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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Bacteria_small_SRP



RNA: SRP_00008

GCCCUGCGGCGGGACAGGGUGAACUCCCCCAGGCCCGAAAGGGAGCAAGGGUAAGCCCGCCGUCCCGUGCGCAGGGU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))...))))...))))))).))))))))
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RNA: SRP_00020

GGCGGGUCUCCCCGCAUUGCAGCGCGGUGAACCUGGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCCACAGCCGUUCCCUGCAAGUGCCGGGGGUCAGGCUCGCCACCCCGAACA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))...))))))...))))))))..........
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RNA: SRP_00038

GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU
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RNA: SRP_00040

GGUGGCCGGGUCCCAUACAAUAGCUCUCUUGACGAAUCCCGCUAGGUCCGGAAGGAAGCAACGGCACUCGAGGGACUAUGUGAUAUGGGGUGCUCGGCCACUUUUU
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........((((.((((((((...................................))))))))))))............)))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((((.(..(..(.(((((((..)))))))))..)))).))))))))))))..)))))))..)))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...................(.((.((...((.(..........(((....)))......................).))......)).....)).)).)..).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((....(((................))).(((((.......................)))))......))))))...))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((....(((................))).(((((.......................)))))......))))))...))))))))))....




RNA: SRP_00042

AGCCUCCACGCGGCGCUAUGUCACCCAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUAAGUGGCCUCUGACGGGUGUGUGGAGGUUUUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((((((((..((.((.(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))...)).)).)..))))))).))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(....(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))).))))))))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....................(((...(((....)))..((.((((.....)))).))..)))))))))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((((((..................(((.(((((((....))).......(........)))))..)))))))))).))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.((.(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))...)).))..))))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..............................................................))))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))).).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...........))))))))).......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...(..(((((.((.((((((.....(((....))).....)))..)))))....))))).)))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((.((..(((.......(((.....(((....))).....)))....)))....)).))..))))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.((.(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))...)).)).)..))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...((.(((((.((.((((((.....(((....))).....)))..)))))....)))))))))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........((((......[[[.[[[[.............)))).....]]]].....]]]))))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((((.....................(((....)))....((((........))))))))..))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((...)))).(((......[[[.)))........(((...((((.....)))))))..]]].)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...(((.(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))))))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(....(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))).))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........((((.(((...(((.....(((....))).....)))....)))....))))....)))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((...))))((((.(((((((((((((((..))))).)))))).))))(((....))))))))))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((((((((((.((..((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))..).).)).))))))))...)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...................((((((((((....))).................))))).)).))))))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......................(((.(((....)))..................))).....))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((...(((.(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))))))))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((........((((.....(((..)))..............)))).....)))..........)))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((............(((((.............................................))))).)))))))......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...................(((.....(((....))).....)))........(((....))).)))))))).......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))..........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..))))))))........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))..........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..))))))))........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((...(((((......(((.....(((....))).....)))...))))).....)))...)))))))........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((.....)))((((..(((.....)))((((.......)..((((.....)))))))..)))))))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((.(((((.((.(((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))))))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...(((.(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))))))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........((((.(((.....(((...(((....))).....)))....)))....))))....)))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((((...((((...........................))))..)))))..........))))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...........))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(....(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))).))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((....(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....))))).)))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.....)))((((..((.((....)).)).......(((..(((.....)))..)).))))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((...))(((((.((.((((..))))(((....((((((....))))))...))))))))))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(...................(........(....(..((.......(.(.................))....)).))....)....)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((..((.(...(...(.....(((.(...(((....))).)...))).....)).....).))...)))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......(((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))..))))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((.((.(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))...)).))..))))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.((..((((.(((.((..(((...(((....))).....)))..)))))....)))))))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((......((((...............))))............((((.....))))........))))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((.....))).(((........[[[...[[[[.........))).......(((]]]..))).)))))))))).]]]]




RNA: SRP_00043

UUAUACAUCGUAACUGUAGUUAACAGUUUUGUUGAUUUAGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCUAUAACAAAAUUGUAUACAGUUACGAUGAUGUGUGUUAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ....(.(.(((((.(((((.((...((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)...))...)))))....).)))).).).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))......)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((.....((((((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))))..)))))))))))).)))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.((((((...(((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))))))))....)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((.((...((((....(((....)))....)))))).))))...............................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((.....((((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))..)))))))))))).............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((...........(((....)))........)))))))))))).)))))))))))))............
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((...((((((...(((((((((.((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).)))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((...((((((.((.....(..((.((((.....((((....(((....)))....))))..)))).)).)...)).)))))).).)....)).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((......((((..)))).............)))))))))))).)))))))))))))............
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...(((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))))))))................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...(((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))))))))................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((..(.((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))))))))))).)))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((....((((((((((((...((((..................)))))))))))))))).)))))))))))))............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((.....((((((((((...(((((((((((((..)))))))))))))))))))))))..))))))))))))).(......)...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((..(.(.(.((((.....((((....(((....)))....))))..))))....))......)...).).............
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..((((......)))).(((((......))))).....((((...........)))).))))))))))).(((....)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....[[[)))).(((((.]]]..))))).((((......)))).............(((((..((((....)))).((......)).)))))..




RNA: SRP_00044

GCUGGCGGGCCCCUUCGCAUGGUUCGGCGGUGAAUCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCAUAGUCGUUCAGAACCAGUGCCGGAGUAAGGCUCGCCUACCGGUAUCCCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((((((..((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))).)...)))))))).............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))..............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))....((....)).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................(((....))).........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(.(((.((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...))).)..................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))).............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...)))))...)))))))).............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))).....(....)..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...((((.[[[[[[.))))...((((....))))...((((((...........)))))).]]]]]]{{{{{{{.....))))))))..}}}}}}}....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....)))).................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))))...)))))))).............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...)))))))).............
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))....((....)).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))).).))))))..)))))))))))..........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))..)))))).......)))......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))..)))))))).............)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((((((.((((.((.(((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))..))..))))....))))))))............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).)))))...))))))))....((....)).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((..((((((..[[[[..(((((..)))))...((((((...........)))))).))))))....)))))...)))))))).]]]]........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....)))).................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....)))).................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....)))).................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................(((.....(((....))).....))).................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).))).))))...))))))))....((....)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((((((.......((((....(((....)))....))))....))))..)))))).)).)))))...)))))))).............
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((..((((((........((((....))))...((((((...........)))))).))))))....)))))...)))))))).............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))....)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).))).))))...))))))))....((....)).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((((((((((..(.....(((((((((((..)))))))))))..)..))))..)))))).)).))))).).))))))))(((..))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (........................(.((((...(.....(..((.(............................).).)...)......)....)....))).).)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))...))))))............)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((......((...((((....(((....)))....))))...)).....)))))).)).)))))...)))))))).............
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))).))))...)))))))).............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))..(((((..(((....(((....)))))).((((((...........)))))).))))).(((((((((..........)).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((....{{{..)))(((}}}.)))..((((.....))))[[[[[[....))))...]]]]]].......(((((((((..........)).)))))))....




RNA: SRP_00046

CCUAGGACCCGUACUAUCAAGUGUUGCUAAACCCCGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCGGUAAGCGAUUUUUUUGGUGAGUACGCAAGUCUUAGGUUGA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((((((((((...((..(((....)))..))))))))))............)))))).))))))...))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))...))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.(((((..............................)))))..)))).......................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))).)))))...))))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....))))))))))).......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))...))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))))).))))))...))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((......((((((((............[[[[[[[[[)))))))).........]]]]]]]]].))))))...))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((.((((..)))))(((((..))).))((((((((.(((...)))))))))))))))))))))))..))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))).))).))...))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((((((((((.......((((..))))....))))))))............)))))).))))))...))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.[[[[.((((((((..((.{{{..))<<<<<<<<<))))))))((..}}}))>>>>>>>>>.))))))...))))))))]]]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))(((((..((((((.......)))..)))))))))))...(((((((.......)))).)))..))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((((..(((((((.....................)))))))..............))))).))))))...))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((..................))))..))))))...))))))).)))))...))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.((((((((..(((......)..))...)))))))).((..)).(..).)))).).)))))).).))))))))(..)
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(...................(.....(...(((((....((......))....)))).....)....)...................)...)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................((.........(...(....).....).......))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.(((((((.....................))))))).............)))))).))))))...))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((....)))...((((.....................)))).))).((((.......))))..(((.((....))))).))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((....)))...((((.....................)))).)))).(((.......)))..((((.((....))))))......




RNA: SRP_00051

GGGAGAUUGGCGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGGUCCGGAUCGGGUCGCUCGUCAGUCUCCUACCUGUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..(((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))))...))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(..((.((..(((((((.(((((....((((......(((....)))....((((....).)))))))..))))).)))))))..)).))....).))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(.((((((((((.....)))).)))))).)((((....(((....)))....))))....((.(...((..(((.....)))))...)))...........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....(((((.....)))))..(((((((((((.......))).......))))))))..)))..))))))))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((....))).....................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((..((((((...(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))))...))..)))))..))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((..((((....))))..))))).............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((....(((.....)))............(((((((((((.......))).......)))))))).......))))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))...........((.............)))))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).)))))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((...)))))).....((((.(((((((((((.......))).......)))))))).))))).))))))))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....))))..(((.....)))..((((((((........{{{(.....{{{)))))))))}}}....)))))))))))).}}}.....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).............................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...((((...))))...)))((((..[[[[[[[[........))))........]]]]]]]].........))))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....))))...((..(((((.....)))))..)).(((.((((...((.....))....)))).))))))))))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).)))))))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).........((((....((([[..)))....)))).........]].............)))))))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...).))))..))).).))).)))))......))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((.((((...))))))).)..(((....(((....)))....)))..........................))))))))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.......((.(((.....)))))....((((....(((....)))....))))..............................)))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....)))))......((.((((...((.....))....)))).)).)))))))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((...))))))).((((..[[[[[)))).(((.......))).....((((((...))))))..)))))))))))))]]]]]....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((..........(((((...............................)))))........)))))...................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((...(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....))))))...))..)))).................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((...(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....))))))...))..)))).................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((.(.(.(((....)))..).)))).............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).)))))))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).....(((.((((................)))).))))))))))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((....((((...)))).......((((.((((((((....................)))))))).))))..))))))))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).............................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).)))))))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((....((((......((((....(((....)))....))))...)))).......)))..)))).)))))))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((...))))))).))((((....(((....)))....))))....((((.((......)).).)))))))))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((..(...((((((((((((..))))))))))))..)))))....))))).)))))).)))))))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((....................(......(....(.(.(...(((.......(....(.....).....)....).))....).))...)....)..)).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.............(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))...............)))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((.(((.....)))))............(((....)))................................)))))))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))..(((((..((......))...)))))..))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).)))))))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))...............(((((..((......))...)))))...))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))...[[[[[[[.....(((((.(((.....)))...)))))...))))....]]]]]]]




RNA: SRP_00054

GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCACGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCCUUUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))))))((((..((..((..(((.......)))..))..))..(((((((....)))))))........)))).))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((..............))))))..((((....(((....)))....))))..............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))..))))))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((....)))......................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))....)))))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((..((((....))))..)))))..............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((.....))))..)))..((((.......)))).(((.......)))..........(((((((....))))))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..)))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))..(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))))))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....))))).(((..{{{)))....(((....)))....((((..[[[[....}}}...))))..]]]]))))))))))).........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))......(((..[[[[[[)))...]]]]]].................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))).))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))....)))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((((...))))))))))((((((((((((..))))).)))))))...((((((.((((((((..)))))))))))))))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...).))))..)))..))))).))))))).........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...........................((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))).))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((...((((...))))....((((((...)))))).(((.......))).....)))))(((((((....))))))))))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))......................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))......................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((.(.(.(((....)))..).))))..............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))).))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.....((((...))))....((((((...)))))).........((((................)))).....)))))))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....))))..............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((((.....)))).)))))))).(((..((..((..(((.......)))..))..))..(((((((....))))))).))).....))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((.((((...))))))....((((....(((....)))....))))......)))))(((((((....))))))))))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(...)))))((((..(...((((((((((((..))))))))))))..)))))((..))((((......)))))))))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..........................(....(.(......((........(....(.....).....)......))....).)....)........)))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((..((((((..((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))...))))..))..)))).)..........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((((((.....)))).))))..(((((.....)))))...................)))..(((((((....))))))).................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))........................(((((((....)))))))..........)))))).




RNA: SRP_00056

GGAGAUUUCUGUUAGUCCUAAACACUGUUAAAUUGAAUAAUUGGUCAGAUCUGGAAAGAAGCAGCCAAAUCAAUCGAUACAGGUGUUUUGAUAUAGCUAACAGAAUCUCCUAUA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.((((((((..(((((.((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))))...)))).....)))))))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((..((((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).))).)))).....)))))))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)))))))........))))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.(.(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).))))))).).....)))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((...((((((((....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).....)).)))))).......))))))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((....(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).)))))))........))))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.(.(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).))))))).).....)))))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((...(((((((..............(((((....(((....)))....))))).............))))))).......)))))))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((...(((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......))))))).......)))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........((((((.(((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))....))))))........))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((...(((((((.....(((((....((((((((..)))..........))))).))))).......))))))).......)))))))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)))))).........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)))))).........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))).))))).......)))))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((...(((((((((...(((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.....(((((((.....(((((....(((((..................))))).....)))))...))))))).....)))).....))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((...(((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).....)))))...))))))).......)))))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))).))))).......)))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((....(((((((..((((..))))..))))))).)))))...)))).))))))).).)..)))))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.................................((.(..((((..((.(..((.......(.(...............).)...))..).).)..))))...).))..)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......)))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.(((.......))).(((.......))).((((..................))))...........)))).((((...........)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((..((((....[[[[))))..(((...........]]]]...........))).(((....)))....))))).)))))))....




RNA: SRP_00057

GAGUUAUCUGUUAGCUCCAAACACUGCAAUAUUGAAUAGUUGGUCAGAUUCGGAAGGAAGCAGCCAAAUCAAUUGAUACAGGUGUUCUGAUAAAGCUAACAGAAACUCCUAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((..(((((((((.((.((.(((.(..(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))...).))))...).))....))))))))).))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.((((((((......((((.(..(((((....(((....)))....))))))))))........)))))).))....))))))))))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....))).......................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))....)))))..............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((((((((....)))))))))))...............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.(((((((((....(((((....(((((....(((....).))...))))).))))).....).)))))).))....))))))))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((.(((((((((....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).....)).))))).))....))))))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((.(..(((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))...)....)))))))))).)))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.(((((((((...((((((....(((((..(.(((....).)).).))))).)))))....)).)))))).))....))))))))))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((.......((((...............[[[[[[(((....))).))))....(((....)))........]]]]]]..))))))))))..........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((...((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).......))))))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((.....)))...))))).))))).......)))))).))....))))))))))))))).....
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MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((((..).))))))))))))))))))))))))).)))).))...)))))))))))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.......((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)).)))))...))))))........))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((..............................((((....(((....)))....)))).................................))............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((..((((((.....(((((....(((((....(((.....)))...))))).))))).......))))))..)....))))))))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((...((((((.....(((((....(((((..................))))).))))).......)))))).......))))))))))))))).....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((....(((((.......................................................)))))........))))))).............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....))))))))))))))).....
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((...((((((.....(((((....(((((..................))))).))))).......)))))).......))))))))))))))).....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....))))))))))))))).....
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RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (............................(..((......((((.....((.....))....))))....................)......)....).........)....
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Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((.((.[[[......)))))).(((.....]]]))).))))...((((.(((.((...............)))))((((..........))))...))))...




RNA: SRP_00058

GACGUGACGGGCCUCCUCGCAUGGUGGGGCGGUCAACCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCACAGCCGUUUUCCGCCAGUGCCGAGGGUCGGGCUCGUCACCUCCG
Reference structure (ext) [ sec struct ] .....(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................(((....)))....................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(.((((...(((((.....(((((((((((....)))))))))))..))))).....))))..).........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))))).)...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((..((((((((((((...(((((.....)))))...............))))..))))))))....)))))...))))))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))).....))))............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))))...))))))))))).....
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HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).))..
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MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.((((..(.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..)...))))....)))))).........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((....(((([[[[....(((((..))))).[[[[[[[......))))...]]]]]]]]]]].....)))))...))))))))))).....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))..))..............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....))))............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....((((....(((....)))....))))..))).......................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((.....)(((.(.(.(((....)))..).))))....).......................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....................................(((....)))........................................))))........
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))).....))))............................
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....(.(((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))....))))).)).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).))..
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).....
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((....))))))..((((.(((((...((((....))))...(((((..((.......))))))).))))).....((((.......)))).))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.((((....))))))))....(((((...((((....))))...(((((.............))))).)))))....(((.[[[[))).......]]]]...




RNA: SRP_00067

AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((.((((((.((((.......(......((((....(((....)))....))))...).......))))..).)))))...)))))))........
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((....(({{...{{{{)).((........[[))....]].......(((}}}}...}}))).....)))))...)))))))))))))).
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((..(((....[[[)))...........(((....)))......(((((]]]....))))).)).)))))...)))))))))))))).
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RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).....................................
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((.(((((((((..)(((((.((..))))))).)).)))))).((((((.((..))))))))))).))))...)))))))))))))).
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((.((((((((..(((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))..).)).)))))...)))..))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((.(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.............))))........)))))))))))))..
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RNA: SRP_00072

GGAGAUCGGCGCGGACGGAGUCCUCGCCAACCUGGUCAGGGCCGAGAGGCAGCAGCCACAACGAGAUCACCUCUGGGUCGUCUGCCGGUCUCCACCUCAUUUUCCUCGAAAUU
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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.....((((.((((...)))).)))).....(((..(((((....((((((.(((.((..(((.....)))))))).).))))))))))..)))...............))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).....(((((....))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(((((.............................)))))...........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).....))))))).............)))))........
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((.(((((.(((.....))).)))))..((((((....)..............)))))...))))))))))))))))....................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((..(((....((((......((((....(((....)))....))))...)))).......)))...)))...)))))))))....................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..))))))))))....................
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).)))))(.((((((....)..............))))).).))))))))))))))))....................
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((...))))......((((((.....(((....)))...........[[[[.......))))))....)))))))))))...........]]]].....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((...(((.((((...)))).)))(((....))).....(((....(((.....)))))).))))))))))))))))....................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....))))))))))))))))....................
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..))))))))))....................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((..(((((.(((.....))).))))).....(((....))).....................)))))))))))))))....................
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))....(((((((((..))))))))))))))))))).......((((...))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(....((((..(((((((((.(.....((((....(((....)))....))))...)))))...))).....)).....))..)..........)..)))).......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
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Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....))))))))))))))))....................
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((.....((((....((((..))))..)))).(((....)))....[[[[...((((..)))))))))))))))))))...........]]]].....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((((........(((((....................))))).........))))).........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((..(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).....))))))...........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((..(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).....))))))...........................
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PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((....))).....))).......................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..))))))))))....................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....)))))))))))))))).....(.((((...))))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((.((((...)))).))))...(((((...((((.(((((....................))))).))))....)))))............)))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..))))))))))....................
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.(((((..((.....))..))))).....(((....))).....(((.....)))....))))))))))))))))....................
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((...)))).))))..(.((((....)))).).((((((.(((.((..(((.....)))))))).).))))))))))))....................
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((.....((((.(.(.(.(((((((((((..)))))))))))).))))))...(((...))).)))))))))))))))..(.(.(........)))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(....(.((....(........(....(.(...).)....).........)..)))...........)................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................(((.................))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).)))))...................................))))))))))))))))....................
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((((..(.........((((....(((....)))....))))......).....))).....)))).))))))))))....................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..))))))))))....................
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((..((.....))..))))....((((....)))).((((....................)))).((((((.....)))..))).......)))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((.(((.....))).)))).....(((....))).(((((.............[[[[[[.))))).((.........]]]]]]..))....)))))........




RNA: SRP_00074

GUAAGUUGGGGACCUUUUAAGAGAAGAGACCUACGAAUCGGGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCCCUAAGAAGUGUUUUCUUUUGCUAGAAGUGUUCUCCAACUUACUCUUCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (..(((.((....(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..))))))..........)).)))..).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).))))))..........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..((((((((..........((((....(((....)))....))))..........))))))))..))))))...)))))))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((.....................))))..........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((..((((((.(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))).)))))....)))))................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((((((((((....)))))))))))..................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........))))))..)))))).).)))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(........................(.....((((....(((....)))....))))...)............................).................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.(((((.(((((((.(.....((((....(((....)))....))))...).)).))))).))))..))))))...)))))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.((((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........)))))).))))))).).)))))))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((((((((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))........))))))))...))))))...)))))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).).)))))))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).))))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((...((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........)))))...)))))).)).))))))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).).)))))))))))).........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((.((((..(((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))...)))))))))))..))..)))....))).........))
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.....................................((((....(((....)))....)))).......................................)..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((((((((((.......))))).((.(((........))).))............))))))..)))))).)).))))))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((........(((((.......))))).....)))))))((((((....((((((...)))))))))))).......)))))))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((.........(((((.......)))))......)))))))..........................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).))))..........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).))))..........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((.....(((....))).....)))..................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).))))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........))))))..)))))).)).))))))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..((((((((..........((((..................))))..........))))))))..))))))...)))))))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).))))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..))))))...)))))))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........))))))..)))))).)))).))))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((......)...(((((.......))))).((.(((.((...)))))))(((((((((....))))))..)))))).)))).))))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.................................(.(..(.(........(.............(...).............)..........))........).)....)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................(........(...............).....)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((((.((((.........))))..................................)))))..)))))).)).))))))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((((((((....(.....((((....(((....)))....))))......)...))))))))..)))))).)).))))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).))))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((......((((.....)))).(((((.......)))))..)))).((((.(((((.....(((((.....))))).))))).((((........))))...))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.((((.....)))).(((((.......))))).....((((....(((.((....{{{.))))).(((......)))[[[....}}})]]]...))))))...




RNA: SRP_00075

GUAAGUCGGGGACCUCUUAAGAUGAGAGACUUCUGAACCGGGUCAGGAUCGGAAGAUAGCAGCCCUAAGGAAAGGCCUUUUGUGCUAAGAGUCUUCUCUGACUUAC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(.((((((((.(((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))).)))))))...)))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...))))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))..))))))...))))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................((((((((((......))))))))))...................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((..(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((((((((((....))))))))))).........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.........))))))))))..))))))...))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((((.....((((.....((.....((((....(((....)))....))))...)).......)))).....)))))...))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((((((..(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))..))))))...))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.........))))))))))..))))))...))))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....))))).(((((((...[[[[.....))))))).(((((]]]].((((.....))))...))))).......))))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((...)))))).(((((((...[[[[.....)))))))......]]]].(((....[[[)))....]]]........))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.(......)))))))))))..))))))...))))))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...))))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.....[[[[....[[[))).]]]....]]]]........)).)))))))..))))))...))))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((.((((.((((.((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..)))).)))).))))...)))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..............................(......(((....(((....)))....))))......................................)).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(.............))))))))..))))))...))))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((...)))))).(((((((............))))))).((((((((.........)))......))))).......))))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((.....(((....))).....))).........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..)))))))..))))))...))))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((............)))))))......((.((......)))))))))))..))))))...))))))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((...)))))).(((((((............))))))).(((((.....((((.....))))...))))).......))))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((...................................(((....))).....................................))))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....)))).........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...))))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..)))))))..))))))...))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(..((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.........)))))))..)..))))))...))))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.(((((((((((((.(...((((((((((((..))))))))))))..)))).))).))))))).)))))))....)))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (........................(.(..............(......((.......(....((...)).....)....)).....)..........)...))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (............((((((.(..(((....((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....)))...)..)))))))..............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(..((((....((.....((((....(((....)))....))))...))......))))..)..))))))...))))))))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..)..)))))))..))))))...))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...))))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((..((((.......)))).(((((((.((......)).))))))).......))))...((((....)))).......(((((......)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((..(((((.....))))).(((((((.((......)).))))))).[[[[..)))).(((.....)))(((..]]]])))(((......)))....




RNA: SRP_00077

GGGUAAGUUGGGGGCCUUUUAAGAGAAGGAACCUGCGAAUCGGGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCCCUAAGGAGAGUUUUCUUUUGCUAAAAGAAUGUUCUCCAACUUACUCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..)))))).....))))))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(....................(((....))).......).................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((...((((((....((...((((((....(((....)))....))))....))..))..))))))..)))))).....))))))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((.....................)))).........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((........((((((.(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))).)))))............))))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((((((((((....))))))))))).................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((.(((.......)))...(((.......)))......((....))......)))....((((((.((((((.....)))))).))))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(........................(.(.....((((....(((....)))....))))...).)..............................)............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((.((.((((((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).)).....)))))).))))))).....))))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.....)))))..((((.....))))(....(((....)))....)))))...((((((.(((((((...))))))).))))))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((((.....)))))..))).......((((....(((....)))....))))...((((((..(((((((...)))))))..)))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((..((((((((.((.......((((....(((....)))....)))).......)).))))))))..))))))...).))))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((...(((((.............(((.{{.(([[....))..]])))}}...........)))))...))))))...)).)))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......((((((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))...)))).)))))))..))...))))))......))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((..((((((...))))))..))).............((.(((........))).))...((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((.........(((((.....)))))......)))))))(((((.....(((((((..)))))))))))).........))))))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((....................................................................................))))))))))))......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).)))).........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).)))).........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....))).................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((((...))))))..)))............(((.(((........))).)))..(((((((.(((((((...))))))).))))))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((((((((.((((...((((.......))))......)))).............))))))))..)))))).....))))))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))...........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))..((((((..(((((((...)))))))..)))))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))..((((((..((((((.....))))))..)))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(...(((((((..(((..)))..)))))))....)))))))))))))).)))))))...)))).)))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.................................(....(((..(.....(.......(..................)....)..........)...)).)......)..))).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................((...((......(........(.(.....).)......)....).)...))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((..((((((((.((.......((((....(((....)))....)))).......)).))))))))..))))))...)).)))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((.....)))))...((((..(((...(((....)))..))).))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((.(((((.....))))).((((.....((((.......)))).)))).....))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.....))))).(((((.....)))))...((((......[[[[[...........)))).(((((]]]]])))))....))))))))))))))....




RNA: SRP_00081

GGAGAGUAAGUCCUAUACAGCAUUCUCUUGCCCAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUCCGGUAAUGUGAGUGCGUGAUAUAGUCAGCUUGCUCUCCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((((((((.((((...(.((.(.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....)).).))..)))))...)))))))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(((....)))....))))...........................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(((....)))...................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((....(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))......))))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................(((((((((((....)))))))))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.((((((......((.....(((....))).....))...))))).).)))))).)).)))))...)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((....((((((.(.((((.....((((....(((....)))....))))..))))..).))))))......)))...)))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........((((((..((((...(((......)))[[[[[.....))))..]]]]]......))))))............)))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(((....)))....))))...........................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((..((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))...)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((..((((((.((((((((((.((.((.....((((....(((....)))....))))..)).))..))))))).)).).))))....))))).)))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(((....)))....))))...........................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(.................((....)))....))))..........................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((..((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......))))))....)))))...)))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((.......(((((...........)))))........))).)).........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((....(((....)))....)))............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(((....)))....))))...........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(((....)))....))))...........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((..(((((......(((....(((....))).)))......)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((..((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......))))))....)))))...)))))))))))....
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RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((....(((....)))....))))...........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))))....
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................(.(.......(...................)...).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))))....
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........((((..............)))).....(((((...........)))))..((((....))))..........)))))))))))....
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RNA: SRP_00084

GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...))))))).........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....)))......................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((((.....(((((((((((....)))))))))))..))))).......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..))))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((.{{{{{{....)))..((([[[.)))(((....)))....]]]...........}}}}}}.....<<<<<<.)))))))))>>>>>>...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...((.(((.(((((.(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)...)))))..)))..))......))))))..........
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).........
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((......((..(....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......)...))..........))))))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)))).))))...))))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((........(((((..)))))...........................))))))....)))))...))))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((....................................................................))))....))))))).........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.(...(((....)))....))))..............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).........
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).........
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((...(.((((((((((((((((..)))))))))))).)))))..)))))))).)).)))))...))))))))).........
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((..(......(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)..........)))))....)))))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)))).))))...))))))))).........
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....))))).((((......))))..((((......)))).................(((.........)))..(((((...((....)).)))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....)))....(((...[[[[[..((((....))))..........)))......]]]]]...........))).(((((.((.....)))))))....




RNA: SRP_00094

GGACUUCGCAUGGCGCGUAUCCCAUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGUGGGCUCUAGCGGGUGUGCGGAGUCCCCUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((((((((..(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....))).)..)))))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))...))))))))).....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....((((....((..(((...(((....))).....)))..)))))).....)))..)))))))))))).....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))..)))))))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))).)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))..........)))))))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....((((((....(((.....(((....))).....))).).))))).....)))..)))))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))..)))))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....))).)..)))))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((((...(((.....(((....))).....))))).))))).....)))..)))))))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....................(((...(((....)))....((((((....))))))...))).))))))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.......................(((....)))....(((((......)))))..))..)))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))..)))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))..)))))))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))...))))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))..)))))))))))).....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(.....))))))(((((((....(((((..)))))(((((((((....)))))))))))))))))))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.(..(((((.(((.((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))..))).)).))))))....).)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))...)))).).)))))))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))......((........))........)))))))))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))..)))))))))))).....
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Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((.(....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).......).))))))))))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...................(((.....(((....))).....))).......((((....))))))))))).........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((.....(((.....(((....))).....)))...))..............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.........)).((....))(((....))).)).((((((....)))))).))...)))))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((....(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).....)))...))))))))))).....
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((((...((.((..((.....))..)))).))))....((((((....)))))).......))))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....(((..((.((..((.....))..))))..)))....((((((....)))))).......))))))))))).....




RNA: SRP_00095

GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..))))))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).))))))))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((......((...)))))))))))).......(((((......)))))...))))))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..(.........((((..........))))(((....)))....(((((......)))))).))))................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..............................................................))))))))))))....
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CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...........(......(((.....(((....))).....)))....).............))))))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.......)))).....(((((((....)).................)))))..)..))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.......))))..((.....(((....))).....))(((((......))))))..))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.{{{{{(.........{{{{{{..)))))).)}}}}}........}}}}}}.....))))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((...................(...(((....)))....((((........))))).))..))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((((((...))))))(((..[[[[[[.))).(((...........))).]]]]]]......)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...((((..............(((....)))..........[[))))..]]))))..))))))))))))....
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((((((((((....)))........((....)).))))).)))))))))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......................(((((((....))).................))))......)))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((((...))))))..(((((((((.......................))))))..)))))))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((.((((((.......................))))))..)))))))))))))))....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...................(((.....(((....))).....)))........(((....))).)))))))).......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))..........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((....))).....)))..................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))..........
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(.(((.....(((....))).....))).......)..........................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.....))))).((....))(((....))).))....(((((......)))))...))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...((((((.(..(((.....(((....))).....))))).)))))....))))..))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...(((((.....)))))(((.........)))...........(((((......)))))....)))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((..((((......................))))..)))))....))))..))))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((..................(((.....(((....))).....)))..........(.....).))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((...)))))).))(((...(((....))).......(((((......)))))))).)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((......((((((((((((((..))).)))))..)).)))).((((((..)..)))))..)))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((..(.(..(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))........)........)....))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..((((...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))...)))))....))))...)))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(..........................................................).))))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((.(((((..........)))))...)))))).......(((((......)))))....)))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.(((((..........)))))...)))))).......(((((......)))))...))))))))))))....




RNA: SRP_00098

GGCAGCCGCAGGGGUCCCCUCGCGACGAAUUGCCGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGCGGUGGAUUUGGGUGCCGAGGUGCGGCUUUUGUGGCUGUCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((..((((.((((((((..(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).)...)))))...)).)))).))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).))))).).))))))))))))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((...(((((((.(((....((((.....(((.....(((....))).....)))..)))).....)))..)).))))).....)))...............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..))).))))...))))))))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....))).......................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((.......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).........)).)))))...)))))...............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))).))))))..)).)))))...))))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((.((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))..)).))))).).)))))))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((((..(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).)...)))))...))))))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(((((((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))).))))))..)).))))).).))))))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((....(((((((.(((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))..)).)))))......)))))............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((...(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).)))))).....)))))...))))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..)).)))))...))))))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).))))).).))))))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((...(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).....)))))...))))))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((((((....((((((((...)))))))))))))))).)))))((((((((((((((((((((((..(((((((..)))))))))))))))))))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))...........))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........(((((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).)))).).))))......))..))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((..(((.(...(.(....((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....))....)..)))....))))))))............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).))))))..)).)))))...))))))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..(((......)))..((((((((....(((...........)))....))))).....)))..)))))...))))))))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((.(((............(((((...........................)))))............))).)))...........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).)))))..))).))))...))))))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).))))))..)).)))))...))))))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((...(((((.........)))))....((((..(((((((......................))))))).....)))).))))))))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((..................................................................................))))))))))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((.......(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).........)).))))).......................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(((((..((((..(((..((....(((....))).))...))).))))..).))))..)).))))).).))))))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..((((((.(((((((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))).))))))..)).))))....))))))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(((((..((((..(((..((....(((....))).))...))).))))..).))))..))).)))).).))))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((.((((((((..)))))))).))).)))))).))))).)))).))))).).))))))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.................................((.(.(...(......(.....((......(..(.....(.)....).)..)).....)...).......).))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((.(((((...((..(.(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))......)..)).)))))...))))))).............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((.((.(((((..((((...((........(((....)))......))..))))..).))))..))..)))).).)))).)))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..)).)))))...))))))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).)))))...))))..))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....(((((.........)))))...(((((.........................)))))......((((....)))).)))))))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((..[[[)))((((.........))))....(((((..(((......)))...........)))))..(((]]]..)))...((((((.....)))))).....




RNA: SRP_00105

GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))..)).))))))...))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(..((.(((((.(((...))).).))))..............((((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))...)))))))))))...))..))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.((((((..(((....(((((....)))))..(((....)))....)))....))))))..))).)))))...))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................(((....)))....................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((....(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))......))))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................(((((((((((....)))))))))))............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......................................(((((((((((((.((..(((((....))))).....)).))))))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...).)))))....))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))).)...))))))...))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......))...(((....)))...............(((((((((((((.(((.(((((....)))))..)..)).))))))))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.[[[[))))..]]]]...((((((....((((....{{{{{{{{{{{{{.))))(((((....)))))))))))..}}}}}}}}}}}}}.........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.[[[[))))....]]]].....((((((............[[[[[[[[[[[.......(((((....)))))))))))....]]]]]]]]]]].........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((.((.((((([..(((.....((((....(((....)))....))))...)).....]))))).)))..)))))...))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.((((((.(..(((((((..(((((....)))))((((((((..((....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...((((.((((((((.(((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))).)).))).))).)..))))))...))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((.(((..((((.((((((...(((((....)))))..(((....)))...(((....)))..))))))))))))))).))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......((((((....((((((........((((((.....(((....))).........)))))))))))).))))))...))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................(((.....(((....))).....)))............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(.(((....((.((((((...(((((....)))))..(((....)))..((((....)))).))))))))..))))..))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......((((((....((((((...(((((....))))).....((((...........))))...)))))).))))))...))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((...................(((....)))............................))))....................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))......................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.(((((((((((....(((((....)))))..(((....)))....))).)).))))))..)).))))))...))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((...))((.((((((............(((....)))((((.((.....)).))))...)))))))))))))...))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))).((..)..)(...).(((..)))..((((((((((((((((.(..............)))))..))))))))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(.....................(.((((.....((((......(.....).....))))...)))..............)................))..)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................(......(((....................))).....).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(.(((...(((.((((((............(((....))).(((...........)))....))))))))).))))..))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....))))...(((.(((.((((((...(((((....))))).(((((....((.....)).)))))..))))))))).((((....))))..)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.[[[[))))....]]]].(((.((((((...(((((....))))).....(((..((.....))..)))...))))))))).((((....))))........




RNA: SRP_00107

GGGAGCCGGGCGGCGGUAACGCUGCCAACCCCGCCAGGUCCGAAAGGAAGCAACGGUAACAGUUGUUGCCGGGUGUCCGGCUCCCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .......((((((..((..(((((......(((.....(((....))).....)))...)))).......)...))))).)))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))))).....((((...(((....))).....(((((((....)))))))))))..))))).)))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...)))))....((((.....(((....))).((((((((....)))))))))))))))))))))))).
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((......(((.....(((....))).....)))...)))).......................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))).)))))))..)))))))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((....)))......................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))))))).)))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((......((((....(((....)))....))))...)))........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....)))).....((........(((....))).(((((.......))))).....)).))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.((((....(((......(((.....(((....))).....)))...))).....))))..))))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((......(((.....(((....))).....)))...))).)))))))).)..)))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))....((((.((....(((....)))((((((.......))))))).)))))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))))............(((....))).....(((((((....)))))))...))))))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.................(((((.............(((....)))..........)))))...................))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...)))))).((((.......(((....)))......((((((....))))))))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....)))))))....((....))(((....))).(((.(((((((....)))))))..))).)))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))))).....((((...(((....))).....(((((((....)))))))))))..)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((([[[[[[[.[[[))............(((....)))...........]]]..]]]]]]]...))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..)))))))..(((((((((.(((((..)))))(((((((...)))))))))))))).))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((..(.((((......(((....(((....)))....))).))))..).)))))....))))....)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((..................((((....(((....)))....)))).................)))))))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((...................((((....(((....)))....))))...................))))))).)))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....)))))))....((....))(((....))).(((.(((((((....)))))))..))).)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..............)))))...(((....))).....((((((((..))))))))...))))))))))).
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((((((((.....((.......(((....)))......))...))).)))))))...)))))))))))).
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((....))).....)))..............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((....(((....)))....))))..............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((....(((....)))....))))..............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((....))).....)))..............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....))))).(((((....))(((....))).....(((((((....))))))))))))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))))).....((((...(((....))).....(((((((....)))))))))))..)))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....)))))))............(((....))).(((.(((((((....)))))))..))).)))))))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..............)))))....(((......((((((.......))))))..)))..))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((....))))...........................(((((((....)))))))..)))))))))))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((...........................(((....)))..........................))))).......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((....))).....)))..............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))))).....((((...(((....))).....(((((((....)))))))))))..)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...)))))).((((.((....(((....))).))...((((((....))))))))))))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....))))).((((.((....(((....))).))...((((((....))))))))))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(.(((.(.(.(((((((..))))))))).)))).)))).))))))))).))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(.((......(.......(((.....(((....))).....))).....)..............))..).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((......(.((((......(((.(...(((....))).)...)))...))))...)......))).)))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((.....)))))......(((...(((....)))......((((((....)))))).)))..))))))))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))).)))))))..)))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....))))))).....((((...(((....))).....(((((((....)))))))))))..)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..............)))))..................(((((((....)))))))...))))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..............)))))..................(((((((....)))))))...))))))))))).




RNA: SRP_00121

CCGAAAGGCUAGGACAAUGGCGGGCUAGUGAAUUGUGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCACUAAGCAAGUGCCGCCAUGUGUCUGAUUGAAUAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ......((.(.(((((.((((((.((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))..))))))))..))).).)...)..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......(((((((((((((((((((...(((......(((....))).))).)))).))).....))))))).)))))..))).....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((((..((..((((((....(((....)))....)))).)).))))).))))))).)))))..........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((....))).........................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(.....(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))).)......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((((((((....))))))))))).................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....)).(.(((((.(((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))))..))).)........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((....[[[[[[..))))).......(((((((((....)))....(((((.....)))))]]]]]]...)))))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((((........((((....(((....)))....))))......))).))))))).)))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((.((...((....((((....(((....)))....))))....))...)))))))).)))))..........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..))).((((((((((((((((((((((((((((((..(((((..))))))))))))))))))))).))))))).)))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((..((((((((((.(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).)..))))))).)))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((((...........((((....(((....)))....))))..........))))))).)))))..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..........................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((((..(((((............(((....))).....)))))........))))))).)))))..........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((((...........((((..................))))..........)))))))................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))).........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))).........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((.....(((....))).....))).................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((.(((..(((......)))..(((....)))))).(((((.....))))))))))).)))))..........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(((((((((((((((......((((((....(((....)))....)))).))...))).))))))).)))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((((..(((((............(((....))).....)))))........))))))).))))...........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((((...........((((..................))))..........))))))).)))))..........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))...........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..)))(.((((((((((((((((.(((....((((.....(((..)))..))).)...).)).))).)))))).))))))))(..)....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((.((.......((....(((....)))....)).....)).)).........................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((..(((((...........((((....(((....)))....))))..........)))))...)))))..........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....))...(((((((((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).))).))))))).)))))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.((((((.........(((..((...........))..))).(((.....))).))))))..)))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.[[[[[...[[[)))))..]]]]]......]]](((........(((((.....))))).........)))..........




RNA: SRP_00128

GGAGGCCCUGUCGGUUCUCCCGCAACACUAUCCUGUGGACUCGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCAGGAGACGUGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCGGGGCCUCCACCAAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(.((.((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))).))).)).).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))).......))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..))))...)))....................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....)))..........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))..................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(...((((....(((....)))....))))).)))))).).)))).)).))))).).)))))))))))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((....((((....((((((.[[[[[.....(((....))).....))))))..]]]]].))))...))))).....))))))))))))))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((...(((..........((((......((((....(((....)))....))))...)))).............))).....)))...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...)))))))))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))).)))))))))))))))))).)))).))).)))).).)))))))))))))))).......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))........)).......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))...............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((((.((((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))).))..)))).).)))..)))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((....((((((..((((......))))..........))))))........))))....)))))...)))))))))))))))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......................................................................................)))))))))))).......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))..................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..(((((([...(((((....(((....)))....))))])))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((..................))))..)))))).....))))..)))))...)))))))))))))))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))....)))))))))))))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).)))))))))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((...((((((..(..(((((..((((..))))..)))))))).))))....)))).)).))))).).)))))))))))))))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..................................(....(.(..(....(.........(......(.....)...)....)....).....).).......).)...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((.(((((..((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....))))....)))))...)))))))................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.(((((.........)))))..((((......))))..)))......((((((.......)).))))..........))))))))))))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.(((((......[[[)))))..((((......))))..)))......(((.((.]]]...)))))............))))))))))))))).......




RNA: SRP_00132

GCCCUUAGGGGAUAUGAUAUAUUAUUGUCGAACCGUGUCAGAUCUGGAAGGAAGCAGCACUAAGAUUUAUAGUAUAUGCAUGUCUUCCUAGGGGUAUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (..(((.(((((((((.((((((...(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))))..)))))))....)))..)..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))..)))))).))))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))...)))))))).))))))).)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................((((((.............................))))))..........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...)))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((((((((....))))))))))).......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((...(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))..)))))))).))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....(((((((((.........((((.[[[[[[...........))))..]]]]]]))))))))).......)))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((..(((((((........(((.....((((....(((....)))....))))...))).........)).)))))...)))))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((..))).)))))))))))))).)))))))))).))))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(.((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))).)).))))..)).))))))).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..............((((((.................))))))))))))))).)))))).))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((..................................................................))))).)))))))......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....((......))((((((.................))))))))))))))).)))))).))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((......(((((.............(((((.....(((........))).((((.......))))))))).)))))..)))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((((((((((((((.........((((..................))))........))))))))).)))))))))..))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((...(.(...((((((..((((..))))..))))))..))....))))))))).))))))).)))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((....................((...(....((((....((......))....)))).........................)...)).))...).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................(.(.........(................)..........).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(((((......))))).........((((((.................))))))....(((....)))...))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(((((......)))))....((((..[[[[[...........))))..]]]]].....(((....)))...))))))))))....




RNA: SRP_00137

ACUCGGGAAAUACGUUAUUAAUAGCUUAAACUUGUCAGGACUGGAAAGUAGCAGCAAUUCAGCUUAAUUACAUAAGGUGUUUUCCGGGUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((....((.(...((((.....((((....(((....)))....))))...))))..).))....)....))))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..(((...((((.(((....))).))))))).((......))))))).)).....)))))))))))))...
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..)))).)))..)))))))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))).)))))).)))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..)))).)))).)))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))).)))).)))))))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).......)))).))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..........................(((....)))...(((......)))............)))))))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.........((((.....((((....(((....)))....))))...))))............)))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..)))).)))).)))))))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((..))))).)))))))))))))..)))).))))))))))))))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((.((.((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))..)).))))))).))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..)))).)))).)))))))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..))))).....(((((.....(((((............))))).........))))))))))))))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((....))).....)))...................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))....)))))).)))))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))....)))))).)))))...........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....)))).....((.....)).(((((............)))))((((......)))))))))))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..)))).)))).)))))))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((............))).(((.(((.(((((............))))))))....)))....)))))))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.....((((..................))))...))))..)))).)))).)))))))))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((........))....((((((((........))))))))..))))).)))))).)))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((.......................(((....(......................(.......)..........)...)))...))...)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..)))).)))).)))))))))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))).)))).)))))))))))))...
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((.((..((((....(((....)))....)))))).))))..)))).)))).)))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((....))))....((((.((.......)))))).............((((......)))).))))))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....))))....((((.((....[[[))))))..........]]].(((......))).)))))))))))))...




RNA: SRP_00141

GGAAACCUUCUCGGUCUCUCGCAACGGUGUCUGGUUUACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAAGUCGGAAUUACUGUGUGCCGAGAAGAAGCUGGGAAGGUUUCCGCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((.(((((((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))...))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((..((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).))))))).....)))).)).)))))....))..))............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....))).......................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....))))).............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((((((((....)))))))))))...............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......))))))(((....)))..................)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((.((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))...))))).)).))))).)..))))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((.(((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))))))(((....)))..................)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((........((((((..(((((..[[[[[[....(((....)))...)))))..........))))))..]]]]]].....)))))))))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((....((((((.((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))..)).)))).......)))))...........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(............(...((((.......(((....(((....)))....)))....)))).....).................)................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..((((((((((....(((.(((....(((....)))....)))..)))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((..)))))..))))))))))))))))(((((((....)))))))))))))))))))))))))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))))..........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.(.(((((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....))))))))))).....)))).)).))))).)..))).).))..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((..((((((((.((.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..))..)))).).)))..)))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.....(((....(((....)))....)))..).)))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((((((((....((.(((.....((....)).....)))..)))))))..)))))).)).)))))......................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....(((....)))....)))................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).......................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).......................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.................................(((....))).....................................))))..............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))..))))).)).))))).))..))))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............................((((((.....(((....(((....)))....))).............................))))).....).)......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.(.(((((..(((((..((((.......(((....(((....)))....)))....))))....)))))....)))))...).).)))............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((...(((.......))).(((......))).......((((...............)))).)).)))))....)))))))))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..[[[))).............(((((.((((.....{{{{))))..}}}}.]]]..((((...............)))).)))))....((((((.....))))))....




RNA: SRP_00145

UGCUUCCUUAUAGACUUAUGCAAUAGGUUUGUGAGACAACGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCAUCUCAUAAAUUUGUGUGCCAUAAGCACCUGUAAGGGAGUUAGAUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .((((((((((((.(((((((.((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))...))))))...)))))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))......)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).))).)))))...)))))))))))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).))))).........))))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((.(((((((((((((((.((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).)).))))))...))))))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((..(((((((.((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))...))))))....))))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.........((((((((((((((............(((....))).........))))))))))))))((((.....)))))))))))))))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((..((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))))))....))))))...)))))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))).)).)))))))..)))))))))))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......((((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..)))))........))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((..((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))))))....))))))...)))))))))))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).))).)))))...)))))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((..((((((((((((((....((((..................)))).))))))))))))))....))))))...)))))))))))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...)))))))))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).))).)))))...)))))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...((((((...))))))((..)).((...))..((((.((((..(((.(((((((........))))))))))....)).))))))))))))))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((............................((......((((......(......(.((......(......)....)))...)..)))).............))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.(((((.((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).))..)))))...)))))))))))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.(((((((((((..(((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))..))).)).))))))...)))))))))))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.(((((.....)))))..(((......((((....))))....))).(((((............)))))((((.....)))).))))))))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((.....))))....((((.......))))..((((((.....[[[[[...))))))...]]]]].(((.....))).)))))))))))).......




RNA: SRP_00146

CUCUUAUUUAGACCUAUGCAAUAGGAUUUUAGGGUAACGCUUCAGGGUAGGAAUACAGCAGAGUCCCCUAAUUUCUUGUGUGCCUUAGCCAUCUGAAUAGGAG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((.(((.((.((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))))...).)))...))))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((..(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))...))...))))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((..((.((.....(((....)))...)).)).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.((.((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))))...).)))...))))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((..((.((.(...(((....))).).)).)).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...)))))...((((((((.......((((.[[[[[[...........)))).]]]]]]....))))))))...))))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((............(((....))).........))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))).))))))))...))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(.((((((.((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))...)))))).)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...)))))...((((((((.......((((..................))))...........))))))))...))))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((.....(((....))).....))).......................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........((((((..((((((...............................))))))..))))))............))))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
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RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((.............)))))...(((.((((((((((....(......)...)))))...)))))))).((........))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(..(.(........(.((................(......)............))).........).)..)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....))))....(((((((.(((.......((((...............)))).......))))))))))....))))))))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......((((.....))))......(((.....))).[[[[))))).....((((((..]]]]...))).)))....((((..........))))..




RNA: SRP_00161

GGGCAAUGUCCGACCUCCAAAUUGUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCACUAAGGUUGCUUGGGCAUGUGCCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((.((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))))..)))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))).)))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((................)).)))..(((((......))))))))))))).)))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((................))).)))((((((......)))))).)))))).)))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((..................(((....))).................))))))))..........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((((((((((....)))))))))))...........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))).)))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((........((((....(((....)))....))))...))))....)))))))..)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...))))....................(((....)))((((((......)))))).((((....))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...........................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((............)))(((....))).(((((......))))))))))))).)))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((...(((...)))....)).))))((((((......)))))).)))))).)))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))).)))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((....(.(((..)))))))))))((((((.(...)))))))))))))).)))))....
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))).)))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((............((((....(((....)))....))))...........)))))).)))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((................)).))))((((((......)))))).)))))).)))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.........(((..)))....))))((((((......))))))))))))).)))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..........((((..................)))).........)))))))...........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((....(((....)))....)))............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...........................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...........................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.....(((....))).....)))...........................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((............)))(((....))).(((((......))))))))))))).)))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((...(((...)))....)).))))((((((......))))))))))))).)))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....................))))((((((......))))))))))))).)))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....(((.....(((....))).....)))...))).....................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))).)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((........).)))...(((....)))((((((......)))))).)))))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((...(((((((((((....(((..)))...))).))))))))....)))))).))).)).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(.(.(((..(.((((....(((....)))....)))).......)..)).)...)....)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))...))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((((................)).)))).(((((......))))).))))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.[[[.((((....)))))....]]].....)))).(((((......)))))..((((....))))....




RNA: SRP_00162

GGAGCAAUAAGUUUCUUACGAAGCGUGUCAGGACCUGACGGUAGCAGCACUAAGUAUGGAGCUUAUGUGCUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((.((((((.(.(((.....((((....(((....)))....))))...))).).))))))))..))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((..((.(((((((...)))))....))....))..))).))))))))).))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..))))))))).))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((......((((((...)))))).............))))))))))))).))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((((((((((....)))))))))))...........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((..(..((((....(((....)))....)))))..))).))))))))).))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))))..))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((..(..((((....(((....)))....)))))..))).))))))))).))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((..........((((((...)))))).....[[[[[.......)))))))))]]]]]......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((..)))(((.((..)))))))))))))))))))))))).))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))))))))).))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.(..((.....((((....(((....)))....))))...))..).))))))).))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((............((((....(((....)))....))))..........)))))).))))......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..........((((((...)))))).................))))))))).))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....)))))..((...[[))((((.....))))....]]((((((((((.....))))).)))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((......(((....(((....)))....)))....))).))))))))).))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((...........))).....(((((((((.......)))).))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((....))))).((((((...)))))).....((((((((((.....))))).)))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).....................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....(((....)))....))))...........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((((((((........).)).((.((....)))).))))).)))))))).)))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((...........(.(.....(......).....).).......)).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.......(........((....((((....(((....)))....))))......)...).........)..)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...))).))))))))).))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......(((((....))))).(((((.....)))))......(((((((((.....))))).)))).)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......(((((....))))).(((((.....)))))......(((((((((.....))))).)))).)))...




RNA: SRP_00163

CAAAAGGCAAGGGUGGAUUUACGAAUCGUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCACUAAGUUUGCUUCAUCUUGUGCCUUUUGUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))))..)))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((((((((...)))...))))).......((((((........)))))))))))..)))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((............((((....(((....)))....))))...........)))))).)))).........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((....))).......................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))).)....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((((((((((....)))))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(.....((((....(((....)))....))))...).....)))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))).)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))..).)))))))))..)))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...((.....((((....(((....)))....))))...))....)))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((............)))))))....(((((((........)))))))......)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...((.....((((....(((....))).[[[))))...)).]]])))))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..)))))(((.((((((((..))))).)))))).((((..)))))))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))).)))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((...........((((....(((....)))....))))..........))))))).)))))........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))...................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((.....))).)))))).....(((((((........))))))).)))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((((...)))...)))))))....(((((((........)))))))......)))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))...............................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))...............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))...............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.....(((....))).....)))...............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..((.....)))))...(((....)))(((((........))))).)))))).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.......)).)))))).....((((((((.....).)))))))))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................((((((((((.((((.......))))....)))...)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((............)))))))....(((((((........)))))))......)))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))...............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....(((((.((((((((((((..))))))))))))...)))))..))).)))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(.(.(..........((((....(((....)))....))))..................)..))........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..(((((((.(...(....((((....(((....)))....)))).....).).)))))))...))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(.....((((....(((....)))....))))...).....)))))))).)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((.((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((..............))))))....(((((((........)))))))......)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((......(((.....))).....))).....((((((((.....)).))))))......)))))))))....




RNA: SRP_00164

GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAGUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..)))))))........)))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((...((.((....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....))..))..))))...........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....)))...........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.........(((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....))).............)))))...................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((.(..(((((......(((.((....)).)))....)))))).))))))..))))..))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..)))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(.((((((.......))))))((((((.(..(((((......(((.((....)).)))....)))))).))))))).))))..))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........((((((.......))))))((((((.....(((....)))..((((.{{{...)))).}}}[[[[..))))))........))))))))))]]]]....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((...................(.....(........((((....(((....)))....)))).....)......).......................)))............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).))))...))))..))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).)))))...))))..))))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((............(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))).))).))))..............)))))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).)))).).))))))))................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..........((((.((((.((.(((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))..))..))))...))))..).................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((.((((((.......))))))[[[[[[....[[[[[...)))).((((.......))))...]]]]]..]]]]]]........))))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((((....(((((..........................)))))..))))))..........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(.....)(((.....(((....))).....)))...................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((((.((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))..))).))))...))))..))))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((........((((....))))..((((((....(((((........((((.......))))...)))))..))))))..))))..))))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((.(((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)).))..))).))))...))))..))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))))))).))).)).))))).).))))))))))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..........(((((.(((((...((....(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))).)....)).....)))))...))))............)..)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(..((((.(((((...((....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)).....)))))...))))..).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..))))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((((..(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)))..)))...))))..))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))).(((((.((((...............))))..(((((........((((.......))))...)))))..))))).((((((.....)))))).))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))..((((.(((.[[[[........)))....]]]]..........)))).(((({{{.{{.))))......}}}}}.((((((((((.....))))).)))))....




RNA: SRP_00170

GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).)).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((((((.((.........)).))))))...))).((.(((((......))))).)).....)))))))))).....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..........................(((....)))....(((((......)))))......)))))))))........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....((((......(((...(((....))).....)))......)))).)))))..)))))))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))..........................)))))))))))).....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).....))))..)))))))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((............(((....)))..............)))..)))))..)))))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...)))))..)))))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..)))))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))..)))))))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.[[[[[[..)))..........]]]]]]..........(((((......))))).......))))))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.(..((.((......(((.....(((....))).....)))...)))).....).))..)))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...(((.....))).....(((((((((((....))).................))))).))).))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((...)))))))(((((((((.((((..))))((((((((..)))))))))))).))))))))))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.((((((.((((((..((.....((((....(((....)))....))))...)))).).)).).)).)).))))))).......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(((((..)..)).))..(((((..(((....)))......((((....)))).))).)).)))))))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))......(..........)........)))))))))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.........))))...((((((((((.......................))))))).)))..)))))))))).....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.................................................)))))..)))))))))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((..................(((.....(((....))).....)))........(((....))))))))))))).......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((aaaa.))).....[[[[[[[[[[[({{{....))..AAAA..)}<<}}]]]]].]]].)))))))))))>>]]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..)))))))).........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))...........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..)))))))).........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((...(((((......(((.....(((....))).....)))...))))).....)))...))))))).........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((.....))))....(((((((((((....))).((..((....))..))))))).))))))))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((.........))))((((.....))))....................................)))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((..........((((.....))))............(((((......)))))))))..)))))))))))).....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))..........................)))))))))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(......(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).........).)))))))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...(((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.(((.....))))....(((((((.(((....)))(((..((....))..))))))).))).))))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((...)))).).))((((((((((((((.............))))..))))))).))).))))))))))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............................(................(.(.................))........)...........).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..((((...(.((......(((.(...(((....))).)...)))...)).).....))))...))))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((..(((((((............(((....)))..............))).))))..)))))))))))))).....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...)))))..)))))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))))))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((.((........))..))))))..........(((((......))))).......))))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...((((.[[[[[[..)))).........]]]]]]..((((.((.(((((......))))).....)))))).)))).......




RNA: SRP_00194

GCCGUGAUAAAGAUUACGCCCGAAUGAGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCUAUAAGGGAAUGUGUCUUGUAUCACGGUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.((((....((......(((....(((....)))....)))....))......))))))..)))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((.....(((....(((....)))....)))....)))..)))))))).)))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((.(((....(((....)))....)))))..)))..)))))))).)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((....)))......................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))..)))))).)))))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................((((((((((....))))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..(..(((....(((....)))....))).)..)))..)))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((.(((....(((....)))....)))))..)))..)))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........(((............(((....)))...........)))...........)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....(((....(((....)))....)))....)))..)))))))).)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....(((....(((....)))....)))....)))..)))))))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((.(.((((((((..))))).)))))))))))))))).))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((.((((((.....(((....(((....)))....)))....)))))..)))))).)))).))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((...(((....((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((................((((....(((....)))....)))).................))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((.(((.....(((....(((....)))....)))....)))...))))))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....................((((((...........................)))))))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((([[[[[[...[[)))((((((..{{{{((((]].))))..]]]..]]])))))))))))))))}}}}
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((((.....((.(.(.(((....)))..).)))....)))))..)))))).))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((((.....((.(.(.(((....)))..).)))....)))))..)))))).))...........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................((.(..((((....)))..).)))...............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((((.....)).))(((....))).))..((.....))...))))))).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((.(((....(((....)))....)))))..)))..)))))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.....(((.................................)))......)))).)))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....................((((((......((((...))))..........)))))))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((.....((.....(((....))).....))....)))........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(((........)))(((((((..........)))))))(((..))).)))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......................(.(((......(............)......)).......)..)......))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(.((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))..........)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((.((......)))))).((((((......................)).))))..)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((.((......))))))...........(((.....)))..((((.....)))).)))))))))....




RNA: SRP_00200

GCAAGCCGCAUCGGUCCCCUCGCAAUGAUACGCUGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAACAGCGGACUCGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGCGGUGAGCCGCCCAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((..((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))))..))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(.((((((.....((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))))))))).((.((((....)))))).))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((..(.....(((....))).....)))...................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....)))...........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((.((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))...))))))))))))..))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((.((((((((.((((((..(..(((.....(((....))).....)))).)))))).).)))).))).))))...))))))))))))..))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((..............((((((..{{{{{(.....(((....))).....{{{..))))))...........)}}}}}..))))))))))))...}}}......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))..))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((.(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.......((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).)))).).)))).......))....)).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((..((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))).))).)))).).))))))))................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(...........................((((....(((....)))....)))).............................).....................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((..(.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((.(((((........((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...........)))))...))))))))))))............
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((a(((<<<(..bbb.bbbbb(..{{{{{(...[[..[[[.)))).))..a(((.)BBBBB.((]]])>>>.)]]}}}))))))))))))))..AA)).}}BBB
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((.(((((..((((..((((((.................................))))))...))))....)))))...))))))))))))............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((..................................(((....)))....................................))))...................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...)))))))))))).....)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..(..)((((.......((((((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))))))..((..)).))))))))))(((.(((((..))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.................................(((..(..((((...(.......(......(((....(.........)...)))...)......)....)))).).))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..........(((((.(((((..((((...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))....))))....)))))...)))))..........)........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((((((((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)))..)))...))))))))))))..))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..((((.(((((.........)))))..................))))....(((((((.........)).))))).)))))))))...((((....)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....))).((((((((....{{{{{)))))...((((...........}}}....[[[......))))...]]]..<<<<<.}}))).>>>>>((((....)))).....




RNA: SRP_00209

GGCCCCUACGUGGUGUCAUCUCGCUGAACUUCCCCCAGGACCGGAAGGUAGCAAGGGUAGGUGGGCUCUGGCAGGUGCGUGAGGGGUCUUCACGUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((.(((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))).))).)).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))).........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....((((..(((((.........))))).))))..((((......)))))))))..))))).))))))).........
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((...........................(((....)))..........................))))).)))))...........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................................(((....)))................................))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((......((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))...))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((....(..((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))....).....))))))))...)))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....(((..(((.(((.....(((....))).....))).)).).)))..)))))..))))).))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))).))).)).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..))).))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....(((..(((((((...(.(((....)))..)..))).)))).)))..)))))..))))).))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.............((((((....((((......{{{))))}}}....<<<<..))))))>>>>.......[[[[[.))))))..]]]]]..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((....(((((.......(((.....(((....))).....)))...)))))......))...)))).))))))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((....(((..(((((((.....(((....))).....))).)))).)))..)))))..))))).))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((..(([[....((.(((.....(((....))).....))).))..))]]..)))))..))))).))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((((((((((((((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))((((((..)))))))))))))))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((((.(((.((((((......((((....(((....)))....))))...)))))).)).).)).)))))..)).)...........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((.(((......(((.....(((....))).....)))..))).))...)))).).)))))).)))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))))..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((.(((......(((.....(((....))).....)))..))).))...)))))..))))).))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((([[[[[.(((((.((((((...(((((.........)))))............))))))...)))))........)))))))..]]]]]..
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((................((((...(((((.((.....................)).))))).)))))))).))))))).........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((....................(((.....(((....))).....)))........(((....))).)))).))..............
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((......(((.....(((....))).....)))..)))))...(.............)...............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((......(((.....(((....))).....)))..)))))...(.............)...............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((......(((.....(((....))).....)))..))))).................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((......))))..((((((....))(((....))).((.(((((......))))).)))))))))).))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...[[[[[)))))))..]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((...........(((((.....(((....))).....))).))........)))))..))))).))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((.(((((....(((((.........))))).............)))))...)))))....))).))))))).........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((...(((((.........)))))............))))))...)))))..)))))).)))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................................(((....)))................................))))))).........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((......(((.....(((....))).....)))..)))...................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((........((((.......(((.....(((....))).....)))...))))...........))))))))..............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((....(((..(((((((.....(((....))).....))).)))).)))..)))))...)))).))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.(((((((((((..((((((((..))...)))))).(........)))))))..)))))..).)))).))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((........(.(.(.......(.....(.........)......)....)..)....).....))...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((..(((((.((((((......(((.(...(((....))).)...)))..))))))...)))).)..))))).)).)).....)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((....(((..(((((((.....(((....))).....))).)))).)))..)))))...)))).))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((......(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))).))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....((((......))))...(((((.........)))))......)))).(((.....))).......(((((((.....)))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..[[[[))))...(((((.........)))))......(((((..{{{{)))))...}}}})))).))))))).]]]]....




RNA: SRP_00213

GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.....((((..........))))((((.....))))..(((((....)))))))))....)))))))))))......
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((..........................(((....))).....((((......)))).......))))))))..........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.....(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))...))))....)))))))))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..............................................................))))))))))))......
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))).))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))...........)))))))))))......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.....(((((.............((((.....))))........)))))......))..))))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).))..))))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....((((.....))))..)))...)))))....).))..))))))))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........((((..........))))(((([[[[.)))).((((((....))))))......)))))))))))).]]]].
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))..........))))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....(((((((((.......[[[))))).)))).(((((....((((....)))))))))]]].)))))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.....(((((((....(((....((((.....))))..))))).)))))......))..))))))))))))......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.....(((((.....(((.....((((.....))))..)))...)))))......))..))))))))))))......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.(..(((((((((..))))..)))))))))))))))))(((...)))..)))))))))))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(......(((((.(((.((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))..))).)).))))...)..........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...................(((((..(((....)))......(((......))).))).)).))))))))))))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.....(((((((....(((....((((.....))))..))))).)))))......))..))))))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........((((..........(((((((.[[[[[...............))))))).))))))))))))))))]]]]].
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..............(....(((.....((......)).....)))....)..............)))))............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((...................(((.....(((....))).....)))........(((....))).)))).))..........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((.....(((.....(((....))).....)))...))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((.....(((.....(((....))).....)))...))...............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((.....(((.....(((....))).....)))...))...............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...(((..((((..........))))((((.....)))).((((((....))))))...)))))))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((.(((((((((..........))))).))))..))....((((((....)))))).......)))))))))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........(((((((...(.((....((((.....))))..))))).)))))..........))))))))))))......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...................(((.((((((.....(((.......))).....))))))..))).)))))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))........((((((....))))))......))))))))))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.........((((......(((.....(((....))).....)))....))))...........)))).............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...(((((((((..........))))).)))).(((((....((((....)))))))))...))))))))))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((.(((........))))).(((((((((((.(.(((.((..))))).)).)))))))..)))..))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((..(((....(((.....(((.....((......)).....)))...)).).........).......))..))......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..((.(...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))...)))))....).))...)))))))..........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..............................................................))))))))))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.....(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))......))..))))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((.(((((((((..........))))).))))..))....((((((....)))))).......)))))))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........((((..........))))((((.....)))).((((((....))))))......))))))))))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........((((..........))))((((.....)))).((((((....))))))......))))))))))))......




RNA: SRP_00215

GCCAUUACAACAAUUAACACGAACCAUGUCAGGUCAGAAAUGAAGCAGCAUUAAGUAUCUUAAUUGUGUGUAAUGGCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.(((((((.((.....((((....(((....)))....))))...)).)..))))))))..)))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((((....(((...((..........)).)))(((((...)))))))))))))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))...))....))))))).)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((....)))......................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))).)....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((((((((((....)))))))))))..............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((..(.((.....((((....(((....)))....))))...)).)....))))).)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.((.....((((....(((....)))....))))...))...)))))))..)))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..(.....((((....(((....)))....))))...)....)))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((................(((....)))................)))))))).)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((...))))).(((((((((((((....)))))))))))))))))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..))))))).)))))).))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.....................((((....(((....)))....))))......................))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.....(((......))).........................)))))))).)))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....(((((................................................)))))......))))....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))...)))))).)))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))...)))))).)))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((....))).....)))..............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...((.((......))(((....))).((........)).)))))))))).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..........................................)))))))).)))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((..................))))........)))))))).)))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((.....(((.....(((....))).....)))...)).........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.......(((((((((((((..)))))))))))).)......)))))))).)))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((.....((((....(((....)))....))))..............))..)...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(.(................(........)..).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........((((....(((....)))....))))........)))))))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.................(((..................))).(((.....)))......)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((..............(((..................))).(((.....)))....)))))))))))....




RNA: SRP_00216

AGAACCAUCACAUCAUUAGAGUCGAAUCAUGUCAGGCCAGAAAUGGAGCAGCAUUAAGACUUGUCAGUGAGUGUGAUGGUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))).)..))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))).))))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((...((..........)).))))...)))))...)))).)))))))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))).))))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).))))))).))))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))).))))))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))))..))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.....(((((.............(((....)))...........)))))........)))))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))).))))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((..))))))))))))).)))))))..))))).))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(..(.(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).))))...)))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.....(((((.............(((....)))...........)))))........)))))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..((([[[[(...{{{{((....(((....))).)).{{..))))}}}}}}..]]]])))))))))))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((((((((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).))))))......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((((((((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).))))))......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((.(((((((......))...(((....)))((.....))..)))))...))))).))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....))))).))))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((..................))))...)))))...))))).))))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).......................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))).))))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...(........)(((((((((((((((..)))))))))))..(((((..)))))))))))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(...((...((......((................))..))....)).)......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))).))))))))))))
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))).))))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.............(((..((......))..))).....(((...((....)).))).)))))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((..........(((..((......))..))).((((.........))))..)))).))))))))))).




RNA: SRP_00217

GCCACUAAAAUAAUAACCUUGUAACCUGGUCAGGAUAGAAAUAUAGCAGCCAUAUCGAGAAGUGUUGUGUUUAGUGGUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.(.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))...)))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((..................))))...))))...)))))).)))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..))))))).)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)))))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))...))))..))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((......[[[))).]]].....(((((((((..............))))))))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((((((.....((((....(((....)))....))))...))...)).))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..)))))))...((((((...)))))))))))).)))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).))))...))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...............((((..))))...........(((((.............))))).)))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).)))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).)))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.....))))..(((....)))(((....))).(((((.............))))).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((...((((....(((....)))....)))))).))))...)))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...((((((((.......................................))).))))).)))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((..................))))...))))...)))))).)))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((.(....((((....(((....)))....)))).....).))).))))).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((.(....((((....(((....)))....)))).....).))).))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((..(.(.((.((((..)))).)).)).)))((((((.(..((..))..))))))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..............(.......(..((.....(............(.((...........)))...)...)).)...).).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........((((.........))))...........(((((.((........))))))).)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.....))))...........((((...[[[[[[[[....))))......]]]]]]]]))))))))....




RNA: SRP_00219

GCCAUUAGAAUAGCAACCUUGUAACUUGGUCAGGACAGAAAUGAAGCAGCCACAUCGAGAAGUGUUAUGUCUAAUGGUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.(.(((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...))))))...)))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((..................))))...))))...)))))).)))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....((((..................))))...))))..))))))).)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)))))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((.....((((.....((....)).....))))...))))..))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...))))))..))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((.....((((.....((....)).....))))...))))..))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........((((...[[[[[[))))................(((]]]]]]..))).....)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((..................))))...))))...)))))).)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((..(.((((((..)))))))((((((...)))))))))))).)))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)))))).))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.........((((((.......................))))))...)))))).)))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).)))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).)))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((............))).((....))..((..............))))))).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((.....((((..................))))...))))..))))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((..((((.....((((((.........))).....)))...))))...)))))).)))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((..................))))...))))...)))))).)))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((.(....((((((..(((..)))..))))))...))))).))))))))).))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..............(.......(..((.................(................)........)).)...).).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((.....((....)).....))))...))))...)))))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.....)))......(((..................))).(((......))).....)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.....)))......(((..................))).(((......))).....)))))))))....




RNA: SRP_00222

AGCCGUCACAUCAUUACGGUCGAAUCGUGUCAGGCCAGAAAUGGAGCAGCAUUAAGACUAUUUAAUGAGUGUGAUGGUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..(((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))).)..))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((...((..........)).))))...))))...))))).)))))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))).))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)))))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((((((...)))))).....(((....))).....(((((((....))))))).)))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(.(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)))).)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((((((...)))))).....(((....))).....(((((((....))))))).)))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((.((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))...)))))).))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((.((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))...)))))).))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((..((((((......)).))))..((((((.............))))))))))).))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((...........))))...((((......)))).........)))))).))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((...........))))..((((((.............))))))))))).))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((.....(((.....(((....))).....)))...))......................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((.((((..(((((.........)))))...)))).....((((((........)))))).)))).)))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(..(...((..........(((...............)))........)).)...)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((.((((((......)).))))...((((......)))).........)))))).))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((.((((((......)).))))...((((......)))).........)))))).))))))))).




RNA: SRP_00227

GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).))))....))))))).........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).)))))...))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((((.....................(((....)))..................)))).............))))))))........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).)))))....)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((((((((((((......(((((((((((....)))))))))))...))))))))))).)).)))))...)))))))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))))...))))))...))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((.............((((....((([[[.)))....))))..]]].....))))....))))))...))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).))))))...))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....))).))).))))))...))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))........)))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..)))).))))))).))).))))...)))))))))........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...)))))))))......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((...((((....)))).....((((...........))))..........))))....))))))...))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))).........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).))))))...))))))..........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..))))).)))))).)).)))).....................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..))))).)))))).)).)))).....................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).)))))...))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((...((((....)))).....((((...........))))..........))))....))))))...))))))))........
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RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.................................(((....)))...................................))))))))........
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...)))).)))))).)).))))))...)))))...........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.....((....))((((....(((....)))....))))..........)))).))).)))))...))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((...((...((.(((((((((((..)..)))))))))))).)).)))..))).)).))))))...))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......................((....(....(.....((.............................))....)......).....))..))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((..((((...(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)...))))....)))))....))))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)))))..((((..((((....)))).....((((...........))))...............)))).(((((..((....)))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)))))..((((..((((....)))).....((((...........))))...............)))).(((((..((....)))))))...




RNA: SRP_00229

GCCCAUAGAGGAGGAUCUUCAACGUUUUGAAGAUGUGUCAGGACUGAAAAGAAGCAGCACGCAAAACGCUUCGAAGUCGCCCCCAUUCUAUGGGUGCCGUACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..((...((.((.((.((.....(((((.....((....)).....)))))...)).)))).)).......))..))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((((((....))))))))...))..((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((......((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))))))...)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((.(.........))))))..)))).)).)..))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((........))))))((((.....((....)).....)))).....................))..))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((.(.........))))))..)))).)).)..))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.(((.((.(..............((((....(((....)))....)))).......)....))..)..)).))....)))))))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).)).))..)))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((..(((((((.....((((.....((....)).....)))).)))))))....))))...)).))..)))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((.((((((.(((((((((((......((((....(((....)))....))))..)))).)).))))).)).))...)))))).)).)........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).)).))..)))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....))))))))...((((..))))...(((((............))))).............))))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((.[[[))))))))((((...{{{{.....{{{{{.))))<<..]]]}}}}}..}}}}<<))...))))))))))>>.>>...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((((.[[[)))))))).......((((.....(((((.........]]])))))..))))........)))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((......(((.....(((....))).....)))..)))......................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.((..((((..(((((((.((.(((((...(......)....))).)))))))))))....))))....))))...))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(....................(....(.(..(...(..............(................).......).)..).)......)..).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((((....)))))))........((((.....(((((............)))))..))))........)))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((.(((((((....)))))))........((((.....(((((............)))))..))))....)).))))))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.....))))...(((((((...[[[[))))))).......((((..]]]]......))))......(((((.........))))).......




RNA: SRP_00231

GGCGGGCCUCCCCGCAUUGUGAGGUAGUGAAUCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCUAUUUUUCGCAAGUGCCGGGGGUUCGGCUCGCCACCCGUAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((.(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).))))).)))))...((....)).))))..))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...)))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.................(((....)))................)))))))).)))))))))....))))))).........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))...))).................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...)))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))....)))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))...))))))...)))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...)))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((((.......(((((......)))))....(((.......)))...))))))))....))))))...)))))))).........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((........((...(.(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)...)...)).............)))))))..........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...)))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...)))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...)))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))...)))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)))))((((((.((((((((.((((..))))(((((((((((((((...)))))))))))))))...((((((..))))))))))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))).))))...)))))))).........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))...)))))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..(......((..((....(((......((((....(((....)))....))))...)))......))...))..........)..)))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)))).)))))...)))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((((..(((..(((((......)))))..........))).......))))))))....))))))...)))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((...(((((.............................................)))))....).))))).....................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(.....)((((....(((....)))....))))..............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(.....)((((....(((....)))....))))..............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(.....)(((.....(((....))).....)))..............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...)))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....))))).)))))..)))))).)))).)))))...)))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..((((((((...(((((......)))))..............)))))))).....))))).)))))...)))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..............................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...)))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...)))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...)))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...(((((((((((((((((((.....((((((..((((..))))..))))))..))))..)))))))).)).)))))....(((..))).)))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(..................(((.((.....((((....(((....)))....))))..))..........................))))......).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))....)))))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)))..)))))...)))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).)))))...)))))))).........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...)))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...)))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....))))).......((((.....(((((......))))).(((((.............))))).....))))..((((..((....)))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((..........))))).((((.(((((......)))))..(((.............))).))))...))))..((((..((....)))))).....




RNA: SRP_00233

GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...)))))...))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....)))...................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....)))))))))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((..........(((.....(((....))).....)))..........)))))))..))))))..))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))..))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)...)))))))))..))))))..))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........((((.[[[[[[[............(((....))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........((((.[[[[[[[..(((....)))(((....))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........
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HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))..))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((..))))((((((((((((((((..)))...)))))(((((((((....)))))).))))))))))))).)))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.((((.((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))).)).)).)))..).)))))))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))...................))))))..))))))))........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((...(((((((.((((((((..)))...)))))........((((((...)))))).)))))))))))))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((<<<<<<((((.aaaaaaa.(((((((.{{{))...))))).))))((.[[[[[[.))]]]]]].AAAAAAA))>>))))))))>>}}}>>.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.(.(.(((....)))..).))))...........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((..((((...((((...................)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((..................))))...........................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((.....((((((....(((....)))....)))....)))..)))))))))..))))))..))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((.((((..........(((....)))(((....))).)))))..((((((...))))))....))))))..))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((.((((((...((..(.((((((((..(((..)))..))))))).).)))....)))))).)).)))))...)))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(.....................(....((...((((.....(.......................)...))))....)).......)....)..)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(.(((((...(..((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))..)....)))).).....)))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((..(((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))..))..))))))..))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((........(((((.((......))))))).(((...........))).))))))..))))))..))))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((........(((((.((......))))))).(((...........))).))))))..))))))..))))))))........




RNA: SRP_00243

AACCGGGGACCUCAUGGAAUAAAUUAGUUCGAACCAGGUCAGGACAGGAAUGUAGCAGCCUUAAGAAUCAUACUUAUGCCUUGAGAUAAUCUCCGGUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.((((..(.((((.((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).).)))).)..))))....)))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((..(((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))..)).))))....)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................((((((..............)))))).................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)).)))))....))))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((((((((((....))))))))))).........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..((((.(..........((((.....((((....(((....)))....))))...))))...........).)))).....))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).)))).....))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.................((((...........))))..............((((((..............))))))....)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))....))))....)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((..))))).))))))))))))))).))))))))))))))...))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...(....(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))....))).)...))))...)))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..............((((...........)))))))...........((((((..............))))))....)))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((((((..))).(((([[[[({{{{..)))).)]..<<<.<<<}}}}<<<<..)))..>>>>>>>..))))>>>.))))))))).]]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).)).)))).................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))..)))))).)).)))).................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((((....(((....)))....)))).........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((.....(((....))).....))).........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))....))))....)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(((((((......)))).....((((..................)))).......))).((((.....))))....)))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(((((((......)))).....((((..................)))).......))).((((.....))))....)))))))).....




RNA: SRP_00244

GGAAACCUUCUCGGUUCCUCGCAAUGGUGUCUGGUUUACCCGGUCAGGUUCGGAAGAAAGCAGCCAAAGUCAGAAUUUCUGUGUGCCGAGAUCAAGCUGGGAAGGUUUCCACCCAACG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((.((((.((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..).)))))...))))....))))))))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))....)))).))).)))....))))))))))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....)))............................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(........(((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).))))............)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((((((((....)))))))))))....................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((.......(.((((.....)))).)..........(((..................))).......))))....))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((..((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))....)))).)).)))).....))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((.((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))....)))))...))))....))))))))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((......((.((((.....)))).)).((.....(((((................)))))....))))))....))))))))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((..((((.....)))).....(((....)))....))))....(((.....))).............))))))))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(..............(((....(((....)))....))).............).......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((..((((..((((........(((....(((....)))....))).....))))....))))....))))....))))))))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.(((...(((.(((..((((......))))...))).))))))....((((...))))..)).))))....))))))))))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....))))))))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((([[[[[[......[[.))..(((....))).....]]...]]]]]]....)))).)).))))....))))))))))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..))))))..)))))))))))))))((((...))))..)).))))...)))))))))))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))..).)))))...........))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))....................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))....................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.(((...(((.(((..((((......))))...))).))))))....((((...))))..)).))))....))))))))))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((........((((((((..((((......)))).............))))))))............))))....))))))))))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((((....(((((................................))))).....)))))).................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))....................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((([[[[[(((((..<<<<<)))).{{{.)))(((((..aa..((>>>>>..))(((()].))))]]]]))))).AA.))))))))))))))))}}}.....
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))....................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))).............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))....................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))....................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).))).)))....))))))))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.(((...(((.(((..((((......))))...))).))))))....((((...))))..)).))))....))))))))))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((...((((...........((((......)))).........))))....((((...)))).....))))....))))))))))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.................................(((....))).....................................))))...................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))....................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....))))))))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.(((...(((.(((..((((......))))...))).))))))....(((.....)))..)).))))....))))))))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).))).)))....))))))))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..((......))((((........).)))..((..)).))(((((..(((.......))))))))...(((..)))))))))))))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..............................((........(....(.((.........(.((.......(...)....)))......)).)....)..........))..))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................(....(.(.....(......).....).)...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.......(((...............(((....)))............)))..........))).)))....))))))))))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..(((((.......(((....(((....)))....)))....)))))....)))).)).))))....))))))))))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((..(..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)..).)).))))....))))))))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....)))).((((((..((((.......))))(((......))).......((((...............)))).)).)))).......((((..........))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((..[[[)))))).......((((...{{{{)))).(((..(((.............))).....(((.....)))...)))}}}....}]]](((..........)))....




RNA: SRP_00250

GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUAACUUGUUAACUUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAUAGCAGGGGAUGUGUGUGCCGGGAUGUCGCUGGCAGAGCCCUCGCCAAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((..(.((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..))))))))..))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))).......))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((..((((...((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).....))))....))....................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....))))))))))))))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....)))..........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.........(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...........)))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..))))))))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.((((((((((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))).)).))))).)..))))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..))))))))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..))))))))))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((.........(((((((...........(((....)))........)))))))............)))))....))))))))))))))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((..((((...((((...(((.......((((....(((....)))....))))....)))....)))).....))))....))))))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......(((((..((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....))))....)))))........))))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))))))))))))))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))))))))))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))))).)))))))))))))))).)))).))).)))).)..))))))))))))))).......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))........)).......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).))).)))).).))))))))...............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))))))))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((..((((...((((((((((((..))))).................)))))))......))))..)))))....))))))))))))))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))..................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....))..))))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((.(.(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).)).)))))....))))))))))))))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((..((((...(((((((...((((..................)))))))))))....))))....)))))....))))))))))))))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))))))))))))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).))).)))).)..))..))))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))).)))).)).))))).)).))))))))))))))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......................................(...........(....(..(..((..(.....((..........))..)..))...)..).....)...)))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(........(((((..(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))....))))))................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))))))))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))..))))))))))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((...((((((.((((.......))))..((((....))))..)).)))).)))).((((.((.....)))))).(((((.......)))))....))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....[[[[[[.))))).....]]]]]].((((...........{{{{{{.....))))..((((.((.....))))))..}}.}}}}.....((((.((....))))))...




RNA: SRP_00251

GAGGCCCCCAUUGGUCCUCCCGCAACACUAACCUGUGAACUCGGCCAGACCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAGGUGACGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGUGGGGGCUUCCACCCAUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((.(((.((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))).)))..........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))........).)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))...)))......................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....)))............................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))....................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...)))).............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))).)).))))).).)))))))))))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((.........[[[[[(.............{{{{{..)))))....(((()]]]]]....))))..}}}}}....)))))))))))))))).........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...(((.....((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).......))).....)))))...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((..((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))....)))))...)))..))))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((.((((((..)))).)))))))).)))))))).)))).))).)))).).)))))))))))))))).........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))).............))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))))))).................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))..))).................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....))))..)))))...)))))))))))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))).....................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))....................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).............................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))....................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))....................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))....................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...)))..))))))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((((.(((((([...((((.....(((....))).....)))]))))))))..)))).)).)))))...)))))))))))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............)))))).....))))..)))))...)))))))))))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((..................................(((....)))....................................))))....................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))....................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))..))))))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.((((((((..(..((.(.((((((..))))).)).))))).))))))..)))).)).))))).).)))))))))))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.................................(......(..((..(.((...(..........(..................).....)..)).)...))..).......))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((.(((((..((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....))))....)))))...)))))))..................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))..))))))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......))))....((((.........))))...((((......))))..((((((..(((((..........)))..(((((.......))))).)).))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......)))).(((((((......[[[)))....((((......))))..)))).....(((.((.]]]...))))).((((.....)))).((((((........)))))).




RNA: SRP_00266

GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........)))))))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((.(..(((...(((.((....)).))).)))..).))))).))))...(((((.....))))))))))))))).....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((...(((((...((......((((....(((....)))....))))....)).....)))))....)))).))))))))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.....(((((..(((....(((....)))....))).....)))))..)))))...)))).)))))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((....)))...............................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((((((((....))))))))))).......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.........(((......((((....(((....)))....))))....)))............)))).)))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((..(((((...((......((((....(((....)))....))))....)).....)))))...)))))...))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........(((((.....))))))))))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...))).....)))).)))))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..............................(((....)))...((((....))))..(((((.....))))))))))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).)))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....((..((((......((((....(((....)))....))))....))))....)).....)))).)))))))))).....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....)))))))).((((((((((((((((..))))).).(((((.((((..)))))))))))))))))))))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.((((.(((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))).)).)).)))).).)))))).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((....((((...........((((....(((....)))....))))...........)))).....)))..))))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((....(......((((....(((....)))....))))....)......))).....)))).)))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((((.................(((....))).............)))))).............)))))))))).....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((<<<<<(..((..aaaaaaa.)).(((.[[.))){{{.AA.{{.)).)}}}}})))).AAAAA>>.))))))))))>>>]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((....))).....))).......................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((....)))((............))...(((....)))((((.......))))..(((((.....))))))))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((...............................................................)))).)))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((........................................((((.......))))..(((((.....))))))))))))))).....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((...(((((.((.((.....((((..((((..))))..))))..)))).))))).)))).((......)))))))))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(..(.((....(((........(.....(..........)......)...).))...)))..........).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................(((.(...............(....)............).)))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....((.............(((....(((....)))....))).............)).....)))).)))))))))).....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((...........((((....(((....)))....))))...........)))))...)))).)))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((((......((((....(((....)))....))))....))))...)))))...)))).)))))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((....))).........(((((.((......))))))).(((.......)))...(((((.....))))).))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((....))).........(((((.((......))))))).(((.......)))...(((((.....))))).))))))))).....




RNA: SRP_00268

GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......((((((.((((.((.(((....(((....))).....))).)).))))......))))))))))))))))......
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..((......................(((....))).....((((......))))..))...))))))))).........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))))......
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))).))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).....))))..))))))))))).......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.....(((......(((.....(((....))).....)))...))).......)))..))))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).)))..))))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((....((((...(.(((....)))..)..))).))))))).....)))..))))))))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......((((........[[[.))))(((....)))......((((((.....))))))]]].)))))))))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((.(..(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))....).))..))))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((..[[[[.)))........]]]](((....)))..(((.[[[[[[)))..]]]]]]...))))))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((..[[..........(((.....(((....))).....))).............)))]]))))))))))))......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((.((..((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))..).).)).))))))))..))......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))...)))).).))))))))))))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(........................(((....)))........................).))))))))))))......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((..((((............)))).....(((.((((........)))).)))..)))..))))))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((..((((............)))).)))............((((((.....))))))...))))))))))))......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
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NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..))))))))..........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..))))))))..........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..((((...((((......(((.....(((....))).....)))...)))).....))))...)))))))..........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))...))))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((..((((.......[[[[.))))....((((.((((..]]].].)))).)))).)))..))))))))))))......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......((((............))))(((....((((((((.......)))...))))).))))))))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((((............))))................((((((.....))))))...))))))))))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((.....(((....))).....)))..................))))))))))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(......(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).........).))))))))..........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((.(((((.((...)).(.(.(.((.(((..))).).))))(((((((..)).))))))))))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(...(..((........(.....(.......)........)......))....)...)..........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((....(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))......)))...)))))))..........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(........................(((....)))........................).))))))))))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((...(..(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..).....)))..))))))))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((((............))))................((((((.....))))))...))))))))))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.....)))..((((......[[[[[[))))(((..{{{............)))(((}}}..))).......]]]]]].......




RNA: SRP_00269

GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..)))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((..((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))..)).))))))...))))))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...))))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....)))))))))))..........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).))))....................))))))..)))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.(((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))).)..))))))..)))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.(((....(((.....((((....(((....)))....))))...)))......))).)).))))))..)))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).((((.....))))......))))))..)))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((......)))....((((((....)))))).(((....))).....((((......)))).))))))..)))))))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((...(((((.((((...((((((....)))))))))).(((...........))))))))....))))))..)))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.(((...((((...((((((....))))))))))((((.((.....)).)))).))).)).))))))..)))))))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..)))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((([[[[[((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).....)).............]]]]]...)))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((..((...(((((((..))))))))))))))))))))))))...)))))))))(((.(((((((..))))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).)).)))..).))))))).......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..)))))))).......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.....((...........((((....(((....)))....))))...........))......))))))..)))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..)))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.....((((...(((((((..)))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..)))))))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((....))).......((((...........))))...............................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((([[[..((((...((((((({{)))))))))))[[[)))).....((((]]]]]])))).))))))..))))))))..}}...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))..................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))..................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((...(.(((....)))..)..)))..........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.(((...((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).)))..))).))).)))))..)))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....))))))))))((((...........)))))))).)).))))))..)))))))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..)))))))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.................................(((....)))...................................)))))))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))..........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).....((((......)))).))))))..)))))))).......
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).((((.....))))......))))))..)))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..((((...).)))..)..(((..)))..((..))...((((((..(((...))).(..)).)))).))))...))))))).((..))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((....................((...((..((((....((......))....))))...........).....)...)).......)).)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((((...((.((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))).....))))))......)))).......
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TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)..))))))..)))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..)))))))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.....))).)))).((((...((((((....))))))....(((..((.....))..))).((((((.....)))))).))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....)))....(((((....((((((....))))))....(((..((.....))..))).......))))).....))))))).......




RNA: SRP_00270

GACUCGGACCCAUGCGGCCGCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGGAGCAGCCACACGGGAUGCUCGUGACAGGCGUGGACUCCGGGUCACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.((((((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).))))).)..))))))..))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((...(((((..(((.....((((.....((....)).....))))...)))....)))))....))))))..))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....)))))))))))......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.(((((.((((.....((((.....((....)).....))))...)))...)))))).)..))))))..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(.((((((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).))))).)..))))))..))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))............((((((...))))))....))))))..))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.......(((...((((((....)))))).)))....))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
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HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((..(.(((...((((((....)))))))))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).)).))).).))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))...................))))))..))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((..))))((((((...(((((((..)))))))............((((((...))))))..))))))....))))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((...(((((..........((((.....((....)).....))))..........)))))....))))))..)))........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((....)))((((((...(((.....)))((....))(((((.((.....)).))))).....))))))))..))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.......(((...((((((....))))))))).....))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((........(((.....((((((....))))))...(((((...........))))))))....))))))..))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((................((((((....))))))...(((((...........))))).......))))))..))))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.................(((....................)))...................................)))).......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))).))).)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......(((((...((.((..(((.....((((.....((....)).....))))...)))....)).))....))))).......)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((...((((((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).)))))....))))))..))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.((....(((...((((((....)))))))))..)).))).((((((...))))))....))))))..))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((................((((((....))))))...((((..((.....))..)))).......))))))..))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........(((([[[[[[...((((((....))))))....(((..((.....))..)))))))..]]]]]]....))))))))...




RNA: SRP_00271

CUCGGCCUUUCGCGGUUUUAACGCCCAAACCUGGUCAGGAUCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAGGCAGGCGAG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ........(((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..)))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((........................(((....))).....)).........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..)))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((....)))................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((((((((((....)))))))))))........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.......))......(((....)))..))))))))..(.(((.((((.....)))).))).).))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..)))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((....(((.....((((....(((....)))....))))...)))......)))))..)))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.......))......((((()))))..))))))))..(.(((.((((.....)))).))).).))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((((........)))))[[[[......))))))))....]]]].......((((((...))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....))))........................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.[[[[[(((((........))))).))))...(((....)))....(((.((((.....)))).)))..]]]]]
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(.(((((((...(((.......))).))))))))))))).((.(((.((((.....)))).)))..))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((...................))))))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((((((...(((((((((((((((..)))))))))))))))(((((((...)))))))))))))))))))))
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((.(((..........((((....(((....)))....))))..........))).)))..)))..
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..((((((...(((.......))).))))))))))))).((.(((.((((.....)))).)))..))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.................((((..))))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....))))........................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....))))........................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....))))........................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((....))).....)))........................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.......)))(((....))).(......))))(((....))).((((.....))))))))...))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((..(((((((...(((.(....)))).)))))))))))))....(((.((((.....)))).)))....)))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((........)))))......))).................((((.....))))))))...))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((((........)))))..........))))))))...............((((((...))))))..
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....))))........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....))))........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.......))).....(((....)))...)))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((.(((((((.(((((...((((..))))...))))).))).)))).))))))(((((..)).))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(....(.......(.(....(......).....))....)...)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...)))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..((........))....(((....)))...)))))))....(((.((((.....)))).)))....)))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..)))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......)))....(((....)))..))))))))....(((.((((.....)))).)))...))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((......))))....((((.....(((((....))))).....(((..((.....))..))).......))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((......))))....((((.....(((((....))))).....(((..((.....))..))).......))))..




RNA: SRP_00273

GGUGGCCCCAUCGGUCCCCCCGCAUUGAUUACCCGUUAACCUGGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCCAUAGCGGGAACAUCGAGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGGGGCCGCCUCCAUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.(((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...))))))...)))))...)))))))))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).))))).).)))))))))))))).......))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.(((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).))))...)))....................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).))).))))...)))))))))))))))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((.......................(((....)))......................))))))))))...)))))))))))))))).......
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))..................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (........(((((((.((((((((((((..((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...))))).)).)))))...))))))))...............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...)))).)))).))))...)))))))))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).)))))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.(((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...))))))...)))))...)))))))))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((...((((..(.(((....)))..).))))))))))).).))))).))).))))...)))))))))))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((................[[[[[.....(((....)))..........)))))...........]]]]]....)))))))))))))))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))...............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...)))))))))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).)))))...)))))))))))))))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).))))).).)))))))))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...)))).)))).))))...)))))))))))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))))).))))))))))))))).))).))))))))))...)))))))))))))))).......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........((((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).))))..)))))))))...............
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))))...............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..........(((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))..)))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...)))))))))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..(((((..(((((((.((((..))))(((....)))........)))))))...)))))....)))))...)))))))))))))))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.......(((((................................................................))))).........)))))))..........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((.(((((((((((.............((((....(((....)))....))))...........)))).)).)))))...)))))).................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((..<<<<<..<<<<<<(.[[[[[[..[[[.))){{))).(((]]].)]]]]]].((>>>>>))>>>>>>.))))))))))))))))))).....}}
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((.....((((....(((....)))....))))..))))............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((.....((((....(((....)))....))))..))))............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((.....(((.(...(((....)))....))))..))))............................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...)))))))))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((...((((....(((....)))....))))))))))))..))).))))).))))...)))))))))))))))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..(((((..(((((((...((((..................)))))))))))...)))))....)))))...)))))))))))))))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((.................................(((....)))...................................))))))))...............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((.(((((..(((((..((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))....)))))...)))))))................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).))))).).)))))))))))))))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...)))))))))))))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).)))).).)))))))))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((..((.(((((((....(((((((((((..))))))))))).))))))))).....)))).))))).).)))))))))))))))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..........................................(.(...(.((.......(......(.....................)...)...)))....).)...)......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(.(((.(((((..(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))....)))))...)))..))................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...)))..)))).)))).).)))))))))))))))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).))).))))...)))))))))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...)))))))))))))))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((...(((((.(((((.....))))).((((......))))...............))))).(((((.........))))).))))))))))))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))......(((((.(((((.....))))).((((......))))..........[[[[[)))))..........(((((..]]]]])))))((((....))))....




RNA: SRP_00274

GGUGACCCCAUCGGUCCCCCCGCAACGAUUACCCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGGAACAUUGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGGGGGCACCACCUAUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((.(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))...)))))...))))))))))).))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))))).))........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((.(((((((((.((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)).)).))).))))...))))....................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...)))))))))))..)))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((....)))...........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....))))....................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((.(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))...)))))...))))))))))).))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).))))).))).)))).).))))))))))).))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((.((((..........(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))........[[[[.))))...)))))))))))]]]].........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((.(((.((((((((.(((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))..)).))))).)..))).)).................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).)))))...))))))))))).))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))))).))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((.((((((((..))).))))))))).))))))).))))).))))))))...))))))))))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (........(((((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).))))..))))))))............)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..........((((((((.(..(((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......))).)..)))).).)))..)).................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.(((((..(((((..(((((....((((......))))...............)))))...)))))....)))))...))))))))))).))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).)))))...)))))))))))..)))........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.(((((((((((((.((((((....((((....(((....)))....))))).))))))..))))).))).))))...))))))))))).))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.(((((..(((((..(((((....((((......))))...............)))))...)))))....)))))...))))))))))).))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((......((((....(((....)))....))))...))))............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))))).))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...)))))))))))....)))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))))).))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(.((.(((((.....((((((..((((..))))..))))))..)))))))).))))..)..)))).)..)))))))))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.................................(.....(((.....(..(.(.......(.((...............)))...).)..)........))).........))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(((((.(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))...))))).).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))))).))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).)))))...))))))))))).))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....))))...(((((.......((((.....((((......))))...........((((.(((.....))))))).)))).)))))..(((((.....))))).))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))).(((((.........(((((....(((({{{...))))...........[[[[))))).......]]]].)))))..}}}..(((((.....))))).))).




RNA: SRP_00285

GCUAGUAGUGGGCAUUGCUCUUGCUUAGUUGGUCAGGUCUGAAAAGAAGCAGCCAGGGUAAGAUUCUGUGGGUCAUUACUAGUAUCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((.(((.(.(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))..).)))..)))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....((((((((...((((...((..........)).))))))))))))...)))...)))))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((((.((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))..))))).))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((.(..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...).)))..)))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((.(.(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))..).)))..)))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((.(.((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))..).)))..)))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))).........)))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))).......).)))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((.((((((..)))))))))))))))))((((((...)))))))))))))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.((((.((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))..))).)))).))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((((((((((((......((((..))))....)))))...)))))))...........)))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((.....(((....))).....)))................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..<<(aaaaaaaa.))(((({{{{(([[[...)).)AA))))AAAAAA>>.}}}}....))))))))))).]]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))..))))..........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))..))))..........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..((((((((((.....)).))))(((....)))))))))).(((......)))......))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((....(((((((......((((......(((....)))..)))).)))))))............))))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......(((((((...(((((..................)))))))))))).........)))))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))).......).)))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))).......).)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((.......)).(((...(((((((((((..)))))))))))....)))....((..))..))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(.............(.(..........((((....(((....)))....)))...)......................).)).).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.....(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).......).)))))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((...(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).((((((.....)).)))).(((............))).((((((((.....)))).))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....))))))..(((((..((((......))))....)))))..(((.....[[[[)))..]]]].............




RNA: SRP_00295

GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUACUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAUGACGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCAGGGCCCCCACCCAAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((.......(((....(((....)))....)))....))))............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...))))))))))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.................................(((....)))...................................))))))))))))))))........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....))).....................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).))))).).)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((.((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))).)..)))).)).))))).).))))))))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((...((((((............(((....))).........))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(.((((...(....((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....))))......).....)))).)..................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......(((((..((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....))))....)))))........)))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))).)..)))).)).))))).).)))..)))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))..)))))).(((..)))))).))))))).))).)))).).))))))))))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).)))).).))))))........))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((.(((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))).)))................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((....(((.....)))((((..(((....)))....(((..)))...))))))))....)))))...))))))))))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...)))..)))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))..)))).)).)))))...))))))))))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((..((((...(((((((.............................)))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((....(((....)))....)))....................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((......((((....(((....)))....))))...))))............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).)))).).)))..)))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((..((((((((.(..(((((((((((..))))))))))))))))))).)..)))).)).))))).).))))))))))))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......................................(..(..(...(.....(....(.((.............))..)..)......))...).).............)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.(((((.(((((..((((...(((((......(((....(((....)))....)))...)))))....))))....)))))...))))).).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.(((((((((((...((((..(....(((....(((....)))....))).)..))))....)))).)).)))))...)))..)))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((((.(((....(((.....))).(((...........................))).)))..)).)))))....)))))))))))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((...((((((....[[[[....(((.....))).[[[.....)).))))..........)))))]]].]]]].((((((.......)))))).....)))........




RNA: SRP_00303

GGUGACCCUAGGGUCCCCCCGCAAUGAUAACUUGUGAACUCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAAGCGACUCGUGUGCCGGGGUGUCGGCUCUAGGGGAACCUCCAAAU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((..(((((((.(..((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))....).)).)))))..))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..........))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))....)))...................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....)))..........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))....))))).................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((((((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).)).))))).)..))))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))....))))))))))..))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).)))).)..))))))))))..))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((....(((((.......)))))..((((((....(((....)))......(((.....)))........)))))).....))))))))))............
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(...........................((((....(((....)))....))))..............................)...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).)).)))))....))))))))))..))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((((..)))))))))))).))))))))).)))).))))))))....))))))))))))))).......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((..((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))..).))))))..))............
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((((((((((((((((...(((((....(((((....(((....)))....)))).))))))....)))).)).))))).)..)))))..)))............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........((((((((.((.(((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))..))..)))).).)))..)))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((....(((((.......)))))..((((((....(((....)))......(((.....)))........)))))).....))))))))))..))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....)))..........................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))..................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..<<<<<<<<<<...<<(..{{{{...{{{{(...[[[[[[...))))>>...((((.....((()}}}}....}}}}aa]]]]]].))).>>>>>>>>>>..AA))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))..................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))..................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))..................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...((((([...((((.....(((....))).....)))]))))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((.(((((..((((...(((((....((((......))))...............)))))....))))....)))))....))))))))))............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.................................(((....)))....................................))))).................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))..................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((((((.....((..((((((..(..((.((((((((..)))))))).))))).))))..))..((..))))))).)..)))))))))).)))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (................................(.(...(........................(...)......................)....).)........)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((..(((.(..(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))..)..)))....)))))....))))).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....)))).((((((((.......))))....((((......))))...(((((...(((.((.........))))).(((....)))))))).))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....))))....(((((.......)))))...((((......))))...(((((...(((.........[[[[.))).]]]]......))))).(((.....)))....




RNA: SRP_00310

GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((...)))))..((((..((...)).....))))..((...))))))))).))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..............................................)))))))...........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((..........(((((((((((....)))))))))))..........))))..............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))..))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..(..((((..(.(((....)))..).)))))..)))).).))))))).))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((.....)))))))..((((........[[[[.))))......]]]].......))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..........((((....(((....)))....))))..........))))))).))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..(.(((((((((((((..))))).))))))))))))).).))))))).))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)))).)...)
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((..........((((..............))))..))))...))))))).))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.....(((....))).....)))............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.....)))))..(((......)))((((((.....))..)))))))))).))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((....(((((....(((....)))....)))).).))))...))))))).))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((((..........)))))...................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((..................))))...))))...))))))).))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....(((.....(((....))).....)))...)))......................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((....((.(..(((((((((((....)))))))))))..)..))...))))))).))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(..(..((((.....((((....(((....)))....))))...))))........)..).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((..................))))...)))).).))))))).))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((....))))..(((((.......)).))).(((...........)))........))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....)))).((((..[[[[......))))....]]]].(((.((((.....)))))))......




RNA: SRP_00312

GCCCCUCACGUGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGUCAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGCGCUUGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(.(....).).....)))..))))))...))))).)..))))))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.........(((........))).((((((.((((((........)))))))))))).).))))))))))......))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((...(((((.....(((...))).....)))))((.(((((......))))).)).))))))))))))))......
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((..........................(.(....).).....((((......)))).......))))))))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((..((((((....(((....))).....))))))..(((((......)))))))))..))))))))))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..............................................................))))))))))))......
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))).))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).....))))..))))))))))).......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((((((((((((.................)))))))))).)))))))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(.(....).).....)))..))))))...)))))..))))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((.((((((.....(((....(((.....))).....)))..))))))...))))).)..))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((((((((((((...((.((....)).)))))))))))).)))))))))))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........((((((.....[[[[[[[[[[[[[.)))))).....{{{{{]]]]]]]]]].]]].))))))))))).}}}}}
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((....(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))......))..))))))))))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((............(((.....[[[))).((((((.((((((........))))))))))))]]].)))))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((......(((........))).((((((.((((((........)))))))))))).))))))))))))))......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.........(((........))).((((((.((((((........)))))))))))).).))))))))))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((((((((((((.................)))))))))).)))))))))))))))......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))(((((((..))))))))))).)))))))))))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((.(((.((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)).).)).))).))).))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((......................(((....))).....(((((....)))))..)).).))))))))))))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........................(((....))).....(((........))).......))))))))))))......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(.....)....((......(((((..((((((........)))))).))))).)).)))))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..................(((((((((((((......[[[[[......)))))))))).))))))))))))))).]]]]]
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......((((((.....((......................))..))))))..........))))))))))))......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...................(((.....(((....))).....))).......((((....)))))))))))).........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))..........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))..........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))...)))))))..........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((.....))...(((((((((((....).((((........))))))))))).)))))))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((......(((........))).(((((.(((((((........)))))))))))).))))))))))))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...........................(((((..((((((........)))))).)))))....)))))))))))......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((.(((((......(((....(((.....))).....)))...)))))...)))))....))))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((..((((((...................))))))..(((((......)))))))))..))))))))))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.........................(((.....)))..........................))))))))))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.((.....(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).......))..))))))))..........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.........(((........))).((((((.((((((........)))))))))))).).))))))))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((.....))...(((((((((((((...((.((....)).)))))))))))).)))))))))))))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(.........(((........))).(((((.(((((((........)))))))))))).).))))))))))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(........))...(((.(((..)))((((.(((((((((....))))))))))))).))).)))))))))))((..))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(.....(...(...((.......(....((......))...........)...))....)...).)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..((((...(((((.....(((.(...(.(....).).)...)))..))))).....))))...)))))............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...........................(((((..((((((........)))))).)))))....)))))))))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(.......)......)))..))))))...)))))..))))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((......(((........))).((((((.((((((........)))))))))))).))))))))))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(((............))).((((((.((((((........))))))))))))....)))))))))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(((.[[[[.[[[[..))).(((]].]]]]]].....{{{)))..((((....)))))))))))))))...}}}




RNA: SRP_00315

GGAGCAACAGUUCUGCGUGAAGCGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUUUGAAUUGUGUGCUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))).)..))))))))..))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((..((..(((....(((....)))....)))))..)))....))))))).))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..............................................)))))))...........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((..(((.....((((((.((((....)))).))))))...)))....))))))).))))......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))))..))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((..(.(((....)))..).))))...)))....))))))).))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((.....)))))..((((..............))))..(((((....))))).))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...)))))((((((((((..))))).)))))(((((..))))))))))).))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)))).)...)
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...............((((..............)))).........))))))).))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..........((((....(((....)))....))))..........)))))))...........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....((((....(((....)))....))))...)))......................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....((((....(((....)))....))))...)))......................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((......(((.....(((....))).....)))....))......................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.....)))))((((((((....))).((........))..)))))))))).))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((..((((((..(((.............))).....))))))..)))))..........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..........((((..................))))..........))))))).))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....))))............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....(((.....(((....))).....)))...)))......................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((..........((((....(((....)))....))))..........))))))).))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((..)))(...).(.(((((((((((....))))))))))).)(((((((..)))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((.....((((....(((....)))....))))...))).................)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((..................))))...)))....))))))).))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((.....)))))..((((..............))))..(((((....))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((..(((((.....)))))..((((...[[[[[......))))....]]]]]......))))))))....




RNA: SRP_00318

GGAGCAACACUUGUGCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUUUUCGGGUGUGUGCUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))).)...))))))))..))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((..((..(((....(((....)))....)))))..))).....))))))).))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((...............................................)))))))...........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))).))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((((((((((....))))))))))).............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))).)...))))))))..))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((..(.(((....)))..).))))...))).....))))))).))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.........(((((.[[[[.....)))))....]]]]..........))))))).))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((..........((((....(((....)))....))))...........))))))...)))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))).))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))).)).......)
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))).)))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...............((((..............))))..........))))))).))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....(((.....(((....))).....)))...))).......................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....)))).............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))....)))))).))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....)))).............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))....)))))).))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....)))).............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.....(((....))).....))).............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((......)))..(((....))).)))((.....))......))))))).))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((....(((((....(((....)))....)))).).))).....))))))).))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((((.......)))))....((((..............))))..................))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..........((((..................))))...........))))))).))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....)))).............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.....(((.....(((....))).....)))...))).......................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((....(((....)))....)))).............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..)))(...)...(((((((((((....)))))))))))..(((((...))..))).)))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(...(((.....((((....(((....)))....))))...)))......)................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....((......))....))))...))).....))))))).))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....))))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(..(((.....((((....(((....)))....))))...))).....)..)))).))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((.......))).(((((.......)).)))....((((............))))...))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.....)))........((((((.......)).))))...((((..[[[[......))))...]]]]......




RNA: SRP_00324

CUCCACCAGUCCGCUAGCGACCCUGCGGAAACGCGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCGCACCGCCGGGUCGCUAGGUGGACAGCCUGCAGAUGUGGCGGAAUUGG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((.(.((((..((((((.(((((((....((((....(((....)))....)))).))).))))))))))))...)).)..)).))...............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))......))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).))))))...((((.......))))...)))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))))))..........))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((.((((...(((......(((....)))....)))..)))).)))))))))).))))).(((.........)))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(.((((....((((....(((....)))....)))).)))).).......................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.(.(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).)..)).))...............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((....(((((((((((((((.((((...(((......(((....)))....)))..)))).)))))))))).))))).(((.((....)))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.......((((((((((((((....)))).[[[[(((....))).........[[[[[))))))))))]]]]]...]]]].......)))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((..........(.((......((((....(((....)))....))))...)).)...........)).))............)))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))).))))))).(((.........)))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.........)))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.......((((((((((((((((...(((.((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))))))(((((.(((..))))))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))).))).........))...))))).))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((((((((((((((.((((....(((([[[[(((....)))....)))).)))).)))))))))).)))))..]]]].....)))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))).......................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))).......................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....)))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.......((((((((((.((((....((((..................)))).)))).)))))))))))))))....((((.......))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).))))))...((((....)))).))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....)))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((((((((((((..(((...(.(((((((((((..))))))))))).))))..))))))))).)))))).)((.(((..)))))(..)).)))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (................((.(..(.((.........(.(..(......((......))...)).)..................).)..)....).)))......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))........
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....)))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).((((.....))))........))))).)))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....[[[[[[.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).[[[[)))..]]]]........]]]]]].....




RNA: SRP_00325

GGCUCGGACUCAUGCGAUUACAACGCCCAAAUCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAGGGAUGCUUGUGGUAGGCGUGAACUCCGGGCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((....(((((((....(((....))).)))........)))))))))))))..))))))..))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...)))))...))))))))
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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(.((((((...(((.....(((((((((((....)))))))))))...))).....))))))..).)))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).)))))))..))))))..))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((.......)))...............(((....)))..............(((((((...)))))))....))))))))
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DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(.............(((.....((((....(((....)))....))))...)))................).....)))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((..))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((.((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).)).)))..)))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
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Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.((((((................((((((....(((....)))....)))....))).............))))))..))))))).
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...................................
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PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((((...........))(((....))).)).(((........))))))))))..))))))..))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.((((((...........(((.(((((...........)))))((((...........))))..)))...))))))..))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((........((((((.....................)))))).....)))))))..))))))..))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...(((((((.((((((..(((..)))..)))))))))))))....))))))))).))))...))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(....................((....(..((((....(((....)))....))))...........).........)).........)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))...)))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(..(((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))..)..))))))..))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.((((((........(((((.((......))))))).(((...........))).))))))..))))))..))))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..............(((((...(((((.((......))))))).((((((........))).)))....)))))....))))))))




RNA: SRP_00326

GACUCGGGCCAUGCGGCUCGGACGCCCAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGGAGCAGCCACACGGGAUGCUCAGAGCAGGCGUGGACUCCGGGUCACCCAACU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((.((((.(((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).)).))))..))))))..))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....((....)).....)))............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...)))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((((((((....)))))))))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((....).).))))).))))..))))))..))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((.((.((((.....((((.....((....)).....))))...)))...))).))))..))))))..))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.((((.....(((.....((((.....((....)).....))))...))).......))))..))))))...)))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((....))..))))).))))..))))))..))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((....)))))))(((((....((((((....))))))...(((((......[[[[.)))))......))))).(((]]]].)))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))...)))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((....))...((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((.....(((...((({{{.....{{))).}}[[[[[}}}....))).]]]]].))))..))))))..))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.((((..((((((((..))))))))))))(((((((...)))))))))))))))).))))).).)))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.((((.((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))).)).)).)))...))))))))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((..........((((....(((....)))....))))..........)))))))..))))))..))))))))........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((...................((((....(((....)))....))))....................))))...................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........(((((((..)))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....))))...........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....))))...........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....))))...........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((....))).....)))...........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..))))))...)))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..)))))).).)))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.................(((....................)))....................................))))...........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................((((....(((....)))....))))...........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.(.((.(((((..))))))))...(((((((..(((..)))..)))))))(((...)))))).)))(.((.(((((((..))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(...................((.....(..((((.....(......).....))))..........).........))........)............
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((.(..((((((..(((.((..(((.....((((.....((....)).....))))...)))....)).)))...))))))...).))......)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....)))....(((((....((((((....))))))...((((..((.....))..))))......))))).....)))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....)))....(((((....((((((....))))))...((((..((.....))..))))......))))).....)))))))........




RNA: SRP_00333

GGCUCGGAAUCAUGCGAUCGCAACGCCUCAACCUUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAAUACGGGAUGCUUGCGAUAGGCGUGAUCUCCGGGUCACCCUCUG
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((....(((....)))....)).............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))).))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....)))...................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....)))))))))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((.(((....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((..((((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))..))))))).))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((((([[[[[....(((....)))(((....)))...((((........)))))))))).]]]]]....))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((...(((....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))).))))))))........
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HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
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MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.(((((.((((....))))(((((.(((....))).))))))))))))))))))).)))))).))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).))))))).).)))))))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((.(............((((....(((....)))....))))............).)))..))))))..))))))........))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.......((((....))))(((................))).....)))))))..))))))).))))))))........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.(((.ccccc(bbbbb(..((((.[[[)))).<<<<..))aaa()))....{{{.AAA))>>>>B)BBBBC]]].)))))))).}}}CCCC
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((....))).....)))...........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))).))))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((..................((((................))))....)))))))..))))))).))))))))........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((((...(((...(((((((((((((..)))))))))))).).)))....)))))..)).))))....)))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......................(...(.((((....(((....)))....))))..............)......)........)).....))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))...)))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...............(((((...((((.((......))))))..((((((........))).)))...))))).((((....))))....))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..............((((((...(((....)))[[[[[[.....((((((........))).)))...))))))....]]]]]]......))).




RNA: SRP_00338

AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).)))))))...))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).)).))))))...))))))))...))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))...))).))))))...))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................(((....)))...................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((...(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))......)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................(((((((((((....)))))))))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))..)).))))))...)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((..((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))).)...)))))))...))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((..(.(((....)))..).))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...((((..[[[[[[..)))).....(((.....(((....))).....)))...(((((..]]]]]]))))).........)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))).....))))))...)))))))))....
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HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).)).))))))...)))))))))....
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Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
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Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................(((.....(((....))).....)))...........................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((((....(((....)))....))))...........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((.(((<<<(.{{{{{(...aaa.)))..(((((((...[[[[.)AAA...)}}}}}>>>)))))))..))))))...)))))))))]]]]
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................(((.....(((....))).....)))...........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).))).)))))...)))))))))....
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((((....))..))))...(((((.....))))).......((((.....((((((......)))))).)))).....))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................




RNA: SRP_00341

CCCGGGGCCUAUGCAAAAAAGGUUUUUCGAACCCCGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAGAUUAAUUCUUUUUGUGCCGUAGUGUUCCCGGGUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.((((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))))))...))).))))).)).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.........))).........)))))..((((((((..(((.((.((((((...............)))))).)).))))))))))).
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((((....((.....((((....(((....)))....))))..)).....))))))).))).))))...)))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....)))...............................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....))))))))))).......................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((....((.....((((....(((....)))....))))..)).....))))))).))).)))).).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..(((((((((((.......((.....((((....(((....)))....))))..))........)))).)).))))).....)).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))))...))))).).)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((..((..(..((((....(((....)))....))))).))..)).))))))).))).)))).).)))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((...)))))........(((....)))....((((((...............)))))).....)))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((((((((((...)))..((((....(((....)))....)))).........)))))))....)))))...)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)).))))))).)).))))).).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..))).)))))).)).))))).)).))))))....
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(.(((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)).))))))).))).))))..)..).)))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(..............................((((....(((....)))....))))................................)......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)).))))))).)).))))).).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.........))).........)))))..((((((((.........((((((...............)))))).......)))))))).
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((((((..........(((((...............)))))........)))))))..
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((....))).....))).......................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........))))...((((......)).))(((....)))((((((((((...............))))))..))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).)).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((.........((((.[[[(((....)))....))))......)).))))))).)).))))).).)))))))]]].
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((((((.((((.....))))(((.......)))........................))))))...)))))....))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......(((((...)))))..........(((((((((...............)))))))))...)))))...)))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..))))))...))))).)).))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).)).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((....((((((..((((..))))..)))))).)))).)))))))))).))).)))).)).))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..............(...((.....(....((((....(((....)))....))))..........).....))..........)....))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................((................................))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((.((......(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))........))..)))).)..))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((...........((((....(((....)))....))))..........)))))..))).)))).).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........)))).(((((..............))))).......(((((.((..........))..)))))......))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........))))......(((...........(((((((((...[[[[[[......)))))))))]]]]]]...)))))))))....




RNA: SRP_00342

CCGGGGCCGCCCACGAAAUAUCCCCCAAACCCCGCUAGGUCCGGAAGGAAGCAACGGUAGGGGGACGCUUCGGUGCGCGAUCCGCCCCGG
Reference structure (ext) [ sec struct ] (.((((.((.(..((((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).))))..)..)).))...)).).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(.((((((..(((..(((...(((....))))))...))).)))))).).))).))).)))....)))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(.((((((..(((..(((...(((....))))))...))).)))))).).))).))).)))....)))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((....))).....))).................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))....)))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((....))).........................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))))))).....)))))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....)))).................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(.((((((..(((..(((...(((....))))))...))).)))))).).)))).)).)))....)))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))..........................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.((.(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))..)).)).....)))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(.((((((..(((..(((...(((....))))))...))).)))))).).)))).)).)))....)))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.............(((....)))..........))))))(((.[[[)))..]]]...)))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....)))).................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...))))....)))....)))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...))).))).)))....)))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...))).))).)))....)))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...)))).)).)))....)))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))).))))))....)))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((.(.(((((..(((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).).)).....)))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((............................((((....(((....)))....))))..............................)).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....)))).................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...)))).)).)))....)))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.........((((((..(((......)))(((....[[[[[..)))..)))))).]]]]]))))........)))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.(((.......(((((.................................)))))........))).)))...........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((....))).....))).................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...[[..(({{{{{{..(((.<<<..)))(((....aaaaa..)))))}}}}}}.AAAAA)))).>>>.]].)))))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).))))))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....)))).................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).))))))...........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((((....(((....)))....)))).................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((....))).....))).................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)).....((((((..(((......)))((....))..((....)).))))))(((........)))....)))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...)))).)).)))....)))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...)))).)).)))....)))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((........)))....)))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((...((((((.................................))))))...))))...........)))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((....))).....))).................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.(.((((((..(((..(((...(((....))))))...))).)))))).).))).))).)))....)))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...))).))).)))....)))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...)))).)).)))....)))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((((..((((((.....((((.(((((((..)))))))).)))..))))))..)))).))).)..)..))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(.(...((.....(((.....(((....))).....)))...)...............).)....)......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(..(.......(......(......).....).........)..)......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...)))).)).)))....)))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).))).)))....)))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((...((((((..(((..(((...(((....))))))...))).))))))...))).))).)))....)))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((................))))...((((..........................))))........((((.......))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((............[[[(((.....)))...))).......{{{{{.......]]]))).}}}}}((((.......))))....




RNA: SRP_00350

GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..))))))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).))))))))).....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......((((.......(((.........)))........(((((......)))))..))))))))))))))).....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..........................(((....)))..........................))))))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..............................................................))))))))))).....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).....))))..))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((................................)))))))...........)..))))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((..................((((((....))).................)))))))..))))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..))))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((..((.....((.........))......))..)))))))....(((....)))))))))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((......)))[[[[[...............))))))).....]]]]]....))))))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((.(..(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))....).))..))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((........)))..[[[[[[..........))))))).....]]]]]]...))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))...)))))..))))))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).))))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((([[..............................)))))))]].............)))))))))).....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((..))))))))))))))))..((((((((((((..))))))))))))..)))))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(..(((((.((..((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))..).).)).))))))..........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..).))))).)..((...(((....)))....((((((....))))))...)).))))))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.((((((.....(((....(((........)))..)))..))))))...)))))..))))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(((((...........(((((...........[[[[[...........))))))))))))))))))))]]]]]
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((........(((((................................................)))))..)))))))......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.(.............).))(((...(((....)))....((((........))))...))).)))))))).......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))..........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..))))))))........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))..........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))..))))))))........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..(((...(((((......(((.....(((....))).....)))...))))).....)))...)))))))........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((((((.(.....))))..(((........)))..))))))))))((((....)))).))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((((....)))))))))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.((((((.....(((....(((........)))..)))..))))))...)))))..))))))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((..(((((.(((((......(((....(((........)))..)))...)))))...)))))...)))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.((((((..((((......................)))).))))))...)))))..))))))))))).....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........................(((....)))..........................))))))))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.(......(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).........).))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).))))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))...))))))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((......)))((......))..........)))))))...((....)).).))))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((((..((..((.((((......)).).).)))))))))))).............))))))))))))(..).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........................(.......(.............)........................).....)).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..((((...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..))))).....))))...)))))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((................................)))))))...((....))...))))))))))).....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..))))))).(.((....)).).))))))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....(((....))).((((......................)))).(((((.......))))))))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....(((....))).((((......................)))).((((.((....)))))))))))))))).....




RNA: SRP_00356

UUAUAAUAUAUAUGUCAUUACAAUAUUAAGUAGCGAACCUUGUCAGGCCAGAGAUGGAGCAGCAAUAGCAAUAUCUUUUUAUGUGUGAUGACAUAUAUUAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .......(((((((((((((((.((..((((.((.....((((....(((....)))....))))..)).))...))..))))..)))))))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).))))))))))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..)).....)))..))).)))))))))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((...............))))))).......................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((...(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))...))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((((((((((....)))))))))))....................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((..((......((.....(((....))).....))...)).....)))..))).)))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((((((((..((..........((((....(((....)))....))))..........))..))).))))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((.((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..)).....)))..))))..)))))))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((((((.....((((....(((....)))....))))..))..)).)))..))).)))))))))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((...............))))))).....)))))))))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((.(((.(((.......(((....)))(((....))).......(((....))))))...))))))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((.........((((....(((....)))....)))).........)))..))).)))))))))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((.......(([[[[..))(((....)))....]]]].........)))..))).)))))))))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((..))))))))))))))).((((..)))).))))))).))))))))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.((.....((...(((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))..))..))))))).))))........))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((...........((....(((....)))....))...........)))..))).)))))))))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((...............))))))).....)))))))))))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((...............................................................)))))))))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((.........((((....(((....)))....)))).........)))..))).)))))))))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((....((((........)))).......(((((((...............))))))).....)))))))))))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((...............................(((....)))................................))))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((((....(((....)))....))))....................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((..((...((.(.((......)).).)).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((..((.......))..))))))).....)))))))))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...((((((((........)))...(..)((((((((((((..)))))))))))).((((.((......))))))..))))).))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................(((.....(...(............((......))...........)........)........)..))...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................(.(..............).)......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((...............((......))...((((((..((.......))..))))))......)))))))))))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((..(((.........((((....(((....)))....)))).........)))..))).)))))))))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((..((.......))..))))))).....)))))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....))).....(((........))).........(((........))).(((...............)))..(((((((....)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....))))....(((........))).........(((........))).(((...............)))..(((((((....)))))))....




RNA: SRP_00357

GGGGGCCCUGGUCCUCCCGCAACACUAGUUCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGAUGAUGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCUCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((.(((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).)))))...)))..))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................(((....)))................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((((((....)))))))))))........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((((..(((......)))..[[[[[[....(((....)))......[[[[))))....]]]]...]]]]]]....)))))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((...((...(.((......((((....(((....)))....))))...)).)....))....)).)))).).)))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...)))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((((((..))).))))))).)))))))))).)))).))).)))).).)))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))..))))).))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))).).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((..((((..((((..))))(((..)))(((((........[[[[[[[[.)))))...))))....)))))]]]]]]]]))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....))))........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....))))........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((.....(((....))).....)))........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))..))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((.((((((((....((((....(((....)))....))))).))))))..))))).)).)))))...)))))))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............))))))...))))....)))))...)))))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((.................................(((....)))...................................)))))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....))))........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).)))..))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((.(((((.....((((((..((((..))))..))))))..))))).)).)))).)).))))).).)))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......................(((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))........................))..)).)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))...)))))).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))..))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).((((((..(((((((....)).)))))...(((((.................)))))..)))....((((.....)))).)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).(((.....(((((((....)).)))))....((((............[[[[.)))).....]]]].((((.....)))).)))......




RNA: SRP_00358

UGGGGCUCUGGUCCUCUCGCAACAAUAGCUCGUGAACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCGUGUGACUUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCCCACCCUUUAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((.((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...))))))))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((((......(((.....((((....(((....)))....))))..))).......))).))).))))...))))))))))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................(((....))).........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((((((....))))))))))).................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).))))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).))))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((.(((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...))))))))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).))))))))))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((((...........)))).((((((....(((....)))......(((((........))))).))))))....))))))))))))).........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.(((.....(.............(......((((....(((....)))....))))...)................).......))).)................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((..((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))....)))))...))))))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...))))))))))))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..)))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...))))))))))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((..)))))))))))).))))))))))))))))))))))).).))))))))))))).........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.....((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))...))))))..).............
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.....((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).)))).).)))))).....)).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((((((((((...(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)....)))).)).))))).).))))))))..............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...))))))))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((((...........)))).(((((((((((((((..........)))........))))))...))))))....))))))))))))).........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((...........................................................)).))))).........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((.....(((....))).....))).................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((((.......aaa.)))).((((((((((((..<<<<<.AAA.((.{{([[[[)))))))))}}))))))]]]]))))))))))))).>>>>>...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))..........................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....)))).................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))..........................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....)))).................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((.....(((....))).....))).................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).))).))))...)))..)))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((.....((([...(((((....(((....)))....))))]))))......)))).)).)))))...))))))))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((..((((............((((......))))...........((((...))))..))))....)))))...))))))))))))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((.....(((....))).....))).................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..)))))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...))))))))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).))).)))).).)))..)))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((...).((((((((((((((..)))))))))))).)).).)))).)))).)).))))).).))))))))))))).(......)
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(.((((.....((((....(((....)))....))))..)))....).................................).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.........(((...(((..((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))....))).....)))...)...............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..)))))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...))))))))))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))..)))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....))))..((((...........))))...(((......))).((((.......((((.((.......))))))..(((((.........)))))..))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....))))).((((...........))))..(((..[[[[[.)))........((((((........)))))......{{{{{)]]]]]...}}}}}..........




RNA: SRP_00363

UUCCAGCAUACAGCAAUAUUUUUAUUAGUAAAUUCGAUCAGGUCCGACAGGAAGCAAUCGUAGCUACAAAAAGUAUGUGUAUAGUAUGCUGGAAAAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((...(((.(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..))))))))..)).....)))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((...((((....))..)).))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))..))))).)))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((...(.((((....(((....)))....)))).)))))..)))))))).)))...)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((.(((((((..((((.....((......(((....)))......))..))))..))))))))).......))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((...(.((((....(((....)))....)))).)))))..)))))))).)))...)))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...............................(((....)))...............................)))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).).)))).))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((((...........((((....(((....)))....))))........)))))))).......)))))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))..)))).............
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))..)))).............
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((((....)))((.....))(((....)))(((.......)))...)))))))).)))...)))))))))))....
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......((((........))))(((........)))....................................)))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((((..((((.....((((..................))))..))))..)))))))).......)))))))))))....
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((....)))).)).....((...)).((((..))))((((..(.............)..))))...))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(.((.(.....((((.....((((....(((....)))....))))..))))..........)..).......).)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((...((((....))))........((((..................))))....((((.........))))..)))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((...((((....))))........((((..................))))....((((.........))))..)))))))))).....




RNA: SRP_00365

GGUAUGCAGGCAAAAACUCUGUAACUUGGUCAGGUCAGAAAUGAAGCAGCCACACCAGAAUCUUUUUGGGUUGCAUACCUAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.((((((.(((((....((((....(((....)))....)))).)).)))...))))))..)))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))).).)))))....))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......)))).((((((((...((..........)).))))...(((((...))))))))).))))))....
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))..)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........((((.....[[[[))))(((....)))....]]]]..((((((...)))))).)))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......((((.........))))(((....)))....)))...((((((...))))))..))))))))....
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HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))).).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((..((((.((((((((..))))).)))))))))))))..)))))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).))))...).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......((((..(((((..))))))))).........)))...((((((...))))))..))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.................))).(((((....))).....))((.(((((.....)))))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.(((((....((((....(((....)))....)))).).))))...))))))..)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))........((((..........((((((.................))))))..))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........((((..((((....))))))))...............((((((...)))))).)))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))).).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))).).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((..(((((((((((((((..))))))))))))))))))....))))))).)))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(......(.....((((....(((....)))....)))).........)........)............
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........((((.....((((....(((....)))....))))...))))...........)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))..)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........((((...((.....))..))))...............(((((.....)))))..))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((.......))))).((((....))))..........((((((.((............)))))))).....))).




RNA: SRP_00367

GGUGGCCCCGUCGGUCCCUCGCGACGCUAGAUCGAAAAUCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUCGAUUGAUGCGGGCGCCGAGGUCAACCGGCGGGGACACCACCCCACUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).)))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))........)))).)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((.............)))))..............(((....))).((..((((....))))..))......................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...))))))))))...)))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....)))...........................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))...................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((.(((((....))))).)))))...................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).)))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((........((((((....[[[[[....(((....)))..........))))))...]]]]]...)))))...))))))))))...)))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((...(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).....)))))...)))))))))).)))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))...)))))......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))..))))))))))))))((((((((((..))).))))))))))(((((.((...)))))))(((..)))...))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...(...(.(((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))...))..............
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.((((...((((((.(((..((((.......((((....(((....)))....))))....))))...)))..))).))).....)))).))................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((.......))).....(((((....((((...........))))..........)))))...)))))...))))))))))...)))))......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((..((((.....................................))))....)))))))..............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................((....(((....))).))........................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).)))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((.(((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))..)).)))))...)))))))))).)))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((...((((..(((((.............((((...........)))).....)))))...)))).)))))...)))))))))).)))).........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.................................(((....)))...................................))))....................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))...)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).)))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))))).)))).)).)))))...))))))))))))))).........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......................................((.(...((......(........((......((.....))...))....)...))...).))........))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................((..(...........(..............((....))..............)......)..))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.((((.((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))..))))...)))))))))).)))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).)))).........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).)))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).)))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((........))))).............(((((....((((...........))))(((....)))))))).((((........))))((((......))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....((((((..[[[[.......)))))).....)))))...((((...........))))(((....)))]]]]..((((........))))((((......))))....




RNA: SRP_00369

GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....)))))))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((..((((((.(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....)))))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))...)).)))....)))))))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....)))..................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))..........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((..((((....))))..)))))..........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....)))))))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((........................(((((....(((....))).....[[[[(.{{{{{...))))))]]]].}}}}})))))))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))..........................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((...(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...))).....))))....)))))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((..((..((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))))))))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))..)))))))...))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.....(..(((((.(((((((.(((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))..))).))))...)))))..).....))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((......((((....(((....)))....))))...)))....................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((.(....).(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((..................(((((....((((...........))))..........)))))...))))....)))))))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((..............................................................................))))))))))))...
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))..........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))..........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))..........................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))..........................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..))).)))....)))))..))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..............((((......(((((....((((...........))))..........)))))......)))).)))))))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.................................(((....)))...................................))))...........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))..........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..)).))))....)))))..))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((((....))(((....)))......))).))))))...)))..))).)))....)))))..))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((..((((((.(((((((((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))))).)).).)).))))....))))))))))))).)
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..............................(((.....((((.....(((....))).....)))....)..............)..........)).....)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(.(.(((((((...((..((((......(((.(...(((....))).)...)))...))))......)).))).)))........).)....)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..(((.((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))..)))....)))))..))))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).)))....)))))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((.((....................)).))).(((...........)))....((((...((....))...)))).)))))))))))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......))).(((.............)))......(((((((...((((...[[[.[[..)))).((((((.......]]]]]..))))))..))))))).....




RNA: SRP_00383

GUCGGGCGGACGGUGCUGUCGCCAACCCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCGUAACGAAUUUUUAUCGGGUCGUUCCGGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.(((((...(((......((((....(((....)))....))))...))).....)))))..)))))).)))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((.(.(((((..((...((((......))))..))..))))))....(((.......))).)))..))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((....((...((((......))))..)).))).))))).((((............))))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((...........))))....((((....(((....)))....))))............................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((...(((((..((...((((......))))..))..))))).....(((.......))).)))..))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((....)))....................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))))).)))))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((...((....))..)))...((((......)))).........((((.(((((............))))).))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((..(((((...(((......((((....(((....)))....))))...))).....)))))...))..)))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))..)...))))..))).))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((()))))))))...((((......)))).........((((.(((((.(........).))))).))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((({{{{{.))).....}}}}}.(((((((....(((....)))....[[[[.[[[[.......)))))))]]]].]]]]
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[)))........]]]].((((.......(((....)))....[[[[...............)))).....]]]]
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((((..((...((((......))))..))..)))))..............))))..))).))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((.(.(((((..((...((((......))))..))..))))))....(((.......))).)))..))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....((....((...((...((((......))))..))...))[[)).(((((............))))))))]]
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....(((..((((((.((.(.....((((....(((....)))....))))...)))))..).)))...))).)....)
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(((..(((((..((...((((......))))..))..))))))))..(((.......))).(....))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((..)))))....(((((((......(((..........)))............)))))))...))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((({{{{{{{{.))))).[[[[[[[.[[[(<<<<<<.<<}}}.}}}}}..))))]]]>>]]]]]]]..>>>>>>.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.....(((....))).....)))............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[)))..((((.].]]]...((.....))(((....)))))))((((.(((((............))))).))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((....((...((((......))))..)).)))).))))..(((.......)))...))).)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(((..(((((.......((((......))))......))))))))..(((.......))).......)))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....((((....))))..))))....................((((.(((((............))))).))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..((((....))))...((((......))))..........))))............(((((....))))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((....(((....)))....))))............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((.(.(((((..((...((((......))))..))..))))))....(((.......))).)))..))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((....((...((((......))))..)).)))).))))..(((.......)))...)).))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....((...((((......))))..)).)))).))))..(((.......)))..)))).)))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..)))))((((...((((((((((((..)))))))))))).....((..))...).)))))).)))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((..(((((......((((....(((....)))....))))...))).............))....).)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(..(((((...(((......((((....(((....)))....))))...))).....)))))...)........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((......(((((..((...((((......))))..))..))))).....(((.......)))...))..)))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((...........))))....((((....(((....)))....))))..............((((....))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((...(((((..((...((((......))))..))..))))).....(((.......))).)))..))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((....)))))))...((((......)))).(((((..............)))))..((((....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((....)))))))...((((......)))).(((((...[[[[.[[[[[.)))))......]]]]].]]]]