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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Bacteria_small_SRP
RNA: 2XKV_B
| CUCUGUUGGUUCUCUGUGCUCUGUGCUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAGACGCAGAGCAGGCAGAUGUAGCUGGC | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | .........(....(....((.......(((......((.....((......)).....))...)))........).)......)....)...... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.........(...(((...(((.....((((......((....(((.(.)..)).)...))...))).).....)).).....)))...)...... ( ) ( ) ( ) |
|
| Alterna | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((.((((((((((((.((((((((....(((...((((....))..)).))).))))))))..)))))))..)))))...))))))) |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................ |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................(((....))).......................................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))). |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................(((((((((((....))))))))))).................................. |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).))))))) |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).))))))) |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).))))))) |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((.........(((((((((((((((((.....[[[[[.(((....)))........)))))))).))))))))))))))).....]]]]] |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..)))))...))))))) |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((..(((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).)))..)) |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((((((((((((((((((((....))))))(((((..))))).(((((..))))))).)))))))))))))))))))))))). |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((.((((..(((.(.((((((((((((((.((....)).))).(((....)))..(.(((..))).))).))))))))).).)))..)))).)). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).).)))..)))).... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................((((....(((....)))....)))).................................. |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................ |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................((((....(((....)))....)))).................................. |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..)))))...))))))) |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((.((((((((((((((((((((((((......))).................)))))))).)))))))))..))))...))))))) |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................(((.....(((....))).....))).................................. |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................((((....(((....)))....)))).................................. |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).......... |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................((((....(((....)))....)))).................................. |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((((((((((((((((((((((((((((((((......)))((....)))))).((....)))))).))))))))..))))).).))))))) |
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| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..)))))...))))))) |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((......((((((((((((....((((((....................))))))......))))).)))))))....)))).......... |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....................................(((....(((....)))....)))................................... |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................. |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................((((....(((....)))....)))).................................. |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((..(((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).)))..)) |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((..(((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..)))))...)))..)) |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((..(((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).)))..)) |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........................(.((.((..(..(((....(((....)))....)))...................)..)))....)...). |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................(((..........(.....)......))).. |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((..(((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))).))))))))..))))).).)))..)) |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((..(((.((((((((((((((((((..(....(((....(((....)))....))).)..))))).))))))))..)))))...)))..)) |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((....(((((((((((((...((((((.((...............)))))))).....)))))).)))))))..)))))).......... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((....(((((((((((((...((((((.((..[[[[[........)))))))).....)))))).)))))))..)))))).....]]]]] |
RNA: 2XXA_G
| GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (.((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))).) | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((...(((((..)))))...))))).))).))).))))))).)).))))))...)))))))))) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).)))))))))) |
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| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((.......................................(((((((((((((.((..(((((....))))).....)).)))))))))))))))))) |
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