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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - T-box
RNA: 4LCK_F
| GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((.....((.........(..(.(...(.((.(......(..[[[[[...........).]]]]].).)).).).)..).........))..)))))) | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((...(.((.....(.(((..(((..((.(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))..))))......)).))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..)))))).......))))..)))))) |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............(((.......(((((((.................((((((...........)))))).......))))))).......)))......... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((.........((((((...........)))))).))))))))))))).......))))..)))))) |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((....((.((((((..(((((((..(((((....((.....)).....)))))...)))))))))))))....)).))))..)))))) |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..........(((((...........)))))..))))))))))))).......))))..)))))) |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((........(((((.(...(((....)))...((((((...........))))))......).)))))........))))..)))))) |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((....((.((((((..(((((((..(((((....(((...))).....)))))...)))))))))))))....)).))))..)))))) |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................................... |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..........(((((........[[[[[[[[........)))))...]]]]]]]].(((.((((.......))))..[[[)))..]]]..)))))) |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((....(((...))).....)))))...))))))))))))).......))))..)))))) |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((..(.(((...))).)...)))))...))))))))))))).......))))..)))))) |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((...((((..[[[.............))))]]].))))))))))))).......))))..)))))) |
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| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................................... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((....((.....)).....)))))...))))))))))))).......))))..)))))) |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((................((((((..(((((((.........((((((...........)))))).)))))))))))))((((...))))..)))))) |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..((.......((((.((((((.((((((((.[[[[{{..{{{{{{.))))))))..}}}}}}..]]]]..))))))....}})))))).)))))) |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((......(((.....(.(((((((......(((........((((((.....(...).)))))))))....)))))))..)....)))...)).... |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.....................((((((..((((((........(((((......(...)..)))))))))))))))))..................))) |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.((..........)).((((((..((((((((.....)..((((((...........)))))).)))))))))))))(((.....)))..)))))) |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((.((.((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..))))))....)).))))..)))))) |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((....(((...))).....)))))...))))))))))))).......))))..)))))) |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..)))))).......))))..)))))) |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............................................((((((...........))))))................................. |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((.((.((((((..(((((((..(((((..(.(((...))).)...)))))...)))))))))))))....)).))))..)))))) |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..)))))).......))))..)))))) |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((.((.((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..))))))....)).))))..)))))) |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((......(((....(..((((((..(((((((..........(((((...........)))))..)))))))))))))..)....)))...)))))) |
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| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((...((((....(((...))).....))))....))))))))))))).......))))..)))))) |
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| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((...((.........))..)))))...))))))))))))).......))))..)))))) |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.....((((...((((.........))))....((((.....))))..((((....)))).(((.......)))..........))))..)))))) |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((..........))))........(((((..((((.....))))..((((....)))).[[[)))))..]]]...(((.....)))..)))))) |
RNA: 4MGN_C
| GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC | |||
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| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(((.....(.(((((((((...(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))))))).......))). ( ) |
|
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