RNA Secondary Structure Atlas - PDB - SAM

RNA: 3GX2_A

			GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((((......(((...(((...[[)))......))).(((..(((....))).)))...(]]..(((((....)))))..))))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..({(.((((.((((.<<<<.))...).)))))(})..((((..))))...).).(>>>>((((((..))))))..))))))))).                                            (             )                                                           (     )                                                                                                            (               )                                                                 (                              )                                                (                         )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............................................................(((((....)))))...)))))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((..(((.....)))..)...))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((.(..(((.....)))..).......((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(.(((((((((((((((((..).))))))))).(.(((((..))))))))))))))((((((((..))))))))))))))))).
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.(((.(((.(((..(.((..).).)..)))..(.((((....)))))))).))))(.(((((....))))).).)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(..((((.((((.....)))).)...))).((((.((((.).)))))))...)....((((((..))))))...)))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(..((((.((((.....))))....))))..((.((((....))))))....)...((((((....))))))..)))))).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((............(((..((((.....)))).....))).(((.(((......))))))........((((((.........))))))...))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((..(((.....)))..)...))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))).
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((............(((.....)))..........(((.(((......)))))).........................))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((............(((.....)))..........(((.((((....))))))).........................))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.(.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))....)...(((((....)))))...)))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.....)..(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((((..(((.....)))..))......(((.((((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((...........))))..((((....)))).....))))).(((((....)))))...)))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).....((((....))))...........(((((....)))))...)))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...))))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((.(..(((.....)))..).......((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((...(((...(((.....)))......))).((((.(((....))))))).....)).(((((....)))))...)))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(.(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).)((((....))))....)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.............................................................................)))))).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...........................................(..............)..................)))))).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(..(((.....)))..).......(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((.(..(((.....)))..).......((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(((.((.((((...........))))..((((....)))).))...)))..(((((....)))))...)))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............((((((((...........))))..((((....))))......)))).(((((....)))))...)))))))).

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RNA: 3NPB_A

			GUUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAAAGCCAUGACCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGAAC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.[[[[)))......))))).((..(((((...((((......)))).)))..)).))....(]]]]((.((.......)).))..))))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((..(((((((.()(((.[[[[)))......))))).)).()(((((..((((((..))))))))))..)........(]]]]((.((.......)).))..))))))))))                                             (                                   )                                                                     (                                                   )                                                                                     (                            )                                                                                       (                                 )                                                               (                                                           )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))....(((...((.(((((....))))).))...)))...........((((((.....))))))...)))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................(((((....)))))....................((((((.....))))))............
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((......(((...(((.....)))......)))..((((.(((((((..............)))))..))))))........(((((.......)))))...)))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((......(((..((((.....)))).....)))..((((.(((((((..............)))))..))))))........(((((.......)))))...)))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))(((.(((((..(.(((((....))))).)))..))))))....(...((((((.....)))))))..)))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))(((.(((((..(.(((((....))))).)))..))))))....(...((((((.....)))))))..)))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))(((.(((((..(.(((((....))))).)))..))))))...((...((((((.....)))))))).)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.((...((.(((((....))))).))...))))))...((((...((((.....)))))))).)))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).(((.((...((.(((((....))))).))...))))).........((((((.....))))))...)))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((((...(.(((((.((((.....)))).)...)))).((((.((((((..(((......)..)))))..)))))))...)....((((((.....))))))...)))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...(.(((((.((((.....)))).)...))))..(((.(((((....((..(....)))..))..))))))....)...(((((((.....)))))))..)))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((((..((((......)))).....)))))((((((..(....................)...))))))........(((((........)))))...))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).(((.((...((.(((((....))))).))...)))))....((((...((((.....)))))))).)))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((...(((...(((((....))))).)))....))))........((((((.....))))))...)))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((............(((.....)))...........(((.(((..........................))))))............................))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((...(((.....)))......)))..(((.(((..........................))))))............................))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..(((.(((...(((.....)))......))).)((((.(((((((..............)))))..))))))...))...(((((.......)))))...)))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..(.(.(((..((((.....)))).....))).)((((.((((((................))))..))))))....)...(((((.......)))))...)))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.(((((...(((((....))))).)))..))))))...((((...((((.....)))))))).)))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).((.((((((...(((((....))))).)))..))))).........((((((.....))))))...)))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.((......(((((....)))))......))))))...((((...((((.....)))))))).)))))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((............(((.....)))...........((((.........(((((....)))))........))))........((((((.....))))))...)))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((...(((.....)))......)))..(((.(((.((..................))...))))))........(((((.......)))))...))))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((...(((.....)))......)))..((((...((((................))))....))))........(((((.......)))))...))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...))))).(((.(((((...(((((....))))).)))..))))).........((((((.....))))))...)))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((.(((((...(((.....)))......))))).......(((...(((((....))))).)))......))........((((((.....))))))...)))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(.(((((...(((.....)))......)))))(((.(((...((.(((((....))))).))...)))))).....)..((((((.....))))))...)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................((..(......).......................(...)...))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................((......(((.....))).............(.....)....))......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.((...((.(((((....))))).))...))))))........((((((.....))))))...)))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).(((.((...((.(((((....))))).))...))))).........((((((.....))))))...)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((....................))))).(((.((..((..(((((....)))))...)).)))))....((((((...........)).)))).)))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((....................))))).............(((((....)))))..((((..((((......)))).(((.....)))))))..)))))))))

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RNA: 4AOB_A

			GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((((....(.(((...(((.[.[[)))......))))(((..(((....))).)))...(]].](((.(....).)))..))))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))).                       (                                      )                                                                            (             )                                                                  (                              )                                                     (           )                                                                                   (              )                                                                                      (                                    )                                                                        (               )                                                          (     )
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..))..))).(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.................................((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((..(.........)......)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((((.......))))....)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............(((.....)))..........((((.(((....)))))))........(((.(....).)))...)))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....))).......)))(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(.(((((((.......))))....))).)(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((........[[[[.......)))......((((....))))]]]].(((((....))))).........)))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((((.......))))....)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(.(((((.((((.....)))).)..)))).((((.(((....)))))))...)....((((((..))))))...)))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((.(((((.((((.....)))).)..)))).((((.((((.).)))))))...))..(((((((..)))))))..)))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((...((((.....))))......)).((((.((......))))))..........................))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((((.......))))....)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((......((((..(((.....)))...).)))..(((.((((....)))))))........(((........)))...)))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))...((((....))))..........)))))))..
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((............(((.....)))..........(((.(((......)))))).........................))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((((.).)))))))........(((((....)))))...))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((........<<<([[[[[[..)))..((.((((....)))))]]].{{{{{))..}}}}}.]]]>>>..)))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((...[[[((......)).))))))))..]]]((((.(((....)))))))..(((((....))))).((((....)))).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((((.......))))....)))..((((...........))))..(((((....))))).........)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......((((.....((((...........)))).............))))..(((((....))))).........)))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....))).....)))..((((...........))))........(((........)))...)))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...))))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((...........))))........(((((....)))))...)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(.(((((.(((.....)))..)).))).)(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((..(.((..))..)..))))))............((((....))))..((.(((((....)))))...........)))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((..((((..))).)..)))))))...........(((((..)))))..((.((((((..))))))...........)))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.............................................................................)))))).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((......................................................((......))..((...))....)))))).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....))))))).........................)))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....))))))).........................)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((.........))))...(((....((((.(((....)))))))..(((((....)))))..)))....)))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((....)).)))........(((((..........((((.(((....)))))))..(((((....)))))..(((....)))))))).

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