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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - ykoK
RNA: 3PDR_A
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| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((((((.[[[..[[[..[[[[[[[[......[[[[[[(((((....((((....))))....))))).....[[[[[[[[[......)]]]]]]]]]..].]]]]].((........))....]]]]]]]].]]]...]]]..))....))))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
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| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................................................................................. |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....................((((((((......(((((.(((((....................)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).......................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((.(((..(((...(((((((......(((((.(((((....((((....))))....))))).....((((..(((.......)))..))))....))))).((((....))))....)))))))..)))...))).)))....)))))).. |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((.(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((.((((.......)))).)))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...))).))))....))))).. |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...(..(((((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).))).....))..)...)))))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...(..(((((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).))).....))..)...)))))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.(.((((((..((((((((..(((.(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))))).)))))))).))).....)).)))).)))))))). |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.............((((((((......(((((.((((.....((((....)))).....))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).................)))))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((..(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)))..))))....))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....(((..((((((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)....)))..)))...)))))))). |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.(.(..((.((((((((((((.(..(.(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))))((((....))))..).)))))))).)....)))))..).).)))))))). |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((....((((....))))....)))))....(((((((((((.....)))))))))))..)))))))((((....)))))))))))))))).)....))))))))))))))))))). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((((((..((((.((((((((.(....((((((.((((...(((((....)))).)..)))).....((((((((((.......))))))))))..)))))).((((....))))...)))))))))))))...))))))))....))))... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((((((.(((..(((..((((((((.(....(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...)))))..((((()))))....))))))))).)))...))).)))))....)..... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................................................................................. |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................................................................................................................................................. |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)......)))))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((........((((.((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).(((((..)))))....))))))))......)))).......)))))))). |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................(((....((((..........................(....).................((((..((.........))..))))............................))))...)))...................... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......(((..(((..(((.(.(((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((..(((.......)))..)))))...))))).((........))....)))))))).)))...)))..)))........... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.(.(((..(((..((((((((....(.(((((.(((((....((((....))))....))))......((((.((((.......)))).)))))...))))))((((....))))....)))))))).)))...)))..))....)))))).. |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((..(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((.((((.......)))).)))))...))))).(((......)))....)))))))).)))...)))..))....)))))).. |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....))))))))((((((((..(((.(((((((((((....((((....))))....)))).))..((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))))).)))))))).......(((..........)))... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.(((((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((.((((..(((..((((((((..(((.(((((((((((....((((....))))....))))).)..((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))))).)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....((((.......(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))........)))).......... |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................(((...(((((((......(((((.(((((....((((....))))....))))).....((((..(((.......)))..))))....))))).(((......)))....)))))))..)))...................... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((..(((..(((.(.(((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((..(((.......)))..)))))...))))).(((......)))....)))))))).)))...)))..))....)))))).. |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.(((((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((..(((..(((.((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....))))))))......)))..))))).)))))))). |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.(((((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................(.......(.(.......((.........((...))......))............(......)............)..)......)....................... |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........((.(((..(((...(((((.(......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((..(((.......)))..)))))...))))).((((....))))....).)))))..)))...)))....)).......... |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....((...(((.((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....))))))))......)))...))...)))))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((..(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)))..))))....))))). |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....(((....((((.....))))....(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))...)))....(((..............)))))))))). |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....(((....((((.....))))....(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))...)))....(((..............)))))))))). |