RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Purine

RNA: 3IVN_B

			GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((({..((((((......[[.))))))(.....})(((((.]]......)))))..))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([(.(((((((.{{..{{)))))))).(...].(((((.}}().}}.))))).)))))))))                                     (                        )                                        (      )                                                                (  )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))..(((....((((.........)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((((((((((.((((((..))))))))))))))))))..))))))))))))
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((((..((((((((...((((..))))..))))))))..))..))).))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..))).....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....((((.........))))..(((........(((.......)))..)))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...((((((.........))))))........((((...........))))..)))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.......)))))))(...))).((((((.......))))))..))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))((....))(((((.........)))))..))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((((.........))))..(((......(((((.......))))))))))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........((((...........))))..))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.((((((.........)))))).....)).(((((.........)))))..))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((.........)))))).....)).(((((.........)))))..))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((.........))))))........(((((.........)))))...)))))))

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RNA: 3LA5_A

			GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((((([..((((((......{{.))))))(.....])((((((}}.....))))))..)))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]..]]]))))))..)))))))))                                                 (   )                                            (                           )                                                       (                        )                                          (      )                                                                   (                          )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((.(.(...((.(((((.((.(....).)).).)))).))...).).)).)))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((((((((((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((.....((((.........))))..(((........(((.......)))..))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...(((((...........)))))........((((...........))))..)))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.(((((((.......)))))))(...))).((((((.......))))))..)))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))(......)((((((.......))))))..)))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((.....((((.........))))..(((......(((((.......)))))))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))).....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((.........)))...((((............))))..))))....(((((.......))))).

---

RNA: 3RKF_A

			GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((([..(((((((.....{{)))))))(.....])((((((}}.....))))))..)))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..)))))))                                    (                        )                                                     (    )                                               (      )                                                               (                          )                                                    (   )                                        (                           )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))(((......(((((.......)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((.......))))))).)).....((((((.......))))))..)))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((((..)).)))))))(((..)))((((((.((..)))))))))))))))))
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(..)..)))))))((....))((((((.(....)))))))..)))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..)))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..)))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.....((((.........))))..(((........(((.......)))..))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.......)))))))(...))).((((((.......))))))..)))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......)))))..((....))((((((.......))))))..)))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((.......))))))).)).....((((((.......))))))..)))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((.........))))..(((......(((((.......)))))))))))))))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......))))).........(.(((((.......))))))..)))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.((..)))))))))).......((((((((...))))))))..)))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.......)))))))).......((((((.......))))))..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.(((((((.......))))))).....)).((((((.......))))))..))))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.......))))))).....)).((((((.......))))))..)))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((..[[[[[)))))))........((((((]]]]]..))))))..)))))))

---

RNA: 4TZY_X

			GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((((((..((((((......[[.))))))[.....)]{{{{{{]].....}}}}}}..)))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((.(((((((.[[..[[)))))))).....).{{{{{{]]...]]}}}}}}..)))))))))                                                 (   )                                            (                           )                                                       (                        )                                          (      )                                                                   (                          )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((.....((((.........))))..........((((((.......))))))..)))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((.........))))).........((((((.......)))))))))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((.........))))))........((((((.......)))))).))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...............(((((.[[[[[[[.......)))))..]]]]]]]....)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((......[[.))))).........{{{{{{]].....}}}}}}..)))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....((((.........))))..(((........(((.......)))..))))))).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((([[...))).(((({{{{{{{{{{..)))){{]].}}.}}}}}}}}}}.)))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.(((((((.......)))))))(...))).((((((.......))))))..)))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.(((((((.......)))))))(...))).((((((.......))))))..)))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))((....))((((((.......))))))..)))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((((((......).))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((.....((((.........))))..(((......(((((.......)))))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((((.......)))))))).......((((((.......))))))..)))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((((.(...).)))))))).......((((((.(...).))))))..)))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))

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