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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - SSU_rRNA_microsporidia
RNA: 5AJ3_A
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| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(.(((((.[[[[[)[)))))((((((((((.[[[[[[((.((([[[{{{{.(((....))).(..){)(...({(((((.((((((((.)))))))).))).)).((((<<(((..(((((...).))).)))...))>))))}((...))).}.(((....)))(.)..}}}]]]))(..)<<}((((...(((((..))))).))))>>)))]]]]]]...((((((((().<<<<<(..)<<<.)))>>>......>>>>>)))))..))))))))).....(((((...<.(<<<<.<<<......<......<<<<<<<(((...(((((((.((.(....).))..)))))))...))).....<.<<<.)>>>>>>>>>>>...>.>>>>.>>>..(..((((((...((.((((((.........)))))).))))))))..)...a...aaaaaaa.....))..AAAAAAA>))).aaaaa.aa>(.((....)).)AAAAAAA.].]]]]](((((.(((((.(...((..(((((((((((((aaaa...aaaa......).AA....b......bbbbbbb.(......).bb.bbb(.bc)((((((..(.((.((((((....))).......))).))......((.....))....).))).)))BA..C.BBBBB..B.BBBBBBA..AA.AA.))))))(((.((((.....))))).((..).).)((..(((((((((...).))))))))..))..).))))))cc()ccccccccc..B....CCCCCCCCC.CC..)))....)))))))).))..(.(((((.(..(((((((((((((((((((((...((((.....))))..))))).).).))))))))))))))...).)).)))c.)C.(((((((((....)))))))))A....... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (..((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).)))))))).......)))...)))))).....)))))...........((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((............(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).......((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))......) |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((....((((.....((((((.......(((.(((..((.(((.(.....((((........((...(((((...)))))...))((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....)))).....)))).)).))))))......)))))).....(((....)))..............((((.......(((.((((...((((.((....)))).))...)))).)))...)))))))).......................................(((((((..(((.((((((.(((......)))..)))))).))).....)...(((....)))))))))...................))))))))).)))))(((.........)))......................(((((((.........))))))).....(((.....)))..........................((((((((((((..(((.......)))(((((..(((...(((........))))))..(((.(((((((....................(........................................................................)..........))))))).)))...)))))....................((((.((........(((((((......)))))))....)).)))).........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((....((.......))...))))).....)))))..)).)))................((((((((((....))))))))))....... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((....((((((((...........................................(((((((((.(((((...)))))....))))..))))).......(((......)))..............................................................................................................................................)))))))).........................................(((........((((((.(((......)))..))))))........................))).....................))))))))).))))).(...........).......................(((((((.........)))))))..........................................((((((((((((...............((((.........(((........))).....(((((((((((........................................................................................................)))))))))))....)))).....................(((.((........(((((((......)))))))....)).)))..........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((((((((((((..(((((..................))))).....)))))))))))))................((((((((((....))))))))))....... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((......)))).....((((((((((.........(...(((.(((..((....))......(((....((((((....((((...))))....))).)))(((....(((..(((......))).)))......))).........)))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).)...............(((........(((.....((....)).......)))..)))...)))))))))).....(((.......((((...((..............((((((.....(.(((((..(((......)))...))))).)..........(.((....)))))))))......))...))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((.........))))))).))).(((.....)))(......(((.........)))....((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..)).....(...).........).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....))))..(((.((........(((((((......)))))))....)).)))))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).).).(.(..((.(...(((.((..(((((...................................)))))..)).)))....).))...)..).((((((((((....))))))))))....... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((...((((((....((((((....(..(((.(((..((.(((.((....((((.(......((...(((((...)))))...))((((((((....(((..(((......))).)))......))).)))))...).))))....))))).)).))))))).....))))))....((((....))))..............((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).))))))))))...............(((...............)))..((((((((.(((.((((((.(((......)))..)))))).)))....))...(((....)))))))))...................))))))))).)))))(((.........)))......................(((((((.........))))))).....(((.....))).....................(((((((((((((((((..(((.......)))((((((((((...(((........))))))).(((.(((((((...........((...((((((......................................................................))))))))....))))))).)))..))))))......((((.....)))).((((.((........(((((((......)))))))....)).)))).........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))..))))).......((((((((((((....)))))))))).....)) |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((......)))).....((((((((((((((((.......(((.(((.....(((.......((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))......)))....))))))......))))))...(((((....))))).((((..........))))....(((.....[[[[[...[[[)))..]]]..]]]]]........)))))))))).....((((......(((((..................((((((....(((((((((.(((......)))..)))))...)))).......(((....)))))))))........)))))......((((((.........(((..[[[...)))..]]]..))))))..........(((((((.........))))))))))).((((..........[[[[[[....)))).........]]]]]](((....((((.(((.....(((((((((((...(((........))))))......(((((((..........(((...((((((...((((.........(((....))).....................(((..........)))))))...)))))))))...))))))).....))))))))....((((...((((((((...............))))))))))))...........))).))))..))).................((((((..........[[[....)))))).........]]].......(((.....(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).....)))................((((((((((....))))))))))....... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.(((((((((((((((((((..(((...((((((....((((((.(((..((.(((.((....((((.((......))..(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).)))))).)))..))))))...)))..))))).....((((..........)))).(((((((.......)))))))..(((.((((....((((......))))....)).)).)))(((.....(((((..................((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))........))))))))...))))))).)))))))(((.((((....................)))).))).(((((((.........))))))).((..((((...))))))...................(((..(((((((((((...........))))...(((((((...((((........))))...((((.(((((((.(((.......((.........))........)))...(((....))).......((((((((((((.((((..........))))))).....))).)))))))))))))..(((((((.....)).))))).(((((((((.((........))..))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.((..((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).)))))..)).)))....)).((((.....((((((((((....))))))))))..)))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((....(((((((...............(((.(((...............((((........((...(((((...)))))...))((((.(((....(((..(((......))).)))......)))..)))).....)))).............))))))................((((....))))....................................................................)))))))................(((...............)))..((((((.......((((((.(((......)))..)))))).............(((....)))))))))...................)))))))).))))))(((.........)))......................(((((((.........)))))))..............................................((((((((...((.((......((((((((.....((((........))))....(((.(((((((......................................(((....)))........................................................))))))).))).))))))))..........(((.....................[[[[[[))).....]]]]]]....)).))...........(((((((.........)))))))...........))))))))...................(((.((..(((((..(((((....((.......))...))))).....)))))..)).))).................(((((((((....)))))))))........ |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....((((((((((((...(((((((((.((((((......((((.(((..((.(((.((....((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).)))))).)....))))))....((((....))))..((.((((.....)))))..)..(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))...)))))))))...............(((...............)))..((((((....((.((((((.(((......)))..)))))).))..........(((....)))))))))...(((.((...)).))).)))))))).))))(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).((..((((...))))))....(((............(((..(((((((..((.............))...(((((((...((((........))))...((((.(((((((...........((....(((((................(((....))).(......)..((.........))....................))))).))....)))))))..(((((((.....)))).))).(((((((((.((........))..))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.((..((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).)))))..)).)))..............))).((((((((....))))))))......... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((...((((((((((..........................(((((....((((.............(((((...))))).....(((((((...[[[[[[[[[......................))))))).....))))..(((((((..((((.........((((((.............................))))))...)))).....)))))))........)))))................)))))))))).....((((......(((((..................((((((((.....((((((.(((......)))..)))))).....................))))))))........)))))......((((((.((((...))))..................))))))..........(((((((.........))))))))))).((((...))))......)))..........))))).((((((((((((.............)))))(((.......((((........))))........................))).......))))))).......))))))..................................(((((((((....(((.((((((((((((((.............))))))))))))))................)))........)))))))))..............((((((...........(((((((.........)))))))......(((...................)))......))))))...(((((..(((((..................))))).....))))).......(((..))).......{{{{{............]]]]]]]]]..}}}}} |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......)))).)))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((......(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..)))))))).......)))...)))))).....)))))...........((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((............(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).......((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))....... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....((((((((((((...((((((((((((((((....((((((.(((.....(((.((....((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....)))))....)))))).)))..))))))...(((((....))))).((.(((((...)))))))....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..))))))))))...............((((((........))).)))..((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...(((.........))).)))))))).))))(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).....((((...))))......((((...........(((..(((((((.......(((.......)))..(((((((.(.((((........)))))..((((.(((((((..........(((...((((((...(((..........(((....)))......................................)))...)))))))))...)))))))..(((((((.....)))).))).(((((((((...............))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.....((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).))))).....))).............))))(((((((((....)))))))))........ |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).)))))))).......)))...)))))).....)))))...........((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((.......(.((.(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).)).)..((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))....... |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...).)))))(((........(((((.......(((((........)))))((((...).))))))))..(((.(.(((((...))))).).))))).)((((.(((((((((((((((((.(((.(((((((.(((((..))).(((..((((..)))..).....)))).)))))......(..)((((..)))))))))))))))))..(((((((((.......((((((((.(..(.((.(((.....(((((((((..)))))))))...(((..(......))))...)))).))..)).))).).)))((((.(((.(((((...((..(..)))....))))).)))....)))).((((..)))))))))))))...(((.(.(.((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..))....(((((((.(......)))))))))).)))((..((((..(.(((......))))..))))((((((.(.((((((((...((((((((((((((..)))))...((((((........))))))(((.(((((((((((..)..))..((((....(.((.((...............)).)))...))))(((((((((.(.((((..........)))))..(..))))).))))))))))))).)))((((((...))))))))))((((((((....(.(......))..))))))))...(((((..(.......)..))))).....(((((((.(......)))))))).))).))....))))))))((...........))....((((((((((((((.((.((((((.............)))))))).).))))))))))))))))))))....(((...)))...))...)..)))))))))...)))) |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((......))))).((........(((((.........(((........)))..((((...).))))))))..(((...(((((...)))))...)))))..((((.(((((((((.((((((..(((.(((.......(((..))).(((...(((..)))........))).............(..)(((....))))))))).))))))....(((((((.......(((.(((..........(.......(..((((......))))..)...(((..........))).....).........)))...)))((((.(((.(((((...((......))....))))).)))....)))).(((....)))))))))).....(((.(...(....)(((((...((.(.((((..((..)).)))).).)))))))...........(((((((.........))))))).).)))....((....(.............)....))((((((...((((((((........(((.(((((..)))))....((..............)).(((.((((((((((......))..((((......((.....................))....))))((((((((..(.((((..........)))))..(..).))).))))))))))))).)))(((((.....))))).)))((((((((.................))))))))...(((((..(.......)..))))).....(((((((.........)))))))...........))))))))((...........))....(((.((..((((((.((..(((.................))).)).).)))))..)).))).))))))....(.......)...........)))))))))...)))) |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((((((..........................(((.(((..((.(((.((....((((.............(((((...))))).....((((.(((....(((..(((......))).)))......)))..)))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........(((((((............(((.....((.(......)))......)))........))))))).......)))..............................((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................))))))))........................................................................(((.....)))..........................((((((((((((.((((.(((.....(((((.(......((((........))))........(((((((................((((((................(((....)))............................................))))))......)))))))......).)))))..........((((((((.................))))))))..............))).))))...((....(((((((.........))))))).......))..))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).................(((((((((....)))))))))........ |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((......(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..)))))))).......)))...)))))).....)))))...........((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))..(((((((.........))))))).(((.((((.......((....)).....))))....(((((((((.(((((((.((((.(((...((((((..((.....((((........))))....(((.(((((((..((............((((((...((((..(((....(((....)))...........((.........))..........)))))))...))))))))....))))))).))).))..)))......((((.....))))..)))...........(((((((......)))))))...))).))))...((....(((((((.........))))))).......))..)))))))))).................(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |