Family SSU_trypano_mito

Download the aligments for this family. (.stk)

RNA Shape

Level1

((())((((((((((((((()))))))()))))))))(((()())))()(()))()

Level2

(()(()())(()())()())()

Consensus Secondary Structure representation

>predicted reference SSU_trypano_mito 
AUUAAAUUUAGUCAAUUGUUAUUAUUCAUAUUAAUUUUUUCAAAAGUUUUCUAGUUUUAUACUAGUUUAUUUUUGAAAAAUUUUAUUUAUAAUAUUUUAGGAAUAGUUAAUAAUAAUUUAUAAUUUUGAUCAGAUGUAUUUGUUAAUGCUAUUAAAUGGGUGUGGAAAAACGUAUAAAAUUAGUAACAUAUUUAAAUAAUAAAUUAAAUUAACUUAUUAGUCAGAAAUGGAUGCCAGCCGUUGCGGCAAUUUCUAUGCUUUUAAAUAUUAUACAUUUAUUAUAUAAAAUUGUUACUAUUUUAUUUUAAUCAAUAAAAAUAAUAAUAAUUUUUAUUUGUUUUUAAACACCAUUUGGUAUAUGCAAAUACAAAAUGAUAUUAAUUAUAAAUUAUAUUAUAUUAUAUUUAUUCAUAUAAUUAACAAUAUAAUAUUUAUUGUUUUUGAUACCAUGAUAAGGAUUAUAAAUUGAAAUUGUAAAUUUUAUAAUCAAAACUAAUUUAUUAUAUUAAAUUAGCAUGUGUAGAUAAAACAAUAAAUUUAAAAGGUAUUGUUGCCCACCAGUCUUUAUAAUAAAGACAACGUGCAGUAAUUAAUAUAUUUAUAAAAAUAUAUUUUAUCAUGUU
..............((((.................((((((((((((...(((((.....)))))...))))))))))))....................((((((.((((((((((((((((((...((((..(((((((((..((((((.......(((((..(((((((..........((((((.........(((((((.........(((..(((.((((((...((((.((....))))))))))))..)))..))).........))))))).........))))))...............(((((((((.......))))))))))))))))..)))))...))))))..)))))))))...))))...)))))))))))))....)))))...))))))...................((((((((((((...(((((((.....(((((((((..............)))))))))....((((((((......)))))))))))).)))...))))))))))))......((((....))))(((..(((((((...)))))))...)))))))....(((((((((....)))))))))..........