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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - IRES_Pesti
RNA: 4C4Q_N
| GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((..((((((((.(((.((....)).))).))))...))))....)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).)).(((....))).((..[[[[.))))))))...))))))).........]]]]. | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((((((..))))))).))))...)))))...)))))(((....))).))))).))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).))(((((..)))))((..[[[[[))))))))...)))))))........]]]]]. ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (.(..(((...(..((..((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....)))))))))))...((((....))))))..)...)))..(((((....)))))............)) |
| CMfinder(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))))...))))))).............. |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((((...((((((.(((((......((((((....))))))........(((((((((((((..........)))))))))...))))........................)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))..........................))))))........................ |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((..........))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).(((....))).((.......)))))))))..))))))).............. |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((..((((((((((((((((...((((((....))))))..(((((.((((((((((((((((....))))))))))))...))))...)))))(((....))).............((((((((((...))))))))))...((((((...))))))........))))))))))))))))........)))))).).))))))).............. |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((..(((.(((((((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))(.(((((((((.....))))))))).).((((((...))))))................)))).)))........)))))).).))))))).............. |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))((.......))))))))...))))))).............. |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))...........((((.((((.((((................))))))))))))..(((....))).)))).)))))..((((((((.......))))))))...((((((...)))))))))))).)).(((....)))............))))))...)))))))..(........).. |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((..(((.(((((((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))((((())))).)))).)))))(.((((((((((...)))))))))).).((((((...))))))(((.......)))...)))).))).(....).)))))).).))))))).............. |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).(((....))).(((.....))))))))))..))))))).............. |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((...((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((..........))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))...((((....))))(((.....)))))))))...))))))).............. |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))).)).))))))).............. |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.....((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).)).))...(((((.(((.....))))).)))...))))))).............. |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))...........))))))...))))))).............. |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((((((((((.((((((.(((((((((...(((((....)))))....((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...))))..((....))..)))).)))))...(((((((((...)))))))))....(((((.....))))))))))).)).))......(((.((....))))).)))))..))))))).............) |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......................................................................................................................................................................................................................................... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))....(((((...))))).)))))).))((((....))))(((.....))))))))).).))))))).............. |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......(((((((.....(((...((((((.....((((((....)))))).((((.........))))(((..)))....)))))).))).))))))).......((((..))))......(((((((((((((((((...))))))))))...((((((...))))))..((((...))))..)))))))..(((((((...((((((..)))))).......))))))) |
| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((((((((.(((.(((((((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).))))...(((((((((.....)))))))))...((((((...)))))).(((......)))..))))).)))......).))))).)).))))))).............. |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((.((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((..................))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))..................)))))).)).)).....((((.((....)))))).))))..))))))).............) |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((..[[[{{{{{{{{{<<<<<<<<<<<))))aa.((((((.aa.)))))).bbbbb..bbbbb}}}..ccc.ddeeeeeee..eeeee....BBBBB.]]].EEEEE.CCC>>>>>..AA.eeeeeee((((((((((ff.))))))))))...((((((fff))))))>>>>>>BBBBB.FFFEEEEEEEFFfffffff.}}}}}}DD.EEEEEEE.AA....FFFFFFF |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.(.......)))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))))...))))))).............. |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....).)))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))))...))))))).............. |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((..((((((((..((((((....))))))..(((((.((((.((((.(((.(.......)))).))))....))))...)))))(((....))).)))).))))....((((((((.....))))))))....((((((...)))))))))))).)).((......)).((.......))))))))...))))))).............. |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).))..(((.(((....))))))....))))))...))))))).............. |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((((((...((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((((((((((((.(((..........))).))))...))))).).)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))...((((....))))(((.....))))))))).).))))))).............. |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((...((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((......((((...........))))....)))))...)))))...........)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))...((((....))))...........))))))...))))))).............. |
| RNASampler(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((...((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((..........))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))...((((....))))...........))))))...))))))).............. |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((..........))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).)).....((((.((....))))))))))...))))))).............. |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).))..(((.(((....))))))....))))))...))))))).............. |
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| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (.(((((((((((((.(.((((.((((((((((((((((((((..)))))))))((((((((((((((..(((..(....)..)).)...))).))))))..)))))((((..)))).)))).)))))))(((((.((..((((((.(...(..((((((((...))))))))..).))))))))).)))))......))))))))))).).)))))).)...(........) |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(((((((((((((.(..(((...(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((...(((..(....)..)).)....)).)))))...)))))((((..)))).)))).)))))..(((((.(...((((((.(........((((((...))))))......))))))).).)))))......))).))))))).).))))))............... |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).)).....((((.((....))))))))))...))))))).............. |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((.(((..((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).)).........................)))..).))))))).............. |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))....(((((...))))).)))))).))((((....))))(((.....)))))))))...))))))).............. |
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| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(((.((..((.((......)))).))))).(((.((((((....)))))).((((.........))))...((((((...........)).))))...)))..((((................)))).(((((((((.....)))))))))....((((.....)))).(((.......)))....((((.((....)))))).((((....))))............... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((..(((.....)))..((((..(((.....))).((((((....)))))).((((.........))))..))))...(((...[[[[[....))).{{{{..]]]]].}}}}.........{{{{{{{.(((..{{{))))))..}}}}}}}..(((((.....)))))..(((.....)))....((((.((....)))))).((((....))))............}}} |