CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home
Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas
Help
FAQ
Contact us
RSS feeds
Twitter
RNA Secondary Structure Atlas - PDB -
glnA
RNA:
5DDR_A
CGUUGACCCAGGAAACUGGGCGGAAGUAAGGUCCAUUGCACUCCGGGCCUGAAGCAACGCG
Reference structure (std)
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))..[.....((((((..........))))))....)))))].
Reference structure (ext)
[ sec struct ]
(([[[(((((((..)))))))){.(()(((((((..........))))))).).]]].)}.
( )
( )
( )
Afold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((.(.(((((....)))))).......((((((..........))))))........)))
CMfinder(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
.((((.(((((....)))))........((..................))....))))...
Carnac(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
......(((((....)))))........((((((..........))))))...........
CentroidAlifold(seed)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
.............................................................
CentroidAlifold(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........(((................)))....)))))..
CentroidFold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
CentroidFold (ext)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
ContextFold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))(.......((((((..........))))))...))))))..
Contrafold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
DAFS(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))........(((................)))....)))))..
DotKnot
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
..(((.(((((....)))))))).(((.[[[[[[.....)))..]]]]]]...........
Fold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
HotKnots
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
IPknot
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
MXScarna(seed)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((..(((((..))))).........(((................)))....)))))..
MXScarna(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((((..))))))........((((..............))))....)))))..
Mastr(seed)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
.............................................................
Mastr(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
..(((((.(((((..........)))))(....)..(((......)))....)))))....
MaxExpect
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
McQFold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
Multilign(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....))))).........(((((..........))))).....)))))..
Murlet(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))(....)............................)))))..
NanoFolder
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....))))).(((.((([[[[[[..)))..)))]]]]]]....)))))..
PETfold_2.0(seed)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))(.....(.(((................))).).))))))..
PETfold_2.0(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))(....)..((..................))....)))))..
PETfold_pre2.0(seed)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))(.....(.(((................))).).))))))..
PETfold_pre2.0(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))(....)..((..................))....)))))..
PPfold(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.((((......))))(.......((..................))...))))))..
Pknots
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))(....)..((((((..........))))))....)))))..
PknotsRG
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
..(((.(((((....)))))))).....((((((.[[[[.....))))))...]]]]....
ProbKnot
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
RDfolder
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
RNASLOpt
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
RNASampler(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))..................................)))))..
RNAalifold(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))(....)............................)))))..
RNAfold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
RNAshapes
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
RNAsubopt
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))(....)..((((((..........))))))....)))))..
RNAwolf (ext)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
((((((((((((..))))))(..)....((((((..........)))))).)..)))))..
RNAwolf
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
Sfold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
TurboFold(20)
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
UNAFold
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
Vsfold4
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....)))))........((((((..........))))))....)))))..
Vsfold5
[ FASTA input ]
[ sec struct ]
(((((.(((((....))))).(((.((.[[[[[[.....)))))]]]]]]....)))))..
^top
Copyright© - Adam Mickiewicz University & IIMCB - All rights reserved