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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 5_8S_rRNA
RNA: 3J3E_8
| AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))........... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))........... ( ) ( ) ( ) ( ) () () ( ) ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (......((((.(((((........(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).)))))))))) |
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| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(.........((....))((((((....(((((........)))))..(((((((..........))))))).))))))......................)....... |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................((((((....)))))).........(((....))).......(((((((..(....)..)))))))..................................... |
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| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((.(((.(.(.....).).))).).))))((((((.(..(((((....)))))).)))))).(((..((..))..)))(((..)))(((.((.........)).)))((((....)))) |
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| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.(.....(......................(((((....(((((......)))).........(((..........))).)...)))))........................)).))). |
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| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......................(((........(((((.....(((........)))........(((.....)))...........)))))...........((.....))((.))..))). |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...(((..{{([[[[[[....[[(((...))aaaaaaa.)))...((((....(((((((..(((((((..)]]<<<<<))))))).AAAAAAA.>>>>>.))))))).)}}.]]]]]])))) |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((....................)))......))))...((.....))......).... |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...(...).((...(....).))...........(........)(((......)))(.......(((.(.....)............)))(((....)))..)((.....))........... |
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| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......(((.((((((........(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))). |
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| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......((((.(((.....))).........((((((.....((((......))))........((((...))))...........)))))).....(((.......))).......)))). |
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| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....((.((((....(((..((((((..)))))).)))........(((((.((((.(((((.((((..........)))))))))...).))).))))))))).))...(((..(..)))) |
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RNA: 3J3F_8
| CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).)))))..................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....)))))))))..................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................(((((((....((((......))))..............................)))))))..................(((((((((.....)))))))))..................... |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................................................................................. |
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| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((................(((.(.((((((((....(((((....)))))....((((((((..(....)..)))))))))))))))).)..)))........(((((((((((.....)))))))))..))....))))).))))... |
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| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((.(((((..(...........((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........))))))))))))))).........)))))..))(((((((((.....)))))))))...)....))))).))).... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.(((.......)))....)))((..((((((..........(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))..............))))))..)).((((((((.....)))))))).((((........))))..... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((((...........(..(((.(.((((((((....((((((()))))))....((((((((..((()))..)))))))))))))))).)..))).)......(((((((((((.....)))))))))..))).).))))).))))... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.......(((((.(((((((......).))))).).)))))(((..(((((((((..........)))))))))..)))..........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).(((((((((((..........)))))))))..))....))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((.((((.........((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))))))).........))))))..))(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))... |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((.(((.(.(..((((((.(.((((((((....((((((..))))))....((((((((..(....)..)))))))))))))))).)..))).((((..)))))))..).).))).))..((((...))))).))))).))))... |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((..))))))))..(((((((((((....))))))))))))))))))))).)))).((((..)))))))))))))))))))..((((...))))).))))))))))... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((.(((((((.....................(((((((....((((......))))..............................)))))))..................(((((((((.....))))))))).....)))).))).))).... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((.((((((((((...................((((((...(((((......))))........((((..........)))).)..))))))...........(((..))).((((((((.....))))))))..))).)))).))).))).... |
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| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................................................................................. |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..(((((.(((....(..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))...)......)))..)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........(((((((.....(((((...(((((((((((.....((((((..))))))...(((((((((..........)))))))))))))))).........))))..(((((((((((.....))))))))..)))....)))))))))))). |
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| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......................(((.........((((.....(((........)))........(((.....)))............))))............((....))((((.((((.....)))).))))..)))................ |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.(((.[[[[[[[[[b((<<<<<...<<<<<<<<<<<<)B).((((((..)))))).aaa((((((((.)]]{{{{{.))))))))>>>>>>>>...)))...>>>>.)>.(((((((((AAA..)))))))))...}}}}}>>>>)]]]]]]]. |
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| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.............(((((((((.......(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).........))).))))))....(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))... |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((.((((.............((((((...(((((..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))........))))).))))))....(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))... |
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| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..(((((.(((.......(((((....)))))....((((((((..........))))))))...........)))..)))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))... |
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| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((............((...((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))....))..(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))... |
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| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((...(((((.(((((......))))).......(((((....)))))........((((..........)))).))))).((((....)))).......))).((((((((.....)))))))).((((........))))..... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........((((......(((((..{{{{)))))(((....(((((....))))).....(((((((.......[[[))))))).)))((((....))))..]]]}....(((((((((.}}}.))))))))).(((........))).)))). |
RNA: 3JYX_4
| AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ..........................................(.(((........))).......(..........................)......)................(((((((....)))))))....................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.(..)..............................().<((((({(([.....[.).}..)..(.(((.((..]].......))......))).)...))))>)...(....)...((((((((..))))))))....................... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))...)) |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................................................................................. |
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| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((....(((((....))))).....(((((((....((((......))))....(((((....))))).............)))))))...)))).(((........(((((.........)))))(((....)))....)))...... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((....(((((....))))).....(((((((....((((......)))).(((.....)))..((((........)))).)))))))...)))).(((.....)))((((((((....)))))))).((((........))))..... |
RNA: 3O58_3
| AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | .........................................((((([..(.....]))....((..((.........)............))...).).)))....(((...))).((((((((....))))))))...................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
....................................(.{((((([((.<<....<).]..)>((.(.(.........>.>..........))...))..))))}))(((...)))(((((((((....)))))))))..................... () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((...........(((((....))))).(((.((((...((..((((......))))....((((((((.....((((((((.(((...))).)))).))))....))))))))(((((((((....)))))))))....))..)))))))...))) |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................................................................................. |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................................................(((((((((....)))))))))..................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................((((......)))).........................................................(((((((((....)))))))))..................... |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................(((......)))..........................................................(((((((((....)))))))))..................... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................((...............(........)))....((((((((.....................................))))))))(((((((((....)))))))))..................... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................((...............(........)))....((((((((.....................................))))))))(((((((((....)))))))))..................... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................(((((.((.((.......)).))...)))))...((((((((..........(((...........)))..........))))))))(((((((((....)))))))))..................... |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((((....))))).....(((((((....((((......))))....{{{{{{{(....{{{{...........)))))))...........)}}}}}}}(((((((((....)))))))))((((}}}}....))))..... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((.(((((..((((...((((.(((........))).)))).((((......))))...(((((((((..((.((((((((.(((...))).)))).))))))..)))))))))((((((((....)))))))).....))))))))).))..... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............(((((...........((((.[[[[[[(...{{{{.))))..((((((..<<<<<<<<.))))))....)))))...)]]]]]]...........>>>>>>>>(((((((((....)))))))))............}}}}..... |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((....(((((....)))))..((((((((((.....))))))..))))((((((..(((.(((((....)))))))).......)))))).)))))((((((((((((((((((((..))))))))))..))))...))))))...... |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((....(((((....)))))..((((((.((.......)).))..))))(((.((..(((.(((((....)))))))).......)).))).)))))(((.((..(((((((((((....)))))))))..)).....)).)))...... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (.((((((((((.....................(((((((....((((......))))...............................)))))))...................(((((((((....))))))))).....)))).))))))...). |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (.(((((((((.......................((((((....((((......))))...............................))))))............((...)).(((((((((....)))))))))......).))))))))...). |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................................................................................. |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................................................................................. |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((.(((((...((((((....)))).................((((......))))....((((((((..((.((((((((.(((...))).)))).))))))..))))))))(((((((((....))))))))).....)).))))).))..... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............(((((...........((((.[[[[[[[........))))..((((((...........))))))....)))))...]]]]]]]........((((.......(((((((((....)))))))))............))))..... |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..........................................................................................................((.....))(((((............)))))..................... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......................(((...................((.((((....................)))).................(((....)))...)).......((((((((......))))))))..)))................ |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((......................)))......))))...((.....))(((((((((....))))))))).)..((.....))........ |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((......(..((((...(...).))......)).....(((((((......)))).....(..(((...................).))...)...)))....((.....))(((((((((....)))))))))..)...........))..... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............(((((((((((((((((....[[[[[[[))))).))).))..((((((((.....))..))))))))..)))))...]]]]]]].....(((..((.....))(((((((((....))))))))).(((........))))))... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((((....))))).(((.((((...((..((((......))))....((((((((.....((((((((.(((...))).)))).))))....))))))))(((((((((....)))))))))....))..)))))))...... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((..((((((([[[[))))......(((...]]]].{{{{.)))..}}}}....((((((((..((.((((((((.(((...))).)))).))))))..))))))))(((((((((....))))))))).....))))))))........ |
| RNASampler(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........((((.....................(((((((....((((......))))...............................)))))))...................(((((((((....))))))))).....))))............ |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...(((.......(((.....))).........(((((((....((((......))))........((((...))))............)))))))...................(((((((((....)))))))))..........)))........ |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................................................(((((((((....)))))))))..................... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........................................((((.((((....................))))..............................((.....))(((((((........)))))))............))))..... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((((....))))).(((.((((...((..((((......))))....((((((((.....((((((((.(((...))).)))).))))....))))))))(((((((((....)))))))))....))..)))))))...... |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((...........(((((....))))).(((.((((...((..((((......))))....((((((((.....((((((((.(((...))).)))).))))....))))))))(((((((((....)))))))))....))..)))))))...))) |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((((....))))).(((.((((...((..((((......))))....((((((((.....((((((((.(((...))).)))).))))....))))))))(((((((((....)))))))))....))..)))))))...... |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..........................................................................................................(((...))).......((............................)).... |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((.((.....(...(((....(((.((...((.((.((.(...((((......)))).)...))...))...))..))...)))...))).).))...)).((..(((....(((((((((((....)))))))))..)).))).......)).... |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((......(((((....)))))................((((......))))....((((((((...........(.............)...........))))))))(((((((((....)))))))))..........))......... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((((....))))).(((.((((...((..((((......))))....((((((((.....((((((((..((...))..)))).))))....))))))))(((((((((....)))))))))....))..)))))))...... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((...........)))).(((((......)).))).((((......))))....((((((((..((((........))))....((((....))))...)))))))).(((((.........)))))..((((........))))..... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......(((.....(((((....))))).....(((((((....((((......)))).(((.....)))..((((........)))).))))))).....))).(((.....)))((((((((....)))))))).((((........))))..... |
RNA: 3ZEX_C
| AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | .........................................((((((.[[.....)))....(((((((...(.]].).........).)))).).).)))....((.....))(((((.(.(..((((....))))..).).)))))..................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
...................................[(..(.(((.((.{.(.){.)))(..}((((((..((..}..).......).)..))).))..))))].)(((..).))(((((((((.(((((....))))).)))))))))..................... ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......................................................................................................................................................................... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............................................................................................................((((((((((....................)))))))..)))................ |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................((((......))))........................................................(((((((((................)))))))))..................... |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................((((......(((......)))................................)))).....................(((((((((................)))))))))..................... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............................................................................................................((((((((((((.(((((....))))).)))))))))..)))................ |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............................................................................................................((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..)))................ |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (.((.....)).)....(((....((((..........))))..((((......))))....(((((((...............((((............))))..........(((((((....(((......)))....))))))))))))))..........))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........((((((.....(...((.........(((......)))..))...)........................(......)))))))...................((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..)))((((......)))).. |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(.(((((.(((((((((.(((........((((....)))).))).))))((((((((((((.((.......))))))))).)))))......((((....)))).((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..))).))))).)).))).). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........((((((((.....[[[[[[.......((((....))))...[[[[[((((((..{{{{{{{..)))))).......)))))))).....]]]]]........((((((..((((...........]]]]]])))).....}}}}}}}........)))))) |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......(((.....................................................................................................((((((((((....((((....))))....)))))))..)))..........)))... |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((........((((.(((........((((....)))).))).))))))))...(((((((.....................(((..................)))(((((((.((.((((....))))..)))))))))))))))).............. |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((........((((((((........((((....)))).))))))))))))...(((((((.....................(((..................)))(((((((.(((((((....)))).))))))))))))))))).............. |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((((......................(((((((....((((......))))..............................)))))))...................(((((((.............(.....)))))))).....)...))).))))))). |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..................................((((((...(((((......)))).....((((....))))..........)..))))))....................(((((((((.....)...........))))))))..................... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......................................................................................................................................................................... |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......................................................................................................................................................................... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......(((....((((..........................((((......))))...................(((....)))........................((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..))).)))).....)))... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((..(((..........))).....((((....))))........))))))).(((((((.....................(((..................)))(((((((....((((....))))....)))))))))))))).............. |
| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................((((......))))..............................((((.............))))..((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..)))................ |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........................................................................................................((.....))(((((........................)))))..................... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................(((...(((((....((((......))))....(((((....)))))............)))))............((.....))(((((((.(.................))))))))...............)))... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........(((........((.(....)......(...).))((((((......)))).......(((.....................)))......))))...((.....))(((((((((................))))))))).)..(...(.....))..... |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...(...)..........................((........))(.((....((((....(((((....)))))................(((....)))..))))....))(((((((((................)))))))))...............)..... |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((((((((((((................................................................................................((.((................)).)))))))))))...))))))))))))) |
| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...(...).(........................((........))..((.....(((........((.....................)).(((....)))..))).....))(((((((((................)))))))))...............)..... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((.((((..(((((..((((((((..........)))).((........))((((((((((((.((.......))))))))).)))))))))..((((....))))[[[[[[.[[[[[[[.((((....))))))))).)))))))).....]]]]]]]]]]]]] |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((.(((((..((((...((((..((...(((......))).((..(((((.((((((((((((.((.......))))))))).))))).....)))))...))....)).(((((((.((.((((....))))..)))))))))..))))))))..)).))).)) |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......................................((((.(((([[[[..))))...((((((.....]]]]...))))))...........))))...........((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..))).(((......)))... |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((((((((...((((........(((((...........(((((.((((((((((((............))))))).))))).....)))))......))))).(((((((....((((....))))....)))))))..)))))))))......)))) |
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| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((...............((((.............(((....((((......))))....(((((....)))))............)))........))))..(((......(((((((....................))))))).)))...........)))).. |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..................................................................................................................(((((((((................)))))))))..................... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................(((...(((((....((((......))))....(((((....)))))............)))))............((.....))(((((((((................)))))))))...............)))... |
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| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((.....((((.(((..........)))....))))(((.(((.((..(((((.((((((((((((.((.......))))))))).))))).....)))))...))....((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..)))....))))))..)).. |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(.(((((..((((...((((..((...(((......))).((..(((((.((((((((((((.((.......))))))))).))))).....)))))...))....)).(((((((.((.((((....))))..)))))))))..))))))))..)).))).). |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((.(((((((((((...(((((......((......)).(((......)))....))))...........)....))))).)))))).(((...)))...)))..((((((.(((((((.((((....))).((..........))...).))))))))))))) |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(.(((.(((((((((((...(((((((...(((((..)))))(((......)))..))))))...........)....))))).)))))).(((...)))...)))).((((((.(((((((.((((....))).((..........))...).))))))))))))) |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(.................(....(...........................................................................(....((.....)))....)..)......)...(............(....)..............).. |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......(.(....((......(.((............((.(...((((......)))).)...)).........))...)...........))......).).((((.....(((((((((.(.................))))))))..))...........)))).. |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(.(((((..((((...((((.......(((((.(((((.....................................................)))))..))).)).....(((((((.((.((((....))))..)))))))))..))))))))..)).))).). |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............(((..........)))....((......)).((((......))))....(((((....)))))...................................((((((((((....((((....))))....)))))))..)))................ |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............(((..........)))....((......)).((((......))))....(((((....)))))...................................((((((((((....((((....))))....)))))))..)))................ |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(.(((((..((((...((((..((...(((......))).((..(((((.((((((((((((.((.......))))))))).))))).....)))))...))....)).(((((((.((.((((....))))..)))))))))..))))))))..)).))).). |
RNA: 4A1C_2
| AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ............................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]..........).)))..)...)))....((.....))(((((........))))).................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.......................................(.<((((({((.[[....[).}..)](((((((.((..]]...)....).).)))).))..))))>))((.....))(((((........))))).................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (........(((.(((.((((......)))))))))).(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))...((((((((.((((..(.(((((((......))))))))..)))))))))...)))) |
| CRWrnafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((((((((.((((......)))))))).....)))))).(((.(((...((((((.(((...))).))))))....)))..(((....)))..(((((.((((...((((((((......))))))))..))))))))).)))... |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......................................................................................................................................................... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..................................................................................................................((((((((......)))))))).................. |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............................................((((......)))).......................................................(((((((....))))))).................... |
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| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............((((...............))))................(((...((((((.(((...))).))))))....)))...............((((.((((((.((((((((......))))))))))))))))))........ |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............((((...............))))................(((...((((((.(((...))).))))))....)))...............((((.((((((.((((((((......))))))))))))))))))........ |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........((((.((..(((.........))).....)).)))).............((((((.(((...))).))))))......................((((.((((((...((((((......))))))..))))))))))........ |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((.......((((.((((......)))))))).......................(((....(((((....))))).....)))...............(..((....)))((((((((......)))))))).....))))......... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............((((.(((........)))))))................(((...((((((.(((...))).))))))....)))..............(((((.((((((.((((((((......)))))))))))))))))))....... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((.(((.((((......)))))))))).(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))...((((((((.(((((..((((((((......)))))))).))))))))))...))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((.(((.((((......)))))))))).(((((........(((...((((((.(((...))).))))))....)))...)))))...((((((((.((((..(.(((((((......))))))))..)))))))))...))). |
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| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........(((.(((.((((..((.(((.((.........(((.((.(((.(.....((((((.(((...))).))))))...).)))..)).))))).))).))..((((((.((((((((.(..).)))))))))))))))))).))).))) |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........((((((((((((..(((((((((.........((((((((((((...((((((((((((...)))))))))))).)))))).)))))))))))))))..((((((.((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))) |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (....((.(((((((.....................(((((((....((((......)))).............................)))))))...................(((((((....))))))).....)))).)))...))). |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((((..(((((((................((((((....(((......(((((((.(((...))).)))))))....)))..))))))....................((((((((..))))))))..)))))))))))))).... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......................................................................................................................................................... |
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| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((.((((.((((......)))))))))).(((((....(...(((...((((((.(((...))).))))))....)))..))))))......(((((.(((((..((((((((......)))))))).))))))))))....... |
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| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............................................((((.((((..(((.....(((((....)))))..............((((....))))..)))..))))((((((((()))))))))............)))).... |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......(((((b((..{{{{.{{{{.{{{{(<<<<<<<..))B))).((((aaaaa.aaaaa(.[[[..)))).)AAAAA)}}}}]]].>>>>>.}}}}(((...cccc)))..(((((((())....)))))))).AAAAA}}}}CCCC>>.. |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((....................)))......))))...((.....))(((((((....))))))).)..((.....))....... |
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| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............(.........(.............((........))..((.....(((.........(.......)..............((((....)))).))).....))(((((((....)))))))............).)..... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((((((((.((((......)))))))).....)))))).((((......))))....(((((....))))).(((((....)(((.........)))((....)).((((((((......))))))))))))..(((.....))). |
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| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......(((((..(((((.......(((((................((((......))))....(((((....))))).))))).....)))))......(((((.((((((.((((((((......)))))))))))))))))))..))))) |
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| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((((((((((.((((......)))))))).....))))))((((.(((...((((((.(((...))).))))))....)))(((....(((((......((....)).((((((((......))))))))))))).))).)))).... |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((..))))......(((..))).(.(((((......))))).)(((((..((((((((((.(........)))))))..((((((((((.((((....))))).)))))))))..(((........))).(((..)))))))..))))).. |
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| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....((.((.(((((..(((.((...(.((...((.(..((.(...((((......)))).)...))....)...))..)).)...))...)))......)))...(((....(((((.(.........))))..)).))))).)).)).... |
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| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............((((.((((......))))))))...(((((....((((......))))....(((((....)))))...........)))))......(((....)))...((((((((......))))))))......(((.....))). |
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RNA: 4UJG_C
| AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | .........................................((((((.[[.....))).....{.{{{{.....]]............}.}}}..}...)))....((.....))(((((((((....)))))))))..................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
...................................().([(((((((.[[....[)))...]{{.{{{{{{...]]..........}}}.}}}..}}..)))))].((.....))(((((((((....)))))))))..................... ( ) () ( ) ( ) |
RNA: 4UJI_K
| AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | .........................................((((((.[[.....))).....{.{{{{.....]]............}.}}}..}...)))....((.....))(((((((((....)))))))))..................... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
....................................(.([(((((((.[[....[)))...]{{{{{{{{{...]]..........}}}.}}}}.}}..)))))])((.....))(((((((((....)))))))))..................... () ( ) ( ) |
RNA: 4UJL_C
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|
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| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((..(...............((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).........))))...((((((((((.....)))))))))..))....)))))))))).. |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.(((.......)))....)))((..((((((..........(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))..............))))))..)).((((((((.....)))))))).((((........)))).... |
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| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................(((........))).......................................................(((((((((.....))))))))).................... |
| DAFS(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................((((.....((((......))))...............................))))....................(((((((((.....))))))))).................... |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((.((((.............((((((((((((....(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))..))).....))).))))))....(((((((((.....))))))))).))))...))))).)))).. |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.......(((((.(((((((......).))))).).)))))(((..(((((((((..........)))))))))..)))..........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. |
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| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..(((((.(((....(..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))...)......)))..)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. |
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| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............(((..((((((..(((.((((((((....((((......)))).......(((((..........)))))...))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))..))).))).)))... |
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| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((.((((.........((..((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).........))))..)).((((((((.....))))))))..))))...))))).)))).. |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.............(((((((((.......(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).........))).))))))....(((((((((.....))))))))).)))).).))))).)))).. |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((.((((.............((((((...(((((..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))........))))).))))))....(((((((((.....))))))))).))))...))))).)))).. |
| RNASampler(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((.........(((.....))).........(((((((....(((((....)))))..............................)))))))..................(((((((((.....)))))))))..............)))... |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....................((((.......((((((((....(((((....))))).....((((....)))).............))))))))...))))..........(((((((((.....))))))))).................... |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................................................(((((((((.....))))))))).................... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......................(((.........((((.....(((........)))........(((.....)))............))))............((....))(((((((((.....)))))))))..)))............... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).((.((((((((..........)))))))))).......))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((..(((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).(((((((((((..........)))))))))..))....))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)).))).))))..)))).. |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).(...)...))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).)))).. |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.......((..(((..((((......)))).)))..)).((((((((.((((((((((((((((..(......))))))))))))))).)).(...)(((((..)))))((((((((...))))))))))).).))))...)).)))).. |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.............(((..((((......)))).))).....((((((((.(((((..(((((((((..........)))))))))..))).))......(((((..)))))((((((((...))))))))))).).))))......)))).. |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........................................................................................(((...........(((..)))....).))................................... |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((.((((((((..(((........((...((.((.((.....((((......)))).....))...))...))..))...........)))......)))...(((...(((((((((((.....)))))))))..)).)))))))).)).... |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..(((((.(((.......(((((....)))))....((((((((..........))))))))...........)))..)))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).)))).. |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.................((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((....))((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.((((((((((.........((..(((((((((((..((.(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).))..))..)))).)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((...(((((.(((((......))))).......(((((....)))))........((((..........)))).))))).((((....)))).......))).((((((((.....)))))))).((((........)))).... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........((((......(((((..[[[[)))))(((....(((((....))))).....(((((((.......[[[))))))).)))((((....))))..]]]]....{{{{{{{{{.]]].}}}}}}}}}.(((........))).)))) |