RNA Secondary Structure Atlas - PDB - c-di-GMP-I

RNA: 3IWN_A

			CACGCACAGGGCAAACCAUUCGAAAGAGUGGGACGCAAAGCCUCCGGCCUAAACGGCAUUGCACUCCGCCGUAGGUAGCGGGGUUACCGAUGG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((......([...((((((....))))))..(])...(((.((((((((..((((..........))))))))).)))))))...)).)).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((......({...(((((((..)))))))..(}).(.(((.([[(((((..((((..........)))))))))))]].))))..)).)).                         (                                                )                                                      (   )                                                                                                  (                                    )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((.....((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).))))))...).)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......((((...((((((....))))))...))..((((((..(((((..((((..........)))))))))...)))))).))..)).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((...((((((....))))))...))...(((.(((((((..(((((..........)))))))))..)))))).........
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((...((((((....))))))...))...(((.(((((((..(((((..........)))))))))..)))))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((...((((((....))))))...))...(((.(((((((..(((((..........)))))))))..)))))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)).
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((..((.((((.((((((....))))))(.((..(.(((...))).)...)).).)))).))..))(((.((((((...)))))).))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((((..)))))))(((((((((((...))))))).))))))))))))))))((((((((((...)))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((...((((((....))))))...))..((((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))).))..)).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((...((((((....))))))........))))(((.......)))(((((.(((((((........)))))))...))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.....))...((((((....))))))...((((......[[(((.....))).))))(((((((........)))))))...]]....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((...((((((....))))))............[[[))))...]]](((((.(((((((........)))))))...))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((....................................(((.........)))(((.......)))))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((........((...((((((....))))))...))..((((((..(((((..((((..........)))))))))...)))))).....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((((...((((((....))))))...))..((((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))).))..)).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((......(((....))).(((..........))).))))..(((((..........))))).(((((.....))))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((......(((....))).(((..........))).))))..(((((.......[[[))))).(((((.]]].))))).....

---

RNA: 4YAZ_R

			GUACACGACAAUACUAAACCAUCCGCGAGGAUGGGGCGGAAAGCCUAAGGGUCUCCCUGAGACAGCCGGGCUGCCGAAAUAUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((..((......((...((((((....))))))..[))...{{{{..{{(((((...))))).]}}}}}}...))...))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((..((......(((.((((((((.[)))))))).))).{.{{{{..{{{{{](...).}}}..}}}}}}}..))...))).          (                                                                )                                                                                    ()                                            (   )                                                                     (                                )                                                           (                           )                                                                        (     )                             (                                                                       )
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))((..(((((([[..)))))){{{.<<.<<<<<.(((<<<<<)))>>>>>.]].>>>>>}}}....))>>
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((((.........)))))...............((((.......)))).............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((....)))))).......(((((....((((.....))))....)))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((....))))))(((.....)))..(((.....)))....(((.....)))..........

---