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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - ydaO-yuaA



RNA: 4QK8_A

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                                                                 (               )                                      
                    (                                                                                )                  
                                                                                        ( )                             
                                      (                                                    )                            
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..(((((............(((.........(((.....)))..(...((...........)))...))).........)))))..))))............
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.......))))................................................................................))))))..........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...(((....)))((((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............)))))).))))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..(((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............)))))..))))............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((.........((((.....(((.....(.......(((((((...)))))))..(((((.......)))))....)....)))...)))))))))))))..........
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......((((((.............))))))((((((...(((((((...)))))))..((((((.....)))))).............))))))...))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((....(......(.((((....((((((.....))))))..(((((.......)))))..)))).)..)....)))))..))))))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....)...(((((.....(((..(((((.(....(((((((...)))))))..((((((.....))))))..)))))).)))...)))))))))))))..........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((..))).((((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............)))))).................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..(((((.....................((((.........))))..((.(.........).))...............)))))..))))............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..........(((.[[[[[..)))(((..(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).)))...]]]]]..))))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((...((((.......))))))))).((((((.(((((((..(((((((...))))))).(((....))).(((((........))))).))))))))))))).............
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((....(((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...)))...)))...)))))..))))))..........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...(((....))).(((((.............((((...((((..((...))..))))((((((.......)))))).)))).........)))))..))))............
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...((((..))))..((((......(...(((((.(....((((((.....))))))...(((((.....)))))...))))))..)....))))...))).............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.[[[[[[))))..........{{{{{{{{{{..(((((((...)))))))......]]]]]](((((........))))).}}}}}}}}}}))))))..........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....((....))..(((.....)))......(((.....))).................(((((.......)))))......................)))))...........
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((.......))))..((((.........))))...(((((((...)))))))..((((((.....))))))......................))))............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((.............((((..........................................))))(....)...)))))).................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....(((..)))..(((((.............((((......(((.......)))....(((((.......)))))..))))(....)...)))))..))))............
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...[[[[...))))]]]]((..))[[{{{{{{{{{{{{..(((((((...)))))))<<((((((aaaaa))))))))........]]}}}}}}}}}}}}...>>...AAAAA.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...(((....)))(((((((..(........(((((....((((.........)))).(((((.........))))).))))..).))...)))))).))))............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..((((((...(.......(((((....((((.........))))..((((.........))))..))))..).))...)))))..))))............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...(((....)))(((((((..(........(((((....((((.........)))).(((((.........))))).))))..).))...)))))).))))............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..((((((...(.......(((((....((((.........))))..((((.........))))..))))..).))...)))))..))))............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..((((((...(.......(((((....((((.........))))..((((.........))))..))))..).))...)))))..))))............
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((.....)))[[[((((((((((..((((((.....)))))).(((....))).(((((........))))).)))))))))))))))).....]]]..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(.((....))).(((((............(((.[[[(.(((((((...)))))))).((((((.....))))))...)))......]]])))))..))))))..........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..............(((((..........(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).......)))))..))))))..........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((.....))).(((((.............((((....(((((.......)))))..(((((.......)))))..)))).........)))))..))))))..........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...(((....)))((((((.............((((....((((.........))))..((((.........))))..))))(....)...)))))).))))............
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((....))..(((((.............((((....((((.........))))..((((.........))))..))))(....)...)))))..))))............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((((....((((((.....))))))..((((((.....)))))))).))))).)))...)))))..))))))..........
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....(.((((((((..(((.....))))))))))).).....(((((((...)))))))..(((..........))).........))))..(((((............))).)).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..)(.((((((((..((((...)))))))))))).).....(((((((...)))))))..((((........))))(.......)))))..((((((((......)))))).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((.....((((....(((((((...)))))))..((((((.....))))))..))))...)))...)))))..))))))..........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....((....))..(((((.....(((.....((((....(((((((...)))))))..((((((.....))))))..))))...)))...)))))..)))))...........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..))))))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..........))).(((((.((((.((....))))))...((((((.....))))))..((((((.....))))))...............)))))..................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.......))))..((((.((....))))))...((((((.....))))))........[[[[[[(((........))).............))))))...]]]]]].