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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - AdoCbl-variant
RNA: 4FRG_B
| GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((........((((....(.((((.......)))))((((((....)))).[[[.....))]]]....)))).)))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((...{(.}.((((...<(.(((([(..]..)))))(>(((((..)))))(((((.).).)))))..))))).)))))). ( ) |
|
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((.................................................(((.......))).........))))... |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.......................................................................)))))). |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.......(((((.....(((((.......)))).)..............(((.......)))....))))))))))). |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.......(((((.....(((((.......)))).)..............(((.......)))....))))))))))). |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((....(((..(((((((....(((((......))))).....))).))))..)))..))))....)))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((...........((((.......))))...((((....)))).(((.......))).))))....)))))). |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((....(((.[[[[((..((((((((...(((((......)))))..))).{{)))))..))}}.)))]]]].)))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(((..........(.((((.......)))))..((((....)))).(((.......)))..))).....))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((...(.......((((.......)))))..((((....)))).(((.......))).))))....)))))). |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((......((((.......))))...((((....)))).(((.......)))....)))).)))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((....(((..((((((((...(((((......)))))....))).)))))..)))..))))....)))))). |
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| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((.......((((.(((.((((((.......))))))....))).......(((.......))).....))))))))... |
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| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................... |
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| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.......(((((.....(((((.......)))).)..(((....)))..(((.......)))....))))))))))). |
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| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((......((((.......))))................(((.......)))....)))).)))))). |
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| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))....)))))). |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))....)))))). |
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RNA: 4FRN_A
| GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA | |||
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| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.(((((...{(.}(((((....(.(((([(..]..)))))(.(.<.<<<<).aaaa(.).).)AAAA..))))))))))).......(((>>>>...>))). ( ) ( ) |
|
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