tRNA_E , default:rRNA_B , default:tRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A , default:snRNA_B .

default:C-s2C
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_198 ;
      default:has_product default:s2C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:m6Am-m62Am
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_49 ;
      default:has_product default:m66Am ;
      default:has_substrate
              default:m6Am .

default:cm5s2U-mcm5s2U
      a       default:ester_formation ;
      default:has_activity
              default:Activity_286 ;
      default:has_product default:mcm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:cm5s2U .

default:preQ1base-preQ1tRNA
      a       default:transglycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_105 ;
      default:has_product default:preQ1tRNA ;
      default:has_substrate
              default:preQ1base .

default:rRNA_E
      a       default:rRNA ;
      default:has_taxon default:Eukaryota .

default:m3C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:transamination
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:m1Am
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_54
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:tRNA_B , default:mRNA_E .

default:Activity_204
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:chrRNA_E .

default:m1Y
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:pseudouridine , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_45
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.66"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_E .

default:Activity_51
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_262
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:A-i6A
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_78 ;
      default:has_product default:i6A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:mcm5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:sulfur , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:aminoacyl_group
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Chemical_group .

default:lysyl
      a       default:aminoacyl_group .

default:m4C-m4Cm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_174 ;
      default:has_product default:m4Cm ;
      default:has_substrate
              default:m4C .

default:Activity_194
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_M .

default:Activity_109
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Y-Ym
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_216 ;
      default:has_product default:Ym ;
      default:has_substrate
              default:Y .

default:Activity_137
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:mRNA_V , default:snRNA_E , default:mRNA_E .

default:nm5se2U-mnm5se2U
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_257 ;
      default:has_product default:mnm5se2U ;
      default:has_substrate
              default:nm5se2U .

default:m5C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:f5U-f5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_243 ;
      default:has_product default:f5s2U ;
      default:has_substrate
              default:f5U .

default:m1acp3Y
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:aspartyl , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:t6A-ms2t6A
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_93 ;
      default:has_product default:ms2t6A ;
      default:has_substrate
              default:t6A .

default:A-I
      a       default:transamination ;
      default:has_activity
              default:Activity_70 ;
      default:has_product default:I ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:chrRNA_E
      a       default:chrRNA ;
      default:has_taxon default:Eukaryota .

default:cmnm5U-cmnm5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_227 ;
      default:has_product default:cmnm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:cmnm5U .

default:Activity_280
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_85
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:Activity_241
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:m2Gm-m22Gm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_143 ;
      default:has_product default:m22Gm ;
      default:has_substrate
              default:m2Gm .

default:Activity_290
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "ho5U, mo5U-presence unconfirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_178
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_B .

default:hydroxylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:Activity_292
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mo5U-presence unconfirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:glycosyl_group
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Chemical_group .

default:Activity_304
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_M , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:ms2hn6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:norvalyl , default:thiomethyl , default:hydroxyl , default:carbamoyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:methyl_at_other_N
      a       default:methyl_group .

default:m4C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:G-m7G
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_128 , default:Activity_131 ;
      default:has_product default:m7G ;
      default:has_substrate
              default:G .

default:C
      a       default:Unmodified_Base .

default:Archaea
      a       default:Taxon .

default:thiolase
      a       default:Enzyme_class .

default:tRNA_M
      a       default:tRNA ;
      default:has_taxon default:Mitochondria .

default:Activity_208
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:rRNA_B , default:tRNA_E , default:tRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:nm5U-nm5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_229 ;
      default:has_product default:nm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:nm5U .

default:m5Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:m1Y-m1acp3Y
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_214 ;
      default:has_product default:m1acp3Y ;
      default:has_substrate
              default:m1Y .

default:Activity_115
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:A-g6A
      a       default:carbamoylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_89 ;
      default:has_product default:g6A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:A-m2A
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_64 ;
      default:has_product default:m2A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:Activity_282
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:OHyW-o2yW
      a       default:other_reaction ;
      default:has_activity
              default:Activity_166 ;
      default:has_product default:o2yW ;
      default:has_substrate
              default:OHyW .

default:Activity_164
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:cmnm5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:secondary_amine , default:methyl_at_aromatic_C , default:glycyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:s4U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:m6Am
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_other_N ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:A
      a       default:Unmodified_Base .

default:Activity_219
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_B .

default:m6A-ms2m6A
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_62 ;
      default:has_product default:ms2m6A ;
      default:has_substrate
              default:m6A .

default:second_methyl_at_other_N
      a       default:methyl_group .

default:Activity_145
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:mnm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:secondary_amine , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:acp3U-acp3Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_300 ;
      default:has_product default:acp3Um ;
      default:has_substrate
              default:acp3U .

default:Enzyme_class
      a       owl:Class .

default:Activity_312
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:A-t6A
      a       default:carbamoylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_91 ;
      default:has_product default:t6A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:C-m3C
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_168 ;
      default:has_product default:m3C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:preQ0tRNA
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:cyano ;
      default:reference_moiety
              default:preQ0base .

default:Activity_68
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A .

default:U-Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_268 ;
      default:has_product default:Um ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:imG-14-imG
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_154 ;
      default:has_product default:imG ;
      default:has_substrate
              default:imG-14 .

default:U-Y
      a       default:transamination ;
      default:has_activity
              default:Activity_208 ;
      default:has_product default:Y ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:Activity_139
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:snRNA_E , default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B , default:mRNA_B , default:mRNA_E , default:mRNA_A .

default:m2G-m22G
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_122 ;
      default:has_product default:m22G ;
      default:has_substrate
              default:m2G .

default:C-ac4C
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_192 ;
      default:has_product default:ac4C ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:Activity_174
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_B .

default:methyl_at_aromatic_C
      a       default:methyl_group .

default:U-ho5U
      a       default:hydroxylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_288 ;
      default:has_product default:ho5U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:methoxy
      a       default:other .

default:mnm5U-mnm5s2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_231 ;
      default:has_product default:mnm5s2U ;
      default:has_substrate
              default:mnm5U .

default:chm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:hydroxyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Activity_308
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_M , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Reaction
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf owl:Thing ;
      rdfs:subClassOf
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:has_substrate ;
                owl:someValuesFrom default:Base
              ] ;
      rdfs:subClassOf
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:has_activity ;
                owl:someValuesFrom default:Activity
              ] ;
      rdfs:subClassOf
              [ a       owl:Restriction ;
                owl:onProperty default:has_product ;
                owl:someValuesFrom default:Base
              ] .

default:queuosine
      a       default:other .

default:m7G
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Grp
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:ribose_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_227
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmA; cmnm5s2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:ncm5U-ncm5Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_272 ;
      default:has_product default:ncm5Um ;
      default:has_substrate
              default:ncm5U .

default:Activity_53
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "2.1.1.48"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:rna_type
      a       owl:DatatypeProperty ;
      rdfs:range xsd:string .

default:misc_addition
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:m3Y
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:pseudouridine , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Arp
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:ribose_at_O2 ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_2
      a       default:Activity .

default:chm5U-mchm5U
      a       default:ester_formation ;
      default:has_activity
              default:Activity_278 ;
      default:has_product default:mchm5U ;
      default:has_substrate
              default:chm5U .

default:nm5s2U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:sulfur , default:methyl_at_aromatic_C , default:primary_amine ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:f5s2U-f5se2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_245 ;
      default:has_product default:f5se2U ;
      default:has_substrate
              default:f5s2U .

default:methyltransferase
      a       default:Enzyme_class .

default:s2U-se2U
      a       default:heavy_atom_substitution ;
      default:has_activity
              default:Activity_235 ;
      default:has_product default:se2U ;
      default:has_substrate
              default:s2U .

default:formylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:C-Cm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_185 ;
      default:has_product default:Cm ;
      default:has_substrate
              default:C .

default:hm5C
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:hydroxymethyl ;
      default:reference_moiety
              default:C .

default:acp3Um
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:aspartyl ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:imG2
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:wyosine , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:io6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:hydroxyl , default:isopentenyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:Activity_58
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:rRNA_B , default:rRNA_E , default:rRNA_A .

default:Activity_133
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:mRNA_V , default:mRNA_E .

default:m6t6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_other_N , default:threonyl , default:carbamoyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:tRNA_E
      a       default:tRNA ;
      default:has_taxon default:Eukaryota .

default:Activity_255
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmC1; cmnm5se2U, nm5s2U-presence not confirmed"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_B .

default:t6A-m6t6A
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_95 ;
      default:has_product default:m6t6A ;
      default:has_substrate
              default:t6A .

default:m6A-m6Am
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_56 ;
      default:has_product default:m6Am ;
      default:has_substrate
              default:m6A .

default:ring_modification
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Chemical_group .

default:Y
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:pseudouridine ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:formyl
      a       default:other .

default:imG2-mimG
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_160 ;
      default:has_product default:mimG ;
      default:has_substrate
              default:imG2 .

default:thiomethyl
      a       default:heavy_atom .

default:Activity_259
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:imG-14
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:wyosine ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:hn6A
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:norvalyl , default:hydroxyl , default:carbamoyl ;
      default:reference_moiety
              default:A .

default:oQtRNA-QtRNA
      a       default:other_reaction ;
      default:has_activity
              default:Activity_109 ;
      default:has_product default:QtRNA ;
      default:has_substrate
              default:oQtRNA .

default:I-m1I
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_74 ;
      default:has_product default:m1I ;
      default:has_substrate
              default:I .

default:Ym
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:pseudouridine ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:Viral
      a       default:Taxon .

default:QtRNA-gluQtRNA
      a       default:aminoacylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_113 ;
      default:has_product default:gluQtRNA ;
      default:has_substrate
              default:QtRNA .

default:preQ0base-preQ0tRNA
      a       default:transglycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_103 ;
      default:has_product default:preQ0tRNA ;
      default:has_substrate
              default:preQ0base .

default:Activity_154
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_E .

default:isopentenyl
      a       default:other .

default:m1G
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_231
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmA"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:mcm5U
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:carboxymethyl , default:methylester ;
      default:reference_moiety
              default:U .

default:snRNA_E
      a       default:snRNA ;
      default:has_taxon default:Eukaryota .

default:OHyW-OHyWx
      a       default:other_reaction ;
      default:has_activity
              default:Activity_162 ;
      default:has_product default:OHyWx ;
      default:has_substrate
              default:OHyW .

default:m22G-m22Gm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_124 ;
      default:has_product default:m22Gm ;
      default:has_substrate
              default:m22G .

default:Activity_306
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:rRNA
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:RNAType .

default:Activity_81
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_210
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:rRNA_B .

default:methyl_at_O2
      a       default:methyl_group .

default:m1A-m1I
      a       default:transglycosylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_68 ;
      default:has_product default:m1I ;
      default:has_substrate
              default:m1A .

default:U-ncm5U
      a       default:ester_formation ;
      default:has_activity
              default:Activity_270 ;
      default:has_product default:ncm5U ;
      default:has_substrate
              default:U .

default:m1Gm
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_O2 , default:methyl_at_aromatic_N ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:Activity_78
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "iPP+ATP"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Activity_113
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "ATP+Glu+H2O"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:has_group
      a       owl:ObjectProperty ;
      rdfs:comment "Means that a Modified_Base was subject to a particular Modification_Reaction at some point in its history. Each Modified_Base can have many of these."^^xsd:string ;
      rdfs:domain default:Modified_Base ;
      rdfs:range default:Chemical_group .

default:Cm-m4Cm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_187 ;
      default:has_product default:m4Cm ;
      default:has_substrate
              default:Cm .

default:Activity_266
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_M .

default:m3U-m3Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_314 ;
      default:has_product default:m3Um ;
      default:has_substrate
              default:m3U .

default:Activity_302
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_A , default:tRNA_M , default:tRNA_E , default:tRNA_B .

default:Activity_235
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "mnmA"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:Activity_95
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_B .

default:mRNA_E
      a       default:mRNA ;
      default:has_taxon default:Eukaryota .

default:A-m1A
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_66 ;
      default:has_product default:m1A ;
      default:has_substrate
              default:A .

default:methylation
      a       owl:Class ;
      rdfs:subClassOf default:Reaction .

default:Activity_74
      a       default:Activity ;
      rdfs:comment "SAM"^^xsd:string ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:mimG
      a       default:Modified_Base ;
      default:has_group default:methyl_at_aromatic_N , default:wyosine , default:methyl_at_aromatic_C ;
      default:reference_moiety
              default:G .

default:snRNA_B
      a       default:snRNA ;
      default:has_taxon default:Eubacteria .

default:f5C-f5Cm
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_196 ;
      default:has_product default:f5Cm ;
      default:has_substrate
              default:f5C .

default:misc_addition_1
      a       default:misc_addition ;
      default:has_activity
              default:Activity_2 ;
      default:has_product default:cmnm5Um ;
      default:has_substrate
              default:f5Um .

default:deaminase
      a       default:Enzyme_class .

default:m5U-m5Um
      a       default:methylation ;
      default:has_activity
              default:Activity_264 ;
      default:has_product default:m5Um ;
      default:has_substrate
              default:m5U .

default:Activity_152
      a       default:Activity ;
      default:has_rna default:tRNA_E .

default:rRNA_M
      a       default:rRNA ;
      default:has_taxon default:Mitochondria .