|
|
|
GGCGGGUCUCCCCGCAUUGCAGCGCGGUGAACCUGGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCCACAGCCGUUCCCUGCAAGUGCCGGGGGUCAGGCUCGCCACCCCGAACA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))...))))))...))))))))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))......))))...................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).)))))...)))))))).......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((...................(((....)))..................))))))............................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(.((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))...))))))..)............................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))..))))..))))))))).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))...))))))...)))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))..))))..))))))))).......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((.{{{{{{.)))).....(((((....)))))..(((....)))...........}}}}}}....[[[[[....)))))))).]]]]].... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((...(..((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)))).))...)......)))))).).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))).))))...)))))))).......... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))........... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))))).......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)))).))))...))))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((.(((((....((((((..))))))..(((....)))...)))))...))))))....)))))...))))))))).......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((((....................................................................))))......))))).......... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)))).)))........................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((.....((((....(((....)))....))))..))))......................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((.....((((....(((....)))....))))..))))......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((.....(((.....(((....))).....)))..))))......................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.((((((....((((....(((....)))....))))).)))))...))))).)))).))))...))))))))).......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((.(((((....(((((....)))))...............)))))...))))))....))))))...)))))))).......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((((((((((..))))))))))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))).(((..)).) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....................(.(((.....((((....(.(.....))....))))..)))......................)..))).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))....))))).......)..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)))).))))...))))))))).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...))))))))).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....))).(((((.....)))))...(((((....)))))..((((((((.............))))...)))).(((((..((....)))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....))).(((((.....)))))...(((((....)))))......((((.............))))....))).(((((..((....)))))))..... |
|
|
|
GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..)))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((((..(.....)..).)))))))).....(((.(((........))).)))...(((..(((((((((....))))))))).)))...))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))...... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((....((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).....)))))..))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((..................)))).........(((((((((....))))))))).......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))....)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((((((((....)))))))))))......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..(((((((((((....))))....))))))).....(((.(((........))).)))...(((..(((((((((....))))))))).))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))).....((((....(((....)))....))))............(.((((....)))).)))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((....))))....)))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.........))))))((((((.....(((....)))....{{{(..{{{{..))))))..)}}}..}}}}.)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((..((...))))))).)))).((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))))))..((.[[[(({{....))..}}))]]]........(((((((((....)))))))))..)))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((((((...))))).)))(((((..))))))))))))))))))...((((((((((..)))))))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...).))))..)))..))))..))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((.((((...))))))).)..(((....(((....)))....)))...((((.(.(((...))))...))))))))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((.(((.....)))))....((((....(((....)))....))))...........................)))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((...........))))).))).((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.........[[[[[))))))((((((...)))))).....]]]]]............(((((((((....))))))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))....... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((aa((((((.<<<<<.))..bbbbbbbb..)))).(({{BB>>>>>(((...[[[((BBBBBB))))))).]]]))))))))))))AA}} |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((.(.(.(((....)))..).))))......................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((.(((((.........)))))..)))....(((.(((........))).)))........(((((((((....))))))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...........(((((.....)))))..((((((...((((..............))))....))))))....)))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.........)).))))))))((((((((((((..)))))))))))).(((..)))((((((((......))))))))..)))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....................(....(...(.((((....(((....)))....)))).................)............).....).)). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((..((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))...))...)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((............................((((....(((....)))....)))).........(((((((((....))))))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....))))....(((..(((((.....)))))..(((.((...........)))))))).(((....))).))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....[[[[)))))..(((((.....)))))......]]]]......(((..(((.....)))...))).))))))))))).... |
|
|
|
GGUGGCCGGGUCCCAUACAAUAGCUCUCUUGACGAAUCCCGCUAGGUCCGGAAGGAAGCAACGGCACUCGAGGGACUAUGUGAUAUGGGGUGCUCGGCCACUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((.((.(((.(..(.((.(((((......(((.....(((....))).....)))...))))).)).).)).....)).)).))))))))).))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..)))))))))....)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))......)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((((((((.....((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).)).))))))..)))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.......((((((((......(((.....(((....))).....)))...))))))))........))))))..))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......((((....(((....))).)...)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.......((((((((..............(((....)))...........))))))))........)))))))..)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((....(((((..((......(((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))......)))))......))).))...... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...))))))))))))....))))))..))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.(((((...((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((..(.((((((.(((((((.(..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)).).))))...))))..)).).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.......((((((((......(((.....(((....))).....)))...))))))))........))))))..))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((.((((((((...................................))))))))))))............))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((((.(..(..(.(((((((..)))))))))..)))).))))))))))))..)))))))..))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...................(.((.((...((.(..........(((....)))......................).))......)).....)).)).)..). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))))))).)).))))))..))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((....(((................))).(((((.......................)))))......))))))...)))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((....(((................))).(((((.......................)))))......))))))...)))))))))).... |
|
|
|
UUAUACAUCGUAACUGUAGUUAACAGUUUUGUUGAUUUAGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCUAUAACAAAAUUGUAUACAGUUACGAUGAUGUGUGUUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(.(.(((((.(((((.((...((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)...))...)))))....).)))).).).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))......) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((.....((((((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))))..)))))))))))).))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.((((((...(((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))))))))....)))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.((...((((....(((....)))....)))))).))))............................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.....((((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))..))))))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...........(((....)))........)))))))))))).)))))))))))))............ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...((((((.((.....(..((.((((.....((((....(((....)))....))))..)))).)).)...)).)))))).).)....))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((......((((..)))).............)))))))))))).)))))))))))))............ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))))))))................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))))))))................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((..(.((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))))))))))).))))....... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((..................)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((.....((((((((((...(((((((((((((..)))))))))))))))))))))))..))))))))))))).(......)... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((..(.(.(.((((.....((((....(((....)))....))))..))))....))......)...).)............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((..((((......)))).(((((......))))).....((((...........)))).))))))))))).(((....)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....[[[)))).(((((.]]]..))))).((((......)))).............(((((..((((....)))).((......)).))))).. |
|
|
|
GCUGGCGGGCCCCUUCGCAUGGUUCGGCGGUGAAUCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCAUAGUCGUUCAGAACCAGUGCCGGAGUAAGGCUCGCCUACCGGUAUCCCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))).)...)))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))).............. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))....((....)). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................(((....)))......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(.(((.((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...))).).................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...)))))...))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))).....(....).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...((((.[[[[[[.))))...((((....))))...((((((...........)))))).]]]]]]{{{{{{{.....))))))))..}}}}}}}.... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))))...))))))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))............. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))).).))))))..))))))))))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))..)))))).......)))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))..)))))))).............) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((.((((.((.(((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))..))..))))....))))))))............ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((..((((((..[[[[..(((((..)))))...((((((...........)))))).))))))....)))))...)))))))).]]]]........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................... |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).))).))))...))))))))....((....)). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((.......((((....(((....)))....))))....))))..)))))).)).)))))...))))))))............. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((..((((((........((((....))))...((((((...........)))))).))))))....)))))...))))))))............. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))....)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).))).))))...))))))))....((....)). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((..(.....(((((((((((..)))))))))))..)..))))..)))))).)).))))).).))))))))(((..)))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........................(.((((...(.....(..((.(............................).).)...)......)....)....))).).).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))...))))))............)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((......((...((((....(((....)))....))))...)).....)))))).)).)))))...))))))))............. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))).))))...))))))))............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((....{{{..)))(((}}}.)))..((((.....))))[[[[[[....))))...]]]]]].......(((((((((..........)).))))))).... |
|
|
|
CCUAGGACCCGUACUAUCAAGUGUUGCUAAACCCCGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCGGUAAGCGAUUUUUUUGGUGAGUACGCAAGUCUUAGGUUGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((((((((((...((..(((....)))..))))))))))............)))))).))))))...)))))))).... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))...)))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((((..............................)))))..))))....................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))).)))))...)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....)))))))))))....................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))...)))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((......((((((((............[[[[[[[[[)))))))).........]]]]]]]]].))))))...)))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.((((..)))))(((((..))).))((((((((.(((...)))))))))))))))))))))))..)))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))).))).))...)))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((((((((((.......((((..))))....))))))))............)))))).))))))...)))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.[[[[.((((((((..((.{{{..))<<<<<<<<<))))))))((..}}}))>>>>>>>>>.))))))...))))))))]]]] |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....))))(((((..((((((.......)))..)))))))))))...(((((((.......)))).)))..)))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((((..(((((((.....................)))))))..............))))).))))))...)))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((..................))))..))))))...))))))).)))))...)))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((.((((((((..(((......)..))...)))))))).((..)).(..).)))).).)))))).).))))))))(..) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...................(.....(...(((((....((......))....)))).....)....)...................)...).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................((.........(...(....).....).......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.(((((((.....................))))))).............)))))).))))))...)))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((....)))...((((.....................)))).))).((((.......))))..(((.((....))))).)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....)))...((((.....................)))).)))).(((.......)))..((((.((....))))))...... |
|
|
|
GGGAGAUUGGCGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGGUCCGGAUCGGGUCGCUCGUCAGUCUCCUACCUGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((..(((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))))...))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(..((.((..(((((((.(((((....((((......(((....)))....((((....).)))))))..))))).)))))))..)).))....).)))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((..(((.....(((((.....)))))..(((((((((((.......))).......))))))))..)))..)))))))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((....)))..................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..((((((...(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))))...))..)))))..))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((..((((....))))..)))))............................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((....(((.....)))............(((((((((((.......))).......)))))))).......)))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((...)))))).....((((.(((((((((((.......))).......)))))))).))))).)))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....))))..(((.....)))..((((((((........{{{(.....{{{)))))))))}}}....)))))))))))).}}}..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...).))))..))).).))).)))))......))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((.((((...))))))).)..(((....(((....)))....)))..........................)))))))))))......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.......((.(((.....)))))....((((....(((....)))....))))..............................))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....)))))......((.((((...((.....))....)))).)).))))))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((...))))))).((((..[[[[[)))).(((.......))).....((((((...))))))..)))))))))))))]]]]].... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((..........(((((...............................)))))........)))))................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((...(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....))))))...))..))))................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((...(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....))))))...))..))))................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((.(.(.(((....)))..).))))............................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).....(((.((((................)))).)))))))))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((....((((...)))).......((((.((((((((....................)))))))).))))..)))))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))........................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))............................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((....((((......((((....(((....)))....))))...)))).......)))..)))).))))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((...))))))).))((((....(((....)))....))))....((((.((......)).).))))))))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((..(...((((((((((((..))))))))))))..)))))....))))).)))))).))))))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....................(......(....(.(.(...(((.......(....(.....).....)....).))....).))...)....)..))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.............(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))...............))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((.(((.....)))))............(((....)))................................))))))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))..(((((..((......))...)))))..)))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((.((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).)))..)))).))))))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))...............(((((..((......))...)))))...))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))...[[[[[[[.....(((((.(((.....)))...)))))...))))....]]]]]]] |
|
|
|
GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCACGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))))))((((..((..((..(((.......)))..))..))..(((((((....)))))))........)))).)))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((..............))))))..((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))..)))))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((....)))...................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))....)))))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((..((((....))))..))))).............................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((.....))))..)))..((((.......)))).(((.......)))..........(((((((....)))))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))..(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....)))))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))......(((..[[[[[[)))...]]]]]]................. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))....))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((...))))))))))((((((((((((..))))).)))))))...((((((.((((((((..)))))))))))))))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...).))))..)))..))))).)))))))......... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...........................((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))).......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))).)))))))......... |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))...................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
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..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....))))).(((.......)))..........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.....((((...))))....((((((...)))))).........((((................)))).....))))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((.....)))).)))))))).(((..((..((..(((.......)))..))..))..(((((((....))))))).))).....)))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((.((((...))))))....((((....(((....)))....))))......)))))(((((((....)))))))))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(...)))))((((..(...((((((((((((..))))))))))))..)))))((..))((((......))))))))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........................(....(.(......((........(....(.....).....)......))....).)....)........))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((..((((((..((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))...))))..))..)))).).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((.....)))).))))....((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....))))))).)))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((((.....)))).))))..(((((.....)))))...................)))..(((((((....)))))))................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))........................(((((((....)))))))..........)))))). |
|
|
|
GGAGAUUUCUGUUAGUCCUAAACACUGUUAAAUUGAAUAAUUGGUCAGAUCUGGAAAGAAGCAGCCAAAUCAAUCGAUACAGGUGUUUUGAUAUAGCUAACAGAAUCUCCUAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((..(((((.((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))))...)))).....)))))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((..((((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).))).)))).....))))))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)))))))........))))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.(.(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).))))))).).....))))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((...((((((((....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).....)).)))))).......))))))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((....(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).)))))))........)))))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.(.(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)).))))))).).....))))))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((..............(((((....(((....)))....))))).............))))))).......))))))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......))))))).......))))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........((((((.(((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))....))))))........)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((.....(((((....((((((((..)))..........))))).))))).......))))))).......))))))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).))))))......................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).))))))......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))).))))).......))))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((((...(((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.....(((((((.....(((((....(((((..................))))).....)))))...))))))).....)))).....)))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...(((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).....)))))...))))))).......))))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....)))).))))).......))))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((....(((((((..((((..))))..))))))).)))))...)))).))))))).).)..))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................((.(..((((..((.(..((.......(.(...............).)...))..).).)..))))...).))..).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...(((((((((...(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))....))).)))))).......))))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(((.......))).(((.......))).((((..................))))...........)))).((((...........)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.......)))).(((((..((((....[[[[))))..(((...........]]]]...........))).(((....)))....))))).))))))).... |
|
|
|
GAGUUAUCUGUUAGCUCCAAACACUGCAAUAUUGAAUAGUUGGUCAGAUUCGGAAGGAAGCAGCCAAAUCAAUUGAUACAGGUGUUCUGAUAAAGCUAACAGAAACUCCUAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((..(((((((((.((.((.(((.(..(((((....(((((....(((....)))....))))).)))))...).))))...).))....))))))))).))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((......((((.(..(((((....(((....)))....))))))))))........)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))....))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((((((....)))))))))))............................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.(((((((((....(((((....(((((....(((....).))...))))).))))).....).)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.(((((((((....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).....)).))))).))....)))))))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.(..(((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))...)....)))))))))).))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.(((((((((...((((((....(((((..(.(((....).)).).))))).)))))....)).)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.......((((...............[[[[[[(((....))).))))....(((....)))........]]]]]]..)))))))))).......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).......)))))))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((.....)))...))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((....(((..(....(((((....(((....)))....))))).....)..)))..)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((((..).))))))))))))))))))))))))).)))).))...))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.......((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)).)))))...))))))........)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((..............................((((....(((....)))....)))).................................))............ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((..((((((.....(((((....(((((....(((.....)))...))))).))))).......))))))..)....)))))))))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...((((((.....(((((....(((((..................))))).))))).......)))))).......)))))))))))))))..... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((....(((((.......................................................)))))........)))))))............. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.((((((((....(((((.(..(((((....(((.....)))...))))))))))).....).)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((...((((((.....(((((....(((((..................))))).))))).......)))))).......)))))))))))))))..... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((.....(((((....(((((....(((....)))....))))).))))).......)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((((...(..(((..))))....))))((((((((......))..(((((.((((..)))).).))))))))))...)))))))))))))))(..). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............................(..((......((((.....((.....))....))))....................)......)....).........).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................(.......).................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((....(((..(....(((((....(((....)))....))))).....)..)))..)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((..((((((.....((((.....(((((....(((.....)))...)))))..)))).......))))))..)....)))))))))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.((((((((....(((..(....(((((....(((....)))....))))).....)..)))..)))))).))....)))))))))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((..........))))).((((........))))....))).(((.(((.((...............)))))((((..........))))...))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.((.[[[......)))))).(((.....]]]))).))))...((((.(((.((...............)))))((((..........))))...))))... |
|
|
|
GACGUGACGGGCCUCCUCGCAUGGUGGGGCGGUCAACCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCACAGCCGUUUUCCGCCAGUGCCGAGGGUCGGGCUCGUCACCUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((.(..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....).))............................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....))).................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....))))).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(.((((...(((((.....(((((((((((....)))))))))))..))))).....))))..)......................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))))).)... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((..((((((((((((...(((((.....)))))...............))))..))))))))....)))))...)))))))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))).....))))............................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))))...)))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))).)))...))))))).....)).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))....))))))))....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((((..(.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..)...))))....))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((....(((([[[[....(((((..))))).[[[[[[[......))))...]]]]]]]]]]].....)))))...)))))))))))..... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))..)).............. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))....................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))....................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((.....)(((.(.(.(((....)))..).))))....)....................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...)))))))))))..... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((........(((((...((((....)))).......(((((..........)))))))))).....))))))...))))))))))..... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....................................(((....)))........................................))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))....................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))).....))))............................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))))...))))))))))).)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((((((((((..))))))))))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........................(..((((....((((....((......))....)))).............................))))..)...).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....(.(((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))....))))).))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...)))))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((....))))))..((((.(((((...((((....))))...(((((..((.......))))))).))))).....((((.......)))).)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((....))))))))....(((((...((((....))))...(((((.............))))).)))))....(((.[[[[))).......]]]]... |
|
|
|
AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))...))))).)........ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((..(((.......)))...........(((....)))......(((((.......))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
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[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((.(((((((((..)(((((.((..))))))).)).)))))).((((((.((..))))))))))).))))...)))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.(((.((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))).).))..))))...)))))))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((.((((((((..(((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))..).)).)))))...)))..))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((.(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.............))))........))))))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((..(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.......[[[[[[)))).]]].]]].)))))))))))).. |
|
|
|
GGAGAUCGGCGCGGACGGAGUCCUCGCCAACCUGGUCAGGGCCGAGAGGCAGCAGCCACAACGAGAUCACCUCUGGGUCGUCUGCCGGUCUCCACCUCAUUUUCCUCGAAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))...)))))))))....................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((.((((...)))).)))).....(((..(((((....((((((.(((.((..(((.....)))))))).).))))))))))..)))...............)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).....(((((....))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).....))))))).............)))))........ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((((((((....)))))))))))....................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.(((.....))).)))))..((((((....)..............)))))...)))))))))))))))).................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((..(((....((((......((((....(((....)))....))))...)))).......)))...)))...))))))))).................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
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[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....)))))))))))))))).....(.((((...))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
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................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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|
[ FASTA input ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
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(((((..((((.(((.....))).)))).....(((....))).(((((.............[[[[[[.))))).((.........]]]]]]..))....)))))........ |
|
|
|
GUAAGUUGGGGACCUUUUAAGAGAAGAGACCUACGAAUCGGGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCCCUAAGAAGUGUUUUCUUUUGCUAGAAGUGUUCUCCAACUUACUCUUCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(..(((.((....(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..))))))..........)).)))..).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).))))))..........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..((((((((..........((((....(((....)))....))))..........))))))))..))))))...))))))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((.....................)))).......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))).)))))....)))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((((((....))))))))))).................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........))))))..)))))).).))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(........................(.....((((....(((....)))....))))...)............................)................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((.(((((.(((((((.(.....((((....(((....)))....))))...).)).))))).))))..))))))...))))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.((((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........)))))).))))))).).))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((((((((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))........))))))))...))))))...))))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).).))))))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((...((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........)))))...)))))).)).)))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).).))))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((.((((..(((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))...)))))))))))..))..)))....))).........)) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.....................................((((....(((....)))....)))).......................................).......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((((((((((.......))))).((.(((........))).))............))))))..)))))).)).)))))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((........(((((.......))))).....)))))))((((((....((((((...)))))))))))).......))))))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((.........(((((.......)))))......))))))).......................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).)))).......................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).)))).......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((.....(((....))).....))).................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........))))))..)))))).)).)))))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))............................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..))))))...))))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((((((((((.......)))))(((.(((........))).)))...........))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((......)...(((((.......))))).((.(((.((...)))))))(((((((((....))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................(.(..(.(........(.............(...).............)..........))........).)....).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................(........(...............).....) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((....(.....((((....(((....)))....))))......)...))))))))..)))))).)).)))))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))......))).))))))))..)))))).)))).)))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((......((((.....)))).(((((.......)))))..)))).((((.(((((.....(((((.....))))).))))).((((........))))...)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((((.....)))).(((((.......))))).....((((....(((.((....{{{.))))).(((......)))[[[....}}})]]]...))))))... |
|
|
|
GUAAGUCGGGGACCUCUUAAGAUGAGAGACUUCUGAACCGGGUCAGGAUCGGAAGAUAGCAGCCCUAAGGAAAGGCCUUUUGUGCUAAGAGUCUUCUCUGACUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(.((((((((.(((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))).)))))))...)))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...)))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))..))))))...)))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................((((((((((......))))))))))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))........ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((((((....)))))))))))......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.........))))))))))..))))))...)))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.(((((.....((((.....((.....((((....(((....)))....))))...)).......)))).....)))))...)))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.((((((..(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))..))))))...))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.....[[[[....[[[))).]]]....]]]]........)).)))))))..))))))...)))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.((((.((((.((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..)))).)))).))))...))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..............................(......(((....(((....)))....))))......................................)). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((.((......)).)))))))......(.............))))))))..))))))...)))))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((...)))))).(((((((............))))))).((((((((.........)))......))))).......)))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((.....(((....))).....)))......................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..)))))))..))))))...)))))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((............)))))))......((.((......)))))))))))..))))))...)))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...................................(((....))).....................................))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...)))))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..)))))))..))))))...)))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(..((((.(((((((.((......)).)))))))......(((.........)))))))..)..))))))...)))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((.(((((((((((((.(...((((((((((((..))))))))))))..)))).))).))))))).)))))))....))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............((((((.(..(((....((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....)))...)..))))))).............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..)..)))))))..))))))...)))))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))..))))..)..))))))...)))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((.......)))).(((((((.((......)).))))))).......))))...((((....)))).......(((((......))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((.....))))).(((((((.((......)).))))))).[[[[..)))).(((.....)))(((..]]]])))(((......))).... |
|
|
|
GGGUAAGUUGGGGGCCUUUUAAGAGAAGGAACCUGCGAAUCGGGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCCCUAAGGAGAGUUUUCUUUUGCUAAAAGAAUGUUCUCCAACUUACUCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..)))))).....))))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))....)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(....................(((....))).......)................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((...((((((....((...((((((....(((....)))....))))....))..))..))))))..)))))).....)))))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((.....................))))......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........((((((.(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))).)))))............)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((((((((((....)))))))))))................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.(((.......)))...(((.......)))......((....))......)))....((((((.((((((.....)))))).)))))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(........................(.(.....((((....(((....)))....))))...).)..............................)............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((.((.((((((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).)).....)))))).))))))).....)))))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.....)))))..((((.....))))(....(((....)))....)))))...((((((.(((((((...))))))).)))))))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
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[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..((((((((.((.......((((....(((....)))....)))).......)).))))))))..))))))...).)))))))))))))).... |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))...)))).)))))))..))...))))))......)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((....................................................................................))))))))))))...... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((((((...))))))..)))............(((.(((........))).)))..(((((((.(((((((...))))))).)))))))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((..((((((((.((((...((((.......))))......)))).............))))))))..)))))).....)))))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))........................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))..((((((..(((((((...)))))))..))))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))..((((((..((((((.....))))))..))))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(...(((((((..(((..)))..)))))))....)))))))))))))).)))))))...)))).))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.................................(....(((..(.....(.......(..................)....)..........)...)).)......)..))). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................((...((......(........(.(.....).)......)....).)...)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).)))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..((((((((.((.......((((....(((....)))....)))).......)).))))))))..))))))...)).))))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.....)))))...((((..(((...(((....)))..))).))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((.(((((.....))))).((((.....((((.......)))).)))).....))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).)))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.....))))).(((((.....)))))...((((......[[[[[...........)))).(((((]]]]])))))....)))))))))))))).... |
|
|
|
GGAGAGUAAGUCCUAUACAGCAUUCUCUUGCCCAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUCCGGUAAUGUGAGUGCGUGAUAUAGUCAGCUUGCUCUCCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((((((((.((((...(.((.(.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....)).).))..)))))...)))))))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...)))))))))....)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(((....)))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))......)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((......((.....(((....))).....))...))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((....((((((.(.((((.....((((....(((....)))....))))..))))..).))))))......)))...))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((..((((...(((......)))[[[[[.....))))..]]]]]......))))))............))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((..((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))...))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((..((((((.((((((((((.((.((.....((((....(((....)))....))))..)).))..))))))).)).).))))....))))).))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(.................((....)))....)))).......................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((..((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......))))))....)))))...))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((.......(((((...........)))))........))).))......................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((....(((....)))....)))............................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((......(((....(((....))).)))......)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((..((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......))))))....)))))...))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((......(((....(((....))).)))......)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((......(((....(((....))).)))......))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((...((((....(.(((((((((((((((..))))))))))))..))))...))))...)))))))))...))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......................(.(....(((..((....(((....)))....))................).))....))...........)...))). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................(.(.......(...................)...).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))).).)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((..............)))).....(((((...........)))))..((((....))))..........))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.((((...........)))).(((((...........)))))......)))))).(((.....)))))))))))))).... |
|
|
|
GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...))))))).........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((.(((...(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)))..))).))))....))))))........... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....)))...................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))....................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...(((.{{{{{{....)))..((([[[.)))(((....)))....]]]...........}}}}}}.....<<<<<<.)))))))))>>>>>>... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...((.(((.(((((.(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)...)))))..)))..))......)))))).......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))...))))))))......... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))).......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((......((..(....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......)...))..........))))))........... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)))).))))...)))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((........(((((..)))))...........................))))))....)))))...)))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((....................................................................))))....)))))))......... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.(...(((....)))....)))).............................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).)))).))))...)))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((((((....((((......))))...............))))))..))))))....))))))...))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...)))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((...(.((((((((((((((((..)))))))))))).)))))..)))))))).)).)))))...)))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(...................(....(....((((....(((....)))....))))...........................)........).).)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((..(......(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)..........)))))....))))))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)))).))))...)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...)))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))).)))).)))))...)))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....))))).((((......))))..((((......)))).................(((.........)))..(((((...((....)).)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....)))....(((...[[[[[..((((....))))..........)))......]]]]]...........))).(((((.((.....))))))).... |
|
|
|
GGCAGCCGCAGGGGUCCCCUCGCGACGAAUUGCCGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGCGGUGGAUUUGGGUGCCGAGGUGCGGCUUUUGUGGCUGUCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((..((((.((((((((..(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).)...)))))...)).)))).))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).))))).).))))))))))))))....)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((...(((((((.(((....((((.....(((.....(((....))).....)))..)))).....)))..)).))))).....)))............... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..))).))))...)))))))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))............... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((.......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).........)).)))))...)))))............... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))).))))))..)).)))))...)))))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((.((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))..)).))))).).)))))))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((((..(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).)...)))))...)))))))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.(((((((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))).))))))..)).))))).).)))))))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((....(((((((.(((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))..)).)))))......)))))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((...(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).)))))).....)))))...)))))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..)).)))))...)))))))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).))))).).)))))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((...(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))).....)))))...)))))))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((....((((((((...)))))))))))))))).)))))((((((((((((((((((((((..(((((((..))))))))))))))))))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))...........)))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........(((((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).)))).).))))......))..)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((..(((.(...(.(....((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....))....)..)))....))))))))............ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).))))))..)).)))))...)))))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..(((......)))..((((((((....(((...........)))....))))).....)))..)))))...)))))))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.(((............(((((...........................)))))............))).)))........................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(((..((....(((....))).))...))).)))))).)))))..))).))))...)))))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((..(((........(((....)))......))).))))).))))))..)).)))))...)))))))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((...(((((.........)))))....((((..(((((((......................))))))).....)))).)))))))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((..................................................................................))))))))))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((.......(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).........)).)))))....................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.(((((..((((..(((..((....(((....))).))...))).))))..).))))..)).))))).).)))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..((((((.(((((((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))).))))))..)).))))....)))))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.(((((..((((..(((..((....(((....))).))...))).))))..).))))..))).)))).).)))))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((.((((((((..)))))))).))).)))))).))))).)))).))))).).)))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................((.(.(...(......(.....((......(..(.....(.)....).)..)).....)...).......).)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(((((...((..(.(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))......)..)).)))))...)))))))............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((.((.(((((..((((...((........(((....)))......))..))))..).))))..))..)))).).)))).))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).))))))..)).)))))...)))))))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.(((((..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))..).))))..)).)))))...))))..)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((....(((((.........)))))...(((((.........................)))))......((((....)))).))))))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))..)).))))))...))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..((.(((((.(((...))).).))))..............((((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))...)))))))))))...))..)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.((((((..(((....(((((....)))))..(((....)))....)))....))))))..))).)))))...)))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................(((....))).................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))......)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((((((((((....)))))))))))............................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......................................(((((((((((((.((..(((((....))))).....)).)))))))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...).)))))....)))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))).)...))))))...)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......))...(((....)))...............(((((((((((((.(((.(((((....)))))..)..)).)))))))))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.[[[[))))..]]]]...((((((....((((....{{{{{{{{{{{{{.))))(((((....)))))))))))..}}}}}}}}}}}}}......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((.((.((((([..(((.....((((....(((....)))....))))...)).....]))))).)))..)))))...)))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.((((((.(..(((((((..(((((....)))))((((((((..((....))))))))))))))))))))))))))))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...((((.((((((((.(((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))).)).))).))).)..))))))...)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((..((((.((((((...(((((....)))))..(((....)))...(((....)))..))))))))))))))).)))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((((((....((((((........((((((.....(((....))).........)))))))))))).))))))...)))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))............................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(.(((....((.((((((...(((((....)))))..(((....)))..((((....)))).))))))))..))))..)))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((((((....((((((...(((((....))))).....((((...........))))...)))))).))))))...)))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((...................(((....)))............................)))).................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.(((((((((((....(((((....)))))..(((....)))....))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((...))((.((((((............(((....)))((((.((.....)).))))...)))))))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))).((..)..)(...).(((..)))..((((((((((((((((.(..............)))))..)))))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(.....................(.((((.....((((......(.....).....))))...)))..............)................))..).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................(......(((....................))).....)......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(.(((...(((.((((((............(((....))).(((...........)))....))))))))).))))..)))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))...(((.(((.((((((...(((((....))))).(((((....((.....)).)))))..))))))))).((((....))))..)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[[))))....]]]].(((.((((((...(((((....))))).....(((..((.....))..)))...))))))))).((((....))))........ |
|
|
|
GGAGGCCCUGUCGGUUCUCCCGCAACACUAUCCUGUGGACUCGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCAGGAGACGUGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCGGGGCCUCCACCAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(.((.((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))).))).)).).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))).......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..))))...))).................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....))).......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))).............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(...((((....(((....)))....))))).)))))).).)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
|
Cylofold
|
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[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((....((((....((((((.[[[[[.....(((....))).....))))))..]]]]].))))...))))).....)))))))))))))))....... |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((...(((..........((((......((((....(((....)))....))))...)))).............))).....)))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...))))))))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))).)))))))))))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))........))....... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))............... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((.((((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))).))..)))).).)))..)))............... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((......................................................................................))))))))))))....... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
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.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....))).................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..(((((([...(((((....(((....)))....))))])))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((..................))))..)))))).....))))..)))))...))))))))))))))))....... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))....))))))))))))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).))))))))))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((...((((((..(..(((((..((((..))))..)))))))).))))....)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..................................(....(.(..(....(.........(......(.....)...)....)....).....).).......).)........... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(((((..((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....))))....)))))...)))))))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((.........)))))..((((......))))..)))......((((((.......)).))))..........)))))))))))))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((......[[[)))))..((((......))))..)))......(((.((.]]]...)))))............)))))))))))))))....... |
|
|
|
GCCCUUAGGGGAUAUGAUAUAUUAUUGUCGAACCGUGUCAGAUCUGGAAGGAAGCAGCACUAAGAUUUAUAGUAUAUGCAUGUCUUCCUAGGGGUAUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(..(((.(((((((((.((((((...(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))))..)))))))....)))..)..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))..)))))).)))))))))).... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))...)))))))).))))))).))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((.............................)))))).......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((((((((....)))))))))))....................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((...(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))..)))))))).)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((((((((.........((((.[[[[[[...........))))..]]]]]]))))))))).......))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((((........(((.....((((....(((....)))....))))...))).........)).)))))...)))))........ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((..))).)))))))))))))).)))))))))).))))))).))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(.((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))).)).))))..)).)))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..............((((((.................))))))))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((..................................................................))))).)))))))...... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))............... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))............... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((....((......))((((((.................))))))))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......(((((.............(((((.....(((........))).((((.......))))))))).)))))..))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((((((((((((((.........((((..................))))........))))))))).)))))))))..))))...... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((...(.(...((((((..((((..))))..))))))..))....))))))))).))))))).))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....................((...(....((((....((......))....)))).........................)...)).))...). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................(.(.........(................)..........).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((......))))).........((((((.................))))))....(((....)))...)))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((......)))))....((((..[[[[[...........))))..]]]]].....(((....)))...)))))))))).... |
|
|
|
GGAAACCUUCUCGGUCUCUCGCAACGGUGUCUGGUUUACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAAGUCGGAAUUACUGUGUGCCGAGAAGAAGCUGGGAAGGUUUCCGCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))...)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((..((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).))))))).....)))).)).)))))....))..))............ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((((((....)))))))))))............................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......))))))(((....)))..................)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((.((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))...))))).)).))))).)..)))))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))))))(((....)))..................)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((........((((((..(((((..[[[[[[....(((....)))...)))))..........))))))..]]]]]].....)))))))))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((....((((((.((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))..)).)))).......)))))........... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(............(...((((.......(((....(((....)))....)))....)))).....).................)................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((..((((((((((....(((.(((....(((....)))....)))..)))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((..)))))..))))))))))))))))(((((((....)))))))))))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(.(((((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....))))))))))).....)))).)).))))).)..))).).)).......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..((((((((.((.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..))..)))).).)))..)))........... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.....(((....(((....)))....)))..).)))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((((((((....((.(((.....((....)).....)))..)))))))..)))))).)).)))))...................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....(((....)))....)))................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.................................(((....))).....................................)))).............. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))..))))).)).))))).))..))))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............................((((((.....(((....(((....)))....))).............................))))).....).)...... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(.(((((..(((((..((((.......(((....(((....)))....)))....))))....)))))....)))))...).).)))............ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((...(((.......))).(((......))).......((((...............)))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..[[[))).............(((((.((((.....{{{{))))..}}}}.]]]..((((...............)))).)))))....((((((.....)))))).... |
|
|
|
UGCUUCCUUAUAGACUUAUGCAAUAGGUUUGUGAGACAACGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCAUCUCAUAAAUUUGUGUGCCAUAAGCACCUGUAAGGGAGUUAGAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((.(((((((.((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))...))))))...)))))))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))......) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).))).)))))...))))))))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).))))).........)))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.(((((((((((((((.((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).))))))).)).))))))...))))))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((..(((((((.((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))...))))))....)))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.........((((((((((((((............(((....))).........))))))))))))))((((.....))))))))))))))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((((..((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))))))....))))))...))))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))....... |
|
HotKnots
|
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[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))....... |
|
IPknot
|
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.((((((((((((.((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))).)).))))))...))))))))))))....... |
|
MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
|
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((((......((((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..)))))........)))).... |
|
MXScarna(20)
|
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[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
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................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
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[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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PknotsRG
|
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ProbKnot
|
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|
RDfolder
|
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RNASLOpt
|
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|
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................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
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................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
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RSpredict(seed)
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|
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.((((.....))))....((((.......))))..((((((.....[[[[[...))))))...]]]]].(((.....))).))))))))))))....... |
|
|
|
CUCUUAUUUAGACCUAUGCAAUAGGAUUUUAGGGUAACGCUUCAGGGUAGGAAUACAGCAGAGUCCCCUAAUUUCUUGUGUGCCUUAGCCAUCUGAAUAGGAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((.((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))))...).)))...))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
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Cylofold
|
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DAFS(seed)
|
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DAFS(20)
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DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
|
[ FASTA input ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))).))))))))...)))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........((((((..((((((...............................))))))..))))))............)))))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((.............)))))...(((.((((((((((....(......)...)))))...)))))))).((........)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAGUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..)))))))........))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
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Cylofold
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
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IPknot
|
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
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Multilign(seed)
|
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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...................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
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PETfold_pre2.0(seed)
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PETfold_pre2.0(20)
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Pknots
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PknotsRG
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|
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RDfolder
|
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...................................................................................................................... |
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RNASLOpt
|
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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[ FASTA input ] |
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|
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..))))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))))))).))).)).))))).).))))))))))))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........(((((.(((((...((....(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))).)....)).....)))))...))))............)..).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(..((((.(((((...((....(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).....)).....)))))...))))..)................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).).))))..))))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((((..(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)))..)))...))))..))))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))).(((((.((((...............))))..(((((........((((.......))))...)))))..))))).((((((.....)))))).)))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....))))..((((.(((.[[[[........)))....]]]]..........)))).(((({{{.{{.))))......}}}}}.((((((((((.....))))).))))).... |
|
|
|
GCAAGCCGCAUCGGUCCCCUCGCAAUGAUACGCUGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAACAGCGGACUCGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGCGGUGAGCCGCCCAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))))..))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.((((((.....((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))))))))).((.((((....)))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((..(.....(((....))).....)))................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))........................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))...))))))))))))..))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.((((((((.((((((..(..(((.....(((....))).....)))).)))))).).)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((..............((((((..{{{{{(.....(((....))).....{{{..))))))...........)}}}}}..))))))))))))...}}}...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))..))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.......((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).)))).).)))).......))....))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((..((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))).))).)))).).))))))))................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(...........................((((....(((....)))....)))).............................)..................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((..(.....(((....))).....)))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((........((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...........)))))...))))))))))))............ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((a(((<<<(..bbb.bbbbb(..{{{{{(...[[..[[[.)))).))..a(((.)BBBBB.((]]])>>>.)]]}}}))))))))))))))..AA)).}}BBB |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).))))...))))))))))))............ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((.(((((..((((..((((((.................................))))))...))))....)))))...))))))))))))............ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..................................(((....)))....................................))))................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).)).))))).).))))))))))))..))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((.(((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).))))...)))))))))))).....))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..(..)((((.......((((((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))))))..((..)).))))))))))(((.(((((..)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................(((..(..((((...(.......(......(((....(.........)...)))...)......)....)))).).)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........(((((.(((((..((((...(((((.....(((.(...(((....))).)...)))..)))))....))))....)))))...)))))..........)........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((((((((((((((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))).))).)))).).))))))))))))..))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((((((..(((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)))..)))...))))))))))))..))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.(((((.........)))))..................))))....(((((((.........)).))))).)))))))))...((((....))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).((((((((....{{{{{)))))...((((...........}}}....[[[......))))...]]]..<<<<<.}}))).>>>>>((((....))))..... |
|
|
|
GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).))))....)))))))......... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).)))))...))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........((((.....................(((....)))..................)))).............))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).)))))....)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((((((((((......(((((((((((....)))))))))))...))))))))))).)).)))))...))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))))...))))))...))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((.............((((....((([[[.)))....))))..]]].....))))....))))))...))))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).))))))...))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....))).))).))))))...))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))........)))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..)))).))))))).))).))))...)))))))))........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...)))))))))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((...((((....)))).....((((...........))))..........))))....))))))...))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...)))))))......... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).))))))...)))))).......... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..))))).)))))).)).))))..................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..))))).)))))).)).))))..................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).)))))...))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((...((((....)))).....((((...........))))..........))))....))))))...))))))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.................................(((....)))...................................))))))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...)))).)))))).)).))))))...)))))........... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.....((....))((((....(((....)))....))))..........)))).))).)))))...))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((...((...((.(((((((((((..)..)))))))))))).)).)))..))).)).))))))...))))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......................((....(....(.....((.............................))....)......).....))..)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((..((((...(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)...))))....)))))....))))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).)))))...))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)))))..((((..((((....)))).....((((...........))))...............)))).(((((..((....)))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)))))..((((..((((....)))).....((((...........))))...............)))).(((((..((....)))))))... |
|
|
|
GCCCAUAGAGGAGGAUCUUCAACGUUUUGAAGAUGUGUCAGGACUGAAAAGAAGCAGCACGCAAAACGCUUCGAAGUCGCCCCCAUUCUAUGGGUGCCGUACC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((..((...((.((.((.((.....(((((.....((....)).....)))))...)).)))).)).......))..))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((((((((....))))))))...))..((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((......((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))))))...)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((.(.........))))))..)))).)).)..))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((........))))))((((.....((....)).....)))).....................))..))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((.(.........))))))..)))).)).)..))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.(((.((.(..............((((....(((....)))....)))).......)....))..)..)).))....)))))))........ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).)).))..)))))))))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((..(((((((.....((((.....((....)).....)))).)))))))....))))...)).))..)))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((.((((((.(((((((((((......((((....(((....)))....))))..)))).)).))))).)).))...)))))).)).)........ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).)).))..)))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((....))))))))...((((..))))...(((((............))))).............))))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((.[[[))))))))((((...{{{{.....{{{{{.))))<<..]]]}}}}}..}}}}<<))...))))))))))>>.>>... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))).................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((......(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)))))).................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....((((((((.[[[)))))))).......((((.....(((((.........]]])))))..))))........)))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..)))).......))))))))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((......(((.....(((....))).....)))..)))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.((..((((..(((((((.((.(((((...(......)....))).)))))))))))....))))....))))...))))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(....................(....(.(..(...(..............(................).......).)..).)......)..)....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......(((((((....)))))))........((((.....(((((............)))))..))))........)))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((....)))))))).......((((.....(((((............)))))..))))...))..))))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((.(((((((....)))))))........((((.....(((((............)))))..))))....)).))))))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.....))))...(((((((...[[[[))))))).......((((..]]]]......))))......(((((.........)))))....... |
|
|
|
GGCGGGCCUCCCCGCAUUGUGAGGUAGUGAAUCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCUAUUUUUCGCAAGUGCCGGGGGUUCGGCUCGCCACCCGUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((.(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).))))).)))))...((....)).))))..)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.................(((....)))................)))))))).)))))))))....)))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))...)))................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))....))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))...))))))...))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((.......(((((......)))))....(((.......)))...))))))))....))))))...))))))))......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........((...(.(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)...)...)).............))))))).......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))...))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)))))((((((.((((((((.((((..))))(((((((((((((((...)))))))))))))))...((((((..)))))))))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))).))))...))))))))......... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))...))))))))......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(......((..((....(((......((((....(((....)))....))))...)))......))...))..........)..)))........... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)))).)))))...))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((..(((..(((((......)))))..........))).......))))))))....))))))...))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((...(((((.............................................)))))....).)))))..................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(.....)((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))...................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(.....)((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(.....)(((.....(((....))).....))).............................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((....((((....(((....)))....))))).)))))..)))))).)))).)))))...))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((..((((((((...(((((......)))))..............)))))))).....))))).)))))...))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).............................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...(((((((((((((((((((.....((((((..((((..))))..))))))..))))..)))))))).)).)))))....(((..))).)))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(..................(((.((.....((((....(((....)))....))))..))..........................))))......)..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))....))))))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)))..)))))...))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).)))))...))))))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))...))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))).)))).))))))...))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....))))).......((((.....(((((......))))).(((((.............))))).....))))..((((..((....))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((..........))))).((((.(((((......)))))..(((.............))).))))...))))..((((..((....))))))..... |
|
|
|
GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((......................((.((....)).))..)))....((..((.........))..)).......................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...)))))...))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....)))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((..........(((.....(((....))).....)))..........)))))))..))))))..))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))..))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)...)))))))))..))))))..))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........((((.[[[[[[[............(((....))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........((((.[[[[[[[..(((....)))(((....))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))..))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((..))))((((((((((((((((..)))...)))))(((((((((....)))))).))))))))))))).)))))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.((((.((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))).)).)).)))..).)))))))........ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))...................))))))..))))))))........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((((...(((((((.((((((((..)))...)))))........((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((<<<<<<((((.aaaaaaa.(((((((.{{{))...))))).))))((.[[[[[[.))]]]]]].AAAAAAA))>>))))))))>>}}}>>. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.(.(.(((....)))..).))))........................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((..((((...((((...................)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((..................))))........................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((.....((((((....(((....)))....)))....)))..)))))))))..))))))..))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((.((((..........(((....)))(((....))).)))))..((((((...))))))....))))))..))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.((((((...((..(.((((((((..(((..)))..))))))).).)))....)))))).)).)))))...)))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(.....................(....((...((((.....(.......................)...))))....)).......)....)..).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(.(((((...(..((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))..)....)))).).....))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..(((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))..))..))))))..))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((........(((((.((......))))))).(((...........))).))))))..))))))..))))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((........(((((.((......))))))).(((...........))).))))))..))))))..))))))))........ |
|
|
|
AACCGGGGACCUCAUGGAAUAAAUUAGUUCGAACCAGGUCAGGACAGGAAUGUAGCAGCCUUAAGAAUCAUACUUAUGCCUUGAGAUAAUCUCCGGUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((.((((..(.((((.((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).).)))).)..))))....)))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....)))))))....)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((..(((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))..)).))))....))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................((((((..............))))))................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)).)))))....)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((((((((((....)))))))))))......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..((((.(..........((((.....((((....(((....)))....))))...))))...........).)))).....))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).)))).....)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.................((((...........))))..............((((((..............))))))....))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))....))))....))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((..))))).))))))))))))))).))))))))))))))...)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...(....(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))....))).)...))))...))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..............((((...........)))))))...........((((((..............))))))....))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))....))))....))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((....(((....)))....))))......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((.((..(((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))..)).))))....))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((.((((....((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))).)).))))....))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((......)))).....((((..................)))).......))).((((.....))))....))))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((......)))).....((((..................)))).......))).((((.....))))....))))))))..... |
|
|
|
GGAAACCUUCUCGGUUCCUCGCAAUGGUGUCUGGUUUACCCGGUCAGGUUCGGAAGAAAGCAGCCAAAGUCAGAAUUUCUGUGUGCCGAGAUCAAGCUGGGAAGGUUUCCACCCAACG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((.((((.((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..).)))))...))))....))))))))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))....)))).))).)))....))))))))))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))............................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(........(((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).))))............)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((((((....))))))))))).................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((.......(.((((.....)))).)..........(((..................))).......))))....))))))))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((......((.((((.....)))).)).((.....(((((................)))))....))))))....))))))))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((........((((..((((.....)))).....(((....)))....))))....(((.....))).............))))))))))))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(..............(((....(((....)))....))).............)....................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((([[[[[[......[[.))..(((....))).....]]...]]]]]]....)))).)).))))....))))))))))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).)))))..).)))))...........)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((........((((((((..((((......)))).............))))))))............))))....))))))))))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((....(((((................................))))).....))))))................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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...........((((.................................(((....))).....................................))))................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.(((...(((.(((..((((......))))...))).))))))....(((.....)))..)).))))....))))))))))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((..(..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)..).)).))))....))))))))))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....)))).((((((..((((.......))))(((......))).......((((...............)))).)).)))).......((((..........))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((..[[[)))))).......((((...{{{{)))).(((..(((.............))).....(((.....)))...)))}}}....}]]](((..........))).... |
|
|
|
GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUAACUUGUUAACUUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAUAGCAGGGGAUGUGUGUGCCGGGAUGUCGCUGGCAGAGCCCUCGCCAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..(.((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..))))))))..))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..))))))))).......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((..((((...((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).....))))....)).................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....)))))))))))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).))))).)..)))))))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((...((((((....((((....(((....)))....)))).))))))....)))))...))))).)..)))))))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
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[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((.........(((((((...........(((....)))........)))))))............)))))....)))))))))))))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
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(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))............... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..((((...((((((((((((..))))).................)))))))......))))..)))))....)))))))))))))))....... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....))).................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).))).))))....))..)))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((.(.(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..((((...(((((((...((((..................)))))))))))....))))....)))))....)))))))))))))))....... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..)))))))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).))).)))).)..))..)))))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))).)))).)).))))).)).)))))))))))))))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......................................(...........(....(..(..((..(.....((..........))..)..))...)..).....)...))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(........(((((..(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))....))))))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))..).)))).)).))))).)..))..)))))))))))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....)))))))))))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((..(((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))....)))).)).)))))....))..)))))))))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((...((((((.((((.......))))..((((....))))..)).)))).)))).((((.((.....)))))).(((((.......)))))....))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....[[[[[[.))))).....]]]]]].((((...........{{{{{{.....))))..((((.((.....))))))..}}.}}}}.....((((.((....))))))... |
|
|
|
GAGGCCCCCAUUGGUCCUCCCGCAACACUAACCUGUGAACUCGGCCAGACCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAGGUGACGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGUGGGGGCUUCCACCCAUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.(((.((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))).)))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))........).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))...)))...................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))............................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))............................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.........[[[[[(.............{{{{{..)))))....(((()]]]]]....))))..}}}}}....))))))))))))))))......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...(((.....((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)).......))).....)))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((..((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))....)))))...)))..)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((.((((((..)))).)))))))).)))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))).............)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))..)))................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....))))..)))))...))))))))))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))..................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....))).................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...)))..)))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((((.(((((([...((((.....(((....))).....)))]))))))))..)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............)))))).....))))..)))))...))))))))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..................................(((....)))....................................)))).................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).)))).).)))..)))))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.((((((((..(..((.(.((((((..))))).)).))))).))))))..)))).)).))))).).))))))))))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.................................(......(..((..(.((...(..........(..................).....)..)).)...))..).......)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(((((..((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....))))....)))))...))))))).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).)).)))))...)))..)))))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))....((((.........))))...((((......))))..((((((..(((((..........)))..(((((.......))))).)).))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......)))).(((((((......[[[)))....((((......))))..)))).....(((.((.]]]...))))).((((.....)))).((((((........)))))). |
|
|
|
GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..)))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))...................))))))..))))))......... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((..((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))..)).))))))...)))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((..........................(((....)))...........................))))))..))))))))....... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...)))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....))))))))))).......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).))))....................))))))..))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(.(((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))).)..))))))..))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.(((....(((.....((((....(((....)))....))))...)))......))).)).))))))..))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.(((...((((...((((((....))))))))))((((.((.....)).)))).))).)).))))))..))))))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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..................................(((....))).......((((...........))))............................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((([[[..((((...((((((({{)))))))))))[[[)))).....((((]]]]]])))).))))))..))))))))..}}... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))).................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)))))).................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((...(.(((....)))..)..))).......................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.(((...((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).)))..))).))).)))))..))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....))))))))))((((...........)))))))).)).))))))..))))))))....... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... |
|
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|
[ FASTA input ] |
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..................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).....((((......)))).))))))..))))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....................((...((..((((....((......))....))))...........).....)...)).......)).)........ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((...((.((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))).....))))))......))))....... |
|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((...........))).)))).)).))))))..))))))))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)..))))))..))))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....)))....(((((....((((((....))))))....(((..((.....))..))).......))))).....)))))))....... |
|
|
|
GGUGGCCCCAUCGGUCCCCCCGCAUUGAUUACCCGUUAACCUGGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCCAUAGCGGGAACAUCGAGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGGGGCCGCCUCCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.(((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...))))))...)))))...)))))))))))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).))))).).)))))))))))))).......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).))))...))).................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))))).))).))))...))))))))))))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((.......................(((....)))......................))))))))))...))))))))))))))))....... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((.((((((((((((..((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...))))).)).)))))...))))))))............... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...)))).)))).))))...))))))))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))).............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.(((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...))))))...)))))...))))))))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((...((((..(.(((....)))..).))))))))))).).))))).))).))))...))))))))))))))))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..(((((................[[[[[.....(((....)))..........)))))...........]]]]]....))))))))))))))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...))))))))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).)))).)))))...))))))))))))))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...)))).)))).))))...))))))))))))))))....... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))))).))))))))))))))).))).))))))))))...))))))))))))))))....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).))))..)))))))))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))))............... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........(((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))..)))............... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..(((((..(((((((.((((..))))(((....)))........)))))))...)))))....)))))...))))))))))))))))....... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......(((((................................................................))))).........))))))).......... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.(((((((((((.............((((....(((....)))....))))...........)))).)).)))))...))))))................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((.....((((....(((....)))....))))..))))............................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((.....((((....(((....)))....))))..))))............................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((...((((....(((....)))....)))))))))))...))).))))).))))...))))))))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGUGACCCCAUCGGUCCCCCCGCAACGAUUACCCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGGAACAUUGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGGGGGCACCACCUAUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.((((((.(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))...)))))...))))))))))).))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))))).))........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.(((((((((.((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)).)).))).))))...)))).................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....)))........................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((...((((......(((((((((((....)))))))))))...))))....)))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).)))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.((((((.(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))...)))))...))))))))))).))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(((.((((((((.(((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))..)).))))).)..))).))................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).)))))...))))))))))).))))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))))).))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((.((((((((..))).))))))))).))))))).))))).))))))))...))))))))))))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((((((((((.(((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).).)))).))).))))..))))))))............).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).))))).).))))))))................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..........((((((((.(..(((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))......))).)..)))).).)))..))................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.(((((..(((((..(((((....((((......))))...............)))))...)))))....)))))...))))))))))).))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).)).)))))...)))))))))))..)))........ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((((.((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).))))...))))))))))).))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.(((((((((((((.((((((....((((....(((....)))....))))).))))))..))))).))).))))...))))))))))).))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......((((....(((....)))....))))...))))............................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))).).))))))))))).))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
Sfold
|
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[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GGGGGCUCUGUUGGUUCUCCCGCAACGCUACUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAUGACGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCAGGGCCCCCACCCAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))))...)))))...))))))))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((.......(((....(((....)))....)))....))))............................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...))))))))))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).))))))))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).))))).).)))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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Cylofold
|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
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DotKnot
|
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[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).)))).).))))))........))........ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..)))).).)))).)))................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((....(((.....)))((((..(((....)))....(((..)))...))))))))....)))))...))))))))))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).))))...)))..)))))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))..)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((...(((((((.............................)))))))....))))....)))))...))))))))))))))))........ |
|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((....(((....)))....))).................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......((((....(((....)))....))))...))))............................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).))).)))).).)))..)))))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((((.(..(((((((((((..))))))))))))))))))).)..)))).)).))))).).))))))))))))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......................................(..(..(...(.....(....(.((.............))..)..)......))...).).............).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.(((((.(((((..((((...(((((......(((....(((....)))....)))...)))))....))))....)))))...))))).)................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).)))))))....)))).)).))))).).)))..)))))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((...((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))....)))).)).)))))...))))))))))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.(((((((((((...((((..(....(((....(((....)))....))).)..))))....)))).)).)))))...)))..)))))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((((.(((....(((.....))).(((...........................))).)))..)).)))))....)))))))))))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((...((((((....[[[[....(((.....))).[[[.....)).))))..........)))))]]].]]]].((((((.......)))))).....)))........ |
|
|
|
GGUGACCCUAGGGUCCCCCCGCAAUGAUAACUUGUGAACUCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGCAGCAAGCGACUCGUGUGCCGGGGUGUCGGCUCUAGGGGAACCUCCAAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((..(((((((.(..((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))))...)))))....).)).)))))..))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.((((...((((...((((......(((.....(((....))).....)))...))))....)))).....))))....)))................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....))).......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))....)))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).)).))))).)..)))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).)))).)..))))))))))..)))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((....(((((.......)))))..((((((....(((....)))......(((.....)))........)))))).....))))))))))............ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(...........................((((....(((....)))....))))..............................)................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))..).))))))..))............ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((((((((((((((((...(((((....(((((....(((....)))....)))).))))))....)))).)).))))).)..)))))..)))............ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........((((((((.((.(((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))..))..)))).).)))..)))............... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....))).......................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..<<<<<<<<<<...<<(..{{{{...{{{{(...[[[[[[...))))>>...((((.....((()}}}}....}}}}aa]]]]]].))).>>>>>>>>>>..AA)))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.(((((..((((...(((((....((((......))))...............)))))....))))....)))))....))))))))))............ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.................................(((....)))....................................)))))................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((.....((..((((((..(..((.((((((((..)))))))).))))).))))..))..((..))))))).)..)))))))))).))))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(................................(.(...(........................(...)......................)....).)........)........ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((..(((.(..(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))..)..)))....)))))....)))))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((.(((((((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))....)))).))).))))....))))))))))..)))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....)))).((((((((.......))))....((((......))))...(((((...(((.((.........))))).(((....)))))))).))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))....(((((.......)))))...((((......))))...(((((...(((.........[[[[.))).]]]]......))))).(((.....))).... |
|
|
|
CUCCACCAGUCCGCUAGCGACCCUGCGGAAACGCGUCAGGGCCGGAAGGCAGCAGCGCACCGCCGGGUCGCUAGGUGGACAGCCUGCAGAUGUGGCGGAAUUGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((.(.((((..((((((.(((((((....((((....(((....)))....)))).))).))))))))))))...)).)..)).))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).)))))).(((.((....)))))......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).))))))))).))))))...((((.......))))...))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)))))))..........)).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)....................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.(.(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).)..)).))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))).))).........))...))))).)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))))))....................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(20)
|
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........................................................................................................ |
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RNAfold
|
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|
[ FASTA input ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((((..(((...(.(((((((((((..))))))))))).))))..))))))))).)))))).)((.(((..)))))(..)).))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(................((.(..(.((.........(.(..(......((......))...)).)..................).)..)....).)))...... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((((((((((.((((....((((....(((....)))....)))).)))).)))))))))).))))).(((.((....))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).((((.....))))........))))).))))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....[[[[[[.((((((.((((....)))).......(((..((..........)).))))))))).[[[[)))..]]]]........]]]]]]..... |
|
|
|
GACUCGGGCCAUGCGGCUCGGACGCCCAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGGAGCAGCCACACGGGAUGCUCAGAGCAGGCGUGGACUCCGGGUCACCCAACU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.(((((((.....((((.....((....)).....))))...))).)).)).))))..))))))..))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....((....)).....)))............................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...))))).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((....).).))))).))))..))))))..))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.((.((((.....((((.....((....)).....))))...)))...))).))))..))))))..))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.((((.....(((.....((((.....((....)).....))))...))).......))))..))))))...)))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((....))..))))).))))..))))))..))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....)))))))(((((....((((((....))))))...(((((......[[[[.)))))......))))).(((]]]].)))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))...)))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((....))...((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.....(((...((({{{.....{{))).}}[[[[[}}}....))).]]]]].))))..))))))..))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.((((..((((((((..))))))))))))(((((((...)))))))))))))))).))))).).)))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((.((((.((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))).)).)).)))...))))))))........ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((..........((((....(((....)))....))))..........)))))))..))))))..))))))))........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((...................((((....(((....)))....))))....................))))................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........(((((((..)))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((....))).....)))........................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..))))))...)))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((...........))))).))))..))))))..))))))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.................(((....................)))....................................))))........... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..))))))..))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(.((.(((((..))))))))...(((((((..(((..)))..)))))))(((...)))))).)))(.((.(((((((..))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...................((.....(..((((.....(......).....))))..........).........))........)............ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((......((...((((((....)))))).))(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...........((((((....))))))...(((((.((.....)).))))).))))..)))))).).)))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))....(((((....((((((....))))))...((((..((.....))..))))......))))).....)))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))....(((((....((((((....))))))...((((..((.....))..))))......))))).....)))))))........ |
|
|
|
GGCUCGGAAUCAUGCGAUCGCAACGCCUCAACCUUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAAUACGGGAUGCUUGCGAUAGGCGUGAUCUCCGGGUCACCCUCUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((....(((....)))....))............................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))).))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....)))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))........ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((.(((....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((..((((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((((([[[[[....(((....)))(((....)))...((((........)))))))))).]]]]]....))))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.(((((.((((....))))(((((.(((....))).))))))))))))))))))).)))))).))))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).))))))).).)))))))........ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((.(............((((....(((....)))....))))............).)))..))))))..))))))........)) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.......((((....))))(((................))).....)))))))..))))))).))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.(((.ccccc(bbbbb(..((((.[[[)))).<<<<..))aaa()))....{{{.AAA))>>>>B)BBBBC]]].)))))))).}}}CCCC |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((....))).....)))........................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((..................((((................))))....)))))))..))))))).))))))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(((((...(((...(((((((((((((..)))))))))))).).)))....)))))..)).))))....)))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......................(...(.((((....(((....)))....))))..............)......)........)).....)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))...)))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...............(((((...((((.((......))))))..((((((........))).)))...))))).((((....))))....))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..............((((((...(((....)))[[[[[[.....((((((........))).)))...))))))....]]]]]]......))). |
|
|
|
AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).)))))))...))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).)).))))))...))))))))...)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))....... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))...))).))))))...)))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))......)))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((..((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))).)...)))))))...)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((..(.(((....)))..).))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))).....))))))...))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))).)).))).))).)...))))))).).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((((((.((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).))..)))))...))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((...((((((((((((...((((((...)))))).(((.......)))..)))))).)))))).....)))))))...)))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))........................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((.(((<<<(.{{{{{(...aaa.)))..(((((((...[[[[.)AAA...)}}}}}>>>)))))))..))))))...)))))))))]]]] |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).)))).................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).)))).................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))........................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..))).)))))...))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((...((((((((((((.....((((..................))))...)))))).)))))).....)))))))...)))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))........................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).)).))))))...))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).))).)))))...))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((((((((((((((.(...((((((((((((..))))))))))))..))))))).))))))).)).))))).))..)))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..................(...(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))........................)......).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....................((((((.....((((....(((....)))....))))...))))))......)).......................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))).).)).))))))...))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..))).)))))...))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((....))..))))...(((((.....))))).......((((.....((((((......)))))).)))).....)))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................... |
|
|
|
CCCGGGGCCUAUGCAAAAAAGGUUUUUCGAACCCCGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAGAUUAAUUCUUUUUGUGCCGUAGUGUUCCCGGGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))))))...))).))))).)).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.........))).........)))))..((((((((..(((.((.((((((...............)))))).)).))))))))))). |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((((....((.....((((....(((....)))....))))..)).....))))))).))).))))...))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....)))............................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....)))))))))))....................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((....((.....((((....(((....)))....))))..)).....))))))).))).)))).).))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..(((((((((((.......((.....((((....(((....)))....))))..))........)))).)).))))).....))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))).))))))...))))).).))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((..((..(..((((....(((....)))....))))).))..)).))))))).))).)))).).))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((...)))))........(((....)))....((((((...............)))))).....))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((..((((((((((...)))..((((....(((....)))....)))).........)))))))....)))))...))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)).))))))).)).))))).).))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..))).)))))).)).))))).)).)))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((..))))))))))))))))))))..)))))))))).)))).).))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(.(((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)).))))))).))).))))..)..).))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(..............................((((....(((....)))....))))................................)...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)).))))))).)).))))).).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.........))).........)))))..((((((((.........((((((...............)))))).......)))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((..........(((((...............)))))........))))))).. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))............... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))............... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((....))).....)))....................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........))))...((((......)).))(((....)))((((((((((...............))))))..)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).)).)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.........((((.[[[(((....)))....))))......)).))))))).)).))))).).)))))))]]]. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((((((.((((.....))))(((.......)))........................))))))...)))))....)))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.......(((((...)))))..........(((((((((...............)))))))))...)))))...))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..))))))...))))).)).)))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).)).)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((....((((((..((((..))))..)))))).)))).)))))))))).))).)))).)).)))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..............(...((.....(....((((....(((....)))....))))..........).....))..........)....)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................((................................)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((.((......(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))........))..)))).)..)))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((...........((((....(((....)))....))))..........)))))..))).)))).).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..))..)))..)))))))...)))).).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........)))).(((((..............))))).......(((((.((..........))..)))))......)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........))))......(((...........(((((((((...[[[[[[......)))))))))]]]]]]...))))))))).... |
|
|
|
UUAUAAUAUAUAUGUCAUUACAAUAUUAAGUAGCGAACCUUGUCAGGCCAGAGAUGGAGCAGCAAUAGCAAUAUCUUUUUAUGUGUGAUGACAUAUAUUAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((.((..((((.((.....((((....(((....)))....))))..)).))...))..))))..)))))))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..)).....)))..))).)))))))))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((((((...............)))))))....................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((...(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).)))))))...)))..... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((((((....))))))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((..((......((.....(((....))).....))...)).....)))..))).)))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((..((..........((((....(((....)))....))))..........))..))).))))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((.((..(((..((.....((((....(((....)))....))))..)).....)))..))))..)))))))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((((((.....((((....(((....)))....))))..))..)).)))..))).)))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((...............))))))).....)))))))))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((.(((.(((.......(((....)))(((....))).......(((....))))))...))))))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((.........((((....(((....)))....)))).........)))..))).)))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((.......(([[[[..))(((....)))....]]]].........)))..))).)))))))))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..((((((((((((((((((((((((..(((((((((..))))))))))))))).((((..)))).))))))).)))))))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((.....((...(((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))..))..))..))))))).))))........)))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((...........((....(((....)))....))...........)))..))).)))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((...............))))))).....)))))))))))))))... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((...............................................................))))))))))))..... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).))))))............ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((.........((((....(((....)))....)))).........)))..))).)))))))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((....((((........)))).......(((((((...............))))))).....)))))))))))))))... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((...............................(((....)))................................))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((....(((....)))....)))).................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((..((...((.(.((......)).).)).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((..((.......))..))))))).....)))))))))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((..((...(((....)))(((....))).)).((....)).....)))..))).)))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...((((((((........)))...(..)((((((((((((..)))))))))))).((((.((......))))))..))))).))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(((.....(...(............((......))...........)........)........)..))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................(.(..............).)...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((...............((......))...((((((..((.......))..))))))......)))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((..(((.........((((....(((....)))....)))).........)))..))).)))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((...............(((....)))..(((((((..((.......))..))))))).....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....))).....(((........))).........(((........))).(((...............)))..(((((((....))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))....(((........))).........(((........))).(((...............)))..(((((((....))))))).... |
|
|
|
GGGGGCCCUGGUCCUCCCGCAACACUAGUUCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGAUGAUGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((.(((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).)))))...)))..)))..... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....)))................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))........ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((((((....)))))))))))........................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((..(((......)))..[[[[[[....(((....)))......[[[[))))....]]]]...]]]]]]....))))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((...((...(.((......((((....(((....)))....))))...)).)....))....)).)))).).))))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...))))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((((((..))).))))))).)))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.(((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))..))))).)))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))).)....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))........................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))........................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))........................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))..)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((.((((((((....((((....(((....)))....))))).))))))..))))).)).)))))...))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............))))))...))))....)))))...))))))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.................................(((....)))...................................))))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))........................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).)))..)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((.(((((.....((((((..((((..))))..))))))..))))).)).)))).)).))))).).))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......................(((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))........................))..)).).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))...))))))....... |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))..)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....)))).((((((..(((((((....)).)))))...(((((.................)))))..)))....((((.....)))).)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....)))).(((.....(((((((....)).)))))....((((............[[[[.)))).....]]]].((((.....)))).)))...... |
|
|
|
UGGGGCUCUGGUCCUCUCGCAACAAUAGCUCGUGAACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCGUGUGACUUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCCCACCCUUUAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...))))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))............................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((((((......(((.....((((....(((....)))....))))..))).......))).))).))))...)))))))))))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....)))......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((((((....)))))))))))................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((.(((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...)))))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((...........)))).((((((....(((....)))......(((((........))))).))))))....)))))))))))))......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((..)))))))))))).))))))))))))))))))))))).).)))))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.....((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))...))))))..)............. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).)))).).)))))).....))......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((...(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)....)))).)).))))).).)))))))).............. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((...........)))).(((((((((((((((..........)))........))))))...))))))....)))))))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((...........................................................)).)))))......................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((.......aaa.)))).((((((((((((..<<<<<.AAA.((.{{([[[[)))))))))}}))))))]]]]))))))))))))).>>>>>... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).......................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).))).))))...)))..))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((.....((([...(((((....(((....)))....))))]))))......)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((............((((......))))...........((((...))))..))))....)))))...)))))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).))).)))).).)))..))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((...).((((((((((((((..)))))))))))).)).).)))).)))).)).))))).).))))))))))))).(......) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(.((((.....((((....(((....)))....))))..)))....).................................)..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((...(((..((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))....))).....)))...)............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))..))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....))))..((((...........))))...(((......))).((((.......((((.((.......))))))..(((((.........)))))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....))))).((((...........))))..(((..[[[[[.)))........((((((........)))))......{{{{{)]]]]]...}}}}}.......... |
|
|
|
UUCCAGCAUACAGCAAUAUUUUUAUUAGUAAAUUCGAUCAGGUCCGACAGGAAGCAAUCGUAGCUACAAAAAGUAUGUGUAUAGUAUGCUGGAAAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((...(((.(((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..))))))))..)).....)))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((...((((....))..)).))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))..))))).)))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((...(.((((....(((....)))....)))).)))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((((((..((((.....((......(((....)))......))..))))..))))))))).......)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((...(.((((....(((....)))....)))).)))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).).)))).)))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))..))))............. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).))..))))............. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((....)))((.....))(((....)))(((.......)))...)))))))).)))...))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((....(((((....(((....)))....)))).)))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......((((........))))(((........)))....................................))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....((((((((..((((.....((((..................))))..))))..)))))))).......))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((....)))).)).....((...)).((((..))))((((..(.............)..))))...)))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(.((.(.....((((.....((((....(((....)))....))))..))))..........)..).......).)........ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))..)))))))).)))...))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((...((((....))))........((((..................))))....((((.........))))..))))))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((...((((....))))........((((..................))))....((((.........))))..))))))))))..... |
|
|
|
GGUGGCCCCGUCGGUCCCUCGCGACGCUAGAUCGAAAAUCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUCGAUUGAUGCGGGCGCCGAGGUCAACCGGCGGGGACACCACCCCACUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).)))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))........)))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.............)))))..............(((....))).((..((((....))))..))...................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...))))))))))...)))))...... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))........................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((.(((((....))))).)))))................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).).)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((........((((((....[[[[[....(((....)))..........))))))...]]]]]...)))))...))))))))))...)))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((...(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).....)))))...)))))))))).))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))...)))))...... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))..))))))))))))))((((((((((..))).))))))))))(((((.((...)))))))(((..)))...))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...(...(.(((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))..))))))...)).............. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.((((...((((((.(((..((((.......((((....(((....)))....))))....))))...)))..))).))).....)))).))................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((.......))).....(((((....((((...........))))..........)))))...)))))...))))))))))...)))))...... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((..((((.....................................))))....))))))).............. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((....(((....))).))........................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))............................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((.(((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((...((((..(((((.............((((...........)))).....)))))...)))).)))))...)))))))))).))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.................................(((....)))...................................)))).................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...))))))))))...)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))))).)))).)).)))))...)))))))))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......................................((.(...((......(........((......((.....))...))....)...))...).))........)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................((..(...........(..............((....))..............)......)..)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.((((.((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))..))))...)))))))))).))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).)))))...)))))))))).))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((........))))).............(((((....((((...........))))(((....)))))))).((((........))))((((......)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....((((((..[[[[.......)))))).....)))))...((((...........))))(((....)))]]]]..((((........))))((((......)))).... |
|
|
|
GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....)))))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((..((((((.(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....))))))))....... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))...)).)))....))))))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....))).................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((..((((....))))..))))).......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((........................(((((....(((....))).....[[[[(.{{{{{...))))))]]]].}}}}}))))))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....))).......................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((...(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...))).....))))....))))))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..((..((.....(((....))).....)))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))))))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))..)))))))...)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(..(((((.(((((((.(((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))..))).))))...)))))..).....)) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((......((((....(((....)))....))))...))).................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((.(....).(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((..................(((((....((((...........))))..........)))))...))))....))))))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((..............................................................................))))))))))))... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....))).......................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....)))).......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....))).......................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..))).)))....)))))..)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((........(((....)))......))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..............((((......(((((....((((...........))))..........)))))......)))).))))))))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.................................(((....)))...................................))))........... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((..(((((....))(((....)))......))).))))))...)))..))).)))....)))))..)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((..((((((.(((((((((((.....(((.((((((((..)))))))).)))..)))))))).)).).)).))))....))))))))))))).) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..............................(((.....((((.....(((....))).....)))....)..............)..........)).....).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.(.(((((((...((..((((......(((.(...(((....))).)...)))...))))......)).))).)))........).)....)... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..(((.((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))..)))....)))))..)))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).)))....))))))))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((.((....................)).))).(((...........)))....((((...((....))...)))).))))))))))))))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......))).(((.............)))......(((((((...((((...[[[.[[..)))).((((((.......]]]]]..))))))..)))))))..... |