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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - tracrRNA
RNA: 5F9R_A
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| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ...................((((((..((((((((.(..(....)..).))))))))....))))))..(((..).)).......(.((....)).).((.(((...))).)).. | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
...................((((((..((((((((.((.(....).)).))))))))....)))))).((((..).)))......((((....)))).((((((.())))))).. ( ) ( ) |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (.(......(((((((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))..)))))..(((....)))..((((((...)))))))) |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))..............................(((((((...))))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((..(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...))))))).......))).........(((....))).(((((((...))))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.............)))((((((..(((((((((((((....)))))))))))))....))))))..................((((....))))((((((.....)))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............((((.(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))....)..)))........((((....))))(((((((...))))))). |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((......[[[[[..)))(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))............]]]]].((((....))))(((((((...))))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((((((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))..))))).((((....))))(((((((...))))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((.((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))))))....((((....)))).((((((...)))))).. |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))..................((((....))))(((((((...))))))). |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((((((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))..))))).((((....))))(((((((...))))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.............)))).......((((((((((((....))))))))))))((((((......................)))))).......(((((((...))))))). |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((....))).[[[[)))....(((((((((((((((....))))))))))))).((((.......))))..))]]]]....((((....))))((((((.....)))))). |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((.((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..))))))).((.((((....))))[[[[[[))...]]]]]]. |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((((((..(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...))))))).......)))..))))).((((....))))(((((((...))))))). |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((((.....((((((..(((((((((((((....))))))))))))).........)))))).......))))).((((....))))(((((((...))))))). |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((.((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))))))....((((....)))).((((((...)))))).. |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..........(((.((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))))).....((((....)))).((((((...)))))).. |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........(((((((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))..))))).((((....))))(((((((...))))))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(........)...((((.((((((...(((((((((((((..)))))))))))))(((...)).))))))).))))(.((.(((...))).)))..(((((((...))))))). |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((..((((((...((((((((((((....))))))))))))..........))))))..)))..((.(((...))).))...(((((((...))))))). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((..........(((((((((((((....))))))))))))).................)))........((((....))))(((((((...))))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((.((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...)))))))...))..)))))))....((((....)))).((((((...)))))).. |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .......((((((.....))))))...(((((((((((((....)))))))))))))........((((((.....)).))))..((((....)))).(((((.....))))).. |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.......[[[...)))).]]]..(((((((((((((....)))))))))))))........((((((.....)).))))..((((....)))).(((((.....))))).. |