RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Bacteria_large_SRP

RNA: 4UE4_A

			GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((...((((((.......[[..))))...{{{{{...]]......}}}}}))......((((((...((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((.(((..(((((((.((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..))))...)).))))))....)))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...)))))).)))))))                                                                                          (                                                                                                                                                )
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((..([[)[[[)))))(.){{{{{.].]].]]...}}}}})))))(..(((((((((((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((({)(..(((((((.((((((((..(((((((((((....(((((.(((((....)))).))))))..))))).).)))))...)).))))))....)))))))).})))).)))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))         (                                                   )                                                                                                                                                                                                                                                                                            (                                                                                                                                                                    )                                                                                                                   (                                                                                                                                           )                                                       (                          )                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         (                                                                                                     )                                                                                                                                              (                                                                                                                                                )                                                      (                          )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).(((((((((((((.((((....)))))))))).((((((((..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))).....)))))))..........)))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((..................................................(((............))).................................................................(((....)))....))..............................................................................................
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.((((...(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).....))))....))))))))......................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................(((((.(.(.......(((((..............((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....))))))))...........)))))......)).)))))........................
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).)))))))))((....((((((((((((((((.(((((((..((....((((((((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...)))))))...))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))....))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))).))(((....((((((...(((((((.((((((..(((.(..(((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...)))))))...))).))))))))))..).))))))))))))))))...))))))....))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((.(.(...).).)))))).(((((...........)))))........((((((...((((((((..(((...(((.(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))..))))))..))))))))...)))))).)))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))).))(((....((((((...(((((((.((((((..(((.(..(((((((.((((((.(((..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))))))))).))))))))))..).))))))))))))))))...))))))....))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(.......................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........))))).......))))))..)................).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..............(((((.((.........))...))))).........................((...((...((((.((......((((((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)).)))))).....))))))..))...))...........))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((......[[[..)))))).(((((...........))))).]]]....((((((...(((((((((((((.((((....)))))))))..((((((((......((((((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))...)))).....((((.....))))...))))))))....))))))))...)))))).)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((...(((..(((((...))))))))..)))))).))))).)))((....((((((...((((((((.(((((..(((.(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))))))))..))))))))))..))))))))))))))))...))))))....))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).(((((((((((((.((((....)))))))))).((((((((..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))).....)))))))..........)))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((..[[..[[[[[[[)))......))))).))]]]]]]]]]....((((((...(((((((.((((((..(((....(((((((....(((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))....)))))))....))))))))))))))))...)))))).)))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((........................................................((((((...(((((((.((((((.((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))))))))...)))))).)))).))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((.....((((...........))))................................((((((...(((((((.(((((.(((((.((.((((((..((((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..))))).)).)))))))))).)))))))))))))))...)))))).)))).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((...(((..(((((...))))))))..)))))).))))).)))((....((((((...(((((((.((((((..(((..(.((((((((..((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).).))))..)))))))))...))))))))))))))))...))))))....))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......(((((((.................)))))))......)))))))).((((((((...((((((((..))))))))((((((((..((((((...((([[[[[[................))))))))){{{{{{{......{{{{{.......................]]]]]]}}}}}}}}}}}}......))))))))..............))))))))..........)))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................((((....((((((...(((((((.(((((...(((....(((((((...((((.............(((((((..((((((.............(.....(((....))).....).............))))))....))))))).............))))...)))))))....))).))))))))))))...))))))....))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((.......(((((......((.....))......)))))......))))))))..(((((((.(((((..(((....(((((((.(((...(((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..)))..))))))))))....)))))))))))))))..................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((.................)))))................................................((((((....((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))))....)))))).....................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((((.[[[[[[[[[[[[[{{{{{{{.{{{<<<<aaaaaaaaaabbbb.)))))))).cccccccdddddd)).dddeeeeeeee.ee...ffffffffgghhhhhAAAAAAAAEE.hhhhhhBBBBCCCCCCC.iiii.iiiiiii..}}}..FFFFFFFF.jjj.....HHHHHHGGDDD]]]]]]]}}}IIIIIII>>>>AA]]]]]].DDDDDDJJJEEEEEEEEHHHHH.IIII..}}}})))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).(((((((((((.((((((....)))))))))).((((((((..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..))).((((.....))))...)))))))).....)))))))..........)))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((...(((..(((((...))))))))..)))))).))))).)))......((((((...(((((((.((((((..(((.((.((((((((.(((((.(((..(((((((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))..)))))...))))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...))))))........
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.....((((...((((....(((((..((((.....((((((((.....((((...))))..((((...(((((((....)))))))...........))))....))))))))...((((...........))))........))))........((((...((((......)))))))).))))).......))))...)))).))))))).....(((((...)))))..............)))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................(((((((...........................(((....))).............................)))))))................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....))))))))......................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).(((((((((((((.((((....)))))))))).((((((((..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))).....)))))))..........)))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))..)).((....((((((...(((((((((((((.((((....)))))))))).((((((((..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))).....)))))))...))))))....))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).(((((((((((.((((((....)))))))))).(((((((.(((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..))).((((.....))))..))))))))).....)))))))..........)))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((..((..((..((((.(((((...........)))))........(((((((..)...((((((((.((((((..)))))))))))))).(........)..((.((((.(((..((...(((..))))).))))))).))))))))..))))))....))....))))))).)))((.((((....)))))).((..(((.((((.(......)))..)).)))))..((....))....)))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((.(((((((..((((((((((...........))))).(..)...(((((((..)...((((((((.((((((..)))))))))))))).(........)..((.((((.(((..((...(((..))))).))))))).))))))))).))))))..)))))...))))))).)))((.((((....)))))).((..(((.((((.(((..)))))..)).)))))(((((..)))))).)))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.((((((((((............................))))).))))).)........((((((...(((((((..((..(((((....)))))......((((((((..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...))))))))..)).)))))))...))))))........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))).))(((....((((((...(((((((.((((((..(((..(.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))...))))))))))))))))...))))))....))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((((((...........)))))).(((((...........)))))........((((((...(((((((.((((((..(...((.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..))))))))))...).)))))))))))))...)))))).)))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).(((((((((((((.((((....)))))))))).((((((((..((..((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))..)).((((.....))))...)))))))).....)))))))..........)))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((...........)))))).(((((...........)))))........((((((...(((......))).(((((....)))))........((((..((......))...)))).((((...........)))).........)))))).....((((...((((......))))))))..((((....))))....((((.....))))......((((.....))))..............)))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((....[[[[[..)))))).{{{{{...]]]]]...}}}}}..((((((.{{{{{...)))))).((((((.((((....))))))))))...((((............{{{))))..<<<<....(((.....)))..}}}>>>>...}}}}}..(((....((((......)))).)))..((((....))))....((((.....))))......((((.....))))..............)))))))

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RNA: 4WFL_A

			GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGGUAACGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((...((((((....[[[[[..))))...{{{{{...]]]]]...}}}}}))......((((((...((((((....))))))...)))))).)))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((...[[[[[.)))))(.){{{{{]...]]]]...}}}}})))))(..((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))                      (                           )                                                                (                                                   )                                                                     (                 )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).((((((....))))))..........)))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((..........................))))))..)))......................................(....).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................(((((...........)))))..................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................(((....)))....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................(((((...........)))))....................(((....)))....................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))).))(((....((((((...((((((....))))))...))))))....))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).)))))))))((....(((((((((((((((....)))))))))))))))....))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((.(.(...).).)))))).(((((...........)))))........((((((...((((((....))))))...)))))).)))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))).))(((....((((((...((((((....))))))...))))))....))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(.(((..((.(((.((.((.)).)))))..)))).)))))).................................)............)......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.............((((((((.........)))..)))))................((((((...((((((....))))))...)))))).))))).)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((......[[[..)))))).(((((...........))))).]]]....((((((...((((((....))))))...)))))).)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((...(((..(((((...))))))))..)))))).))))).)))((....((((((...((((((....))))))...))))))....))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..(((((((....((.....))....)))))))))....)))))))).((((((....))))))..........)))))))
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((.((((.((((....))))))))....)))))).)).............((((((...((((((....))))))...)))))).)))).))
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((...(((..(((((...))))))))..)))))).))))).)))((....((((((...((((((....))))))...))))))....))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.(((((.[[[[[[..........)))))....]]]]]]......)))))))).((((((....))))))..........)))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((.(((((....)))).)...)))))..((.(((((...))))).))...((((((...((((((....))))))...)))))).)))))))
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))....((.((((((((.........)))..)))))))......(((..............)))..............................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(([[[[[[[[.(((((.[[[[[[[{{{{{{...))))))).]]]]]]]{{{{{{]]]]]]]].}}}}}}}}......((....))}}}})))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................(.(((....)))..).................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..(((((((...........))))...(((((...........)))))))).....((((...))...(((....)))..........)).)))))).
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PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................
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