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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 5S_rRNA



RNA: 1VX6_B

GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG
Reference structure (std) [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))..
Reference structure (ext) [ sec struct ] ([[[[[[[....[[[[[[[[[.)](((((((...([...).].))))..))...)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))]]]]]]]...
                    (                                 )                                                               
                           (                    )                                                                     
                          (                         )                                                                 
                                (           )                                                                         
                                       (  )                                                                           
                         (                           )                                                                
                                                                          (                       )                   
                                 (         )                                                                          
(                                                                                                                  )  
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((...................................)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......................................................................((..((....)).))..............))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......)))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))..
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.....................(((((((((.(((....((((((((........))))))))))).))..)))))))....................)))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....))))))).).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((...((..((((.(......)...))))..))....)))))))..((((((...((.((((.((((....))))))))..)).))))))))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......))))...((((...((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).))))(((((....))))).))))......)))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).)))))).)))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((......(((....)))..(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).).....))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((.......(((([[..........)))).[[.....))))))...{{{{{{]]....{{{{.{{{{]]..}}}}}}}}.....}}}}}}.)))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....)))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))))))))..)))))))).))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(........(.(....).).(.(.(......)...).)..((((((((........))))))))....((((.((((....))))))))...........))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((....[[[[...[[[[[[[..........[[[[[[[)))))))...]]]]]]]........]]]]]]]..(((..)))........]]]])))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((..((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))...
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((([[.[[[{{{...{{{{{{{.....<<<<<<<<<<<<<))))))aa>>>>>>>>.]]]AA..}}}}}}}..]]..>>>>>.......}}}))))))))..
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))((((....(..(((((..((....)).))))).....))))).))))))))..
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.((((.(.............).((((....))))((((((((........))))))))...)))).(((((....))))).((.....)).)))))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((......(((....)))....((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).......))))))))))..
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((..........(((((....)))))........))))))))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......((.((..((....))..)).)).....)))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((......(((....)))..(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).).....))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........(((....)))....((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).........))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......)))))).((((.(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).))))(((((....))))).)))).)....))))..)))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((..(((((((((...(..(((((((......)))))))..)..)..)))))))..)((((((....((((((.((((..))))))))))...)))))))))))))))..
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((..((((((((....(..((((............))))..).....)))))))..)(((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))).)))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................(..(......(........(.....)...)..........)....).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((.(....(((((.(((....)))))))).)...))))))))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((......(((....)))....((((.((((.(((....((((((((.(.....)))))))))))).))))(((((....))))).)))).......))).))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.....((((.......))))..((((....)))).(((((((........))))))).))).(((((.(((....))))))))...........))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((.......))))..((((....)))).[[[[[[[)))))...]]]]]]].....(((((.(((....))))))))...........))))))))..



RNA: 3G4S_9

UUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCAGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAAUCCGGUUCGCCGCCACC
Reference structure (std) [ sec struct ] ...((((((....((((.(........(.((((...(.....)...))))...)......).)).))....(..(......(((((.((....))))))).....)..)....))))))...
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..([[[[[[.[..[[[[[[..[..)].((((((...({{...)}}.))).)....))...]]]].]]](((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).]]]]]]...
                                                                ( )                                                       
                     (    )                                                                                               
                             (                     )                                                                      
                                   (          )                                                                           
                           (                         )                                                                    
  (                 )                                                                                                     
                                  (            )                                                                          
                                          (  )                                                                            
                 (                                            )                                                           
                                                                 (                                              )         
                             (                   )                                                                        
                                                  ()                                                                      
              (                                                                                                 )         
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((......((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).))))))..........(((...(..(((.((....)))))..)....))).....))))))..)
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((......((((((.....................................))))))................((((((.........))))))............))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((......((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).(((((((((......)))))))))..(((((...((.....)))))))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.((.((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).)).......(((...(..(((.((....)))))..)....))).))..))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((((((.(....((.........(((((....)))))))..).)))))).)).((...((.....((((((.((....))))))))....))..))..)))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((......(((((..................(((((....))))).......)))))................((((((.((....))))))))............)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((........((((((........((((.............))))........)))))).(((((((((......)))))))))(((((((....(((..))))))))))))))...
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....(((((((.........((((.............)))).........))))).)).............(((((((.......)))))))............)))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((((((......((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....))))))))..).))))).).)))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((((((......((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..((.((.....((((((.((....))))))))....)).))..))))))))).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....)))(((((...((((((((...((((((((.(....)....((......))))))..)))))))).((((.((....))))))))))))))).....))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).)).......(((...((((((.((....))))))))....))).....))))))...
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((......((((((.....................................))))))................((((((.........))))))............))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....(((((((.........((((.............)))).........))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...)))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).)).......(((...(..(((.((....)))))..)....))).....))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((......((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).(((..((..(((...((((((.((....))))))))....)))))..))).)))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((((((.((..((.(((...............))).))..)).)))))).(((((((((......)))))))))))(((((....((....)))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).)).......(((...(..(((.((....)))))..)....))).....))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.((.((((((((.((..((.((((.............)))).))..)).)))))).)).......(((...(..(((.((....)))))..)....))).))..))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((....)))((((.((.....)))))).....((((.((((.................(((....)))..((((((.((....))))))))....)))))))).)))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....{{{{{)))))))).((((..}}}}}......))))........((((...(((((((((......)))))))))[[[[[[[..))))......]]]]]]].......



RNA: 3IZF_C

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....(((((((......((.(((...(....)...)))...)).....))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))).
                          (                           )                                                               
                                  (         )                                                                         
                         (                             )                                                              
                                                                           (                      )                   
                                                              (                                            )          
                                        (  )                                                                          
 (                      )                                                                                             
                                 (           )                                                                        
                               ( )                                                                                    
                    (                                  )                                                              
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))).))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...................................))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........................................................(..........(.(((.((....)).))).)........)..))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.(((((...((..((((............))))..))....))))).))(((((((......((((((((....))))))))....)))))))))))))))).
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((....................)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((((.(((((......))..))).))))....))))))).((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((((.((((((((((((((..))))))))))))))..)))))))))((((((..((.(((((((((((..)))))))))))).)))))))))))))))).
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((...((..))...))).)))))...))))))))((((((..(..(.((((((((....)))))))).)..)))))))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..)).)).)))...))))))))(((((((......(((((.((....))).))))....)))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((((((((((......))..)))))))))...))))))).((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))))))(((((((......((((((((....))))))))....)))))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((((.(((((......))..))).))))....)))))))).(((((....(..((((((((....))))))))....)))))).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((....................)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((((((...((..((................))..))....))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.(((((.....((((((...(....)...))))..))....))))).))((((((.....(.(((((.((....)).)))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.(((((.....((((((((......))..))))..))....))))).))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))).....(((((((.((((((((....))))))))...)))).)))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((............))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((........(((............))).........))))))..((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.(((((...((...(((((......))..)))...))....))))).))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))).....(((((((.((((((((....))))))))...)))).)))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))......((((((.((((((((....))))))))...)))).)).))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................(..(.(...........................(..(..)).))...)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.(((((.....((.((.((......))...))...))....))))).))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((.(......)...))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((....................)))))...)))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((((....................))))....)))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).



RNA: 3J2L_3

CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
Reference structure (std) [ sec struct ] .((((((....(((.((((.....(.((((...(.....)...))))...)....)))).).))..(((((((....((((((.((....))))))))...)))))))..))))))..........
Reference structure (ext) [ sec struct ] .((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)......
                                   (     )                                                                                    
                         (                          )                                                                         
                                                             ( )                                                              
                 (                                      )                                                                     
                                                                                                                       (   )  
                                       (  )                                                                                   
                             (             )                                                                                  
                          (                     )                                                                             
                        (                            )                                                                        
                                                  ( )                                                                         
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((................(((((....)))))......)))))).(((...((.((....((((((.((....))))))))...)).))...))).))...........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.....((((.............)))).......)))))))))).............((((((((.....))))))))............))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........................................................(((.......(.(((..((....)).))).)......)))..)))))))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...))))))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))(.((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))).)))))))).........
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...))))))))))..((((((((((.((((((((.....))))))))))))))))))..))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))(.(((((((....((((((.((....))))))))...))))))).)))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...(((((...(.((((((.((....)))))))).)..)))))...))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))(.((((((((.(.((((((((.....))))))))).)))))))).)))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).)).))(((((((.(.((((((.((....)))))))).))))))))...))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))..)))))))))))))(((((((.((((((((.(((..))))))))))))))))))..)))))))).........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).))(..(((((.....((((((..(.....)))))))....))).).))))))))).........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((.(((..........(....(((((....))))).....))))))).).....(((((....((((((.((....))))))))...)))))....))))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.................(((((....))))).......))))).))....((.......((((((((......)))))))).......))..))))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((((...((((((.((....))))))))..)))))))...))))))).........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((....)((((((.............))))..)).....))))).)).............((((((.((....))))))))............))))))).........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.{{{{..(((((((.....((((<<<(.aaaaaaaa))))..AAA..)))))))..AAA(((((((([[.((((((((.)>>>))))))))AA))))))))..)))))))]]..}}}}.
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....))))))))..).))))).).))))))).........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))).........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))).........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.....)))(((.((.....))))).((........)))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((((.....(((((.((.....))).)))).......))))))).....((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((.........(((....(((((....))))))))...))))))................((((((((.....))))))))............))))))).........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).........((.....((((((.((....))))))))....))......))))))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).)).))(((((((...((((((.((....))))))))..)))))))...))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))(.((((((((...((((((.((....))))))))..)))))))).)))))))).........
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(..(((((((.((..((((((.......))..))))..))...)))))))..)...((((((.(..((((((.((....))))))))..)))))))....)))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((((((((..((((((.......))..))))..)).).)))))))).))).((((((.(.(((((((.(((..)))))))))).))))))).)..)))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................(..(..(.(............)...).....)..)......(.......).............
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))(..(((.......((((((.((....))))))))...)....)).)................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((...((..((((.............))))..))....)))))).))...(((((((...((((((.((....))))))))..)))))))...))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((......)))....(((((....)))))......)))))).....((((((((...(((((((.......)))))))..))))))))..))))))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((......)))....(((((....)))))......)))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........



RNA: 3J3E_7

GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((.....(((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).).(.(((((.....((.((..((....)).)).))....))))).))))))))))..
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[(...)[[[[[[[[.)..(<(((((...{(...}..)))))...>.).)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).))))))))).]]]]]].)..
                          (                           )                                                                 
        (                                                                                                    )          
 (                                                                                                                  )   
                                                                           (                       )                    
                            (                    )                                                                      
                                 (           )                                                                          
         (  )                                                                                                           
                                        (  )                                                                            
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.....(((((((...(...((((..((....))..))))...)....)))))).).(.(((((.....((.((.(((....)))))..))...))))).))))........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((............))))).......)))))).....(((((..............................)))))..)))))))))..
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........................................................(((.......(.(((..((....)).))).)......))).))))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).).)(((((((....(((((.(((....))).)))))..))))))).)))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((((((((...............)))))).........))))).)))))))))..
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......((((((.((....)).)))))).......))))))(((((((((((...............))))))).........)))).)))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((......(((((...(....)...))))).......)))))).).(.(((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))).))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.....((((((............))))..))....)))))).....((((......((.((.(((....))))).)).....))))..)))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((((((((....(((....))).)))))).........))))).)))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((((((((....((.....))..)))))).........))))).)))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...))(((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))..)))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((............))))).......)))))).((((((((((...............)))))))).........))..)))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......(((((((..(((((((((((..)))))))))))))))))).).)))(((((((((..(((((((((((((..)))))))))))))))))))))).))))))..
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......(((.(((...(((((..(((..)))..))))).))).))).).)))(((.(((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))).))).))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))))...))(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((((((((....))))))))).)))))))).)))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((.(((....))).)).)).))))))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(.(((((((((....((.....))..)))))))))..........).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..(((..)))..))))).......))))))(((((((((((...............)))))).........))))).)))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((......(((((............))))).......))))))...))(((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))..)))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))...
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((...{{{{{(..aaa.(((((<<<<<<<.....))))).))(((()}}}}}[[[[[[[[[[[.AAA))))>>>>>>>]]]]]]]]]((....)).]].)))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).).)((((((...(.((((((.((....))))))))..).)))))).)))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).).)((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))).)))))))))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).).).(((((.....(((((.(((....))))))))....)))))..)))))))))..
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((((......))..))))).......))))))(((((((((((...............)))))).((....))))))).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((...(((....((.((.(((....))))).)).))).))))).)))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(....((((((......(((((............))))).......))))))..(((((((((...............)))))))))...........))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))..(((((((((...............)))))))))............)))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........)))))).....(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..)))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))..)))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((...(((....((.((.(((....))))).)).))).))))).)))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((...(((....(((((.(((....))).)))))))).))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...))(((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))).)))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(..(.(((((((...(.(((((((......))..))))))....).))))))(.(((((((((.(..(......)..))))))))))).(..)..)..))))))))))..
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(.((((((......(((((((......))..))))).......))))))(.(((((((((....(......)...)))))))))).......)...)))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................((....(((...(........)............))).((...........))...)).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...(...((((((......))..))))...)....)))))).).)(..((......((.((.(((....))))).)).....))...))))))))).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).....(((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))..)))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).....(((((..((.(((((.(((....))))).))).)))))))..)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))(((((((((((....((.....))..))))))..(....).))))).)))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))..(((((((((...............)))))))))............)))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((((......(((((....[[[[[...))))).......))))))..]]]]]........(((((..((....))..)))))..((.....))))))))))..



RNA: 3J3F_7

GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))...
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))...
                          (                           )                                                                  
                                                ( )                                                                      
                            (                    )                                                                       
                           (                         )                                                                   
                                                                           (                       )                     
                                 (           )                                                                           
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))..........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...................................))))))...(((((((..............................))))))))))))))))...
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........................................................(((........(.(((..((....)).))).).......))).)))))))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))...
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((...((((.(((((((((((((((.................))))))))))))))).)))).....))))).......((((((.....)))))))))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..(((.((......))...)))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((..))))))))))))))..)))))))))))((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))))))))))))...
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((.(.((((((.(.((..((((..(((..)))..))))..)))...)))))).).)((((((...(.((.((..((....)).)).)).)..))))))))))))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((.(..(((....))).)..)).))))))))))))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..........(((((((((..(((((..))))).........))))))))).))))..........)))).....(((((((.....)))))))))))))))...
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((.....................((((...............))))..............((.((.(((....))))).)).......)))))))))))))...
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((.((((.....................................))))..))(((((.......((.((.(((....))))).))......)))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((([[(.bbb.bb(((((((((..((((({{)))))..aaaaa..))))))))).))))<<BB.AAAAA)))]].....((((((}}.>>)))))))))))))))BBB
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))...
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))...
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((.(((..(.....).((((((((((....))...(....)((....))))))))))..(((....))))))))((....))((((((.....)))))))))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.(.(....((.(((....))))).....))))))))))))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((((....(((((((((..((((....)))).........)))))))))....)))).......)))).....(((((((.....)))))))))))))))...
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((....((..((((............))))..)).....)))))...(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((......((.((((......))))..))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(.(((((.(((........((((((......))))..))(((((((((((((...).)))))))))))).))).))))))..(((((.(((..))))))))))))))))...
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(...(((.(((........((((((......))))..))..(((((.((((......)))).)))))...))).)))..)..(((((.((....)))))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................(...(................(.....)........(....)......)).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))...
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..................(((.((((..((((....)))).((((..((((......))))..))))....))))))).....((((((.....)))))))))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.................(((((((((..((((....)))).[[[.....)))))))))..((((]]]............)))).(((((.....))))).)))))))))...



RNA: 3J3V_B

UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG
Reference structure (std) [ sec struct ] ((((((.(.....((((((((.......(((...............)))........)))))).)).((.......((.(((((...))))).)).......))...).))))))....
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[.(.[)[[[[[[[[[.)]((((((..[.([....).].)]))..)))...]]]]]].]]..((((.(((((((((((...)))))))))).)))))]..].]]]]].).(.)
                                                                          (                      )                     
               (                                                                                         )             
 (                                                                                                               )     
                          (                            )                                                               
                               (             )                                                                         
                           (                          )                                                                
                                                                   (                                   )               
                              (               )                                                                        
        (                                                                                                 )            
                                                                        (                          )                   
                            (                     )                                                                    
                                         (  )                                                                          
       (                                                                                                   )           
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((....))))............)...............
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((((....................................))))))................(((((...))))).............))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........................................................(((......(.(((((....)).))).)......))).))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((..........((((....)).))..........))..)))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((...((..((((((.......)))..)))..))....)))))).)).(((((....)))(((((....))))).........)).))))))))))....
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((...((((((((((.......))..))))))))....)))))).))....(......)((((((....))))))...........))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((((.......((((((.......))..))))........))))))..................((.....))(((((....))))).))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))..)))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((...((..((((((.......)))..)))..))....)))))).)).((.((....))((((((....))))))........)).))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).(((((....)))))(((...)))((((......)))).))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((((......[[((...[[..........)).........)))))).....{{{{]]..}}}}]]........(((((....))))).))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).).(((((.....((((((.(....)))))))....))..))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((....(((((((((.......)))..)))..)))...)))))).)).((.((....((((((((...))))))))....)).)).))))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((........(.................).........)))))).............(.((((((.....)))))).)...........)))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).(((((....)))))(((...)))((((......)))).))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...............((((((....))))))...........))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......((((((.......((((.............))))........))))))....((.......(..(((.......)))..).......))...))))))).....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((..[[[[[[..{{((((<<<..<<<<<<<<))))..>>>..aaaaaa...))).]]>>>>>}}aaaaaa]]]]AAAAAA.AAAAAA.>>>))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((((....)).))))).)..)))))).)))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((((...)((((((((.......))..))))..))....)))))).))(((.......((.((((....)).)).)).......)).))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((((....)).)))))..).)))))).)))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((((...)((((((((.......))..))))..))....)))))).))(((.......((.((((....)).)).)).......)).))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((((((.......)((((.......))))((....))....)))))).)).(((((....)))))((.....))(((((....))))).))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.(.....((((.............)))).......))))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))....(((((....))))).........(((((....))))).))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................(((((...))))).............))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((((((.....((((((..(......)...))))..))....)))))).))(((.((....(..(.((....))..)..)....)).)).).))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((.....((......)).........(((....)))..)))).((((((....(((...)))...((((((....)))))).))))))....))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.........((((.......))))((....))....)))))).)).(((((....)))(((((...)))))..........)).))))))))))....
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((((((.(.((..((((.............))))..))...))))))).(((((..........(((((...)))))..........)).))))))))).))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((((((.((((..(((((((.......)))))))..)).).))))))).(((((((((..(...(((((...)))))...)..)))))).))))))))).))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...((((((((....(..(((...............)))..).....)))))).)).((.........((((((....))))))........)).))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((................(((.((((.......))))...((((.......))))....(((((....))))).))).....(((((....))))).))))))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((................(((.((((...[[[[))))...((((.......))))....{{{{{]]]]}}}}}.))).....(((((....))))).))))))))......



RNA: 3J7Z_B

GCCUGGCGGCCGUAGCGCGGUGGUCCCACCUGACCCCAUGCCGAACUCAGAAGUGAAACGCCGUAGCGCCGAUGGUAGUGUGGGGUCUCCCCAUGCGAGAGUAGGGAACUGCCAGGCA
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((.....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).)).((.......((((((((...)))))))).......))...))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..(..(((((((((..)(((((((...([....).].))))())))...)))))).)))(((((..((((((((((...))))))))))..)))))...))))))))).
                                                                   (                                     )            
                                   (          )                                                                       
                            (                          )                                                              
                                          (  )                                                                        
                             (                     )                                                                  



RNA: 3JYX_3

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGUAGAGCCGACAGUAGUGUAGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((......((..........(.........(....).........)..........)).(.........(..(..(...)..)..).........)....))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.....([.....((..)(((.......{(...})......)))...)....(.])((.......(((.((..(...)..)).))).......))).)))))))).
                                                  ( )                                                            
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))).))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((........................................)))))(((.......((((((((...))))))))........)))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........................................................(.......(.(((((....)).))).)........)..))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((..(((...((..((((............))))..))....)))).))(((((((...(((((((....)).)))))...)))).)))))))))))).
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.................(((((((((((.((..................(((((.......)))))....((((....)).)))).)))))...)))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.................(((((((((((.((..................(((((.......)))))....((((....)).)))).)))))...)))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........))....(((((((((((.((......(...........(((((.......))))).)..((((....)).)))).)))))...)))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((((...((((((...))))))((((((((((...)))))))))))))))))))))))))))).
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((...(.(.((((...)))).).)...))).(.(((.(((...((((.(...).))))(.(((((.((...)).))))).)))).))).)))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.(((...((..(.((((......))..)).)..).)...)))))))(((((.((..(((((.(....)..)))))....)))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(..((((..((((.((((((......))..))))).)))...)))).)..((((..((.(((((((....)).)))))...)))).)).))))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))((((((....(((((((....)).)))))....))).)))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((...((((.(((((......))..))).))))....))))))).((...((..(((((((....)).)))))....))..)).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.................(((((((((((.(((((.....(((((.....(((....)))..)))))......))))).........)))))...)))))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((..((((...................................)))).))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((..(((.....((((((...(....)...))))..))....)))).))((((((..(.(((((((....)).)))))..).))).)))))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((..(((.....((((((((......))..))))..))....)))).))((((((....(((((((....)).)))))....))).)))))))))))).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........))....(((((((((((..((.......))(......)(((((.......))))).(((((((....)).))))))))))...)))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.(((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........(((........(((............))).........)))....(((.......(((((.........)))))........)))))))))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((..(((........(((............))).........)))).))((((((....(((((((....)).)))))....))).)))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))).((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)).))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.(((...((((.(((((......))..))).))))....)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................(..((.....(.(.............).).......))...).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((...(((...((..(...(............)..).))....)))..))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..............(((((....................)))))..(((((.......))))).(((((((....)).)))))...........))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((...................)))).........................((((.......))))..(((((((....)).)))))...))).((((......))))



RNA: 3O58_2

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((.......................))....)))))).)).(((((.......(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....({((........[...(.]..)....)}.).))))))).)).(((((......(((((((.((....)))))))))....))))).))))))))).
                           (                       )                                                                     
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))).))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...........................................................(..........(.(((..((....)).))).)........)..))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))).)..))....)))))).))(((((((......(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(...((..............))....).....)))))).))((((((....((.(((((.(((....))))))))...))))))))))))))))).
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(...((..............))....).....)))))).))((((((....((.(((((.(((....))))))))...))))))))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((.(.(((............))).)..))....)))))).))((((((....((.(((((.(((....))))))))...))))))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((((.(((((......))..))).)).))....))))).)).((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))).).)))))))))(((((....)))))((((.(.(((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))).
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((.((((..((..(.((.(....).)).)..))....)))).)).)(.(((....))).)(((..(.(((.(.(((.(((..))).))).).)))).)))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..)).))..)))...)))))).)).((((((......((((((.((....))))))))....)))))).))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..(((((..(....))..))))...)))...)))))).)..((((((..(.(.(((((.(((....)))))))).).))))))).))))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))...))))..)))...)))))).))(((((((......(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((((.(((((......))..))).)).))....)))))).)).(((((....(..(((((.(((....))))))))....)))))).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((.......................))....)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((((......))..))).)..))....)))))).))(((((((......(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((....................................))))).)))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...)))))).)).....(((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((............))).)).)))...)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((........(((............)))..........))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((........(((((......))..)))..........)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))).))).....(((((((.(((((.(((....))))))))...)))).)))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))).)))......((((((.(((((.(((....))))))))...)))).)).))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...)))))).))((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................(..(.(.....................................))...)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))).)..))....)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((((.(((............))).)).)))...)))))).))((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...........((((......)))).................(((.((((......)).))))).((((.(((((.(((....))))))))...))))....))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...........((((......))))...........(((...[[[.[[[[)))...]].]]]]].((((.(((((.(((....))))))))...))))....))))))))).



RNA: 3ZEX_D

GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......((....(((....)))...)).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))).
                          (                           )                                                                
       (                                                                                                       )       
                                                                  (                                        )           
                                        (  )                                                                           
        (                                                                                                     )        
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))).))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((............(((....)))..........)))))...........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...................................))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........................................................(((........(.(((..((....)).))).).......))).))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(..((((((......)))..)))..).....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((..........(((......))).............))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(....(.((((((...((..((((((......))..))))..))....))))))..)((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))).))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.....((((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......)))..)))..))....)))))).))((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((..[[[[......))))........))))))...((((((.....]]]]...((((((....))))))....))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))).))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((...(....)...))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((.(((......))).))....))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.((.(((.(.(((......))).)))).).(.(.(.((((...)))).).).).).)))).)..))).)))((.((((...)))).))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.(((((......))))))))))(((((((((((...)))))))))))))))))))..))).)))(((((((...)))))))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....)))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..(((((..(....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).))))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))(((((((.....((((.((((....))))))))....)))))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((((......)))..)))..))....))))))....(((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((....(((.................)))........))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))))))))))).
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((...((.(((((.((......)))))))..)).))))).))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))..
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((aaaaaa...(((..<<<<<<<<<(..{{{))))})))....AAAAAA..[[..(((((}}>..)))))[[[[[[))))]]]]]]..]]>>>>>>>>))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....))((.....)).....(((((((((((((.....)))).((((((.....)).(((((.....)))))(((....))))))))))...))))))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.......((((((......)))..)))........)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((................................))))))))))))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.((.......((.(((((((((((...........).(((..((((...))))...)))..)))).)))..))).))..........))))...))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(..((.(((..((((((.((((((((((((........).).(((..((((...))))...)))..)))).)))..))).))))))(..)).))))..)))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................(..........)..............(...............).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((..((((...((..((((............))))..))....))))...))((((((...(..(((((.(((....))))))))...).))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..(((.((......))...)))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((((.......((((............))))........))))))...((((((((.....)))..((((((....)))))).....))))).)))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((........................((((...[[[......)))).........(((.....))).(((....)))]]].((((((....)))))).)))).((((.....)))).



RNA: 4A1C_3

GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....)))))))))))))))..
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((({(.}((((((((....(<(((((...([[..)]].))))...>.).))))))).)))(((((..(.((((((((.(((..))))))))))))..))))).)))))))))..
                            (                    )                                                                      
                                  (         )                                                                           
                           (                      )                                                                     
                                                                 (                                          )           
                                        (  )                                                                            
                                 (           )                                                                          
                                                                                  (          )                          
                                   (        )                                                                           
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((.........((((((....)))))).......)))))))))))))))..
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........................................................(.........(.(((..((....)).))).)........)..)))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((............))))..))....)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))))).)((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......(((.(((((....)))))))).....)))))))))))))))..
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(..(((((((..(((..((((...(....)...))))..)))...)))))))).)(((((.(..(.(((((.(((....)))))))).).).))))).)))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))))))((((((((.(((((((.((((..))))))))))))))))))).)))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((......((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))...(((((......((((.((((....)))))))).....))))).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((((((....))))....((((((((.....)))).......((((..))))))))))))))...((((((....))))))((((..))))...)))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....(((((((.....................................))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))).)))...
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((((((.......((((<<<<<<<.....)))).{{{{{{.)))))))[[[[[[[[}}}))}}}..>>>>>>>..((aaaa.))AAAA]]]]]])))))))))]]
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((((......((((((...(....)...))))..)).....))))).)))((((....(..(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((((....))))....((((((((.....))))(.....)(((....)))))))))))))...((((((....))))))(((....))).).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))))).)(((((((.....((((.((((....))))))))...).)))))))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((.........((((((....)))))).......)))))))))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((...........))))).....)))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((........((((............))))..(.....)))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((.(((..(((((((......)))))))..))).).))))))).)))))).((((..)))).....((((((.......).)))))((.(.((..)))))
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((.(((((((((..(((..((((............))))..)))...))))))).)).))).((((..)))).....(((((..........)))))((.(.(....))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................(((.......(.....)...)))................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(...(((....((((...........((((((......))..))))............)).))..(.((......(((((.(((....))))))))......)).).)))....).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......(((.(((((....)))))))).....)))))))))))))))..
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((.((((....))))....((((.(((.....)))..((((.....))))...)))).))))).....((((....)))).((((....))))..)))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((.((((....))))....((((.(((.....)))..((((.....))))...)))).)))))....(((((....))))).(((....)))...)))))))))..



RNA: 4UJG_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[....[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))]]]]]]].).
                            (                     )                                                                      
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                  (         )                                                                            
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UJI_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..)((((((((....(((((((...(.[..)]..))).)..))...))))))).))((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))))))))))).
                            (                     )                                                                      
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                  (         )                                                                            
                                                                             (                       )                   
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UJL_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..)..((((((...(....)...))).)..))....]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UJN_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...([[..)].]))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UJV_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UJX_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UK0_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UK2_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))(.))]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UK5_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UK7_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...([[..)].]))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UKA_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UKC_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))(.))]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UKG_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.(..((((((((....(((((((...([...)..]))).)..))...))))))).)))(((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).))))))))).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
                            (                     )                                                                      
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UKI_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[(..)[[[[[[[[..)..((((((...([...)..]))).)..))....]]]]]].]]((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))]]]]]]].).
                          (                            )                                                                 
 (                                                                                                                    )  
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
                                  (         )                                                                            



RNA: 4UKL_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UKN_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[....[[[[[[[[..).(((((((...([[..)].]))).)..))...)]]]]]].]]((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))]]]]]]].).
                            (                     )                                                                      
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                  (         )                                                                            
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UKQ_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UKS_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...([[..)].]))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  



RNA: 4UKV_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UKX_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UL0_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((...(.[..)]..))).)..))...))))))).))((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))))))))))).
                            (                     )                                                                      
                           (                          )                                                                  
                                  (         )                                                                            
                                                                             (                       )                   
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4UL2_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((([.)((((((((....(((((((...(.[..)]..))).)..)))...)))))).))](((((.(((.((((((((.((....)))))))))))))))))).))))))))).
                                                                  (                                           )          
                                                     ( )                                                                 
                                  (         )                                                                            
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                          (                            )                                                                 



RNA: 4UL5_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4UL7_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4ULC_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((...([[..)].]))).)..))...))))))).))((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))))))))))).
                            (                     )                                                                      
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                  (         )                                                                            
                                                                             (                       )                   
                                        (  )                                                                             



RNA: 4ULF_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((.((((((((.(((..))))))))))))))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
 (                                                                                                                    )  
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             



RNA: 4ULH_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((...(.[..)]..))).)..))...))))))).))((((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))))))))))).
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
                            (                     )                                                                      
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4ULK_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4ULN_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[([.)[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                            (                     )                                                                      
                                 (           )                                                                           
                                        (  )                                                                             
                                                    ( )                                                                  



RNA: 4ULQ_B

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))).)...)....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(....)...))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4ULS_J

GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (([[[[[[[.[..[[[[[[[[..).(((((((...(.[..)]..))).)..))...)]]]]]].]]](((((.(((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))).]]]]]]].).
                                                                  (                                           )          
                                  (         )                                                                            
                          (                            )                                                                 
                           (                          )                                                                  
                            (                     )                                                                      
                                                                             (                       )                   
 (                                                                                                                    )  
                                        (  )                                                                             



RNA: 4W24_7

GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUU
Reference structure (std) [ sec struct ] ((((((.......((...((......((((((...(....)...))))..)).....))....))((((((......((.((..((....)).)).)).....))))))...))))))..
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((...(...)(((.((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))..))((((((..(()(((((((.(((..)))))))))).)..))))))...).))))..
                                                                                                               ()       
                          (                           )                                                                 
                            (                    )                                                                      
                                  (         )                                                                           
               (                                             )                                                          
    (                                                                                                            )      
                           (                         )                                                                  
                                                                           (                       )                    
                (                                           )                                                           
                                 (           )                                                                          
                                        (  )                                                                            
     (                                                                                                          )       
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))).........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((((((....)))))))))...))))))))))))))))..
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.......................................................................((..((....)).))..............)))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((........((((............)))).........))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((...((((.(((((((((((((((.................))))))))))))))).)))).....))))).......((((((.....)))))))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((......((((.(((....))).))))....))))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(...(.(((....))).)..)....))))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..........(((((((((..(((((..))))).........))))))))).))))..........)))).....(((((((.....)))))))))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))....((......((.((.(((....))))).)).....))..)))))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((...(((((......))..)))...))....)))))).))((((.....((.((..(..((....))..)..)).))...)))))))))))))..
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.[[[[{{{))...{{(((((((((..(((((<<)))))..<<<<<..))))))))).]]]]aa}}.>>>>>..}}}.bb..bbbbbb>>.AABBBBBB)))))))))BB
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)).(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((.(((..(.....).((((((((((....))...(....)((....))))))))))..(((....))))))))((....))((((((.....)))))))))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.(.(....((.(((....))))).....))))))))))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((((....(((((((((..((((....)))).........)))))))))....)))).......)))).....(((((((.....)))))))))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((....((..((((............))))..)).....)))))...(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((......((.((((......))))..))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(.(((((.(((........((((((......))))..))(((((((((((((...).)))))))))))).))).))))))..(((((.(((..))))))))))))))))..
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(...(((.(((........((((((......))))..))..(((((.((((......)))).)))))...))).)))..)..(((((.((....)))))))))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................(....................(.....)........(....)......).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((...((...)).)).))....))))))))))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..................(((.((((..((((....)))).((((..((((......))))..))))....))))))).....((((((.....)))))))))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.................(((((((((..((((....)))).[[[.....)))))))))..{{{{]]]............}}}}.(((((.....))))).)))))))))..



RNA: 4WF9_Y

UCUGGUGACUAUAGCAAGGAGGUCACACCUGUUCCCAUGCCGAACACAGAAGUUAAGGUCUUUAGCGACGAUGGUAGCCAACUUACGUUCCGCUAGAGUAGAACGUUGCCAGGC
Reference structure (std) [ sec struct ] .((.(..(.....(((((((......(..(((.............)))....).....))))).))..........(................)............)..).)).
Reference structure (ext) [ sec struct ] ()(((..(.....((((((((....(([((((...([....).].))))...).].))))))).)).((((...(((((((.(....).)))))))...))))...)..)))..
              (                                                  )                                                
                            (                     )                                                               
                          (                            )                                                          
                                         (  )                                                                     
                     (                                   )                                                        
                                                                (                                       )         
                                 (            )                                                                   
 (                                                                                                              ) 
              (                                                                                         )         
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.(((((((........((((.............)))).........))))).))....))))).((.(((....)))..)).....................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((((........((((.............)))).........))))).))....((..((((.(((....)))..))))..))......)))))))).
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((..[[((((...)))))))]]..(((((.......[[[[[..[[[{{{{{{{{....)))))]]]]]]]]..<<<<}}}}}}}}))>>>>))))))))).
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).))(((.......(..((.......))..).......)).).)))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(((((((....((..((((((.......))..))))..)).....))))).)).........(((.(((....)))..)))..........))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..........)))))).(((((((.......))))...((((.......)))).((((((...((((.....)))).(((.....))).....)))))).))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..........)))))).(((((((.......))))...((((.......)))).(((((((((.[[[[.......))))..]]]].........))))).))).



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