RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Fungi_SRP

RNA: SRP_00018

			ACUUAAUCUGUCAUGGAUAACCUAGUGGAAGGCCUGCCGCUAAGUCAGUAACCUUGCUGCGGCAUUUGCCAGCGGGAAAGGUGCCCGGUACGAAUCCUGGGGUCGUCGUUGUACUCGUGCGAGUAAUCCACGAUGCUACAAGGCGCUAAGCAAUGGAAGUGAAUCUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACUUCCACCCUGGGAUGGCGUCGCCGGAGGACACCUACCCGUUACAGGGAAGUUGGCUGUUUGGCUGGACAACCGCAAUCUUCUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((.(........).)))..(.((((..(.((.((((.((..(.(.(..(((.((.(......).)).(((((...(((((.(((((....(((((((((.((((..((((.(((((.((....)))))))...)))).))))(...)...(((((((...((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..)))..).).)..))..)))).)).)..)))).)..........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....))))...........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((..(((..((...(((.((((((..(((..........)))))))))...))).(((((...((((.((((((((..((((((((..(((((..(((((....)))))....)))))(((...........)))..((((((((..((((...((((....))))...))))))))))))))))))))...))).)))))....))))..)))))..)))))....(((.(((((....))))).)))..)))).......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((((..(((((((......................((((....)))).........(((.(((((((..(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))...)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).............................))))))).........)))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........(((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))..))).))))).)..))))).))))))...((((((...(.(((((....))))).)......))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................((((((..((...(....)...))))))))......((((((..(((((.((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.........)))))...))))))))).........(((((((..(((....((((....))))..)))..)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))....(((((......((........)).........)))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...........))..............(((.((((((((((........))))..))))))...))).(((((..(((((.(((((....((((((((((((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........((((((...((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))......)))))....))))).)))))....((((((...((.(((.........))).))...))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(....).........(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))).)..))))).))))))..(((((((((((.((((((())))))).))..)).)))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.......))........(((..(.((((((........(...((......................((..(((((.((((((((.(((((((((....(.(((((((((((.((....))))))).).))))))............(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))))..))).)))))....))))).)).........).)..)........)))))).)..))).............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((.....))))....[[[[[[))).....]]]]]]...(((((....))))).(((....)))((((((..(((((.((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.........)))))...))))))))).........(((((((..(((....((((....))))..)))..)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..(((((((.(((.(((((....))))).)))....)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((...)))).((....))..(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((..((((......))))..)))..)))))))))))))))))..))).))))..)).))))).)))))...(((((((...((.(((.(......)))).))...)))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(((.((((((.(([[........))]].))))))...)))((((((..(((((.((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...((((((...((.................))...))))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....)))).......(((...((((((((................................(((..(.((((((((((((((.(((((((((.(((((.((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...))))).).)))...................))))))))...))).............
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((.....))....((....))..(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........(((((((..(((..((((......))))..)))..))))))).)))))))))..))).)))))..).))))).)))))....((((((...((.(..((......)).).))...))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((..((((((((((...........[[[[[..))))))...(((((((((..(((((.((((((((.(((((((((.((((((..((((((..))))))....))))))...]]]]]..........((((((((.............(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...........))).....))))......))))............
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.....))).......((((...(((((........................((......)).........((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))...))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................)))))..........)))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.....)))......(((((...(((((........................((......)).........((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))...))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................)))))..........)))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))..(((.[[[[.)))((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....]]]]............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))............(((.((((((..(((..........)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((.(((((......)))).))))..)))))))))))))))))..))).)))))..).))))).))))))..(((((((((.((.((.((......)))).)))).)))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((.......((((...(((((((..(((((..((((...)))).((((((..(((((.(((((....(((((((((.........(((((....)))))........((((....))))........((((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))......)))))....))))).)))))).)))))..)))))))...)))).......))))............
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................((((....)))).........(((.(((......(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))...))))..............(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))))(......))))....)))......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))......((((..(.((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).)).)..))))............
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((......((((.......(((.(((...(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).))))))))))).....)))).....)).(((....))).............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))......((((..(.((.((((...((((((...(((((....(((....)))((((((..((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).)))))..).))))).)))))).)))))...))))))...)))).)).)..))))............
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(......)..)))((....))(((((((((......).))).).)))).(((.((((..))))((((((.((((((.(((((((((((((((((((..(((.((((((((..))))))...))))).....(((......)))....(((((((..(((((((((((..)))))).)).))))))))))))))))))))).))).)))))(..))))))))))))).)))(((((((((((((........)))).).))).)))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................(...).............(.............................................(.((.....)).)...........................(.............................................).............)......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....)))((((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..((..(..((((....)))).).))..))))))).)))..))))..))).)))))..).))))).)))))).)))))...))))))...)))).))....))))............
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).)))))..).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))....((((((........))))))...(((((....))))).(((....(((.........))).(((((........)))))...)))..(((..(((((.((....))))))).(((....))).....))).((((((((..((((...((((....))))...))))))))))))..((((((.....)).)))).(((.........(((((......)).))).((((....))))........))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))......((((...(((((((((............<<<<<<))))))...(((>>>>>>...))).(((((..[[[...))))).]]].((((((..(((((.((....))))))).(((....))).....))))))...((((.((((...((((....))))...))))....(((.{{{.))).(((.....)))...............)))).}}}.....))).((((....))))..))))............

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RNA: SRP_00019

			ACUUAUCUGUUAUGGAUAGUCGAGUGGGAGAUCAGCCGCUAGUCGGUGACCUUGCUAAGGUCUUGGCCAGCGCCGACUGGUGCCCGGUACGAAUCCUGGGGUUGUCGAUGUACUCGUGCGAGUAAUCCACGAUCGCUACACGGCAUUAAGCAAUGGAAGUGACCCUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACUUCCACCCUGGGGUGGCGUCAUCGGAUUACACCGUCGCGUUACAGGGAACCUGGCUGUAUGGUUGGGCAACCACUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((((.......)))))..((((((..(.(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.(((((....(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))(...)...(((((((....(((....(((....)))....)))..))))))))))))))))......)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..))))))).)..)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((...(...........................(((....)))...........(((.(((((((..(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))....)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....)))..................................)...)))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.....)))))...((((((..(.(((((((((((((((((..((.(((((....))))).))))))))))))).(((((.......)).))).............((....))(((((((.....((((((..............((((((((.(.((.(..((((....)))).))).).)))))))).......)))))).....)))))))..............................)))))).)..)))))).
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.......)))))).((((((..(.(((((((.(((((((.(((((.....)))))......(((((.(((.((((.((((.(((...(((((((((((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........((((((....(((....(((....)))....)))..))))))))))))))....)))..))))....)))))))))))).........)))))))..))))))).)..)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.....)))))...((((((..(.(((((((((((((((((..((.((((((())))))).)))))))))))))((((((.......)).)))........((((.(((())))(((((((..((.((((((..............((((((((.(.((.(..((((....)))).))).).)))))))).......))))))...)))))))))..........))))((...))...).....)))))).)..)))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((((....(((....)))(((((.(((.((((.((((((((.(((((((((((((((.((((.(((((.........)))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....)))))))))))).))))).))).)))))..)))))))....)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((.....))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))).
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Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((.....))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....))).................))))))).)))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...))))))).((((((......((((((((((((((((.....((((((..))))))...))))))))))))(((((........)))))))))......))))))((((((((((((.....((((((..............((((((((.((((..))))..(((....))).....)))))))).......)))))).....)))))))....)))))...((((...))))......((((((..))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.....))).......((((...(...........................((......))......((..((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).))..............................)...))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((...)))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((.((((..((((...((((((((((((.....(((((....)))))...))))))))))))(((((........)))))..........(((((....)))))......)))).)))).)))).........((((((((.........((((....)))).......))))))))(((((..((((((..............))))))....)))))..(((((((....)))))))..........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................(((.(((......(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))....))))..............(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....))).............................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))..((((((..(..((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..))))))..)..)))))).
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.....)))))((((......))).((((((((((((((((.(..(((((((..))))).)))))))))))))))(.(......)).(((((.(((((((.((((..((((.((....)))))).....))))))))))).((.(.((((((((.(.((((((((((..)))))).)).))))))))))).)))..((((((........))..))))........)))))..).))).....)((((((..))))))....
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNA: SRP_00069

			GGCUGUGAUGGCUUUUAGCGGAAGUGCGCUGUUCGUGUACCUGCUGUUUGUUAAAAUUUUAAGAGCAAAGUGUCCGGCUCGAUCCCUGCGAAUUGAAUUUUGAACGCUAGAGUAAUCAGUGUCUUCAAGUUCUGGUAAUGUAUAGCAUAACCACUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGUAAUGCUAAUCGUGGUGGAGGCGAAUCCGGACGGCACUUUGUUUGUUGAUAGAUAGUGCGGUAUCUAGUGUUACAACUCUAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.......)))..(((.((......(..(((.(.((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(...(((((((((.(.(((((.((.(((((.((....))))))).)..)))))).)(...)...((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))).))).....).))))...))))))))))).))))))))))))).)))))).)..))..)..))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......((((...((((((..((((((.....))))))))))))...)))).........(((((((((((((((.(((.((((..(((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..))))...)))))))))))......((((((.(..(((........)))..).))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((.((...((((((....................((((....)))).......(((.(((((((..(((((((((......(((...(((((.((....)))))))....)))............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))).)))...)).)))))....))).............................))))))....))))......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((..((((((.....)))))))))(((((((((..........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((..((((((((.((....)))))))..))).))))((((.((((...)))).))))((((...........))))..............)))))).)))..)))..)))))...))))))))))...)))))))))..............................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((.......))).....(.((...............(((((((((((((((.(((.(((((((((.............(((...........)))............(((.(((.....))).)))..................................)))))).)))..)))..)))))...))))))))))........)).)..............................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))......(((..((((((.....)))))))))(((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...(((((.((((((((.((....)))))))..))))))))((((.((((...)))).))))(((((.........)))))((......))....)))))).)))..)))..)))))...)))))))))).)))))))))))....(((........)))............
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.[[[[[[...))))........]]]]]]...((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((((...(((((.........)))))....))))))(((((((((...))))....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))))).)))))..(((......)))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))..(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))))).))))).(((.((....)).))).....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....(.((...(((((......................((......))..(((..((((.(((((((..(((((((((...((..((...(((((.((....)))))))....))..))..........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))..)))........................)))))....))).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((([[[[.))))..(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...(((((.((((((((.((....)))))))..))))))))((((.((((...)))).))))(((....(((....))){{{{)))...}}}}..)))))).)))..)))..)))))...)))))))))).))))))))))))).))))).(((..]]]]....))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((......(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.((((..(((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))))).))))).....)))))).))........
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.((((..(((...(((((.((((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..)))))...)))))))))).))))))))))))).))))).....))))))...........
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RNA: SRP_00070

			AGGCUGUAAUGGCUAUUUAGUGGAAUUGUUCUCCUUGGGAAUUUUGGUCUGGGUUCGAACCCUACGGCCAGACGCGGAGGCACGCCUUUAAUUAUUACACCGUUUCGGUGGGGGCAAAGGAGCAAGCUGGGCUCGCCCAGCCUGUUCCUGCACCGUGACUUCCCGUGAACUGCAGUCGUCUCCCCCCUGUGGGGAAGGCGAGCCACCCAGGGACGUGUCUCGGUUCAUCCAACCAAUCGAUCCUUGCGGGCGUUCGUGGCCCCUGCUGGCGCUGUGAGUAAUCCAGUGUCCUCUAGGGCCGGCAACGUAGCUACGGUCUACCCUCCCUAGGAGGGGGGCCCACCUUCACCGCCGUUAGGGGAGUUUCAUCCAGCGAUGGCAAAGGUGACCCGUGAUGGAGGCGGUCGGGAUGGCACUGGUCCCGUGGUUACCUACCUGCAGUCGCGGUGGCAUUAUCCUGCCCUUCAAUGGGCUUUGGGAUUAUCAAGACCACAAUUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((.......)))...(.((((..(((.(...((......(((.(.(.((((.(...).)))).).).))).(((..((.(.((..((.......).)..)).)...((((..(.............)..))))))).))..(.....(.(..((.(.....(.(.........(..((((.(....).))))..)..).)..(.(((.(((.(((((((((((...............((((((((((......(.(((((((..(((((((.((....)))))))))...)).))..))).).........(.(((.(.((.....)).).))).).((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))).))))))).)))...)))))))...))))...)))..))).)......(.(...).)...).))..)...)......)............))...).)))..)))).).........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))......((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))..(((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))((.((..((((((.((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((..(..(((((((.((....)))))))))..)..))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).))))...))))((((......))))...))))....)))..)))).........))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......)).............................(((((((.((((....))))...)))))))............(((..........(((((...))))).)))(..(((((((.((((((....)))))).)))))))).(..........(((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((.......(((...........((((((((((.(((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))((....))(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).))).........))))))))..)))))))))).......)))))))))))))......(((((((((......))))...))))).......................
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Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((.((((...))))..(((((((.((((....))))...))))))).(((......)))............(((((...))))).(((((..((((((.((((((....)))))).))))))))).))(((.((..((((((.((((((.(((((((((.....)))).)))))((((((...(((((......((((((((((.(((..((.(((...(((((((((..((((((.((..(((((((.((....))))))).))..))))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).)))))))).))...)))..)))))).)))))))))))))))......)))))))))))).))))).(((((((((......))))...)))))...)))..))))...........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((.((((...))))..(((((((.((((....))))...))))))).(((......)))............(((((...))))).((((..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))(((.((..(((((.(((((((.(((((((((.....)))).))))).(((((...(((((......((((((((((.(((......((((((((((((((..(((((.(((..(((((((.((....))))))).))..))))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))))).)))...)))..)))))).)))))))))))))).......)))))))))))).))))).(((((((((......))))...)))))...)))..))))...........
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((......................................................................................................................................................((......))................(((..(((.(((((((...............(((((.((((.........((..(((...(((((.((....)))))))....))).))..........................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....)))...))).........................................................))))).....))))...........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))))...(((((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((((((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).)).....))))((((......))))...))))....)))..))))...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).....((((..((((((((...))))).((((((((((((....)))).).))))))).(((......)))............(((((...))))).((((..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))(((.((..(((((.(((((((.(((((((((.....)))).)))))((((((...(((((......((((((((((.(((......((((((((((((((.((((((.(((..(((((((.((....))))))).))..)))))))).))))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))))).)))...)))..)))))).)))))))))))))))......)))))))))))).))))).(((((((((......))))...)))))...)))..))))...........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................(((.(((...................(((((.((((............((((...(((((.((....)))))))....))))............................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))........................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))))...((((((((.((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((..(..(((((((.((....)))))))))..)..))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).)).....))))((((......))))...))))....)))..))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......)...((((..))))((((((((.(..((((((((((((((((.((((...).)))...)))))))(((((((((..)))).(((...)))(((((...)))))((((...(((((((((((((((..)))))))))))))))....(...))))))))))((((((((.((((((((((((..))))(((((((((.(..(..(((.((........)).))))..))))).).))))(((((((((.((((.((((...(((((((.((....)))))))))....)))))).)))))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(.((((.(((((((......))))))).))))))))))).))))).).)))))))(..(((...((((.((..))))))..)))..)))))))))..(((...........)))((.(((......))))))))))))))..))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).................................................................................................................................................................................................................................................(.(.......(.................................................................(((...(.....................(((......)))....................................................(.(....).)...................................)...)))...)..........)..........)...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...(((...(((..........((((....))))....(((...(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))))).....(((((..((((((.((((((((.......))).))))).(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))).))))).)))....))).((((......))))....)))....)))..))))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..((((..........(((((...))))).))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))))...(((((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..((..((((.(((........)))))))..))..)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).)).....))))((((......))))...))))....)))..))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00073

			GACUGUAAUGGUCAGUUUGGUUUCGGAGGCACUUGAUUUUCUCGCUGUUUCUACUCCAUCCCCAUAAGAACCCCCCAGCGGCGCCCAGCACGAAUCUCGCGGUGGCCACCCACUCGCACGGGUAACCUGCGAUCGCUGCGUGUGGCCCUAAGCAAUGAAGAUGACACUUGAGGGAGGUCUCACUCUGCAGAGGCAUCUUCACCGUCAGAUGGCGCGCUGGAUCACGAUCGCUGGGGGCUUGGGGUAGAGCGGCGAGAUGGAGAUGUCGACUCCAAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.......))).....((((...........(.((.((.(.(((((((....(..((....))..).....((((((((.(.(((((.((.((((.((((....(.(..(.(((((.((....))))))))....).).......(...)...(((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..))))))))...........)))))))).......)).))..)....))))...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......))).((((..(((...((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).))))))........((((((((.(.(((...((((......))))...)))))))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..))))...))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((..((((.....(((.....(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((........((((((((........(((((.((....)))))))))))))))....(((....((..((((((((.....(((((....)))))(((....))).))))))))..)).....)))..)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..)))...))))..)))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((...(((((..............................((((....))))..........(((.(((((((..(((((((((.......(((((((((.((....))))))).....))))..............((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))....................................)))))...)))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......))))).......((((((.........(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((.(..(((((.((....))))))).......).)))))).........(((((((.(.((....((((......))))..)).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..)))))))))))))))))).......))...)))).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......))))........((((...........(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((.(.(......(((......)))....).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))............)))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......))).........(.((((..((.......(((((((((.((((((((........(((...((((((((((.(.(((((.((.((((.(((((((((((.(.(..(((.((....))))).......).).))))))(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..)))))))))))))))))))))))))))))).......))...)))).).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......))))).......(((((((......(.(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((.(.((((((.((....))))))).....).).)))))).........(((((((.(.((.(..((((......)))).))).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..)))))))))))))))))).)....)))...)))).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))...............((((((................(.(..((....................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....)))))))..).)).).)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)).))))).........))..).)............)).)))).............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).((((........)))).........((((((((((.((((((((.............((((((((((...(((((....((((.(((((((((((....(((((.........))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).)))).....))))).......))))))))))..))))))))))))))))))(((((.......)))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......))))).((..(((...((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..)).......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......)))))(((..(((.[[(((........(((((((((.(((((((((........((...((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((...((....((((......))))....)).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))......))))))]])))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))......(...((...(((((((....................................((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))))).......................)))).)))...)))........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......)))).(((..(((...((((((.(...(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..)))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......)))))......................((((((((.((((((((((.............((((((((((...(((((.(((...)))....((((((..(((((..))))).....(((..))).....))))))........((((((((.....(((((....)))))((((..)))).)))))))).(((((..))))).))))).......))))))))))..))))))))))))))))))(((((.......)))))......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))....((((...(((((...............................................((...(((.(((((((..(((((((((....((..((((((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))..............................)))))...)))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))....((((...(((((...............................................((...(((.(((((((..(((((((((....((..((((((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))..............................)))))...)))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((..(((...((((((.....((((((((.((((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..)))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......))))((((..(((...((((((.....(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((....((((.((((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...((((..((((......)))).).))).)))))))))))).)))).....)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..)))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......))))).......((((....(((((..(((((((((((.........(((((.......((((((((((...(((((....((((.(((((((....((((.((((((((...)))).......)))).))))((((.....................))))..(((((........)))))....))))))).)))).....))))).......))))))))))..)))))..))))))))))).......))))))))).......
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................((((....))))..........(((.(((......(((((((((........((((((((.((....))))))).....)))................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....))).....................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((....(..(((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))..).)))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((............)))).((((......))))....(((((((((.((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))).(((((.......)))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((....(..(((((((.(...((((((((.((((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.((((((((((((((.(((((.((....)))))))....)).).)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))..).)))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...(((((((((((.((.(...(..)(((((((((.(((((((((..((......)).(((((((((....(((((.((((((((((((((((((((((..((((..(...)..)))).....)).).)))))(((..((((((........)))))))))(((((((........)))))..)).)))))))))))).)).))))).((..)).)))))))))..))))))))))))))))))...))).))))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))))..........................................................................................((................................................................................................((..(.......(........).........)))...................................))........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((..((....((((((.(...(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).)))))).........(((((((.(.((....((((......))))....)))))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))).))..)))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((..(((...((((((.....((((((((.((((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((..(((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...)))))))))))..))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..)))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......))).(((....)))..(((..............))).(((..............)))...(((((((((....((((............((((....)))).((((.((....))))))...)))).(((...(((((((..............))).))))..(((((........))))).(((....((((....))))....))).)))..))))))))).((((...........)))).(((((.......)))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...........((((...........aaaaaaa.......))))...((((........<<<<.((((...bbb.........)))).((((....)))).((((.((....))))))..(((.[[[.)))..(((......{{{{{{{{...{{{.))).}}}.(((........))).}}}}}}}}.((((....))))]]]BBB....<<<....)))).((((>>>>..))))>>>AAAA.((((...AAA.)))).......

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RNA: SRP_00087

			UUGCUGUGAUGGCAUUUGGCAGAAGCGCGCUAACCGCGCCCUUUGCGAUGCUUGUUACAGGAGAAGUGUCCGGUUCGAUCCCUGCGUGGGUUAUCCACGGCGGAAGCGGCUUGAGUAAUCAGCCUUCGACCGCCAGCUAACAAGCAGGCUUAAACCCGGAGGGAAGCAAUUCAGCACGGGGACCUGUCCGUGGGGAGGCGAAACGGAUGGCACAUCUUCUGGCUUUGGCAAGUAUUGUAUGGGGCCUAGUGAUGCGACUCCACAGGAUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((.......)))...((.....(..(((....(((.......(((.(.....((......))).)))(.(..(...(.((((..(.(.((.(((((((.((..(.((((.((....)))))).....)..)).........(((((......((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)).).)..)))...).)...................)..).)...........)))..)))..)........)).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))..(((.((..((((((((...(.(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((((((...)))))...((....((((.((....)))))).......(((.(((....))).))).....((((....(((....)))....))))..)).....)..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))))))).)))..)))))...........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...((.(((....))))).(((..((...(((((.(((((((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((....(((((..((..(((((....((((.........)))).....))))).(((....))).))....)))))..))))).((..(((..((((((......)))))))))..))....)))))))))).)))))))....)))))))))))))).)))))...))...)))....))))).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((.....(......................................(((.(((((((..(((((.(((..............((...(((((.((....)))))))....))............((((((.(...((((....(((....)))....)))))))))))))).)))))...)))))))....)))...........................................)........)))......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...((((...........((.......))(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((.(((((......(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).(((....))).........((((....(((....)))....)))))))))...))))))))..)))).))))...))).)))))))....)))))))))))))).)))))......)))).....))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((....(........................(((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((.((((.((((((((..((........(((((....((((.((....)))))).....))))).((......)).........((((..................))))..))....))))))))..)))).))))...))).))))))).....))))))))))))).)))))........)......))))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((................(((.......)))(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((((((...)))))(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).........(((((......((((....(((....)))....))))..)))))..)))))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).)))))...............))))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..((((((..........(((.....)))(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((((((((......(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).(((....))).........((((....(((....)))....))))))))))..))))))))..)))).))))...))).)))))))....)))))))))))))).))))).....)))))..)..))))).........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))....((.((..((((((............................((((((.(((.((((((((.((((((((.(..(.......((((((.((((((.((....))))))).)).)))))..........(((((.....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))..))))))))....))).))))))........(...........).......))).)))..)))).............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((((((...)))).(((((....((((.........)))).....))))).(((....))).(((.....((((....(((....)))....)))).....)))))))))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).....))))).........
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HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...(((((.((......((((.....))))((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((.((((.((((((((((((((......(((((....((((.((....)))))).....))))).((..........)).....((((....(((....)))....))))))))))..))))))))..)))).)))...)))).))))))).....))))))))))))).))))))....))))).....))))).........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(.((...(((((((..........................(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((........(((.(((((.((....))))))).))).))))))........((((.((...(((((..((((....)))).).))))))))))))))))))))..))).)))))...))))))))))..........................)))).)).......).))).........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..........((.(...(((((((......(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((..(((.((((...(((((...)))))(((((....(((.(((....)))))).....))))).(((....)))..((((...(((...))))))).......((((((......))))))))))..)))..)))...)))).)))))))....)))))))))))))).)))))..)))).)))...))))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))....(((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((((((((((((......(((((....((((.........)))).....))))).......((((..)))).)))))).................(((((..))))).))))))))..)))).)))))).....)))))))....))))))))))))))....)))....))))).....))))).........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....))).....((((.....................................(((..((((.(((((((..(((((.(((...........((..(...(((((.((....)))))))....)..))..........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).))).)))))...)))))))....))))..))).............................................))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))....(((((.....................................(((..((((.(((((((..(((((.(((...........((..(...(((((.((....)))))))....)..))..........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).))).)))))...)))))))....))))..))).............................................))))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((....(((.(((....)))))).....))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).....))))).........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..........((.((..((((((((.....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((...(((((...)))))(((((.((.(((.(((....))))))))...))))).(((....)))..((((...(((...))))))).......((((((......))))))))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))).))))).)))..)))))))).........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.......(((((........)))))....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((...((((.((((((((...((((.....(((((....((((.........)))).....)))))...))))..(((((......((((..................))))..))))).))))))))..))))......))))).)))))))....)))))))))))))).)))))...............))))).........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................(((.(((......(((((.(((..............((...(((((.((....)))))))....)).............(((((......(((....(((....)))....)))..))))).))).)))))(.....))))....))).............................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(.(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).)...))))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((....)))..((.((..((((((((.....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((....((((.((....)))))).....))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))).))))).)))..)))).)).((....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(.(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((..(.(((.(((....))))))..)..))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).)...))))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(((((..((((..)).))(((.......)))((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((..((((((...(((.(((....))))))....)))))))))))))))(((((..(...(((((((((((....))))))))))).)))))).))))))))).)))))))))...))).))))))))....)))))))))))))))))).)..)))((...))..))))).).......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).........................................................................................((..................................................(((....(..(.....)..).)))........................................................................................).)....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((................((((((((.....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((..(.(((.(((....))))))..)..))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))).))))).))).....))))).........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))..(((.((..((((((((.....((((..((((((((((((..(((((((.(((((((.((((.((((..((.(((...)))..(((((....((((.((....)))))).....))))).........(((((......((((....(((....)))....))))..))))).))..))))..)))).)))...)))).)))))))......))))))))))))..)))).))))).)))..)))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....))).....(((((.(((((.....)))))..)))))...((((..........)))).(((...((((...((((((((.....)))).))))....(((.(((....)))))).)))).((((.(((........))).....((((..................))))..(((......)))..))))..((((((.....))).....((((....))))..))).(((((.............)))))..))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(((((.(((((.....)))))..)))))...((((..........)))).(((...((((...((((((((.....)))).))))....(((.(((....)))))).)))).((((((((........))))....((((...[[[[[..........))))...<<<<<<<<.....))))..>>>>>>>>.....]]]]].((((....)))).(((((.{{{{........)))))}}}}...))).......

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RNA: SRP_00091

			AGCUGUGAUGGCCUAAAUGGAAGACUGUCUGCUCAACACCCGCAGCCAACCCAUGAAUUCUGCUUAGUCAGAAAGGACGAGACGGUGCCUGGUUCGAAUCCCGGAGUCGCGACCCGGGCGUGGUCUUAUUUAAUGGACCGCGUCUCUUCUGGUUCUCCCACACUCGUGCGAGCAAUCCACGAACGGCUGUGGCGCGCUAGGCAAUGGAGGCGACACUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACCUCCACUCCGGGAUGGCGGCACCAGAUCACACCGGCUGUUCACUGUGGGUUGGCCGUGGAUUCUGGACGGUCAACUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((.......))..(((.(...(.(((............((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.(((((.(..(((((((((.....(((.(((((((((((........))))))))))).....))).(.((.(((.(((((.((....))))))).....))))).)..(...)...((((((.....(((....(((....)))....)))...)))))))))))))))....).)))))....))))).))))))...)))))))))).))))....))).)......).)))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((.....))..((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....)))))))).........))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..(((.((..(((((((((........((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((...(((((.((((((((..((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.........))))).....)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...))))))))))))))...))).)))))....)))))..)))))..))))))))))).))))....)))))))))..)).)))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((..(((((((............................((((((....))))))...........(((.(((((((..(((((((((....................................................((((.(((((.((....))))))).....)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).................................)))))))..)))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(..(((((((((........((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.((((.((.........)).)))).)))))...))))).....(((((.(.(.((....((((....))))..)).).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).))))....)))))))))..)........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((..(.(((((.((((((((.((((((((((........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.((((.((.........)).)))).)))))...))))).....(((((.(..........(((....)))........).)))))))))))))))..))).)))))....))))).).))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..(((.(...(((((((((........((((.(((((((((....(((((......))))).........(((((.(((((.(..((((((((((...((((.(((((((((((........))))))))))).....))))...(((((.(((((.((....))))))).....))))).............(((((.....(((....(((....)))....)))...)))))))))))))))....).)))))....)))))...........))))))))).))))....)))))))))..).)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))......((..(((((((((......(.((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((.(......(((((((((((........)))))))))))..((((((.(..(((((.((((.((.(.....).)).)))).))))).).)))))))...(((((.(.(.((.(..((((....)))).))).).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).)))).)..)))))))))..)).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..........((((.((((........(......(.(..(.....(.....................((.(((((.((((((((.((((((((((...(..............................................(((((((((((.((....)))))))...).))))))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).)).........)).).)......)....)))).))))...........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((...(((((.(((((....((((((((((........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.........))))).....)))))...))))).....(((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..))))))))))).)))).....))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((.........(((((((((((........)))))))))).).((((((....(((((((((((.((....)))))))...).)))))...))))))....(((((.....(((...((((....))))...)))...))))).)))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..........((((((((.........((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((.........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.((....))))))).....)))))...)))))....((((((.....((((..((((....)))).)).))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).)))).....))))))))...........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....(((...((((((((.(......).....................................(.(((((((((((((((((.(((((((((.(((..........................(....................(((((.(((((.((....))))))).....)))))))))........((((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...))))))))).........................))))))))))).........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((.......(.(((((((((((........))))))))))).....)(.....(((((.(((((.((....))))))).....)))))....)........(((((.....(((...(((......)))...)))...))))).)))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((((((........((((.[[[[[[[[[[[..(((((......))))).[[[[[...[[[[[.[[[[[....(((((((((.(((((((.(((((((((((........))))))))))).....)))....(((((((((..)))).{{{{{{{{......)))))))))........((((((...............(((....))).......))))))))))))))).)))).]]]]]....]]]]]..]]]]]..]]]]]]]]]]]}}}}}}}}.)))))))))...........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))....((((...(((((...................................................(...((((.(((((((..(((((((((.................................................((..(((.(((((.((....))))))).....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....))))...).............................)))))...)))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))....((((...(((((...................................................(...((((.(((((((..(((((((((.................................................((..(((.(((((.((....))))))).....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....))))...).............................)))))...)))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........((.....))..[[[[[[[[)))......((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.((....))))))).....)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....]]]]]]]]...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))).)(((.....(((((((((........((((.(((((((((((..((((((...).))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((........(((((((((((.((...)))))))))))))...(((((....(((((((((((.((....)))))))...).)))))...))))).....(((((.....((((..((((....)))).).)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).))))....))))))))).....)))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((((((........((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((...(((((.(((((....(((((((((.........(((((((((((........)))))))))))..((((((....(((((.((((...............)))).)))))...))))))...((((((...........((((....)))).........)))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..))))))))))).))))....)))))))))...........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................(((((....)))))............(((.(((......(((((((((.....................................................(((.(((((.((....))))))).....)))...............(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))...................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))..((((((.(...(((...((((....))))...))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.....))....)))))...(((....((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.((....))))))).....)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).))))....)))))))).((......)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((.((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))...(((((.(...(((...((((....))))...))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)).))(((((((((.(((.(((.((..((.((((..((((((((..(((((((......))))))).((.((((((((.((((((((((((((((((((..)))..(((((((((((((..)))..)))))))))).((((((((((..(((....)))..)).)).))).)))(((((..))).)).......(((((((.(.(.((((((((((..)))))).)).)))).)))))))))))))))).))).)))))....)))))))))).(...)))))))))..))))....))))))).))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...))))..................................................................................................................................................................................................(......)........................................................(.....(..)).............................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))...(((((.(......(..((((....)))).).....).))))).)))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((((((((.((....)))))))...).)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((....((((....)))).(((.........)))))).(((......(((((......))))).((((((..((.....))..)))...(((((.((....))))))).(((((((........)))))))...)))...)))...((((((.(((((.((....)))))))......((((..((((..........)))).........((((....))))............))))....(((((((((............)).)))))))..)))))).(((((((.........)))))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....(((....))).((((.........))))...(((......(((((......))))).((((((.((........)))))...(((((.((....))))))).(((((((........))))))){{{)))...))).((((((((.(((((.((....))))))).....)))))..((((......<<<<))))......)))((((....)))).((((>>>...>}}}..((((....[[[[[[[[[..[[[[[)))).]]]....]]]]]..]]].]]]....))))..................

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RNA: SRP_00104

			AUGCUGUGAUGGCGUAUGGCAGAAGCGCGCAGAUUGUGUACUUUUGAUUCUUUAUUACAGUUUAAGUGUCCGGUUCGAUCUCUGCGGUCGCAAACUUGUGAAUUUGAGUAAUCAAUUCUUCAAGUUUCAGCAAUGAGUGGCAAUAUCGCUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGCACGCUACCCGUAGAGAGGCGAAGCGGAUGGCACUUGGCUGGCUUUGGUAAGGAGUUAUAAGUAUCUUGUGUGUCGACUCCAAUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......))))..((.......(((((.(..((((....(((...((((.(..(.........((((.(((((.(((((((((....(((((.(.((((.(((....))))))).)..)))))..(...)..(((((......((((....(((....)))....))))..)))))))))))))).......))))).).....))).......)..).))))...)))))))..).)))))....))...........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((.(((...))).))))..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...............))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.....((((((((.....((((((.(((((((((((((.(((..(((((((..(((((.(((((((((..(((((((((.....((((....)))).....)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......)))))))))))))).......)))))))))))).....))).))))))))))))).)))))).)))))))).....))).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((....(((((((................................(((.(((((((..(((((((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))..........((((((.(...((((....(((....)))....))))))))))))))))))))...)))))))....))).......................................)))))))...))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((((......((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...))))))))))....))))))))))))).))))))..))))))).................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((.......((((((.((((((((((((.((((.((((((((((.((((.(((((((((....(((((((.(((.((((....)))))))..))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...)))))))))).....)))))))))))).))))))...))))...................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((...((((.........)))).((.((.(.((((((.((((((((((...(((.(((((((((((.((((.(((((((((.....((((((.....((((....)))).....))))))(((....)))(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...))))))))))).......)))))))))).)))))).).)).)).......)).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..........))))....((((((((...(.((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...))))))))))....))))))))))))).))))))))))))))).................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))...........((((((..........(((.((((..........(((.((((((.((((((((.(((((((((....(((((((((((((.((....)))))))).)))))))..........(((((.....((((....(((....)))....)))).))))).)))))))))..))))))))....)))))))))..............)))).)))......)))))).................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.....((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((....(((((((.(((((.........)))))..))))))).........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).)))))))).....))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...))))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.{{....))).}}((.....(((((((......((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))[[))..]].(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))..))))))).....))..........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....(.....(((((((..........................(((((((((((((((.(((.((((((((((((.(((.(((.(((((.((....)))))))..))).)))))........((((.((...(((((..((((....)))).).))))))))))))))))))))..))).)))))...)))))))))).........................)))))))...)..............
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.(((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))).)))))))...))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........[[[.....[[[[[[[[.....[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[...[[[[.[[[[[[[[[....(((((((.(((((.........)))))..))))))).........[[[[[.......(((((.........)))))))))))).]]]]]]]]]]]]]]..]]]]......]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]]]]].]]]]]].]]]]]]]].....]]].........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((....(((((...........................(.(..((((.(((((((..(((((((((..((..(((...(((((.((....)))))))....)))..))........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).)))))))))...)))))))....))))..))...................................)))))...)))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((....(((((...........................(.(..((((.(((((((..(((((((((..((..(((...(((((.((....)))))))....)))..))........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).)))))))))...)))))))....))))..))...................................)))))...)))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...))))).........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...)))))).(((.((..((((((((.....((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((....(((((((.((((.(((....)))))))..))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))).)))))))...))))).........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((......)))))))...((((((((.....((((((.((((((((((((((((((....((((((.((((.(((((((((....(((((((.....((((....)))).....))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))))......)))))....))))))))))))).)))))).)))))))).................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................(((.(((......(((((((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))...........(((((......(((....(((....)))....)))..))))).)))))))))(.....))))....))).........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))).)..))))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....(((......((((((..((((...))))..))))))...........(((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))))).))))).(((((((((((...))))).....))))))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))).)..))))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((((.(......))))).)).(((((..((((...(..).(((........)))(((.(((((......))..))).)))((((((((((((.(((....)))))))).)))))))(((((.....(....)..).)))).))))..)))))))))))(.((((((.(((........))..(((((((((((((((.(((......))))))).))))))))).)).))))))).).....((......))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))...................................................................................(((.........................(...)..................(((((.........)))))....................................................(..((..............)).).))).................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..(((((((......((((((.((((((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.(((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...))))))).)))....))))))))))))).))))))..)))))).)..))))).........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((..(.(((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))....))).)..)))))))))).)))))).))))))))...))))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((((.((((.....)))).)))))).....(((........))).((((.....(((((.....)))))...(((((.((((.(((....)))))))..))))).(((....)))..)))).....((((((.........)))))).......((((.((((...........))))..(((.....))).....))))..((((((((((.....)))).....))))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....{{{{))))))...}}}}.(((([[[[[....)))).....(((.]]]]]..))).((((.....(((((.....)))))...(((((.((((.(((....)))))))..))))).(((....)))..)))).((((((((((.........))))))...<<<<(((..((((...........))))..(((.....))))))...)))).((((((.............>>>>.))))))..........

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RNA: SRP_00127

			AGCUGUGACGGCCUUUGGCCGGAAGGGACAUUAGCAAUCCCGGCUUGGUGAGGCGCUCCCGCGUUCGAACCUGCGGCCGGGCAUGGUUGCGGAAAAGCGAGGUUGCCUAGCUCCUCGUGCGCCAUGAUACCACACUGGUCUUUCUGACGCGUGUCCUGCUACUUAUCGAUUUCUGCGGGUUUGCCGUCGAUGCUGACAUGGGAAACCUGUCGGUGGGGCGUGCAGUAAUGGCAGGGCGAAUGCCCGUCCGCUCAUACGCUGGAGGGGAGUUUCAUCCAGCACAGCGCGAGCGGCCCGUGGGGAGGCGAGCAGGAUGGCACGUGUUAGGCGCUUGCGCGGACCUAUCGUGGUAUUGGAGCAUUAUGUUCCGACCGACUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((.......))....((.(((..(((((((...(((((((((((..(.(....(.........)....).)..)))))))((((((.........((((((..........))))))..))))))..(((((...(((((..(((((((((((((((((.........((((((((((.((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))..((((((.......))).)))((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))....))))))...)))))))))))((((..)))))))))....))))))))).......)))))))..))).))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((..(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.((((..(((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).)))...(((((.(((((......))))))).)))..((((((..((....)).))))))...((....)).)))))..))))..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...))))))).....))...))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((..(((((...)))))...(((((((..((...(((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))(((((((((((...(((.(((...))).)))..))))).)))))).((((((...((((...(((((((((((((((((.....((..(((((((((((((((((((...(((((((.((....)))))))))..)))).)))).....((.((((....))))...((((.....(((((((((....))).))))))..))))...)).)))))))))))))..))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))).....))...))))))).....))..)).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((..(((((((...............................................................................................((((((...)))))).........(((.(((((((........(((((.((((.......((.....(((((.((....)))))))....)).............................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))).)))))...)))))))....)))..........................................)))))))..))))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))(..(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..(.....).))))))((.((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((.....((..(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).....(((.((((....)))))))(((((...(((((((...........)))))).....).))))))))))))))))))..)))))))...))))))))))(((....))))))))....)))))))))).))...)))))))..).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))(..(((((((.......(((((((.(((...((((....))))....)))...)))))))..(((..........((((((..........))))))...))).((((((((...(((((..(((((((((((((((((.........(((((((((((..((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))..........((((....))))...(((((....((((((...........)))))).......))))))))))))))))....)))))))...))))))))))(((....))))))))....))))))))........)))))))..).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))....((.(((..(((((((..((...(((((((..(...(((((....)))))......)..)))))))((((((.........((((((..........))))))..))))))(((((((...(((((..((((((((((((((((.......(..((((((((((..(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).)))))))))))))))).)...)))))...)))))))))))(((....))))))))....)))))))....))...)))))))..))).))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))(..(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((...(.((..(((((((((((((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...((((((((((....))).)))))).....).)))))))))))))))))).))))))))...))))))))))(((....))))))))....)))))))))).))...)))))))..).........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(..(((....((.................................................................................................................................(((((((.(((((......(((.((((((((((.....((((..((((((((.((....)))))))))).))))............................(((((....((((....(((......)))....))))..))))).))))))))))..))))))))....))))))).........................................))....))))......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....((((...))))....[[[[...))))..]]]]......(((.[[[[[...)))........(((((((((....)))))))))....((((((..........))))))]]]]]..((((((((...(((((..(((((((((((((((((.........(((((((((((((((((((..((((((((.........)))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))....))))))...)))))))))))(((....))))))))....))))))))((((((...))))))............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((...)))))..........))))...(((((((.(((..(((((....))).))..)))...)))))))((((((.((......((((((..((...)).))))))))))))))(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))))))).(((....)))))))....))))))).((((((...))))))............
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..(((..(((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))......)))......((((((..........))))))((.((..((((((((...((((..((((((((((((((((((......((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).........((((....))))...(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))))))))(((....)))))))....)))))))))).))...)))))))............
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).......(((..(((((((((.....(((((((.((..(.....)))...))))))).......................(.............)............................................((((((........(((.((((((((((...((((....((((((((.((....))))))))...).)))))........................((((((.(..(((((...(((......)))..).))))).))))))))))))))))..)))..))))...))..................................)).......)))))))..))).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...))))).................(((((((.(((..(((((....)))).)..)))...)))))))((((((.((......((((((..((...)).))))))))))))))(((((((...((((...(((((((((((((((((......((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))))))).(((....)))))))....))))))).((((((...))))))............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((...)))))...((((.........))))...[[[[[..(((((..............(((((((((....)))))))))....((((((..........)))))))))))...[[[[[[[...[[[[[..[[[[[[[[[[[[[[[[[.........[[[[[[[[[[..((((((...((((((((.........))))))))............))))))(((((..)))))..[[[[[[.....(((((...........)))))))))))..]]]]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]...]]]]]]]]]]((((..))))]]]]]....]]]]]]](((((((...)))))))]]]]]......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))......((((...(((((..................................................................................................................((...((((.(((((((........(((((.((((....((..(.....(((((.((....)))))))....)..))...........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....))))...)).....................................)))))...))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))......((((...(((((..................................................................................................................((...((((.(((((((........(((((.((((....((..(.....(((((.((....)))))))....)..))...........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....))))...)).....................................)))))...))))......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.((((..((((.((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..))))..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...)))))))............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((...)))))..........))))...(((((((((((..(((((....)))).)..))).).)))))))((((((.((.......(((((..........))))).))))))))(((((((..(((((..((((((((((((((((((.........(((((((((((((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((.(...))))....))))).))))))))))))))))....))))))...))))))))))))(((....))))))).)..)))))))(((((((...)))))))...........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((...((((.....(((((....))))).....(((((((((....)))))))))..))))..))))))...(((((......(((((((((.......(((((.(((((((((((((...............((((((....((((((((..((((((((.........)))))))).)))).))))..((((..((((....))))..((((((....((((((...........)))))).......)))))).))))..........)))))).))))))))))))).........))))))))))))))...)))))...)))))))............
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................(((((...)))))..........(((.(((............(((((.((((........(.....(((((.((....)))))))....)...............................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).)))))(.....))))....))).............................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.(..(..((((.((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..)..)..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...)))))))............
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..(((((...)))))............((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).)))))))).(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.((((..((((.((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..))))..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....))))))))))))).((.......))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((...))))((..(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...(((((..((((((((((((((((......(((.(..(..(((((((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..)..)..))))))))...)))))))))))(((....))))))))....)))))))))).))...)))))))..))........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((.......))))).).)).)))..(((((((..((.((((.............).))))))))))))((....))..((((((((((((........)))))))....(..)(((((((...(((((..((((((((((((((((((((.(......)(((((((((.((..(((.((((((..(....)..)(((.(((((((((..((((((((((.((((((...).))))))).)))).)))).....).)))))).)).))))))))))))))))))))))..)))..)))))))...))))))))))((((..)))))))))....))))))).((((((...)))))).((..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).........................................................................................................................................................................................................................(..............................................................................((......)).................(..(.)).................................).....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...((((((...((((((((((((.(((...((((....))))....)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.((...(((((((...((((...(((((((((((((((((......((.(..(..(((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).........((((....))))...(((((...(((((....................))))).))))))))))..)..)..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....))))))).)).))....))))))............
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....))).))..)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.(..(..((((.((((((((...(((((((.((....)))))))))..)))).))))........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..)..)..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...)))))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.....))))...((((.........)))).((((....)))).....)))........(((((((((....)))))))))....((((((..........))))))..(((((.......(((((..........)).))).(((((...............)))))..(((.((((....))))........(((......)))....)))...))))).((((....))))...((((.....((((((...........))))))....((((.......))))....)))).(((((.((((....))))....))))).(((.....))).(((...(((((.....))))).)))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((.....))))...((((.....<<<<))))))).(((((((.(((....))))))....(((((((((....)))))))))....((((((>>>>......))))))..))))....(((.....))).......((((....(((((...............)))))..{{{{{{....(((((((.((....)))))))))...))))......}}}}}}((((....))))..(((((.....((((((.....[[[[[.))))))....((((]]]]]..))))..)))))..(((((.((((....))))....))))).((.......)).(((...(((((.....))))).)))........

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RNA: SRP_00136

			GACUGUAAUGGUCCAACGGGGAAGGCGUUCAAACCCGCUUAACCGUCCAUCCCAAUUCUGGUCGUGCUUGCGCUUCCAGCCCUCCGCCGCGCCCCGCCCGAACGCUGCGGUGGCCGCCCACUCGUGCAGGUAACUCACGAUGCUGGAACUUCUGCGGCCCUAAGCACUGGAGAUGACCCUUGAGGGAGGUUUCACUCUGCAGAGAUCUCUCCCCCGUCGCGUGGCGGGUGGGAACACGUUAGUGCGGGGGGAUUUGGGAUGGCAAAUGGAUAAGAUGGAACAGCCAACUGUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.......)))....((((((.............(.((.......(.(((...(.((((..(((....)))..)........(((.(.(.((((((((.((((.((((.((...((((.(((((.((....)))))))))..))..))......(..(...)..).(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....)..).)))...............))).)...))..).)...........)).).))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((........(((((...((..(((((........)))))..))..(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((((((.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).))).......))))))....(((..((((((..(((....)))..))))).)..))).(((....)))..)))).))))..))))))))....)))..).))))))))..)))))))))....))))).....(((((((....)))))))..))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((...(((((........)))))..))))(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.(((.((((((((..(((.((((.(((((((((.(((((.........)))))...))).......))))))))..))...(((((.((...(((..((((......)))).)))...)))))))......)))...))))))))....)))....))))))))..)))))))))....))))).(((.(((((((....))))))).)))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((....((((((...............................((((((....))))))............(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))......................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))........................................))))))..)))))......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((...(((((........)))))..))))(((((((((.(((((..(((....)))..))))(((((((((.((.((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......)))))).........((((..............((((....(((....))))))))))).)))).))))..))))))))....))...).))))))))).)))))))))....))))).....(((((((....)))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((....((((........))))...))))(((((((((.(((((..(((....)))..))))((((((((.....((((((((.((((.((((.((((((((..(((((..(....).)))))....)).......))))))......................................................)))).))))..))))))))...........))))))))).)))))))))...............((((((....)))))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......))).....((..(((((........)))))..))(.(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((..((.((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......))))))(...)....(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....)).....))))))))..)))))))))).............(((((((....)))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((...(((((........)))))..))))(((((((((.(((((..(((....)))..))))((((((((((((.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).))).......)))))).........((((....(((....)))((((....((((())))))))))))).)))).))))..))))))))....)))..).))))))))).)))))))))....)))))...(.(((((((....))))))).)..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).....((....(((.(((................(((..(.............................((((((((((.((((((((.((((((((((...(((((((.((((.((....))))))..).))).......)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)))..).)))))).......)..)))...............)))..)))....)).......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((.[[[[)))(((((........)))))..]]]](((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.(((.((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.........)))))...))).......)))))).........(((((...(((....))).((((((........))))))))))).)))).))))..))))))))....)))....))))))))..)))))))))..............(((((((....)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).(((((....(((((((.......((((.(((((((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.((..((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......)))))).....((..((......))..)).((((((((((........))))))))))..)))).))))..)))))))).........))))))))))..)))))))))...)))).))))...)))).)))..)))))......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))((.((((....((((........))))...))))(((((((((..((((..((......))..))))((((((((.....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......)))))).........................(((((((((........)))))))))...)))).))))..))))))))...........))))))))..))))))))).....)).......(((((((....)))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))......(....((((((.....((............................................(((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((.((....))))))).).))).......))))))........((((((.((.(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...))))...))))))..........................))))).)))..)...........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((..(((...(((((........)))))..))).(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.((..((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......))))))..........(..........)..((((((((((........))))))))))..)))).))))..)))))))).........))))))))))..))))))))).....))))..(..(((((((....)))))))..).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((((.(((((........)))))......[[[[[[[[[..((((..((((..))))..))))[[[[[[[[.....[[[[[[[[.[[[[..(((((((((((((.(((((.........)))))...))).......))))))......))))..............((((((((((........)))))))))))))))).]]]]..]]]]]]]]...........]]]]]]]]..]]]]]]]]]....))))).....(((((((....)))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))...((((.....(((((..................................((......))............((((((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..))....................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..................................)))))...)))).......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))...((((.....(((((..................................((......))............((((((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..))....................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..................................)))))...)))).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((.[[[[))).(((((((.......((((.(((((((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.(((.((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......)))))).........(((((...(((....))).((((((........))))))))))).)))).))))..))))))))....)))....))))))))..)))))))))...)))).))))...)))).)))..]]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((....((((........))))...))))(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.((..((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......))))))........................((((((((((........))))))))))..)))).))))..)))))))).........))))))))))..)))))))))....))))).....(((((((....)))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((...(((((........)))))..))))(((((((((..((((..............))))..((((.((((((((((((((.((((.((((.((((((....(((((.........))))).............)))))).((((..............)))).((((((((((........))))))))))..)))).))))..)))))))).........))))))))))..)))))))))....))))).....(((((((....)))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....))))))).)))).......................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))...........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).(((((....(((((((.......((((.(((((((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((((((.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).))).......))))))....(((..((((((..(((....)))..))))).)..))).(((....)))..)))).))))..))))))))....)))..).))))))))..)))))))))...)))).))))...)))).)))..)))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).((.((((.............))))((((.(((((((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.(((.((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......)))))).........(((((...(((....))).((((((........))))))))))).)))).))))..))))))))....)))....))))))))..)))))))))...)))).)))).))..((((....)))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((...((..(((((........)))))..))(.(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((((((.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).))).......)))))).........(((((...(((....))).((((((........))))))))))).)))).))))..))))))))....)))..).))))))))..))))))))))...))))).(((..((((((....))))))..)))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((.(..........)))))((((..((.(((((((((.(((((..((((..))))..)))...((((.(((...(((((((((((((..(((.((..((((.(((.(((((....(((..)).).(((((((.(......((........))......((((..))))))))))))..))))))))))).)..)))))..))))).))))))))..(((....)))))))))))))))))))))).).....))))..((((((((..))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))))...................................................................................................(.......................................................((......)..).........................................(....((((....))).)........)....(.....................)...............).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((..........(((........)))........(((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.(((.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).))).......)))))).........(((((...(((....))).....................))))).)))).))))..))))))))....)))....))))))))..))))))))).....))))......((((((....)))))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).(((((....(((((((.......((((.(((((((((((((..((((..(((....)))..))))((((((((.(((.((((((((.((((..(((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).......)))))).........(((((.((..(((...((((......))))...))).))))))).)))..))))..))))))))....)))....))))))))..)))))))))...)))).))))...)))).)))..)))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))(((.(((...(((((........)))))..))).((((((((...((((..............)))).(((((..(((((...........)).))).(((....))).(((((.((....))))))).((((.........)))).....((((((.(((..(((((....)).)))(((........))).))).(((((((((....))).)).))))......)))))).)))))...))))))))....)))........((((((....)))))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((....[[[[[[...)))).....((((...<<<....((((((.......((((aaaaaaa........)))).((((..AAAAAA.))))(((....))).(((((.((....))))))).A)))))).....)))).((((((.>>>]]]...bbb.))).)))(((BBB...))).......((((.(((.((((.{{{{{))))...))).}}}}}.............((((]]]...)))).))))......((((((....)))))).....

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RNA: SRP_00148

			AGCUGUCAUGGCCGAAGGGAGACCUCCCGCAUCCGCGAGGUGUGUGUGGCUUGGGGGUCACCUGAUCCCCCAAACAGCGGACUUGGUGCCUGGUUCGAAUCGCCGGGUCGCGAGAUUUUGUCCUUCACGGGGCAACUUCUUCUCCCGCACUCGUGCGAGUAGUCCACGACCGGCUGUCGGUGCGCUAAGCCCUGGCCCGUACCCUCGAGGGAAGCGAUUCUGCAGAGACCGGGCCCCCCGGCGAUGGCGGCACCAGAUCACACCGCCGCUGCACACCCACCGCGCUGAAUGGGAUGGUCGACUUUCUUUUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((.......))..((((((((((..((.................((((.(.(((((((....))))))).)..(((((...(.((((.(((((.(..(((((((((..(.(((.((((((.....))))))...))).).(.((.(((.(((((.((....))))))).....))).)).)..(...)....((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))....).)))))....))))).))))).....))))...........))..))))....))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((....)).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..((((..(((.(((((((..(((.(((.(((..(((((.((.....)).)))))))).....)))..)))....)))).))))))..))))...)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..))))).........))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((....(((..((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((..((((((((..(((...(((((((((..((((((..(((((((....))))))).....)))..)))..(((((.........)))))..((((((....))....))))..((((((..(((....)))..(((....)))......)))))).)))))))))))))))))))).........))))))))))).))))))).....))))).))))..)))))...........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((.(((((((..........................((((((....))))))................(((.(((((((..(((((((((......................................((((.(((((.((....))))))).....))))..............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).............................)))))))......))..........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))........(((....)))..................................((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((.........(((((.((.(((((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).....................................................((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))..))..))))).........))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).(((((..((((((((......(((.((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((...(((((.(((((.(..(((((((((....((((..((((((......))))))..))))(((.((((....)))).).)).........((((............))))..((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))....).)))))....)))))))))))))))).)))).))).....)))).))))..)))))...........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((..(.((((..(((((((....)))))))..))))....((((((((())))))......((((.....))))..))).....)...((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))...(((..((((.((................................................((((..(..((((.((((((((.((((((((((...(................................(((((((((((.((....)))))))...).))).)))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).)))).....................))..))))..)).......)......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((.....(((.((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((...(((((.(((((....(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))....((((((((((.........)))))..........))))).........((((((..(((....)))..(((....)))......)))))).)))))))))......)))))....)))))))))))))))).)))).)))....))))).))))..)))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....))))))).....))))(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).(((((..(((((((((....(((..(((((((((((((((((((.........)))))))...((((....((((([[..(({{.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..........((((.........))))...((.(((.....(((....((((aaaaa.....aaa.))))<<))).>>..)))AAA.))AAAAA.)))))))))))}})))))]]......)))).)))))))))..)))))).....))))).))))..)))))...........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))...(((...((((((((................(.........................).........((((((((((((((((.(((((((((.(((.................................(((((.(((((.((....))))))).....)).))).))).........(((((((..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))))))))..))).))))))...)))))))......................)))).))))...))...)..........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))...(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..(((((..))))).....((((.((((((........((((((((..))))))))....((((((..((((((((........((((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).(((((..))))).........)))).((((..[[[[[.....))))..((((((..((((..))))..................))))))..))))))))...))))))))....]]]]]))))))))))))...))))..........)))))).................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....((..(((((..............................((......))..................((((.(((((((..(((((((((...................................((..(((.(((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................))))).......))..........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....((..(((((..............................((......))..................((((.(((((((..(((((((((...................................((..(((.(((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................))))).......))..........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..))))).)))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).(((((..(((((((((.....(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))...(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).(((((((...(((...((((....))))...)))).)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).)))....))))).))))..)))))...........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((..(((((((((....((((.((((((((((((..(((((((....)))))))............((((((((........(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))....((((....))))............((((((((.....((((...((((..............)))).)))).....))))...))))....)))))))))...))))))))........))))).)))))))...)))).....))))).))))..)))))...........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................(((((....))))).................(((.(((......(((((((((.......................................(((.(((((.((....))))))).....)))................(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..)))).))))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........((((....)))).((((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..)))).))))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).)).)))))).((...))...........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((((..((((((..(((((((....)))))))..)))).........(((((.((....)))))))((((((.((((..((((..((....)).....(((....))).))))...))).).)).))))))..)))))))))..))).)))))....)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..))).(((((((.(((((((((.(..((((((((.((((...((((((((((..))).))))))).((((((.(..((((..((.((((((..(((.(((((.(((((((((((((....)))))))))))))(((..((((..))))))).......))))))))..))(((((((((..(((.((((((.((.((((((((((....)))))))))))))))))).)..))...))))).))))))))))))))))))))).)))).))))))))..))))))).)))....)))))))........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).....................................................................................................................................................................................((.......(............................................................(................................)..).........))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).....................................................((((((..(((....)))..................)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..((((..(((.(((((((..(((.(((.(((..(((((.((.....)).)))))))).....)))..)))....)))).))))))..))))...)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....((((..((((....)))).(((((....)).)))..)))).((((((.........)))))).))))).((((..((((.((((.......)))).(((....))).(((((((....)))))))......(((.((((....)))).((((......((((.....)))).((((...((((((.........)).)))).))))...)))).))).((((.....))))....(((((............)))))...)))).((((..........))))..))))..................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((((((....)))).(((((....)).))).((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]]....((((((.{{{{...))))))...}}}}.((((....)))).((((((....))))))..)))......((((....))))..((((.....<<<<)))).>>>>..((((.....))))........((((..(((....))).((((...((((.....))))....(((((............))))).))))...((((..........))))....))))................

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RNA: SRP_00157

			ACGGCUGUAAUGGUCAAACGGUGAAGGCUCUCGCACAAAGGCCCGCCACUCCCCAAUCCCACCCCCGUCAGAUCCCCUCCGUUCGACGCCCAGCCCGAACGCCGCGGUGGCCGCCCGCUCGUACAGGUAACUUACGAUGUCGGAAACACUUUACCGUGGCCCUAAGCAAUGGAGAUGACACUUCAGGGAGGCUUCACUCUGCAGAGAACUCUCCCCCGUCGCGUGGCGGGCUGGAUUACGAUCGCGGAGGGCGUGGGUUGGGGUGGUGGGACGGAGAAUGCCAACACCUUUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((.......))).((.((.........(.(((......(..((((((((..((((..((....))..))).....(..(.(((.(.((((((((.((((.((((...(((.(.(.(((((.((....))))))))).)))..................(...)....(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....)..))).)..)........).)))))))))..........)).).)...)).))......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((.....))).....((((..(((((((.(.......(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))..)))))..)))..))))........))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.(((..((((.....((((..((((..........)))))))).((((((....(((((((..(((....(((((((((((....((((((((...(((((((((((((.....(((((.((....)))))))...))).......)))))))))).....((..(((((......)))))((((((.....(((....)))...)))))).....))....))))))))....)))..))))))))..)))...)))))))..))..))))...)))))))))..........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((..(((((((......................................................(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))...........................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))...................................)))))))..)))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((.((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((............(((((((((((..(.((((((((.(((((((((((.....(((((((((.((....))))))).).)))........)))))))............((((......)))).((((((.(((..((....))))).)))))).....))))..)))))))).)..)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((((((((..........(((((.((....)))))))...............))))))...........................((((((.(((..((....))))).)))))).....))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..))))..........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))..(.((((..(((..(........(.((((((((.((.((((((.((....))......((((((((....((.((((((((.((((.((((..((...(((.(((((.((....)))))))...)))...(((......))).......))...(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....))...))))))))...)))))))))))))))).)...)...)))..)))).)........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))(((.((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((..(.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))((((((.(((..(((())))))).)))))))))).))))..)))))))).)..)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)))......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.......))...........(((((((.......................(.((................((.((((..((((.((((((((.(((((((((...(((((((((((((.((....))))))).).))..........)..))))...........(((((.(...(((....(((......)))....))).).))))).)))))))))..))))))))....)).)))))).)).....)))...............))).).)))................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.........((((((((..(((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.........)))))...)))(((...)))...))))))........(((((......)))))((((((.(((..........))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............)))))).........((((......)))).((((((.(((.((....)).))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))....((((..(((.(((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))..........((........))(([[[[[[.[[[....))....]]].]]]]]])))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...)))...)))..))))..........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.((........................................(..(((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............)))))).........(((((((..(((((..((((......)))).).))))))))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))..).....................)))))..))))..)).....)).....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............)))))).........((((......)))).((((((.(((.((....)).))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...)))))....((((..(((((((.........(((((((((((.....(((((............(((((((((((....((((((((.....(((((((((((((((.(((((.........)))))...)))............))))))........(((((......)))))((((((.....((((..))))...))))))..))))))...))))))))....)))..)))))))).)))))..)))))))))))...))))..)))..))))..........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....)))...(((((...(((((....................................................(..(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..)).........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)................................)))))...)))))........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....)))...(((((...(((((....................................................(..(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..)).........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)................................)))))...)))))........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...)))))(((.((((..((((((((........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))((((((.(((..........))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)))......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...)))))....((((.....((((.........(((((((((((.....(((((............((((((((.......((((((((.((((.((((.((((((...........(((((....................)))))))))))........(((((......)))))((((((..................)))))))))).))))..)))))))).........)))))))).)))))..)))))))))))...)))).......))))..........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))............................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....))).........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.(.......(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((..(((((((.((....))))))).)).(....)........))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))..)))))..)))..))))..........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...............)).((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((((......))((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((..(((((((.((....))))))).)).(....)........))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))....))))..)))..))))..........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))(((((((((((((((((.(.(...)(((((((((..(((((.(((((...((..))...(((((((((((....((((((((.(((((((((.((..((.(.((....(((....(..((........))((((......)))).((........))).(((...((......))....))).)))...))))..)..))))).)).))))))))))))...).))..)))))))).)))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................(((.(..))))...(..(.....(.......(............................)..............(.(((((......)))).).).....................................................................)..................).)...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((...((((((.((....))))))).)..(....)........)))))).........((((......)))).(((((..(((.(......).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((..(((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))..))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))....((((..(((.((.......)))))))))....(((....(((((((.(((.((..........))))).((((..((((.....((((.......)))).((((.((....))))))...))))...............(((((..((..(((((......))))).((((......))))..............((((((....)))))).............))..))))).))))..))))))).)))...(((...........)))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....)))).....((((.cccc.))))......((((.............{{{((((.(((......ddddddddddd))).......DDDDD((((((((....)).))).((((.((....)))))).((((DDD......bbb....)))..BBB.....[[[[..))))]]]].DDD.))))....(((((.......aaaaa((((((.<<<)))))).......>>>...)))))))))..AAA.AA}}.((((.....}CCCC..))))...............

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RNA: SRP_00158

			ACCCUGUCGAAGGAGUGUGAUGCUUGGAUAUGUGGCUCCGGUUCGAAACCGCACAGUCACACCGGGUCUCUUUCAAAUGGAAGAGGUUUCACAAUGGUAUCCCAAACAGGCGUGAAAUGUCUCGUAGUGGUUAUAUGCCAUUACCCGCUUUUCGUGUCUGGCCGCCCGGUCUACGCGUUCAUUUAUUUGUGUAACUGCUUUGGACAGCUGGAUCUCGGUUCGGUUGUCACGUGGUCGACGUGUCCCACCGUUACAAAAUUGUUGCGGGUUAUCCUUUGUGGUGGCUCGGUCGCAUGAGAAGUCUGCGGUUCGAAGCCCAACUGGUAACGAUUUAGCAUUUCAACUAAUACUUGAAGCUAGUUUAGUGUUUAACGUUGUAGGGGAGUCUCAUCCAGCACAACGAACACUGCCCGUGACGAGGUGGUGUGGAUUGCACGUCCCGUGGUUAAGCAGUGCGUGUGGGUUCAGAGGCAGACAUACACUGUCCUUCAUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((.......))...((((.(..(.(.(.((((.(.....((.((((..(.((...........)))..)))).))(((..(..((.....(......).....(.((.((...............)).)).))).)..))).................(...(..............((.((((....)))).))............)...).........(((.(.(((((...((((((.((((..(.......((((((((((.......(((....((((.(((((((.((....)))))))))...))))....))).............((((((.(...).))))))......((((((....(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))...)..))))...)))))).)))))).)))..(((...(...))))........).)))).).))..).)))).......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.......(((((((((((.(((((.((..(((((((.(((((...)))))...))))))).((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...))))).(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((((((.((((((((((.((((..((.....)).((((((((((((.((....))))))).))).)))).)))).))))))))))....((((((.......))))))......(((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))...))))).....)))).))...))))))))))))...)))))))))))))))).))..)))))..)))))....))))))........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((..((((((((..(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((........(((((((((((......(((((..((((((((((((.((....))))))).)))).)))...((((..(((((..(((((...(((((...........)))))..)))))....))))).(((....)))..)))))))))........)))))))))))..))))).))...))))))))))))...))))))))))))))).))))..)))).....))))..)))))).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((...(((((((...............................................................................................................................................................................((((((....))))))................(((..((((((........(((((.((((..............((((...(((((.((....))))))).....)))).............................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)))))..))..))))....)))............................................)))))))..))).......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((.............(((((((.((((.....))))...)))))))(((((((((((((....)))))))).........((....))...(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))))(((((((((...............(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((((((((.........(((((((((((.............((((((((((((.((....)))))))).))).)))...............((((..(((((.......)))))))))....((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))))))))))))))))))....)...))))))))))))...))))))))))))))))................)))..)))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((................(((((((.((((.....))))...))))))).((((((((((((....))))))))....................(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))).(((((((((...............(((((((..(((((((((((....)))))))))))...(((..((((((................(((((((((((.............(((.((((((((.........)))))).))..)))................(((...((((.......)))).)))......(((((...(((((....................)))))))))).)))))))))))..............))))))))).....)))))))))))))))).....................)))))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........))....(((.(.........((((((.((((.....))))...))))))((((((..(((((......)))))((..............))....(((((((((((.(....((((((((.....))))))))...).)))))))))))....))))))(((((((..(((......)))..(((((((.((((((((((((....))))))))))).(((((...((((((((((((.........(((((((((((((((..(((.(((.....(((((((.((....)))))))))....))))))..))))).....................................((((....(((((....(((......)))....))))).))))..))))))))))))))....))...)))))).))))).).))))))).))))))).......(((((.......)))))).)))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((..((((......(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))))........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))))(((((((((.(..........)..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((((......(((((((((((((((......(((((((((((((((.((....)))))))).))).)))..))))))).....(((((..(((((.......))))))))))...((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))))))))).))...))))))))))))...))))))))))))))))......)))....).))))..)))))).........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.....((((............................................................................................................(....................................................................................................(.....((((((.(((((((........((((((((((...........((((...((((((((.((....)))))))).))....)..))).........................................(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))))))))..))))).))....))))))...).......).........................)).)).....)))..........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((...(((((((.(((((...)))))...)))))))))))))(((((((....)))))))...))))).(((....)))..(((((((((((......((((((((.....)))))))).....)))))))))))(((.......((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((..((((.........(((((((((((((((..(((....((((((((((((.........))))).))).)))))))..)))).....(((((..(((((.......))))))))))...((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))...))))......))))))))))))...))))))))))))))).......)))............)))))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((...((((((.(((((...)))))...)))))).(((((.(((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))))(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((........(((((((((((...((.....)).(((((((.((((.((....))))))..))).)))).(((((((..(((.((((........))))...)))..))))))).((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))..))))).))...))))))))))))...)))))))))))))))).))..)))))..)))))....)))))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((............(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....)))))))).........((....))...(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))[[[.)))))(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....)))))))))))((..((..((((((((((((((((......(((((((((((.............((((((((((((.........)))))).)).))))...............((((..(((((.......)))))))))....((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))))))))).)))...))))))))))....))))))))))))))))......]]]......))))..)))))).........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......((.(((((((((.((((.(((((...)))))...)))).........(...........................................)....(.............................................................................................(((((.((....................................(((.((((((((((...........................((....))..............(((((((.(...............................................(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))))))..))).)))))...))).......................................))))))))).....).).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.((((((((...((((((.(((((...)))))...)))))).(((((.(((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((........(((((((((((...((.....)).(((((((.((((.((....))))))..)))).))).(((((((..(((.((((........))))...)))..))))))).((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))..))))).))...))))))))))))...))))))))))))))).))))..))))..)))))....)))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.....(((((((.(((((...)))))...)))))))((((((((((((((..)))))))))........(((....)))..(((((((((((......((((((((.....)))))))).....)))))))))))....)))))(((((((((...............(((((((..((((((((((((..)))))))))))).(((((..(((((((.(((((.........((((((((((..............((((.(((((((.........)))))))...)))).(((((((.............(((((.......))))))))))))(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))))))))))))))))))........))))))))))))...)))))))))))))))).....)))))....))))))..))))).........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......(((....(((((...................................................................................................................................................................................((......)).............(....((((..((((((........(((((.((((...........((..(((...(((((.((....))))))).....)))..))...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))..))..))))....))))..).........................................)))))...))).......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......(((....(((((...................................................................................................................................................................................((......)).............(....((((..((((((........(((((.((((...........((..(((...(((((.((....))))))).....)))..))...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))..))..))))....))))..).........................................)))))...))).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((..(((((((.((((.....))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((.(((.((..((....((((..(((((((((..(((.(((...(((((((((.((....)))))))).))).))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..)))).))..)))))...))))))))))))...)))))))))))))))..))..)))))..)))))....)))))).........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.(((((((((((.((((((((..(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((......((((((((.....)))))))).....)))))))))))...))))))(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((((......(((((((((((.............((((((((((((.((....))))))).)))).))).(((((((..(((.((((........))))...)))..))))))).((((((...((((((...(((.(...))))...)))))))))))))))))))))))))))))).))...))))))))))))...))))))))))))))))))))..))))..)))))....)))))))).......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................(((((....))))).................(((..(((...........(((((.((((..............((((...(((((.((....))))))).....))))..............................................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))).)))))(.....))))....)))...............................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((..(((((((.((((.....))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((((((((...((....((((..(((((((((..(((.(((..(..(..((((.((....))))))..).)..))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..)))).)))))).))...))))))))))))...)))))))))))))))..))..)))))..)))))....)))))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((((((..((((((.((((.....))))...))))))(((((((.((((((....))))))(((.......(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))))))))))))((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((.(((.((..((....((((..(((((((((..(((.(((...(((((((((.((....)))))))).))).))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..)))).))..)))))...))))))))))))...))))))))))))))))))))..))))..)))))....)))))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((.(((((((((((((..((((((((((((((((.((((((((...(((.(((((.(((((........))))).(((((((..(.(.(...).))..).))))))...)))).))))((((........)))).((((((((.((..(((((..))))).((((((.((......))....((.((...((((((((.((.......)))))))))).))))...)))))).(((((...(((((....((......))...)))))))))).......)).)))))))))))))))))))).))((((.(((((..((((((..((..)))))).))(..)(((((...))))).)))))))))....)))))))))))))...(((.((((((((((........)))))))))).)))(((((.(..(...)).)).)))..(((....))).)).))).))..)))...))))).........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.((((......(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....)))))))..........((....))...(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(.(((..(((((((((((((.........((((..((((..............(((.((.(((((.((....)))))))..))..)))...............((((..(((((.......)))))))))....((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))).))))..))))...)))).))...)))))))))).)...))))))))))))))).......))))..)))))....)))))).........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((..(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((..((((.((...((((((((.....))))))))..)).))))..)))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(..((..((((((((((((((........((((..(((((((((..(((.(((.....(..((((.((....))))))..)....))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..))))..))))).))...)))))))))..)...)))))))))))))))..))..)))))..)))))....)))))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00160

			AUCACUGUAACGGUCGACAGUGGAACUGUAUUUUCCGAGAUUUCUGCCCUGGGUUCAACCCCUGCGGUCGGACGUGUUACGCUUUAAGCCUCUUUCGGGAGGUUGCUACACGCUCAGUCUAACAAUCGAGUCGACGUGCCCUGGUAACAAAUCGAUCCUUGCGGGCAGUCCAGGGCGAGAUGUGAGAAGUCCGUCUUGUACCUGGUACGGCAAUGGUAGGCGAGGGUGCUUAACGCUAACCCGUCUCUUGUGCUCCUAUCGCUGAAGGGGAGUUUCAUCCAGCACAGCAAGAGCAACCCGUGAUGGAGGCGACUGGGAUUACACUUGUCCUCGUAUAAGGGAUUUAUCCCUUCGUUGUGGGCGUGAAUCUCAUCCUAUGGAAUGUGAAGAUACUAGAACCCUGUCAUAUUAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(.((.......)).)((((.((..((((((((((.((((((((((.((..((........))..)).))))(((((.(.......(((((((....)))))))..))))))((((...((((...((((.(((.(((.((((((..........(((((((((((.(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).)....(((.((((.(((..)))..)))).))).........(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))))).)))....))))))....))))))..))))...(((((((..))))))).))))))))....)))))).(((...)))....)))))))).))..))))))............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....)))..((((..((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((....((((.((..((..(((((.......(((....))).....)))))..))))))))...(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...((((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))))......((((....(((......)))....))))...)))))))).))).))))))....)))...))))..))))))))..((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))..........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.....(((((.((..((((((((((.((((((..(((((.((((...)))).(((((..((((((((....(((...((((((.(((...(((((((....((((............))))....((((..(((....((((...(((((((((.....(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...((((.....((((..((((...........))))))))....))))....))))....)))))))))...)))))))......)))))))..))).))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......)))))..)))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....(((((((.....................................................((((((....))))))................................(((.(((((((.........(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....)))).............................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)).)))..)).)))))....)))..............................................................)))))))...............)))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((....((((((((.(((((((.(((((..(.......)...((((..((((((((..........((((((.(((...(((((((.............................(((((.....................)))))(((((((((((((((.........)))))))).))))).))...........((..(((((.......)..)))))).......((((((..........))))))..................)))))))..))).))))))..........))))..))))))))..((((((....))))))......))))).)))))))..(.....).....)))))))).....)))))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.......((((((((.(((((((.(((((...............((...((((((((..........((((((.((....(((((((..............................................................(((((((((((((.........)))))))).)))))...................(((...........)))..................................................)))))))...)).))))))..........))))..)))).))...((((((....))))))......))))).)))))))..............)))))))).......)))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........))..(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.......)))...((.(((((.((..........((((((....))))))........)).).)))).))............(((.((((((..........(((...((((....(((((((((((((.((....)))))))))).))))).............((...((((...........))))....))..(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))....)))....))))))....)))............((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....((....((((((.(((.(.(((((((....(((..(((.............))).(((((..((...............)))))))(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).........((((..((((((.....))..))))))))...((((((((..........))))))..........)))))...)))))))).))).))))))....))....))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.......))................(((................................................................................((.................(.((((.(((((.......(((.((((((((((....((((.(((.((((.((....))))))).))..))))..............................................(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))).)))..))))))))....)))..).).............................)).........................)))............................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........)))))))....((((((((.(((((((.(((((.(((......))).(((.......[[[[..)))....(((((((....)))))))...]]]].(((.[[[........)))..]]].(((((((((.....))))....[[[[)))))..(((((((((((((.........)))))))).)))))....]]]]...(((((..[[[[)))))......]]]]..(((((((....[[[[[[[......(((......)))......)))))))......]]]]]]]..(((...[[[[[.......[[[[[)))....]]]]]..]]]]]........))))).))))))).(((...)))....)))))))).......................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...)))).(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.((((...)))).(((((..((((((((....((....((((((.(((...(((((((....((((.((......)).)))).(((.(((((..((((...........))))))))))))((((((((((((.((....)))))))))).))))(((.((((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))))..))).((((....(((......)))....))))...)))))))..))).))))))....))....))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((..............(((...((((((((....(((...((((((.(((...(((((((..............................(((([[[..................))))...(((((((((((((.........)))))))).)))))....((......((((..((((((.....))..)))))))).....)).........................]]]..........)))))))..))).))))))....)))...))))..)))).)))..((((((....))))))......))))).)))))))..............)))))))).))..)))))))...........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(((.....))))....(.((..((((((((((........((((((.(((......)))...)))))).((((.........))))........................(..(((................(((((((.(.......(((.((((((((((..((((....(((((((.((....))))))))......))))).....................................((((....(((.(..(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))))))..........................................................(((....)))..)))))))).))..)))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...)))).(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.((((...)))).(((((..((((((((....((....((((((.(((...(((((((.....(((............)))......(((((..(((.............))))))))(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).))((((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))))......((((....(((......)))....))))...)))))))..))).))))))....))....))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........)))))))....((((((((.((((((.((((((.((((...))))..(((.............)))....((((((((..))))))))....[[[[[[[[..........[[[[..[[[[...[[[[[[.........[[[[[[[[)))))).(((((((((((((.........)))))))).)))))..............]]]]]]]]..............(((((((..(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).........)))))))]]]]]]........]]]]]]]]...(((((((..))))))).....]]]]]]]])))))).(((...)))....)))))))).......................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((.....(((((.........................................................((......))..............................((...(((.(((((((.........(((((.((((...(..(((...(((((.((....)))))))....)))...)...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)).)))..)).)))))....)))..))...........................................................)))))................))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((.....(((((.........................................................((......))..............................((...(((.(((((((.........(((((.((((...(..(((...(((((.((....)))))))....)))...)...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)).)))..)).)))))....)))..))...........................................................)))))................))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....(((...((((((..((((.((((((..(((.(((.(((((.((.....((((...(((((.((............))....)))))..(((((((((((((.((....)))))))))).)))))..))))..)).)))))))).)))......)).)))).........(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))....))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((([[[)))).(((((.((..((((((((((((((((((.(((((.((((...)))).(((((..((((((((.......((({{{{{{.{{{...{{{{{{{....((((............)))).....(((((..((((...........)))))))))(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)){{{{..{{.{{{{{.{{.{..)))......}}}}}}}}}}..}}}}......((((....(((......)))....))))...}}}}}}}..}}}.}}}}}}..........))))..)))))))))(((((((....)))))).)....))))).)))))))((((...))).)).)))))))).))..)))))))...]]].....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................(((((....))))).................................(((.(((.............(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))..............................................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))).)).)))(.....))))....)))............................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((...(((((.((......)).))).))..((((..(((....((((...(((((((((...(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).(((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))).....))))..)))))..))))...)))))))......)))))))).))).))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((.....((((...)))).....(((((.....((((...(((.....)))..)))))))))..)))))).((....((((((..((((.((((((..(((.(((.(((((.((.....((((...(((((.((............))....)))))..(((((((((((((.((....)))))))))).)))))..))))..)).)))))))).)))......)).)))).........(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))....))))))...(((((((.(((..((((.((...((((((....))))))...)).))))))))))))))......))...)))).((((.........))))...........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((((((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((.................(((((.......(((....))).....))))).(((((..((.(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).))...((.(((((.((..((.....))...)))))))))(((((((((........)))(((......)))))))))))))))))))))).))).))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))..).)))))))).))..)))))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((...(.(((((.((((((((((((((.((..((((.(((((((.....(.(((...((((((((.((((((.((...((((((((..))))))))....((((.((...(........)....))))))...)))))))))))))).))....))).)..)))))))))))..(((((...((((((..(((((((..)..))..))))((((.((.(...........)))))))(((((((((((((((....))))))))).............))))))(((((((...).)(((((((.((((..)))).))).))))....(((((((..))))))).)))))))))).)..)))))(((...)))..)))))))))).))))))))))))..))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................((.....(.............((.............................)).......(.(.(................(.(((......)))....).........................................................................................).).))............................))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.....))..(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.((((...))))..(((...((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((............................................................(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).((......(((((.((..((.....))...))))))).....))......................................)))))))).))).))))))....)))...))))..)))).)))..((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...)))).(((((.((..((((((((((.((((((..(((((.(((.....)))..((((..(((((.((((.((.((((((((((.((((...(((((((...((...(((..((......)).)))..))..)))))))...))))..(((((..((.(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).))....)))))..)))).)))))).)))))).)))))....(((((.....((((....(((......)))....))))..)))))..))))....(((((((.((......)).))).))))....((((((....))))))......)))))..)))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((........)))).((((.......))))......((((((..(((.......)))..)).)))).......((((....((((((....)))))).(((....((((............)))).....(((((.....................)))))..(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...))).......)))).((((...........)))).((((((..((.......))...))))))......((((......................)))).((((..(((((.......))))).......(((......))).)))).(((((..((.....)).)))))..(((((((((...........)).)))))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....)))..((((.....))))....((((.(((..{{((((.(((.....)))..[[[..))))]]]..((((.....(((((((....))))))).......((((............))))...))))...((((.....))))))).....}})))).(((((((bbbb........)))).BBBBddd..)))DDD....(((((((((..eeee)))))......EEEEffffff(((.(((((.....<<<<.))))).>>>>...............)))..))))...FFFFFF....(((((.......))))).((((.(((((....))))).(((..ccc)))......(((..CCC)))..aaaaaaa)))).......AA.AAAAA........

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RNA: SRP_00175

			GGCUGUGAUGGCUUUUAGUGGAAGUGUACUUCUUGCGCACUCUCAGAUUUGUUAAAUUGUGUAAAAGAUUCUCUUGAGUUUUUUCGCUGUGUUCAAAGUGUCCAGUUCGAUCCUCGCGGUUUGAAUUUUCUUGACUACUUGAGGAAUCAGUACUGUCAGAUUCUGCUAAUUAAUAGCACCACCACUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGUAAUGCUAUCCGUGACGGAGGCGAUACUGGAUGGCACAUUGUUCCGUUAGUUAAUAGUCUGGGAAAGCCUUAGUGUGACGACUCUAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.......)))..(((.((..((.(((...(.(....((.....(((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.(((((((((....((.((((((...(((.(((..(.(.((((.((....)))))).))..)))))).(.....)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).......)))))...)))).))).....))))).))).....)).......).)..)))))..))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.......(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).(((.((....)).)))...))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((((..((((((....((....((((((((.((((((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.......((((((..((((...(((((((((..((((((((....)))))))))))).)))))..)))).(((((.....))))).....))))))............))))))))..(((((((((((..........))).))))))))...........)))))))))))))))))..))...)))...)))..))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((.......((((.................................((((((....))))))................(((.(((((((..(((((((((........(((....(((((.((....)))))))...))).............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))).)))...)).)))))....))).......................................))))...)))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.....(((((....))))).......(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))............((((((((((.(((((((((........................(((((.(......).)))))(((((.....))))).......................................)))))).)))..))).)))))))..................)))))))))))))))))))......................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((........((((....))))........((((((((..(((.........(((((((((....)))))))))................(((((((((..(..(((((...........................(............)...((((.......)))).......................................)))))...)...))).)))))).....................))).))))))))..)).......................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.............(((.(((.......))).)))...((((((((((..(.((.(...(((((((((....)))))))))..).)).).))))((((((((((...(((((((((...(((...(((.(((..((.((....))))....))))))))).........(((((......((((....(((....)))....))))...))))))))))).)))...))..))))...))))....................))))))..)))).(((.((....)).))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...(((((((.().))))).....))(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.((((((((((((.(((((((((.(.(((....((((......))))(((((.(......).)))))(((((.....)))))(((....)))..........))).((........)).).)))))).)))..))).)))))))...)).))).........)))))))))))))))))))...(..........).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))....((.((..((((((...........((..((...............................................(((((((.((((((((.((((((((((...((((....((((((((.((....))))))..))))))))...........(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))....))))))).................))..))........)))).))..))))......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....((((((..(((.(((.......))).)))...((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))((((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((....(((....))).....)))))))))(((((.....)))))(((....)))...(((....)))((((......))))..)))))).)))..))).)))))))))))))(((......)))))))))))))))))))))).)))).................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((.......(((((((((....)))))))))((((........))))((((((..((((.(.(((((((((..((((((((....)))))))))))).))))).))))).(((((.....))))).....)))))).(((.((((((((...(((((.((((.((((...)))))))).)))))..)))...)))))))).....)))))))))))))).)))).(((.((....)).))).....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..........................((((((((..(((((...(((.(((((((((....))))))))))))............((((((((((.(((((((((..........((.[[[.[[...))......]]...]]]......(((((.....)))))......(((....(((....)))....))).........)))))).)))..))).)))))))..................))))).)))))))))))))......................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).....(.....(((((((...........................................(...........)...(((((((((((((((((((.((((((((((((((((....(((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((.(..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))).)))..))).))))))...)))))))).)).........................)))))))).............
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....(((.(((.......))).)))..((((((((.((((((...(((.(((((((((....))))))))))))..............((((.(((..((....))..))).....(.(((((((.(((....))))))..)))))....(((((.....)))))......))))..((...(..((((...(((((.(((..((((...)))).))).)))))..)))...)..)..)).....)))))))))))))).)))).(((.((....)).))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((.(((((((((..))))).....))))((((((((.............(((((((((....))))))))).((((((((.......((((((....((((((.......................))))))..(((..)))........(((((.....))))).....))))))............))))))))..(((((((((...............)))))))))...................))))))))))))))......................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....((((.......(((............................................................((...((((.(((((((..(((((((((.....((..((....(((((.((....)))))))...)).))............((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))...))..................................)))...))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....((((.......(((............................................................((...((((.(((((((..(((((((((.....((..((....(((((.((....)))))))...)).))............((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))...))..................................)))...))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....(((((((.(((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).)))).................
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...(((.(((.......))).)))..((((((((.((((((.(((((.(((((((((....)))))))))))).(((.........((((((....................((((.[[[[[[[....))))...]]]..]]]].....(((((.....))))).....)))))).{{{.{{{{{(((...(((((.((((.((((...)))))))).)))))..))))))}}}}}}}}...))))))))))))))))))))).(((..........))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...............(((((....))))).......(((((((((........((((((((((((((....))))))))).((((...........((((((..((((...(((((((((..((((((((....)))))))))))).)))))..)))).(((((.....))))).....))))))...........)))).(((((.((((.((((...)))))))).)))))....))))).................))))))))).))))......................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................(((((....))))).................(((.(((......(((((((((.........((....(((((.((....)))))))...))...............(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))).)))(......))))....)))......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).)))).................
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((((.......(((((.....))))).....((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))).))))))).)))).((.......)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((((((((....))))))))))))((((((......((((((((((.(((((((((...(((((....(((((((.(((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))))............))))))))))))))))))).)))).................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((.(((((((((.....)))).).))))..((((....((((...(((((((((...(((..))).)))))((((((..)))..)))((((((((((((((((((((.(((((((((((..(((((..))))..(((..))).(((((((((((((...))))))..))))))).))))))..)))))).((((..))))...))))))).)))).))).))))))..)))).............))))...))))..)))))).(((((......))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...))))).........................................................................................................................................(....................)..........((..........((......)).......))......................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((............................((((((((.((((((...(((.(((((((((....)))))))))))).((((.......((((((((((.(((((((((............(((((((..((....)).)))..))))......(((.......)))......((((....(((....)))....))))........)))))).)))..))).))))))).)))).............))))))))))))))..)))......................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))...((((((..(((....((...((..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.((((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))...)))).))).........))))))))))))))..))...))....)))..))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).(((.(((((((....)))).))).(((..................))).))).(((((....)))))....((((........))))...(((((((((.....))).)))))).....(((((..(((....))).((((((.......(((((.....)))))......(((((.........))))).)))))).((((..((.....)).)))).....(((..((.....))))).........))))).(((.....))).(((.((....)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((..<<<<<....(((((....)))))...((((..................)))).((((((((....))))))))..(((........))).<<<<<<(((..((....))..)))...........(((....[[[[[[.)))...)))]]]]]]((((.....))))......>>>>>>..>>>>>.....((((......)))).(((.....))).(((((...{{{......)))))}}}.((((........))))...))))..((((.((....))))))...

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RNA: SRP_00230

			CGACUGUAAUGGUCAAGGUGGGUUUGAAGGCACUUGAUUUUCUCAAUGUCUCUAUUCCAUGUCCAAAUCUGGAAGCCCAGCGGCGCCCAGCACGAACCUUGCGGUGGUCACCCACUCGCACGGGUAGCCUGCGACUUGCUGCGCGUGGCCCUAAGCAAUGAAGAUGACACUUGAGAGAGGUUCCACUCUGCAGAGACAUCUUCACCGUCAGGUGGCGCGCUGGAUUACGAUCGCUGGGGGGUUGGGAUAGAGCGUUGAGAUGGAGAUGUCGACUCCUAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((.......))).(((((((......(((((((.(...((((((((.(((((((.((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((.(..((.(.(.(((((.((....))))))).).).))..)......(...)...(((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....)))).)))))))))))))).))).))))....))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((.((((.....(((.....(((((((((.(((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((....((((((((((((....)))).)))).)))).(((((((..(((((.............))))).(((((((....(((((((........)))).)))...)))))))..)).))))).....)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..)))...))))..))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((.......((((.............................((((....)))).........(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...)))).................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))....................................)))).....))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))..((((((......((((........((((((((.((((((((((.(((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....)))(.((((..((..........))...)))).).............((((((((.(.((..((((.(....).))))..)).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))...)))))))))))))))))))......))))....))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((.........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((.((.((((.(((((((....)))............................................((((((((.(.((..((((........))))..)).).)))))))))))).))))..)).))))).......))))))))....)))))))))))))))))).......)))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......))).(((((((......(((((((.....((((((((.(((((((((.......(((((.....((((((((.(.(((((.((.((((.(((((......((((.(((((((((........))))).)))).))))..(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))....))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))((((((((......(((((((...(.((((((((.((((((((((.(((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....)))(.(((((((((.(....).))))).)))).).............((((((((.(.((.(((((.(....).)))).))).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))...))))))))))))))))))).)))).))))....))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))...............((((..................(.(..((.....................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....)))))))...).)))..)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)).))))).........))..).)...............))))............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))((((((((......((((........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((....((((.(((((......((((.(((((((((........))))).)))).))))...........(((((((...(((....)))......(((....))).)))))))))))).)))).....))))).......))))))))....))))))))))))))))))......))))....))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).)))).((((.((.((((......)))).)).))))...((..((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))..)).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))((((((((......((((((......((((((((.((((((((((...((......))...((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).))))......................................((((((((.........((((......)))).......)))))))).....))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))...)).))))....))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).......(..((...(((((((.....................................((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....))))))).....))...))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))))).......................)))).)))...))).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).))))......((...((........))....)).....((..((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))..)).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((([[[[[[.........))))))).((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((((........((((.((((.((((]]]]]].((((((((...))))........))))...))))........((((((((.........((((......)))).......)))))))))))).))))))))).............)))))))....)))))))))))))))))).((((.......))))......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))....((((.......(((..............................................((...(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))...............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))...............................))).....))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))....((((.......(((..............................................((...(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))...............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))...............................))).....))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((......(((((((.....((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((........))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..))).))))....))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))((((((((......(((((((.....((((((((.(((((((((((.((((....))))..((((((((((.(((((....((((((((((((....)))).))))......(((((((..[[[[[.)))).)))....]]]]]((((((((...((((..((((.(...))))).).))).)))))))).....)))).....)))))....)).))))))))..).))))))))))))))))))..))).))))....))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))((((((((......((((........((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((...(((((....((((.(((((((....((((.(((((((((........))))).)))).))))...........................((((......))))............))))))).)))).....))))).......))))))))....))))))))))))))))))......))))....))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................((((....)))).........(((.(((......(((((((((.....(((...(((((.((....)))))))...)))...................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))....................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((...(..(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))..).))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........((((((....(((....))).)))))))).(((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((((.....((((.(((((((((........))))).)))).))))............((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....)))))))))))))))))..((((.......))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))((((((((...(..(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.(((((((....((((.(((((((((.(....).))))).)))).)))).))........(((((((...(((....)))......(((....))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))..).))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((......))(((((.(((((...))).)))))))...((((((((.((((((((((.((((......))))((((((((....(((((....(((..(((((((...).))).)))..))).((((((((((..)((......))..)......(((((((((.(.((((((((........)))).)).)))))))))))))).))))))....))))).((..)).))))))))...)))))))))))))))))).((((.(....)))))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))...............................................................................................(...........(....(................).)....................................................(((((.((.((..(....(........).......).)).))..................)).))).........)........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))((((((((......(((((((.(...((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((.((((.......((((.(((((((((.(....).))))).)))).))))...........(((((((......(.................).....))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))).))).))))....))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))...(((((......(((((((.....((((((((.((((((((((..((((....))))..((((((((((.(((((.((.((((((((((((....)))).)))).)))).(((((((..(((((((.....))....))))).(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))..)).)))))..)).)))))....)).))))))))....))))))))))))))))))..))).))))....)))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...(((((.(((((((....(((((.((((.....))))))))).................((((....))))....)))).......((((((((((((....)))).)))).)))).))).(((........))).))))).((((..............))))...(((......))).)))).....(((.((((....))))..(((((......(((((.......)))))......)))))..))).((((.......))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))...(((((.....(((((.((((.....)))))))))....)))))........((((....))))..(((([[[[[....((((((((((((....)))).)))).))))...((((.....((((....))))..((((......{{{{{...))))...(((......))).))))...}}}}}.((((....))))..)))).......(((((]]]]]..))))).......((((......<<<<))))...>>>>......

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RNA: SRP_00254

			GGUGCUGUGAUGGCAUUUGGCAGAAGCGUACCGAGCGCGCACUAUUUCGGCUUACCUAUCUUCGUGGGUCCGGUUCGAUCCGCGCGGUCAGAAUGUCUCAAUUCGAGUAAUCAAUUGUGCAGUUCUAGCAGCGAGCGGCAGUACCACUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGUAAGCCGCCCGUGCAGAGGCGAAGCGGAAGACCCAGCUGUUUAAGGAGGACGGAAUAGUGACUGGUAUGUCGACUCCACUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((.......))))..((.....(.(....((.....(..(((((((.(((.....(.(..((((.(.(..(.((..((.((((...(((((..(.(((((.((....))))))).)..)))))...........((.(....((((....(((....)))....))))...).))...))).).)).....)))..)....).))))..).).))).)))))))......).....))...).)..))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....(((.(((((..((.(((..((((.....)))).((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))))...))))........)))))).)))))))))).))).)))))))....)))....))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...((((((...((((.....)))).((((((((((.....(((.......((((((........(((((...((((((((((...((((.((....))))))..))).)))).((.(((.(((((...((..(((((.........)))))....))..))))).)))))...)))...))))).))))))........)))....)))))))))).......))))))..))).))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((.((..((((....................................(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...))))..........((((((.(...((((....(((....)))....))))))))))))))))))))...)))))))....)))......................................))))..))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).........((((((((......((((((((((.(((.(((......(((((((((.((((....((...((.(((((..(.(((((.((....))))))).)..))))).)).(((.(((((..(((..(((((.........)))))....))).))))).))))).....)))).))...)))))).)......)))))).))))))))))..))))))))...............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))...........((((((.......((((((((((.((..(((.......((((((...................(((((....(((((.((....)))))))....))))).....((.(((((.......(((((.........)))))........))))).))..................))))))........))).)).))))))))))...))))))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........))))..(((.......))).((((((((((.((..(((......(((((((((.((((.((.((((((..(((((..(.(((((.((....))))))).)..)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).)))...))))).)......))).)).))))))))))................)))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....))))))(((.....((((((((.(....((((((((((.(((.(((..(...(((((((((.((((.((.((((.((.((((((.(.(((((.((....))))))).)).))))).)).)((.(((((..(((..(((((.........)))))....))).))))).))))).))..)))).))...)))))).).)....)))))).)))))))))).))))))))).....))).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.......))...........((((((................((...........((.(((((.((((((((.(((((((((....((((((((((((.((....))))))))))))))...........((((......((((....(((....)))....))))..)))).)))))))))..))))))))....)))).)))...........))............))))))...............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......((((((....(((..((((.....)))).((((((((((.....(((...........((((.((((....((((((..(((((....(((((.........)))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).....)))).))))...............)))....)))))))))).)))..))))))....)))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).(((.((..((((((((......((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))))...))))........)))))).))))))))))..))))))))...))))).......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......)))))(((.....(((((((.((....((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((....((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).....)))).)))...)))))........)))))).)))))))))).))))))))).....))).......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))...((.(...((((((((..........(.....)........((.(..(((((((((.(((.(((((((((((((((((.(.(((((.((....)))))))..)))))))).........((((((...(((((..((((....)))).).))))))))))))))))))))..))).)))))...))))))...).....................))))))))....)))........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).(((.((..((((((((......((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..((((.....(((((.((....))))))).....))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).)))...)))))........)))))).))))))))))..))))))))...))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..........[[[.....[[[[[[[[......[[[[[[[[[[.........[[[[[.[[[[[[........[[[[[..........[[[[[[..................[[[[.............[[[[[.......................)))))).....]]]]]...]]]]]]]]]]..]]]]].]]]]]]..........]]]]]]]]]]]]]]]..]]]]]]]].....]]].......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....(.((..((((..............................(((..((((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).)))))))))...)))))))....)))).))).................................))))..)))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....(.((..((((..............................(((..((((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....)))))))...)))..))........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).)))))))))...)))))))....)))).))).................................))))..)))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).(((.((..(((((((.((....((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))))...))))........)))))).)))))))))).)))))))))...))))).......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...)))))))(((.((..((((((((.(....((((((((((.(((.((((....((((((((((.((((....((((((..(((((((..(((((.((....))))))).)).)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).....)))).)))...))))).).)..).)))))).)))))))))).)))))))))...))))).......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........))))..((((((((......((((((((((....((((((....))))))..((((...(((((.......((((......)))).........(((((((.((((.......))))..((((...))))...............)))))))....((((........))))..))))).)))).................))))))))))..))))))))......)))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...))))...........(((((.....((((....(((....)))....)))).))))).)))))))))(.....))))....)))...................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).(((.((..(((((((.((....((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))))...))))........)))))).)))))))))).)))))))).)..))))).......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...)))))).(((.((..((((.....)))).((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))...))))))........)))))).)))))))))).............))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....))))))(((.((..(((((((.((....((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))))...))))........)))))).)))))))))).)))))))).)..))))).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((..)).)).((((((((((((..........)))))...((((......).)))..((((...).)))(........)((..(((.....)))..))((..))))).))))..)))).((((((((.((((((((((.........)))))..(........).((((((((((((..........).))).))))..))))((.((......)).)))))))))))).))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................(..............................................((......)).....................................................................................)...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).(((.((...((((((.......((((((((((.(((.(((.......((((.(((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).)))....))))........)))))).))))))))))...))))))....))))).......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).(((.((..((((((((......((((((((((.(((.(((.......((((((((.((((.((.((((((..(((((....(((((.((....)))))))....)))))........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))).))..)))).))))...))))........)))))).))))))))))..))))))))...))))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....(((...((((...((((.......))))......(((((((((........))))).))))...((((.....))))....))))..((((.((....)))))).))).((((.......)))).)))))))....(((.........))).((((............)))).(((...((((((.........))))))..((((..........((((......)))).)))).)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).........((((.{{{{))))........}}}}...((((((....)))))).((((..((((.[[[.))))....(((..(((((.((....)))))))]]].((((.......)))).))).....((((..................))))..)))).((((...........)))).((((......))))..((((..........((((......)))).))))........

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RNA: SRP_00265

			AUCGGCUGUAAUGGUCAUAUUGGUUAAGGAGACGCCUGAAAAUCUUCUCCCGACUCCAGUCUCAUAUCCAUGAGAACUUCCCCCGUGGCGCCCAGCGUGAAUCUUGCGGUGGCCACCCACUCGCACGGGUAACCUGCGAUGCUGCGCCGUGGCCCUAAGCAAUGAAGAUGAUACUUGAGGGAGGCUUCACUCUGCAGAGGCAUCUUCACCGUCCGAUGGCAGGCUGGAUCACGAUCGUGGGGGGAAUGUGAGAUGGAGCGGAGAGGUGGGGAUGUCGACUCCGAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...(((.......))).....((((...........(.(.(.(.((.(((...((....((((((....)))))).....((((((((.(.(((((.((.(((..((((.((....(((.(((((.((....)))))))))..)..))......(...)...(((((((....(((....(((......)))....)))..)))))))))))..)))..)).)))))....)..))))))))............))...)).).))....).).)..)....))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)).)..))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......((((((((.(((.........)))......((((((((((.(((((.((((((....))))))..(((((((.((((((..(((((......(((((.....((((........))))...)))))))))))))))).((((((..((..((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))..)).....))..)))).(((....)))...))))))).......)))))))).)))).))).)))).)))))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((......(((((((......................((((((....))))))............(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...))))................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))...................................)))))))...)))......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((.((.........(((((((.(.(((((.((((((((...........(((((((((....(((((....(((...(((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))...))).....)))))........)))))))).)))))))))))))))))))))).........)).))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((.(..........(((((((.(.(((((.((((((((...........((((((.......(((((..............((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((.........((((......)))).......))))))))..............)))))...........))))).))))))))))))))))))))))..........).))))......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((........))((((...........((((..((........(((((((...((((.(((((((....))))).))..(((((((((.(.(((((....(((..((((((((((((((.(((((.((....)))))))...)).)..))))))(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..)))))))))))..))).....)))))....)..)))))))))...........)))).))))))).......))...))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.......)))...........((((((((((......(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((.(..(((((.((....))))))).).......))))))........((((((((...(((...((((......))))().))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).)))...))))......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.......)).......(...((..((((((..................((((.(((....................((((((((.((((((((.(((((((((....((((((((((((.((....))))))).).)))...)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).))))).)))))))))..))))))))....)).))))))..........)))))))............)).))))..))).......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((.......(((((((....((((....(((.(((((.((((((((...........((((((.......(((((....(((..(((((((((((....(((((.........))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..))).....)))))..(((....)))))))))))))))))))))))))..)))).))).))))....)))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.....(((((.((((((.((.(((((.((....)))))))...))....))))))))..))).((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))((((...)))))).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.......)))...........................((((((.((.(((((.((((((((..........((((((((((....(((((.((..((.(([[(({{{{{{..))(((((.((....))))))).........}}}}}}.....)).((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))).]]...))...)).)))))........)))))))))))))))))))))))))))))))......................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....)))).....((...((..((((((.......((.................(......).....(...((.(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....)))))))...))....))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))).)))......................)).)).))))..))))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((......((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))).))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......((((..............((((((((.....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[[.......[[[[[......(((.((((((.....((((((((...))))......))))..))))))........((((((((.....(((((....)))))((((..)))).)))))))))))[[[[....)))))]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]].]]]]]]].......))))))))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....)))......((((......(((((..........................((......))..........(((..(((.(((((((..(((((((((..(..(((...(((((.((....)))))))...))).)................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..............................)))))...))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....)))......((((......(((((..........................((......))..........(((..(((.(((((((..(((((((((..(..(((...(((((.((....)))))))...))).)................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)))..............................)))))...))))......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((...)))))))(((((.......(((((((....(.((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((....(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...((((..((((......)))).).))).))))))))))))..))).....)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))....)))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...(((((....)))))........((((((((.....(((((((...((((.(((((((((..........(((((((((((...(((((.......((((...((((((.....((((((((...))))......))))..))))))....))))....((((.....((((((..(((((........))))).)))))).)))).........))))).......)))))))))))))))))))))))).)))))))))))..))))....)))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................(((((....))))).............(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....)))))))...)))).................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((((.(.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)).)..))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((..((...))..)).....))).)))).((((.(((((((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))).)))).((((.......))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..(((((((((((.((((((((.((....))))))).).))....)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))))))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((....((...)).))))((((..((((..))).)..))))((((((((.(((((......)))))((((..(((((((((((((((((..)))))).)))).))))(((((((((...(((((((((((((((((.(((((.(((.(.((..((((((((..(((((((((........)))).)).)))))))))))..)).))..))))..).))).)))))))))))))))).)))))).))))..))..))))).))).)))))..)))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................((.................................(...((......))...)...............................((........((......).).........).........................)...........)).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((.(....((((((.((.(((((.((((((((..........(((((((((((((.(((((.((.(((..((((.((((((.((((((((.((....))))))).).))....)))))).........(((((((.....((..((((......)))).))....))))))).))))..)))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))))))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((...((..(((((((......(((((.(((.(((((.((((((((..........(((((((..((((.(((((.((.(((..((((.((((((....(((((.((....))))))).((...)).))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...))))))))))))..)))..)).)))))....)).))..))))))))))))))))))))))))))))..))).))))..)))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))....(((....(((((.............))))).....))).((((((....))))))...(((((.(((((......(((.......))).(((....))).(((((.((....))))))).))))).((((..(((((((..............))).))))..(((((........))))).(((.(((..(((...((....))))).(((....)))........))))))....))))......))))).((((....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.....)))....((((...[[[[[[...))))...]]]]]]..))).((((.((((((....))))))...((((((..(((((....((((.....)))).(((....))).(((((.((....)))))))....)))))..((((.((((...{{{{{......))))...(((.}}}}})))....(((.....))).(((.....)))..))))....(((....)))))))))........)))).(((((...............))))).....

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RNA: SRP_00286

			AGGCUGUAAUGGCUUUCUGGUGGGAUGGGAUACGUUGGGAAUUUUGGCCGAGGAACAAAUCCUUCCUCGCGGCCAGACACGGACUGCACGCCCUUUGGGCAAGGGAUGGUUCUCCAUCUCGCACCGUGCCCUGUUGUGGCAACCGUCUUUUCUCCGUCGCUAAUUUGUCCUGGGCAGAAAUGUCUGCUCGGAGGCGGGGGAGUCCGGUCUGAAGUGUCCCGGCUAUAAUAAAUCGAUCUUUGCGGGCAGCCCGUUGGCAGGAGGCGCGAGGAAUCCGUCUCUCUGUCUGGUGCGGCAAGGUAGUCCUGGGUCCCUUUGGGGCUCCACCUUCACCGCUGUUAGGGGAGUUUUAUCCAGCGGCAGCAAAGGUGACCCGUGAUGGAGGCGGCCGGGAUAGCACAUAUCAGUCGGAUAAUCGUGCAAGUUGAUCGUUUCGGCGGUCUAAUUUGGCGGUGCCAUCAGGAUUUACUCGCACAUUGUGUUCGUUCCCUCGGGGACGAGUGUGUAUCCUGAACCACAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......))))....((((...((.(((((((((((((((((((((.((...(.....)...)).))))))))(((((.......((((...))))..(((((((....)))))))...))))).((((..(((((.((((((....(((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))).)).(((((((.(((.(((((((((((............((((((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).))).....(((((((((...))).)))))).((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))).))))))).)))...)))))))...))))...)))))))))).....((...((((.(((...))))))).))....)))))))))))))))))))..)))(((...))).(((((((....))))))))))))).)).....))))......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))......((((..((((((((...(((...(((((((((((((.......))))))..))))))).((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))..((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))............((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.(((((..((....))..)))))))(((((....((((((.(((........)))))))))....)))))..)))))))).))...))))))))))((((.((((.....))))...))))(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....))).......(..((((((((....))))))))..)))))))))..))))....))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((....))..))).((((...(((((((..((((...(((((((((((((.......)))))..))))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((..(((((((((((......)).(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.((((..((((((((((........((..(((..(((((..(((((..(((((((((((.........)))))).)))))))).))....(((((((((((((....)))))))))..))))(((((((((((...(((......)))...))))))...))))))))))...))))).)))))))))).......))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....)))).((((.....(((((((....))))))))))))))))))...))))......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....(((((((..........................................................................................................................................((((((....)))))).........................(((.(((((((............(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....)))....................................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....))).......................................................................................................)))))))....))))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((((((((........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((..(((((((((.........(.(((((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((...............(((((((.........(((((((((((.((....)))))))).)))))..............(((((((........)))))))..((((...((((((......(........)))))))......))))..))))))).......)))))))))...))...))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).................(((((((((....))))))))).)))))))))..))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))....((((..(((((((((((......((((((((.((...(.....)...)).))))))))....))).....((((...))))..(((((((....)))))))((((((.(.((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((............(((.((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).))).....(((((((((...))).)))))).((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))).))))).).)))...)))))))...))))...)))))))))).............((((((....))))))......))))))))))))))).....).))(((...))).(((((((....)))))))))))))))))))..))))......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((((.......(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....)))))))))))))))(((((..(((((.((((((..(((((((((.........(.(((((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((.........(..((((((((((..(((.((.(((((((((((.((....)))))))).)))))..)..))))...(.(((((((((....))))))))))((((((..((((((......((......)))))))).....)))))).))))))).))))..)))))))))...))...))))))))))........(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))........)........((((((((((..))))))))))))))))))))..))))......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))......((((...(.((((((................................................................................................((............................................................................(.((((((.(((((..........(((.((((((((((.....((((...((((((((.((....)))))))).))....))))................................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....)))..))).).....................................................)).........................................)))))).)...))))......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))......(((((((..((((..(((...(((((((((((((.......)))))..))))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))))))...))))....)))))))(((((((((.....[[[[[.(((((((((....))))))))).)))))))))..((((...........)))).....]]]]]....((((((........[[[[.[[[[[[[[[[[))))))...]]]]]].]]]]]....]]]]...(((......(((((((...)))))))[[[[[[.)))((((((...(((......)))...)))))).]]]]]].((((..........[[[)))).............]]].....(((((.((((((((((((....)))))).)))))))))))....(((((((.(((.((((...))))((((((((....)))))))).))).)))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((.((.(((((((((((.((....)))))))).)))))....))))).(((....)))(((((((...)))))))((((((....((((((.(((........)))))))))....)))))).)))))))).))...)))))))...))))...)))))))))..........((((((((((....)))))).)))).))))))))))))))).......((((...)))).(((((((....)))))))....))))))))..))))......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))....((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....(((((((...........(((((((((....))))))))).)))))))..((((((.((((.(((((((((((...............(((((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).))).(((((((((((((....)))))))))..))))(((((((((((...(((......)))...))))))...)))))))))))).......))))))))...)))...))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).................(((((((((....)))))))))..))))))))..))))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(((..((((((((((((.....(((((((.(((((.......)))))...)))))))....(..(((..((((...))))..(((((((....)))))))))))((........................................................................................((((((.(..........(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))))).....)))))))..............................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).....................................................................))..............................))))))))))..))).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((((((((.........((((((((((((.......))))))..)))))).(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).)))))...)).))).(((....)))(((((((...)))))))((((((....((((((.(((........)))))))))....)))))).)))))))).))...))))))))...)))...))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).......(((.....))).(((((((....)))))))...)))))))))..))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((.(((((((((..........))))))))).(((((((((((((.......)))))))..))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....)))))))))))))))..)))))))))).((((((.((((((((((...........(((((((((....))))))))).))))))))))..(((((.....((((((((..............((((((((....(((....)))......))))))))..((((((((........(((((..(((....)))(((((((...)))))))((((((..((((((................)))))).....))))))..)))))..))))))))))))))))((((.................)))).....)))))....))))))......((((...))))(((((((.....(((((.......((((((((..))))))))))))).)))))))...........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))..................................................................................................))))).....))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))..................................................................................................))))).....))))......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((...(((...(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.(((((..((....))..)))))))....(((((((((((...(((......)))...))))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....)))..........((((((((....))))))))...))))))))..))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...))))))....((((..((((((((((.......(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.(((((((((((...........(((...(((((..(((((.((((((((((((.((....)))))))).))))).).)).))).(((....)))(((((((...)))))))((((((....((((((.(((........)))))))))....)))))).))))))))......))))))))...)))...))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).......((((...))))((((((((....)))))))).))))))))))..))))......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................(((((....)))))..........................(((.(((................(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....))).....................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))............................................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((...(((...(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..((((((.(((((....((((.(((((......(((.(((((((....))))))))))))))).))))(((((.((((.((((((((((..(......((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.(((((..((....))..)))))))....(((((((((((...(((......)))...))))))...))))))))))))).)).)..))))))).....))).))))))))).........(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))).....))).......(..((((((((....))))))))..)))))))))..))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((.((........)).((.(......)))(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((..))))))))))))))))..(((((..)))))((((((.....(((((((......)).((((((((((..))))))))))).))))((((..((......).)..))))(((((..((......))(((((((..((....(...((((((((((.((....)))))))).)))))...)))).))))))))))(.(((((((...)))))))((((((..(.((((((((((((......))))))))))))))))))))(((...).)))))))).....).))).)))))))))(..)....(((.(((((((((((((..))))))).)))))))))(((.(.(((((((((((((((((...)))......(((..)))..)))))).).)))))))).)))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))..........................................................................................................................................................................................................................................................((...................(...............)....))................(.((..(...(.(.....(...(......)...)....))....)................................(.....(((.....(......(.....).)...)))...........................................)...........)).)............................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((..(((((....................(((.(((((((....)))))))))).........((((((.((((....((((((((.................(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).))).....(((((..((....))..)))))...........((((((.(((........)))))))))...........))))).........)))))))).........))))))))))........(((((((((((....)))))).)))))))))).)))))))))...............(..((((((((....))))))))..)))))))))..))))......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((...(((((((..((.((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..(((((((....))))))))))))))).((((..(((((.((((((..(((((((((.(......)..(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).)))..((.((((((..(....)..))))))))....((((((((((....(((......)))....)))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))))........(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))......)).))....(..((((((((....))))))))..))))))))...))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00287

			AGGCUGUAAUGGCUUUUAGUGGAACCAAGUAUUUUGGGAUAUUUGGCCUGGGAACGAAACUUCCUUACGGUCAGACAUGGAUUGCACGUUUCGUCUUUGGCGGAACAAGGGGUUUUGCCAAGUUUUGGUAGGGUUCUGCGCCAUGCCCUGUUGCUUCAACCGUCUUCCUGAACCCGCCUGUUAGGGCUUGUCUCGGCUGGUGUAGUUUUCUGUGCCAGUUGGAGGGUUUAGGGCUCUGAGUUAACGUGUCCCGGUUUAACAAUCAAUCGAUCUUCGCGGGUUGCUCGUUGGCAGACAGCGCGAGAAAUCCGUUGUUUCUGUCCGAUGCGGCAAUGUAAUCUGGUCAUGUGACCUCGCCUUGACCGCCAUUAGGGGAGAUUCAUCCAGCGAUGGCAAAGGCGACCCGUGAGAGAGGCGACUGGGAUGGCACUGUUCUUAGGGUUAACAAGUACAAGUUCGGUUUAUUAUGGACGGUGGAGUCUGGUAUUUCCUACCACAUGUUGGGUGUAAACUACUCUUAGGAACCACUAACU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......)))).((((((.....(((((((..((((((((((((..((...(....)...))..)))))))(((((.(.....(((((((.....)))))))..(((((((...............)))))))..)))))).............((((..(..((((((((.((................(((((((((((....))))))))))))).))))))))(((((((((..(..(((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....))))))))))..))).)))).)))))........(((((..)))))(((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))))))))))).)))...)))))))...))))..).)))))))))...........)..)))).)))).)...(...)..(((((((((.(......).)))))))))..))).))))........))))))...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))..(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((..(((..(((((((.....)))))))..((..(((((((((...)))))))))..))))))))))..)))..((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))))))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.(((((((.((((...((((((.(((((........))))).)))))).....)))))))))))((((....((((((((.........(((((.....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((.(((((((((.....(((....))).((((((((((((((((((((((((((((.........)))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).(((((.....((((((...(((......)))...))))))..))))))))))))))......))))))))).....)))))))))))).....((((...........))))..))))))))))))..))))).))))))))....))))...........)))))))..)))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((.....(((((((.....................................................................................................................................................................((((((....))))))..............................(((.(((((((..............(((((.((((.........(((...(((((.((....))))))).....)))...............................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....)))...............................................................................)))))))........)))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......))).(((((((..(((((((((....)))))))))((((((.(((((((...........................)))))))..((((((((((.....))))))))))....((((((((............)......(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((.....(((((((((((..............(((((((((((((((.((((((((((((((.((....)))))))..)))))).)))...............((((....)))).....((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).))...)))))))))...))....))))))))..........................)))))))))))).........)))))))....................))))))..)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......))).(((((((..(((((......((........((((((....(((((.(((((.((((((....).)))))..((((........))))....))))))))))...........(((((((..........))))))).((((..((((((((((((((((.((((....))))....((((((((((((((....))))))))))).))))))))))))(((((((..(..(((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....))))..(((((....(((((....(((......)))....))))).))))).))))))).))))...)))))))...))))..).)))))))...........................))))))).)))).(((((.....)))))....)))))).....))...))).))..)))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))((((((((((((((........((((.......))))....))))))).(((((((((((.....)))))))))))...(((((((((..........))(.....(((((.(((((((.(((((((((((((....))))...(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((((((((((...........(..((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))))).)))).(((((.(......(((((())))))...).))).))((((((.(.(((......)))..)))))))...))))))))))))).)))..)))))))))...)).)))))))))))..((........))............))))))))))))..)......)))))))...................)))))))..)))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))............(.((..(....................................................................................................................((..........((.............................................................................(..((((((.(((((............(((.((((((((((.....(((.((.((((((((.((....))))))))..))..)).)))...........................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....))).))))....................................)).......))..................................))).)............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))(((((((.((((........(((...(((((((.(((((......)))))...)))))))(((((..(((..((((((((...))))))))...((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))....((((((.((((((.(((((((((((((....))))......(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))((((((((.....((((...((((....))))..(((...((((((((((((((((((((((((((((.........)))))..)))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).....)))........))))....)))))))).(((........)))...........)))))))))))).))))..(((((((((.....)))..(((...)))...)))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))))).((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.(((((((.((((...((((((.(((((........))))).)))))).....)))))))))))((((....((((((((.........(((((.....((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((((..........((..(((.(((((((.((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))..........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))))..)).)))))))...)))).))))))))))).(((........)))...........))))))))))))..))))).))))))))....))))((....))...)))))))..))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))(((((((..(((((((((....)))))))))(({{((((......))))....)).................((((((....<<<))))))...((((((((>>>......[[))))))))...(((((.....((((((aa.aaaaaaa((((((((((((((....))))......((((((((((((....))))))))))))..))))))))))aaaaaaa.....aa..aaaa....................(((((((((((((((((((((((((((.((....))))))))..))).)))))).)))))........((((....))))(((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))....))))))AAAA)))))AA....AAAAAAA...........................AAAAAAAAA................]].......................}}....)))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....(((..((((((((((((.....(((((((.(((((......)))))...)))))))....(..(((..((....((...))....))..(((((..........((.....)))))))))))((.......................................................................................................((((((.(............(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))).)).....))))))).........................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).............................................................))..................))))))))))..)))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((...............(.((.......)...........((((...))))((((.....))))(((((.....)))))((((..........))))....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((((..............((((((((((.(((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).)))))))).))...))))))))...))).))))))))))).(((........)))...........)))))))))))).(((((.....))))).......).).........)))))))..)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...))))))(((((((..((((((((((..))))))))))((((((((((((((.(((...[[[[[[.....)))......))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((((.....(((({{{{{.....{{{{{.{{{{{{{.(((((((((((((....)))).....(((((((((((((....))))))))))))).))))))))){{{{{{{{......{{{{{{{{{.................(((((((((((((((((((.((((((((.........))))))))....(((...)))......((((((((((..)))))...(((]]]]]].....)))..)))))...)))))))........))))))))))))...))))}}}}}}}}}........}}}}}}}}..........................}}}}}}}}}}}}..}}}}}.))))))))...................)))))))..)))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....))).....((((......(((((..............................................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((..............(((((.((((......((.(((...(((((.((....))))))).....)))..))............................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))..))...........................................................................))))).........)))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....))).....((((......(((((..............................................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((..............(((((.((((......((.(((...(((((.((....))))))).....)))..))............................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))..))...........................................................................))))).........)))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((...((..(((((((.....)))))))..((..((((((((.....))))))))..)))).)))))..)))..(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...))))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((..............(((((...[[[[)))))...((((((((...))))))))...........(((.....))).(((((..........)))))...(((((.(((((((.(((((((((((((....))))...(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((((((((((..............((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))).........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))).))...))))))))...))).))))))))))).(((........)))...........)))))))))))).(((((.....)))))]]]]...............)))))))..)))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................(((((....)))))...............................(((.(((..................(((((.((((.........(((...(((((.((....))))))).....)))................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....))).......................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((.........(((.(((..(((.(((((...((..(((((((.....)))))))..((..((((((((.....))))))))..)))).)))))..)))..((((((.((((((.(((((((((((((....)))).....((((((((..(((....)))..)))))))).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).(((((.....)))))..))).)))..........)))))))..)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))(((((((((((((((((......))))))))((((((.(((((((...(.((..(((((..)))))..))).)))))))))))))(..).((((((((((((((((...((((((((((((...(((((((.(((.(...)))((((((((((.(((((.........((((((((((((((((((............))))))).)))......((((.............))))((((((((((..((((((((((((((((((..((((..(((((.(((((.(((..))))))))...)))))))).).....((...))(((((((.............)))))((((((((((((......))))))))))))..))...)))))))).)))).))))))..((........))..)..))))))))).))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))))))))))...))))).).))))..))))).).)))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((...........(((.................................)))..................(................................((.(................).))....................................).................).).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).(((((((..(((((((((....)))))))))(((((((..............................((..(((((((.....)))))))..((..(..(((((.....)))))..)..)))).............(((((..((((((.(((((((((((((....))))......(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))((((((((...(((((.((((((................(.((((((((.((((((((((((.(((((.((....)))))))...))).)))))).)))..........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).))))))))))))))..).....))))))....))).)).))))))))..........................)))))).)))))...................................)))))))..)))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))(((((((.((((........(((...(((((((.(((((......)))))...)))))))(((((..(((..(((((((.....)))))))..((..(..((((((...))))))..)..)))))))))))))....(((((.(((((((.(((((((((((((....)))).....((..((((..(((....)))..))))..)).)))))))))((((((((..((((((((((((............(((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)))))))..)))).)))))).)))))........((((....)))).((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))))))...)))).)))))))))))..........................)))))))))))).))))..((((((......(((.......)))......)))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00290

			AGAGCUGUAAUGGCUUUUGGUGGAACCAGGUGUCUCGAGAGUUCUGGUCUGGGUUCGAAUCCUACGGCCGGACGUGGUUGCAAUUAUACAACUCUUUGUGGGUUGGCGCCGCGCCCAAGCUCAACUGCACUUCCUCGUAAGAGGAGCCGAGUUUUAGACGUGUCCCGGAUUAUAUCGAUCUUUGCGGGGAGUCCUGGGCGAGACAUGAGAAGUCUGUCUUCGCUUAGGUACGGCAAUGGUACCACACGACGCACCUUGUGUCGUUGUGUGGUUUUCGCAUGCUCCUUCCGCUGAAGGGGAGUUUCAUCCAGCACAGCAGGAGUCACCCGUGAGGAGGCGGCCGGGAUGGCACUCGUCCUCGGUAUCAUUAAGCACGGCGGUGGGUUGGGAUUUCCUCGGGGCAUUUAGCCUCUGUUGGACACCUUAGGAACUACCAAAGUAUUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((.......)))))((((((..(.((((((((.(..((((((((((..((........))..)))))))((((((..........((((((.....))))))..))))))...................((((....)))).((((((...(.((.(((((((((.(........((((((((((....(((((((((((((.((....)))))))).))))))).............(((((((((((((...))).)))))))))).........(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))))))...).)))))...)))))))..))))))...)))...)..(((((.((((((((..((((..))))..)))))))))))))))))))))..)...)))))).............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....))).((((((((..(((((((((.(((....(((((((((((.......)))).)))))))...(((((........((((((.....))))))..(((.(((((((.((((.((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....)))))).))))))))).))......((.((((((((((((((...))).)))))))))))..))....((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))))).....)))))))))).............))))))))))))).......)).)))...)))))....))))))))))..))..))))))))........)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.((((..(((((((((((.......)))).)))))))((((((..(((((.(((((....))))))))))..))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((.((....(..((((((((((....(((((((((((((.((....)))))).)))))))))...((((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....))))))..((((((((....(((......)))....)))).))))...)))))))))))..)))))))))).....)))))))))).............))))))))))))).))))...(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((......(((((((...............................................................................................((((((....)))))).............(((.(((((((........(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))...................................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)))))...)))))))....)))............................................................................)))))))....))).......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))((((((((..((((((((((.(((...((((((((((((....).)))).)))))))((((((..(((((.(((((....))))))))))..))))))......(((((((.(((((((((....)))))((((((.....((((((((((((......((..((((((((((..(((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))........))((((...((((....(((......)))....))))))))....))))))))))))...)))))))).....))))))))))...............))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..))))))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((..((((((((((.......(((((((.(((.......)))..)))))))((((((..((((..(((((....))))).))))..))))))......(((((((.(((((((((....)))))((((((.......(..(((((((..........((((((((((..(.(((((((((((((.........)))).)))))))))..).........(((((((((((((.....)).))))))))))).................(((......................)))........)))))))))).....))))))).......)..))))))...............))))))))))).........((((.....)))).....))))))))..))..))))))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......)))))((((((..(.((((((((...(((.(((((((.(((.......)))..)))))).((((((..........((((((.....))))))..))))))((((.(((....(((....((((....)))).((((((...(.((.(((((((((.(........((((((((((....(((((((((((((.((....)))))).)))))))))............((((((((((((((...))).)))))))))))........(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))))))...).)))))...)))))))..))))))........))).)))..))))...((..(((....)))..))..).)))....))))))))..)...)))))).............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))((((((((..((((((((((.(((...(((((((((((((())).)))).)))))))((((((.((((((.(((((....)))))))))).)))))))......(((((((.(((((((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).(((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....)))))((((...((((....(((......)))....)))))))).)).))))))))))..))))))))))).....))))))))))...............))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..))))))))...........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.......))................((((((....................................................................................((.((.((..................((((......(.((((.(((((......(((.((((((((((.......((((.(((((.((....)))))))..)))).......................................................(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))))))..))))))))....)))..)..)))))..............)).))))................)................)))))............................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((....((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))((((((..........((((((.....))))))..))))))(((((.((((.((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.((((((((((....(((((((((((((.........)))).)))))))))...((((.(((.((((((((((((((...))).)))))))))))..)))..))))..((((((((....(((......)))....)))).))))...))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))......))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).((((((..(((((((((.(((.((.(((((((((((.......)))).)))))))((((((..((((..(((((....))))).))))..))))))((((.(((((.((((....((((....)))).((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).(((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....)))))....(((((((....(((......)))....)))).))).)).))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............)))))))))))))....(....)(((.....))).)).))))))))))..))..)))))).............
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))((((((((..((((((((((.......(((((((((((.......)))).)))))))((((((.((((...((((([[..)))))]])).))))))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((....(({{.((((((((......(((.((((((((((..(((((((((((((((.........))))).)))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))........))((((...((((....(((......)))....))))))))....))))))))))..)))))))))))...)).}}.)))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))....))))))))..))..))))))))...........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))....(((..((((((((((.......(((((((.(((......)))...)))))))....(.(((........................))))((.................................................((((((.(......(((.((((((((((..(((.....(((((((.((....))))))))......).)))...........................................((((((....(.(..(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))))))..))).)))))...))))...............................................................)))).............))))..))..)))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))))).((((((..(((((((((.(((.(..(((((((((((.......)))).)))))))((((((..((((..(((((....))))).))))..))))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((.(((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).((...(..((((((((((((((...))).))))))))))).....)..))((((...((((....(((......)))....))))))))..).))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))).))))))))))..))..)))))).............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((......[[[[[[[[[....[[[[[[[[.[[[...(((((((.(((((..)))))...)))))))((((((..........((((((.....))))))..))))))[[[[[.....[[[[[...(((((....)))))[[[[[[.....[[[[[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[....(((((((((((((.........))))).))))))))............((((((((((((((...))).))))))))))).........(((((((....))))))).......[[[...))))).]]]....]]]]]]]]]].....]]]]]]]].....]]]]]]]]]].............]]]]]...]]]]].....]]](((((.....)))))....]]]]]]]]......]]]]]]]]]..........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((......(((((...................................................................................................((......))..........((....(((.(((((((........(((((.((((....(.(((...(((((.((....)))))))....))).)...................................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....)))..)).........................................................................)))))....)))).......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((......(((((...................................................................................................((......))..........((....(((.(((((((........(((((.((((....(.(((...(((((.((....)))))))....))).)...................................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....)))..)).........................................................................)))))....)))).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))(((((.(((.......((((((.....))))))))))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((.(((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))....))..((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))))......)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...))))))(((((((....(((((((.(((....((((((((((((....).)))).)))))))((((((.((((((.(((((....)))))))))).)))))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).(((.((..((((((((((((((...))).))))))))))).....)))))((((...((((....(((......)))....)))))))).)).))))))))))..))))))))))).....)))))))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))..))))))))))......)))))))............
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................(((((....)))))..............(((.(((............(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))....................................................((((((.....(((....(((......)))....)))..)))))).)))).)))))(.....))))....))).................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))((((((.((.......((((((.....))))))))))))))(((((.((((.((((...(((((....)))))((((((.....((((.(((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....)))))).))))))))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))....))..((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))))......)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..(((((((((.((((((.(((((((((((.......)))).)))))))(((((.(((.......((((((.....))))))))))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((((.(((((((......(((.((((..(((((((((((((((((((((.((....))))))).)))))))).))(((.((((.((((((((((((((...))).)))))))))))...).)))))).((((.((((....(((......)))....)))).)))))).))))..))))..))))))))))......)))))))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))..))))))))))..))..)))))))............
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((.....))))(((((.(.(((((((...(((..))).)))))))........((((((..((.(..)((((((.((((((.((((......))))))))).))))))).((((...(((((.((((((((((..))))))..((......)).(((((.(((........))(((((((((((((.(((((..((((((...........))))..(((.......))).((((..(((((((((((((...))).))))))))))....).)))(((((((((....)))))))))..((......))))))))).)).)))))))))))..(((((((..(((....)))))))))..)....))))))..)))))))))(((..))).(((((........)))))))))...))..)))))).))))))....)......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................((.......))............(.(...((......(................(((.............))).)................(.................((.(..........))).......................................(..((....)).)................((.....))................)..)))...................)..........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.......(((((((((((.......)))).)))))))(((((..((.......((((((.....)))))))).)))))((((.((((.(((((...(((((....)))))((((((..........(((((((......(((.((((..((((..(((((((((((((((.((....))))))).)))))))).)).........((((((((((((((...))).))))))))))).........(((((...((((....(((......)))....)))))))))...))))..))))..))))))))))..........)))))).............)))))))))))))........(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....)))))(((((((..((((((((((.(((...(((((((((((.......)))).)))))))((((((.((.......((((((.....))))))))))))))(((.(((((.(((((...(((((....)))))((((((.....((.(((((((((......(((.((((..((((..(((((..((((((((.((....)))))).))))..))).)).((......((((((((((((((...))).)))))))))))....))..((((((...((((....(((......)))....))))))))))..))))..))))..))))))))...))))))...)))))).............))))))))))))).....)))(((((.....)))))....))))))))..))..)))))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((..(((.....))))))..((((.(((((((((((((((.......)))).)))))))...(((((........))))).....(((((((....)).))))).)))).........(((((....)))))..)))).......(((((...(((((.....)))))...((((....)))).((((((((.((....)))))).))))...(((((.......)))))..(((((((.....))))))).((((.......)))).((((((......))))))...(((.............))).....((((......))))..((((((.....))))))............)))))..(((((..((((.....)))).(((.....))).(((..........)))...))))).(((......))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00292

			AGGCUGUAAUGGCUUUCUGGUGGAAUGGGAUACGUUGAGAAUUUUGGCCGAGGAACAAAUCCUUCCUCACGGCCGGACACGGAUUGCACGCCCUUUGGGCAAGGAGUAGAAUUUCUAUUUCGCGCCGUGCCCUGUUGUGGCAACCGUCUUUCCCCCGUCGUUGGUUUGUCCUGGGCAGAGCUGUCUGCCCGGAGGCGGGGGAGUCCUAUCUAAAGUGUCCCGGCUUAAAUAAAUCGAUCUUUGCGGGCAGCCCAUUGGCAGGAGGCGUGAGGAAUCCGUCUCUCUGUCUGGUGCGGCAAUGUAGUUCUGGGUCCCUUAGGGGCUCCACCUUCACCGCUGUUAGGGGAGUUUUAUCCAGCAUCAGCAAAGGUGACCCGUGAUGGAGGCGGCCGGGAUAGCACAUAUUAGUGGGAUAAUCGUGCAAAUUUAUCGCUUCGGUGGUUUAAAUUGGCGGUACCAUCAGGAUUUACUCUCACAUUGUGGUCAUACCUUCUGGUGUGAGUGUGUAUUCCAAACCAUUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......))))...(((((...((.((((((.((((((((((((((.((...(.....)...)).))))))))(((((.(.....((((...))))..(((((((.....)))))))..)))))).((((..((((..((((((....(((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))).)).(((((((.(((.(((((((((((............((((((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).))).....(((((((((...))).)))))).((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))))))).)))...)))))))...))))...)))))))))).....((..((((..(((...))).))))))....)))))).))))))))))))..)).(((...))).(((((((....))))))))))))).)).....))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))).....(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((..(((..((((...))))..(((((((.....))))))))))))))..((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...))))))))).............((((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...))))))))))((((..((((......)))).))))......(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))......(.(((((((....))))))).)..))))))))..)))))...))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......)))))..))))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((...)))))))))))))))).((((..((((...(((((..(((((((((...((....))(((((((((....))))))))).)))))))))(((((((......((((((((((...(((..((((((...((((...(((....))).(((((((.((....)))))))))))))..))).)))...)))..(((((((((((((.((((((((.(((...........))))))))....))).((....)).)))).)))))).....)))..))))))))))..........))))))).........((((((((((....)))))..))))))))))..))))))))......)))))........(((((((....)))))))...)))))))))..))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((..(((((((.............................................................................................................................................((((((....)))))).........................(((.(((((((............(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....)))....................................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....))).........................................................................................................)))))))..))))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......))).....((((..((((((((.........(((((((((((((.......)))))..)))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.((((....).))))).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........((.((((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((............((((((((((..(((....(((((((((((.((....)))))))).)))))((((((..............(((((((...)))))))..(((...........)))(((......))).)))))).....)))..))))))).)))...)))))))))...))...))))))))))......................................................((.((((((((..((.....))....)))))))).))))))))))..))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))....(((((..((((((((((........(((((((.((...(.....)...)).))))))).(((((.......((((...))))..((((((.......))))))...))))).((((..((((...(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))(((((((.(((.(((((((((((............(((.((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).)))...........(((((((...)))))))((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))))).).)))...)))))))...))))...)))))))))).((((................))))..........)))))..)))))))).......(((((((((.((......))..))))))))).))))))))))..))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(((((..((((((((.........(((((((((((((.......)))))..)))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.((((....).))))).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((........((..((((((((((..(((..(((((((((((((.((....)))))))).)))))((((((.............((((((((...))))))).)(((.((....))..)))(((......))).))))))..)).)))..))))))).))))).)))))))))...))...)))))))))).............(((((((...............)))))))............((.(((((((((.((.....))..).)))))))).))))))))))..))))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......)).............(.((((....................................................................................................((..........((...............................................................(.((((((.(((((..........(((.((((((((((.....((((...((((((((.((....)))))))).))....))))................................(((((.....((((.....(((......))).....))))..))))).))))))).)))..))))))))....)))..))).)...........................................)).......))............................................)))).).............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((...)))))))))))))))).((((..((((..((((((..(((((((((...........(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.......((((((((((...........(((...(((((..((((((...(((((((((.........)))))).)))....))).)))...........(((((((...))))))).....(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))))))......))))))))))...........)))))).........((((((((((....))))..)))))))))))).))))))))......)))))........(((((((....)))))))....))))))))..))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.((((....)))).)).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))...........(((((((...)))))))((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).)))))))).))...)))))))...))))...)))))))))..(((((........(((((....)))))........))))).((....))......)))))......(.(((((((....))))))).).)))))))))..))))).....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))...(((((..((((((((.........(((((((((((((.......))))))..))))))).((<<.<<<<.<<<.....<<<<..(((((({{.....))))}}...))))>>>>((..>>>>>>>>>(((..(((((((((...((.....))((((((((....))))))))..)))))))))((((((.((((.(((((((((((...............(((((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))).)))))).)))...........(((((((...))))).))....(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))))).......))))))))...)))...))))))))))..[[.....((((((((((....)))))..))))))))]]......))......((.(((((((((.((.....))...))))))))).))))))))))..))))).....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(((..((((((((((((.....(((((((.(((((.......)))))...)))))))....(..(((..((((...))))..(((((((.....)))))))))))((........................................................................................((((((.(..........(((.((((((((((..((((.....(((((((((.((....)))))))).....)))))))..............................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).....................................................................))..............................))))))))))..))).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((.((((.(((.....(((((.((.((.(((......))).)).)).)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))..........((((((((...))))).)))....((((((((.....(((......))).....))))...)))).)))))))).))...))))))))...)))...)))))))))..(((((....(((.(((((....)))))...)))..))))).((....))......)))))......(.(((((((....))))))).).)))))))))..))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.[[[[[.............[[[[[[[[[[[[[[[..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((.......((((...))))..((((((((...))))))))...))))).[[[[..[[[[..[[[[[[.((((((((((...........(((((((((....))))))))).))))))))))............[[[[[[[[[[...............[[[[[[[)))))....(((((((((((.........)))))).))))).((((...............(((((((...))))))))))).(((((((((.....(((......))).....))))...)))))]]]]]]].......]]]]]]]]]]((((.................))))......((((((..)))))).......]]]]]].]]]]]]]]......]]]]]........(((((((....)))))))..]]]]]]]]]]..]]]]].....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((...(((((...................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))....................................................................................................)))))...))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((...(((((...................................................................................................................................................................................((.((((.(((((((............(((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))....................................................................................................)))))...))))......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((...((..((((...))))..(((((((.....))))))))).))))).((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))))..............(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))........(((((((....)))))))....))))))))..))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...))))))...(((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.......))))))..))))))).((((.((((.(((.....(((((.....((((...))))..........)))))....)))))))))))...(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((((((...........(((...(((((..((((((((((((((((((.((....)))))))).))))).)))).)))..........((((((((...)))))).))...(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))))))......))))))))...)))...)))))))))).........((((((((((....)))))..))))).....................)))))........(((((((....)))))))...)))))))))..))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................(((((....)))))..........................(((.(((................(((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....))).....................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))............................................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((...((..((((...))))..(((((((.....))))))))).))))).((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...)))))))).....))).))))))))))..............(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))......(.(((((((....))))))).)..))))))))..))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((....((((((...)))).))..))))))....((((((.((....))))))))((((((((((((.(((((((((....(.((((...))))...)(((((((......))..(((.(.((((((..)).))))).)))(..(((((((((((..)......((((((((((..)))))))))))))))))))))..))))).)))))))))((((........))))(.((((..(((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).)))))......(((......))).))))))))..)))).)..((((((..(.((((((((((((......)))))))))))))))))))).)))))).))))).((.((((((.(((((.....(..)(((((..........)))))(((..)))(((((((((((((((..))))))..)))))))))(((...))).((((((((..)))))))).)))))))))).).))..).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.........(.(((..........................................................(..(((.........((.....(....)))..............((.....((((..................))))).)....................))).)....))).)...............)...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..((((((((..(((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))(((((..(((..((((...))))..((((((((...)))))))))))))))).((((..((((..((((((..(((((((((....(.....)..(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((....((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).))).............((((.....))))........((((((((.....(((......))).....))))...)))).)))))))).))...)))))))).........))))))))))..........(((((((((....)))))..)))).)))))).))))))))......)))))......(.(((((((....))))))).)..))))))))..))))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))....((((..((((((((..(((((.....((((((((((.......))))))..))))...(((((..(((..((((...))))..(((((((.....))))))))))))))).((((..((((..((((((..(((((((((...((.....)).(((((((....)))))))...)))))))))((((((.((((.(((((((((((........((.(((...(((((..((((((..((((((((((.((....)))))))).))).)..))).)))..........((((((((...))))).)))...(((((((((.....(((......))).....))))...))))))))))))).))...)))))))...))))...))))))))))..............(((((....))))).......)))))).))))))))......)))))........(((((((....)))))))....))))))))..))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00294

			AGGCUGUAGUGGCUUUCUGGUGGGAUGGGAUACAUUGGGAAUUCUGGCCGAGGAACAAAUCCUUCCUCGCGGCUGGAUUGCACGCCCUUUGGGCAAGGGGUGGUUUUCUACUCCGCACCGUGCCCUGUUGUGGCAACCGCCUUUUCCCUGUCGUAAAUUUGUCCUGGGCAGAGCUGUCUGCCUGGAGGCAGGGGAGUCCGGUCUGAAGUGUCCCAGCUAAAAUAAAUCGAUCUUGCGGGCAGCCCGUUGGCAGGAGGCGUGAGGAAUCCGUCUCUCUGUCUGGUGCGGCAAGGUAGUUCUGGGUCCCUUAGGGGCUCCACCUUCACCGCUGUUAGGGGAGUUUUAUCCAGCGUCAGCAAAGGUGACCCGUGAUGGAGGCGGCCGGGAUAGCACAUAUCAGUCGGAUAAUCGUGCAAGUUGAUCGUUUCGGCGGUUUAAUUUGGCGGUGCCAUCAGGAUUUACUCGCACAGCCAUUCCCUUGGGAAUGAGUGUAUUCUGAACCAUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......))))...(((((..(((((((((((((((((((((((((.((...(.....)...)).))))))))(.....((((...))))..(((((((....)))))))..)......((((..(((((.((((((....(((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))).)).(((((((.(((.(((((((.(((............(((((((((..((((((((((.(((((((.((....)))))))))..))).)))).))).....(((((((((...))).)))))).((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).)))))))..))...))).)))...))))...)))))))))).....((..(((((.(((...))))))))))....)))))))))))))))))))..)))......((((((....)))))).))))))))))..)))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....))).....(((((..((((((((((.((....((..(((((((((.......))))))..)))..))..((..((((...))))..(((((((....))))))))).))....((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))..((((.((((.((((....((((..........(((((((..(((.((....(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).)))))))...(((.(((((((((.(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).)....)))).)))).))))))))))).))))))))..........(((((((((((....)))).))))))))))))))))))))))...............((((((....)))))).))))))))))..)))))..))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((...(((((((((((((((...((((.((((((.......))))))((((.((((..((.((((((((....))))))))))..))))..))))...((((((((..(((((.((((((..(((((((((.((....))..(((((((((....))))))))).)))))))))((((((.((((..((((((.(((.......(((.(((((((((((((((....))).(((((((.((....))))))))).)))))......))))))).....((((((((((.((((((((.(((...........))))))))....))).((....)).)))).)))))).)))......))).)))))).......))))))))))........(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))........)))).)))))))))....).....)))))))))...)))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....(((((((....................................................................................................................................((((((....)))))).........................(((.(((((((............((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....)))....................................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).))..))...)))))))....)))................................................................................................)))))))....)))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((...(((((((((.......(((((((((((((.......))))))..)))))))...............(((.(((((((....)))))))......)))((((..(((((.((((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.(((.........(.(((((((..((.(((....(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).))))))).).....((((((...))))))......(((((((((.....(((......))).....))))...)))))..............))).)))).....))).))))))))))..(.............(((....))))........)))))))))))))))...............((((((....)))))).)))))))))...)))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))....(((((..((((((((((..(....((((((((.((...(.....)...)).))))))))...)..((((...))))..(((((((....)))))))....((.(.((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.((........(.(.((((((........((((.(((.(((((((.((....)))))))))..)))....)))))))))).).)....(((((....(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).....)).))).)).)))...))))...))))))))))..............(((((....))))).......))))))))))))))).....).))......((((((....)))))).))))))))))..)))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((((((((((......(((((((((((((.......))))))..)))))))..((((((((...))))..(((((((....))))))).....))))((((..(((((.((((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.(((.........(.(((((((..((.(((....(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).))))))).)....(((((((...))))))).....(((((((((.....(((......))).....))))...)))))..............))).)))).....))).))))))))))(((.............(((....))))))......)))))))))))))))...............((((((....)))))))))))))))))..)))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))................((((((.................................................................................................((.............................................................((((((......(((.(((((..........(((.((((((((............(((.(((((.((....)))))))..)))......................................((......(((((((.....(((......))).....))))...))))).)))))).))...))))))))....))).......)))))).........................................)).......................................))))))...............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...(((((..(((((((((((......(((((((((((((.......)))))..)))))))).(((..((((...))))..(((((((....))))))))))..((((((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))((((((.((((.(((((((.(((.......(((((((((((..(((..(((..(((((((((((.........)))))).))))))))))).))))))).....((((((((((.((((((((.(((...........)))))))))))..............)))).))))))))))......))).))).....)))).))))))))))........(((((((((((....)))).))))))))))))))))))))))........))))...((((((....)))))))))))))))))..)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(.(((((((.((.(((...((((.(((((((.......))))))).(((.((.((((.(((.....(((((.((.((((.........)))).)).)))))....)))))))))))).((((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))).))))))).))))))))).((((((.((((((.(((((((..(((..(((..(((((((((((.((....)))))))).))))))))))).))))))).(((((((((((((((.(((.((.(((((....((((.....(((......))).....)))).)))))))))).))).)).)))..))))))).((((.((((.....))))...))))..(((((.....))))))))))).))))))..).))))))))).....))))))))))......((.((((((....)))))).)).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......))))...(((((..(((((((((((......(((((((((((((.......))))))..)))))))......(((.....)))..(((((((....))))))).....((((((((..(((((.((((((...((((([[[[.......((((((((((((....))))))))).))))))))(({{{{{.{{{{.....(((((.............(((((((..(((..((...(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).)))))))....)))))...........))......(((((((((.....(((......))).....))))...))))).............]]]].......((((...}}}}}}}}}.....))))......(((((....))))).......)))))))))))))))........))))...((((((....)))))))))))))))))..)))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(((..((((((((((((........((((.(((((.......)))))...))))....(((...............(((((((....)))))))))).((........................(..(((((...........((((((((......)))))))).)))))..)...............(((((.(..........(((.(((((((((.(........((((((((((.((....)))))))).)))))....................................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))..)))..))).)))))...).)).....................................................................)).......................))))))))))..)))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((...(((((((((.(.((..(((((((((((((.......))))))..))))))))).)..((((...))))..(((((((....))))))).....((((((((..((((((.(((((..(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.((((((................(((((((..(((..((...(((((((((((.((....)))))))).))))).))))).))))))).....((((((((.((.(((.(.((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))))))).))..)).)))..))))))...)))...)))))))))..........((((((((((....))))).))))).)))))))))))))))........))))...((((((....)))))).)))))))))...)))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.......(((((((((..((((((((...............(((((((.......))))))).(((((((...[[[[[[....(((((.(((((((....)))))))......)))))....((((...))))..((((((((((...........(((((((((....))))))))).)))))))))))))))))....))))))))((((((.(((((((.(((((((((...))))....)))))]]]]]]......((((((((........(((((............(((((((...)))))))((((((...(((((................)))))......))))))..)))))..))))))))(((((((.((((.................)))).........)))))))))))))).))))))....))))))))).........)))))(((((((..)))))))......................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((........................................................................................................................................((......))........................(((((((.(((((((............((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).))..))...)))))))....))))..)))...........................................................................................))))).....)))).....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((........................................................................................................................................((......))........................(((((((.(((((((............((((.((((......((.(((...(((((.((....)))))))....)))..)).................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).))..))...)))))))....))))..)))...........................................................................................))))).....)))).....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(((((((((.((.(((...((((.(((((((.......))))))).(((.((.((((.(((.....(((((.(((((((....)))))))......)))))....)))))))))))).((((((((((.........(((.(((((((....)))))))))))))))))))).))))))).))))))))).((((((.(((((((.....(((..((((((((.(((((((((((.((....)))))))).)))))....)))).......(((((((((((((((.(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).))).)).)))..))))))).((((.((((.....))))...))))..))))..))).....))))))).)))))).)).))))))))).....)))))))))).........((((((.[[[))))))....]]].....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..((((((((((.......(((((((((((((.......))))))..)))))))......((((...))))..(((((((....))))))).....((((((((..(((((..(((((.((((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))))..(((.((...................[[[...(((((((..(((..(((..(((((((((((.((....)))))))).))))))))))).))))))).(((((((((((((((.(((.(.((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))))))).))).)).)))..))))))).[[[[.[[[[)))))]]]]...]]]].((((..((((....))))]]])))).))))).)))))))))........))))...((((((....)))))).))))))))))..)))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................(((((....)))))..........................(((.(((................((((.((((.........(((...(((((.((....)))))))....))).....................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).))..))(.....))))....)))....................................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(((((((((.(..(....((..(((((((((.......))))))..)))..))......((((...(((((.(((((((....)))))))......)))))....).))).((((...((((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))))..)))))..).))))))).((((((.(((((((...(..((((..(((((..(((((((((((.((....)))))))).))).))..)).))).((((.(....(((((((...))))))))))))(((((((((.....(((......))).....))))...)))))))))..)..((((((..(((..(.((((.((((.....))))...)))).).)))..))))))..))))))).)))))).)).))))))))).....)))))))))).((((....))))........................
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......).((((...((...))...((((((((.....(((((((..(((((((.......))))))).((((((((((.((((((((((..))))))))))....(((..(((((...))..(((((..)))))((((((...((((((((...(..)...((((((((((..))))))))))))))))))((((((...((.(((...(((((((((.((......))((((((..((....(...((((((((((.((....)))))))).)))))...)))).))))))))..)))))...)))))))))))((((((..(.((((((((((((......))))))))))))))))))).(((...).)))))))).)))..)))..))))))))))((.(.(.(((.((((((((.((((..)))).)).))))))))).))))..))))))).((..((...))(((((((..))))))))))))))))).).)))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...)))))................................................................................................................................................................................................................................................(..(.(...........(............(.(................)..).....)..........(.....(...(.(...(......)...).)..).....)....(..(((......(.(..((..............(..((....))...)........................))............).)...)))...)...............).)..).......................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......)).......(((...(((((((.........((..(((((((((.......))))))..)))..))......(((.....)))..(((((((....))))))).........((((...((((..(((((..(((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))).(((((.((((.......................(((((((...((.......(((((((((((.((....)))))))).)))))...))..)))))))......(((((((((....(((((.(((...........))))))))........((....)).)))).)))))............................)))))))))....................................))))).)))).))))...............((((((....))))))...)))))))...)))......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((..(((((((((.(((((((((.(..(....((..(((((((((.......))))))..)))..))..((.(((.....(((((.((.((((.........)))).)).)))))....))))).((((...((((((((((.........(((.(((((((....))))))))))))))))))))..)))))..).))))))).((((((.(((((((.....(((..((((((((.(((((((((((.((....)))))))).)))))....)))).......(((((((((((((((.(((...((((((....((((.....(((......))).....)))).)))))).))).))).)).)))..))))))).((((.((((.....))))...))))..))))..))).....))))))).)))))).)).))))))))).....)))))))))).((((....))))........................
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00301

			CGCUGUAAUGGCUUGGUCGAAGUGUUUAGUACUCCCAAUAGUGCAUGUUCGGUGGUCUCGGGUUCGAGUCUCGCUUUCGAUCCCUCGAUCUGCCACGUCUGUUCGAAGAGUAGUCUUCGUGGCAACUGGCAGUUAAACCGUGUAGUACCGAUGGAGGUUGGAAACAAUGCACAUCACUACCGGGUCUUGGGCAGUGCGAUAGCGAUGGGAUUCACCUUCGCAGGAUGUGCAUGGAAGUAUAAACACAACGGUCGUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((.......)).((((((..((((((.(((((.((....((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((.(((((..(.(.(.((((((....)))))).)).)..)))))((...))(..((((....((((....(((....)))....)))).))))..))))..))).....))).)))...))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))).((..((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((...))))..((((((.(((((((.....(((((((((..((((....((((..((((((((((.(((((..(((((.((((((....((((((((((....)))))).))))..)))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))...)))))..)).))).)))))...)))))))))))))..)))))))))))).)))))))))).)))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((..(((((((........................................(((.(((((((.(((((((((.......(((....(((.((....)).)))....)))............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))....)))))))....))).............................)))))))..)))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((..(((((((.((((.((....((((((((((.....((..(((.(((((.......))))).)))..)).((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((..(((((((.((((.((....((((((((((.........(((.((((.........)))).))).....((((((.((.(((.((((((....))))))..))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((............)))).)))))))))))).)))))))))))..)))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).((((((..((((((.(((((.(((.(.(((((((.......(((..(((.((((.........)))).)))..)))((((((...((...((((((....)))))).))....))))))......))))...))).).))).)........(.(((((((((....((.......))...........((((.((......)).))))..))))))))).)..))))))))))..))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((..(((((((.((((.((....((((((((((....(((..(((.(((((.......))))).)))..)))((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...))))))))))))..................((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).........(((((..................((..((.....................((((.(((.(((((((((....((.((.((((((((((....))))))).)))))))...........(.((((....((((....(((....)))....)))).)))))..))))))))..)..))).))))..................))..)).............)))))..........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((...))))..(((((((.((((.......((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((((((((....((((((((((....)))))).))))..)))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))))))..))).....))).)))...))))))))))))))).))))))))))...))))))))))).)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).((((((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..(((((..(((((((.((((.((....((((((((((..........((...(((((.((((.(((..(((.....((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).....))).....))).))))....))))).))......)))))))))))).)))))))))))..)))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))....(((...((.((..((............((..........))....((.(((((((((((.(((((.(((((((....(.(..(((.((((.((....)).))))..)))).)...........((((((.(..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))).)).).)).))).)))))...)))))))).....................)).))))....))).....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).((((((..(((((((.((((.((....((((((((((.((((....(((...((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))).))))))).)))))))))))).)))))))))))..))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((..(((((((((((((((((........(((((((((((((((..)))))......((((((((.......((((((........((((((....)))))).......)))))).....((((.........)))).))))))))...[[[[[[[[[)))))))))).))))).)))))....((((............))))..]]]]]]]]].......)))))))..))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))...((((...(((((...................................(....((((.(((((((.(((((((((....((..((....(((.((....)).)))....)).))...........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))....)))))))....))))..)..........................)))))...))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))...((((...(((((...................................(....((((.(((((((.(((((((((....((..((....(((.((....)).)))....)).))...........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))....)))))))....))))..)..........................)))))...))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).((..((..((((((.(((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).((((((..(((((((.((((.......((((((((((.((((....((((..((((((((((.((((((((.....((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).....)))..)).))).)))))...))))))))))))).))))))))))...)))))))))))..))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((...))))..((((((.(((((.......((((((((((...........(((((((.((((...((((....)))).((((((........((((((....)))))).......)))))).........(((((...((((...((((....))))...))))))))))))).))))))).........((((............)))).))))))))))...))))))))))).)))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................(((.(((.....(((((((((........((....(((.((....)).)))....))..............(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))..............................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..(..((..(((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((.((((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).)...))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..)...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).((((((...((((((.((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).))))))))))...))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).((..((..((((((.(((((.(((....(((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..(((((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))))))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))..))..))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........)))(((((((((((.((((.(((...((((..(...((((((((((....)))..(((((((((((.((((((..(((((..((.(((((((((((..))))))).)))))).)))))..))((((.((((..(.((((((..((((..))))..)))))))))))))))....))).).).))))))))).)..)))))))....).....)))).))).)))))))))))))))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...))))...........................................................................................................................................................................................(......(....).)...........(.......)......................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..(..((..((((((..((((.((....((((((((((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((((((((((....)))))).)))))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))))))))))).)))).))))))..))..)...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..(..((..(((((((.((((.(((....((((..(((.((((....((((..((((((((((.(((..(((..((.((((((.((.((..((((((....))))))...)))))))))).....(((.(((((...((((...((((....))))...)))))))))))).))..))).....))).)))))...))))))))))))).)))..))))))).)))))))))))..))..)...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.((((.....)))).....(((((......)))))..))).(((((.((((....))))..))))).((((....)))).((((((.((.(((.((((((....))))))..))))))))))).....((((.........))))..((((....))))......(((..((........))..))).(((.(((..((......))..)))....(((((......))))).........)))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((..[[[)))).....(((((......)))))..)))..(((((..((((..]]]..)))).....((((....)))).)))))...(((.((((((....))))))..))){{{{)))))....((((.}}}}....))))...(((....))).((((((((((.(((.....)))..)))......(((..((......))..)))..))))))).(((.................)))..

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RNA: SRP_00302

			UGACUGUAACGGUCAUAAGCCCAAGACGAGCCCACACUCCCAAUUCUUCCACUCAAAAAUCUCAAUCUAACGAUUGAAGCUACCAACAGUGCCCAGUCCGAACACCGCGGUGACAGUCCACUCGUGCGGGAAACCCACGAUGCUGGUGUUGUCUUGAGCAAUGAAGAUGAUUUCUUGAGGGAGGUUUCACUCUGCAGAGAGCUCUUCACCUUAGUGUGGCGGUAUUGAAUUACAUUUGUUGUGUGGUUUGGAGAGGGGAUUUGGGUUGGGUCUCUACUUUUGCAGUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.......)))).((...(.(((.(((..(.((.(((.((((.(((..((.((...(.((((((....)))))).)...(..(..(.(..((((.(..((((.(.((..(..(((((.(((((.((....)))))))))..)))..)...(...)...((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))))).).))))....).)))).....)...)..)..)....))))...))))))).))).)).)...)).).))))...))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((.....((((((..(((((((.(.((((.....................((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((((((((.((....))))))).).)))...))))....))..((((((...(((((.(..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))..)))).)))).))))..))))))....))).)))))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..(((.....(((((......(((((...((((..((((.(((..........((((((....)))))).(((((((((((.......((.....(((((.((((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...(((((....((((......))))..)))))..))))))..........)))))...)).......)))))).))))).)))))))))))..))))))))))....)))..)))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((..((((((............................((((((....))))))...........(((.(((((((..(((((((((......((...(((((.((....)))))))....))...............((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).................................))))))..)))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((..............(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).((((((((((.........(((.((((...(((((..(....((((((.((....)))))))........(((((((........)))))))............................)....).)))))...))))..)))..............))))).)))))...))).))))).))))).)))).))).))).))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..................((.(((.....(((((.(((....(((.......((((((....))))))..((((((((..........((..((((...(((((........(((((.((....))))))).................................................................)))))...))))...))...............)))).))))....)))...))).)))))..)))..)).....)))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......)))).(.((..(((....(((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((.(....(((.((((.(.(((((....(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((.(....).)))))))).((((....(((......)))....)))).....))))).).))))..)))....).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).))))).....)))..))..)...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....))).(((..(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....))))))((((((((((((((..(((((((.((((.(.(((((.((.(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........))))))))((((....((((......))))()))))....))))))).).))))..))).)))).....)).)))))).))))))..))).))))).))))).)))).)))..)))))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))...........(..(((((......((..........................................(((((..((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....))))))).).))).)))............(((((.....((((....(((......)))....))))..)))))))))))))))..))).)))))....))...)))).)................)).......)).)))..)............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((....(((.(((..(((((((((((....))))))......(((((((((.(((....((((((((((((......)))(((((.........)))))))).))))))...))).))).((((((...(((((....((((......))))..)))))..)))))).............(((......)))..))))))...))))).))).)))...))))).)))).))).....))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....(((((......(((((...((((..((((.(((..........((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((...(((((.((.(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........)))))))).((((...((((......))))...))))...)))))))...))))..))).)))).....)).)))))).))))).)))))))))))..))))))))))....))).))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......(....(((((((.....(................(....)....................(.((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...))).))))))........((((((.((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...)))).)))))).......................).)).)))..).)..).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....(((((......(((((...((((...(((.((...........((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((...(((((....(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........)))))))).((((...((((......))))...)))).....)))))...))))..))).)))).....))).))))).)))))..))))).))))..))))))))))....))).))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...)))))).((((((((((.....[[[[[[[......(((((..(((((.....((((((....))))))......(((((....(((((.....((((..)))).........(((((.........))))).))))))))))..)))))....))))).....))))).....)))))....((((((((..(((((((....]]]]]]]........((((((((.....)))))))))))))))((((((((...))))))))...))))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))........((((...(((((..................................................((...(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))....))..))............((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))....))...........................)))))...)))).........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))........((((...(((((..................................................((...(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....)))))))....))..))............((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))....))...........................)))))...)))).........
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((.((.(((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...((((.((..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)))).)))).)))))...))).))))).))))).)))).))).....))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....(((((......(((((...((((..(((..(((..........((((((....))))))((((((((((((((..(((((((.((((...(((((....(((.(((((.((....)))))))...))).((((((((........)))))))).(((((..((((......)))).).)))).....)))))...))))..))).)))).....))).))))).))))))))).)))))))..))))))))))....))).))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.........((((((..............(((((.(((((...(((((....((((((....)))))).........(((((((...((((........((((......))))....))))....(((((.....((((.......((((....((((.....))))...((((......)))).......))))..))))....))))).)))))))...((((.....))))...)))))...))))).)))))))))))........))))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................(((((....)))))............(((.(((......(((((((((......((...(((((.((....)))))))....))................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((((((((.((....))))))).).)))...))))....))..((((((...(((((.(..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).)))).))).....))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).((((....((..(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...((((.((..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).)))).)))..)))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....((((((..(((((((.(.((((((((.((.((((.........((((((....)))))).((((.......(((.(((..(.((((((((((((......)))(((((.((....)))))))))).)))))))..))).))).((((((...((((.((..((((......)))).))))))..))))))...)))))))).)).))))((((((((.....)))))))).)))).)))).))))..))))))....))).))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...)))))).((((((((((.((((((.....(((((..(((((.((((((((((((((((....))))))......(((((((((........).)))(......)(((..((..((((.(((..))))))).))))).)))))((((........))))..)))))))))))))))...(((((((((((.((..)).(((...................(...((..))...)))).)))))))))))...)))))..))).)))...))))).))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).....................................................................................................((.............................................(.(......)..).....................................(.((..(.(.........)...)......))......................).........)...).........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((......((((......................................((((((....)))))).((((((((((.....(((((((.((((................(((((.((....))))))).......................................((((......))))....................))))..))).)))).........))))).)))))...................)))).....))..))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((.....)))......(((((((....(((((.(((.((.(((.......((((((....)))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((..(((.(((((.((....)))))))...)))...))))....))..((((((...(((((.(..((((......)))).))))))..)))))).....))))..))).)))).....)).)))))).)))))...))).))))).))))).)))).))).....))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))........((((..................)))).((((........((((((....))))))..........)))).(((((............(((......))).((((.((....))))))..))))).(((((.....))))).((((.....))))....(((......))).(((((...(((.((((......)))).......(((((((((.....))))))))).))).((((((((.....))))))))...)))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))))...((((.(((..................))).(((..........((((((....))))))....((((.(((((((.......(((((((..(((......))).((((.((....))))))....))))))).....((((....((((.....)))){{{((((......)))).......))))..(((}}}...)))..)))))))....(((.....))).)))).)))...[[[[[[[.))))..]]]]]]]..............

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RNA: SRP_00371

			CUUAGCUGUAAUGGCAUUUUGUCGGAGUGGUAAAUCGUCUUCUUGUUGUGCGUUCGAGUCUUGGGCUCUGCACUUGGCCAUUUGGUUGUCCUUUCCGAAUUCUGCGGUUGAUGGGCGUCUCGGUCUGAGUAAUCGGCUUUGAGAUUUCCGUUCUAAGAUUAACUGGGAAACUUCAGUGGAGCAAUCCAGCAGAGAUCCAGUUGCCGUGGGUAUGGCGGUGGGAUCGCAACCAAGUGGUAUAUGUUAUGGAAGAUAUUUACGAUCACGAUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....((.......)).....((((..((.((((((.(((((((....(((((.....(.........))))))...(.((((((((((((((..((((..(((((((...(((((.(((..((((.((....))))))..))..).)))))((...)).((((((...(.(((....(((....)))....))).).)))))))))))))..)..))).)))...)))))))).......))).)..))))))))))))).))..)))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...((((.....)))))))))...((((((((((((............(((((....((((((.(((((((.((((....))))..))))))).)))))).........((((((....))))))(((....))).)))))(((((..(((((((....)))))))..))))).)))))))))))).........))))))))))))).))..)))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((((...((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((...((((((((.((((((..(((((..((((....))))...)))))..))))))........(((((((.....((..((((....))))...))..)))))))))))))))..)))....)))...))))))))))))).........)))))))))))))..)).)))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((...(((((((.........................(((....)))...............(((.((((.((..((((.((((......((((...(((((.((....))))))).....))))...........((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))).)).))...))))))....))).........................))))))).)))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((.....((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((.(((((((.((((....)))))..)))))).))))))........((((((..........((((....))))........)))))))))))))).))..))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).....)))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((.....((((((.(((((((....((((....((((.....)))).))))...(((((((((((((((...(((....(((((((...((((.(((((...((((....))))....))))).))))...........................(((....)))...............)))))))......)))..))...))))))))))))).........))))))))))))).....)))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.......)).....((((..((.((((...(((((((....(((((................)))))...((((((((((((((((..((.(..(((((((...(((((.(((((((.((((....)))).)).))))).)))))..........(((((....(((....(((....)))....)))..)))))..)))))))..)...)).)))...))))))))))))).........)))))))..)))).))..)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.......)).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((.(((((((.((((....)))))..)))))).))))))........(((((((...(.((.(((((....)))).).))).))))))))))))))).))..))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.......)).....((((.(....((.......................(......................((((.(((((.((((.(((.((((((((((....(((.(((((((((.((....)))))))..)))).)))...........(((((.(...(((....(((....)))....))).).))))))))))))).))..)))))))....))))).))))......)..............))...)..)))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....................(((((((....(((((...(((((...))))))))))...(((((((((((((.....(((...[[[[)))..((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))..........(((((....)))))((((....)))).]]]](((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))))))).........)))))))................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((...((((((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))........(((((((...(((...((((....))))...))).))))))))))))))).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.......)).....((((.....((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((...((((((((.((((((.(((((((.((((....))))))..))))).))))))........(((((((...(((...((((....))))...))).))))))))))))))).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).....)))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))......((..((.((((((...((................((....))............(((((((((((((((((.(((.(((((((((..((((((.(((.(((((.((....)))))))...))).)))))).......((((((((..(((((..((((....)))).).))))))))))))))))))).))..))))))))...))))))))))))............))..)))))).))..))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((...((((((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).)))))).........((((((...(((...((((....))))...))).)))))).)))))))).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((([[[[[[[[[.[[[[[[[....(((((...(((((...))))))))))...[[[[[[[[[[[[[....)))))..((((((((((.......(((((((.........(((...........)))...........)))))))..((((...)))))))))..)))))(((((.(((((((((..))))))))).)))))]]]]]]]]]]]]].........]]]]]]]]]]]]]...]]]....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....)))......((((....(((((..........................((......)).........(((..((((.((((.((..((((.((((...((..(((...(((((.((....))))))).....)))..)).........((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))).)).))...))))))....))))..)))....................)))))..))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....(((((....(((((..........................((......)).........(((..((((.((((.((..((((.((((...((..(((...(((((.((....))))))).....)))..)).........((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))).)).))...))))))....))))..)))....................)))))..)))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...((((.....)))))))))...((((((((((((((((..(((...((..((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))........(((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))..)).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...)))).....(((((.((.((((((.(((((((.((.(((((...(((((...)))))))))).((((((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))........(((((((...(((...((((....))))...))).))))))))))))))).))..))).)))...))))))))))))).))....))))))))))))))).))).)))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...)))).....((((.....((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...(((((((((((((...(((((...(((((((..((((((.(((((((.((((....))))..))))))).)))))).......((((((((.........((((....)))).......)))))))))))))))........)))))..))))))))))))).........))))))))))))).....)))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................(((....)))...............(((.(((......((((.((((......((((...(((((.((....))))))).....))))............(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))).)).))(....))))....))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...((((.....)))))))))...((((((((((((((((..(((...((..((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))........(((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))..)).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..........))........((..((.((((((.(((((((....(((((...(((((...))))))))))...((((((((((((((((..(((...((..((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))........(((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))..)).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...((((.....)))))))))...(((((((((((((...........(((((....((((((.(((((((.((((....))))..))))))).)))))).........(((((....)..))))(((....))).)))))(((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..((.((((...))))))))))((((((.(((((((((..(((.....(((.((..)))))..)))..(((((((((((((((((.(((((...(((((((((((((..((((((..((((((((......)))).((((((((..(((..)))))..)))))).))))((((....))))..)))))))))))))))))))....).))))))))...)))))))))))))......)))))))))))))))((((..))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................(.)................(...................(....)........................(....)...................................................(..).....................).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...((((.....)))))))))...((((((((((((((((..(((...((..((((.((((((.(((((((.((((....))))..))))))).))))))........(((((((.........((((....)))).......)))))))))))..)).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....))).....((((..((.((((((.(((((((....(((((...((((.....)))))))))...((((((((((((((((..(((...((..((((.(((((..((((((..((((....))))...))))))..)))))........(((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))..)).....))).)))...))))))))))))).........))))))))))))).))..)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((.....))).((((((....))).))).)))..((((....((((.....)))).))))...((((.((((.........))))..(((((...(((.(((.(((((((.((((....))))..))))))).))).(((..((.....))..)))...)))..(((....))).))))).(((((.......))))).)))).((((.(((((......)))))..(((((......)))))......))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.....)))........(((((((....))).)))).....((((....((((.....)))).))))...(((....))).((((...[[[[...[[[[.......))))...]]]].((((....)))).((((.((..{{{..)))))).....(((}}}.....))).(((....))).]]]]..(((((....<<<)))))...((((>>>..))))......(((((..(((((......))))).....)))))....

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RNA: SRP_00382

			AGCUGUAAUGGCUCAAUGGUGGAAUUGUACACCUUGGGAUUUCUGACUUUGGUUCAAUCCUCGCAGUCGGACGUAGGUUAGCAUGUCACGUUUCGGCGUGGCAAGGGGUACUCACCUUCCCGUGGGGCUCCGCACUGCGCGUCGGCGACAACCGUCAUCCUUCUCUCGCUUCCAGUUGCCGAGGCCGUCAAUCUUGGCGGUCUCAGAGAGAGGGACUCGGGGUUAACGUGUCCCGGUUAUUAUCGAUCUUCGCGGGGUUUGUUUGCGCGUUCGGGCACGAGAGAAAUCCGUGUUCCUGGGCGUGUGGCAAAGUAGUUACGGGUUCCUUGUGGGCCUCGCCUUGACCGCUGAAGGGGAGUUUCAUCCAGCACAGCGAGGGCGACCCGUGAUGGAGGCGGCCGGGAUAGCACUAGUUCUCCGAGUACAAGUGCAGACUGGGUUGGCCCUGUGCCAAUCUUAACGGGCGGUGUCGCUGAUAAUUACCCACCAGUAAAGGUACGUUGCUUGCAGCGUGGGGUGUACAAAACUAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.......)))..(.(((((...(((((((((((((((((((((((.(((........))).)))))))(((.((.(.....(((((((....)))))))..(((((.(.............).)))))..))))))...(((......(.((....((((((((.............((((((((((....)))))))))).)))))))).((((((((.(...(((((((((((........((((((((((..(((((.(((((((.(((((((.((....)))))))))...))))))))))))....((((((((...))))).))).(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).)))...)))))))...))))..)..))))))))......)).).)))))))..))...((.......)).((((((((((..((..(.(((.......))).)))..))))))))))......))))))))))...))))).)
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((....)).....(((((..(((((((((.((((...(((((((..((......))....))))))).((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))..((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((......((.((((((((((.((((.(..((((((((((((((.((....))))))..))))))))))..)))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).)))..)))))))))))(((((.((.(.....).)).))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))).)))))))))..)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).((((((.....(((((((((((((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((.....((..((((((((((.((((((.(((((((((((((((.........)))))..))))))))))))))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).)))))..)))))))))(((((...............))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))))))))))))..))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((....(((((((.......................................................................................................................................................((((((....))))))...........................(((.(((((((........(((((.((((...........((((...(((((.((....))))))).....)))).................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)).)))...)))))))....))).........................................................................................................)))))))....)))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......)))......(((..(((((((((((.(....(((((((................)))))))............((((((((....)))))))).(((((.(((((......)))))))))).........(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((..((((((((((((((........((((((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....)))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).)))...)))))))))...))..)))))))))).....(......).((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))......).............((((((....)))))))))))))))))..)))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......)))....(((((..((((((((((((((....((((((..((......))....)))))).(((.(((.....((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))..))))))....((((((.((((((.((((((((((.............((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.(...(((((((((((........((((((((((.((((((..((((((.(((((((.((....)))))))))...)))))).))))))........((((.((....)))))).(((((...(((((....(((......)))....))))))))))..))))))).)))...)))))))...))))..)..)))))))...............(((((((.....)))))))......))))))))))))........)))(((......))).(((((....))))).)))))))))))..)))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))....(((((..((((((((((((((...(((((((.(((......))..).)))))))(((((....((.((((((((....)))))))).(((((.(((((......)))))))))))).))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((..((((((((((((((.(...(..((((((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....)))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).))))).)))))))))...))..))))))))))....(((....)))((((((((.....)))))))).....))))))))))))))).....)))(((......)))((((((....)))))))))))))))))..)))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).......(((...(.(((((...............................................................................................................(........((...................................................................(..((((((.(((((......(((.((((((((((........((.(....((((.((.((....)))).))..))....)))................................(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))))).)))..))))))))....)))..))))................................................)).......)..........................................))))).)...)))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).((((((....((((((((((((((...(((((((.(((........))).)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).((((((((((.(((((.(((((((((((((...)))....((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((.........((((((((((.((((.(((((((((((((((((.........))))..)))))))))))))))))............(((....)))..(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).)))....)))))))))(((((...............))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....)))............((((((....))))))))))))))))).))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).((((((....((((((((((.((((((...(((....))).))))))((((((((((.((......)).((((((((....)))))))).((((.........)))).......)))).)))))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((....((.(((...(((((.((((((.(((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....))))).((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).)))))))).))...)))))))...)))).....)))))))....(((....))).(((((((.....)))))))......))))))))))))))).........((......)).((((((....)))))).)))))))))).))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......)))....(((((..(((((((((((((((((.[[[[[........))))))((((]]]]].............((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))....)))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((...........(((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((((.....)))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).......))))))))...))).....)))))))..............((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))....................((((((....)))))))))))))))))..)))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....))))......(....((((((((((((.....(((((((.(((......)))...)))))))....(...(((..((.......((...))))..(((((((.............)))))))))))((...........................................................................................((((((.(......(((.((((((((((.....((((.....(.(((((((.((....)))))))).....))))))..............................(((((((.(..(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).........................................................................))............................)))))))))).).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).((((((....((((((((((.((((((...(((....))).))))))((((((((((............((((((((....))))))))....(...................))))).)))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((....((.....(((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....))))).((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).)))))))..))...))))))))...))).....)))))))....(((....))).(((((((.....)))))))......))))))))))))))).........((......)).((((((....)))))).)))))))))).))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))))...((((((..[[[[[[[[[[[((((((..............))))))((((((((((...((((.....(((((((((..)))))))))..........))))((((..)))).)))).)))))).(((((((((.((((((..(((((((((.............(((((((((((..))))))))))).)))))))))((((((((......((((((((((...........(((((((........(((((((((((((((.........))))..)))))))))))(((.......(((((((...))))))))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).......)))))))))).........)))))))).............((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))......))))))........(((((((..)))))))]]]]]]]]]]].........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)))).....((((..((((((((((.(((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((..((((((((..(.........(((((((.((((.(..((((..((((((((.((....))))))..))))..))))..)))))........(((..((....)).)))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).....)..)))))))).(((((.((.(.....).)).))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....)))...........(((((((....)))))))))))))))))..))))...
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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