|
|
|
GGCGGGUCUCCCCGCAUUGCAGCGCGGUGAACCUGGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCCACAGCCGUUCCCUGCAAGUGCCGGGGGUCAGGCUCGCCACCCCGAACA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))...))))))...))))))))..........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))......))))...................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).)))))...)))))))).......... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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..............(.((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))...))))))..)............................ |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
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Cylofold
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DAFS(seed)
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DAFS(20)
|
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
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IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
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McQFold
|
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|
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Multilign(20)
|
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Murlet(seed)
|
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
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|
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PETfold_pre2.0(20)
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PPfold(seed)
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PPfold(20)
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Pknots
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PknotsRG
|
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ProbKnot
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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RNASampler(20)
|
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RNAalifold(seed)
|
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
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RNAshapes
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RNAsubopt
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RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
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Sfold
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TurboFold(seed)
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
|
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Vsfold4
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..)))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((((..(.....)..).)))))))).....(((.(((........))).)))...(((..(((((((((....))))))))).)))...))) |
Alterna
|
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[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
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Cylofold
|
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[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
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|
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
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|
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Multilign(20)
|
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
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|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
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Pknots
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
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RDfolder
|
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..................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
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[ sec struct ] |
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGUGGCCGGGUCCCAUACAAUAGCUCUCUUGACGAAUCCCGCUAGGUCCGGAAGGAAGCAACGGCACUCGAGGGACUAUGUGAUAUGGGGUGCUCGGCCACUUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((.((.(((.(..(.((.(((((......(((.....(((....))).....)))...))))).)).).)).....)).)).))))))))).))...
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
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|
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
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DotKnot
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PknotsRG
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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|
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[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
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[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((....(((................))).(((((.......................)))))......))))))...)))))))))).... |
|
|
|
UUAUACAUCGUAACUGUAGUUAACAGUUUUGUUGAUUUAGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCUAUAACAAAAUUGUAUACAGUUACGAUGAUGUGUGUUAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(.(.(((((.(((((.((...((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)...))...)))))....).)))).).).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))......) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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..................................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((.....((((((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))))..)))))))))))).))))....... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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..(((((.((((((...(((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))))))))....)))))...... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
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Cylofold
|
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.....(((((((((((((....((((((((((((...........(((....)))........)))))))))))).)))))))))))))............ |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
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DotKnot
|
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Fold
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[ FASTA input ] |
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HotKnots
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IPknot
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[ FASTA input ] |
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MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
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MXScarna(20)
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Mastr(seed)
|
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
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McQFold
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
|
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[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
|
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|
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|
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|
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PETfold_pre2.0(20)
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|
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Pknots
|
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
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ProbKnot
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RDfolder
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RNASLOpt
|
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RNASampler(20)
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|
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RNAalifold(20)
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RNAfold
|
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RNAsubopt
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RNAwolf
(ext)
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RSpredict(seed)
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RSpredict(20)
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Sfold
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TurboFold(seed)
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TurboFold(20)
|
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold5
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|
|
|
GCUGGCGGGCCCCUUCGCAUGGUUCGGCGGUGAAUCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCAUAGUCGUUCAGAACCAGUGCCGGAGUAAGGCUCGCCUACCGGUAUCCCU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))).)...)))))))).............
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
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[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
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|
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Cylofold
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|
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DotKnot
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MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
|
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MXScarna(20)
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
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McQFold
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Multilign(seed)
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Multilign(20)
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Murlet(seed)
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Murlet(20)
|
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NanoFolder
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|
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
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PPfold(seed)
|
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PPfold(20)
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Pknots
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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ProbKnot
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|
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RNASLOpt
|
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|
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
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|
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RNAalifold(20)
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
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TurboFold(20)
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|
|
|
CCUAGGACCCGUACUAUCAAGUGUUGCUAAACCCCGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCGGUAAGCGAUUUUUUUGGUGAGUACGCAAGUCUUAGGUUGA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
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|
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Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
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CentroidHomfold‑LAST
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|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.[[[[.((((((((..((.{{{..))<<<<<<<<<))))))))((..}}}))>>>>>>>>>.))))))...))))))))]]]] |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....))))(((((..((((((.......)))..)))))))))))...(((((((.......)))).)))..)))))))).... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((..................))))..))))))...))))))).)))))...)))))))).... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((.((((((((..(((......)..))...)))))))).((..)).(..).)))).).)))))).).))))))))(..) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................((.........(...(....).....).......)).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.(((((((.....................))))))).............)))))).))))))...)))))))).... |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((....)))...((((.....................)))).))).((((.......))))..(((.((....))))).)))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....)))...((((.....................)))).)))).(((.......)))..((((.((....))))))...... |
|
|
|
GGGAGAUUGGCGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGGUCCGGAUCGGGUCGCUCGUCAGUCUCCUACCUGUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((..(((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))))...))))))))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(..((.((..(((((((.(((((....((((......(((....)))....((((....).)))))))..))))).)))))))..)).))....).)))) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((..(((.....(((((.....)))))..(((((((((((.......))).......))))))))..)))..)))))))))))))......... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((....)))..................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..((((((...(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))))...))..)))))..))............ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((..((((....))))..)))))............................................. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((....(((.....)))............(((((((((((.......))).......)))))))).......)))))))))))))......... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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........(((((...(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....))))))...))..))))................. |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
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......................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).....(((.((((................)))).)))))))))))))))......... |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((....((((...)))).......((((.((((((((....................)))))))).))))..)))))))))))))......... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))........................................ |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((....((((......((((....(((....)))....))))...)))).......)))..)))).))))))))))))......... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((...))))))).))((((....(((....)))....))))....((((.((......)).).))))))))))))))......... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((..(...((((((((((((..))))))))))))..)))))....))))).)))))).))))))))))))......... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.............(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))...............))))......... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))..(((((..((......))...)))))..)))))))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))...............(((((..((......))...)))))...))))........... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))...[[[[[[[.....(((((.(((.....)))...)))))...))))....]]]]]]] |
|
|
|
GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCACGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCCUUUCU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..))))))))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))))))((((..((..((..(((.......)))..))..))..(((((((....)))))))........)))).)))) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((..............))))))..((((....(((....)))....)))).............................................. |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))..)))))))))))......... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((....)))...................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))....)))))............ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((..((((....))))..))))).............................................. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((.....))))..)))..((((.......)))).(((.......)))..........(((((((....)))))))))))))))......... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..))))))......... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))......... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
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|
[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
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|
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|
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PETfold_pre2.0(20)
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|
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|
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(ext)
|
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|
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RSpredict(20)
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UNAFold
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|
|
|
GGAGAUUUCUGUUAGUCCUAAACACUGUUAAAUUGAAUAAUUGGUCAGAUCUGGAAAGAAGCAGCCAAAUCAAUCGAUACAGGUGUUUUGAUAUAGCUAACAGAAUCUCCUAUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((..(((((.((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))))...)))).....)))))))))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
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|
[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
|
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|
[ FASTA input ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.(.(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).))))))).).....))))))))))))))).... |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........((((((.(((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))....))))))........)).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((.....(((((....((((((((..)))..........))))).))))).......))))))).......))))))))))))))).... |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).))))))......................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).))))))......................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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.................................................................................................................. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
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[ sec struct ] |
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))).))))).......))))))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(seed)
|
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RSpredict(20)
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Sfold
|
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(((.......))).(((.......))).((((..................))))...........)))).((((...........)))).))))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GAGUUAUCUGUUAGCUCCAAACACUGCAAUAUUGAAUAGUUGGUCAGAUUCGGAAGGAAGCAGCCAAAUCAAUUGAUACAGGUGUUCUGAUAAAGCUAACAGAAACUCCUAAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((..(((((((((.((.((.(((.(..(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))...).))))...).))....))))))))).))))).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((((((....)))))))))))............................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.(((((((((....(((((....(((((....(((....).))...))))).))))).....).)))))).))....)))))))))))))))..... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
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[ sec struct ] |
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Cylofold
|
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
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DotKnot
|
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Fold
|
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HotKnots
|
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IPknot
|
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[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((((..).))))))))))))))))))))))))).)))).))...))))))))))))))))..... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.......((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)).)))))...))))))........)).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((..............................((((....(((....)))....)))).................................))............ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
|
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RNAfold
|
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(seed)
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RSpredict(20)
|
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Sfold
|
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GACGUGACGGGCCUCCUCGCAUGGUGGGGCGGUCAACCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCACAGCCGUUUUCCGCCAGUGCCGAGGGUCGGGCUCGUCACCUCCG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))...... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
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Cylofold
|
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|
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DAFS(20)
|
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DotKnot
|
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Fold
|
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IPknot
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MCFold
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|
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|
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
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Murlet(20)
|
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NanoFolder
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|
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PETfold_pre2.0(20)
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RNASLOpt
|
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|
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RNASampler(20)
|
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|
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RNAalifold(20)
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RNAfold
|
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
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[ FASTA input ] |
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RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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............................................................................................................ |
Alterna
|
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[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
CMfinder(seed)
|
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............................................................................................................ |
CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
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Carnac(seed)
|
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Carnac(20)
|
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............................................................................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
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CentroidFold
|
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
|
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Contrafold
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Cylofold
|
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DotKnot
|
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MCFold
(ext)
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|
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MaxExpect
|
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Murlet(20)
|
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NanoFolder
|
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RNAalifold(20)
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RNAfold
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RNAsubopt
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RNAwolf
(ext)
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RSpredict(20)
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Sfold
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TurboFold(20)
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
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|
|
|
GGAGAUCGGCGCGGACGGAGUCCUCGCCAACCUGGUCAGGGCCGAGAGGCAGCAGCCACAACGAGAUCACCUCUGGGUCGUCUGCCGGUCUCCACCUCAUUUUCCUCGAAAUU |
Reference structure (ext) |
|
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
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|
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CRWrnafold
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Carnac(20)
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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ContextFold
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Contrafold
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Cylofold
|
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DAFS(seed)
|
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DAFS(20)
|
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DotKnot
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HotKnots
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MCFold
(ext)
|
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|
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[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
|
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McQFold
|
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|
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Multilign(20)
|
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|
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Murlet(20)
|
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NanoFolder
|
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|
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|
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PETfold_pre2.0(20)
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PPfold(seed)
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Pknots
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PknotsRG
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RDfolder
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RNASLOpt
|
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RNASampler(20)
|
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RNAalifold(20)
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RNAfold
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
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RSpredict(20)
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UNAFold
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Vsfold4
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|
|
|
GUAAGUUGGGGACCUUUUAAGAGAAGAGACCUACGAAUCGGGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCCCUAAGAAGUGUUUUCUUUUGCUAGAAGUGUUCUCCAACUUACUCUUCUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(..(((.((....(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..))))))..........)).)))..).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
|
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[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
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|
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Carnac(20)
|
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CentroidFold
|
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|
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ContextFold
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(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((......)...(((((.......))))).((.(((.((...)))))))(((((((((....))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................(.(..(.(........(.............(...).............)..........))........).)....).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................(........(...............).....) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((((.((((.........))))..................................)))))..)))))).)).)))))))))))......... |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((....(.....((((....(((....)))....))))......)...))))))))..)))))).)).)))))))))))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((......((((.....)))).(((((.......)))))..)))).((((.(((((.....(((((.....))))).))))).((((........))))...)))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((((.....)))).(((((.......))))).....((((....(((.((....{{{.))))).(((......)))[[[....}}})]]]...))))))... |
|
|
|
GUAAGUCGGGGACCUCUUAAGAUGAGAGACUUCUGAACCGGGUCAGGAUCGGAAGAUAGCAGCCCUAAGGAAAGGCCUUUUGUGCUAAGAGUCUUCUCUGACUUAC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(.((((((((.(((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))).)))))))...)))))))))...
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...)))))))))))) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))..))))))...)))))))))))) |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))........ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((((((....)))))))))))......................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.........))))))))))..))))))...)))))))))))) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
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Cylofold
|
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
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HotKnots
|
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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....(((((((((.((((.((((.((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..)))).)))).))))...))))))))).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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.((..............................(......(((....(((....)))....))))......................................)). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RDfolder
|
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[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
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RNAalifold(seed)
|
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAfold
|
[ FASTA input ] |
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGGUAAGUUGGGGGCCUUUUAAGAGAAGGAACCUGCGAAUCGGGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCCCUAAGGAGAGUUUUCUUUUGCUAAAAGAAUGUUCUCCAACUUACUCUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..)))))).....))))))))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
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[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
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[ sec struct ] |
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IPknot
|
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[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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((......((((((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))...)))).)))))))..))...))))))......)).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
|
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PPfold(20)
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Pknots
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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ProbKnot
|
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[ sec struct ] |
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
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|
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RNAalifold(20)
|
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RNAfold
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|
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RNAwolf
(ext)
|
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
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|
|
|
GGAGAGUAAGUCCUAUACAGCAUUCUCUUGCCCAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUCCGGUAAUGUGAGUGCGUGAUAUAGUCAGCUUGCUCUCCUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((((((((.((((...(.((.(.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....)).).))..)))))...)))))))))).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))....)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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|
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
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|
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|
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|
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|
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MaxExpect
|
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|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((......(((....(((....))).)))......)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((..((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......))))))....)))))...))))))))))).... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((......(((....(((....))).)))......)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((......(((....(((....))).)))......))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((...((((....(.(((((((((((((((..))))))))))))..))))...))))...)))))))))...))))))))))).... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......................(.(....(((..((....(((....)))....))................).))....))...........)...))). |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................(.(.......(...................)...).) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).)))))...))))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((..............)))).....(((((...........)))))..((((....))))..........))))))))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......)))))).(((.....)))))))))))))).... |
|
|
|
GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...))))))).........)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((.(((...(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)))..))).))))....))))))........... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))))......... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....)))...................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))....................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)))).))))...)))))))))......... |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((((((....((((......))))...............))))))..))))))....))))))...))))))))......... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...)))))))))......... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((...(.((((((((((((((((..)))))))))))).)))))..)))))))).)).)))))...)))))))))......... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...)))))))))......... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGCAGCCGCAGGGGUCCCCUCGCGACGAAUUGCCGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGCGGUGGAUUUGGGUGCCGAGGUGCGGCUUUUGUGGCUGUCUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((..((((.((((((((..(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).)...)))))...)).)))).))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).))))).).))))))))))))))....)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..))).))))...)))))))))))))))).... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))............... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((.......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).........)).)))))...)))))............... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))).))))))..)).)))))...)))))))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((.((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))..)).))))).).)))))))))........... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((((..(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).)...)))))...)))))))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((...(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).)))))).....)))))...)))))))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
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|
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PETfold_pre2.0(20)
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
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PknotsRG
|
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|
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|
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RNASLOpt
|
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|
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
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(ext)
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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|
|
|
GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..((.(((((.(((...))).).))))..............((((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))...)))))))))))...))..)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.((((((..(((....(((((....)))))..(((....)))....)))....))))))..))).)))))...)))))))))).... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))......)))))....... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((((((((((....)))))))))))............................................ |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......................................(((((((((((((.((..(((((....))))).....)).)))))))))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...).)))))....)))).......... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))).)...))))))...)))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......))...(((....)))...............(((((((((((((.(((.(((((....)))))..)..)).)))))))))))))))))).... |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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((((.[[[[))))....]]]].....((((((............[[[[[[[[[[[.......(((((....)))))))))))....]]]]]]]]]]]......... |
Fold
|
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((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... |
HotKnots
|
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IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
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|
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MXScarna(20)
|
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....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
Mastr(seed)
|
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[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
Mastr(20)
|
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MaxExpect
|
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
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.......................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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.......................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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.......................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
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|
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|
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|
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.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
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....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
PPfold(seed)
|
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PPfold(20)
|
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Pknots
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|
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|
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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|
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|
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|
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RNAalifold(20)
|
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
|
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((((((((((.(((((((...))((.((((((............(((....)))((((.((.....)).))))...)))))))))))))...)))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
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Sfold
|
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TurboFold(seed)
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[[))))....]]]].(((.((((((...(((((....))))).....(((..((.....))..)))...))))))))).((((....))))........ |
|
|
|
GGAGGCCCUGUCGGUUCUCCCGCAACACUAUCCUGUGGACUCGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCAGGAGACGUGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCGGGGCCUCCACCAAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(.((.((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))).))).)).).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))).......)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(seed)
|
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[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
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CentroidFold
|
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
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DotKnot
|
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Fold
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
|
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McQFold
|
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|
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|
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Murlet(seed)
|
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|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
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[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
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PETfold_pre2.0(seed)
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PETfold_pre2.0(20)
|
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PPfold(seed)
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PPfold(20)
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Pknots
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PknotsRG
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ProbKnot
|
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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|
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RNASampler(20)
|
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|
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAfold
|
[ FASTA input ] |
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
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|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
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Vsfold4
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GCCCUUAGGGGAUAUGAUAUAUUAUUGUCGAACCGUGUCAGAUCUGGAAGGAAGCAGCACUAAGAUUUAUAGUAUAUGCAUGUCUUCCUAGGGGUAUCU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(..(((.(((((((((.((((((...(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))))..)))))))....)))..)..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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CentroidFold
|
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(ext)
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((......))))).........((((((.................))))))....(((....)))...)))))))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((......)))))....((((..[[[[[...........))))..]]]]].....(((....)))...)))))))))).... |
|
|
|
GGAAACCUUCUCGGUCUCUCGCAACGGUGUCUGGUUUACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAAGUCGGAAUUACUGUGUGCCGAGAAGAAGCUGGGAAGGUUUCCGCC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))...)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
CMfinder(seed)
|
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................................................................................................................. |
CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
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|
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Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
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CentroidHomfold‑LAST
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ContextFold
|
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Contrafold
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DAFS(20)
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DotKnot
|
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HotKnots
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MCFold
(ext)
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MXScarna(20)
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Mastr(20)
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McQFold
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Multilign(20)
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Murlet(20)
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NanoFolder
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PPfold(seed)
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Pknots
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RDfolder
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RNASLOpt
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RNAfold
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RNAwolf
(ext)
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TurboFold(20)
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UNAFold
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Vsfold4
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
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|
|
|
UGCUUCCUUAUAGACUUAUGCAAUAGGUUUGUGAGACAACGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCAUCUCAUAAAUUUGUGUGCCAUAAGCACCUGUAAGGGAGUUAGAUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((.(((((((.((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))...))))))...)))))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
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Carnac(seed)
|
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Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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ContextFold
|
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Contrafold
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DotKnot
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HotKnots
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IPknot
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MCFold
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|
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MXScarna(20)
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Mastr(seed)
|
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Mastr(20)
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MaxExpect
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McQFold
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Multilign(seed)
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Multilign(20)
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Murlet(seed)
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Murlet(20)
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NanoFolder
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|
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PETfold_2.0(20)
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PETfold_pre2.0(20)
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PPfold(seed)
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PPfold(20)
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Pknots
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PknotsRG
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ProbKnot
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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RNASampler(seed)
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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RNAalifold(20)
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RNAfold
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RNAsubopt
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RNAwolf
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RSpredict(20)
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TurboFold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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Vsfold4
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Vsfold5
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|
|
|
CUCUUAUUUAGACCUAUGCAAUAGGAUUUUAGGGUAACGCUUCAGGGUAGGAAUACAGCAGAGUCCCCUAAUUUCUUGUGUGCCUUAGCCAUCUGAAUAGGAG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
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|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
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Carnac(20)
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........((((((..((((((...............................))))))..))))))............)))))))))))) |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((.............)))))...(((.((((((((((....(......)...)))))...)))))))).((........)))))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(..(.(........(.((................(......)............))).........).)..).. |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....))))....(((((((.(((.......((((...............)))).......))))))))))....)))))))))))) |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......((((.....))))......(((.....))).[[[[))))).....((((((..]]]]...))).)))....((((..........)))).. |
|
|
|
GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAGUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..)))))))........))) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((...((.((....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....))..))..))))........................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))........................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.........(((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....))).............)))))................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((.(..(((((......(((.((....)).)))....)))))).))))))..))))..))))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..)))............... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(.((((((.......))))))((((((.(..(((((......(((.((....)).)))....)))))).))))))).))))..))))))))))........ |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((((.......))))))((((((.....(((....)))..((((.{{{...)))).}}}[[[[..))))))........))))))))))]]]].... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...................(.....(........((((....(((....)))....)))).....)......).......................)))............ |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).))))...))))..))))))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).)))))...))))..))))))))))........ |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((............(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))).))).))))..............)))))........ |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).)))).).))))))))................ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..........((((.((((.((.(((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))..))..))))...))))..)................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((.((((((.......))))))[[[[[[....[[[[[...)))).((((.......))))...]]]]]..]]]]]]........))))))))))........ |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((....(((((..........................)))))..)))))).......................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(.....)(((.....(((....))).....)))................................................... |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))..))).))))...))))..))))))))))........ |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((........((((....))))..((((((....(((((........((((.......))))...)))))..))))))..))))..))))))))))........ |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((.(((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)).))..))).))))...))))..))))))))))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..))))))))))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))))))).))).)).))))).).))))))))))))))))........ |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........(((((.(((((...((....(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))).)....)).....)))))...))))............)..).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(..((((.(((((...((....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)).....)))))...))))..)................. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..))))))))))........ |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((((..(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)))..)))...))))..))))))))))........ |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))).(((((.((((...............))))..(((((........((((.......))))...)))))..))))).((((((.....)))))).)))..... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....))))..((((.(((.[[[[........)))....]]]]..........)))).(((({{{.{{.))))......}}}}}.((((((((((.....))))).))))).... |
|
|
|
GCAAGCCGCAUCGGUCCCCUCGCAAUGAUACGCUGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAACAGCGGACUCGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGCGGUGAGCCGCCCAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))))..))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.((((((.....((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))))))))).((.((((....)))))).)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((..(.....(((....))).....)))................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))........................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))))))))............... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))...))))))))))))..))........ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.((((((((.((((((..(..(((.....(((....))).....)))).)))))).).)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((..............((((((..{{{{{(.....(((....))).....{{{..))))))...........)}}}}}..))))))))))))...}}}...... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))..))........ |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........ |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))........ |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.......((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).)))).).)))).......))....))..... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((..((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))).))).)))).).))))))))................ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(...........................((((....(((....)))....)))).............................)..................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((..(.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((........((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...........)))))...))))))))))))............ |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............ |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((..((((..((((((.................................))))))...))))....)))))...))))))))))))............ |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..................................(((....)))....................................))))................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........ |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...)))))))))))).....))..... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..(..)((((.......((((((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))))))..((..)).))))))))))(((.(((((..)))))))).. |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........(((((.(((((..((((...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))....))))....)))))...)))))..........)........ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........ |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)))..)))...))))))))))))..))........ |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.(((((.........)))))..................))))....(((((((.........)).))))).)))))))))...((((....))))..... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).((((((((....{{{{{)))))...((((...........}}}....[[[......))))...]]]..<<<<<.}}))).>>>>>((((....))))..... |
|
|
|
GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))........)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).))))....)))))))......... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).)))))...))))))))........ |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........((((.....................(((....)))..................)))).............))))))))........ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).)))))....)))))........... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((((((((((......(((((((((((....)))))))))))...))))))))))).)).)))))...))))))))......... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))))...))))))...))))))))........ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((.............((((....((([[[.)))....))))..]]].....))))....))))))...))))))))........ |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....))).))).))))))...))))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
HotKnots
|
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IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
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[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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.(((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))........)))). |
MXScarna(20)
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|
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...................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
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McQFold
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Multilign(20)
|
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.(((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...)))))))......... |
Murlet(seed)
|
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Murlet(20)
|
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..((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).))))))...)))))).......... |
NanoFolder
|
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|
[ FASTA input ] |
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|
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PETfold_pre2.0(seed)
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PETfold_pre2.0(20)
|
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PPfold(seed)
|
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PPfold(20)
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Pknots
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PknotsRG
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|
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|
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
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RNAwolf
(ext)
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RSpredict(20)
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Sfold
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TurboFold(seed)
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
|
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Vsfold4
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
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|
|
|
GCCCAUAGAGGAGGAUCUUCAACGUUUUGAAGAUGUGUCAGGACUGAAAAGAAGCAGCACGCAAAACGCUUCGAAGUCGCCCCCAUUCUAUGGGUGCCGUACC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
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CMfinder(seed)
|
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CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(seed)
|
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Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
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Contrafold
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Cylofold
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DotKnot
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Fold
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IPknot
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MCFold
(ext)
|
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|
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Mastr(20)
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MaxExpect
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|
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NanoFolder
|
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PETfold_pre2.0(20)
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RNAalifold(20)
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RNAfold
|
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
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Sfold
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[ FASTA input ] |
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UNAFold
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[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
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[ sec struct ] |
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|
|
|
GGCGGGCCUCCCCGCAUUGUGAGGUAGUGAAUCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCUAUUUUUCGCAAGUGCCGGGGGUUCGGCUCGCCACCCGUAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
|
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[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
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CRWrnafold
|
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
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Murlet(20)
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NanoFolder
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RSpredict(20)
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UNAFold
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|
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|
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|
|
|
GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))........)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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...................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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((((((((..(((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...)))))...))))))))........ |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
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...................................................................................................... |
Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
|
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Contrafold
|
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Cylofold
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DotKnot
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MCFold
(ext)
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|
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NanoFolder
|
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PETfold_pre2.0(20)
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RNASLOpt
|
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
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RNAwolf
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RSpredict(20)
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Sfold
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TurboFold(seed)
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TurboFold(20)
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UNAFold
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Vsfold4
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
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|
|
|
AACCGGGGACCUCAUGGAAUAAAUUAGUUCGAACCAGGUCAGGACAGGAAUGUAGCAGCCUUAAGAAUCAUACUUAUGCCUUGAGAUAAUCUCCGGUUUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
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CMfinder(seed)
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CRWrnafold
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Carnac(seed)
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Carnac(20)
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
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Contrafold
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Cylofold
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DotKnot
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Mastr(20)
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MaxExpect
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NanoFolder
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|
|
|
GGAAACCUUCUCGGUUCCUCGCAAUGGUGUCUGGUUUACCCGGUCAGGUUCGGAAGAAAGCAGCCAAAGUCAGAAUUUCUGUGUGCCGAGAUCAAGCUGGGAAGGUUUCCACCCAACG |
Reference structure (ext) |
|
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
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CentroidFold
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[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.(((...(((.(((..((((......))))...))).))))))....(((.....)))..)).))))....))))))))))))))))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).))).)))....))))))))))))))))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((..((......))((((........).)))..((..)).))(((((..(((.......))))))))...(((..)))))))))))))))))))........ |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..............................((........(....(.((.........(.((.......(...)....)))......)).)....)..........))..)).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................(....(.(.....(......).....).)...). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.......(((...............(((....)))............)))..........))).)))....))))))))))))))))........ |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((..(((((.......(((....(((....)))....)))....)))))....)))).)).))))....))))))))))))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((..(..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)..).)).))))....))))))))))))))))........ |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....)))).((((((..((((.......))))(((......))).......((((...............)))).)).)))).......((((..........))))... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((..[[[)))))).......((((...{{{{)))).(((..(((.............))).....(((.....)))...)))}}}....}]]](((..........))).... |
|
|
|
GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUAACUUGUUAACUUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAUAGCAGGGGAUGUGUGUGCCGGGAUGUCGCUGGCAGAGCCCUCGCCAAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..(.((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..))))))))..))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))).......)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((..((((...((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).....))))....)).................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....)))))))))))))))....... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....))).......................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.........(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...........))))).......... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))........................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..)))))))))))))))....... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.((((((((((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))).)).))))).)..)))))))).............. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..)))))))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..)))))))))))))))....... |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((.........(((((((...........(((....)))........)))))))............)))))....)))))))))))))))....... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((...((((...(((.......((((....(((....)))....))))....)))....)))).....))))....))))))................ |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(((((..((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....))))....)))))........)))))))))))....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..)))))))))))....... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))........))....... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).))).)))).).))))))))............... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))............... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(........(((((..(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))....))))))................ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))..)))))))))))....... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((...((((((.((((.......))))..((((....))))..)).)))).)))).((((.((.....)))))).(((((.......)))))....))))........ |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....[[[[[[.))))).....]]]]]].((((...........{{{{{{.....))))..((((.((.....))))))..}}.}}}}.....((((.((....))))))... |
|
|
|
GAGGCCCCCAUUGGUCCUCCCGCAACACUAACCUGUGAACUCGGCCAGACCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAGGUGACGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGUGGGGGCUUCCACCCAUCU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.(((.((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))).)))..........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))........).) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))...)))...................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))............................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))............................................. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))................ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))))))......... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))).............)).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))................. |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))..)))................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
|
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ProbKnot
|
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))..)))))))))))......... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.((((((((..(..((.(.((((((..))))).)).))))).))))))..)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))....((((.........))))...((((......))))..((((((..(((((..........)))..(((((.......))))).)).))))))........ |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..)))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))...................))))))..))))))......... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((..((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))..)).))))))...)))))))....... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).))))....................))))))..))))))))....... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))....... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.....((...........((((....(((....)))....))))...........))......))))))..))))))))....... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.....((((...(((((((..)))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((....))).......((((...........))))............................... |
Murlet(seed)
|
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[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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.................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
|
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PPfold(20)
|
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Pknots
|
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PknotsRG
|
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ProbKnot
|
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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|
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|
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.(((((((.................................(((....)))...................................)))))))........ |
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|
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.........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).................................... |
RNAalifold(20)
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RNAfold
|
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
|
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Sfold
|
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TurboFold(seed)
|
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..................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
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[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGUGGCCCCAUCGGUCCCCCCGCAUUGAUUACCCGUUAACCUGGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCCAUAGCGGGAACAUCGAGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGGGGCCGCCUCCAUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.(((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...))))))...)))))...)))))))))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).))))).).)))))))))))))).......)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
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Cylofold
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DAFS(seed)
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|
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DotKnot
|
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Fold
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HotKnots
|
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IPknot
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MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
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MXScarna(20)
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Mastr(seed)
|
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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NanoFolder
|
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PETfold_2.0(seed)
|
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|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
|
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Pknots
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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RNASampler(20)
|
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAfold
|
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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|
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGUGACCCCAUCGGUCCCCCCGCAACGAUUACCCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGGAACAUUGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGGGGGCACCACCUAUCU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
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Cylofold
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DAFS(20)
|
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DotKnot
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Mastr(20)
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MaxExpect
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Murlet(20)
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
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|
|
|
GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUACUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAUGACGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCAGGGCCCCCACCCAAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))........)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((.......(((....(((....)))....)))....))))............................................ |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...))))))))))))))))........ |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.................................(((....)))...................................))))))))))))))))........ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....)))..................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).))))))))))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).))))).).)))))))))............... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))).)..)))).)).))))).).))))))))))))))))........ |
Cylofold
|
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((((((((((((((((.(((((..((((...((((((............(((....))).........))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........ |
DAFS(seed)
|
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[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.((((...(....((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....))))......).....)))).).................. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(((((..((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....))))....)))))........)))))))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
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IPknot
|
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[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).)))).).))))))........))........ |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))................ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))).)))................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))..)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((...(((((((.............................)))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........ |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......((((....(((....)))....))))...))))............................................ |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........ |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).)))).).)))..)))))))))))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((.(((....(((.....))).(((...........................))).)))..)).)))))....)))))))))))))))........ |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGUGACCCUAGGGUCCCCCCGCAAUGAUAACUUGUGAACUCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAAGCGACUCGUGUGCCGGGGUGUCGGCUCUAGGGGAACCUCCAAAU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((..(((((((.(..((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))....).)).)))))..))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..........)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))....)))................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....))).......................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))....)))))................. |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))........................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).)).))))).)..)))))))))............. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))....))))))))))..)))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).)))).)..))))))))))..)))....... |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(...........................((((....(((....)))....))))..............................)................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((((..)))))))))))).))))))))).)))).))))))))....)))))))))))))))....... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((((((((((((((((...(((((....(((((....(((....)))....)))).))))))....)))).)).))))).)..)))))..)))............ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........((((((((.((.(((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))..))..)))).).)))..)))............... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..<<<<<<<<<<...<<(..{{{{...{{{{(...[[[[[[...))))>>...((((.....((()}}}}....}}}}aa]]]]]].))).>>>>>>>>>>..AA)))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((.....((..((((((..(..((.((((((((..)))))))).))))).))))..))..((..))))))).)..)))))))))).))))....... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(................................(.(...(........................(...)......................)....).)........)........ |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
CUCCACCAGUCCGCUAGCGACCCUGCGGAAACGCGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCGCACCGCCGGGUCGCUAGGUGGACAGCCUGCAGAUGUGGCGGAAUUGG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((.(.((((..((((((.(((((((....((((....(((....)))....)))).))).))))))))))))...)).)..)).))...............
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))......)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((.((((...(((......(((....)))....)))..)))).)))))))))).))))).(((.........)))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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......................(.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)....................................... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.(.(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).)..)).))............... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
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[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
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|
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DotKnot
|
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HotKnots
|
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IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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........................................................................................................ |
Mastr(20)
|
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MaxExpect
|
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McQFold
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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........................................................................................................ |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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........................................................................................................ |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......((((((((((.((((....((((..................)))).)))).)))))))))))))))....((((.......))))...... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....))))))))..... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).))))))...((((....)))).)))..... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....))))))))..... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((((..(((...(.(((((((((((..))))))))))).))))..))))))))).)))))).)((.(((..)))))(..)).))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(................((.(..(.((.........(.(..(......((......))...)).)..................).)..)....).)))...... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....))))))))..... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).((((.....))))........))))).))))) |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....[[[[[[.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).[[[[)))..]]]]........]]]]]]..... |
|
|
|
GACUCGGGCCAUGCGGCUCGGACGCCCAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGGAGCAGCCACACGGGAUGCUCAGAGCAGGCGUGGACUCCGGGUCACCCAACU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.(((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).)).))))..))))))..))))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....((....)).....)))............................................ |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........ |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...))))).......... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((....).).))))).))))..))))))..))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.((.((((.....((((.....((....)).....))))...)))...))).))))..))))))..))))))))........ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))...)))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
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RNAfold
|
[ FASTA input ] |
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))....(((((....((((((....))))))...((((..((.....))..))))......))))).....)))))))........ |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))....(((((....((((((....))))))...((((..((.....))..))))......))))).....)))))))........ |
|
|
|
GGCUCGGAAUCAUGCGAUCGCAACGCCUCAACCUUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAAUACGGGAUGCUUGCGAUAGGCGUGAUCUCCGGGUCACCCUCUG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))........ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
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[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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...................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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Sfold
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TurboFold(20)
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[ FASTA input ] |
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UNAFold
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[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
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[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).)))))))...))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).)).))))))...))))))))...)) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
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Contrafold
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Cylofold
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|
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DAFS(20)
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))).)).))).))).)...))))))).).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((...((((((((((((...((((((...)))))).(((.......)))..)))))).)))))).....)))))))...)))))))).... |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))........................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((.(((<<<(.{{{{{(...aaa.)))..(((((((...[[[[.)AAA...)}}}}}>>>)))))))..))))))...)))))))))]]]] |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).)))).................. |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).)))).................. |
PETfold_pre2.0(20)
|
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....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
PPfold(seed)
|
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......................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
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PknotsRG
|
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ProbKnot
|
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RDfolder
|
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......................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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..((.....................((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))......)).......................... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((....))..))))...(((((.....))))).......((((.....((((((......)))))).)))).....)))))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
|
|
CCCGGGGCCUAUGCAAAAAAGGUUUUUCGAACCCCGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAGAUUAAUUCUUUUUGUGCCGUAGUGUUCCCGGGUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))))))...))).))))).)).....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
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CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
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Cylofold
|
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
|
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MXScarna(20)
|
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))............... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
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[ sec struct ] |
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........))))......(((...........(((((((((...[[[[[[......)))))))))]]]]]]...))))))))).... |
|
|
|
UUAUAAUAUAUAUGUCAUUACAAUAUUAAGUAGCGAACCUUGUCAGGCCAGAGAUGGAGCAGCAAUAGCAAUAUCUUUUUAUGUGUGAUGACAUAUAUUAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((.((..((((.((.....((((....(((....)))....))))..)).))...))..))))..)))))))))))))...
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
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Contrafold
|
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Cylofold
|
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(seed)
|
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MXScarna(20)
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Mastr(seed)
|
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
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McQFold
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|
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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..................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
|
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|
[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
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Pknots
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
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RNAalifold(20)
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
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RNAwolf
(ext)
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
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Sfold
|
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TurboFold(20)
|
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UNAFold
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Vsfold4
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[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ sec struct ] |
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|
|
|
GGGGGCCCUGGUCCUCCCGCAACACUAGUUCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGAUGAUGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCUCC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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.....(((((((((((((((...((...(.((......((((....(((....)))....))))...)).)....))....)).)))).).))))))))..... |
DotKnot
|
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(((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...))))))))))))) |
Fold
|
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HotKnots
|
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IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
|
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MXScarna(20)
|
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|
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........................................................................................................ |
Mastr(20)
|
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MaxExpect
|
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McQFold
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|
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Multilign(20)
|
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|
[ FASTA input ] |
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........................................................................................................ |
Murlet(20)
|
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NanoFolder
|
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|
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|
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|
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...............((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................. |
PETfold_pre2.0(20)
|
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PPfold(seed)
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........................................................................................................ |
PPfold(20)
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Pknots
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PknotsRG
|
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|
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RDfolder
|
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|
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
|
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(20)
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TurboFold(20)
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UNAFold
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[ sec struct ] |
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Vsfold4
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Vsfold5
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[ sec struct ] |
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|
|
|
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Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...))))))))))))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
|
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[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
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CMfinder(20)
|
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CRWrnafold
|
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Carnac(20)
|
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CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
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CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
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ContextFold
|
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Contrafold
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DotKnot
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(seed)
|
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MXScarna(20)
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Mastr(20)
|
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MaxExpect
|
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Murlet(seed)
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Murlet(20)
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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PPfold(seed)
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PPfold(20)
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Pknots
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PknotsRG
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RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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|
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
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RNAwolf
(ext)
|
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|
[ FASTA input ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
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Sfold
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TurboFold(seed)
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[ FASTA input ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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UNAFold
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Vsfold4
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[ sec struct ] |
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|
|
|
UUCCAGCAUACAGCAAUAUUUUUAUUAGUAAAUUCGAUCAGGUCCGACAGGAAGCAAUCGUAGCUACAAAAAGUAUGUGUAUAGUAUGCUGGAAAAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((...(((.(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..))))))))..)).....)))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
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Alterna
|
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CMfinder(seed)
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CMfinder(20)
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CRWrnafold
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Carnac(20)
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CentroidAlifold(20)
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CentroidFold
|
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(ext)
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[ sec struct ] |
.((((((((((...((((....))))........((((..................))))....((((.........))))..))))))))))..... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((...((((....))))........((((..................))))....((((.........))))..))))))))))..... |
|
|
|
GGUGGCCCCGUCGGUCCCUCGCGACGCUAGAUCGAAAAUCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUCGAUUGAUGCGGGCGCCGAGGUCAACCGGCGGGGACACCACCCCACUC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).)))).........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))........)))).) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.............)))))..............(((....))).((..((((....))))..))...................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...))))))))))...)))))...... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))........................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((.(((((....))))).)))))................................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))............... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).))))......... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((........((((((....[[[[[....(((....)))..........))))))...]]]]]...)))))...))))))))))...)))))...... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((...(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).....)))))...)))))))))).))))......... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))...)))))...... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))..))))))))))))))((((((((((..))).))))))))))(((((.((...)))))))(((..)))...))))). |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...(...(.(((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))...)).............. |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.((((...((((((.(((..((((.......((((....(((....)))....))))....))))...)))..))).))).....)))).))................ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((.......))).....(((((....((((...........))))..........)))))...)))))...))))))))))...)))))...... |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((..((((.....................................))))....))))))).............. |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((....(((....))).))........................................................ |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((.(((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((...((((..(((((.............((((...........)))).....)))))...)))).)))))...)))))))))).))))......... |
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.................................(((....)))...................................)))).................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))...)))))...... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))))).)))).)).)))))...)))))))))))))))......... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......................................((.(...((......(........((......((.....))...))....)...))...).))........)).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................((..(...........(..............((....))..............)......)..)) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((........))))).............(((((....((((...........))))(((....)))))))).((((........))))((((......)))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....((((((..[[[[.......)))))).....)))))...((((...........))))(((....)))]]]]..((((........))))((((......)))).... |
|
|
|
GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....)))))))))))))))
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) |
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((..((((((.(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....))))))))....... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))...)).)))....))))))))))))))) |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....))).................................................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).......... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((..((((....))))..))))).......................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))))))...... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....))).......................................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((...(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...))).....))))....))))))))))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..((..((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))))))))))))))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))..)))))))...)).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(..(((((.(((((((.(((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))..))).))))...)))))..).....)) |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((......((((....(((....)))....))))...))).................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((..................(((((....((((...........))))..........)))))...))))....))))))))))))))) |
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((..............................................................................))))))))))))... |
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....))).......................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
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RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.................................(((....)))...................................))))........... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....))).......................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((((....))(((....)))......))).))))))...)))..))).)))....)))))..)))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((..((((((.(((((((((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))))).)).).)).))))....))))))))))))).) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..............................(((.....((((.....(((....))).....)))....)..............)..........)).....).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.(.(((((((...((..((((......(((.(...(((....))).)...)))...))))......)).))).)))........).)....)... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..(((.((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))..)))....)))))..)))))))) |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).)))....))))))))))))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((.((....................)).))).(((...........)))....((((...((....))...)))).))))))))))))))) |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......))).(((.............)))......(((((((...((((...[[[.[[..)))).((((((.......]]]]]..))))))..)))))))..... |