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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Gammaretro_CES



RNA: PDB_00213

GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((..))))))))))))))....((((..(((.((((((((((..))))))....)))))))))))((((((((((....))))))))))
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RNA: RFA_00781

GUCUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUACCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC
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RNA: RFA_00786

GUUUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUACCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGGGUUCGAGACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAAGGAC
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RNA: RFA_00791

GUCUGUACUAGUUGGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUCCCGCGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGGCCGCAGCCCCUAGGAGACGUCCCAGCGGCC
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((((..((((...(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))))))).))))[[))).]].........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....))....((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((((((....)))))))).).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....)).....(((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((.((((((....)))))))).).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((.(((((....))))))))...
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((((.((((....))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..)))))))...........((((..))))(((((((((....)))))...)))).((((((........(((....)))..))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).......((((....)))).......
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...))))))))))).......((((....)))).......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))..((.((((((....)))))).))..
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((..(((....(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).)))).))))............
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((.((((((....)))))))).........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).[[[....[[[))).]]]....]]].
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((..((((.................((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))))))).)))).))))............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........))))))........(((....)))........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........))))))........(((....)))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))........(....)((((....))))
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))...)))))))))))........(....)((((....))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((..(((....(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).)))).))))............
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((..((((..((((((....))))))(((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))).)))).)))).))))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((..((((...(((((....)))))((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))))))).)))).))))(((.....))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((.((((((.(((((......)))))(((..(((.((((.(((((..)))))....)))))))))))))))))))))))))...((...))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((...((((....))))....)))).).((((.((...((((.((((....))))....)))).))))))..((....(((....)))....))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((((((....))))))....)))(...((((.((...((((.((((....))))....)))).)))))).)((....(((....)))....))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..(((.....((........)).((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).))).)))..................
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((.((.(((....))).)).))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....)))))).......((((.((....)))))).(((((....))))).........(((((....................))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((((((....)))))).......((((.((....)))))).(((((....)))))........[[[[[[...........)))......]]]]]]



RNA: RFA_00792

GCCUGUACUAGUUGGCUGACUAGACCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGGAGUUCCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))....((((((....)))))))).)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................((((...))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................((((...))))
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..........))).((.((....))..))..((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(..(((((((()))))))).).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....[[[[[[))).]]]]]]...........(((((.........(((((....)))))..........)))))..((((((((....))))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[.....)))...........]]]]...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....[[[[[.)))..]]]]]...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....)).....(((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))..(((((((((....)))))))).)
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((....)))))).....))....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....)))))))).)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((....)))))).....)))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((((....)))))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..)))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....)))))))))))......((((....))))......
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NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.(.((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((...(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....))))))))..
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.((((((....))))))))..)).(((.((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..[[[[[[[)))...]]]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((((....)))))))).......(.((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))).((((((((....))))))))..
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....))))))))..
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((((........(((((....))))).........))))))..((((((((....))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((((........(((((....))))).........))))))..((((((((....))))))))..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((.((.(.(((((((((....)))))....))))))))))).......(....)((((...))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.((((((....)))))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
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RNA: RFA_00801

GUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUAUAUCUGGCGGGUCCGCGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUAGGGAGACGUCCUAGGGUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))...)))))))))))..(((((.(((....))))))))..
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