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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - tRNA-Sec
RNA: 3A3A_A
| GCCCGGAUGAUCCUCAGUGGUCUGGGGUGCAGGCUUCAAACCUGUAGCUGUCUAGCGACAGAGUGGUUCAAUUCCACCUUUCGGGC | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (((((((.(..((((([..(.])))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((..)....))))).))))))) | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(((((((((..(((((({[{.))))))(((((((..)...))))))((((((....))))))(((((]}.)}.))))))))))))) () |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))..((((.......))))...(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| Alterna | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((......((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))....))))) |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((..(((((((..)))))))((((((((...))))))))((((((....))))))(((((...)..))))))))))))) |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.(..((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))).))))))) |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....(.(((....)).))..(((((.......)))))...(((((..))))).(((((.......))))))))))))) |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((........................(((((.......))))).................((((.......)))).....))). |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...((((((....)))))).(((((.(...).)))))..(((((....))))).(((((...)..)))).)))))))) |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((.............)))))).((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))......... |
| RNASampler(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....................((((((.......)))))).(((((....)))))..................))))))) |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((......................((((.......))))....((((....))))..((((.......))))..))))))) |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....)))))...(((........))).))))))) |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((.....(((.......(.))))..((((.......))))..................((((.......)))).))...... |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....))))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((....))))).((((.......))))..))))))) |
RNA: 3W1K_J
| GGGAGUAGAUAGGCGCUGGUGUGCCUCCUAGACUUCAAAUCUACGGUCUCGCUAUUUAAGCGAGAGGUGGGUUCGAUUCCCACAUACUCCCG | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (((((((....(((((..[.))))).((((((.......)))).))(((((((.....))))))).{{{{{..]....}}}}}.))))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((((...((((([[{.))))).(((((((.....))))).))((((((((...)))))))).<<<<<<]}.>].>>>>>)))))))). ( ) |
|
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................ |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((.........)))))..((((.......))))..))))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))........((.(((((((.((((((((.....))))))))))))))).))........))))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...(((((......)))))(.((((.......)))).).(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((((.....))))))).(((((.......))))))))))))). |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................ |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
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| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........................(((((.......))))).......................((((.......)))).......... |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((((((....)))))).(((((.(...).)))))..(((((.........)))))..(((((...)..))))).))))))). |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....)))))).(((((.(...).)))))..(((((.........)))))..(((((...)..))))..))))))). |
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| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
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| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
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| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.((....)).(((..))).((((((.......)))).))((((((((..)).)))))).((((((...)..))))).))))))). |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..........(((..))).((((((.......)))).))((((((((..)).)))))).(((((.......))))).))))))). |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(.........................((((.......))))....(((...........)))...((((.......)))).....).... |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
RNA: 3W3S_B
| GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (((.((((..((.((([..(.])))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((..)....))))))))).)))... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(((.((((..((.(((([[()))))))((((((.......))))).)((((((((((..)))))))))).((((((]..)].))))))))).)))... ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((...((((.((((....)))).))))...))))).)).))))..))))))...)) |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................................. |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((............)))))..((((.......))))..)))))))... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....((((....))))..((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...(.((((....)))).)((((((.......))))).)(((((((((....))))))))).(((((.......)))))))))))))... |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((.((((....)))).))(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((.((((....))))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((......((((....))))...(((((((((...[[[[....)))))))))...]]]].....((((((.......)))))))))))))... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((....)))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((.(.((((.((((....)))).)))).).))))).)).))))..))))))))... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((.((((....)))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...(..(((....)).))..(((((.......)))))..(((((((((....)))))))))..((((.......)))).)))...))))) |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................................. |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((.((((....)))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((......((((....))))((((((((((((...........)))))))))...)))......((((((.......)))))))))))))... |
| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((....)))))).(((((.......)))))..((((..(((....)))..)))).(((((.......)))))))))))))... |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((........................(((((.......)))))..........................((((.......))))........))). |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.((([[[(..<<<.<(aaaaaaaaaaaa(...{{))).)>)AAAAAAAA..((((((..)>>>.AAAA..}})))))).))))))))]]] |
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| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................................. |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...(((((((....))))((((((((.......))))).)))...((((....)))))))..((((((.......)))))))))))))... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((.((((....))))))..((((..((.((.(((...((((.((((....)))).))))...))))).)).))))..))))))))... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((.((((....))))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..........(((((((....))))...(((((((((...........)))))))))...(((((....((((((.......))))))..)))))))) |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((......((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))... |
| RNASampler(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....................(((((.......)))))..........................................))))))))... |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((......................((((.......))))....((((............))))...((((.......))))..)))))))... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((.(.((((.((((....)))).)))).).))))).)).))))..))))))))... |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((.((((....)))).)).((((..((....(((...((((.((((....)))).))))...)))...)).))))..))))))))... |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((.((((....))))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))... |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((..)))(((.((..))))).(((((.......)))))..((((.(((((..))))).))))(((((((...)..)))))).))))))... |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((..)))(((.((..))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))).))))))... |
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| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((.((((....))))))..((((..((.((.(((.(.((((.((((....)))).)))).).))))).)).))))..))))))))... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((...((((.((((....)))).))))...))))).)).))))..))))))))... |
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| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((.((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))[[[[[[.))))).]]]]]])))))))... |