RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Archaea_SRP

RNA: SRP_00016

			GGUGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCCGAAACCGCCGAUACGCGGGGGCCGAAGCCGAGGGGAGGCCUGUCAAGCGGGCGGCAGCGGUUCCAGGCACCGCAGAGUCCUCGUCCCGGAGGGCCGGCGGUUAUGGCCGGGCUGCCCGGAGGGGCUGUCCGCCAUAUUAGCCGGGGGGAACGGCCCAGGCCCGGAAGGGAGCAGGCUAACCCCGGACGACCGGCGCUUCCGGGGGUGCGGGGAGGAGGUGCCUGGGGCUUCAAGCCGCCCGUAAGGCAGGUCGACCCGAGGCGUGCCCACC
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.((((((.....)))))).....((((..............))))))))..............(.........)..................................(.((.....)).)(((.(.((((((.((((.((((....)))).)))))))))).).)))(((......((((....(((....)))....))))...)))........................................................................................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(((((........)))))...........((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).)))))))))...))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((...((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))...))).)))...)))))......))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......))))))...........((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((...((((((.((((.((((....)))).))))))))))...)((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))))...)))))))...))))))))))))).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.....))))))).......................................(............................................((((((((((((((((((((((..((((....(((.((((....)))).)))...))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))..........................................)...............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((..(((..((((((((...((((((((...(((((((((((((......(((((((((((((.(.((((..((((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))..)))))...))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))...))))))))..)))..)))..)))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((.....)))))))....(......((((......)))))))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.(((((((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((....)))).))))))))))...)((((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))))))))))))).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............))))))).....(((((((..((((((.(..(((((((((.(..(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..((((((.(((((((((....)))))))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))...).)))))))))..).))))))..)))))))...)))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((....((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.(((...((.((((((..((((((((...((.......)).)))).)))))))))).))..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..))).))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.(.(((((((((.((((((((((((..((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((.((((((((((....)))))))))))))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..))))))))))))...))))))))))).)))))))))).).))))))..)))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((..[[[[[..((((((....((((.{{{{{{{{.....))))(((....))).))))))[[[[[[[[..[[[[[[[[[...[[[[[[[[[[[[[......[[[[[[[[[[[[[[[..}}}}}}}}...[[[[[.((((((((..((((((((((..........))).....)))))))....))))......)))).....))))))....]]]]].]]]]]]]]]...]]]]]]...]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]..]]]]]]]]...]]]]]....)))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.(((......((((((......((((........[[[....))))]]]..)))))).....(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..))).))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((...((((((((((((((((...............)))).))))))....))))))....((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((....(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((..................))))..))))))....))))).)))))))))...))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..))))......)))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((.(....((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).).)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((...))(((.((.(((((.((........))))))).)).)))...))).(((......(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))...)))...
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((((((((...))..)))))).).))((((((((.((...)))))))).)).((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((.(..(.((((((((((((((((((((.((((((((.((((((((((..)..)))))))))))))))).(((((((((...(.((((((((((..))))))))))).)))))))).).)))))).))))))))...))))))).)))))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))))))))).)))))))
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..)).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.(((((........)))))...........((((......)))).))))...(((..(((((.(((((.....)))))....(((((.......)))))....)))))...((((....)))).(((....))).))).((((....))))....((((......((((.......))))...((((............))))..(((((((...........)))))))...((((.......(((((.((((........))))...)))))......)))).))))..))))))
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RNA: SRP_00130

			GAGUAUUACUGGACUAGACCGGGGAGCUAGGCACUCCCUGUGACCCGUGCCGAAAUGCGGGGGCGACUGUCUGGUGAGGGCAACCAGGCCUUUGGCAGUCUUCAUGAAAUCGUAGAGUCUCUGUCCUUUUGGAUCGGGGGUUUGCAUAUGCAACUUCAAAGGAUGAUGCAUAUACAAUCUGUCGGGAAAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAACACCGGUAUUCCGAACCAUCGAUGCUGAGAGGGUGCGGGGAGGAGAGGAAGUGGAGGACGCUACCAAAACACCUGGUCUGAACCAGAUGUGUCCAGUAUUAUGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((.((((((((....((((((((.......))))))....((((..........))))))....((((((((...((....(.((..(((((.(((.(((.(.(..((.(....(((((((((((((.(.(((.(((.(((.(((((((.(.((....)).).))))))).))).)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))..))))...))))))..))))))).).)).....).).))).))).)))))....)).).))..)))))))).)))))))).)))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((.(.((....)).).)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......)))))).......(((((((..((...((((((..(((((..((((((((.....(......((((((((((((((((((((.((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)))((((.((((.....)))).))))(((....)))................))).))))).)))))))))..))))))...).....))).)))))....)))))...))))))))..)))))))..)))))))).)))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((((.......)))))..............................................((((.............................((((((.((((((((((((.......(.(((((((..............))))))).).........(((.....(((.....(((....))).....)))..)))........)))).))))))))...))))))..............................)))).............................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......))))))......((((((((..((...((((((..(((((.(((((((((....((......((((((((((((((((((((.((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)))((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....))).))).))))).)))))))))..))))))...))....))).)))))..).)))))...))))))))..)))))))).)))))))).)))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...(((.(((......))).))).(((((((.(((..((....))..)))...))))))).(((((....))).)).((((((((((((((((((((.(((.((.(((((((...((....))...))))))).))..(((.((((.....)))).))).(((....))).....(((....))).))).))))).))))))))..))))))).....((.((((.....)))).))....((.(((((....))))).)).)))))))).)))..
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..((((((((((.......))))))....((((...(.....))))))))).....(((((((..((....(...((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)))))))))))))....))))))))....).))..)))))))....))))).........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((...((....))...)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).)))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((((((...(.(((((((.......))))))))(.(((.(((......))).))))(((((((.(((............)))[[[))))))).(((((....))).)).((((((((((((((((((((.((((((.(((((((..............))))))).)))((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....))).))).))))).))))))))..)))))))........((((.....))))...]]](((.(((((....))))).))))))))))).)))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((.(.((....)).).)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).)))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...)).((((((.((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((...((....))...)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......))))))))..((.....))))))))........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((((((....((((((((.......))))))....((((..((.....(((((((((((((((.(((..((....))..)))...))))))).(((((....))).)))))))))).((((..(((((..((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)).((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....)))))))..)))).)..))))))..))))..))...((.((((.....)))).))...(((.(((((....))))).))))))))))).)))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((...(((..(.(((((((((.((((...)((((((........))))))).)).))))))))).)))..((..)).)(((((..((((((..)))(((....)))(((((((((((.....((((((.(((((..)))))))))))((((((..........))))))((...))..(((((.((....(((((.............))))).(((.(((......)))))))))))))...)))))))..)))).).))..)))))(((.((((..(..))))).))))))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................(...(.(...(((......))..........)...(.(.(...(..(...(............(......((((((((.(.(((((((.((..(....(..((((.(.((....)).).)))))....).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)..).))).))))).)...))))))).).....................)......)..)........).)...).).).........)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((((((((((((..................................(((((..(((((((.(((..((....))..)))...)))))))....((....))......)))))..((((..(((((..(((....(((((((.(.((....)).).))))))).....(((.((((.....)))).))).(((....)))................)))..)))).)..))))...............((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).)))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).........(((((((.(((((((((....))).)))))).(((.(((((((...((....))...))))))).))))))).))).....))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).)))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((......)))(((((.......))))).....(((((........))))).((((..(((((((.......))))))).(((............))).))))....(((((((((....))).))))))..(((....))).((((...((((............))))..((((.....)))).....((((...((((((....)).))))...........(((.....))).)))).....)))).((((.....))))..........(((((....)))))..(((........)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((........((((((...aaa.))))))....(((((AAA.....))))).(((...(((((((.<<<<<.))))))).(((....>>>>>...)))..))).(((.((((((((....))).)))))...(((....))).)))....((((............))))...(((.....))).))))..((((..{{{{...))))..}}}}...((((....(((.....)))...............((((..[[[)))).(((.......)))(((.....)))....]]]......))))

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RNA: SRP_00142

			GGACUAGGCCGGGCGGUUUGGCUCCGCCCGACACCCGUGAGACAGUCAUCAGCGGGGGCCGAACACCGGGCGCGUCCGACCGCCGCGGUCGGCCCCGGAAGCCAACGUGGAAGCCUCGUCCGUCGGGGACGGCGGUCCGCGGCGUGCGCCCGCAGGGGCGUUCCGUCGUGGUUCGACGGUGGCAACCCGCCAGGCACGGAAGUGAGCAGCGGACCACCGAACGCCCGUCGCUCGACGGGUCGCGGGGUGGAGAAGGCGACCGGGACUACCCGGCCGGGAACGCCGGGCUACCCCGACUGUCCAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....(((((.............)))))))))......((((...(((((.(...(.(((((((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.(((((((.(((((..(.((((((....)))))).)..).))))..)..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).)))))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....))))))).)...).)))))...))))...))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....((.(((((((.......)))))))....))....(((((((......(((((((((...(((((((.(.....))))).))))))))..(((..(((.........((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).))))))))...)))))))......)))..)))......((((((.(....)))))))...)))))))))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((.......))))))....((((...............))))))))...........(((.........)))...............................((((.....)))).((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).).(((.....((((....(((....)))....))))..)))...........................................((((....(((((.((....)))))))....)))).........
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....(((((((........))).))))))))......((((.....(((((((...))))))).(((((..(((.........(((((((((((((((..((((((.(((((((..((((((....))))))...))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....)))))))))))))))...))))))......)))..)))))....((((((.......))))))....))))...))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((((((.......))))))....((((...............)))))))).....(((((...(((.(((...(((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.(((((((((....)))))).))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......)))))))))).....)))))))))...))).)))...)))))...)))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((.......((((((((...(((((((........)))).)))))))))))((..(((.........(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).)))))))))...))))))......)))..)).......((((((.......)))))).......))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((.......))))))....(((((.............)))))...........(((...(((((.(......(.(.((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((((....((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....)).).).......).)))))...)))..........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....(((((..((......)).)))))))))......((((...(((((.(...(.(((((((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.(((((...((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...).)))))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....))))))).)...).)))))...))))...))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((.......))))))).)..).(((.(((((((.......((((((((...(((((((........)))).)))))))))))((..(((..(......(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).)))))))))...))))))...)..)))..))(((....((((((.......))))))....)))))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((((.......))))))....((((...............)))))))....................(..((.(((((((.(((((.((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..)))).))))).....)))))))))...)................))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......)))))))...[[[[[......)))....]]]]].........(((((.(((.[[[[[)))....]]]]].)))))..(((.........(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).))))))))...)))))))......)))..(((......[[[[[[)))....]]]]]]...........))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((.......)))))))...)).(((.(((((((......(((((((((...(((((((.((...)))))).))))))))(((((..(((.........(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....((((((.(....)))))))...))))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((.......((((((((...(((((((........)))).)))))))))))......................((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).)))))))))....(((((((....((((.((((.....[[[..))))...))))]]])))))))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((...............))))))))....((((((((.(((((((.(..((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((..((((.(((((((((....))))))).)).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....)).)))))).)..)))))))).))))))).))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((.......)))))))...)).(((.(((((((.......((((((((...(((((((.((...)))))).))))))))))).(...((.....))...)(.(((((.....)))))..)..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..((((((((....)))))).)).(((((((....(((..(((((....)))))........)))...)))))))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((((.......)))))))..((((((............((((((((((((....[[[[[[[[......[[[[[[[[))))))))........(((.........)))((((((....)))))).]]]]]]]]]]]]]]]]...((((((((....((((((((..(((((....)))))...(((....))).....)))))))).))))))))..))))..))))))..((((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))...))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.........(....))))))))).....((((((..(((((((...(((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))).))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.........(....))))))))).....((((((..(((((((...(((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..((((((((....)))))).))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....(((((((........))).))))))))........[[[[.))))...]]]]((((((((.(((((..(((.........((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))).))).))))))))...)))))))......)))..)))))....(((((.((....))))))).....))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((.......((((((((...(((((((.((...)))))).))))))))))).....(((...)))..............(((.........((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..[[[[[[[[.)))]]]]]].]].(((((((....((((.(((((....))))).......))))...)))))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((((.......)))))))..((((((.............(((((.........(((((.....(((((((...))))))).)))))..((((.((((((........((((((....))))))))))))....((((((....)))))).((((((.....))))))))))..)))))............(((((.((((............)))).)))))))))))..((((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))...))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((.......))))))....((((...............))))))).......((((.......((....((((((.((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..((((((((....)))))).))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........)))))).....)).))))))....)).......))))....)))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((..((((..((((((((((((..(((...(....)...)))....)).)))))))))).((.((((..((((...((((.(((.((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).)))))))))))))..)))).))....)))).))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.......)))))))...(((((..((......)).((.((((((((...(((((((.((...)))))).)))))))))))....))..))).))..))))((((((.((((..(((.(((((((.((..((((((....)))))).((((((.....))))))((((.....))))..(((....))).)).))))))).)))....)))).))...)))))))).((((((((....((((.(((((....))))).......))))...)))))))).........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....(.(((((((.......))))))).)..))(((.(((((((....(((((((((((...(((((((.(.....))))).)))))))))))((...((.....))...))...((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..))))))))..)).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).))))))))).)))(((((((....((((.(((((....))))).)(....))))...)))))))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((.((((((((((..)).)))))))...(((((((........))).))))((((((..(.(((((..)))).).)..).)))))(((.((..))))).(((((((((((((((.(.......)(((.(((((((((((((((..))))(((..((((((((((...))))))).)))..)))..((((..(..)))))))))))))))).)))...((((((((..)))))))).)))))))))))))))....((((((..(((((((...))..)))))..)))))))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(.(.(((..(.......)..)))...(........)....).)...........(.(....((..((....(.........((((((((...(((((((.(((..(((..(((.((((((....))))))..)))..))).....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)).).))).))))..)....)))))))......).............)).))..........).)..................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......((((((.......)))))).........................(((((((....(((((((.(.....))))).))).)))))))....(((..(......(((((((((((((((((((.((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..))..)))).))))))))...)))))))...)..)))...........(((((..(....).)))))...........))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((......(((((((((...(((((((.(.....))))).))))))))(((((..(((.........((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....((((((.(....)))))))...))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......)))))))...(((((((........)).))))).))).....(((((.....((((((.....)))))).)))))..........(((.......))).(((....))).(((((((..(((((((((....))))...((((((.....)))))).(((.....)))..)))))..........))))))).......(((((((....)))))))..((((((((.........(((((....)))))((((.....)))).))))))))...))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((.((((((..ccccc))))))....(((((((...CCCCC)).))))).))).....(((((<<<<<((((((..bbb)))))).)))))......BBB>>....aaa.))))((((AAA.)))).....>>>.(((((((((....)))))).((((((.....)))))).......dddd.....))).....((((.DDDD.(((((......[[[[[))))]]]]].{{{{..))))).....}}}}.((((....(((((.((....)))))))....)))).........

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RNA: SRP_00143

			GAUGGACUAGGUCGGGGGGCUAGGCCCCCCUCCUUGCCCGCACUGUGGUCUUGAGCGGGGACCGAACACCGGGGGCGUCCGGUCUGACGGACGUGGACCCCGUGAGCUAACGUGGAAGCCUCGUCCCACGGGGACGGCGGUCCGCGUGGUCGCACCUGCAGGGGUGCGCCCACGUGGUUAAACGAUGGCACUCCGCCAGGCACGGAAGUGAGCAGCGGACCAUCGAACACCCGUCGCUCGUGGGGUCGCGGGGUGGAGGAGGCAAACGGGAUUACCCGCGUCCGAACGCCGGGCCAUCCUGGCUGUCCGUUCCAUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......))))))....(((((.............))))))))).....((((((..(((((((.(...((...((((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.((((.((.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).)...((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))..).).))))...))))))...))))))).).)..)))..))))).)...)))..))...).)))))))..))))))..))))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((..(((((((...))))))).((((.((((.....(((((((.....))))))).....))))..((((((......))))))...(((((((((....(((.((...)).)))(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).))))..(((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..)))))..))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.......)))))).........................................................................................(((((.....)))))......(((((((.(((((((....))))))).)))))))........(((.....((((....(((....)))....))))..))).............................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........(((((((((((((((..((((((.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....)))))))))))))))...))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((.......))))))....((((...............))))))))....((((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((..(......(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))...)..))))))))))....))))))))))...))).)))...))))).).....).)))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((..(((((((...))))))).))).)(((((.(.........).)))))....(.(((((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))..)))))).))).)..))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.......))))))....((((...............))))............((...(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))...)).................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.(.........).))))))))).....((((((..((((((.....((((((((((.(((((..(((..(......(((((((((((((.(.((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..)))))...))))))...)))))))...)..)))..))))).)...)))))))))....))))))..))))))..))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((..(((((((...))))))).))).)(((((.(.(....)..).)))))...((.(((((((((..(((((((.(..(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..(.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))....)))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....))))))))).).)))))))..)))))).))).)).))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...(((((((((.......))))))....((((...............))))))).......((((...(((((((....(((((((((...(((((((((..(......(((((((((((((((((((.((..(((((.((.(((((((....))))))).)).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))...)))))))...))))...).....))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...[[[[(((((((...))))))))))...(((((.............)))))]]]]...(((.(((.(((((((......)))))))...))).))).(((.[[[....)))..]]](((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))........((((((..((((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..))))..)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((.((((((((...)))))(((((((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((....(((.((...)).)))(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).)))))))....((((((..(((((((....))).))))..)))))).))).))..))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((..(((((((...))))))).)))..(((((.....[[[[....)))))]]]]..(((((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))...)))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..)))))).)))....))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((((((((.......))))))....(((((.............))))))))).....(((((((.(((((((.(...(((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((..((((.((((((((((....)))))))))).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))))).))))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....)))))))))..).)))))))).))))))......))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....(..(((((((...))))))).)(((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((.....((.((...)).)).(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).)))..((((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..))))...))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............)))))))))....((((((....))))))....((((((((((((((((((............[[[[[.(((((((((..((((((.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))))))))))))))))))))))....]]]]]............)))))))))...((((((....)))))).))))))).....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..((((((((((.......))))))....((((........(.....)))))))))....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)....)).))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..((((((((((.......))))))....((((........(.....)))))))))....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)....)).))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((...)))))))(((((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((....(((.........)))(((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).)))))))).))))))))).)))))((((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..)))).).))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((...)))))))(((((((((((...))))......))))))).......((((((..(((((((....(((((((((..(((((..............((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((..................))))))))))).....))))).))))))))))............)))))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((....(((((((((.......))))))....((((...............))))))).......((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......))))........).))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.(.........).))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...))).((((((...))))))((((((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((....(((.((...)).)))(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).)))))).....((((....))))))).((.((((((((....)))))).)).)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.(.........).))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((...)))))((((((....(.(((.(.(((((.......))))).(((((.(((((((((((.(...))))))))...))))))).))..).))))(((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((......))))))).))))))).....((((((...(((((((((((((..))))))))))))))))))).))).))))).))))))))...)))))))))))))))....(((((..)))))...))))...)))))))))).(((.(......))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((..(......(.....)....(((.....).))...)...((..((..(....(((..((((.....(..(......(((((((.(((((((((((..(..(((..(((.(((((((....))))))).)))..))).....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)..).))).)))))))....))))))).)....).....))))..................))).....)..)).....))))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((.(((((((...)))))))......(((((.(.........).))))).)))...((((((((..(((((((.(..(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....))))))))).).)))))))..)))))).))......)))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((.(((((.......)))))......(((((.............))))).)))......(((((.((((((......))))))....))))).(((((........)).)))((((.....))))...))))).(((((.(((((((....))))))).)))))..((((.....))))..((((.......))))........((((............))))..((((((....)))))).((((...((.....(((....)))((((....))))..((((.....))))..))..))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......((((((.....)))))).(((..(((((....aaaa.....))))).AAAA......))).(((((((bbb...))))))).BBB.(((.(((((..[[[[..)).)))((((]]]].))))..))).((((((((.(((((((....))))))).))))..((((...{{{((((ccc..))))........CCC.....{{{)))).}}}....((((.}}}...))))...))))<<<<<<<.........(((....)))((((....))))..((((.....)))))))).>>>>>>>

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RNA: SRP_00144

			GGACUAGGUCGGGCAGUUAGGCCCUGCUCUUCACCCGCGAAAUAGGUCUUUAGCGGGGACCGAACACGGGCGCGUCCGGUCAGACCGGCGCGGGCCCCGGAAGCCAACGUAGAAACCUCGUCCUUCGGGGACAGCGGUUCCGCGUACCCCUUCCGCAGGGAAGGGUUCGCGCGGUUUAUCGGUGGUACCCCGCCAGGCGCGGAAGCGAGCAGCGGACCAUCGGACGUGCGUCGCUCGAGGGAUCGCGGGGUGGAGGAGGCAACCGGGAUUCCCCACGUCGGAACGCCGGGCAACCUCGCUGUCCAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....(((((..............))))))))).....((((...(((((((....((((((..((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.((.((((..((((..(.(((((((....))))))).)...))))..).(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)))..)))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....)).))))))...)))))))...))))..))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....(((.(((.......((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(.(....((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))..))..)))..)))))....))).))))))...)))))))..))).)))...).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((.......))))))....((((................))))))))...........((...........))................................((((.....)))).(.((...((((((.(((((((....))))))).).)))))..))..).(((.....((((....(((....)))....))))..)))......................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((..(((((((((....(((.........)))....))))))).))......(((...(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))...)))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))..))).)))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((((((.......))))))....((((................))))))))....(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((......(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))..)))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.((((((((.((....(((((.(((......))).)))))....)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)..))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((.......))))))....(((((..............)))))............(...(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.......((((((..(((((((....)))))))...))))))....(((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))......))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....(((((.(((......))).))))))))).....((((...(((((((.....(((((.(((.(((((..(((..(......(((((((((((((.((...(((...(((((((.(((((((....))))))).).))))))....(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)))...))...))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).)))))....)))))))...))))..))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.((((((((.((....(((((.(((......))).)))))....)).)).))))..(((((((..(.((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((.(.((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))..))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))..))))))))...)).)))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((((.......))))))....((((................))))))).....(..(((..(((((((..(.(((((((((..(((((.((((..(......((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((....))))))).))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))).))))).....)))))))))..))))))))..))).)..))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((.((((......)))).))).(((.[[[[[)))...........]]]]]..(((........((((.(((((...)))))))))[[[..)))..]]]..........(((..((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).)))))))))....)))((((..[[[[...[[[[..[[[[))))...]]]]..]]]]....]]]]...))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((.((((......)))).)).(((((((((((....((((.(((.(((.((.(((.....((((.((((((((...))))).))).)))))))...))..))).))))))).(((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))))))).))))))))((((...((((..((((.......))))..))))....)))).))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((......[[(({{{.{{{{{{.))......(((((.(((......))).)))))..........}}}}..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.((....((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....))))).)))))))))...))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...}}.}}}))]]..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((................))))))))...((((((((.(((((((.((..(((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((....)))))))))).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....))))))))).)).))))))))))))))).))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((.((((......)))).)).((((((((((((....((.(((.....))).(((.....((((.((((((((...))))).))).)))))))...))..((.((....))))((((((((((((.((((..((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).).)))))).))))))))))))))).))))))((((...((((..((((.......))))..))))....))))...))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.......)))))).....[[[[[.....)))))..(((((((.(((....)))....(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........(((((((((((((((....((((..))))....(((((((....)))))))..((((((.....((((((((...((((....]]]]].........)))))))))))).))))))...)))))))))...))))))......)))..)))))...)))..))))))...)))))))..)))))))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.ggg.ggg.)))).(((((((((.(((.iiii.)))...ffff(ee))))))).hhhh..(((.ccccccccccc.)EEFF.bbbbbbbbb(aa.aaaaa..))).FF..hhhhhhhhhhhh(<<<<<<<<<((((((((..GGG.{{{{(.[[[[()BBBBBBBBBAAAAA.[[[[[[.[[[[[[[[...))))))))jjj(dd.)}}}}))CCCCCCCCCCC.)JJJ)HHHHHHHH.]]]]]]]]HHHH.......IIII.)]]]]..AAHHHH..]]]]]]DD.GGG>>>>>>>>>..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.........(.....)))))))))....((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.........(.....)))))))))....((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((.(((([[[...)))).)))((((((((((((....((.(((.................((((.((((((((...))))).))).))))...)))))..((.((....))))((((((((((((.((....(((((((.(((((((....))))))))..))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....))))).))))))))))))))).))))))((((...((((..((((.......))))..))))....))))]]]))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......((((......))))..((((((.(((((((.....((((...(((((((((((...((((....))))...(((((.((((((((((((((((...((((...((((..(((((...)))))...))))..))))....)))))).......))))))))))))))).)))))....)))))).)))).......(((((......................))))).....)))))))...))))))....((((..((((.......))))..))))...........))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((.......))))))....((((................)))))))......((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......))))...)))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......(((......))).((((((((((((((((....((.((((..(((((.(((....))).((((.((((.....))))))))..)))))))))))...............((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))))))).))))))))..))))...(((....)))..))).((..((.((....))..))..))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...)))(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...)))(((((((((((.(.(((((((((((((((((........))))))))((((((((..))))).)))(......).((((((.(((.((..)))))).)))))..(((((((((((((((((((((.((.(((((...(((((((...).))))))....))))).....(((.((..(.(((((((((((..)..))))))))))))).))).))))).))).))))))))).)).))))).)))))).))((((((.((((((..)).))))).)))))..))))))))))))..
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.((((((((.((....(((((..............)))))....)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).)))))))..
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((..((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...))..))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((.((((......)))).........(((((..............))))).))).....(((((((((.(((.....))))))))...))))...((((.........(((((.....)))))....((((.((((((((((..((.....))..))))..))))))...)))).))))...((((.....))))..(((((..((((....(((..((.....))..)))....))))...((((.((((..........)))))))).((((....)))).....))))).))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........((((..[[[[[))))......(((((......]]]]]...)))))(((((........<<<<..)))))...((((>>>>....))))............(((((..((((.....)))).((((....{{{.{{{{...))))......}}}}.}}}..)))))...(((((....)))))..(((((....aaa........aaaaa...)))))..(((AAA.......))).AAAAA..((((...((((..((((.......))))..))))....))))...))))..

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RNA: SRP_00197

			UGAUGAGCUAGUCCGGGUAGCCCGGCGUUACCUGUAACCCGAAAUCGCCGAUAUGCGGGGGACGAAGCCAAUGGAAGAUGCGUCAAAGGGAUUCCAGCCUGUGAUCUCAACUGAGAAACCCCGUCCUGCUUGGAUGAUGCAGGUAUGUGGACUUGCUGGAAAACAGGUCCUCAUACCCUAACUGCGGAAACCGGUCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGACUCACUGUGGGCAACCGUCGCUUGCGGGGUCGCGGGGUGGAGAAGAGAUUCCAGUCUACUGAAAUCUCCCAGAUACAACGACCUGCGGUGUGCUCAUCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(.((.(((...((((((.(((.(((.((((((..((.....((((((((((((.((.(((.((..((((((.(((((((.(....).))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))))...)))))...)))))))..))..)))))).)))....))).))))))...))).)).)..))...)))..))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((((.((..((.....)).)).)))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.(((((((((((...((((......(((((.....))))).(((.((((((.(((((((........))))))).))))))...((((.(....))))).....(((....))).)))..))))..(..(((.......)))..)))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................(((((.....))))).....((((((.(((((.(.(....).).))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).........................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.....((((.((((((........((((((((...((((((.((..((....(((((...............)))))..))))..((((....))))..)))))).....)))).))))))))))))))(((((((........)))))))...)))))..(((((((...((((.......))))..(((((.....(((..((((((........((((((....)))))).(((((......))))))))))))))...)))))............)))))))..))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....((........(((((..................)))))......................................................((((....)))).((((((..................((((((.(((((((.(....).))))))).)))))).............((((.......))))....(((....)))...((((((.......)))))).......))))))......((((((.(((....))).))))))..................))...))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((.....)))))))........................................................................(((.........((((((((((((..(((((.....((((((.(((((((.(....).))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)..)))))...)))))))......)))....................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(....(((...((((((.(((.(((.((((((.........((((((((((((.....(((((..((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))))...)))))...)))))))......)))))).)))....))).))))))...)))....)..))...)))..))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.((((((((..(((((..................)))))....((((((((((................))))...((........)).....((((....))))..)))))).)))))........(((((((((.(((((((.(....).))))))).)))))).....))).....((((.......))))..(.(((....))).)(((((((.......)))))))((((((............((((((.(((....))).))))))..........)))))).))))..))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......((((((..(((((((.((.(((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))).).)))))))..))))))....))))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((((.....[[[[.........)))))....]]]].....((((((..................[[[[[[..(((........)))....((((....))))..))))))...........]]]]]]((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((....[[[[.(((.(((....)))......))).))))))...]]]]...((((..[[[[[[))))(((.....((((((.(((....))).)))))).....)))..]]]]]].......))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..(.(((((((((.....)))))).....(((.....(.(((.....))).)((((...((...))......))))...))).(((((.(((((((((((....)))......(((((.....))))).((((((((((.(((((((........))))))).)))))).....))))......((((....(((....)))....))))..((((((((.......)))))))).)))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).(((..........)))))))..))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((((...<<<<))))))....((((....>>>>......))))..............................((((.((..(((.((((...........((((((.........((.......((((((.(((((((........))))))).))))))...............((((....(((....)))....))))....{{{{{{.....))}}}}}}.......))))))......[[)))).))).....)).))))]].......................))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))))))))))....)))))))..))))))))))))).).))))))..))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....(((((...)))))(((..(((((....((.......))....)))))..)))...(.....).................(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))).......((((((.(((((((........))))))).))))))......(((.....(((.....(((((..((.(((....))).)).)))))..))).)))...)))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).......................))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((((((((..(((((..................)))))....((((((((((................)))).......[[[[[[[......(((((..)))))..)))))).))))))))))......((((((.((((((]]]]]]]...)))))).))))))....((((.....((((.......))))......))))...(((((((((....(((..(((((((..)))))))..(((((........((((..))))...)))))........))).))))))))).))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((..(((((.(((........(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((....(((......(((....))).....)))..)))))).......)).).))))).....)))))).............................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((iiiiii(<<<.(((((.ccccccc(...ee....))))).(((ggggggggg(aaa(ll.lllll.))))LLL..kkk(.LLAAA.[[[[[[[[[[[..))).....GGGGGG.f()GGG(((((()EECCCCCddd((((((jjjjjjj...)))))))))).)]]]..((bbbb...)F((((.)B)]]]]]].hhhhhhh)))){{{{{{{{{...BBB).]]KLL.KK>>>IIIIII((((........JJJJJJJ))))HH..{{HHHHH))}}DDD.CC.}}}}}}}}}.))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....(((((.((..((.....)).)).)))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((((...)))))(((..((((((.................))))))..)))...........................(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))))......((((((.(((((((........))))))).))))))......((((....((((....(((((.....(((....)))....))))).))))))))....))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).(((..........)))......))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((((((((..(((((..................)))))....((((((...........(((((...............)))))........((((....))))..)))))).))))))))))......((((((.(((((((........))))))).))))))...(((((((...((((.......))))..(((((..((((..((((((((.......))))))))))))....((((((.............)))))).....)))))............)))))))..))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......)))).......))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((.((((((.....)))))).....((((..(((...)))...))))))))...(((...((..(.((..((.......(((((.(((((((((((...((((......(((((.....))))).(((.((((((.(((((((.(....).))))))).))))))...((((.(....))))).....(((....))).)))..))))..(..(((.......)))..)))))))))))).)))))..((((((.(((....))).))))))...))..)).)..))...)))..))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......))).(((((...(((.((((....)))))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((...((..(.((..((....((.(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))))...(((((((((.(((((((.(....).))))))).))))))......((((....((((.(((.(((....)))......))))))).((....)).)))).)))))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))))).))..)).)..))...)))..))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(...((((((...(((.(((((..))))))))..))).))).....(........)((((.(((((((.............))))))).(((.((((((....)))))(((((((((((((......).)))((((((((((((((((...)).))))))))))))))((......))))(..((((((((((((..))))))))))))((((..)))).(((..(((..))))))).)))))))((..))((((((.((((..)))).))))))))))...(........).)))).))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................(.(...(.......................(......)...........(.(..(...(.........(...(..........(((((((((.((..((..(.(((..((.((.(((((((.(....).))))))).)).)).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..)....)).))))....))))))).....)..............)...............)...)....)...)....)...).)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........................................................(((...((..(.((..((...((..(((((.((((((.((((....))))..((((((...((............((((((.(((((((.(....).))))))).))))))................(((....(((....)))....))).......((....))...))..)))))).)))))).)))))..((((((.(((....))).)))))))).))..)).)..))...)))..))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((((((((.....))))))))...........((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....((((.....)))).((((....))))......((((......))))..((((................))))..((((......((((((..((((....)))).....(((((.....)))))..))))))....(((((((........))))))).....))))..((((.....((((.......))))......)))).))))...(((....))).(((.((((....)))).(((((((......)))).((((.............))))......))).)))(((....)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....((((((((((.bbbb)))))).....((((.....BBBB.....)))).((((.......[[[[[....)))).......]]]]]((((((..((((....)))).{{{{(((((.....)))))..))))))....(((((((.}}}}...)))))))...<<<<......((((...(((((....)).))).......(((.....)))(((....)))))))..<<<))))>>>.(((.((((..aaaa)))).((((.......AAAA..)))).......)))..>>>>..)))))).

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RNA: SRP_00198

			GCUGAUGAGCUAGUCCGGGUAGCCCGGCGUUACCUGUAACCCGAGAUCGCCGAUACGCGGGGGACGAAGCCAAGGGAAGAUGCGUCGAAGGGACUCCAGCCUGGAAUCUCAACGGAGAAGCCCCGUCCUGCUUGGAUGGUGCAGGUAUGCGGGUUUGCUGGAGAGCAGGUCUUCAUACCAUAACUGCGGAAACCGGUCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGACUUACUGUGGGCAACUAUCGCUUGCGGGGCUGCGGGGUGGAGAAGAGGUCCCAGUCUCCUGGUAUCUCCAAGAUUCAACGACCCGAGGCGUGCUCAUCGCUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(.((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((..(((..(.((.(((...((((..((((.((((.(((((..(......((((((((((((.((.((((((..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))))...)))))...)))))))...)..))))).))))....))))..))))...))).)).)..)))..)))..)))))))).).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...........................................................((((.....))))(((...((((((.(((((.(((....))).))))).))))))...)))(((......((((....(((....)))....))))...)))..............................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((...((...........))......((((((((.((((....((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((..((((((((....))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))))..))))))))...)))))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..))))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((.(.(((((...........((((..............)))).......)))..)).........((........(((.........((((....))))((((((((........((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).))))))................(((....(((....)))....))).........)).))))))....)))))))).......)))...(((((.((((....)))).)))))...)).....).))))).)))..)))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((.....))))))).......................................................................((((.........((((((((((((..((((((.(..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)..))))).)..)))))...)))))))......))))......................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((..(((..(....(((...(((...((((.((((.(((((.........((((((((((((...((((((...((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))....)))))...)))))))......))))).))))....))))....)))..)))....)..)))..)))..))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((.((((((((((........((((.(..........).)))).)))...)))..)))....((.(((.......(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).)))))...))).)).).))))).)))..)))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((...(((((((((.......)))))).....(((..............))).)))....((((.(((..((((.(((...((((((((....(((((((....(......((((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)....)))))))(.....)))))))))...))).))))..))).))))..)))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((..(((......(((.(((....(((((.((((...((((....))))((((((((........((((((...((((((.(((.(((((....))))).))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))....)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).))))).....))).))).)))..)))..)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((((.((.(........))).))...(((((((((.((((...((((....)))).((.((((((.....)))))).)).((((((.(((((((((....))))))))).)))))).......(((...)))....((.((((.(((.((((..((.....))..)).....)).))).)))).)).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((.....((((..................)))).((((.((((((((..................[[[....(((..((....<<...<<((....))..(({{{{.((((((...((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))....))))))))..}}}}.))......>>)))>>))))))))))))......]]]......))))).)))..)))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).))))))))).))))).))))))))...))))))))..)))))))))))..))..)))))))..))))))))))))).).))))))..)))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((........................(((((((((.((((...((((....)))).((.((((((.....)))))).)).((((((.(((((((((....))))))))).)))))).......(((...)))....((.((((.(((.((....((.....)).........)).))).)))).)).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((....(((((...))))).(((((..))))).......((((......((((.((((................)))).......(((((((...[[[[[[.........[[[[[[[[(((((.........)))))...[[[[[[[[))))))).((((...............))))..]]]]].......((((........((((.....))))))))......]]]..]]]]]]]]......((((((.......((((....))))..))))))]]]]]].....)))).)))).))))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((..(((((.(((........(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((.....((......(((....))).....))...)))))).......)).).))))).....))))))................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((aaaaaaaa...(((((((.((((((((.{{{{{{{(.jjjj....))))).(c((<<<<<<<<.<<<<((hh.hhh((.eeeee...eeeeeeeeee((((iiiiiiii.)))...dddddddddddddd))hhhh()JJJJ}}}IIhhhhhh.)EEEEEEDDDDDD))HHH.)C[[[[[.[[[[.....[[))))H..)))))))..]].]]]].HHbbb]]]]]))..)HHHHHHHHDDDDDDDD.}}}}.((((((.fff.EEEE.H>>>>>>>BBB))))))IIIIII...>>>>>).EEEEEAAAAAAAAFFF
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((...((...........))......(((((((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))).)))))))..)))))))).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..)))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((.(((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((...((.(........)))......(((((((((.((((...((((....))))....((((((.....))))))....((((((.(((((((((....))))))))).)))))).......(((...)))(((....[[[[.[[[......)))...................]]].]]]]....)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).))).))))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((((((.....))))))))...........((((......((((.((((................)))).......(((((.((((...((((....))))......(((((((...((((((...((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((.....((((.......))))......))))..............))))))....)))))))..)))).)))))..(((((.((((....)))).))))).............)))).)))).))))))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((....((((((.(((.((((((.............(((((....((((.((((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......)))).......))))......
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((.((((((.....)))))).....((((..(((...)))...))))))))...(((..(((..(.((.(((.......(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))).))))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).)))))...))).)).)..)))..)))..)))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..((.(((.(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))..)))))..)).((.((((((...(((.(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))).))))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).))))).............)))..))))))))........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((..(((..(.((.(((.......(((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..)))).)))))))..)))))))).)))).)))))..(((((.((((....)))).)))))...))).)).)..)))..)))..)))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((((((((((.((.((((.(((((..))))))))..(((((.(((((.(((((((((.((.((.(((((((.(((...((...))(((((..........((((((..))).(((((((((((......).)))))...))))).)))))))).)))...)))))...)).).))).(..)...(((((((((((((..)))))))))))).)((..))((((((...))))))((((((.(............)))))))))))))))))))))...)))))...))).)))).))))))))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((..((.....))...).((........))...)).....(((.....((......(((..(....(((..(......(((((((.((((..((...((((.(......(((((((((....)))))))))...).......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))).).....)).))))....))))))).)....)))..........)..)....))......)).......).)...).............
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((..........................................................................((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((.((..(((((....)))))..)).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))).))))))))..)))))))).)))).)))).......................................))))).)))..)))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((..((((((((....(((.((((....))))))).((((...(((((.((((((((.........((........))...(((((((((.((((...((((....))))((((((((...((...((((((((.((((((..(..(((((....)))))..)..))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))).))))))))..)))))))).)))).))))......))))).))))))))))))).....)))).....))))).)))..)))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......))).((((.....)))).((((....))))......((((......))))..((((................)))).......(((((((......((((....)))).(((((((((.....)))))).(((....))).)))..))))))).((((...............)))).....((((.......))))....(((((........((((....)))).(((.(((....)))(((.((((...((((..((((....))))..)))).....))))....)))..))).))))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......)))).((((((((..[[[))))))))...((((.....]]]......)))).(((({{{{{...........))))........(((.....))).((((....))))....((((((.....)))))).(((....))).}}}}}..(((((.<<<<..)))))........>>>>.....(((((....)).)))....(((((........((((....)))).(((.(((....)))....((((.....aaaa((((....)))).aa.))))..AA.....AAAA...))).))))).......

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RNA: SRP_00199

			GUGGCGGGCUAGUCUGGGUAGGCCGGCGUUACCUAUAACCCGAAAUCGUCGAUAUGCGGGAGACGAAGCCAAAAGAAGUUGUUUUGAUCAUAUCUAAACCUGUGAUCUCAACUGAGAAGCCCCGUCCUGCUUGGAUGAUGUUGGUAGAAGAACUAAUUGGAGAAUUGGUUUUCCUAUCUUUACAGUGGGAACCAGUCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGACCUACCAUUGACAUUUGUCGCUUGUAGGGCUGCGGGGUGGAGGAGAGGUUGCAGAUCAUUUGGAUUUGUGACAAGCGGCAACUCGCGGUAUGCCCGCCACUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((..((((((((((.......))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(((((.(((..((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((.((.((((((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).))).)))))...)))))...)))))))..))..))))))))))....))))))).))...))))))))..))...)))..)))))))))...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((((.(.(((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......(((((((.(.(((((((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..(((..(....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...))))))....)..)).)..)))))...)))))))..))..)))))..)))....)))))))..)))))))))))).))))).).)).))))))....))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((.......))))))....((((..............))))))))..........(..(.........)..)................................((((.....))))..((..(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))..))..(((.......(((....(((....)))....)))....)))...............................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((...((..(((((.(((.((((((((((..((((((((((..((.....(((((((.(((((....((((..((((....(((((((((....)))))))))((((((.......))))))))))))))...(((....)))))))).(((((...((((....))))...)))))...)))))))..))..)))))))))).....))))))..))))))))))))..))...)))..)))))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......(((...........)))............(((((...........)))))..........(((((((.((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((..................(((((.((((((((((....)))))))))).))))).......................(((....)))..(((.(((((.(.((((....)))).).))))).)))))))))..))..))))))))))....)))))))..))))))...)))))))........)))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((.........)))...................................................................(((....(((..(......((((((((((((..((((((.(..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).)..))))).)..)))))...)))))))...)..)))....))).................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((((.........)))))....((((.(..........).))))))))...(((......(((((((.(...((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((.(((....(((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))))))....)))...)))))...)))))))...)).))))))))))....))))))).))......).)))))))...)))..)))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(...((((((((())).))))))...........(((((...........)))))..((....(.((((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.....(((((((((((((........(..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....))))))))...........(((....)))..(((.(((((.(.((((....)))).).))))).)))))))))..))..))))))))))....)))))))..)))))))..))))))))..)))..)))))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......((.(((..(((....(((.((((((((((..(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..))))))))).....)))))))))))..))...)))..))).))....))))))).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((.[[[[[)))......]]]]]....((((......[[[.....))))...]]].....((((.[[[[[))))(((((((........))))))).]]]]]......((((((((.....))))).(((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...)))..)))..((((((....(((....)))....)))((((...((((....))))...)))).[[[[[[[[.))).......((((((((((.....)))))))))).........]]]]]]]]..)))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((....))))(((.((((....)))))))...(((((...........))))).(((....((.(((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...((((((((((((((...((((((((....)))))))).((((((.......))))))....(((....(((....)))....)))))))))...))).)))))....)))))...)))))))..))..))))))))))....)))))))..))))))))..)))))))..)))..)))))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.....(({{..............((((..............))))........))......(((((..(((..((.(((((((.((((((((((..((.....((((((((((((...((((((((((((((.((((..((((....))))[[))))((((.........))))..]].(((....(((....)))....)))))))))...)))).))))....))))))...))))))..))..))))))))))....))))))).))...)))..}})))))...))...)))))))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((((((((.......)))))).....(((..............))).))))....(((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(...((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))))))))))....)))))))..))))))))))))).).)))))...))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((((((.(((((..................)))))....(((((................(((((....(((((((........))))))).))))).......)))))))))))))))).....((((((................((((((((((.............)))))))))).....(((....))).......)))))).......(((((((((((((..))))..............((((((((((.....)))))))))))))))))))..........)))))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((...................(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))......................)))))).................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))))).......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))))).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((..((((((.(((.(((........((((..(((...)))...))))................(((((....(((((((........))))))).)))))....))).))).))))))..)))......(((((.((((((((((....)))))))))).)))))..(((.(((((..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))).......((..((((((.....))))))..)).........))))).))).)))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...((((((.((((((.((((....)))))))...(((((...........))))).))).......((((..(((.(((((((((((.((((((((((.........((((((((((((...((((((((((((((..(((((((((....)))))))))((((((.(....)))))))....(((....(((....)))....)))))))))...)))).))))....)))))...)))))))......))))))))))....)))))))..))))))).)))).))))).)..).)))))))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((((((....((((....(((((........((((((.....((((((...............(((((....(((((((........))))))).)))))...........))))))...))))))...(((((.((((((((((....)))))))))).)))))......))))).....))))..))))))).....((((.(((((...((((....))))...))))).))))..............((((((((((.....))))))))))..((((....)))).....)))))))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(.(((((..((((.(....(((....((((..((((((.(...((((((..((..((.......(((((....(((((((........))))))).))))).....))..)))))))).).))))))((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...))..))))..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))))))....((..((((((.....))))))..))..))))).))))).).)).)))))))))...
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(.(((((..(((.((....(((....((((..((((((.(...((((((..((..((.......(((((....(((((((........))))))).))))).....))..)))))))).).))))))((.(((((.((((((((((....)))))))))).)))))...))..))))..(((.((....(((....))).((((.(((((...((((....))))...))))).)))).)).))))))....((..((((((.....))))))..))..))))).))))).).)).)))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.((((.(((.((((....))))))).((((((((.........)))))).))(((((.(...).)))))(((........)))((((.((((....)))))..((((((((...))))...((((((((((((((((((........)))))))))))).))).)))(((((..((......))))).)))))).)))..)))))))..)))..(((((((((((((((((((..........)))))))((((((((..)).))))))))))))))))))(..)...)).)))))))))...
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((.(((............................................))).......(((((.(((.((((.((((((.(((..(((((..((.....((((((((((((..((((.(((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((......(((....(((....)))....)))...)))))).)).).))).)..)))))...)))))))..))..)))))..)))....))))))...)))))))))))).)))))......)))))))))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNA: SRP_00201

			AGGCUAGGCCGGGGGGUUAGGGGUCCCCUGUAAGCGCAAAUCCCCUAUAUGGCGCGGCCGAAGCCCAGGAGGCGGCAAGACCGCCAGACAUCGGCCUGAGGGUUAAACAAUGAAGCCUCGUCCCACAGGGCCACCGGUGGCGAGGGUCCAGCUGGAGGGCUGGACCUAAUCGCCUUUGCUGCGGGAACGGGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCCCUACCGCAGACGGAUGGUGCUUGUGGGUCAACGGGGUGGAGUCUAUAACCCUCAGAUCACCGGUGUCUGGUGGUCUUGUCCACUCCUGGGCGUGCCU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..(((((((((.(((((((((((.((((((((((.((..(...(((((((((((((.(.(((((((.(((((((((((((((....))))))))))..))))).)..((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...))))))).).)).)..)))))))))....))))))))))).)))))))))..)))))))))..))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.(..((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.(....((((((......((....))....)))))).....).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.....(...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)....))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((.(((((........)))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..((((((((((((((......)))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.(..(.((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((....))))))))))..))))).)..((((((....((((..(.(((....)))..).))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....))))))))))..)))).....(((((((..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))..))))))))))....)))))))))))))))))))))).)))))))))..))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))..)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))..)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...))).(((((.[[[[[[.)))))((....))....]]]]]]...(((((.......(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((((((((((((...)))).........))))))))....)))..))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((...((((.....))))..((((.....)))).)))))))))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.(..((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((.((((........))))...............((.....))..)))))..)).)).((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))).(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...((((((((..(..((((..)))))..))))))))...).)))))))((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((((((((...((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((..)..)))))))))..))))).....((((((...((((((((((((..)))))))))))).))))))))))).)))).)))))))).).)..))))))).))..))))))))))....))))))))))))))))))))).))))))))))).))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(.((......((..(.....).)).....................(.(.(...(..((....(.(.(.(........(...((((((((((((((((((.(..(.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).))))))))...))))))).).............)...)..).).........).)....)......)..)...))).)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.(....((((((..................)))))).....).)))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((.........((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))........))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((.(((((.......))))).....((((..............))))))))...(((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((....((...((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))...))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((((.((((.(((.....)))....((((..............)))).......))))....(((((.....))))).....)))))).((((..............))))..((((((((((((....))))..((((((((((....))))))))))....(((((((((((((...((((.....))))..((((.....)))).)))))).)))).))).)))))))).....(((((..........))))).(((((((((.....))))))))).(((((....)))))..))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((.(((((.[[[[[[.)))))....((((....]]]]]]....))))))))...(((((((((((((.....))))).(((...((((....)))).....((((....))))........((((....))))..((((((((((....))))))))))..((((..<<<<<))))...((((.....))))..((((>>>>>)))).((((((....{{{{.{{))))))......(((((...}}}}}}.))))).(((((((((.....))))))))).)))...))))))))..))).

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RNA: SRP_00202

			GGUGUGCAUGGCUAGGCCGGGGGGUUGGGCGUCCCCUGUAACCCGAAAUCGCCCUUAUGCGGGGGCCGAAAACUUGGGGGCGGCAUGUCCUCCAGUCCUUCCUUCCCAGACUCCUCGAUGAGGUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGACGGAGAAGGAAUCUGGGGGCGAGGGAGGACUGGAGGACAUGCCCACCCCAAGGAAGCCAUGCACACCACUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((...(...(((((((((((((.(.(.((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))))))...))))))...))))))).)...)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((.......))))).....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))......))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................(.(.((.....)).)..)....(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.(((((((.......)))))))...)).....((((((((....)))))).))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((..((........(((((((((((((((..((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))..)))))))))...))))))......))..)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....))))).......))))))))))....))))))))))....))).)))...))))).....)))))))..........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(..((((((((.....))))))))............((((((....))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((..((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((......((.....(((....))).....))...)))))).))))))..))))))))...))))))).....)))).)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.......))))))...................................(((((((..(((..((((.((((...((((..(((((..(..((......(((((((((((((((((........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))......)).))))))))...)))))))...))..)...))))).....))))...)))).))))..)))..))))))).....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((..(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))..))))))))...))))))).....)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))...))))))))))))......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.((((((((.....))))))))...)........((((((....))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......((((((((((((((((.((((((.((((((.(((((((((....)))))))))..)))))...)((((((..(..(((.....(((....))).....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((........((...(((..(((((.((((((..((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)...))..))))))....)))))..)))...))........)))))))...)))))))...........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.....(((....))).....))).......(((......))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((...(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((........(((....)))......))).)))))).)))))...))))))))...))))))).....)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.(((((((.......)))))))...)).....((((((((....))))).)))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((.....)))))))....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...))))))).....)))).)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(.((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((((..((((((((((((((....)))))))))).)))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))))))))))).))))))))...))))))))..)).)))))))))))....)))))))))))))))))))))).))))))))..))))....))......).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((.(((((((.......)))))))...)).....((((((((....)))))).))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((........(((....)))......))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((((((((..[[[[[)))))))...((((....]]]]].....)))).))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((........(((((((((((((((..((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))..)))))))))...))))))))))......)))))))...))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................((((((..(((((.(((.........(((........(((....))).........))).....((((((......((.....(((....))).....))...))))))......)).).))))).....))))))........................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...)).)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).............
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...)).)))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).............
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((...((((((((....)))...)))))....((((......)))).)))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...)).))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....((((((((.....))))))))..........((((((((....)))))).))...(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((........(((....)))......))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.....(((((........)))))..............((((((....))))))......(((((((..(((((((((((((((((((((((......(((((.(((((....)))))..((((((.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))).))))))...........)))))...............((((.((((((....))))))..))))..................)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...)).).))))(.....))))))...........))))))....))).)))))).....)).......))))......)))).............
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((...((((((((....)))...)))))....((((......)))).)))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((....)))).(((.((((.(((((..((....))...))))).))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...)).))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))......))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((..(..(((....)))..)..))).......(((......))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).))))))).))))))))...)))))))...)).))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((...))..)))))).).))..((.(((((((......)))).))).))(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((..(((((...))((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((..))))))))))).)))))....(((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))))))))))).))))))))...))))))).....)))..))))))...))))))))))))))))))))))).))))))))..)))))))))))))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................(....((((((.....))...(((......))).))))....(.(..(...((.((((..(((...((......(...((((((((((((((((((.(((.(.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).)))))).))..))))))).)....)).......))).....).)))..))..)....).)..................)...........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.....((((((.......))))))..............(((........))).......(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.............(((....)))..........)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((.......))))).....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...).)))).))))))...)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((........)))))....((((..............)))))))).....(((((((..(((((((((((((((((((((((...((((((......)).)))).((((....)))).((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))...(((((....((((.....((((..(((...........)))..)))).))))...))))).((((.......)))).....)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.(((((..[[[[[.)))))............]]]]].........)))).....(((((((..((((((((((((((((((((((((((.(((.....{{{{{.)))}}}}}aaaa)))((((.AAAA.....)))).((((((....)))))).....(((((....((((((....<<<<<....<<<<.....<<<<..<<<..))))))...>>>..>>>>.>>>>...>>>>>..(((.......)))))))).)))))))))))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))......

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RNA: SRP_00203

			GGGCUAGGCCGGCGGGCUGGCGGUCCGCUGUAACCCGAAAUCCGCCUCAUGCGGGGGCCGAAGCCGAGGGGGCGGCCCGGUCCCCCGGAGUACCGGCCCCCCGGACCCGACCGAUGACCCUCCGGCCCCCCGGGGGCCCGGGGUGGCGGGGCCGCCGCCGGAGGGCGGCGCGCCACCGCCUUUGCCGGGGCACCGGGUCAGGCCCGAGAGGGAGCAGCCCACCCCGGACCCGCGGCCGCUCGGGGGUCGCCGGAGGCAGGUCGGCCGGGGGAGUACCGGGCUCCGGGGGCCGGGUCCACCCCUCGGCGCGCCC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..(((((((((..(((((((.((((.(.(((....((((((......((((((((((.(((.(.(((..(((.((((((..(((((((....)))))))..)..))))).)..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..))..))))...))))))...)))))))..))))))....))).)..))))))))))).)))))))))..)))))))))..))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.((((((.....)))))).....((((..............)))))))).............(((.........))).....................................((((.....))))..(.((.((((((((.((((((....))))))..))).))))).)).).(((.....((((....(((....)))....))))..)))........................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))...(((((.....)))))))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((..(((....((((((.((((.(((((((..(((.........(((((...((((((((((((......(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......)))).)))))))).....))))).....))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......)))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((......(((((((((...)))))))))...))).....((((.....))))((((....(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.....))))))).................................(((((((((..(((((((....((((.........(((((((...............((((((..(((((((((((((((..(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).)))))))....)))))).........)))))))...........))))...)))))))..)))))))))......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((((((((.(((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((.((.((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).)).))))))...))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((......(((((((((...)))))))))...))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((..((.((((((.(((...((((((..(((..(......(((((((.((((((((((((.(((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)).).)))).))))))))...)))))))..)..)))))))))......))))))))).)).)))))))..)))))))....))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...[[[[((((((((...))))))))....)))....(((((.....)))))]]]]...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((.((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((.((.((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((((((.....)))))))............((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((..((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((.((((..((((((((((((((....))))))).))).)))).....((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))..)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))).)))))))))..))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(.(((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((...(..((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))).))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((((...)))))))))..........(((((.....))))).)))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((...(((((...)))))...(((.....))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((..((..(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....(((((.....((((...((((....)))..).))))..))))).))...)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((.((((.(((((((..((((((......(((((((.((((((((((((..((..(((((..((((((((....))))))).)...)))))....(((((.....((((...((((....)))..).))))..))))).))...)))).))))))))...)))))))..)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(.(((((((((...))))))))))..))).....((((.....))))((((.(..(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..))))))))).)))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))...(((((.....)))))))))...(((((((((..((((((((((((.......((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((...(((((...)))))...............)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))).....))))))))))))..)))))))))..))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((........((.....((((((..(((.((((((...............(((((.....(((((.(((...((..(((((..((((((((....))))))).)...)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))....))).).))))(.....)))))).........))))))....))).)))))).....)).......)))).......)))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((....((((...((((....))))..))))....)).((((....)))).....)))).(((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..))))).((....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((((((.....)))))))...........(((((.....)))))))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))))))....)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((((((((((((...))))))))).).))(((((.(((.(....)))).)))))(((((((((((.((((((((.((((((((((.((((.(((((((..((((((..((..(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..)..)))))).))).))))).....(((((..(.((((((((((((..)))))))))))))))))).))))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))))(..)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................(.................(........).........((((.((....((((....((((.(.(((.(.((...........((((.(.(..((.((....(..(((.(((((.(((((((((....))))))).).).)))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))..)..).)...)))....).)).))......)).)..)))......)....))))...)))).......))..))).).)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((.((((((.....)))))).............((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..(((((((.((((((((((.((((((((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))..)))))))))..))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...(((((((((..((.((((....))))....((((....)))).(((.........(((((((((.((((((....)))))).(((((.(((((((((....))))))).))..)))))...))))).....((((.....))))..))))....((((..(((((.(((((....))..)))..(((((.......)).))))))))(((((.....)))))..)))).))).)).)))))))))..))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((..((((...((((....))))..))))....((((.....)))).))))...((((..aaaa))))((((AAAA))))....((((((..(((((...<<<......<<<)))))..((((((>>>.)))))).(((((.(((((((((....))))))).))..)))))....((((>>>.))))))).((((((..........{{{{.......{{{)).))))..((((}}}}..)))).....}}}.....((((((((..[[[)))))..(((]]]..)))..))).)))...))))

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RNA: SRP_00204

			GUGGCUAGGCUGGGAAGUUAGGCGUUUCCUGUAACUCGAAAUCGCCUUUGCGAGAGCCGAAAACUUGAGGGCGGUUUUAAAUUCUGUCGCCCAUUCUCAAGUUUUGUGUAGACAUUUCGUCCUUUGGGGUAAGAUGGAGGAGGAACCUUUUUUGUAAGAAAAAGACAAACCUCCCUUAUCUUUCGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGAAAGAACUUCAACGCUCAGAGGGUUGCGGAAUCGAGCAGAACUUGAGGUACAAUGGGUUUCAGGAUUUUUCACCCACCUCAAGGAAGCCACUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((.(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..(((...(((.((((..(((((((((((((((((((.(....(((((((((((((.(.(..((.((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)).))...))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))..))).).)))..)))..)))))))..)))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((...((((.((..((.(((((((((.........)))).)))))..)).....)).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..))))....)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).............(((.........)))..................................((.....))...(((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))).........((((....(((....)))....))))...................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))..)))).)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((..(......(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....)))))...)..)))))))))).....))))))))))....))).)))...))))).....)))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....))))(((....(((....)))....)))...((.......))......))))))...))))))))..))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................(((((((..(((...((((((((...(((((.((((((((((((.......(((((.((((((((..................(((((((....)))))))...............(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..........))))))))....)))))....)))))))))))).....)))))...))))))))...)))..))))))).............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.(....(((((((((((((((..(((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))))).......((((....(((....)))....)))).................))))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))...))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.(.((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))((((....(((....)))....))))..(((.....))).....)))))))...))))))))).))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((.(((..((....(((.((((..((((((.((((((.((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)..)).)))))).....))))))..)))).)))....))..)).))))...))))).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..))))..)))))..))))))....))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((...((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))))(((.....((((....(((....)))....))))..)))............))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((((((.......))))))....((((............))))))))...(.((((((((.((((((((((((((((((.((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.(((((..(((((((.(((((((....)))))))))...)))))....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))).))))))).))))))))...))))))))..))))))))))))).....))).)))))))))))))))))).))))))))..)))..))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((........(((((...[[[[...........))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((..........(((((...(((((((....))))))).....)))))....((((((.....((((]]]](((....)))....))))..)))))).........)))))))))...))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))....)))))))..)))))))...))))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((........(((((((((.........)))).))))).......)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..)))).)))))...))))))....)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((....((((.....))))...))))...((((....))))..........(((((((........((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((....(((((((((((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)))))))....))))))...(((((......((((.....................))))...))))))))))))...)))))))))))))....))))))..))))))))........)))))))..)))))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...)).).))))(.....))))))..........)))))).....))).)))))).....)).......))))......)))).....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((....)))).((((..................)))).((((....)).))...(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((((.....((.(((((...(((((((....))))))).....)))))))..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......)).))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....))).(.((((...(((.....)))..))))).)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((...........))))....(((((((......)))))))).))))...(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((.((...)).).)))))))(((((((((((((((......))))))..)))))))))...(((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))))(((((........)))))...(..).....))))))))))))(..)))))))))))))))))))))))).)))))))).)..)))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(........(.)...................(((((((..(((......((....(.......((................((((((((((.((((((..((.(..(((((....((((((.....)))))).....)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)).)).))))).))...))))))).....))................).....))........)))..)))))))...........).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....)))....((..................))..)))))...))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.....((.(((((((((.........)))).)))))..))...)))).....(((((((..(((...((((((((..(((((((((((((((((((...((..((((((((((((((((((((((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..))))))....)))))......(((....)))...((((...(((.....)))..))))..)))))..))))))))..)))))))))))))....))))))..))))))))...)))..)))))))..)))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((....))))......(((.........))).((((....)))).)))).....(((..((((((............))))))........((((.....))))......(((....))).)))...(((.......))).(((((.........)))))...(((((.(((((((..((......))..)))))))....((((................))))..))))).(((........))).....((((((.....(((...............)))))))))..(((.....)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((....)))).((((((((.........)))).))))....((((...aaaaa.)))).((((((........[[[[))))))........((((.....)))).]]]]A((((..bbbbb......bbb.))))..BBB...(((.........))).BBBBB.....(((((((..((......))..)))))))....((((.AAAA....<<<....))))..((((..(((....{{{{)))....}}}}>>>.....(((...............))).)))).....)))))).....

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RNA: SRP_00206

			UGGGCUAGACCGGAGGGUUAGGGGUCCUCUGUAAGCGCAAAUCCCCUAUACGGCGCGGUCGAAGUUCAGGGGACGGCUGAUCGACUGUUUAUCGGCCCUGCUGAUUGGUGUCGAAGCCUCGUCCCGCAGGAUCAGUGGUGAUGGGGCCCUGACUGGAGGGUCAGGGUAAACCAUCUUAGUCAUGGGAACGGGUCAGGCCUGGAAAGGAGCAGCCCUACCAUGGACAGCUGAUGCUUGCGGAUUAACGGGGUGGAGCCAGUCAGCGGGAUCACCGGUAAAUGGAAGGUCUGUCAACCCCUGAACGUGCCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.(....(((((((.(((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).)..((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).)))))...)))))....))))))).).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.....((((((.....(((....)))...)))))).....).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((((.....)))))).....((((..............))))))))............((((........))))................................(..(.....)..).((.(.(((((.(((((((((....)))))))))...))))).).)).(((.....((((....(((....)))....))))...))).........................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))).)))))).)))))))....))))))))).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((...........))......................................((((((...((...(....((..(.((((.(((((((............(((((((.((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).)))))))....))))))).........)))))))....)))).)..))....)...))...))))))..........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((....((((((((..................)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((...((((((((((.((((((((((((.......(((((((.(((((.(.(((((...(((((..((((((((....))))))))....)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...))))))...)))))....)))))))....))))))))))))....))))))))))...)))).)))..)))))))))..)))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((..(.((((((((.....(((....)))...)))))).))..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((..(.(((....)))..).))))..)))))))).)))))).)))))))....))))))))).)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((((((..(((((((.(.((((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))).).)))))))..)))))))....)))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((.[[[[[)))......]]]]]....(((.............[[[)))..]]]..(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...))))).....(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....))))))))))..)))).....(((((((..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))))))))))))....))))))))))))).)))))))).)))))))))..)))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((..(((((.....[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[......[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....[[[[[[...(((((...)))))........)))))...]]]]]]...]]]]]].]]]]]]]....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]]]............)))))))))..)))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((([[[[[[[[.))))(((....)))...]]]]]].]]....)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..))))))))).))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((......((((((..................)))))).......)))))...(((((((((......((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((..................))))..))))))...)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..))))......)))))))))..)))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).)))))).....)).......)))).......))))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((..(..((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((......((((((.....(((....)))...)))))).......)))))..))))).((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((.((...(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..))))............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((..(..((((((.....(((....)))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((((((..(..((((..)))))..))))))))..)).)))))))((((((((((.(...(((..((((.((((((((.(((((((((((((.((..(((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((..)..)))))))))..))))).....((((((...((((((((((((..)))))))))))).)))))).))).))))).))))))).....))))))))))))))))))))))....))))))))(..).))))..)))))))))))))).)))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................(.((................(...........)...........(...(((.(.(.......(...((.((......(...(((((((.((((((((((...(..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)....))).)))))))....))))))).).....))....).)......)...........).).)))....)........)).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((..(..((((((.....((......))...))))))..)..).)))))...(((((((((..(((.((((..(((((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....)))))))))))..)))).)))..)))))))))..)))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((....((((((((.....(((....)))...)))))).))....)))))...(((((((((..(((.((((..(..((((((((.(((((((((((((......(((((((.(((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...(((((((....((((....(((....)))....))))..)))).))).)))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))....))))))))..)..)))).)))..)))))))))..)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((((..(((((.....(((((.....)))))....))))).((((((((((((.......)))).))))))))(((((((....))))))).....((((.......))))...((((.....))))........((((.............))))..((((.((......))))))..))))........(((((..............))))).....)))))))))..)))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((....)))).((((((((.((((.((((...((((...)))))))).<<<<........))))>>>>aaa..(((((....(((((((...[[[[[)).))))).........((((..]]]]])))).(((((.(((((((((....)))))))))...))))).)))))..)))..((((AAA..))))........((((.{{{{{.......)))).((((.((((........}}}}}..)).)).))))(((((..............)))))....))))).......)))).

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RNA: SRP_00208

			UGGCUAGGCUGGGAGGUUAGGCGUCUCCUGUAACUUGAAAUCGCCUUUGCGAGAGCCGAAAACUUGGGGGCGGCAUAAGUUCCCAAAUUUCAUUCUUAAUUAGUAUGUCGACGUUUCGUCCUUUGGGGUAAGAUGGUAAGAGACUCUCUUUCUUAAGAAAGAGUCAAACUCUUUUCGUAUUUCGAAACCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGAAUUUACUUCGACGCUCAAGGGGUAGCGGGGCUGAGUACUAAUUAAGGCAAAAUGAGAUUUGGUGCUUUUGUCCACCCCAAGGAAGCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((.(((((((((((.....)))))))....((((............)))))))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(....(((((((((((((.(.(..((.((.(((((...(((((((....))))))).....))))).)...(.(((.....(((.....(((....))).....)))..))).)..).)).))...))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..(((((((((((.....((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))...(((((..(((.....(((....))).....)))..........)))))..))))))))...)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.((((((.....)))))).....((((............))))))))..............((.........))...................................((.....))....((((.(((((...(((((((....))))))).....))))).))))..........(((.....(((....))).....)))............................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.(((...((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((((((((((.....((((..((((...(((((((....))))))).....))))..))))...(((((..(((.....(((....))).....)))..........)))))..)))))))))...))))))))))))))))))))))....)))))))))))..))).))))..)))))))..)))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((.(......(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....))).)))))))).....)))))......)))))))))).....))))))))))...))).)))...))))).....)))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((....((.((((((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....))))).(((.....(((....))).....))).......))))))....)))))))))...)))))).))))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((.........))))..................................(((((((..(((...((....((..((((((.((((((((((((......(((((((((((((((.............((...(((((((....))))))).....))..........(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............))))))))...)))))))...)))))))))))).....))))))..))...))...)))..))))))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(....(((((((((((((((..........(((((...(((((((....))))))).....)))))((((.....))))..(((.....(((....))).....))).................))))))))...))))))).).))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))...))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((((((((((((..((.(((((((((..((((((((())))))))))....))))(((((.....))))).(((.....(((....))).....))).......)))))).)).)))))))))...)))))))))))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((((((..(((((((.(..(((..((((((.(((((((((..(......(((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((....)))))))))..))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))))))).))))))))...)))))))...)..))))))))).....))))))..))).).)))))))..)))))))...))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..(((((((((((((((((((((((((((.......((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....))))).................)))).)))).)))))((((..(((...........)))..))))........))).)))...))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((.(((((..(((....)))..)))))..(((((...(((((((....))))))).....))))).(((.....)))..(((((...((((......((((..(((.((......)))))..))))...)))).)))))..))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((.......((((((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....))))).(((.....(((....))).....))).......))))......))))))))...)))))))...))))))))))))....)))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((((((((.......))))))....((((............))))))))...(.((((((((.((((((((((..((((((.((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((((..((((((.(((((((....)))))))))...)))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))))))).))))))))...))))))))..))))))))))))).....))).))))).))))))))))).))))))))..))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.(((((.......)))))............((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.((..((.....(((....))).....))..(((((...(((((((....))))))).....)))))((((.....)))).(((((...((((......((((..(((.((......)))))..))))...)))).)))))...)))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((((.....)))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.......((((((((((((((((((((((((...((((...)))).(((((((((.......(((((...((((((((..)))))))).....)))))....))))))))).(((((...((((......((((.....................))))...)))).))))).....))))))))))))....))))))))))))))))........)))))))..)))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((((((((((((....))))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))...)))))))..)))))))...))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((((.......))))))....((((.......(...))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((.(..((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....))))))))))...)))))))..)))))))...))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....((((.((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....)))))...)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((((...........[[[))))...(((((...(((((((....))))))).....)))))((((]]]..)))).(((((...((((......((((..(((.((......)))))..))))...)))).)))))..))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((....(((((((((..................))))).......)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.....((((...((((((.((((....((((........(((((((....))))))).........(((((.....)))))...)))).)))).))))))...))))..........(((((..((((...))))..)))))....)))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.((....((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...)).).))))(.....))))))..........)))))).....))).))))))....)).......))))......)))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....((((.((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....)))))...)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...))).((......(((.((((..((((..((....))...))))))))))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....((((.((((...(((((((....))))))).....))))(((((.....)))))...)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..((((((((.((((....(((((((((...(((((((....))))))).....)))))((((.....))))....)))).)))).)))))((((..(((.((......)))))..))))........)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((...))..)))))....((..)((......))...).).))))...(((((((.((((((((((.((((((((((((.((((((((((((..(.(.((((((((((((((((((((.((((((((((..((((((((..))))))))..)..))))))))....((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))...))))..)).))))).)))..))))))).)))))))))))))).(..)))))))))))))))))))))).)))))))).)..)))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................(.(...((....(...)....(((......)).))..)...(.........(........(.(.(.(.(.....(...((((((((((.(.(((...((.(..(((((...(((((........))))).....))))).....(.(((.....(((.....(((....))).....)))..))).)..).))....)))))))....))))))).)....).......)......).))..............)..........)...).)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((..(...(...(..(((((.(((..........((((...(((((((....))))))).....)))).((((.....))))..........))).))))).......................................)...).).)))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).)))).....(((((((..((((.((((..((((((((((((((((((((((((.(((..((..(((((((((((((...(((..(((((...(((((((....))))))).....)))))..)))..........(((.....(((....))).....)))..............)).))))))))...)))..))))))))))))))))))....))))))))))).)))).))))..)))))))..)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.......))))))...........((((....)))).))))..((((..((((((.......)))))).((((........))))...........))))..(((....)))......(((.((((...(((((((....))))))).....)))).((((.....))))....))).(((((.((((...................))))...(((........))).))))).((((((((.................)))))))).(((.......)))...)))).
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RNA: SRP_00255

			GCUGGACUUGGCCGGGAAGCCAGGCACUUCCUGUUACCCGAAGCCUAAAUGCGGGGGCGACAGCCGGUUGAGGGCAACCAGGCCUCCAUAGGGUCCCUGUGGAAGCAAUGAAUCUCUGUCCUCCUUGGUCCUGGGUUUAUGCGUGCAUUUCCAAAGGGAGAUGCAUGCAUAAUCUGUCCGGUGAACCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUGGCUGGAACCAAGGAUGCUAGGAGGGUGCGGGGACGAGUGGAAGCAGGGGGCAGCCCUAUGGGCGCCUGGUCCGAUUCCGGCGUGUCCAGCAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.(.(((((((((.......))))))....((((...........))))))).)..(((((.....((....(.((..((((((((((.(((.(.(..((......(((((((((((((..(..((.((.((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).))..)).)...))))))..)))))))...)).....).).)))..))))))))))...)).).))....)))))..))))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................(.((.....)).).......((((((.((((((((....)))))))).))))))......(((((....(((.....(((....))).....)))..)))))..........................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((..(((((((................))))))).....((((((((....))))).))).((((((((((((((((....((...(..(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).))).))))...))))))..))))))))..))....))))))....)))))))))).))))))).....))))))..))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((.......)))))((((.((((...........))))...))))(((((....((...(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..))))))))).))))).).)))))))..))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))))....)))))..))))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((...((((((.(.((........(.((.(.((.(((......))).)).).)).).......(((((....(((.....(((....))).....)))..))))).......))..).)))))).....)))...............................................................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((((.......))))))(((.((((...(......)))))...))).(((((....((...(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(.(((.....(((....))).....)))).))))))))).))))).).)))))))..))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))))....)))))..))))))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((.......))))))....((((...........))))))).....(((((((..(.......((..((((((((..(((((.(((..(......((((((((((((((((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))..)))))))...)..)).)))))).....).)))))))..)).)..))..).))))...))))))).....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((((((...........((((..[[[[.....))))(((....)))(((((....)))))]]]].((((((((((((((((............(((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.......(((....)))......))).))))))))).)))))...))))))..))))))).........))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((....(((..(((((.(((...((......))..))).)))))..)))....))).(((((((.((((((((((((((.((....((.....(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....(((((.....(((((..((((.....)).))...)))))))))).)).)))))...))))))..)))))))....))....)).))))..)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
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IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((..((.((...........(((..((((...........))))....)))...[[....[[)).(((((((.((((((((((((((((............(((((((((((((..(((((....((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))))...))))))..))))))).........))))))....)))))))))).)))))))]]..))]])))..))))))).....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......))))))....((((...........))))))))...(.(((((((.(...(((((((.((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(.(((((....(((....)))....))))))))))))))).))))).))))))))..))))))))..)))))))))).))....).))))))).))))))))).).))))))..))))))).....
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((.....((..(((((.(((...((......))..))).)))))..)).....))).(((((((.((((((((((((((.((....((.....(((((((((((((..(((((.((.((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((.....((((...(((....)))......)))))))))).)).)))))...))))))..)))))))....))....)).))))..)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((((((.(((((((((........((((.....((((((..[[[[[(((((....)))))..)))))).))))(((((((((..((((..............(((((((((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))......(((.....))))))))(((....))).........]]]]]..)))))))))))).......))))))))).......)))))))))..((((...)))))))))))....)))))))..))))))).....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..............................(((.............))).........................................................((((((..(((((.(((........(((.....((((.((....)).)))).....))).....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).......)).).)))))....))))))...................................................)))).......
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((....(((..(((((.(((...............))).)))))..)))....))).(((((((.((((((((((((((.......((.(...(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((............(((....)))..........))))))))).)))))..)))))))..)))))))...))).......))))..)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((......(((((((.(((.(((.....)))))).))))..)))........)).(((((((((((....((...(((((((.((((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((((..((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((..(((.((....(((....))).))...))).)))))).)).)))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))).)))))))))....))))).))))..)).....
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..))).)..))).(((((((.((((((((((((((((............(((((((((((((..(((((.((.((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((............(((....)))..........)))))).)).)))))...))))))..))))))).........))))))....)))))))))).)))))))....)))))))..))))))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(((...((((..((((..(((...((......))..)))..))))..)).))..))).(((((((..(((((((((((((((....((......(((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((....))))))))))))))))....(((((.....(((((...(((....)))......))))))))))))).)))))...))))))..)))))))...))....))))))....)))))))))..)))))))....)))))))..))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.(((....((((.....))))...)))...((((........))))....))).((((..(((......))).((((((.....))))))...))))........((((((((((((...(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))....((((....)))).((((((...........))..))))...)))))))..(((.....)))...)))))...(((((...((((....)))).(((((.....))))).)))))....))))))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..aaaa)))).(((AAAA...)))..(((..((((...........))))..((((.....))))..(((.cccc.))).((((((..[[[)))))).........((((..(((((...)))).(((((((.((((((((((((((....))))))))))))))......{{{((((....)))).)))))))...}}}.......bbbb.)]]....]CCCCBBBB...))))....(((((..........((((....)))).(((((<<<..))))).....>>>.))))).)))....

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RNA: SRP_00276

			GGCGGCGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGCCGAUAUGCCGGGGCCGAAGCCCGGGGGGCGGUUCCCAAAGCCGCUCCCAGAAGCCGAGGUCGAACGAUGAGUCCUCGUCCCGCGGGGUGCCCGGUGGGGGAGGCACGGCUGAAGGGCCGUGCUAACCCCCUUUGGGCCCCGAACCCCGCAAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGGGGCCACGGAGCACGCUCGCGGGGGUGCGGGGAUGAGAUAGGCCUCGGUGGAUGGGAGCGGUGGAGGGUUCCCACCCUCGGGCGUGCCCGCCGCC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.(.(.....((((((((((((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...))))))))..).).)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((.......))))))....((((..............))))))))............(((...........)))..................................((.....))..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).))))).........((((....(((....)))....))))..................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((....((((((((((..((.......))..)).)))))...)))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).)))))))))...)))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((...((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))...)))))))))....))).)))...)))))......)))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((..(((((((...((.(....)))....)))))).)..))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((...(.....(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((..(..((((....(((....)))....))))).)))))).))).)))).))))))))...))))))))..)...)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((.........))).....................................(((((((..((..(((...(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((((((.(...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)..)))).))))))))...)))))))........))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))..............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((........)))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((...(.....((((((((((((((.(.((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...))))))))..)...)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.(.(.....((((((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((..(..((((..(.(((....)))..).))))).)))))).))).)))).))))))))...))))))))..).).)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......(((.(((..(((((((...((((((((((...((((((.((...(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)...)).))))))...))))))))))...)))))))..))).)))....)))))))..)
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))......)))))))))..))))))))))
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HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((((((.[[[[[[))))))....((((....]]]]]]....))))))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(.((((((((((...(((((((((.(((.....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))))))).)))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).)))))))))).)))).))))))))...))))))))...))))))))))))...))))))))))..))))))))).)))))))))..))))))..).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((..................)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((...((((((....(((....)))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((...((((((((((...(((((((((.........(((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...))))))))......)))))))))...))))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......(((....)))(((((((..((.......))..)).)))))..)))).((((....)))).(((((((((.......))))))))).......((((.............)))).(((....))).(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))..)))))((((..((((((..(((((..................))))).........((((....)))))))))).((((......)))).....))))....((((.((((....))))..(((....))).)))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(((((.((((((((((.bbbbb.)))))))...((((.....BBBBB....)))).)))..))))).(((((((((.......))))))))).......((((.............)))).(((....))).(((....(((((.(((((((((....)))))))))..))))).[[[)))..]]].aaaaaaa.(((((..........{{{{{{..))))).....}}.}}}}))).....AAAAAAA..(((......))).((((.(((((((....<<<<))))))).>>>>(((....))).)))).

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RNA: SRP_00278

			CGGGUAGGGCCGGGGGCUCGCCCUCCCCCGAGCCCCGAAAUGGGCGUAAUGCGGGGGCCAGUAACCCGCACGUCGGCCGUAGUGGUCCAGGGCAGACCCGGCCGACCCAUGACCCCCGUCCCGCGGGGCCGGCGGCGCGGAGCCCCCUCCGGAGGGAGGGAGGCUACCGCCCUUACCGGGGGAACCAGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCUAACCCCGGACGCCCGGCGUUCGCGGGGCCACGGGGUGAGGCAACGGCCGGGCCCCCUGCCCUGGGCCCCUACGGCUGGCGUGCGGGGGCCGC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.(..(((((((((.......))))).....((((.(..........).)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(...((((((((((((.(.(((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))..)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).)))))...))))))...)))))).).))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))).))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).....)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((.......))))).....((((..............))))))))..........((..(.......)..))...............................(.((.....)).)((....((((((((.(((((....)))))..)))).)))).....))(((......(((.....(((....))).....)))...)))......................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((.((((((((........)))))))).......(((...)))...)))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))).))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).)))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((........)))))....((((..............))))))))........(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((........(((((..((((((((((((.....((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....))))).......))))))))....))))))))))...))).)))...))))).....))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..((((.....)))).))...(((((.((((......))))......)))))(((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((((.(((((((((((((((....(.....((((((....)))))).......).......((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))....))))).........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((((((........)))))).)))).......(((...........))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(...((((((((((((.(.(((((.(.((((.(((((((((....)))))).)))..)))).)...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..)).))))...))))))...)))))).).))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))..))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...)))))))))..(((((.((((......))))......)))))(((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))).)...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((((((.......))).))....((((..............)))))))......(((((.((............(((((..(.(..((((((((..(....(((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))..)....)))))))).....)..)))))).............)).))))).)))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..[[[[)))........]]]](((((..((((......))))....[[[)))))...]]].((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.((....(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((...((.(((...))).)).(((......)))..)))))).)).))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.....)))).....((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..)).)))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((((((((((......))))))...(((.(..............)))))))).......(((((.(.....((((.((((((((((((.((.((((((((....(((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))).)))).))))))))..)).)))))...))).))))).))....)))))))))))).)))).....).))))).....)).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))))))).((((((.(((((.....))).))....)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((...((.(((...))).)).(((......)))..)))))).))).)))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((..[[[[[.))))))..(((((....]]]]].....)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((......(((...)))....(((......)))..))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))..))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((................))).........................................................((((((..(((((.(((........((........(((....)))..........))......((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).......)).).))))).....))))))........................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.bbbbbbbbbbbbb))))(((((((.[[[[[[...[[[[[[[..[[(((((<...((..aaaaaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaa.aaaaaaaa.aaa.aa.)>)))eeeeeeeee({{(.ddddddd.BBBBBBBB.ddddddd(((((.cccc....)))))..)))))))))AACCCC.BBBBB((..AAA.)DD.DDD....DDDDEEEEEEEEE.)]]]]]]]]]..]]]]]]..)DD..AAAAAAAA))..AAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAAA.DDD}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((........)))))....((((.......(.....))))))))).......(((((((..(((((((...((((((((((.((((((((.(((....(((((((((((((((((((.((..((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))).))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((........)))))....((((.......(.....))))))))).......(((((((..(((((((...((((((((((.((((((((.(((....(((((((((((((((((((.((..((((.(((((((((....)))))).)))..)))).....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))).))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))))))).((((((.(.((((...)))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.....(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).)))))....((((((......(((...)))....(((......)))..)))))).))).)))).))))))))))...))))))......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((.......(((((.(((((((((((((((....((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.................................))))))....))))).))))))))))...))))).......))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....((((((((........)))))....((((..............)))))))..........((((.......(((...((((((.(((.((((((..........(((((....(((((.(((..((..((((..((((((((....)))))).))...)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...))).).))))(.....)))))).........))))))....))).))))))...))).......))))......))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))))))).((((((.((((......))))......)))))).......((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...))))).(((((......((((......)))).......)))))......)))).((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.(((((((((((((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((....))).((((((.((((......))))......)))))))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))).))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(.....((((((........))))))(((((((((........))..)))))))((..))((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((.(.((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((..)..))))).)))).))).(((......)))((.((((.((((((((..)))))))).))).).))(..))))))))).)))))))))).).))))).))).))))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).)))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((.....(.......(........).............(.........)..)..(((..(.....((.((.((.........(((((.((((((((((((.((..((((.(.(((((((....))))))..).).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)).).))).))))))))....)))))...........)..).........)).))..........)........)).)...))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((.(.(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))).)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))).)))).))))))))))...))))).)))...))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))))......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((.((((((((........)))))))).......((.....))...)))).....((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((..((...(((((.((((((((..(((((.((.((((((((((((((....)))))).)))).))))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))))...))))))))...)))))..))...))))))))....)))))))))))).)))))))))))))))))).)))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((((........)))))).((((......))))....((((((.........)))))).((((((((....((((.......)))))))))))).......(((((.....)))))(((((.((.(((((((((((((....)))))).)))).)))(((((.(((((..............)))))))))).........((((((...((((..........))))..))))))...))....)))))...))))))))..((((((((((.....)))..)))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...(((.[[[[))).((((.]]]]...aaa.......))))....((((((AAA......)))))).((((((((....((((.......)))))))))))).......(((((..bbb)))))....BBB..(((((((((((((....)))))).)))).))))))...(((((.........<<<..))))).((((.........((((((...{{{{{{{{{{.{{{{{{{{.))))))...}}}}}.}}}}}}}......)))).}}}.}}}(((..>>>)))(((.....)))

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RNA: SRP_00321

			AUGGUCAGGUAGGGUGGAGGGUCUCGCCAGCCCUUAUACCCACAUGGCGCAACGUGGGCACCAGUAACUCCUAUGCUAUAAUACCUGCUCUUCGAGAUCCCAGUCUAACUAUGAUCAUCGCCCGACGGGGCGAGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUCCGCGUUCGUCGGUCUCCGAUAGGAGGAAGACUGGGGGUAAAUCUCGGGGAGUAAGGGUUAUGGCAUAGGGGAGCUGACCAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.(..((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((..((....(.((((.((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).))))).)..(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....)))))...)).)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))).))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................(((....))).........(((((.((((((.(((....))).))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))......................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..(((..(((.((((((....)))))))))...((((((((((((((((....)))))))))).)))))).....(((((..((((((...((.((((.(((..........))).....)))).))..))))))))))).))).....))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....((((((((((.......))))))...((((............))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((((((((((((..(......((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))).)..)..))))))))).....))))))))))....))).)))...)))))...))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).(.(((.((.......)).))))...(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..........))).)))..))))))))).)))))))).....)))...))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(.........)......................................(((((.(((((..............((..((((((.................(((((((((((.((((..((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).)))))))).................)))))).......))..............))))).)))))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((...((((.......))))....))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(.(((((((((((.(((((((((...............((((((.(.((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))))))))))...)))))).((((....))))..)))))))))......))))))))))).).)))))))))))))))..))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((.(.(((...(.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))).((.((((.....)))).))(((.(((..(....)..))).)))..))))))))).)))))))).)...))).).))..))))))))).....))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....(((((((((.......))))))...((((............)))))))......(((((.((((((((..(..(((((((((((.((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..))))))))......)))))))))))....))))))))).))))).)))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.............)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.....(((...))).(((((((((((.((((((((((((((((((((((....)))))))))).))))).....((((.....)))).....(((....))).(((....)))..)))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((.......)))))).))))))).(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((...((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((.(.((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))((.{{{.{{...))..}}.}}}....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.....(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))...............(((.....(((....))).....))).....)))))))))).))))))))...[[))).]]))..)))))))).....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((((..(.(((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....((((((((((..(((.((((((((((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((..(((((((((((((((....))))))))))).)))).....(((((..(.(.(((....(((....)))....))))).))))))))))))).))))))))...)))))))..))))))).)))))....)))).)))))).))))).)).))))))))).)))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))))))).((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((({{{{{{{..))))).)))))...(((..[[[[[[[[...)))....(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((...............(((((((}}}}}}}....((((((((((((((((....))))))))))).]]]]]]]].(((((....((((......))))...............)))))....))))).)))))))(((((....))))).)))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((<(((((cc...cccccccc.)))))(({{{{.)>.((((.(((((ddddddd.(((..aaaaaaaaaaaaaaa.aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa.)))(((((...ff([[[[[[[CCCCCCCC.)))))(((((((((((((....)))))))))))))..))))).bbbb(eee.ee.))))..)EEEE...EB(((..CCDDDDDDD))).BBB)]].]]]]]FF(((((..))))))).AAAAAAAA}}}}.AAAAAAAAAAAAA.AAAAAAAAAAAAAAAAA..))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).)))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((...((((((((((.......))))))...((((.....(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))).)..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).)))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((.(....))))))).))))))).(((.............)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.(((...(((.((((((....))))))))))))((((((((((((((((....))))))))))).)))))..((((((..(((((((...((((.....................))))..))).)))).))))))(((....)))...)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).))))).((((......))))...........(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((((((..((((((....))))))....)))))))((((((((((....((((.......)))).......((((.....))))........))))))))))........(((((...........)))))(((((....))))).))))))))).....))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....(((((((((.......))))))...((((............)))))))........((((...((.........((((((.((((((((.............((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).))..))).).))))(.....)))).).........))))).....))).)))))).........))...))))....))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).))).)).(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))))))).))))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....)))))))))))).))))))))))))))))))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(.(((((((((((.......)))))).)))))((.(((.((.......)).)))))..(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).))))..((.((((.....)))).))(((((....))).(((....))))))))))))))).))))))))(((((....))))).)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))).))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((..(((((......).))))....(((((..........))))).)))))...(((((((((((((((.((((((((((((((.((((((((..(.(((..))).(((.(((.(((((..(((..((((((((((((((((..)..)))))))))).)))))...((((((..(((.((.((((((((..)))))))).))))))))))))))..).))))))))))(((((..))))).)))))))))......))))))))))).)))))))))))))))..))).)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................((.((......................(.....).....((....((.......((..((......(.....(.(.(.(.((((((......(....(((((((((((((....)))))))))))))........(((.((....(((.....(((....))).....)))..))))).)....)).))))).)........).)...)..)).....))..................)).....).......).))...))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(((((((((((.......)))))).)))))...(((.((.......)).)))....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((...............(((((((((((.(((((.(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))))))))).)))))))).((((....))))..)))))))).....))))))..))))).)))))))))))))))))..))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....((((((((((.......))))))...(((((..........))))))))).....(((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((..((...(((.((((((....))))))......((((((((((((((((....)))))))))).))))))..((((((..(((((((...((((.((..((......))...)).))))..))).)))).))))))...)))...))..)))))))).....))))))..)))).))))))))))))))))))..))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.(((.(((((.((....)))))))...(((((..........))))).))).(((.......))).....)))))).......((((....))))..(((((((..((((((....))))))....))))))).(((((((((......))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))........((((....(((((...........))))).((((....)))).....((((((.....))))))........))))..(((........)))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((.<<<<<<<....)))..>>.>>>>>....(((((..........))))).)))((((aaaaa..)))).........(((((....((((........{{{{{)))).((((((....)))))).}}}}}[[[[[[((((((((((....)))))))))).(((.((.....))..))).((((......))))...))))).(((....(((((..]]]]]]...))))).((((....)))).....((((((.....))))))AAAAA...)))..(((((.........)).))).

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RNA: SRP_00322

			GGGGUCAGGGAGGGUGGGGGAUCUCGCCAAUCCCUAUUACCCGCAAGGCGUAAUGCGGGCACCAGUAACUCCUACCCUAUGGUGUCUCCUAUCUGUAGGUCCCAGUGGAGCGAUGAAGCCUGCCCAGCGGGGCUUGGCGGUCAUGGGCUUUCUCUCCGGAGGGAGAGAAAGUACCAUGAUAGCUGGGGGAAUCGGCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGCCGUGCCUGGACGCCAGCGUUCGCUGGUCAACAGCCAGAGUGAAACUGGGGUAAACCUAUAGAUAGGUAGGCCAUGGGGUAGGGGGUCUGGCCCCAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((......(.(((.((((((.(.((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))...))))))....))).)...))...))))))))....))))))))))).).))))))))))))))).)))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..)))..(((((((((((((((((....))))))))))).))))))..((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).).)))))))))))))))..)))).))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((.(((((.......))))).....((((............))))))))..........................................................(.((.....)).).(((.(.(((((.((((((.(((....))).))))))..))))).).)))(((.....((((....(((....)))....))))..))).........................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((....(((((((((((((((((((.(((((...((((((........))))))((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))..))))).(((((.....)))))......))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......((((((((((.......))))))....((((............))))))))......(((((...(((..(((....(((((((((((((((((((.........((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))))......)))))))))....))))))))))....))).)))...)))))......)))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((..((..((.((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((.......))))).....((((((........)))))).........(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((......(.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).))))))))....))).)...))...))))))....)))))))))))))...)))))))))))))))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((......((.((.((((((.(.((.(((.((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))...))))))....))))....))...))))))....))))))))))))).).))))))))))))))).)))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((((((.......))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..((.((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....(((((((((.......))))))....((((............)))))))......(((((.((.((.(((......((((((((((.((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..)))))))).....)))))))))).....))).)).)).))))).)))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((..[[[[[[)))....]]]]]]....((((((........)))))).........(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...........(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...)))).........))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((..((..((.((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((({{{{..)).....}}}}..((([[[[[[.....)))]]]]]].))).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..((.((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).)))))))).))...))))..))...))))))....))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((..(.(((((((((.......))))))....((((............)))))))).....((((((((.(.((((..((((((.(((((((.(((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((..(((((((((((((((....))))))))))).)))).....(((((..(.(.(((....(((....)))....))))).))))))))))))).))))))))...)))))))..))))))).))))....))))))).)))))).))))))..))))))).)))...)))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((....(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))....(((((....)))))......).))..))...))))))....)))))))))))))...)))))))))))))))..))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((((((((([[[[[[.))))))....((((((........)))))))))).....(((((((((((((((....(((((((((((((((((((.((((.......(((((...)))))))))(((.((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((......]]]]]].))))).........)))....((((..(((((((..)))))))......))))......))))))....)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................(((((..(((((.(((.........(((.....(((((((...)).)))))......))).....((((((....(((.....(((....))).....))).))))))......)).).))))).....))))).............................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((...jjjjjj(..cccc((((([[[[(..hhh.)))).eeeeee{..((..iiiiiiiiiiiiiiiii(.aaaaaaaaaaaaaaaaaa(...fffff....)))}))).)]]]]((bbbbb.((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).)FFFFF.((AAA)AACCCCggggg.)JJJJ)).HHH)AAAAAA)AA((((((()))))))))..)A.BBBBB.JJ....GGGGG<<..AAAAIIIIIIIII...IIIIIIII)EEEEEE.)))))))))>>
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......((((((((((.......))))))....((((.....(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))))...))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......((((((((((.......))))))....((((.....(.....))))))))).....(((((((..((((.(((....((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...))))))...))))))))))))....))))))))))....)))))))..)))))))....)))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..((((...(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...........(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((...(.((((....(((....)))....))))).)))))...(((((....))))).................))))))....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((((..........)))))))).((((((........)))))).........(((((((((((((((....(((((((((((((....................(((((.((((.((((....((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.............)))))....))))..))))..((((..((((((....))))))......))))..........))))).)))))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((........(((((((((.......))))))....((((............)))))))........((((........((.....((((((.((((((((.............((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).))..))).).))))(.....)))))..........)))))....))).)))))).....)).......)))).......))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).).)))))))))))))))..))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(((((.((((((....))))))..)))))....((((((........))))))..........))).((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).))))))))))))..((((.....))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).).)))))))))))))))..))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((..))).)))..))).))..((((((........))))))........((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((..(..(.(((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((..)..)))))))))).))))))..((((.............((((((..))))))))))(........))))))).)))))))))..).)))))..))))))))))))..)..)))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................(.(.(...................(.(.(...)...).)......((((((..(......(............(.((.(((((((((.(.((((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....(((.((....((((....(((....)))....))))..))))).)))).)).))))))))........)))......)..................)..))))).................)...).).)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((................(((((((((((....)).)))))).))).))).....(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).......((...((((....(((....)))....))))..))............................))..))...))))))....))))))))))))).).))))))))))))))).)))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((....))))))...(((((((((((....)).)))))).)))..)).....(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...((..((..(((.((((....))))..))).((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).((((.(((...((((....(((....)))....))))..)))....((((((....))))))...))))))..))...))))))....))))))))))))).)))))))))))))))))..))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.((((((....))))))..))))).((((((....)).))))...((((((((...............)))))))).(((....))).((((.((((.((......))))))......(((((.....((((((((((((((((((....))))))))))).))))))).(((((.....)))))..)))))....))))....((((((((....((((((....))))))......((((.......)))).....(((((....)))))))).))))).....((((.....))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((.((((((....))))))..))))).((((((....)).))))...[[[[[[[[...))))).......]]]]]]]]((((....)))).(((.((((.((......))))))(((....{{{{))).}}}}.((((((((((((((....))))))))))).))).(((..<<<<<...)))(((....>>>>>.........)))..((((....((((((....))))))......((((.......)))).....(((((....)))))))))...aaaaa..))).....AAAAA..

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RNA: SRP_00323

			GGGUCGGGUAGGGUGGGGAGUCUCGCCAGCUCCUGUAACCCCGUGGCGUAAUGGGGCACCAGUAACCCUUAUGCCAUGAUACCUACCUCUCUAGAUCCCAGCUGAACGAUGAGCACCGCCCGGUGGGGCGAGACGGACGCGAAUCUCCUCUCUGGAGGGAGAGGGGAUAUCGCGUCAACCGGAGGAAUCGGCCAGGUCCGGAAGGGAGCAACCGUGUCCGGCCGUCCGCGUUCACCGGUCACCGGUGUGAGAAAGGCUGGGGGUAAAUCUAGAGAGGAAAGGAUCAUGGCAUAAGGGGGCCGACCCAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.(..((((((((((.......))))))....(((((........))))))))).....(((((((((((((((.(.(.(((((((((.((((((((...(..(..((((((.((((((.(.((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..((((.(....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....))))))).)...))))))))......))))))))).).).)))))))))))))))).)))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))).)).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((.......))))))....(((............)))))))............(..............)...............................((.....))...(...(.(((((.((((((.(((....))).))))))..))))).)...)(((.....(((.....(((....))).....)))..))).........................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.((..((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......)))))))).....))))))))))...)))))))))))))))))..)))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((..........))))))))......(((((...(((.(((....(((((((((((((((((((........(((((..(((((((((((.......(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....((((.(....((((....(((....)))....))))..))))).....))).)))))))).....))))).....))))))))).....))))))))))....))).)))...)))))...)))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((...(.....((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))..)...)))))))).....))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((.......))))))....((((((......)))))).........(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((...(.....((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))..)...))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(...(((((((((.((((((((...(.....((((((.((((((.(.((.(((((((((((.((((((((((....))))))))))..))))))...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))))))))))...))))))....))))))..)...))))))))......)))))))))...).)))))))))))))))..)))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((...(.....((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))..)...)))))))).....))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....(((((((((.......))))))....(((............))))))......(((((((((.(((((....(((((((((...((((((((..(.....((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((....))))))).))).)))))....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).))))))))...)))))))..)..))))))))........)))))))))....))))).))))))))).)))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.(((.((...)).))).)).(((...((((((......))))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((.....)))....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))...((((.....(([[.....((....)).......))..))))]]))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((((((.......))))))....((((..........)))))))).....(((((((((.(((((.((((((((((((.(((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((..((((((((((((((((....))))))))).)))))))....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))).))))))))...)))))))..))))))))).)))....))).))))))).)))))))).))))))))).))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.(((.(.....).))).)).(((...((((((......))))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((.....)))....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((....{{{{{{{(.{{{{{.....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((.....(((((..))))).)}}}}}}}.((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))...((((.....(((((.....(((...}}}}}..))).....))))))))))))))(((((...)))))........))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...((((((((((.......))))))....((((....(....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((.....((((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....((((.(....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...)))))))..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...((((((((((.......))))))....((((....(....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((((((((((((((((.....((((((((((((((((((...((..(((((.((((((((((....))))))))))..)))))....((((.(....((((...((((....)))..).))))..))))).))..))).))))))))...)))))))..)))))))))))).....))))))))))....)))))))..))))))).))))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(....(((.........)))....(((...((((((......))))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((.....)))....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..)))))))))))))))))).))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((....))))))...........((((((......)))))).........(((((((((((((((.....((((((((((((((((((.........((((((.((((((((........((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))...((((.....(((((..........................)))))))))..))))))))....))))))......)))))))).....)))))))))).....)))))))))))))))..)))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....(((((((((.......))))))....((((..........)))))))........((((...((.........((((((.((((((((............(((((....(((((.(((...((..(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....((((.(....(((.....(((....))).....)))..))))).))..))).).))))(.....)))))).........))))).....))).)))))).........))...))))....)))).....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((...((((((....))))))....)).....((((((......)))))).))).((..(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..)))))))))))))))))).....))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(..((((((((((.......))))))....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))).)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.(((((((......).))).)))(((...((((.(......).))))...)))...(((((((((((((((.(((.((((((((((.(((((((...(....)(((((((((((((.(((((.((.(((((((..(((((((((..)..))))))))...)))))))))(((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))......)))))))))))..).))))))......)))))))......))))))))).).)))))))))))))))))).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................((.........................................((........((..((......(..((((((.(.(..(((((..(((((.(((((..(((((((((....)))))))))...)))))....((((.(....(((.....(((....))).....)))..)))))))))).)).))).).)....).)))))).....)).....))........................))..............))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.(...(((.....(((....))).....)))).))))).))))))).))))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((.(((((.......))))).....((((((......)))))))))).....(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.........((((((.((((((..(((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).)))))))...))))))....))))))......))))))).....)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.((((((.......))))))....((((((......)))))).))).....(((((((((((((((.....((((((((((((((.................(((((....))))).....((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..(((((.............)))))..)))).........(((((((.........(((((.....))))).......)))))))......)))))))))).....)))))))))))))))..)))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((.((((.(((((.((....)))))))...)))).((((((((..((.((....))..))..))))))))...))))...((((....(((..(((((...........(((((....))))).....((((((((((((((((((....))))))))))).)))))))..{{{{{....)))))....}}}}}...))).....((((...[[[....))))...((((]]]..))))..))))...)))..((((..((((..........))))...(((........))).))))..

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RNA: SRP_00330

			UAUUGCCAGACUUGGCCGGGGGGUUAGGCGUCCCCUGUACCCGAAGUCUAGAUGCGGGGGCGACAGCCCGGUGAGACCACCUGGGUUUCUGCCAGGCCCUGCGGAAUCAAUGAUCUCCUGUCCCUCUGGAUCGGAGGCCCAUGGACACGAUCUCAAAGGAGAACGCGCCCAUGGCUUGCCAGGGGAACGCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGACACCCUGGACUCUCGAUGCUGGAGGGGUGCGGGGGUGAGAGGAAACAGGGGGUACCUGACAGGACGCCCAGACCGAACCGGGUGUGUCUGGCUUCUGAUCGGC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....(((((((.(.((((((((((.....)))))))...((((...........))))))).)..(((((((..(..(...(((..(((((.((((.(((.(.(..((......(((((((((((((.(.(((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))).)..((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).))))...))))))..)))))))...)).....).).)))..)))).)))))...))))..)..)))))))..)))))))...........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((.((.((((((.((((((..((((((((..((..........(((((((.(..((((((((((....)))).)))...)))...).))))))).........(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))....))..))))))))..)))))).((....))...))...)))).)).)))))))..........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................(((..(.....)..))).....(((((.(.((.((((....)))).)).).))))).....(((((.....(((.....(((....))).....)).)..)))))...............................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((......(((((((..((((((..((((((((..((..........(((((((((((.(((((((((....)))).))))))).))....)))))))...(((.....(((((((((((((((((((((((((.((((......((((....))))......))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...))))))....))))).))))))))..))))))))))..))..))))))))..))))))...((((((..........)))))).))))))).......)))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...((((((((((.......))))))...((((...........))))))))......(((((...((...((...(((((((((((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).))))))))....)))))......)))))))))....))))))))))....))))...)))))......))))))...........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((...(((((((.......)))))))......))))...............(((((((((((....)..(((((((((((.(((((((((.....((....(.(((((((((((((((((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))..))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((.....)))))))..............................((((...........((((...(((.(((.....(.............((((((((((((((((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).)).))))).))))))))..)))))))..........).........))).)))....))))........)))).....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...((((((((((.....)))))))...((((.(.......).)))))))....((((((.........((((((.((((.(((((((((.....((......(((((((((((((.(.((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).)))).)))...))))))..)))))))...)).....)))))....)))).))).).))))))......))))))..)))))))...........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.((((((((.....))))))))..))..)))))).(((.(((((((((((((((((((....)..(((((((((((.(((((((((.....((....(((((((((((((((((((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))).))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..)))))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...(((((((((.......))))))...((((...........))))))).....((((((..((((...(((((((((((((...((((((((..(......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)..)))))))).......)))))))).)))))))))..))))))...)))))))...........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((....((((..((((.((((((((((.(((((..........((((((((((..(((((((((....)))).)))))..)))....)))))))..(((...))).......(((((((((((((((..((((((......((((....))))......))))))....((((((............(((....)))..........)))))).))).)))).))))))))......)))))..)))...((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((.(((((((.......)))))))...))).))))).(((.((((((((((((((((((........(((((((((((.(((((((((.....((......(((((((((((((((((((((((((.((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))...)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))))))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.((((((((.....))))))))...)).)))))).(((.((((((((((((((((((........(((((((((((.((((((((............(((((((((((((((((((((((((.((((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))))).))))))............))))..)))).))))).)))))).....))))))).))))..)))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...((.((((((.......))))))...((((...........)))).)).....(((((((.(....(((.(..(((((((((.((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))).)))))))))).)))).))))))))..))))))))..))))))))))))....).)))))))))....))))).).)))))...)))))))...........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..(.((((..((((.((((((((((((((((.............)).......(((((((((....)))).)))))(((((.((...)))))))................((((((((((((((((.((((((...((.((((....)))).))...)))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)))))))))))))))............((((.....))))...)))))))..))))...)))).)..)))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((....((((..((((.((((((((((((((((..(((((((......((((....))))((((......(((((..((((((........)))))).......(((((((((((((((...))))))......))))[[[[[.....))))).(((((((.((((..)))))))...)))))))))(((....)))........)))))))))))(((.......))))))))))))))..........((((.....)))).....)))))..))))...))))....)))))))....]]]]]..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....))))).............
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....))))).............
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...[[[[[...((((((..((((((((..((..........((((((((((..(((((((((....)))).)))))..))))....))))))...........((((((((((((((((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))..))))))).....))..))))))))..))))))...((((((..........)))))))))))))......]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((....((((..((((.((((((((((((((........................(((((((((....)))).)))))((((..........))))................(((((((((((((((((.(((((......((((....))))......)))))))...((((((............(((....)))..........)))))).))).)))).)))))))))))))))............((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))...........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((....((((..((((.(((((((....(((((...((((........((((....))))....))))..(((((..((((((........)))))).......(((((.((((....)))).))))).((((((......((((....))))......))))))....)))))....((((((....((((..(((((...............)))))....))))...)))))).)))))........((((.....))))...)))))))..))))...))))....)))))))...........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((....(((((((((.......))))))...((((...........)))))))........((((........((...((((((.((((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...))).).))))(....))))))..........)))))....))).))))))....)).....)))).......)))).............
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((.((((.((((((((..((((((((..((..........(((((((.(..((((((((((....)))).)))...)))...).))))))).......(.(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).)..)))))..).)))))).)..))..))))))))..)))))).((....))...))...)))).)).)))))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((........(((.((((((.((((.((((((((.............))))))))....(((((((((....)))).)))))..)))).)))))).)))..((......((((((((((((((((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))......))....)).))).((.(((((((.(((((.(((......))).))...)))))))).)))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))).(((.(((((((....))))(((.(((((((((((((((((....(.((((((((((((...))).)))..((((((..(((((((((.((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).))).)))).)..)))))).)))))).)....)))))).(((.((.((.....)))).)))........))))))).)))).))).)))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(.(((((((((((((((((...))..)))))).).)).)))))))(((.((((((.((((((((((((....(..(((((((((((.((((((((.(..)(((...)))((((((((((((((((((((((.(((((((.(.((((((((..)))))))).).))))))(..).((((((..(.((.((((((((..)))))))).)))).))))).)))).)))).))))))))..)))))))(((((..)))))))))...)))).))))).)))))))...))))))))).)))...)))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................(.(..(.(......................).).(.(.(......(..........(....(......(.((((..(((((((((((..((..(((..(.......(............)....).)))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))...))).)))))))).....)))).)...)..........)..............)..........)..))...).)...............
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..(.((((..(((....((.......................((((((......((((((((....)))).))))..........))))))..........(((((((..(((((..((((((((..((((((.(.((.((((....)))).)).).))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))............................)).....)))...)))).)..)))))))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.(((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))..(((.(((..(((((((((((((........(((((((((((.(((((((((.....((....(((((((..(((((..((((((((..((((((...((.((((....)))).))...))))))....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).)..)))))..).))))))..)).....)))))....)))).))))).)))))).....))))))).))))..))..)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((......)))..(((((........)))))...((((...........))))(((....))).((((....)))).(((((.......))))).((((.............)))).(((((.....)))))(((..........((((....)))).(((((((..(((((((...........)).)))))....((((..........))))...((((.......))))))))))).)))..(((((...((((.....)))).((((((((((..........)))))).)))).))))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((......)))..(((((.aaaaa..)))))...((((..AAAAA....))))(((....))).((((....)))).((((.bbbbb...)))).BBBBB........((((((((((....)))(((..<<<<.<<<<...)))((((....))))..ccc.>>>>>>>>...))))))).CCC((((((((((..((((..........))))...{{{{{{..((([[[..))).))))..]]]}}}....((((.....)))).....((((((..........)))))).)))))).}}}.......

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RNA: SRP_00332

			GGCGGCGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGUCGAUACGCCGGGGCCGAAGCCCGGGGGGCGGUUCCCGAAGCCGUUCCCGGAAGCCGGGGCACAACGGUGAUCCCUCGUCCCACGGGGCCGGCGGUGGGCGGGGUCCGGCUGGAGGGCCGGGCUAACGCCCUUUGCCCGCCGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGGCGGGACGUUCGGCGCUCGUGGGGUAGCGGGGGUGAGCGAGCCCCGGUGGAAGGGGACGGUGGAGGGUCCCCACCCCCGGGCGCGCCCGCCGCC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(..(......(((((((((((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...)))))))...).).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((.......))))).....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((.......))))))............................................(((.......)))..................................(.((.....)).)(((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))).........((((....(((....)))....)))).................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((........)))))....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.((....))..((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).)))))))))...)))))).......))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((....((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....))))).....))))))))))....))))))))....))).)))...)))))......)))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(....((...(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..((((....)))........).))))))..)))))))))))))))))...))))))...))).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((.......)))))....................................(((((((..((..(((...(((((((((....((((((((...........((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).......))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))..............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(..(......(((((((((((((.(.((((..(.(((((.((((((((......))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)..)))))...))))))...)))))))...).).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))(..(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(....((.(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..((((....)))........).))))))..)))))))))))))))))...)))))))..))).))))))))....)))))))))...)))..))..))))))))).)))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............))))))).......((.(.(......(.......(((((......((((((.((...(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..)).))))))......))))).......)......).).)).....)))))))..)
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((...(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))))))))))))...))))))).......))))))))....)))))))))...)))......)))))))))..))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..(((.(...........)))).))))))..))))))))))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))(((((.[[[.((((....(((....)))....))))..)))))...]]])))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(.((((((((((...(((((((((.(((.....(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))).))).)))).))))))))...))))))))..))))))))))))...))))))))))..))))))))).)))))))))..)))))..)).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((...((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))..))))((((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))))))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((....(((((((.((((((((((((((....(((...)))......[[[[[[(((....))))))))))))....)))))(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((.]]]]]]..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))......((((((((((((((....(((...........)))..))))))..)))))))))))))))))...)))))).......))))))))....)))))))))...(((..))).)))))))....))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((([...((((ffffffffff(.{{{{{{{..))))....<<<<<h[(cccccccccc(..aaaaaaaaaaaaaaaaa(...eeeeeeeee....)))[[[[.[[...(((..bbb(jjjjjjjjjjj(jj(ggggggggggg.(((((((((....)))))))))...ggggggg))))FFFFFFFFFF.ddd))))))...]EEEEE..]E]].]GG]GGGEEEHAAAAA)JJJJJJJJ)A}}}}}}}DDD.JJJAAAAAAAAA...AACCCCCCCGGGGGGG]))).CCC]>>>>>.GGGGGGJJBBB
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((....((((((((((.((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))....))))))))....)))))))..)))))))....))))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((....((((((((((.((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))....))))))))....)))))))..)))))))....))))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.....(((((((((..((.(....)))..).)))))).)).....))))...(((((((((......(((...(((((((((....((((((((....(.((.(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).))))).(((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))).))))))))...))))))))..))).))))))))....)))))))))...)))......)))))))))..))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..(((((((((((..((((....(((((..(((((....((((((........((((.(((((((........(((((((((((...))))))....)))))......))))))).)))).))))))...)))))..)))))....))))..((((....))))......)))))))))))....)))).......((((...............)))).(((((((.(((((....(((((......))))).......((((((........))))))))))))))))))))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(....((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....)))))).........))))))....).)))))).....)).......)))).......)))).....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((((((.......)))))))..........)))).....)))).((((....(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.(((((........)))))....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.(((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((...(((....))).((....)).))))))..))))))))))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((((...))..))))))...((((.((((....).)))))))...((.((((((((((.(((..(((((((((((((((((((((((((((.(..(.((...(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..)..))))))))).))))).....((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))).)))).)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................(............)...(((((((((..((..((.....(((((((......(((((.(............((((.(.((((((((((.(((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))..))).)))))))....)..)))).......).)))))......))))))..)..))...))..)))))))))............
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((.......(((((....................)))))........))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.(((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.((((.(((((........)))))....((((..............))))))))..))))).(((((((((.......)))))))))....((((........))))..(((((.((((....)))).(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).(((.....)))...))))).........)))))..........(((((.((.....)))))))((((...(((((.........)))))......((((((........))))))..)))).((((....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((((((.ddddd.)))))))...((((.....DDDDD....)))).)))...((((((((.(((((aaaaa..)))))(((((..bbb))))).....(((....{{{))).(((((.}}}......)))))BBBAA....AAA...(((((((((....)))).(((..[[[)))..<<<<<<.)))))...........(((...>>>>>>.)))...]]](((((.......ccccc....)))))CCCCC......((((((........))))))..))))))))..))))))))))

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RNA: SRP_00339

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.........(.(.((((((((((.....)))))))...((((...........))))))).)..(((((((..(..(...(((..((((((((((.(((.(.(..((.(....(((((((((((((.(.(((((((.((((((((((((((((....)))))))))))))))).)..((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).))))...))))))..))))))).).)).....).).)))..))))))))))...))))..)..)))))))..)
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((.(((((((.(((((((.......)))))))...)).)))))......(((((((....))))...........((((((((((((((((((((((....((.((.(((((((..(((((..(((((.((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).....)))).)..)))))..).)))))).)).))..))))))....)))))))))).)))))).))).....))..))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((((((.....)))))))...((((...........)))))))...........(((((.......)))))..............................(..(.....)..)((.((.(((((.(.((((((((....)))))))).).))))).)).))(((......((.....(((....))).....))....)))................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((....)))).((((((.......)))))).((((((..((((........(((((..(((((((((....)))).)))))(((((((((((((((....((.((...((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...))))))....))))).))))))))..)))))))...))))..))))))....))))))))).))))))))).....))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((.......))))))...((((...........))))))))......(((((...((...((...(((((((((((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).))))))))....)))))......)))))))))....))))))))))....))))...)))))......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((...((((((((.....))))))))......))))))................(((((((..(.....((((((((((((((((((((((....((....(((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((...((.((....(((....))).))..))...))))))....))))).))))))))))).))))))..))....))))))....)))))))))).))))))..)..)))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((.....)))))))...((((...........)))).......(((((((..(.....((((((((((((((((((((((.....(......(((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....)))))))))))))))))...((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).))).)))).))))))))..)))))))...).....))))))....)))))))))).))))))..)..)))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((......((((((((((.....)))))))...((((.(.......).)))))))....((((((.........((((((.(((((((((((((((....((.(....(((((((((((((.(.((((((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...))))))....)))))...))))))..))))))).).))....))))))....)))))))).).))))))......)))))).))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((.((((((((.....))))))))..))..)))))).............((.(((((((..(.....((((((((((((((((((((((....((.((.(((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((...((.((....(((....))).))..))...))))))....))))).))))))))))).))))))))))....))))))....)))))))))).))))))..)..))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((...(....(((((((((.......))))))...((((...........))))))).....((((((..((....(((((((((((((((.(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))))....((((((....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))..)))))))...)..))))))))).....))))))))).))))))).)..))))))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((....))))((((........[[[[[[[....))))............]]]]]]]...(((((((........((((((((((((((((((((((..........((((((...(((((((((((((((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((............(((....)))..........))))))....))))).))))))))....))))))........))))))....)))))))))).)))))).....)))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((((((.(((((((.......)))))))...))).))))).......)).)).(((.((((((........((((((((((((((((((((.((...((.((.((((.((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).....)))).))))))))..)))))))).)).))...)).))))..)))))))))).)))))).....))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((([[[[[.)))((((((((.....))))))))..((((.]]]]].....)))).......(((((((........((((((((((((((((((((((..........(((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).....)))).))))))))))).))))))........))))))....)))))))))).)))))).....)))))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.....((...((.((((((.......))))))...((((...........)))).))......(((((.((....(((.(..(((((((((.(.((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))).)))))))))).)))).))))))))..))))))))..)))))))))).).....))))))))))....))))).).)))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((....))))(((((((.......))))))).((((...............((((....))))(((........((((((((((((((((((((.((...((.((.((((.((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).....)))).))))))))..)))))))).)).))...)).))))..)))))))))).)))))).....)))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..)))))(((((((...[[[[)))))))((((((...........((((((((...((((((.........))))))((((((((((((((((...........((((((...((((((...)))))).((((((((((((((((....))))))))))))))))....((((((.....]]]]...(((....)))..........))))))(((((((..............))))))).)))))).))))))....)))))))))))))))...)))...))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((...........))))..............................................................................((((((..(((((.(((........(((....(((((((...)).)))))......))).....((((((.....((.....(((....))).....))...)))))).......)).).)))))....))))))...................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(..((((((((((.......))))))...((((....(.....))))))))).....(((((((..((...((...((((((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...))))))))))))....))))))))))....))))..)))))))....)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((...(((((((.......)))))))[[[[[[)))))).....((((((((..(((((((((....)))).))))).((((((((((((((....((.((...(((((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).....)))).))))))))..)))))))...)).)).))))))....))))))))..)))))...)))...]]]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((([[[[))))((((((((.....)))))))).......]]]]...................(((((........((((((((((((((((((((............((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((............(((....)))..........))))))....))))).))))))))..))))))))............))))..)))))))))).)))))).....))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..........(((((........)))))....((((...........))))))))...(((((((........((((((((((((((((((((((....(((((..(((((((..((((((...)))))).((((((((((((((((....)))))))))))))))).....))))))).((((((....((((..(((((...............)))))....))))...))))))..)))))......))))))....)))))))))).)))))).....)))))))...
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((.(((.(((((...((.((((((((..(........).))))))))))..)))))...........((((((((((((((((((((((....((.((.(((((((..(((((..(((((.((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).....)))).)..)))))..).)))))).)).))..))))))....)))))))))).)))))).)))..)))))).))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....)))((((((((((...((.((((((((.............))))))))))..)))))((.....)).)))))..((((((((((((((((....((.((...(((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))).((((((...((.((....(((....))).))..))...)))))).....)))).))))))))..)))))))...)).)).))))))....))))))))))))).((.(((......))).))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.(((((((((((((((((...))..)))))).).)).)))))))....(.......).(((((((((....(..((((((((((((((((((((((.((..(..(.((((((...(((((((((((((((.((((((((((((((((((..)))))))))))))))))....(((((((..(.((.((((((((..)))))))).)))).)))))))))).)))).))))))))....)))))).))..)).))..))))..)))))))))).)))))))...)))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................(..(.(..............(....)..).)..((.(...((.(..........(....(......(..(((...((((((((((.(.....(..(((((((((.(....)))...)))))))..).....((((((.....((.....(((....))).....))...))))))..)...))).))))).)).....)))..)...)..........)..............)...)).....)..))...)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((......)))....((((((((.....)))).))))....((((.......((((....))))((((....)))).(((((.......)))))..)))).((((...(((((((..(((((.....))))).((((((((((((((((....)))))))))))))))).....))))))).((((((.........((((..........))))...((((.......)))).))))))...)))).......((((.....)))).....((((((..........)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((......)))..(((((.{{{{{..)))))....(((..}}}}}....)))((((....))))((((....)))).(((((.......)))))...(((......aaaaa)))...(((((AAAAA)))))...((((((((((((((....)))))))))))))).((((...........[[[[.))))(((..((((..........))))...(((((..<<<..)))))>>>]..(((((........((((.....))))]]]...))))).........))).....

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