 | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
 | ||||||||||||||
RNA Secondary Structure Atlas - PDB - SAM-I-IV-variant
RNA: 4L81_A
| GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((..((((((.[[[[..))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]. | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(((((..(((((((..)))))[)).()(((((.{{{{..))).))....]..((((((..)))))))))))((((((..))))))......}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((..((.((((....))))....(((((((.......))).))))..((.(((((....)))))))....((((....))))..))..)).).) |
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............(.......(((.((((((.........))).)))))))............................................. |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((.....)))........((((.......))))..................................................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))(((.(((((((.......))).))))))).................)))).(((......)))............ |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........(((...))).((((.((((((.......)))).))))))......................(((......)))............ |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))......((((....))))............ |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).....(.((((.......)))).).......(((((....)))))))))).((((....)))).((...)).... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....))))))))))(((((....))))..)......... |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.......(.((....)).)(((.(((((((.......))).)))))))...................)).(((......)))............ |
| DAFS(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((......((((....))))((((.((((((.(....))))).))))))..................))...(((....)))............. |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((....))))((((.((((((.[[[[..))).)))))))..(((((....)))))..]]]]((((....)))).(((.....))) |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((........))(((.(((((((.(....)))).)))))))................))))).((((....))))............ |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((.......((....))..(((.(((((((.(....))))).)))))).....)............))..(((......)))............ |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................ |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......(.......(.((((....)))))((((....(((((((....)))).))))))).......)..(((....)))................ |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))..((.....)). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((.....((((...))))((((...(((([[[[[[.))))...))))..(((((....)))))))))).((((....))))......]]]]]] |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))............ |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((.(((.)))))((((.((((.((......)))).))))))......................(((......)))............ |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......)))............ |
| PETfold_2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))((((.((((((.(....))))).)))))).................)))).(((......)))............ |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......)))............ |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))((((.((((((.(....))))).)))))).................)))).(((......)))............ |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................ |
| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.......(((...))).((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))............ |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.(((((([[[[[[.))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))......]]]]]] |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).((.(((((((.......)))).)))))...(((((....)))))))))).((((....)))).(((.....))) |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).(((.....))) |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..................(((((....)))))((((((........(((((...(((((.........))))).......))))).....)))))) |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((...((((.......))))...))))..(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((.....(((....))).((((...((((.......))))...))))................))))).(((......))).(((.....))) |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))(((.(((.(((.......)))..)))))).................)))).(((......)))............ |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....((.((...))))((((.((((((.......))).))))))).................)))).(((......)))............ |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((.(((((((.......)))).))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).(((.....))) |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((..))(((((..)))))((.((((((((((..)).)))).)))))).(((((((..)))))))...(((((((..)))))..))...))).. |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((..))((((....))))((..(((((((.......)))).))).))..(((((....)))))....((((((....))))..))...))).. |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))..((.....)). |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((....)))).((.(((((((.......))).)))))).............((.....)).((((....))))............ |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............ |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......)))).. |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............ |
RNA: 4OQU_A
| GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGGUCCGA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((..((((((.[[[[[.))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]]. | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(((((..((((((....))))[))..((((((.{{{{{.))).)))...]..(((((....))))))))))((((((..))))))......}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........(((...))).((((.((((((.......)))).))))))............................................... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((.....)))........((((.......))))...................................................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))(((.(((((((.......))).))))))).................)))).(((......)))............. |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........(((...))).((((.((((((.......)))).))))))......................(((......)))............. |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).....(.((((.......)))).).......(((((....)))))))))).((((....)))).((....)).... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))....((((((....))))..))..))))).. |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.......(.(((.).)).)(((.(((((((.......))).)))))))...................)).(((......)))............. |
| DAFS(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(......((((....))))((((.((((((.(....))))).))))))..................)((.(((......))).)).......... |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.[[[[..))).)))))))..(((((....)))))..]]]]((((....))))......))))).. |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))((.(((((....)))))))....((((....))))......))))).. |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............. |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.(....((((....))))(((.(((((((.......))).))))))).......)..........))).((((....))))............. |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((.......((....))..(((.(((((((.(....))))).))))))..........).......))..(((......)))............. |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................. |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........(((.....(.((((....)))))((((.(((((((....))))).)))))).......)))(((....)))............... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((.....((((...))))((((...((((.[[[[[.))))...))))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]]. |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))............. |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((......((.(((.)))))((((.((((.((......))).)))))))..................))).......................... |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......)))............. |
| PETfold_2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))..((....))... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......)))............. |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))..((....))... |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................. |
| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.......(((...))).((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))..((....))... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((..((((((....)))).(((.((((((.......))).)))))))).(((((....)))))))))).((((....)))).((....)).... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).((.(((((((.......)))).)))))...(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))((.(((((....)))))))....((((....))))......))))).. |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(((......(((((....))))).......)))..........(((((....)))))))))).((((....))))............. |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((...((((.......))))...))))..(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((.....(((....))).((((...((((.......))))...))))................))))).(((......)))............. |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))(((.(((.(((.......)))..)))))).................)))).(((......)))............. |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.....(.(((...))))((((.((((((.......))).))))))).................)))).(((......)))............. |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).((....)).... |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((.((.((((....))))(((.(((((((.......)))).))))))..(((((....)))))....))((((....))))......))))).. |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((..))((((....))))((..(((((((.......)))).))).))..(((((....)))))....((((((....))))..))....))).. |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((..))(((((..)))))((.((((((((((..)).)))).)))))).(((((((..)))))))...(((((((..)))))..))....))).. |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))............(((.....)))((((....))))......))))).. |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....)))).((....)).... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......))))).. |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......))))).. |