RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Intron_gpI

RNA: CRW_00013

			AACUAUGACUCAACGUUCUGAGGGAUGUAUAUUUCACAGCGGGGUUUGGCAACUAAACUUCGAGAGGGUCAAGUAACGUAAAAGGCGUUGCUAGUGGGCAGUGCUGACCUCUGGACCGGCGAUCCGCGACGAGAGACGCCCCCGCGACAUCAUCAAAUUGCGGGGACUCCCUAAAGCUGUGUGCUACUAAGCAGGUGCCGAAACGACCUGUGGCCGGGGUAAUGACCUGGGGUAUAGUAAAAACGCACCAGAUGCCACAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAGUCCUAAGGCAACAGGCCUCUUCCCGCCCGUGGGGGAGAGUGUCCCGCGCUAUGGAUGCAGUUCAACGACUAAACGGUGAUGGGCUAGCGUAAUGAAUGCGUUCUGCACACUCUUACGCCGGCUUAAGAUAUAGUCUACUCCCACUCCGAAAGGAGGGGUACUAAAAGCUCUUAAGGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....((((((......................................................))))))((((((((.....)))))))).(((((..........................................)))))..(((((((....((((((....(((.....(((.((((((((((((((((.((....))))))))))(((((((....)))))))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((..((((...(((.......((((((((.......))))))))........)))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((.((((((((...))))))))))))))))))).......]]]]]]((...(.((((....)))))........))...........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.((((((.((((((....))))))...........(((((((((....).))))))))...))))))............(((((....((((.((.((((.(.(((..((((.(((.(((.((....((.((.(.((((((((..........)))))))).))).))..(((.....))).....)).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).))))))....(((.((.....)).))).))))..))))....(((((((((((.......)))))))).)))..))))...(((((((.(((((((.(((..((....))...))))))..))))))))))).)).))))...)))))(((((.((((...))))...(((.((((....)))))))......))))).....)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................((..(......).)).....((..............))..........................................((...............................................................)).....(((((...........................................................)))))........((((....))))......................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((..(((..((((..(((((..((((((((((...)))))))))).........((((((((.....)))))))).)))))..))))...)))..)))((((((.........(((((....((((((((..........)))))))).((((((....(((.(((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))........(((((((.......(((..(((....)))....))).......))))))).)))))).((((...((((.((..((((((((((...(((....)))..)))))).)))).....))))))...)))).))))).))))))(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((........)))))))).......................................................................................................................(((((((....((((((....((((........................................................................................))))...))))))(((...(((((((..........................................)))))))..))).............)))))))............................................................((((((....))))))....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((.((((......)))).)).((((((((((...)))))))))).........((((((((.....))))))))...............................................((((((((..........)))))))).........................((((((.........))))))..(((((.(....))))))...............................................................((((((((((.......)))))))).))........................................(((.((((((.....((.....))......)))))).)))((((((........(..(((.((((....)))))))).........))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................((((((....((((((....(((.....(((.((((.(((..((((((.(......)))))))..(((((.......))).))....)))......)))))))..........)))...)))))).....((((....(........................................)...))))..................))))))(((((..................................))))).................(.((((....))))).....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((......))))...(((.......)))((((((............................((((((.......))))))..(((((...(((((..........))))).)))))............))))))..(((((((....((((((....(((.....(((.((((((((..(((((...........)))))..(((((.......))))).....)))....).)))))))..........)))...))))))((...((((...(((....(((((((((((.......)))))))).)))....)))..))))...)).............)))))))((((.((((((....................)))))).))))....................((((....)))).(((.......)))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((........)))((((....))))(((((((((((((((...))))))))))(((((.(..((((((((.....))))))))......(((()))))))))).....((....))(((.(....).)))((((((((..........))))))))...........)))))...(....)((((((.........))))))(((((((.(....))))))......(......)..........))......................((((...(((....(((((((((((.......)))))))).)))....)))..))))....((((....((....))...))))((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).))(((((((...((..((..(((.((((....)))))))))))......)))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.............)....................................................((.....)).....((.(((......)))))....................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.[[[[.)))..]]]].................((((((((((...))))))))))((((((((.((((((((.....))))))))....)))..[[[[[.)))))....]]]]]....(((..[[[...)))((((((((..........)))))))).]]].....(((..[[[))).....]]](((((.........[[[[[[(((((.......)))))..............)))))....(((......)))...]]]]]]...........(((....[[[[[[[[[[[)))....]]]]]]]].]]]..(((...[[[[)))..]]]]....(((..[[[[[.)))....(((.((((....)))).))).........]]]]].(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.((((((....))))))...........((((((((((...))))))))))...))))).((((((((.....)))))))).(((((.((..(((.(((..((((.((((.((((...)).))..))))(((((((..........)))))))...........((((((.(((....))).(((((.(.....((.((((.((.((((....)))).)).)))))).....)))))).((((((......))).)))))))))...))))..)))...)))..))...)))))(((((..((((.((((...((((.....((((((((((.(.(((....)))).)))))).)))).......))))...)))).))))..)).)))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((............................((((((((((...))))))))))...)))))).(((((.......[[)))))...........]]...........((((((..................((((((((..........))))))))..............(((((......((((((.........))))))..(((((.......)))))...............................................................((((((((((.......)))))))).))..............((((((((...............)))))).))................)))))......))))))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((.....................................)).........))))..............................................................................................((((((...((((.....(((.((((.((((.(((((.(((...)))))).)).......................))))......)))))))..........))))..)))))).......................................................................................((.(((.....((.................)).....)))))................(((...............((.......))......)))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((....(((....)))..............((((((((((...))))))))))...))))).((((((((.....))))))))....((.....))..(((..((((..(((...............)))((((((((..........))))))))..........((((((.(((....))).(((((.(.....(.(((((.((.((((....)))).)).)))))).....)))))).((((((......))).)))))))))...))))..)))......(((.((((((.......)))))).).)).....................................((((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).))))))..............(((.((((....)))))))...................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.(((((((..)))))))......[[[[[((((((((((...))))))))))...))))))............(((((((((....)))))))))..........((((((.................((((((((.............(((((((.........((((((((((....))))(((((.........]]]]].(((((.......)))))..............)))))......(((.....)))...)))))).........((((.....)))).))))))).))))))))(((((((..........((((((((((((...............))))))............))))))...)))))))..))))))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((........))))))).........................................................................................................................((((((....((((((....(((..........................................................................................)))...))))))(((...(.((((............................................)))).)..))).(...).......))))))((((((((............................))))))))..((.....))......((((((....))))))....................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((........))))))).........................................................................................................................((((((....((((((....(((..........................................................................................)))...))))))(((...(.((((............................................)))).)..))).(...).......))))))((((((((............................))))))))..((.....))......((((((....))))))....................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.......((((.((((...((((..(((((..((..((((((...))))))..)).........((((((((.....)))))))).)))))..))))...)))).))))(((((....(((.((.((.((.((((((((.............(((((((.........((((((.(((....))).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......)))))....(((......)))....)))))).........((((.....)))).))))))).))))))))...)).)).)))))...(((((((.(((((((.(((..((....))...))))))..)))))))))))............))))).[[[[[[[)))))).....(((.((((....)))))))..........]]]]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((.((((([[[...)))))........]]]((((((((((...))))))))))...))))))((((((((.....))))))))...............(((..((((..{{.{{{{{{{.{{........((((((((..........))))))))..........((((((((((....))))(((((.(.....(.(((((....((((....))))....)))))).....)))))).((((((......))).)))))))))...))))..))).......(((((((((.......)))))))).)...}}}}}...}}}}}}.....................((((((.((((((.((.((((...))))...)))))))).))))))..............(((.((((....)))))))................)))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................(((((.....((((((....(((..........................................................................................)))...))))))(((.............................................................)))..............)))))(((((((..............................))))))).................((((((....))))))....................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((.((((((....))))))...........(((((((((....).))))))))...))))))))).........(((((....((((.((.((((.(.(((..((((.((.((...(((.(....).)))((((((((..........))))))))..))))....((((((.(((....))).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).((((((......))).)))))))))...))))..))))....(((((((((((.......)))))))).)))..))))...(((((((.(((((((.(((..(.......)..))))))..))))))))))).)).))))...)))))..(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((.((((((....))))))...........((..(((((....).))))..))...))))))))).........(((((....((((.(((((((((.(((..((((.((.((...(((.(....).)))((((((((..........))))))))..))))....((((((((((....))))(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).((((((......))).)))))))))...))))..)))))...(((((((((((.......)))))))).)))..)))))..(((((((.(((((((.(((..(.......)..))))))..))))))))))).)).))))...)))))..(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.((..(((........)))..).)........((((..((((.(((((((((((((((..))))).(((.......))).))))))))))(..).(((..))))))))))))(((((((..(...)..(((((((.((((((((..(....)..))))))))((.(((...((((.(((.......).)))))).(......)((((((.(((((((..((.((((((..(((..))).((.(((((..........)).))))))).))))))..))).)))))).)))).(((((((((..)).)))))))(.(((((........)))..)).)...(((((..)))))..).)))).(((((.((..)))))))...))).)))).)))))))((((((.(.(((..(((.((..(((((..))))))))))))).)....))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.................))...(.......).........................
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.((((((....))))))...........(((((((((....).))))))))...)))))).((((((.......))))))................(((..((((.........(((.(....).)))((((((((..........)))))))).................((......)).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).............................))))..)))......((((((((((.......)))))))).))...............................................................................(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00016

			AACUAUGACUCAAAUGGCACGAAUGUUCUGAAAGACAAAUUCGAGAGGGUCAAGUAACGUAAAAGGCGUUGCUAGUGGAGGUUUUGGAACCGAAACCUCUGCUACAUCAUCAAAUUGCGGGGACAUCCUAAAGCUGGUGCUACUAAGCAGGUGCCGAAACGACUUGUGGCCGGGGUAAUGACCUGGGGUAUAGUAAAAACGCGCCAGAUGACACAAUGGACAAUCCGCAGCCAAGUCCUAAGGUGCAGGAGACUUCUCUCCUGCACUAUGGAUGCAGUUCAACGACUAGACGGUGAUGGGCUAGCGUAAUGAAUGCGUUCUGCACACUCUUACGCCGGCUUAAGAUAUAGUCUACUCCCACUCUGAAAGGAGGGGUACUAAAAGCUCUUAAGGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....((((((...................................))))))((((((((.....)))))))).((((((((((........))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((((((((((.((....))))))))))(((((((....)))))))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((..((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((.((((((((...))))))))))))))))))).......]]]]]]((...(.((((....)))))........))...........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(...........((((.(((((..((.....))...))))).((((((..((((((((.....))))))))...((((((((((....))))))))))(((.(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....))))))))))..(((.((((....)))).)))..))))))..)))).(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................(((.((..........((..(......)..))....((..............))..............)).)))............................................................................(((((...........................................................)))))........((((....))))......................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.((((((((......)))..))))).((((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((...(((((((..(((.......((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))........))).....)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....))))))).((..((((.......))))...))..))))))..)))).(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((........(((((((........))..)))))...)))))).(((((((.....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))...........((((((....(((.....(((((((.(((...((((...........))))...(((((.(....)))))).....)))......)))))))..........)))...)))))).....((((...(((((((((((....)))))))))))..)))).............(((((......(((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).)))))........)))))..(((.((((....)))))))...................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((......(.((((((((......)))..))))).).)))))).(((((((.....)))))))(((((((((((((((..)))))))))))))))..........(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.(....))))))....))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((.(.(((((((((((....))))))))))).)))))...((......))(((((.....((((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).)))))).......)))))..(((.((((....)))))))...................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))......((((.[[[..)))).((((....))))...(((((((.....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))..]]].....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))(((.....(((.((((.[[[[[.....)))))))......)))................]]]]].(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........(((((..(((...)))...)))))...))))).((((((((.....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((.....(((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...))))).((...((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))((((....))))....)))))))..((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))..((((((.((.....)))..))))).((((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))....((.(.......(((....)))....((............)).(((((.(.....((.((((.((.((((....)))).)).)))))).....)))))).).)).......(((...)))........((((...(((((((((((....)))))))))))..))))...((......))..(((.....((((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).)))))).......)))....(((.((((....)))))))........)))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((........(((((..............)))))...))))))((((((((.....))))))))((((((((((((((..)))))))))))))).(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))..........)))...)))))))...((((....(((((((((((....)))))))))))................))))....))))))).....((((((....((((...)))).....))))))...(((((((.......((((((.............))))))........)))))))..
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.......((((.(((((..((.....))...))))).((((((..((((((((.....))))))))((..(((((((((....)))))))))..)).(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....))))))).((.((((((.....))))))..))..))))))..)))).[[[[[[[)))))).....(((.((((....)))))))..........]]]]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))..(((((((.((...))))..))))).((((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))....((((.......(((....))).......((([[[))).]]].(((((.(.....((.((((....((((....))))....)))))).....)))))).))))......((((...)))).......((((.(.(((((((((((....))))))))))).)))))...(((....)))(((((.....((((((.((((((.((.((((...))))...)))))))).)))))).......)))))..(((.((((....)))))))........)))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.(((((..............))))).((((((.....((((((....((((((.((((((((((((((....))))))))))))))(((((((...(((((((............((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))................)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....)))))))...))))))......))))))......))))))..)))).(((((((..((((...((((..........))))....)))).....)))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................(((((.....((((((....(((.........................................................................................)))...))))))(((...........................................)))..............)))))(((((((..............................))))))).................((((((....))))))....................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.(((((..((.....))...))))).((((((..((((((((.....)))))))).(..(((((((((....)))))))))..)..(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....))))))).((.((((((.....))))))..))..))))))..)))).(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((......((((.(((((..(((...)))...))))).((..(((.((((((((.....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))...(((((....(((.(((....)))..(((....))).....)))(((((.......(((.(((.((.((((....)))).)).))))))......))))).))))).......)))..))....)))).((((...(((((((((((....)))))))))))..)))).....)))..((.(((((.((..(((((..((((((.((.((.((...)).)).))))))))..)))))..))...))))).))....(((....)))..))).((.((.....)).))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.(((((..((.....))...)))))((((((((.((((((((.....))))))))((..(((((((((....)))))))))..)).(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((((.(((((((((((....))))))))))).)))....((((....)))).)))))))))))))).(((.((((....)))).)))...))))...)))).(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.((((((((..))....((.(((........)))..))((..))))))).).(((((((..((((..(.((((((((((((........)))))))))))))..))))...)))))))((..))((.(((((((..(...((((..((((.(......)((((((.((.........).(((((((.((..)).).).).))))...)))))).)..(((..((((..((...((.(.(((((((((((....))))))))))).))).))...((((.((.((((((....)..).)))).).).))))))))..)))..)))))))).)))))))).)))(.(((((((((((..........))))))).)))).).((((...))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)........((.................)).....................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((..((.....))...))))).........((((((((.....))))))))((..(((((((((....)))))))))..))............((((((....(((.....(((((((((((..((((((.........))))))(.((.((((....)))).)).)..)))).....)))))))..........)))...)))))).....((((...(((((((((((....)))))))))))..)))).........................(((..((((((.((...............))))))))..)))................(((.((((....)))))))...................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((.(((((..((.....))...))))).((((((..((((((((.....))))))))((..(((((((((....)))))))))..)).(((((((....((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))..........)))...))))))((...((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))................))))))).((.((((((.....))))))..))..))))))..)))..(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((.....(((....)))..((((.......))))...))))).((((((((.....))))))))..))).(((((((....))))))).((((..............))))...(((((.....(((((((......((((((.........))))))..(((((.......)))))..............)))))))..........((((.............))))...(((((((((((....)))))))))))..))))).((((....))))..........(((...((((((.((.((.........)).)))))))).((((........))))....))).(((......))).(((.......)))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.....((((......)))).((((....))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((....))))))))))))....aaaa.....((((((.....)))...(((bbb(((....))).bbb)))).....BBB....BBB..(((....)))[[[.....))).........]]].AAAA......cccc.....))).....CCCC...(((((((((((....))))))))))).((((.....))))....((((.<<<<......)))).((((.((.(((.....)))...))))))>>>>(((..(((..{{{))).......((((....)))).(((.}}}...))).....)))

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RNA: CRW_00610

			AGAAAACUGAGCCUUAGUGGAGAAAUCCGCUAAGUGGAAGCUCUCAAACUCAGGGAAACCUAAGUCAGCCUCAAUCAGAUACCCCAGGGUUAUGGUUGAGGAGAUAUGGCAAUCCUGAGCCAAGCCGUUUGAUAGCAAUGGCUAUCUGGUUCUUCAAGCGGAAGGUGCAGAGGCCCGACGGAGCUACCCUAACGUCAAGUCGAGGGUAAAGGGAGGGUCCAAUCCUCAAAGCCCGCUGAGGCUCGGAGCAGCGAAAGUUGUGGGAGGGUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((....))....(((((((((....))))))))).....(((.((....((((((...((...(((..(((((((((...(((....)))..))))))))).)))..))...))))))(((...((((((((.(((..(((....))))))..))))))))..)))...[.[[[[[...)))))((((((..((......))))))))......]]]]]].((((((....................(((((....)))))..)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((((((((((((((.....(((((...)))))....(((......(((....)))..(((..(((((((((...(((....)))..)))))))))......(((....(((.(((...((((((((((((....)))).........))))))))..))).)))..))).))).))).((((((.((.....))..))))))....(((((.....))))).....)))))))))))))).(((((....)))))........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((.(....).))))))).............(((..((....))..))).....................................................(((....(((((.........................)))))...))).....((((..........(((((.((.....))..)))))........))))...................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....((((((...((((((((......(((((((...((........(((((((((...(((....)))..)))))))))......))...)))))))...(((((((.......)))))))....)))).)))))))))).(((.....(((((........((((((............))))))......)))))..)))........)))))))))))))).(((((....))))).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......)))))).................((((.(....((((((...(((((.........................................)))))...))))))(((...(((((((.......................)))))))..))).............)))))..............................................................((((((....))))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((((....)))....................(((((((...((.(.(((..(((((((((...(((....)))..))))))))).))).)))...)))))))...........((((((....))))))(....(((.......)))....)..(((((........((((((.((.....))..))))))......)))))...............)))))))))))).(((((....))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((((....))))))))).....((((.(...(((((((...((....((....................................))...))...)))))))((...((((.............................))))..))..............)))))((((((..((......))))))))..............................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((((....))))))))).....))))......((((((...((...(((..(((((((.....(((....)))....))))))).)))..))...))))))(((...((((((((.(((............)))..))))))))..))).....(((((........(((((..............)))))......)))))..((((((...(((......))).....(((((....)))))..)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((((....)(((((..(.(((..........(((((((...((.(.(((..(((((((((.(.((((..))))).))))))))).))).)))...)))))))((.........((((((....)))))).)).))).).))))).(((......(((((..(.....((((((.((.....))..))))))...)..)))))....)))......)))))))))))))).(((((....))))).........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((............))))).....................................................(.........)............................(...........)..........................................................................................................................(......).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((..(((((((....))))))).......))))....(((.(((....))).)))...(((((((((...(((....)))..))))))))).(((.[[[[.)))....]]]]..((((((((.......[[[[..........))))))))..........]]]].((((....[[[[[[..))))......]]]]]]..(((.[[[[......)))...]]]].(((..[[[))).(((((....))))).....]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....(((((...))))).(((((....(((((((....(((.(((..(((((((((...(((....)))..))))))))).))).)))...)))))))...(((((((.(....)))))))).((((..(((((.....)))))..))))........)))))((((((.((.....))..))))))....(((((.....))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((((....))))))))).....{{{{{{...(((((((...((........(((((((((...(((....)))..)))))))))......))...)))))))...(((((((.......)))))))..............................((.........((((((..((......))))))))....[[[)).......]]].............))))...(((((....)))))..}}}}}}.
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((....))))))).......((((((..........................................................................((...........))..........................................................................)))))).....................................(((((.((....)))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....(((((...))))).(((((....(((((((...((...(((..(((((((((...(((....)))..))))))))).)))..))...)))))))...((((((..(....).))))))..(..............)..((.((....))))...)))))((((((.((.....))..))))))....(((((.....))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....(((((...))))).(((((....(((((((........((((.(((((((((...((((..))))..))))))))).....))))..))))))).....((((((((((((....))))).........)))))))..................)))))((((((............))))))....((((((...)))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).................((((.(....((((((...(((.............................................)))...))))))(((...(.((((.........................)))).)..))).(...).......)))))(((((((..........)))))))..((.....))...........................((((((....))))))........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).................((((.(....((((((...(((.............................................)))...))))))(((...(.((((.........................)))).)..))).(...).......)))))(((((((..........)))))))..((.....))...........................((((((....))))))........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((..............((((..(((((...(((.((....))...(((..(((((((((...(((....)))..)))))))))......(((....(((.(((...((((((((((((....)))).........))))))))..))).)))..))).))).))).((((((.((.....))..))))))..)))))..))))[[[[[[.....)))))))))))))).(((((....)))))..]]]]]].
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....(((((...))))).(((((....(((((((...(.((.(((..(((((((((..((((....))).)))))))))).))).)))...)))))))...((((((.((....)))))))).(((.....(((.....)))[[.[[))).]]]]...)))))((((((............))))))....((((((...)))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....(((((...))))).((((((......................(((((...............((((.(((((.((((..........)))).)))))))))....((((((....))))))....(((((.....)))))....)))))..((((............)))).....)))))).....((((((...)))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((......((((((...(((.............................................)))...))))))(((..........................................)))..............))))((((((............))))))......................................((((((....))))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....((((((....(((.............(((....)))..((((.(((((((((...(((....)))..))))))))).....))))..))).(((((((((((((.......)))))))...))))))....)))))).......((((......(((.((.((((..(.((.....)).)....)))).)).)))...)))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.........(((((((((....)))))))))((((..(((((...(((.((....))...(((..(((((((((...(((....)))..)))))))))......(((....(((.(((...((((((((((((....)))).........))))))))..))).)))..))).))).))).((((((.((.....))..))))))..)))))..)))).)).((..((((......))))..))(((((....))))).........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((((....)))))).(((((..(((((.......(((....)))..(((..(((((((((...(((....)))..)))))))))......(((....(((.(((...((((((((((((....)))))).((....))))))))..))).)))..))).))))))))((((((.((.....))..))))))....((((((...)))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........)..((((((((((..))))))))))(((..((((((((.((((((((..((((...(.(((((((((((...(((..)))..)))))))))))).)).))..))))))))((((...(((..)..)).))))((.(((((..((......))...)..)))))).(..)(..).(((((((..((((..)))))))))).))))))))))))..((((((......))))))(((.((((((((..)))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................((....................))................((.(..).))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((.(((((....)))))...((((..((((........(((....)))..(((..(((((((((...(((....)))..)))))))))......(((....(((..((...(((((((.((((....))))..........)))))))..))..)))..))).))).))))((((((.((.....))..))))))....(((((.....))))).....)))).))))))))).(((((....))))).........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.....(((((...))))).((((........(((....)))..(((..(((((((((...(((....)))..)))))))))......(((....(((..((...((((((((((((....)))).........))))))))..))..)))..))).))).))))((((((.((.....))..))))))....(((((.....))))).....)))))))))))))).(((((....))))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..(((((((((....))))))))).......((((.......))))........))).(((((((((...............)))))))))......(((........))).(((((((.......))))))).((((..(((((.....)))))..))))...(((.......((((((............))))))....(((((.....)))))...(((......))).))).(((((....))))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..(((((((((....)))))))))....aaa((((.......))))........))).(((((((((........<<<<<..))))))))).....((((.>>>>>..)))).(((((.((....)))))))..((((..(((((.....)))))..))))((((([[[[..))).......]]]].....{{{{{{.......))AAA..}}}}}}...((((.(((.....))).(((((....)))))....)))).

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RNA: CRW_00613

			ACGCAGCGGACUUAGAAAACUGGGCCUCGAUCGCGAAAGGGAUCGAGUGGCAGCUCUCAAACUCAGGGAAACCUAAAACUUUAAACAUUAAAGUCAUGGCAAUCCUGAGCCAAGCUAAAGCUAAACAACUAACAGCUUUAGAAGGUGCAGAGACUAGACGGGAGCUACCCUAACGGAUUCAGCCGAGGGUAAAGGGAUAGUCCAAUUCUCAACAUCGCGAUUGUUGAUGGCAGCGAAAGUUGCAGAGAGAAUGAAAAUCCGCUGA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..........(((((....))))).(((((((((....))))))))).....((((((....((((((...(((...(((((((...)))))))..)))...))))))(((...((((((((...........))))))))..)))...[.[[[[[...))))))((((((..(((......)))))))))......]]]]]].((((((...(((((....)).))).(((((....)))))...)))))).............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((............(.((((((((.(....).))))))).).)..(((((......(((....)))...........((((((....((.((..(((((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).))......(((((.((((((..(((......)))))))))..(((....)))..)))))......)).))..))))))(((((....))))).)))))........))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((((((.(....).))))))).........................................................(((.(((...((((.((.............)).))))..))).))).(((((.........((((..................))))......)))))......(....)...................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..........((((((((((((........)))))))....(((((((...(((((((...((....(((((((...)))))))...))...))))))).....((((((((...........))))))))..(((......)))....)))))))(((((..(((......)))))))).........)))))((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.........)))))))........................((((((....((((((...((((....................))))...))))))(((...(((((((.............)))))))..))).............))))))...................................................................................((((((....)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((....(....)((...(((((((.(....).)))))))...))((((((...(((((((...((....(((((((...)))))))...))...)))))))((...((((((((...........))))))))..))..............))))))((((((..(((......)))))))))...............(((((((((....).))))))..(((((....))))).....)).......))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((((((.(....).))))))).....((((((....((((((...((....((((.........))))...))...))))))(((...(((((.................)))))..))).............))))))((((((..(((......)))))))))..........................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((.........(((...(((((((.(....).)))))))...)))(((((.((((.(((....)))..................(((((((((((.(((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).(((((.........((((((..(((......)))))))))......))))).................)))))).)))))......))))...)))))........))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((.((((....))))(((((((((.(....).)))))))..)).((((((...(((((((...((....(((((((...)))))))...))...)))))))((...((((((((...........))))))))..))..............))))))((((((..(((......)))))))))..(((....)))..(((((((((((())).))))))..(((((....))))).....)))......))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(..(((........)))......................................................(.(.........).)........................................................................................................................((...........))....((.....)).)....(.(((.(.....))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((....))))).(((((((........)))))))....(((((((......(((....)))...........(((...[[[[)))......(((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).]]]]....))))))).((((..(((......))).[[[...))))....]]].((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((....))))).(((((((........))))))).....((((((...(((((((...((....(((((((...)))))))...))...)))))))((...((((((((...........))))))))..))..............)))))).(((((..(((......))))))))...(((....))).((((((..((((((....).)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((.............(((((((((........)))))))..)).((((((...(((((((...((....(((((((...)))))))...))...)))))))((...((((((((...........))))))))..))..............))))))((((((..(((......))))))))).............(((((((([[[[.......))]]]](((((....)))))...)))))).....))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................(.((((...(((.(...((.....((((.....................((.................((....)).............))..).)))...............))....))))........................................))))).....................................(((((.............)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((....))))).(((((((........))))))).....((((((...(((((((...((....(((((((...)))))))...))...))))))).....((((((((...........))))))))..(((......)))....)))))).(((((..(((......))))))))...(((....))).((((((..((((((....).)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.........)))))))........................((((((....((((((...(((......................)))...))))))(((...(.((((...............)))).)..))).(...).......))))))(((((((.....................................................)))))....))............((((((....)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.........)))))))........................((((((....((((((...(((......................)))...))))))(((...(.((((...............)))).)..))).(...).......))))))((((((((...................................................))))))....))............((((((....)))))).
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..........((((((((((((........)))))))....(((((((......(((....)))..................(((.(((...(((((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).)))))))))))))))(((((..(((......)))))))).........)))))((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((....))))).(((((((........)))))))....(((((((...(((((((...((.(..(((((((...)))))))..)))...))))))).....((((((((...........))))))))..(((......)))....)))))))(((((..(((......))))))))...(((....))).((((((..((((((....).)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..........((((((((((((........)))))))....(((((((...(((((((.........(((((((...)))))))........))))))).....((((((((...........))))))))..................))))))).((((.....................))))...)))))....((((((.......))))))..(((((....)))))..............))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................(((((.....((((((...(((......................)))...))))))(((................................)))..............)))))...................................................................................((((((....)))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((...........(((((((((((.(....).)))))))....(((((((......(((....)))..................(((.(((...(((((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).)))))))))))))))(((((..(((......)))))))).........)))).((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((((.............(((((((((........))))))..))).((((((......(((....)))..................(((.(((...(((((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).)))))))))))))).(((((..(((......))))))))....((.....)).((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..........((((((((((((.(....).))))))).....((((((......(((....)))..................(((.(((...(((((.(((...((((((((...........))))))))..))).))).))))))))))))))((((((..(((......)))))))))........)))))((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((((((((......(((.((((((((..((..))..)))))).)))))(((((((.((((((((..((.(.((((((((...)))))))).)))..))))))))....((((((((((........).)))))))))..))).)))(((((..(...)((((((((..((((...).))))))))).))...)))))((.(((((((((((...))))))))((.(((((..)))))))...))).))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................(.............)..................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((...............(((((((.(....).))))))).....((((((......(((....)))...(((((((...)))))))........(((((..((...((((((((...........))))))))..))..))).))......)))))).(((((..(((......))))))))...(((....)))..(((((..((((.........))))(((((....)))))...)))))......))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..........((((((((((((........)))))))....(((((((......(((....)))..................(((.(((...(((((..((...((((((((...........))))))))..))..))).)))))))))))))))(((((..(((......)))))))).........)))))((((((..(((((.......)))))(((((....)))))...)))))).....))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.(((((....))))).(((((((........))))))).(((...((((.......))))...........(((.....))).))).((((........))))..((((((((...........))))))))..(((((...............)).))).....(((((...((.........))...))))).((((((((((.......)))))...(((((....)))))....)))))......)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.(((((....))))).(((((((........))))))).(((...((((.......)))).((((...((((((.....))))))..((((..[[[[[.))))..((((((((...........)))))))).))))............]]]]].{{{{{{{..........)))..(((...}}}}.}}}))).((((((((((.......)))))...(((((....)))))....)))))......)))))).

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RNA: CRW_00614

			GAUUGGAUUGAGCCUUGGUAUGGAAACCUACUAAGUGAGAACUUCCAAACUCAGAGAAACCCCGGAAUAAAAAAUGGGCAAUCCUGAGCCAAAUCCUGUGUUCAGAAAACAAGGUUCAGAAAGCGGGAAUCAAAAAAAGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUGUUCUAACAAAUAGAGUUGACUGCAUCGGUAAGGGAAUUCUUUCCUUUUAUCCAAACGACAGAAAGGAUGACCUUGUAUACGUACGUAUACAUACUGAAACAUCAAACGAUUAAUCACGACUCGAAUCGGUUUUUUUUUCUGAAAAAUUUCAGAAUAGAAGGAUUGUGAAUUGAUUCCAAGUUGAAGGAAGAAUCGAAUAUUCAGAGAUCAAAUCAUCCAUUCCCGAGUCUAAUAGAUCUUUUGAAGAACCGAUGAAUCGGACGAGAAUAAAGAUAGAGUCCCGUUCUACAUGUCAAUACAGACAACAAUGAAAUUGAUAGUAAGAGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((...)))....(((((((.(....).)))))))......(((((.....(((((...(((.............)))...))))).(((...((((........................................))))..)))...[.[[[[[...))))).((((((...................................................................................................................................................................................................................................................................))))))......]]]]]]..((((((.((((......)))).((((...))))...))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((((((...(((((..((.(.....)))...)))))..(((((.((...((((..........))))...))))))).......(((....)))....))))))))......((((((.........((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.(((((((((((((.(((((((....))))))).)))........))))))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))).))))))..........((((((.......((((....))))........))))))..)))))..((((((.(((((((.((........))..))))))))).)))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.(....).)))))))...............((((.((..(((.............)))...))))))...................................................................................................................................................................................................................................................................(((.............))).((.(....).))....................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((...(((((..((........))...)))))..(((((.((...((((..........))))...))))))).......(((....)))....))))))))).....((((((.........((((((((((((..((((..(((((....))))).......))))...)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...(((((((....)))))))...(((...(((....)))...))).((((((((((((((((((((((((((....))))))).))))))))))....(((((((.............)))))))..)))).))).))...)))))).)))))).)))))))..((((((.......((((....))))........)))))).........((((((.(((((((...............)))))))))).))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((....(((((........)))))...))))))(((...(((((((..................................)))))))..))).............))))))...............................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((....))))))..........................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((......(((((((.(....).)))))))........))))).(((((......((((..........)))).....))))).....((((((.(((.(((.......))).))).))))))...............(((((((.(((((.((((((....)))).....)).)))))..)))))))....(((..((((((((.................))))))))..)))(((((((....)))))))..........(((((.((((......((((((.........(((.(((((((....))))))).)))........((.((((..................................)))).)).........)))))).....)))).)))))......((....))((((...............))))......((.(((((((...............)))))))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.(....).))))))).................((.((...((((..........))))...))))(((((.....(((....))).......))))).....................((((((((((((.(((((.(...................).)))))..)))))))....((((((....)))))).))))).....................(((((((....)))))))...............(((((.(((..((((((((((((.......(((((((....)))))))...............)))))))(........)......................................))))).....................))).)))))....................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..(...(((((((.(....).)))))))......).))))).(((.((.....((((..........))))...(.(((((((.....(((....))).......))))))).).((((((...............(((((((.(((((.......................)))))..))))))).....((((((.(..(((((((((((............)))).....(((((((....))))))).........................(((......)))........(((((((....))))))).)))))))..)(((((...((((........)))).........)))))...............))))))...........((((((.......((((....))))........))))))....)))))).............................))........))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((......(((((((.(....).)))))))........))))).(((((.((...((((..........))))...))))))).....((((((.(((.(((.......))).))).))))))...............(((((((.(((((.((((((....)))).....)).)))))..)))))))....(((..((((((((.................))))))))..)))((((((((()))))))))..........(((((.((((......((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))).)))).(((.((((((((........)))..................))))).)))........)))))).....)))).)))))......((....))((((...............))))...(((((.(((((((.((........))..)))))))))).))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((..............)...........................................................................................................................(....)............................................................................................................................................................................................................................................(...(.................)).................).............(.((.(....))).........................)...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((((...(((((..........[[[[...)))))..]]]]..........(((..........[[[..)))...]]].....(((....)))....))))))))))....(((((((........((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((.....(((((.(((((((((((((.(((((((....))))))).)))........))))))))))..))))).......)))))....)))))........)))))))))))))..........((((((............[[[[.[[[[......))))))...]]]].]]]](((.(((((((...............)))))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..((.((((((.((...))))))))))..))...))))).(((...((...((((..........))))...))(((((((.....(((....))).......)))))))..(((((((.((.......((((((((((((.(((((.((((((....)))).....)).)))))..)))))))....((((((....)))))).)))))....(((.(((.((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.(((((((((((((.(((((((....))))))).)))........))))))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))).)))....)))......((((((.......((((....))))........)))))).)).))))))).(((.(((((((.((........))..)))))))))).))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.[[[[[[[[[(((........)))............))))..(((((.((...((((..........))))...))))))).......(((....)))....]]]]]]]]]....(((((((aa.......((((((((((((.(((((.......................)))))..)))))))...(((((((..{{))))))))))))...........}}((((....(((((((....)))))))..........................<<<<<..............(((((((....)))))))...........................................................))))..))...>>>>>...................((((....))))...............AA..)))))...((.(((((((.((........))..)))))))))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((....(.....................................................................................(.(.......................))......................................................................................................)...)).)))).............................................................................................))))...............))..................................................(((((.((.........................))...)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((((.((...)))))..................(((((.((...((((..........))))...))))))).......(((....)))....))))))))))..(((((((.((.......((((.(((((((.(((((.((((((....))))).....).)))))..)))))))....((((((....))))))..))))........((..((((((...(((((((....)))))))....((..........(((...((..((((.(((((((((((((.(((((((....)))))))..)))))).......)))))))..))))....))...)))......))..........))))))..)).............((((((.......((((....))))........)))))).)).))))))).(((.(((((((.((........))..)))))))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((..................((((..[[[[[[..)))).......((((..........)))).....((((((..........))))))....))))))))))....(((((((........((((((((((((.(((((..]]]]]]...............)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...((((((((..))))))))..(((((........(((((.....(((((.((((((((((....((((((((..))))))))............))))))))))..))))).......)))))....)))))........)))))))))))))..))))))...(((((((.(((((.........((((...............)))).)))))...(((((((...............))))))).)))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((....(((............)))...))))))(((...(.(((......................................))).)..))).(...).......))))))(((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..((.....)).....((((((....))))))..........................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((....(((............)))...))))))(((...(.(((......................................))).)..))).(...).......))))))(((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..((.....)).....((((((....))))))..........................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.[[[[[[[[[[...(((((..((........))...)))))..(((((.((...((((..........))))...)))))))))))...(((....)))....]]]]]]]]]]..(((((((.((.......((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))....(((.(((.((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.(((((((((((((.(((((((....))))))).)))........))))))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))).)))....)))......((((((.......((((....))))........)))))).)).))))))).(((.(((((((.((........))..)))))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((((.((...)))))..................(((((.((...((((..........))))...))))))).....(.(((....))))...))))))))))..(((((((..........((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))........(((.((((((...(((((((....)))))))..........................[[[[[(((((((((((((((((((((....))))))).)))))))).......))))))....................................)))))).)))..]]]]]......((((((.......((((....))))........))))))....)))))))((((.(((((((...............)))))))))).)...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((((.....((((((....(((............)))...))))))(((.....................................................)))..............)))))((((((...................................................................................................................................................................................................................................................................))))))................((((((....))))))..........................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.....((((((((.(....).))))))).)......))))).(((..........(((.........(((((....(((((((.....(((....))).......)))))))....((((((.........((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.(((((((((((((.(((((((....))))))).)))........))))))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))).)))))).)))))....((((((.......((((....))))........))))))......)))...(((.(((((((.((........))..)))))))))).))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.....((((((((.(....).))))))).)......))))).(((........((((..........))))..(((((((((((.....)).)))))).......((((((((...(((((((........((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.(((((((((((((.(((((((....))))))).)))........))))))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))))))))))..)))......((....)).))))))))((((.((((...............)))).))))(((.(((((((.((........))..)))))))))).))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((((.((((((((((........).))))))))).(((((.((((((((((........))))))))))))))).......((((..))))...))))))))))((((((.(.(.(((..((((((((((.((((((((((((.((.((........)))).)..)))))).)))))((........))..))))))))))(((((((((..))))))))).((.(((((((((..)))))))))))))).))).))))).)))))))...((((((((((((((((((((((((((..))))))))))((((((((((((.((((((((........)))....(((((..))).)).))))).)))..))....((........))))))))).)))))))))).(..((((((.............))))).)..).(..((((......))))..)(...(((..))).)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................(((((....((.........(......................(.................)........................)...........))...)).))).(.....................)............................(....(.....................(......(..........................................).........)........).....)...............(....((....).)....)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......(((((((.(....).)))))))........))))..(((((.((...((((..........))))...)))))))........(......)...................((((((.........((((((((((((.(((((...(((......)))........)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))............((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.(((((((((.....(((((((....))))))).............)))))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))).)))))).................................((((...............)))).........((((((.................))))))........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((((...(((((..((........))...)))))..(((((.((...((((..........))))...))))))).......(((....)))....))))))))))..(((((((.((.......((((((((((((.(((((..(((((....))))).......)))))..)))))))...(((((((....))))))))))))....(((.(((.((((((...(((((((....)))))))..(((((........(((((..((.(((((.((((((((..(((((((((((....))))))).))))..)).......))))))..)))))...))..)))))....)))))........)))))).)))....)))......((((((.......((((....))))........)))))).)).))))))).(((.(((((((.((........))..)))))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00618

			AAUUGGAUUGAGCCUUGGUAUGGAAACCUACUAAGUGAUAAUUUUCAAAUUCAGAGAAACCUUGGAAUUAAUAAAAAGGGCAAUCCUGAGCCAAAUCCUAUUUUUUUGAAAAAAUAAAAAAAAAAAUAAAGAUAGGUGCAGAGGUGCAGAGACUCAAUGGAACGCUGUUCUCAAAUGGAGUUGGUGAAGAGGGGUAUAUACAGAGUGUAUCAAACGAUUCACCCACAGCGUGUAGAUUUUUUCACGAACGAAUUAUUAUUCAUCAUCGGAUUAGAAUAAAGAGAGAGUCCCGUUCUGCAUGUCAAUGCCGACAACAAUGAAAUUUAUAGGAAGAGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((...)))....(((((((.(....).)))))))......(((((....((((((...(((...............)))...))))))(((..((.((((((((......................)))))))))).....)))...[.[[[[[...)))).).((((((.....................................................................................................))))))......]]]]]]..((.(.(.((((......))))(.((......)).).).).))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.(....).))))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.(((((..(((..(((.........((((((.(((.............))))))))).......)))...)))...)))))..(((((((((......................))))))))).))....((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((.......((((((...)))))).......)))))).)))))))....((((..((.(((..((((....))))....)))))...)))).......)))))....))))))).))))).))))...........(((.......))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((...((((.............))))...))))))(((...(((((((...............................)))))))..))).............)))).)).............................................................................................................................................................(...((....))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(......(((((((.(....).))))))).............((((.(((....))).))))...............).....(((...((.((((((((..............))))))))..))..)))......((((((((((((......(((((((..(.......)...((((((..(.((((((.......))))))...)..)))))).)))))))........................(((((((((....)))..)))))).....)))))....)))))))....................................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((.(....).))))))).).............((((.....((((.............)))).....))))......(...........................................)....((((((................................................((((...(((................)))...)))).................................((((...............))))...)))))).....................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((((((...(((((((.(....).)))))))........................((((............)))).))))))..).(....((((((((((((.........))))))............((((.....((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((..(......((((.....))))....)..)))))).))))))).....................((.((((((............)))))).))..)))))....))))))).....))))................))))))...).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.(....).)))))))............(((((.(((....))).))))).........).))))))((.(((..(((.(((((((((............)))))))))..))).))).))((.((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((..(.(((((((.....)))))))...)..)))))).)))))))(..........)............(((((((((....)))..)))))).....)))))....))))))).)).................................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((......).............................................................................................................................................................................................(...........................................)...............(.................).....................).....(..(....)..).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.[[[..)))..]]]........(((((.[[[[[.)))))......]]]]].........((((...(((.(((..(((...((((((((......))))))))........))).))).)))..(((((((......((((.(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))(((....))).........)))))))))))))))))))).....))))...........................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..(((((((((.((...))))))))).((......)).(((((.(((....))).))))).......((((...))))..))..))))).((((((((............)))))))).......((((..((.((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).))))))).((..(((..((.(((..((((....))))....)))))..))).))......)))))....))))))).))..))))...........................
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((........)))))))...............[[[...........................))))))]]].((...(((((((((((..............))))))........(((...((.((((((((((((......(((((((..............((((((....(((((((.....)))))))......)))))).))))))).........................(((((............)))))......)))))....))))))).))...))).................)))))...))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.......(((((.(....).)))))..))....)).......((((......))........................................................................................................................))..................................................................................................................................((........(((..)..))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(.(((((((.((...))))))))).((......)).(((((.(((....))).))))).......((((...))))...)....(((((..(((((............)))))..........(((...((.((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).))))))).........................(((((.((....))...)))))......)))))....))))))).))...))).................))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((........)))))))......(((((.......))))).((((............)))).))))))..........(((((((((.[[[[[[[[[............)))))))))(((((((.......(((((......(((((((.(((.....)))..((((((.......((((((...)))))).......)))))).)))))))....]]]]]]]]]...........((((((............)))))).....)))))...)))))))((((......)))).......................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((...(((...............)))...))))))(((...(.(((...................................))).)..))).(...).......)))).))(((((((.........................................................................................................................................)))))))......(...((....))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((...(((...............)))...))))))(((...(.(((...................................))).)..))).(...).......)))).))(((((((.........................................................................................................................................)))))))......(...((....))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((.((...)))))))))............(((((.(((....))).))))).........[[))))))....]]...(((((((((((((......))))))).............((((..((.((((((((..........(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))....((......)).....)))))))))...)))))))).))..))))................)))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.((...)))))))))(((......)))(((((.(((....))).))))).......((((...))))........((((((((((((............)))))))........((((.....((((((((((((.{{{{.(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))........((((.(((........[[[[[[[[[.)))]]]..]]]]]].)))))))))}}}}))))))).....)))).................))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((...(((((...........(((((......(((((.......)))))..)))))...........((((...))))..)))))..(((((((((......................))))))))).......((((((((((((......(((((((..............((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))........................((((((............)))))).....)))))....))))))).))))).)))).........................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((((.....((((((...(((...............)))...))))))(((..................................................)))..............))).))(((((((.........................................................................................................................................)))))))......(...((....))).
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((.(....).)))))))............(((((..((....))..)))))...........)))))).........(((((..................................((((..((.(((((((...........(((((((.(((.....)))..((((((..(.(((((((.....)))))))...)..)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))...................)))))))))....))))))).))..)))).................))))).....
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RNA: CRW_00619

			AAUCGGUAGACGCUACGGACUUAAUUGGAUUGAGCCUUGGUAUGGAAACUUACUAAGUGAUCACUUUCAAAUUCAGAGAAACCCUGGAAUUAACAAAAAUGGGCAAUCCUGAGCCAAAUCCUGUUUUCCGAAAACAAACAAAGGUUCAGAAAAAAAGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUAUUCUAACAAAUGGAGUUAAAUGCGUUGGUAGAGGAAUCUUUACAUCGAAACUUCAGAAAGAAAAAGAAUGAAGUGAAGGAUAAACGUAUAUACAUACGUAUUGAAUACUAUAUCAAAAUCAAAUGAUUAAUGAUGACCCGAAUCUGUAUUUUUUCUAUAAAAAAUAGAAGAAUUGGUGUGAAUCGAUUCUACAUUGAAGAAAGAAUCGAAUAUUCAUUGAUCAAACCAUUCACUCCAUAGUCUGAUAGAUCUUUUGAAGAACUGAUUAAUCGGACGAGAAUAAAGAUAGAGUCCCGUUCUACAUGUCAAUACCGGCAACAAUGAAAUUUAUCGUAAGAGGAAAAUCCGUCGACUUUAAAAAUCGUGAGGGUUCAAGUCCCUCUAUCCCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...................(((((.....))))).(((((((((....))))))))).....((((((....((((((...(((................)))...))))))(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).)))...[.[[[[[...))))))((((((................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))......]]]]]].(((((((.((((......))))(((((....))))).)))))))...................................................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...((..(((((....(((((..(((((.(((.((((((((.(....).))))))).).)))..))))).....(((...(((................))).....(((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).)))...)))..(((((....))))).......)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((((.((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......((((((..((((((((((.(((((((........)))))))........))))).)))))...((((((((..((.(((..(((((((..((((..((((.(((((..((((.(((............))).))))...)))))...((((..(((((..(((((....))))).......)))))...)))).))))..))))(((((((..(((...((((((((......((((((.((((((((....((((((....)))))).((((..............)))).((((((((((..(((((..(((..(((((((....)))))))...)))..))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))........))))))))..((((....)))).)))...)))))))...).)))))).....))).))..)).......((((..((((..((....(((...)))....))..))))..)))).)))))).)))))).))))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................((((((....((((((...((((..............))))...))))))(((...(((((((...........................)))))))..))).............))))))................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.....).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((........................((..(((((((.(....).)))))))...))..........((((.......)))).....................(((.(((..(((((.(((((.(((..(.......).))).)))))..))))).))).))).(((((....(((....)))......(((((((...(((.....((((((....))))))......((((((.............)))))).........((((((....))))))........................((((((((((.....((.........(((((((((.....))))))))).)).......((((((((...........))))))))....))))))))))...)))..))))))).(((((((.((((............)))).))))))).............))))).................))))...................................................(((((.......)))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((.....)).)(((((...((((...((..(((..(((((.............................(((((.....((((.............))))...(.(((((((......(((((.........)))))..))))))).).....((((((...(.(........).)...))))))......(((((((......((.((..(((....)))...)).))..................(((((.............((((((....))))))....(((((..(((....(((....))).....)))..........)))))((((((((.....))))))))(((((((....((((((((...........)))))))).....))))))).....))))))))))))..)))))...((((((.......((((....))))........)))))).....................))))))))...))...))))..((....))......)))))(((.........))).(((((.......)))))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.....(..........((.(((..(((((((.(....).)))))))...)))........(((((.......)))))..................))(((.(((..(((((.(((((.(((..(.......).))).)))))..))))).))).))).(((((...((((....)))).....(((((((..((((.....((((((....)))))).((...((((((.............))))))....))...((((((....))))))........................((((((((((....((((........(((((((((.....)))))))))))))(....)((((((((...........))))))))....))))))))))...)))).))))))).(((((((.((((((......))..)))).))))))).............))))))..........)))..)))))........................((.....))..................(((((.......)))))........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................(............................................(......................................................)..............................................................................................................................................................................(..........).....................................................................................................................((.....)).......)(((....)))...............................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...))))..............(((..(((((((........)))))))...))).((((.[[[[[.)))).......]]]]].................(((((((....[[[[[[[[...............)))))))......]]]]]]]]((((..(((((..(((((....))))).......)))))...))))..((((((((.(((((((..(((...((((((((.............((((((.(((..((((((....)))))).((((........)))).)))...((((((((((....((((.(((.((((((((....))))))))..))).))))(((...((((((((...........))))))))))).)))))))))).....)))))).....((((...)))).))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..(((((((.....(((...)))..)))...))))..))))..)))))).....))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((....((((((((..(((((.(((..(((((((........)))))))...)))..))))).(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).(((((....)))))....(((((((..((((.(((.((((((....)))))).((...((((((.............))))))....))...((((((....)))))).((((........))))........(((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))).))))))).))))))).(((((((.((((..((....))..)))).))))))).............)))).))))))))).((((......))))...((((..((((..((..(((((...))).)).))..))))..))))(((((.......)))))........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.......((...............(((((((........)))))))................((.......{{))...............}}......((.(((..(((((.(((((.((..............)).)))))..))))).))).))...........................(((((((..((((...........................((((((.............)))))).........((((((....))))))........................((((((((((...............((((([[[[..)))))]]]]..............((((((((...........))))))))....))))))))))...)))).))))))).(((((((.((((............)))).)))))))...............))............)))..)))))...................................................(((((.......)))))........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................(((....((((.......))............................................(..((((.........................)))).......)...............................................................................................................................................................................)).............................................................)).....................)...............................................(((((((......................................................................).......))))..))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((....((((((((..(((((.(((..(((((((........)))))))...)))..))))).(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((..(........)))).)))))..))))).))).))).)))))).(((((....)))))....(((((((..((((.(((.((((((....)))))).((...((((((.............))))))....))...((((((....)))))).((((........)))).......((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))))))))).))))))).(((((((.((((..((....))..)))).))))))).............)))))).))))))).((((......))))....(((..((((..((..(.(((...)))..).))..))))..))).(((((.......)))))........
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..(((((....(((((..(((...(((..(((((((........)))))))...)))((((((..(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).)))))).........)))...)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((.((((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((....((((((((..(((((.((((.(((((((.((...))))))))))..)))..)))))((((((.......))))).).........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).(((((....)))))....(((((((..((((.(((.((((((....))))))(((...((((((.............))))))....)))..((((((....)))))).((((.((...)))))).......((((((((((((((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........)))))))).)).))))))))))))))))).))))))).(((((((.((((............)))).))))))).............)))))).))))))).((((......))))...((((..((((......(((((...))).)).....))))..))))(((((.......)))))........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..(((((....(((((..(((...(((.((((((((.(....).))))))).).)))((((((..(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).)))))).........)))...)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((((.((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00620

			AGGGGAUAUGGCGGAAUUGGUAGACGCUACGGACUUGAUCGAAUUGAGCCUUGGUAUGGAAACCUACCAAGUGAUAGCUUCCAAAUCCAGGGAACCCUGGGAUAUUUUGAAUGGGUAAUCCUGAGCCAAAUCCGGUUCAUGAAGACAAUGUUUCUUCUCCUAAGAUAGGAAGGGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUAUUCUAACGAAUGAAUCUCAUUUGGUCCAAUACUGUAGUUACUGUAGUUAUAGAACGAUCUAUUUACACCUCAAAAAUGGAGAGAGAUGUUAUAUAACAUCAGACAAAACUGGCGAUCAGAACUCGUUCCAAGCAUUUUAUUCAUAAGAUAGAUGCCAGAUUCGAGUUGAAGUACUGAUUUGACAUUAAGUAAUCCAAUUAUGAACUUAUCUACUCUAGAUGAAUAAUUUAAUUAUUUUUUGGAAUAAAUGGUUGGACGAGGAUAAAGAUAGAGUCCAAUUCUACAUGUCAAUGUAAACAACAAUGCAAAUUGCAGUAGGAGGAAAAUCCGUUGGCUUUAUAGACCGUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.................................((((((...)))))).(((((((.(....).))))))).....((((((.....(((((...(((..............)))...))))).(((..((((..(((..............................)))..)))).)))...[.[[[[[...))))))((((((..............................................................................................................................................................................................................................................................))))))......]]]]]]..((((((.(((........))).((((....))))..))))))............................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((..((((((((.....(((((((....((((((((.(((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).)).(.((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)))....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....(((((.((((.((..((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....)))))).)).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..((((((((((..(((.....)))...(((......)))))))..))))))..))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((.....(((((.((((((((...(((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))......(((.((((((((((...))))).))))).....)))...))))).))))))))))).............)))))))))))...((((((((((..(((((..((.....(((((((((...((((...((((..((..((((((....))))))..............(((((((((((.((...((((((............))))))..))..))))))......)))))))..))))......(((((((((....(((((((...))))))).........((((((....))))))))))))))).))))....))))))).))..)).)))))......((((........)))))))))))))).........)))).)))))))))...)))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....................................)))))..........................((((((....((((((..((((.............))))...))))))(((...((((((..................................))))))..))).............)))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((....)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((..........(((((((....(((((((.((((.(((((((.(....).))))))).(((((((((((..((((((....))))))...........(((......((((((......))))))................((((((.....)))....)))............)))..))))))))))).............))))))))))).....)))))))...........((((....)))).......................((((((....))))))................(..((((((......(((((.(((.......))))))))......))))))........)...............................((((.....))))..............................(((((((...............)))))))))....................................(((......)))...................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.....((((((..........(((((((....((((((((.(((.(((((((.(....).))))))).((((((((((...((((((....))))))......(((((.((................)).))))).(((((.......)))))(((((...)))))........................)))))))))).............))))))))))).....)))))))..(((..((((((.((((.(((.(((.((.........)).))).))))))).))))))..)))...................(((((.((((.(((.((((((.................................(((..(....(((.........)))....)..)))...........((((((...)))))).....))))))))).)))))))))..................((((((.((.((((................))))))))))))......))))))...........)).).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(((..........(((((((..(((((((((.((((.(((((((.(....).))))))).(((((((((((..(((((((..)))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))......(((.(((((((((.....)))....))).))).)))...))))).)))))))))))(....).......))))))))))).))..)))))))..((......(((((....)))))......(((.......)))...(((((((())))))))))...........((((((((((((.((...(((((.((((.....)))))))))..))..))))))......)))))).........((((...((((((....((((((.....))))))))))))...))))...............(((((((...............)))))))))).))))))...............((.....))....(((......)))...................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................(.......................................................................................................................................................................................(.................)...........................................................................................................(.........................................).............................................................((.....)).......)(((........................................)))...................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.....(((((((....((((((((.(((.(((((((........))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((.....((((((......)))))).........(((.((((((((((...)))).)))))).....)))...))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))...(((((..(((((....))))))))))((((.........(((.((((((....))))))........((((...))))..)))..(((((.(((((......(((((..((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..)))))))))))....))))).))))).)))).............)))))))).))))))..(((((.[[[[........)))))...(((......)))]]]]...............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((.....(((((.((((((((((((((...)))))).(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))...........(((...))).(((((......))))).(((.(....(((.(((((((((.........)))))).))).)))....)))).)))))))))))....(((((((...))))))).(((..((((((((((..(((((..(((((....)))))))))).(((.......)))...((((((....))))))........(((.....)))..(((((.((((.(((((.((((.(((((..((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..)))))))))))))))))))).)))))))))((((....((((((...))))))..))))...(((........))).))))))))))...)))...)))).)))))))))...)))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((.....(((((((....(((((((.((((.(((((((........)))))))..((((((((((..((((((....))))))...........(((.......(((((......)))))..................((((.......))....)).............)))..))))))))))..............))))))))))).....))))))).......((((((.(((...((.......................))[[))).))))))]]......................(((((.((((.(((((.(((((.(((((....................................................................................))))).)).)))))))).)))))))))..............)))))))).))))).............................(((......)))...................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................(((......)).................................................................................................................................................................................................................................................)............................................................................................(((...(((............))).....).))................((((...................................(((....)))................))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.....(((((((..(((((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))...........(((...)))((((((......))))))...........((((((.(((((...)))))))))))...((......))....))))))))))).............))))))))))).))..)))))))...(((((..(((((....)))))))))).(.(.......).)...((((((....))))))........(((.....)))..(((((.((((.((((.(((((...(....((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..))))))..)..))))))))).)))))))))..............)))))))).))))))..............(((.....)))...(((......)))...(((......).))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((...........))))(((((.(((((((..(((((.(((((((........))))))).(((((((((((..(((((((..)))))))..........(((((.((((((((((......)))))).(((((.......)))))(((((...)))))...))))..........))))).)))))))))))....(((((((...))))))).......(((((((...))))))).(((((....)))))......)))))...........(((((((..)))))))............)))))))((((((......((((((............))))))......))))))....(((((..(((((((.......(((((........(((((((...)))))))................)))))......((((((((...............))))))))....))))))).....................))))).........))))).................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....................................)))))..........................((((((....((((((..(((...............)))...))))))(((...(.(((....................................))).)..))).(...).......))))))(((((((......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..(())...((((((....)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....................................)))))..........................((((((....((((((..(((...............)))...))))))(((...(.(((....................................))).)..))).(...).......))))))(((((((......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..(())...((((((....)))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....(((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))...((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)).....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....((((.(((((.((..((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....)))))).)).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..(((((.((((..(((.....)))...(((......)))))))...)))))..))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(((((((([[[[.(((((((.....((((((..(((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((.(((((((....)))))).).........(((...)))((((((......))))))..........(((((((.(((((...)))))))))))).(((......)))...))))))))))).............))).))))))......)))))))...(((((..(((((....)))))))))).((((....).)))...((((((....))))))........((((...))))..(((((.((((.((((.(((((.((((...((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..)))))).))))))))))))).)))))))))..............)))))))).))))))..(((.....)))...............(((......)))......]]]].........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................(((((.....((((((..(((...............)))...))))))(((...................................................)))..............)))))((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))).........((((((....)))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....((((((((.(((.(((((((.(....).))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).)).(.((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)))....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....(((((.((((.((..((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....)))))).)).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..(((((.((((..(((.....)))...(((......)))))))...)))))..))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......).((((((.((.....((.((..))))...(((......)))((((((((((..))))))))))..(((((((((((((((((((..)))))).((((........)).....(((((((.((((((.(((..))).((...))((((.((((..))).)))))).))))))))))))..)).)))))))))))))((((((((((..))).(((((.((((((((.((((((((....((........))...)))))))).((((.((.((((....(((((((..)))))))..((...))(((((((((((((..))))(..)((((.(((.......))))))).(((((...)))))((..))))))).))))..((..)))))).)).))))...(((((...))))).(((((.....))))))))))))).))))).(((((((.............)))))))..(((((......))))).(((...(...).))).)))))))...)).))))))((.(......)))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((......................................................................................................................................................................................................................)..)...........................(...........(........(.......(...(....(.((............................................)).)......)...).....)...)....(..((.((((........................))).).))..)..............)....((((.(.........................(..(.(.(............................).).)..)............).))))...............(......)......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....(((((((..(((.(((((((.(....).)))))))..((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))......(((..(((.(((((...))))))))..))).........))))).))))))))))..............))).))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........................((((((....)))))).............))))....((((.(((((.((((.(((((..........((.((((.....(........)...)))).))............((((.....(((((((...))))))).))))..............))))))))).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..((((((((((..((((...))))...(((......)))))))..))))))..))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....(((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))...((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)).....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....(((((.((((.(((.((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....))))))))).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..((((((((((..(((.....)))...(((......)))))))..))))))..))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00621

			GAUUGUAUUGAGCAUUGGUAUGGGAACCUGCUAAGUGGUAACUUCCAAAUUCAGAGAAACCCUGGAAUCAAAAAUGGGCCCUCCUGAGCCAAAUCCCUUUUUUGAAAAAACAAGUGGUUCUCAAAUGAGAACCCAAAGGAAAAGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUGUUCUAACGAAUCGAGGUGUAAUUACGUUGUGUUGGUAAUGAAACUCCCUCUAAAUUAUUAAAUUAGAGAAAGAAGGACUUUAUACAUCUAAUACACACGUAUAGAUCCUGACAUAGCAAACGAUUAAUCACAGAACCAGUAUCAUAACAUAGGUUCUUUAUUUAUUUUUUAGAAUGAAAUUAGGAAUGAUUAUGAAAUAGAAAAUUCUGAAUUUUUUUAGAAUUAUUGUGAAUCCAUUCCACUCGAAUAUUGAAUAAAAAAAUCCUUCAAUUCAUUGUUUUUGAGAUUUUUUAUUUUAAAAAGAAGAUUAAUCGGACGAGGAUAAAGAGAGAGUCCCAUUCUACAUGUCAAUACUGACAACAAUGAAAUUUCUAGUAAAAGG
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((.((((((.((((((..((((((..(((......)))...((((.((.(((((.((.((.....((.(((.((((...((......(((.(((....))).))).(((((((....)))))))....))...))))..))).)).........(((((....)))))..)).)).))).))...(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).)))))....))))))..))))...(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))...........................)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((..((((((...(((((.((......((((...(((((.......))))).(((((((.(((................))).)))))))..........(((((((....)))))))....)))).(((((...((((..((.....(((((....))))).....))....))))..(((((((((((((..((((...(((((((((.........))))....))..)))..))))....)))))))).)))))...))))).)).)))))..(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...(((((((((.....(((...(((((((((....)))))))))..))).)))).))))).((((((.(((((((..............)))))..)).))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................))))))......(((((....))))).)))))....))).)))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........)))).................((((((....((((((...((((...........))))...))))))(((...(((((((.......................................)))))))..))).............))))))..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...((....))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.(((.((.((((((................((((((..(((((.......))))).........(((..((.(((.(((..((((.(((((.............(((((((....))))))).....))))))))).))).))))).)))..)))))).................((......(((((((((((((......((.(((((((((.........))))))......))).)).......)))))))).))))).....))............(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((...........(((((((((....)))))))))......))).)))))).(((((((..(((((..............)))))..)..))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................)))))).))..))))))))))............................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(((((((....(((.((((((...(((((.((.(((.(((((....((((.(...(((.............)))...).))))(((......(((((((..........(.(((((((....))))))))...)))))))....))).............))))).)))............(((.((...((((.(((((..(((((..............)))))...((((((.(((.......))).....)))))))))))))))...))))).)).)))))..((((((((((.((((((..............)))))).)......((((((((((((((...((((((.((........)).(((((((((....)))))))))..........)))))).((((((((.(((((..............))))).))..))))))...))))))))))))))...)))))))))...................)))))).)))....)))))))..)(......((....))........).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((....(((....)))..((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..((((.((((((..........(.(((((((....))))))))...)))))))))).))).))))).)))).))))))...(((....)))...(((......(((((((((((((.....(((.(((((((((.((....))))))))......))).)))......)))))))).))))).....)))...........(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((.....(..((.(((((((((....))))))))).)).).))).)))))).((((((((.(((((..............))))).))..))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((............)...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....))........(((....))))............................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((..((((((...(((((........((((((..(((((.......)))))........((((.....(((.(((..(((((((.(((....))).))).(((((((....)))))))..........)))).))).)))...)))).))))))..((((....))))..(((......(((((((((((((..(((((..(((((((((.........))))))......))).)))))....)))))))).))))).....)))....)))))..(((((((((..((((((..(((......))))))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..............))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................))))))......(((((....))))).))))).................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.(((((.(((........)))..((((((..(((((.......)))))........((((..(((.((.(((..((((.((((((...........((((((((....))))).)))..)))))))))).))).))))).)))).)))))).((((((.((.((((((.(((....))).))).))).)).......((..((((((.........))))))..)).((((.(((((((.............)))))))))))...........(((((((((..((((((.((......))...)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((((.(((((..((......))..))))).)))..)))))...)))))))))))))))..)))))))))....))))))..........))))).))).))))))))))............................
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((....(((.........((((((....((.......[[))............]].....(((.(((..((((.(((...............(((((((....))))))).......))))))).))).)))........))))))..((((....))))..(((......(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).))))).....))).....)))...(((((((((..((((((..............))))))........((((((((((((((...(((((((((.....((....(((((((((....)))))))))))....))).)))))).((((.....(((((..............))))).......))))...))))))))))))))...)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................((((.((...((..............................................((((............(((.((((((....)))).))).))..........................................................................................................................................))))..).)...............................................................)).)......)))..........................................................................................(((.(.(.......(........))..).).))................(((((((....)))).........................)))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((................((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..((((.((((((............(((((((....)))))))....)))))))))).))).))))).)))).)))))).....(........(((.(((....))).))).....)............((((((.........)))))).....((((.(((((((.............)))))))))))...........(((((((((..((((((.((......))...)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((((.(((((..(........)..))))).)))..)))))...)))))))))))))))..)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((........((((((((((............((((((..(((((.......)))))..........(((........))).....((((((((............((((((((..))))))))....))))))))..................))))))................)))).....(((((((((((((.........(((((((((.........))))))......)))..........)))))))).)))))...(((((...........(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...((((((..............(((((((((....)))))))))..........)))))).((((((..(((((...........)))))[[[[[[[[[))))))...)))))))))))))))..)))))))))....)))))..........))))))........)))))))....]]]]]]]]]...............
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........)))).................((((((....((((((...(((.............)))...))))))(((...(.((((.........................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))...(...((....))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........)))).................((((((....((((((...(((.............)))...))))))(((...(.((((.........................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))...(...((....))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..((((((..(((......)))...((((.((.(((((.((.((.....((.(((.((((...((......(((.(((....))).))).(((((((....)))))))....))...))))..))).)).........(((((....)))))..)).)).))).))...(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).)))))....))))))..))))...(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...)))).))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))............................
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((((([[[[[...)))..((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..(((.(((((((...........((((((((....))))))).)..)))))))))).))).))))).)))).))))))..........................((((((((((((.........(((((((((.((....))))))))......))).{{{{{....)))))))).))))}}}}}........]]]]]..(((((((((..((((((..............)))))).....(.(((((((((((((((...(((((((((((..((((....((((((((....)))))))))))))).))).)))))).((((((((.(((((..............))))).)))..)))))...)))))))))))))))).)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((((.....((((((...(((.............)))...))))))(((..........................................................)))..............)))))((((((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))...(...((....))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..((((((..(((......)))...((((.((.(((((.((.((.....((.(((.((((...((......(((.(((....))).))).(((((((....)))))))....))...))))..))).)).........(((((....)))))..)).)).))).))...(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).)))))....))))))..))))...(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))............................
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((.((((....((..((........)).))...))))))))).(((((.((.((((.(((..))).))))..(((((((((...(((((((((((..)))))((((((((((..)))))).))))...)))))).))))))))).(((((((((.(..(((((((.((((.(.(((.(..((((((.((....))))))))..)))).((((((.((...)).))))))....((..))..(((((.............))))).((((((.(...))).).))).).)))))))).)))..)))).((...)).(((((((.((((((........))))))(((((((..((...))(((.(((((((((...))).)))))).)))....).))))))(((((((.....(((((((((...(.((((..........))))).)))))))))....(((.......))).)).))))))))))))).))))).((((..((.((((......)))))))))))).)))))(..).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................((.((.....(.(.(........(((.(.........(....(.(.........................(.((...............)).)...........)...)........).......).)))..)..)).((..((..(..(......................).)..))......))..............)).).).(..(....(..................(...(...(.........(.....................)...)...)......)...........)....)..)...(.(........)).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..(.((((........((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..((((.((................(((((((....)))))))........)))))).))).))))).)))).))))))...(((....)))...(((......(((((((((((((......(..(((((((((.........))))))......)))..).......)))))))).))))).....)))....))))...(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....(((.....((((((((....)))))))).)))...))).)))))).((((((((.(((((..............))))).)))..)))))...)))))))))))))))..)))))))))................)..)))))).))).))))))))))............................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..((((((.((.....((((((..(((((.......)))))........((((..(((.((..((..(((((((.(((....))).))).(((((((....)))))))..........)))).))..))))).)))).))))))..((((....))))..(((......(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).))))).....))).)).))))...(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))............................
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00623

			GCUACGGACUUGAUUGUAUUGAGCCUUGGUAUGGAAACCUGCUAAGUGGUAACUUCCAAAUUCAGAGAAACCCUGGAAUGAAAAAUGGGCAAUCCUGAGCCAAAUCCACUUUUUUCAAAAAAGUGGUUCUCAAACUAGAACCCAAAGGAAAAGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUGUUCUAACGAAUCGAAGUAAUAACGAUUAAUCACAGAACCCAUAUUAUAAUAUAGGUUCUUUAUUUUAUUUUGAGAAUGAAAUUAGGAAUGAUUAUGAAAUAGAAAAUUCAUAAUUUUUUUAGAAUUAUUGUGAAUCUAUUCCAAUCGAAUAUUGAGUAAUCAAAUCCUUCAAUUCAUUGUUUUCGAGAUCUUUUAAAAAGUGGAUUAAUCGGACGAGGAUAAAGAGAGAGUCCCAUUCUACAUGUCAAUACUGACAACAAUGAAAUUUCUAGUAAAAGGAAAAUCCGUCGACUUUAUAAGUCGUGAGGGUUCAAGUCCCUCUAUCCCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	........((((((...))))))..((((((.(....).)))))).......(((((....((((.(...(((.............)))...).))))(((..((((..((((((.........(((((........)))))....)))))))))).)))...[.[[[[[...))))).((((((..((.((.(...).))..(((((((((...........................................................................................................................................................................)))))))))..))))))))......]]]]]]..((.(((.(((((....)))))(.((......)).).))).))....................................................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((((((..........((((....((((((((........)))...))))).....(((((.....(((((((.....((.((.(((((...((......(((((((...)))))))((((((......))))))....))...)))))..)).))..(((((.......(((((((....))))...))).....(((((((((..((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((.((((..((.((((((...((((((((..((....))..)))))))))))))).))))))....((((....)))).))))....)))))...))))))))).............)))))))))................))))).)))))))..(((((....))))).........))))).....))))...((((..((((((...))))))...))))))))))))..........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.....(((((..(((((.(((((...((((....))))..)))))...((((.....(((.............))).....)))))))))..(((((((((...)))))))))..)))))(((((((....(((((...((((((((((((....(((.(((((....))))).....(((((((((....((....))..((((((..(((....)))..)))))).....)))))))))...)))..(((((((.(((((((((........)))))))))))))))).....))))..))))))))..........((((....)))).)))))...((((((((.((((((((((..........)))))..)))))...((((.........)))).........(((((....)))))))))))))..))))))).........((((..((((((...))))))...))))))))))))...........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....))))))...........................((((((....((((((...((((...........))))...))))))(((...(((((((.....................................)))))))..))).............))))))...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.....).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((((..........))))))...............((((.......))))..........................(((((((((((.....))))))((((((......)))))).................................................(((.........)))........((((((.((((....)))).))))))...(((((.........)))))..((((.((((((((((........))))))))..............................................))..)))).................................)))))....................................(((((....)))))..........((((.......)))).......((((((...)))))).(((((.......)))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(((((.......(((((((....(((.((((.(............(((.(((((..............((((..........))))...(((((.(((...(((((((((.....))))))((((((......))))))..........)))..))).))).))......))))).))).....................((((((((((.((((((.((((....)))).)))))).).....((((((((((((((....(((..........((((((...((((((((..((....))..))))))))))))))...........((((....)))).))).....))))))...))))))))((((...))))..)))))))))...................).)))).)))....)))))))...............((((.......))))..))))).)..............(((((.......)))))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((((.(....).))))))).((......))...(((((.......))))).........(((..........)).((((((((((((...)))))))((((((......))))))................................((......)).....(((((.........)))))......((((((.(((((()))))).))))))..((((((((.....)))))))).((((.(((((((..(((((...((((((((((.......)...))))))))))))(((.....)))..))..)))))))..)))).................................)))))....((((...............)))))........(((((....))))).........(((((.......)))))......((((((...)))))).(((((.......)))))........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(................)..............................................................................................................................................................................................................................................................(...).................................................................((..................)).............................(((((....))))).............................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((...((((.(((...(((.[[[[[))).))).)))).....]]]]]...........((((((((......((((((.....(((.(((..(((((((((((...)))))))((((((......))))))..........)))).))).)))..((((.......(((((((....))))...))).....(((((((((..((((((.((((....)))).))))))...(((((((((((((((((....((((.(((((....((((((...(((((((((((....)))..))))))))))))))..)))))....((((....)))).))))........)))))))))))).....)))))....)))))))))................)))))))))).....(((((....))))).........(((((......)))))..)))..((((((...))))))..)))))))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((..((.....))(((((((.((...))))))))).(((..(((.........)))..))).(((((((.......(((........))).((((((((((((....(((((.((((((......)))))).........(((((((...((.........))....)))))))....(((((.........)))))......((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((.(((((((..(((((((.(((((((((..((....))..)))))))))...)))........))))..)))))))..))))....)))))...))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))))))))))..(((((....))))).........(((((......))))).((((..((((((...))))))...))))))))))))...........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((<<<<<...((((((...(((((((........)))))))................((.......{{))............}}..............((((((((((...........((((((......)))))).......................................(((....)))............aaaaaa.....((((((.((((....)))).)))))).........(((((((........((((.(((((((...((((...(((((((((............)))))))))))))................)))))))..))))............)))))))........))))))))))AAAAAA................................[[))))))..]]...........(((.........)))...))))((((((...)))))).(((((..>>>>>)))))........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................((((((....((((.......))...............................................................................................................................................................................................................................................)).........................)).....................)))).............................................................................................................................(((((((....)))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((....(...((..(((((((.((...))))))))).((......))...(((((.......))))).........(.((.(((((...((.....((((((((...))))))))(((((......))))).....))...)))))..)).)......))...).(......)....................(((((((((..((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((.(((((((..((((((...((((((((..((....))..))))))))))))))...............)))))))..))))....))))...)))))))))).............))))))))).....((((.........)))).........(((((....))))).........(((((......)))))..(((..((((((...))))))...)))..)))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((............(((((((........)))))))(((......)))..........((((((..........(((((...(((((((((([[[[[[[[[[[[.........))))))....(((((((..........((((((..........(((((((((((...(((((((..(((((.........)))))......((((((..............))))))..(((((((((...))))))))).......(((((((((........)))))))))...))))))).............)))))........))))))......))))))...((((((((..............]]]]]]]]]]]]....((((...............)))).........(((((....)))))))))))))..)))))))...))))...)))))((((((...))))))..)))))))))))))...........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....))))))...........................((((((....((((((...(((.............)))...))))))(((...(.(((.........................................))).)..))).(...).......))))))((((((((.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))..........(.....).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....))))))...........................((((((....((((((...(((.............)))...))))))(((...(.(((.........................................))).)..))).(...).......))))))(((((((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..........(.....).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((..........((((....((((((((........)))...))))).....(((((.....(((((((.....((.((.(((((...((......((((((.....))))))((((((......))))))....))...)))))..)).))..(((((.......(((((((....))))...))).....(((((((((..((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((..(((..((.((((((...((((((((..((....))..)))))))))))))).))))).....((((....)))).))))....)))))...))))))))).............)))))))))................))))).)))))))..(((((....))))).........))))).....))))...((((..(((((.....)))))...))))))))))))...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((...(((((((.(((((((.((...)))))))))(((......)))..(((((.......)))))..............(((((..........((((((((...))))))))(((((...[[[)))))..........)))))...........)))))))(((....)))...................(((((((((((((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((.((((((.(((((((..((((((...((((((((............)))))))))))))).((((.....)))).)))))))..))))..))))))...))))))))))..........)).))))))))).....((((.........)))).........(((((....))))).........(((((]]]...))))).((((..((((((...))))))...))))))))))))...........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((...........(((((((.(....).))))))).((......)).................................................((((((((...))))))))(((((......))))).......................................((((....))))...........(((((((((...(((((.((((....)))).)))))........((((((((((.((....((((..(((.....((((((...((((((((..((....))..))))))))))))))...))).....((((....)))).)))).....))....)))))))))).............)))))))))...............................(((((....)))))................................((((((...)))))).......))))))))...........
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00633

			AAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGAGAACAAAUGAUUCUUUCGCUAAGACAUUUGCUGAAGCCUUGAAGAGCAGUAGUCAUCCUUACUGCUAGUUCAACUUAUUGUUGAGCAACAUUGCCAAAUUGCGGGAAAGUCUUAAUGACUUCGCUACCAAGUUCAAUAGCGUACUCUGAAUGGCCGGCUUAAUACACCGGGUAGGGUUAUAAUGCGAAGUAUGUUACAAUAGGCAACCUGCAGCCAACUUCUACAUUGUAGGAUGCUGUUCACAGAUCAAAUGGCAGUGGGUGCAUCAUGUAAGCUAAUGAUGCGCUUAAGAUAUGAUCGGUCCUUAUUGCGAGAGCUUAAGGUAGAAAACGU
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Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................((......))...........................................................((....((((((...))))))....)).....((.........................(..............)..........)).......(..((....)).)..............
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((((....((((((..(((.......))))))))).((..((..((...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..))..))))..)))))))))..)))..)))))))..(((((((((((..((((((((((...((((((.((((........))))..)))))).....)).))))))))((((((...(((.(((((.....(((((...)))))..))))).....(((((..(.....((((((((((((........))))))))))))..)..))))))))..))))))...))))))..))))).......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................((((((....((((((....((((......................................................................................))))...))))))(((...(((((((...))))))).))).............)))))).............................................((((((.................)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.((.......(((((..(((.......)))))))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))....................(((((.....)))))((..............................((((.........))))..............))...............((((.(((((((............))))))).)))).......(((((.........(((((((((((........)))))))))))......)))))...(((((..((....)).)))))..........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................(((((.........)))))..((((((((...((((((....(((.....(((((((.(((..(((((...........))))).......................)))......)))))))..........)))...))))))......(((.........)))..................))))))))(((((((..............)))))))..............................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((.(((((........((.....)).(...)...))))).))))))))....(((((((........))))))).(((((((.....)))))))..(((((((...(.(((((.......((((((((((((((((..(((((...........)))))..((((.........))))....)))....).))))))).)))))..........))))))((....((((((...))))))....)).............)))))))((((((((((........)))))))))).............(((((((..((....)).)))))......))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.((.......(((((..((((.....))))))))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))....................(((((.....)))))..(((..........((((((((((.......((((.........))))...).............)))))))))..((.((((.(((((((............))))))).))))))...(.(((((........((((((((((((........)))))))))))).....))))).).(((((..((....)).)))))))).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................((....)).................................................................................................................................................((.....))........((((....)).............)).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))............))))))..(((((.....)))))..(((((((((((..(((((((((....((((((.((((........))))..)))))).......)))))))))(((((((..(((.(((((....((((((...)))))).))))).....(((((........((((((((((((........)))))))))))).....)))))))).)))))))...))))))..))))).......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((..(((.((..(((((.....)))))..))...........(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).(((((.((.(((((((............))))))).))))))).......))).)))))))).(((((((((........)))))))))......))))))....(((((..((....)).)))))..........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.........((((((..((((.....))))))))))..)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((...........((((.....))))((...............{{{{{{{{.......((((([[[......))]]]...)))........))}}}}}}}}...........(((((................)))))...................))))))))((((((((((........))))))))))...............(((((..((....)).)))))..........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................(((((....(((((....((((.....(((((((.((((.(.((((.(....)).)))..)......................))))......)))))))..........))))..).))))........................................)))))..((((((.(............).))))))............................(..((((......)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.(((((((((.........((((((.......[[[[[...))))))..)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((..(((((((...((((.....(((((((............]]]]].((((((.....((((.........)))).))))))......)))))))..........))))..))))))).....((((((...))))))..((((..))))......))))))))((((((((((........)))))))))).....))))))....(((((...........)))))..........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.......................................))............................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.(((.......))).).))).(...).......))))))((((((((..............))))))))..((.....))....((((((.................)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.......................................))............................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.(((.......))).).))).(...).......))))))((((((((..............))))))))..((.....))....((((((.................)))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....((((...((((.....))))))))............(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).....((((.(((((((............))))))).)))).......[[[[[..)))))))).(((((((((........)))))))))........]]]]]...(((((..((....)).)))))..........
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((.(((((...........((((.....))))..))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))............))))))..(((((.....)))))..(((((((((((....((((((((((.....((((.........)))).))))))....))))...........(((((((......(((((....((((((...)))))).))))).....(((((........((((((((((((........)))))))))))).....)))))....)))))))...))))))..))))).......
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....((((...((((.....))))))))......(.((..(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).....((((.(((((((............))))))).)))).......)).)...)))))))).(((((((((........)))))))))....)))....((...(((((..((....)).)))))..))......
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.(.........)....)).((.........)).................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..(((((((((.(((((..........................))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....(((((.....................................................................................................)))))........................................))))))))((((((((((........))))))))))......)))..(...(((((..((....)).)))))..).......
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....((((....)))).........((((.....))))...)))).............((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))....((((......))))...((((.....)))).(((((..........))))).........(((((((.........))).(((((...(((........)))(((......)))..))))).))))..(((((.....))))).(((((.((.........))))))).((((((((((........)))))))))).(((((.......)).))).((((...........)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: CRW_00634

			ACCAGGAGUUAACAAACAGGCUCUGCUCCAAACAGUAGCUCGAAUAGAGUACGGUGGUCGCUGUCGUUUAAAUACUAGUCUGUUUAUAACAGGCAAGAUCUUCAAAUUGCGGGGAAGUACUGGGGCUCUAAUCUACCAAGUCAUUGUCUGAAAAGGCAUGAUGGCCUGAGGUAAUAACUCAGGAUAUGGUUACAACGAUUAGAGAUGUUACAAUGUAUGAUUCGCAGCCCAAUCCCUCAAUAUGGGAUCAGGUUCAGAGACUAAACGGAGAUCGAUCUAGGCAUUGAACUAGGUUUAAGAUAUAGUCCAUUAUUCUGCUUAACAGCAAUUGAAUGUAUUAAUUGGGAGCCUGCGGCUUAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((.((.....................)))))))....((....(((...)))))(((((.((.(.((......)).).)))).)))..(((((((....((((((....(((.....((((((((((((..((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))....)))....).)))))))).((...))..)))...))))))(((..(((((.......)))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((........))))))).......]]]]]]...((((((.....))).)))...............................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................((.((((....))))))...................................................................(((....(((.......)))....))).....((.............................................)).......(((.....)))...................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((..........((.((((.....))))))..(((.................((.(((((((...))))))).))...........(((..............((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..................))).(((..(((((.......)))))..)))....................(((((((........)))))))...........)))......((((....)))).................))))))))........
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((..........((.((((.....))))))(((((.(...(((..(((....((.(((((((...))))))).))((((((.....(((((...((((.(...((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))......)...))))..)))))((((..(((((.......)))))..))))............)))))).(((((((........)))))))))))))...).)))))....((((....)))).................))))))))........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................(..................................................................................................((........))..................................................................................................................................................................................).....(((((.)......))))..
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....[[[[[[[[[..)))))((((....((((.....))))(((((....))))).)))).......]]]]]]]]]...........(((((((....((((((...((((.....((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..........))))..)))))).....(((((.......)))))..((((....))))....)))))))(((((((..[[[...)))))))...]]].((((.((((....((((....))))....)))).)))).....(((((...)))))..
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HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((..............(((.....)))....((((.....(((............(((((((...)))))))..(((((((....((((((...((((.....((((((((......((((.(((((....)))))))))..((((((.......)))))).............))))))))..........))))..))))))(((..(((((.......)))))..))).............))))))).((((((........))))))....))).....)))).....((((....)))).................))))))))........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.......................)))))......................................................................((((....((((.....(((((.((.((((.((((.(((((....)))))))))...(.((.........)).)....))))......)).)))))..........))))..).)))......................................................................((((............))))............................((((((.....))))))
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((.(((((........((((........(((((((...)))))))..........(((((((...)))))))...............)))).......)))))((((((((.((((......(((((....)))))......((((((.......))))))...))))......)))))))).(((((.............((((....(((((.......)))))..........(((((..........(((((((........))))))).......))))).......)))).))))).(((((((.....)))))))))))))))........
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...........................................)))))).....................................((((((....((((((....(((..............................................................................................)))...))))))(((...(.(((......))).)..))).(...).......))))))(((((((.............................................))))))).............((((((...)))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.......[[[[[[[[)))))...((((.(((..(((((((((..((((..(((((..(((((......((((((.....))))))..(((((((....((((((...((((((...((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))......))..))))..))))))(((..(((((.......)))))..))).............))))))).((((((........)))))))))))..)))))))))))))))).))...))).)))).............]]]]]]]]........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......((((((((.((((......(.((((.....)))))..............((((........(((((((...))))))).........)))).(((((...((((.....((((((((......((((.(((((....)))))))))..((((((.(....))))))).............))))))))..........))))..)))))((((..(((((.......)))))..))))............))))...(((((((........))))))).......((((.((((....((((....))))....)))).))))....)))))))).)))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......((((((((.............((((.....))))..(((((..(((((..(((((((....(((((((...)))))))..(((((((...(((((((...((((.....((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..........))))..)))))))....(((((.......)))))..................)))))))...................)))))))..))))))))))....((((....)))).................)))))))).)))))..
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................(((((.....((((((....(((..............................................................................................)))...))))))(((.....................)))..............)))))((((((...............................................)))))).............((((((...)))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((........)))))).((((..((.(((.(((.....)))))).)).(((.(((..............(((((((...)))))))..(((((.((.((((.(((((.....((((.((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......)))))))).........(((.......))).)))).))))))))).))))))).....))).))).....)))).(((((((((........)))))))...))..((((.((((....((((....))))....)))).))))....)).(((...)))....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.................)))).....((.((((.....)))))).........................(((((((...)))))))..(((((((.....(((((...((((.....((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..........))))..))))).(((..(((((.......)))))..))).............)))))))..................(((((..(((.((((.((((....((((....))))....)))).)))))))..)))))..........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((.((((.....(((.(((.....))))))..(((((.(((..............(((((((...)))))))..(((((.((.((((.(((((.....((((.((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......)))))))).........(((.......))).)))).))))))))).))))))).....))).)))))...))))...(((((((........))))))).......((((.((((....((((....))))....)))).))))....))))))))........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((...............))))).(((....((((.....)))).((((....))))..)))....(((..((((((.....))))))....(((((.......))))).)))...(((((....(((.....(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...(((((.....))))).))).((((.......))))....))))).(((((.......)))))..((((....))))...........(((((((........)))))))...((((........)))).((((....)))).((((.....))))....((((.....))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((........)))))).((((.(((....((((.....)))).((((....))))..)))....((((.((((((.....))))))....(((((.......)))))))))...(((((((((((......(((((.((((....)))))))))..(((((({{{{{..)))))).....}}}}}...))))))).((((....))))..........)))).(((((.......)))))..((((....))))....)))).(((.[[[[[....))).]]]]].....((((........)))).((((....)))).((((.....)))).))).(((.....)))...

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RNA: CRW_00670

			AACUAUGACUCACCUUUUGAGGGUCAUGAAAGCGGCGCGAAAGUGUUAGCUAGUGAUCCGAAAAAUAAAUUCGGGUUGCGACACUGUCAAAUUGCGGGGAGUCCCUAAAGAUUCAACUACUAAGCAGCUUGUGGAAACACAGUUGUGGCCGAGUUAAUAGCCCUGGGUAUAGUAACAAUGUUGAAUAUGACUCUUAAUUGAGGAAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAAUCCUAAGGACAUUUUAUUGUCUAUGGAUGCAGUUCAGCGACUAGACGGCAGUGGGUAUUGUAGAGAUAUGGGGUUAUUUAUGGCCUUAUCUACAAUGCUUAAGGUAUAGUCUAAUCUCUUUCGAAAGAAAGAGUAGUGUGCUCUUAAGGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))..(((((((...))))).))....)))....).))))))).((((((......))))))..)))...))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))).......]]]]]]((.(((((((....)))))))....))...........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).(..(((((((.......)))))))..).((((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..))))..........)))..(((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))....(((((((....))))))).)))))........)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................((((...................))))....(((........)))............((((..........(...((((((....)))))..)).....))))................................................................((...((((...(((((......)))))..))))))..................................................................(.(((.((.....))))).).(((((....)))))...................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((((((((((((..((((((((....))))).)))(((((((((((.......))))))).....)))).((((((((....(((((......))))).((((((..(((((((((....))).))))))(((..........)))...))..))))..)))).)))).))))))))))))..))))...)))))...((...(((..((((...(((((......)))))..))))..((((....))))....)))..(((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))))).((((((..(((..(((((((....)))))))))))))))).....)).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.......))))))))......................................................(((((((....((((((....((((....................................................................................................))))...))))))(((...(((((((..............)))))))..))).............)))))))...............................................................((((((....))))))..................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))...............................(((((((......((((((.(((....))))))))).................................)))))))......................................((((...(((((......)))))..))))..............((((......((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))))........))))(..(((((((....))))))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................((((...................))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((.(((..(((((.((((....)))))))))..((...............))...)))......))))))).....................)))...)))))).....((((...(((((......)))))..))))..................)))))))(((((((................................))))))).................((((((....))))))..................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.........)))))))...(((..(((....)))...))).((((((((((.......))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))....).)))))))....(((......))).....)))...))))))((...((((...(((((......)))))..))))...)).............)))))))(((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))).(.((((((.(.....(((((((....))))))).).)))))).)......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.(.....).)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......)))))))))).............(((((((((((.......(((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))).....)))))))..))))))....................))))).(...((((...(((((......)))))..))))...).........(((((..(..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..)....)))))..(((((((....))))))).................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(.......(.......)...........(.........)............................................................................................................................................................................................................................................................................(...........)..)............(.(((((....))))).................).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.........))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))...(((((....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..)))))))))..((((..(((((.....(((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))))).......)))))..(((((((....))))))).....))))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((((((((((((..((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))(((...))).......(((....))).......((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....))))).))))))))))))..))))...))))).((((((.(((...(((...(((((......)))))..))).((......))........))).))))))((((((((....((((((((....)))))))))))))))).(((((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((......(((((.((((....))))))))).................................)))))))....(((......))).....)))...)))))).....((((...(((((......)))))..))))................[[)))))))(((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))((((((((.]](((..(((((((....)))))))))).)))).))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................(((((...((((.....((((((((((((.((.(((..((....)).))).)).......................))))).....))))))).....................))))..)))))............................................................((((.............(.......................)))))................(..((((....))...................)))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((((((((((((((...(((.((((....))))..))).((((((((((.......))))))))))(((...))).......(((....))).....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....))))))))))))))))))..))))...)))))..(((((.(((..((((...(((((......)))))..))))((......))........))).)))))(((((((((....((((((((....)))))))))))))))))(((((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((((.(((((((((((....[[[[(((((.((((((.....((((((((((.......))))))))))))))))......)))))(((...))).....((((((((((((.(((((.((((....)))))))))(((..........))).......))))).....))))))))))))))))))..........)))))).]]]].(((..((((...(((((......)))))..))))..................)))..(((((((((((((....(((((((((..))))))))))))))))))))))...)))))).....(((((((....))))))).................
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.........))))))........................................................((((((....((((((....(((......................................................................................................)))...))))))(((...(.(((..................))).)..))).(...).......))))))((((((((................................))))))))..((.....)).....((((((....))))))..................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.........))))))........................................................((((((....((((((....(((......................................................................................................)))...))))))(((...(.(((..................))).)..))).(...).......))))))((((((((................................))))))))..((.....)).....((((((....))))))..................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((....[[[[[))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((.......)))))))))).......]]]]]..(((((....(((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))).(((..((((...(((((......)))))..)))).......((((..(((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))))..(((((((....))))))).....)))).....)))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((((((((((((((...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))(((...))).......(((....))).....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....))))))))))))))))))..))))...)))))...((((.(((..((((.(.(((((......))))).)))))..((((....))))....))).)))).(((((((((....((((((((....)))))))))))))))))(((((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((((((((((((((((.....(((((....))))).....((((((((((.......))))))))))...(((((.......(((((..........(((((..((((........(((((....)))))..))))..))))).....)))))...)))))............))))))))))))..))))...))))).............((((...(((((......)))))..))))..)))).((((..(((((.....((((((((((((....(((((((((....))))))))))))))))))))).......)))))..(((((((....))))))).....))))........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................(((((.....((((((....(((......................................................................................................)))...))))))(((.................................)))..............)))))(((((((..................................)))))))................((((((....))))))..................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((..(((.(((.(((.((((((((....))))).))).(..(((((((.......)))))))..)...(((((....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..))))))))))))..)))(((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))))..(((((((....))))))).......)))..)))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.........))))))))...((.((((....))))..(((.((((((((((.......))))))))))...(((((....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))).....(((...(((((......)))))..))).)))))..)))...(((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))))..(((((((....)))))))..)))).((....))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((..(((((((.((((.(((((..((.((((((.....(..(((((((.......)))))))..))))))).))....((((((....(((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))))..((((...(((((......)))))..))))))..))))..))))((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...))))...(((((((....))))))).......)))..)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.(((((((.(......))))))))...((((((...))))))((((.(((((((...............(((..(((.(.(((.((...)))))).)))))).....)).)).)))))))(((((.(((((..))))))))))...((.((..((((((((((((((.(((((...))))))))..((((......))))))))))))))).((((((((...((.(.(((((......))))).))).))..))).).)))).)))....(......)(((((((.(((......))).((......)))))))))..(((((((((....((...((((((((..)))))))).))..))).))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.........)..................................(((..))).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).(..(((((((.......)))))))..).............((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))).....((((...(((((......)))))..)))).........................(((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))((((((((........(((((((....)))))))....)))).))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.........))))))))..(((..(((....)))...))).(..(((((((.......)))))))..)..(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..))))..................))))))).((((((((((....(..(((........)))..))))))))))).(((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.........))))))))...(((((((....))).......((((((((((.......))))))))))....((((......)))).(((((......))))).(((.....((((((.(((....))))))))).....))).....((((....((((....((....))..))))..((((.....))))...))))...))))......((((...(((((......)))))..))))..((((....)))).(((.(((((....)))))..((((..((............))..))))...((((.....)))).)))...(((..(((....))).((((.....))))...))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((.........)))))).......(((((....)))))....))).(((((((.......))))))).(((...((((......)))).(((((......))))).(((.....((((((.(((....))))))))).....))).....((((....((((.(((.....)))..))))..((((.....))))...))))....)))......((((...(((((......)))))..))))..((((....)))).(((....((((((...(((....))).((((((....)))))).)))))).((((.....)))).)))..((((..(((....))).((((.....))))...))))

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RNA: CRW_00671

			AACUAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUUAAAGCGGCGUGAAAACGUUCGCUAGUGAUCUGAAGCCUUUUCAGGUUGCGACACUGUCAAAUUGCGGGGAAGCCCUAAAGAUUCAACUACUAAGCAGCUUGUGGAAACACAGCUGUGGCCGAGUUAAUAGCCCUGGGUAUAGUAACAAUGUUGAAUAUGAAUCUUGAUUGAAGAUGAAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAGUCCUAAGGACGUAUAAUGUCUAUGGAUGCAGUUCAACGACUAGAUGGCAGUGGGUGUUGUUAAGACUUAGGUUUUUACAAUGCUUAAGGUAUAGUCUAUUCUCUAUCGAAAGAUAGCGUAUGGUGCUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))...((((((((....))).))))).((((((((((.....))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))..(((((((...))))).))....)))....).))))))).((((((((.....))))))))..)))...))))))(((..((((...(((((.....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((((((....)))))))))))))).......]]]]]]((.(((((((....)))))))....))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((.(((((.(((......((((((((....))).))))).(..((((((((...))))))))..)...))).)))))..(((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..))))).((((.((((...((((((...))))))..))))..((((....))))...))))..((((((((((.(((((....))))).)))))))))).)))..))))......(((((....)))))...)))))...)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................(.(((............)))..).......((.(........).))....................((..(((((.((((....))))))))).....))............................................................................................................................................................(..((.(((...))))).)....(((....)))..............
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..(((((....((((((((..((((((((....)))).))))))))))))..(((((....)))))....((((((((..(((((((...((((.....((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((...............))).))))).....)))))))....((((.......)))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..))))..((((....))))...)))))))).(((((((..((((....))))..)))))))..)))))..))))......(((((....)))))...)))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((........))))))))....................................................(((((((....((((((....((((.......................................................................................................))))...))))))(((...(((((((.............)))))))..))).............))))))).................................................((((((....))))))...........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..........))))))((..((((((((....)))).))))))(((((((((.....)))))))))...((((((((..(((((((...((((..((((((((((......((((((.(((....))))))))).((..........))..................)))......)))))))...............))))..)))))))...(((((...((((.......))))..)).............)))...))))))))((((((((.(((((....))))).)))))))).........(.((((.(.(((((....))))).).))))..)..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................(((...................)))..((((((((...((((((....(((.....(((((((..(...(((((.((((....)))))))))..((.(...........).))....).......)))))))........................)))...)))))).....((((...((((.......))))..)))).................))))))))((((((((................))))))))..................(((((....)))))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))...((((((((....)))).)))).(((((((((.......)))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))....).)))))))....((((.......)))).....)))...))))))((...((((...((((.......))))..))))...)).............)))))))((((((((.(((((....))))).))))))))...((((....((((.(.(((((....))))).).)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((....))..)))))))(..((((((((....)))).)))))((((((((((.....))))))))))..((((((((..(((((((...((((..((((((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))).....)))......)))))))...............))))..)))))))...(((((...(((((.....)))))..))).....((....))))...))))))))((((((((.((((((())))))).))))))))........(((((((.(.(((((....))))).).)))).))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(...(((......))....))......................................................................................................................................................................................................................................................................((.....)).....(.((((....))))..........)..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((....)))))((((.....((((((((....))).))))).(((((((((((...)))))))))))...(((((....(((((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..))))))))).....))))....(((..((((((((((.(((((....))))).)))))))))).[[[[[.)))......(((((....)))))......]]]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((....))))).........((((((((....))).))))).((((((((((.....))))))))))(((...))).....(((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..))))).((...((((...((((((...))))))..))))...)).....((.(((((.((..((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))...))))).)).(((((....)))))..))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..........))))))....((((((((....)))).)))).((((((((((.....))))))))))..((((((((...((((((...((((.....(((((((......(((((.((((....))))))))).................................)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))).....((((...(((((.....)))))..)))).................))))))))((((((((.(((((....))))).))))))))...........((((...(((((....)))))...)))).....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................((((((....((((((...((((.....(((((((.((((.((.((((((....))).))).))..((.((.........))))...))))......)))))))........................))))..))))))...................................................)))))).(((((((..((..........))..)))))))................(..((((....))............)))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(..((((((..........))))))....((((((((....)))).)))).((((((((((.....))))))))))..((((((((...((((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))).....((((...((((((...))))))..))))..((((....))))...)))))))).(((((((.(((((....))))).)))))))..........).((((...(((((....)))))...)))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))...((((((((....))).))))).(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((...((((..((((((((..(((((.(((((.((((....)))))))))(((..........))).......))))).............))))))))...............))))..)))))))(((...[[[[[[(((((...)))))..)))...................))))))))((((((((.....]]]]]].....))))))))..................(((((....)))))............
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...eeeeeee))))))){{.{{{{{{(.bbb.((((((aaaa(((((((((((ii.)))))))))))..aaaaaaaaaaaa.(((((..kkk(fffffffffffff(.ddddddd(hhhhhhhhhh...hhhhhh(jj.))))..k(.)))))IIK))JJH.....<<<<<<<<.HHHHHHHHAAAA..<(((...(()HHH.)))HHHHDD...ggg(DD.))))))((((()>>>))>)))>D.>>>>))))..((((AAAAAAAADD)}}}}}}.(((((}}.FFFFFFFFFFFFFKKK.[[[[[))))).BBB))))EEEEEEE.AAAA.GGG.]]]]].
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..........))))))......................................................((((((....((((((....(((.........................................................................................................)))...))))))(((...(.(((.................))).)..))).(...).......))))))((((((((..................))))))))..((.....)).....((((((....))))))...........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..........))))))......................................................((((((....((((((....(((.........................................................................................................)))...))))))(((...(.(((.................))).)..))).(...).......))))))((((((((..................))))))))..((.....)).....((((((....))))))...........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.[[[[[....)))))))...((((((((....)))).)))).(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((...((((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..))))..((((....))))...)))))))).(((((((.(((((....))))).)))))))..]]]]]..(((((((...(((((....)))))...)))).))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.[[[[[....))))))....((((((((....)))).)))).(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((.(.((((((...)))))).)))))..((((....))))...))))))))((((((((.(((((....))))).)))))))).]]]]]..(((((((...(((((....)))))...)))).))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))..(((((..((((((((........(((((((((((...)))))))))))..((((((((..(((((((...((((.....(((((((...........(((((....)))))..........((((................))))...)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..))))..((((....))))...))))))))..................))))))))..)))))..........((((...(((((....)))))...)))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................(((((.....((((((....(((.........................................................................................................)))...))))))(((................................)))..............)))))(((((((....................)))))))................((((((....))))))...........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..(((......((((((((..((((((((....))).)))))))))))))...(((...((.(((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..)))))))))))..))))).)).)))..((((((((((.(((((....))))).)))))))))).)))..))))....(.(((((....))))).).)))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((....))))).(((((((..(((((((....))).))))))))))).((.(((((....))))).)).((((((((..(((((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..))))..((((....))))...)))))))).(((((((.(((((....))))).)))))))......)))))).(((...(((((....)))))...)))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((((....))))).(((.....((((((((....)))).)))).(..((((((((...))))))))..))))(((((....(((((((...((((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))))....((((...((((((...))))))..))))))))).....((.(((((.((..((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))...))))).)).(((((....)))))..))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((......)))))....(((((..(((((...).))))(.((((((....(((((((((((((((......)))(((((................((((((((((((((((((((((.(((((..))))))))))...(..)))))))).((..))....(((((...)))))..)))))))))).)))))..))))).)))).....(((((((...(.(((........))))....)))))))..)))...))))))).(((((...)))))))))).(((((((((((...))))))))))).))))).......((((((..))))))............
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((..((((...............((((((((....)))).)))).(..(((((((.....)))))))..)..(((((((....((((((...((((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..)))))).....((((...((((((...))))))..))))..................)))))))((((((((.(((((....))))).))))))))..))))..))))....(.(((((....))))).)..))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..(((((....((((((((..((((((((....))).)))))))))))))..(((((....)))))....((((((((...((((((...((((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((((.....))))).....))))..))))))((...((((...((((((...))))))..))))))...............)))))))).(..((((.(((((....))))).))))..)..)))))..))))......(((((....)))))...)))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..........))))))....((((((((....))).))))).((((((((((.....))))))))))....((((......))))....((((....(((..((((.....((((((.(((....))))))))).....))))....((((....((((....((....))..)))).(((((.....))))).....)))).)))....((((.((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))...))))..(((..((((....))))..))).(((.....)))....((((...(((((....)))))...)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..((((.....)))).......(((((((....))).))))(((((.[[[...((((....)))).[[[.)))))......]]](((.....)))..]]]...((((.....((((((.(((....))))))))).....))))....((((....((((.(((.....)))..)))).(((((.....)))))....(((.....)))..((((.(((.....))).......(((....)))..((((....))))...))))...))))..(((..((((....))))..))).(((.....))).))))........(((....))).(((.....)))..

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RNA: CRW_00672

			AACUAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUGAAAGCAGCGUGAAAACGUUUGCUAGUGGUCAAGUUGGGUAUUCUGAUUUGACUGCGACACUGUCAAAUUGCGGGGAAGCCCUAAAGCCUUAUUCACCAAGCAAUUGUGGAAACACUCUUGUGGCCAGGUUAAUAGCCUCGGGUAUGGUAACAGUAGUAAGGAUAAAUGUGAAAAAUGGGUUAUCCGCAGCCAAAUCCUAAGGGGAAAAAGAAUUACAAAUCCGUAUUUUCAUCCUAUGGAUGCAGUUCAACGACUAGACGGCAGUGGGUACUGCUCUUUUUUACUCUGAGUAGUGCUUAAGGUAUAGUCUGUCCUUUUCUGAAAAGAGAGGGAGGGGAGGUGCUCUUAAGGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))...((((((((....))).))))).(((((((((((((.....)))))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((((((...))))).))....)))....).)))))))...............)))...))))))(((..((((...((((.((((................))))..))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((...........)))))))))).......]]]]]]((.(((((((....)))))))........))...........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((((..........)))))))...((((((((....))).))))).(..(((((((..((...))..)))))))..)..(((((((...(((((((..(((((.....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).)))))))...............))))).))))))).....(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........)))))))((((((((((...........))))))))))((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))).)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................(((..(((....)))..))).................................................................................................(...................................((...........((((.......................))))........))).......(((((....))))).......................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((...(((((((...((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..(((((((...))))).))...))))......))))))).((....))......))))..)))))))....((((....((((...(((((.((......)))))))..))))..))))..((((....))))....)))))))..((((((((...........))))))))((((((((((..(((.(((((((((....))))))))))))...)))).))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((........))))))))..........................................................(((((((....((((((....((((.............................................................................................))))...))))))(((...(((((((.................................)))))))..))).............)))))))................................................((((((....))))))......................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((......)..))))))))..((((((((....)))).)))).(((((((((((((.....))))))))))))).............(((..................................(((....)))....(.(((..........))).)....................(((((................)))))))).....((((..((((............................))))..))))........................(((((((((((...........)))))))))))(((((.....((.(((((((((....))))))))).)).....)).))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................(((((((...(((((((...((((.....(((((((.(((..((((..(((....)))..))))..(((((.......))).).)...)))......)))))))...............))))..)))))))....((((...(((.............................)))..))))..................)))))))((((((((...............))))))))....................(((....))).........................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))...((((((((....)))).)))).(((((((((((((.....)))))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((..(((....)))..))))..(((((.......))).))....)))....).)))))))...............)))...))))))((...((((...(((..((((................))))..)))...))))...)).............)))))))((((((((((...........)))))))))).(.(((....(((.(((((((((....))))))))).)))....))).)......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((....))..))))))))..((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))...((((.....(((((((....)))..................((.((((((....))).((((.(((..........))).)))).........))).))..((((((..............))))))))))((..((((..(((((((((......((......)).))))).))))..))))...((......)).....))))))(((((((((((...........)))))))))))(((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................(....).............................................................................................................................................................((..................))........((.....))......((((((..)))))).......................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((.....(((.(((....))))))..(((((((.((((.((((..(((....)))..)))).(((((((.....))))..))).))))......)))))))......((((((((.(((((((((((.(((..((((..(((((((((.....(((......)))))))).))))..))))..((((....))))....))).)))))))..))))))))))))......)))))((((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((.....(((((..(((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..)))).((((((((...)))))..))).))))......)))))))...............))))).))))).((...((((..(((((((((.....(((......)))))))).))))..))))))((((....))))....))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..........)))))))...((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((....((((((..(((((.....((((((.......((((..(((....)))..))))....((((.....)))).................))))))...............))))).)))))).....((((...(((...................[[[......)))]]]))))..................))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................((((....((((((...((((.....(((((((.((((.((.((((((....))......))).).))..((.......))...))))......)))))))...............))))..)))))).......................................................................))))...((((.((..................))))))................(((((((....)).....................)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((...(((((((..(((((.....(((((((..((..((((..(((....)))..))))..(((((((...))))).))....)).......)))))))...............))))).)))))))....((((...(((((........(((......)))...)).)))...))))..((((....))))....))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((.((((((((((...))))....((((((((((.........)))))..........((((.(((((...)))))((((((....................................))))))..)))).....)))))................(((((((.........)))))))))))))............)))))))..((((((((...........))))))))(((((((.........(((((((((....)))))))))..........)))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((((jj(gggggggggg..g((..bb...bbbbbb(kkk(((((.((((((((((((((iii))))))))))))))...aaaa(ff..fffffff...fffff(...eeeeeee.eee.)))))cccccc...(((dddd)))((((EEE)FIII{{{{{FFFF.))))...)))EEEEEEE((..))ggggggg()))))))FFFFFFF.....((((...))))..DDDD.CCCCCC((((((()KKKBBB..))))))GGAAAAGBB..hhhhh.BBB)G..hhhhhhhhhhhhGGGG))))(((HHHHHHHHHHHH.)JJ.HHHHHFF(((((((((....))))))))))))}}}}}GGGGGGGGGG.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((........)))))))............................................................((((((....((((((....(((...............................................................................................)))...))))))(((...(.((((...................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((...................)))))))..((.....)).....((((((....))))))......................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((........)))))))............................................................((((((....((((((....(((...............................................................................................)))...))))))(((...(.((((...................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((...................)))))))..((.....)).....((((((....))))))......................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.....{{{{{))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((..((...))..)))))))))).......}}}}}....(((....))).....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))......)))))))......((((((((......((((((.(((...(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........))).))))))[[[[[[[))))))))...]]]]]]].((((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((...(((((((..(((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..)))).((((((((...))))).)).).))))......))))))).........[[[[..))))).)))))))....((((..(((.(((((.....(((......))))))))..)))..))))..((((....))))....))))))).(((((((((.]]]]......)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........)))))))).....(((((....))))).....((((((((((((((...))))))))))))))................((((...))))...((((((..((((......(((((((...((((((((.((((..................)))).)))).......................))))..))))))).....((((...........(((((....(((((((.........)))))))..)))))...(((((........((((((((((((...........)))))))))))).....)))))..(((((((((....))))))))).))))))))....))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................(((((.....((((((....(((...............................................................................................)))...))))))(((....................................................)))..............)))))(((((((...................)))))))................((((((....))))))......................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).(..(((((((..(.....)..)))))))..)..((((((((......(((....))).....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).)))))))......((((((((.(((((((((((.(((...(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........))).)))))))..))))))))))))..))).)))))((((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....(((..(((((((.((((..(((.((((((((....))).))))).((((((((((..((...))..)))))))))).......)))..(((((((..(((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))......)))))))...............))))).)))))))....))))))))))).....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...(((((....((..((((((((((((...........))))))))))))..)).)))))..(((((((((....))))))))))))..))).((....))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))))).))).(..(((((((..(.....)..)))))))..)..(((((((....((((((..(((((.....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).))))))).......(....)..))))).))))))((...((((..(((((((((.....(((......)))))))).))))..))))))((((....))))....)))))))((((((((((...........))))))))))((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.(.((((((((....))))(((.(((.((((((((((.((........)).))))))))))...))))))((((.(((.(((...))).((((((((((((..............)))))).).))))).(((..((((....)))))))........(((........)))((((..))))(((((((...(.....)....)))))))))).)))).(((..))).(((((.((((((......)))))).(((((...)))))..(.((........)))(((((......))))).))))).....)))).).).(((((((((....(((((((((((((..))))))))))).))...))).))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(((..........))))...........(((..))).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....)))).)))).(..(((((((..((...))..)))))))..)..(((((((....((((((..(((((.....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).)))))))...............))))).)))))).......................................................................))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).(..(((((((..((...))..)))))))..)..((((((((......(((....))).....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))......)))))))......((((((((.(((((((((((.(((...(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........))).)))))))..))))))))))))..))).)))))((((((((((..((..(((((((((....)))))))))..))..)))).))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).(((((((((((((.....)))))))))))))....((((......)))).....((((...((((..(((((.((....)))))))...............((((.....)))).))))...............(((((...((((..............)))).....))))).))))......((((.((......)))))).((((.....)))).((((....)))).(((.(((((....))))).......(((.(((((.....))).)))))..)))...(((.((((......)))).(((((......))))).))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((.aaaaa....)))))).....(((((((....))).)))).))).((((((((((.....)))))))))).((((.{{{{{....))))(((.....)))...((((..(((((.((....)))))))..<<<<.........((((.....)))).))))......>>>>}.(((.((((..............[[[[))))..]]]]...(((.....)))........)))....((((.....((((.....)))).((((....))))..))))....(((((((((((...........))))))))))).(((.....))).(((((((((....)))))))))(((..}}}})))..AAAAA

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RNA: CRW_00674

			UAACAAGGUUUUGUUCUCGAGUAACGAGGAUGGAUAUUGAUCCUUCCGCGGUGACACUCACAGAAGCCUUUGCAGCCUCGCAAGAGUUUGGCGCGACAGUAAAGAAUGCCUGGAUGCAAGUCAGCGACGCUGGCAACACUUUCGAAUUGCGGGGACGUCCUUAGAGCUCAGUUCUACCAACCAGUGAGGGAAACCUCCGCUGGGGCCUAUGCUAAAAACAUGGGAGAUGGUAAGAAGGAACUGAGAUUGGAUAAUCCGCAGCCAAGCCCUAAGGUGUGGAAGCACUAUGGGACAGGUUCACAGACUAAGUGGAAGUGGGUGGCAUGCGUUAAGGCGUGUGCUGCUUAAGAUAUAGUCGGUCUUGCUGAGAAAUCAUCAAGAAGUCACUGCACAGAUUGAACGUUCCGUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....((((((((......((((..(((((((((((....))))))))))).....))))...))))))))(((((((((....)))))(((..................)))..)))).((((((...))))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((..(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....)))....).))))))))...)))...))))))(((..((((...(((((....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((((....)))))))))))).......]]]]]]((((((((((....))))))))...................))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((.((((.(((((((.....)))))))................((((((((.......(((.(((((((......))))..(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))((((.(((((....))))).))))..))))))...(((((.((.....((((..((((((((....))))))))..))))..)).)))))..(((((.(((....))).))))).)))))))).......)))).))...))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................(((((((((....)))).))))).........................................................(((....((...................))....))).....(((((.............................................)))))........(((....)))..................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((...(((((((.........(((.((((....)))).)))((((((((.....(((....((((((....((((...........))))..)))))).....)))((((....((((((..((((((..((((((((..(((((((...((((....(((((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....))))))))).))))))..))))))).....(((...(((((....)))))..)))...((((....))))...))))))))((((((((((((....)))))))))))).........))))))..)))))).....)))).....))))))))...))..)))))..))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.............)))))))........................................................................................................(((((((....((((((....((((......................................................................................))))...))))))(((...(((((((............)))))))..))).............))))))).........................................................................((((((......)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((................................................................((((((...)))))).............((((((...((((...((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....))))))))).))))))..))))))(((..(.((((.(((((....))))).)))).).))).....((((..........(((((((((((((....))))))))))))).......))))..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((...))))))..(((((((....((((((...((((......((((((((.(((..(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....)))......))))))))...))))..))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............)))))))(((((((((..........)))))))))....................(((....)))..................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((......((((..((.(((.((((....)))).))).)).....))))...))))))).(((((((((....)))....(((((((......................))).))).))))).)).(((((((....((((((....(((......((((((((((((..(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....)))....)).)))))))...)))...))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............)))))))((((((((((((....))))))))))))..............(((((.(((....))).))))).((((..........)).))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((.......(....((((((.(((((....)))....))......)))))).....).........((((((...)))))).............((((((...((((...((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....))))))))).))))))..))))))(((..(.((((.(((((....))))).)))).).))).....(((((........((((((((((((((....)))))))))))))).....)))))..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(...(((...(......................)))))....................................................................................................(((....))).......................((((.(....).).)))..............................................................................................................................................................................................(((..(.....)...))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).(((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((.............(((((......))))).(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))((((.(((((....))))).)))).....(((((.[[[[[.)))))..((((((((((((((....)))))))))))))).....]]]]]..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((....((((..((.(((.((((....)))).))).)).....)))))))).)))))).((..((.(((.((.((((((((((.(((((.....)).)))..)))..((((((...))))))..............(((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))).))))))).))...))).))..))..((((((((..(((((..(((((.((.....((((((((((((((....))))))))))))))..)).)))))..(((((.(((....))).))))).(((........))))))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(([[(((.....)))[[))(((......)))..]]((((((((.....................(((....))).................................((((((...))))))..(((((((....((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............)))))))((((((((((((....))))))))))))..............(((((.(((....))).))))).)))))))).......]]..........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................((.................................................................................((((....((((((....(.((......(((((((.((((.(((((((((....)))))).))).......))))......))))))).....................)).)..))))))..................................................))))))((................(....(..))))................................(............((((((...))..)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((.......(..(((..(((......)))...(((((((.((..(((......(((......))).((((((...))))))...)))..))....(((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))).)))))))((((.(((((....))))).))))...))).)...(((((.((.....((((((((((((((....))))))))))))))..)).)))))..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.....))))))))))........((((((((((((...)))).........[[[[[((((((((......((((.............)))).........((((((...))))))............))))))))....((((((..(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))).....)))))))).((((...........))))...))))))))))))))...((((((((..(((((..(((((........(((((((((((((((..))))))))))))))).....)))))..(((((............))))).....]]]]].....)))))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((((((((((ddd..))))))))))(((((.bbbbbb(hhhhhhhh.hh(.......kkkkkkk(.llllllllll(jjjjjjjjjj)))))....ii)))))BB)KKKKK<<<<<<<((((((.....)JJJJJ..JJJJJLLL...eeee(.)KKeeeeeeee(.aaaa)))))))AAAA((((cccc((((((([[(LLLLLLL.....BBBBgggggg.....)EEEEEEEE.EEEEII..[[[[[({{...)))))).HH)}}]]].]]..ffffffff.)))).....DDD..)FFFF..(((((((((((((((..)))))))))))))))...)))GG((((((>>>>>>>...GGGG]].....HHHHHHHH...))))))..FFFFCCCC
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.............))))))).........................................................................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.((((..............)))).)..))).(...).......))))))((.((....................................................))))..((..)).....((((((......)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.............))))))).........................................................................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.((((..............)))).)..))).(...).......))))))((.((....................................................))))..((..)).....((((((......)))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...((..((((((.....))))))..))..)))...(((((((.(((.....)))....(((((.((...(((....)))..((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))).))...))))))))))))...((((((((..(((((..(((((.((.....((((..((((((((....))))))))..))))..)).)))))..(((((.(((....))).)))))...............)))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..((({{{..)))(((.((((....)))).)))[[[[[[[[}}}.))).)))....(((......)))...(((((((..............(((......))).((((((...)))))).............((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))((((.(((((....))))).)))).....((((..(((((........((((((((((((((....)))))))))))))).....)))))..(((((.(((....))).))))).]]]]]]]]......)))).........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................(((((.....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...............................)))..............)))))((.((....................................................)))).............((((((......)))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...((..((((((.....))))))..))..)))...(((((((.(((.....)))....(((((.((...(((....)))..((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))).))...))))))))))))...((((((((..(((((..(((((.((.....((((..((((((((....))))))))..))))..)).)))))..(((((.(((....))).)))))...............)))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((((((....((((..((.(((.((((....)))).))).)).....)))))).))))))).(((..((.(((.((.(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))))))))))).))...))).))..)))...........))).((.(((((.((.....((((..((((((((....))))))))..))))..)).)))))..(((((.(((....))).))))).........................)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((...((((((((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((...........((..((.((((((....))(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))((((.(((((....))))).))))...))))))..(((((.((.....((((..((((((((....))))))))..))))..)).)))))))(((((.(((....))).))))).)))))))).......)))))..))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((......))))..((((....(((((((((..))))))))).(......)((....((.(((((.(((((((((((..))).(........)((........)).((((((...))))))..).)))).)))((((((((((..))((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))).)))))(((((((((....).)))))))))))))).....)))))))))))..(...(((((.(((((.....))))))))))....))).))))).))))).))))..))))).).)))).))...))..(((((..((..))..)))))...))))..((((((((((((..))))))))))))((........))..(((..)))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.....)))))).................((((((((.......................(....).(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))......(((......))).................(((((........((((..((((((((....))))))))..)))).....)))))..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((...(((((...........(((.((((....)))).)))((((((((..........((..((((.(((((....))....)))))))..)).........((.((((....(((((((..(((((..(((((((....((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............))))))).(..(((..(((....)))..)))..)..........)))))..))))))).....)))).))..)))))))).......)))))..))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....)))).((((.....))))...((((....)))).((((((((.................((((......)))).(((..(((...............))).........(((((.....)))))...))).....))))))))....(((((.(((.....))).((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...))))...))))).....((((....)))).(((((...((((...(((((....)))))..........(((((.......)))))...)))).((((((......)))))))))))...........((((.....)))).......((((................))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....)))).((((.....))))...((((....)))).(((((.(((.....))).(((....((((......)))).(((..(((...............))).........(((((.....)))))...))))))........(((....))).(((([[[..)))).(((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....(((........)))]]]..)))....((((((.((....<<<<.)))))))).......>>>>...((((....))))..))))).(((((((((((((((....)))))))))))..((((.....{{{{)))).}}}}....)))).....((((........))))............

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RNA: CRW_00676

			CUUGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUUGUUCUCGAGUAACGAGGAUGGAUUGGACUCCCUUCCGCGGUGACACUCACAGAAGCCUUUGCAGCCUCGCAAGAGGUCUGGCGCGACAGUAAAGAAUGCCUGAUGCAAGUCAGUUCGCUGGCAACACUUUCGAAUUGCGGGGACGUCCUGAGAGCUCGGUUCUACCAACCAGCAGAGAAAUCUAGCCGGGGCUGAUGUUAACAGCAUCGGAGGGUAAGAAUGAAUCGAGAUUGGAUGAUCCGCAGCCAACCCCUAAGGCUUGCUGCUAUGGGAGAGGUUCACAGACUAAGUGGAAGUGGGUGGUAUGCUCUAGCGUACUGCUUAAGAUAUAGUCGGUCUCUGCUGGAAACAGCGGAGAAGUCACUGCACAUGAAACGUUCCGUAGGUGAACCU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	................................((((((((......((((..((.(((((((......).)))))).)).....))))...))))))))(((((((((....)))))..((((.............))))...)))).(((((....)))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..((((((.......))))))..)))....).))))))))...)))...))))))(((...(((...(((.....)))..)))...)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((....)))))))))).......]]]]]]((((((((((....)))))))).................)).................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((((..((((((...((((....(((...((..((((((.....))))))..))))))))).......((((((((.((((((((((((((....(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))......))))))).)))...))))...........(((((.((.....((((..((((((....))))))..))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).)))))).))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((((.......))))))...((((.....))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((....))))).......................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((....(((((....((((....(((...((((((((((.....)))))))))))))))))..)))))..)))))).((((((((((((((....(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((...((((....((((((((((((((..((.(((((....))).)).))..((((((((...))))))))..)))).....)))))))).))))))..))))))))))......))))))).)))...))))..((((((((.((((..((.....((((((((((((....))))))))))))..))..))))..(((((((((....))))))))).....((((..............))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.................)))))))................................................................................................................................(((((((....((((((....((((..................................................................................))))...))))))(((...(((((((.........)))))))..))).............))))))).............................................................................((((((.....)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(.(((((....((((....((....((((((((((.....)))))))))).))))))..))))).)))))))........(((((((....(((((....)))))......................(((((....)))))......................((((((..(((((...((.((((((((.(((.....(((((....))).))(((.((((.......)))).)))...)))......)))))))).))))))).))))))..........))))))).............((((((((.(((((.........(((((((((((....)))))))))))......)))))..(((((((((....)))))))))...........................))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................((((((....((((((...((((......((((((((.(((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))......))))))))...))))..))))))(((...(((...(((.....)))..)))...))).............))))))((((((((((......))))))))))................((((((....))))))......................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((((((....(((((.....(((..........((((((((((.....))))))))))...)))...)))))..))))))..........(((......(((((....)))))..))).....................)....(((((....)))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((.......(((....)))..((((.((((.......)))).))))..)))....).))))))))...)))...))))))(((...(((...(((.....)))..)))...))).............)))))))((((((((........))))))))..............(((((((((....))))))))).((((.......)))..).................
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(.(((((....((((....(((...((((((((((.....)))))))))))))))))..))))).))))))).....((((((((((..(((((((....))))).))(.....((((...(((...(((((....))))))))))))..............(((((((..(((((...((.((((((((((....((.(((((....))).))(((.((((.......)))).)))...)))).....)))))))).))))))).))))))))........))))))).))).........((((((((.(((((.(......((((((((((((....))))))))))))...).)))))..(((((((((....)))))))))...........................))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................((........).).....................................................................................................................((............)).............................((...)).........((.(..((.....))...).)......)..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((....((((....(((......(((((((.....)))))))...)))))))..)))))((((((((..........(((...[[[(((((....)))))..))).(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...]]]..((((((((......((((((((((((.......(((....)))........(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).)))(((((....[[[........)))))...]]].....(((((.[[[[[.)))))..((((((((((((....)))))))))))).....]]]]]..(((((((((....))))))))).))))))))..(((....[[[[)))....]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..((((((.((((((.......)))))).((((((.....)))))).(((..((....)).)))((((((((.......((.(((((....(((((....))))).(((((((.(((((.....)).))).)))..(((((....)))))..............(((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).))..)).((((((((...))))))))..)))).....))))))))...))))).))))).))))...((((.(((.....))).)))).)))))))...(((((.((.....((((((((((((....))))))))))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).)))))).))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.....(((((.....(((..........((((((((((.....))))))))))...)))...))))).[[))))).....((((((((((....(((((....)))))..........................................................((((((..(((((......((((((((.........(((((....))).)).....(((((((.....)))))))...........))))))))...))))).))))))..........))))))).))).........((((((((.........(((..((((((((((((....))))))))))))............(((((((((....)))))))))......]]............)))....))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.(...........................))...........)).................................(((.((....((......................(.....((.....................((...........((.((................))....)))))))..................................)).............................)).).)).........................................................................................((((..(...................((....)))))))...................((((((.....)).))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..((((......................(((((((.....)))))))(((..((....)).)))((((((((.......(..(((((....(((((....))))).(((((((.((((.......)).)).)))..(((((....))))).............((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..((((((((...))))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))...((((.(((.....))).)))).))))).)...(((((.((.....((((((((((((....))))))))))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).))))))))..........)))).))))))).)).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...........................))))..((((((((((.....)))))))))).....(((((....(((((...........((((((((((..((((((((.....((((((................(((((....)))))..)))))).............)))))))).(((((......((((((((((((..[[[[[[[[[[.............((((((((...))))))))..)))).....))))))))...)))))....)))..........))))))))))))...)))))((((((((.(((((........(((((((((((((..))))))))))))).....)))))..]]]]]]]]]].....((((((....................))))))..))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((....(((((.....aaa((((((((((.ee..))))))))))(((((((..llll({{{{{{{{.{{{(...kkkkkkkkkkkkkkkkk.....))))))).))))).ii..ii..(((ggggggc.((dd..ddddddd)C)EE))))))...jjjjjjj..jjjjj)KKK..fffffff(.AAA..mmmmmmmmmm..))hhh(KKKKKKKK<<<<<<.KK)DDDDDD.hhhh..)))))FFFFFFF.[[JJJJJ.JJJJJJJ((.HHHHIIKKKK}}})HHHnnnnnnn(.bbbbbbbb.))))))).)}}}}((((((((((((()D))))))))))))).(((.>>)))))MMMMMMMMMM...DD)GGGG]].}}}}LLLL>>>>GG.II.)BBBBBBBBNNNNNNN
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...................)))))).................................................................................................................................((((((....((((((....(((....................................................................................)))...))))))(((...(.(((.............))).)..))).(...).......))))))(((((((..........................................................)))))))......((((((.....)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...................)))))).................................................................................................................................((((((....((((((....(((....................................................................................)))...))))))(((...(.(((.............))).)..))).(...).......))))))(((((((..........................................................)))))))......((((((.....)))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((....(((((...(((((((((((((((.....)))))))(((..((....)).)))...(((.....))).))))))))..(((((((....)))).)))..))))).........(((.....))).(((((....)))))...))))))...(((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).)))))))......((((.(((.....))).))))..[[[[[[[[.))))))).((((.((((..((((((....))))))..)))).....((((...(((((((((....)))))))))....))))...........))))....]]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..((((((..(((...........))).(((((((.....)))))))(((...........)))((((((((.......(.(((((((...(((((....))))).(((((((..................)))..(((((....))))).............((((((..(((((......((((((((((((.....(((((....))).)).....((((((((...))))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))...((((.(((.....))).))))))))))))...(((((........((((((((((((....)))))))))))).....)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).))))))).)).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................(((((.....((((((....(((....................................................................................)))...))))))(((............................)))..............)))))(((((((..........................................................)))))))......((((((.....)))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..((((((...((((....(((...((..((((((.....))))))..))))))))).......((((((((.((((((((((((((....(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))......))))))).)))...))))...........(((((.((.....((((..((((((....))))))..))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).)))))).))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((.((((.(((((....((((((.......)))))).))))))))).))..(((.(((......)))..)))((((((((.......(((.(((((...(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))...((((.(((.....))).))))))))))))...(((((.((.....((((..((((((....))))))..))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).))))))))......)).((((.......))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..(((((....((((....(((...((..((((((.....))))))..)))))))))..)))))((((((((.......(.(((((((...(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))...((((.(((.....))).))))))))))))...(((((.((.....((((..((((((....))))))..))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).))))))))...............))))))).)).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((((..(((..)))...)..((((......))))(((((..)).))).....((...)).((((..(......)((..(.(((......)))..((((((..))))))(((.(...))))....)..)).(((..((..)))))...((((.(((((((....)...((.((((..)))))).(((((((..(((.(..(........))...))))))))))..))))).))))).....)))))))..((..))(((..))).)))).((((((.(((.(((..))).))))))).).)..))((((((((.(((((...((((((......................))))))....))))))(((((((((((..)))))))))))((((.......))))((........)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)........................................(....)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.((((((..((((...................((..((((((.....))))))..))..............((((((((...................(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).)))))))))).........((.....)).................((((.........((((..((((((....))))))..))))......))))..(((((((((....))))))))).))))))))..........)))).))))))..)).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..((..((((((...((((....(((...((..((((((.....))))))..))))))))).......((((((((.((((((((((((((....(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))......))))))).)))...))))...........(((((........(..(..((((((....))))))..)..).....)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).))..))).)).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.......)))...((((.((((....)))).((((.....)))).))))..((((......))))..)))))........(((....(((((((((....)))))..(((...............)))...)))).(((((....)))))....))).(((.(((((((.....)))........((((.....)))).))))....(((((((....)))(((((.....)))))...)))).........))).((((....)))).((((((.........))).))).((((((.......(((((.......)))))..((((((((((((....))))))))))))...))))))...(((((((((....)))))))))..(((((((..............))).))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((.....))))....(((((....((((((.(((((((.....)))))))bbbb((((......))))..(((.....)))..)))))).{{{{(((((....)))))..{{{BBBB)..........}}}...}}}}.(((((....)))))...((((((....((((((.....)))........((((.....)))).)))..)))...((((....)))).(((.....)))aaa...)))..........AAA..<<<<...))))....>>>>..cccccc....))).CC.CCCC..(((((((..((((....[[[[.((((((((((((....)))))))))))).(((.......))).((((((....))))))...)))).((((..........]]]])))).)))))))

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RNA: CRW_00692

			GCGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAAUCAUUAAGGAAUAGACCAAGCUCUAGGUGAUUGAGAAACCCCUUUGGUAUUAGUCCUGGAGACAGGGCGACAUUGUCAAAUUGUUCGGGGACCACCUGUUAAAUUAUAUGCUACUGCAGCAGUGCUGAAAGGCCUGUGAGCACUGAGGGUAACGCCCUCAGGGAUGGUAAUAACGCAUAUAUAGGGUAUAUCCGCAGCGAAGUUCUAAGGCUUCGAGCUAUGAAUCGCGUUCACAGACUAGACGGCAAUGGGCUCCUCGCGGGGCUUAAGAUAUAGUCGAACCCCUCAGAGAUGAGGAUGGAAUCAAUGCUAGUAGCUGGUUCCUGCCGAAGUUUCCCUCAGGA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.........................(((((((....................)))))))...(((((.....))).)).((((((....))))))..(((((((....((..((((....(((........((((((((((((((((((.(((....)))))))).)).(((((((.....)))))))....)))....).)))))))...)))...))))))(((..((((...(((.....)))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((....)))))).......]]]]]](...(((((....)))))..........)....................................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......((((.((((......((.((((((..(((............)))..))))))..)).....(((((((....((((((....))))))..................(((((((..(((......(((((((....((.((((.(((....)))))))..)).(((((((.....))))))).............)))))))..(((....))).))).(((((......))))).((((((.....(((((....(((((........((((((((....)))))))).....)))))...(((((((....)))))..))....)))))..))))))))))))))))))))))))))))...)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................(((....((................))....))).....(((((.................................))))).....(((((....)))))...............................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....((((..(((..(((((.((((....((((((.....(((.........)))..)))))).....)))).(((...(((((((..((((..(((((.((.(((..((((.......(((((((...(((.((((.(((....))))))).....((((((((...)))))))).....))).....)))))))..))))...)))...((((..(((...((((...))))..)))))))..............)))))))(((((((....)))))))..))))..))))..))))))...)))))....(((((((..(((...))))))))))...)))))))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((...........)))))))...................................................................(((((((....((..((((....((((......................................................................................))))...))))))(((...(((((((.........)))))))..))).............)))))))...........................................................................((((((......)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..............(((((((....................)))))))......))))((((((....((((((....))))))......)))))).........................................(.(((....))))(((((((.((((((((...))))))))................................((..(((((((....))))))).))..........)))))))(((((........((((((((....)))))))).....))))).....(((((....)))))..(((((((...........)))))))....................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................(((((......)))))...((((((....((..((((....(((........(((((((((((((.((((.(((....))))))))..).(((((((.....)))))))....)))).....)))))))...)))...)))))).....((((...(((.....)))..))))..................))))))(((((((....)))))))................(((((....)))))...............................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....(((((.....((....)).................(((........)))..........)))))...))....((((((....))))))..(((((((......(.((((....((((.......(((((((((((...((((.(((....))))))).....(((((((.....)))))))....)))....).)))))))..))))...)))).)(((..((((...(((.....)))..))))..))).............)))))))((((((....)))))).............(((((((((....)))))...........((.....)).))))((((.............)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..............(((((((.((..............)).)))))))......))))(((((((...((((((....)))))).....))))))).....((((.....)).............((.......)).(.(((....))))(((((((.((((((((...))))))))((((........................))))((..(((((((....))))))).))..........)))))))(((((........((((((((....)))))))).....))))).....(((((....)))))..(((((((..((.....))))))))))).........((....)).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(......................................................................................................................((.....))..............................................................................................................................................................................................)(....((.....)))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.[[[..))).....]]]........(((((((...........(((..[[[....)))..]]].)))))))....((((((....))))))......(((...[[[..[[[[)))..]]]].]]]..(((((((...(((.((((.(((....)))))))..)))((((((((...))))))))[[[[[........))))))).......]]]]]..(((..[[[[[....)))..]]]]].(((((...)))))..(((((..[[[[[.((((((((....)))))))).....))))).....(((((....)))))..(((((((..(((...))))))))))]]]]].....(((....)))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((......(((.((...........)).))).....)))))..))).(((((......(((((((......((((....)))).((((..((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((...((.((((((((.((((((((...))))))))..(((((....)).))).....(((....)))....(((((((....))))))).((........)))))))))).))...))))).((((((((....)))))))).))))..))))....(((((....)))))..(((((((..(((...)))))))))).))))))).....)))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((((....................)))))).....................((((((....))))))...................(((((((...........((((((........(((.(((....))))))[[[[[.((((((((...)))))))).............)))))).................(((((((....))))))).............]]]]]................(((((((....)))))))................(((((....)))))....................)))))))....................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((.....................................)))))))(((....(((....................................................((...............................................(...............).......................))........)))...............................................)))...........................................................................(((((((.........)))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((..........(((((((.((..............)).))))))).........(((((((....((((((....))))))(((..((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((...((.((((((((.((((((((...))))))))..(((((....)).))).....(((....)))....(((((((....))))))).((........)))))))))).))...))))).((((((((....)))))))).))))..))).....(((((....)))))..(((((((..(((...)))))))))).))))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..................................))))((((((.........(((((((((((...((((((....)))))).....)))))))......))))..)))))).....))))))))..(((((((...))))..(((.((((((((.((((((((...))))))))(((((......................)))))....(((((((....))))))).............))))))))......(((((.((((((((....))))))))...............(((((....)))))..(((((((..(((...))))))))))))))).......))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.............))))))....................................................................((((((....((..((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.(((.............))).)..))).(...).......))))))(((((((........................................................)))))))......((((((......)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.............))))))....................................................................((((((....((..((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.(((.............))).)..))).(...).......))))))(((((((........................................................)))))))......((((((......)))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....[[[[))......................((....((((.((((((((.(((((.....(((.....)))....((((((....))))))..((((.(((..(((((((((.....(((((......((((((...(((.((((.(((....)))))))..)))(((((((.....))))))).............))))))))))).....)))).)))))..((((.(((.(((((.(((((....((..((........))..))..((((((((....))))))))...))))))))))..))).)))).))).)))).)))))...)))).))))))))....)).......]]]].....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((......((.(((((((.(((............))).))))))))).......((((((((...((((((....))))))(((..((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((......((((((((.((((((((...))))))))..(((((....)).)))(((..[[[))).]]]....(((((((....))))))).............))))))))......))))).((((((((....)))))))).))))..))).....(((((....)))))..(((((((..(((...))))))))))))))))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((.........(((((((......((((......))))))))))).........((((((((...((((((....)))))).....((((.((((...((((.....))))...))))...((((.....)))).(((((......((((((((.((((((((...))))))))..(((((........((((((...))))))......(((((((....))))))).))))).......))))))))......))))).((((((((....)))))))).))))..........(((((....)))))..(((((((...........)))))))))))))))))))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................(((((.........((((....(((........................................................................................)))...))))..(((............................)))..............)))))(((((((........................................................)))))))......((((((......)))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....((((((((..........((......))..(((((((((((.((.((..((((((((..(...((((((....)))))).....)..))))......))))...((((.......(((((((....((.((((.(((....)))))))..)).(((((((.....))))))).............)))))))..))))......((..((((((......)))))).))......)).)).))))...)))))..))..((((((((....)))))))).))).)))))...)))))..(((((..((..(((((((..((.....)))))))))..))...)))))........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((.((..(((........)))..))))..((((((......((((((((.(((((.....(((.....)))....((((((....))))))..((((.(((..(((((((((.....(((((......((((((....((.((((.(((....)))))))..)).(((((((.....))))))).............))))))))))).....)))).)))))..((((.(((.(((((.(((((....((..((........))..))..((((((((....))))))))...))))))))))..))).)))).))).)))).)))))...)))).)))).))))))..)).((.....)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.((((((....))..........((....((((.((((((((.(((((......((((..........((((((....))))))(((...))).........)))).(((...(((..((((((((((..(((.((((.(((....)))))))..)))(((((((.....)))))))(..((((...(((((((.(((((((.....))....((((((......))))))..))))).)).))))).....))))..))))..((((((((....))))))))..)))))))..))).(((((....))))).))))))))...)))).))))))))....))....))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(..((((.(((((((((((((........))...((((((..))))))(((........).))((...)).)))))))((((..))))...((((.........))))((((((((((((.((................((((...))))))))).((((((((.((((((((...))))))))..((((((....(.(.((..))))...)).))...(((((((((..)))))))))))..........))))))))((((...(.((.(((((.((....))((((........)))).((..((((((..))))))..))))))).)))...)))))))))))))(..)..))))))))..).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((.....)))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((...........(((((..((..............))..)))))..........((((((.....((((((....))))))...............................................((.((((.(((....)))))))..)).((((((((...))))))))......................(((....)))....((((((......)))))).................................((((((((....))))))))...............(((((....))))).............................)))))).)))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....((((((((.((((((..(((............)))..))))))......((((.(((..(...((((((....)))))).....)..)))......((((((((..((((.........(((....)))))))(((((...((.((((((((.(((((((.....)))))))..(((((...............(((....)))....((((((......)))))).))))).......)))))))).))...)))))...)).)))))).)))).....))).)))))...)))))..(((((..((..(((((((..((.....)))))))))..))...)))))........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........((((......)))).....((((......)))).............))))).........((((((....)))))).(((.........))).((((.....))))...........(((.....))).(((((............))))).(((((.....))))).((((.(((........((((.....))))........((((((......)))))).))).((((.....)))).........((((..((((((((....))))))))...............(((((....)))))..(((((((...........))))))).)))).....))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..............<<<<<<.........<<<<<))))).>>>>>>.......((((.>>>>>....((((((....)))))).(((.........)))..))))....((((......(((((((..(({{{{{)).(((.....}}.}}}.))).(((((((.....)))))))aaaaa........))))))).((((..AAAAA.....[[[.))))..(((]]]..))).((((.....)))).........(((((.((((((((....))))))))...............(((((....)))))..(((((((...........))))))))))))..........)))).

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RNA: PDB_00827

			GAGCCUUUAUACAGUAAUGUAUAUCGAAAAAUCCUCUAAUUCAGGGAACACCUAAGGCAAUCCUGAGCUAAGCUCUUAGUAAUAAGAGAAAGUGCAACGACUAUUCCGAUAGGAAGUAGGGUCAAGUGACUCGAAAUGGGGAUUACCCUUCUAGGGUAGUGAUAUAGUCUGAACAUAUAUGGAAACAUAUAGAAGGAUAGGAGUAACGAACCUAUCCGUAACAUAAUUGGCUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((..))))))))))....((((((....((((((((..(((.))).))))))))(((..((((((((..)))))))).))).....{{{{{(((((..)))))...(((((.[[[))))).....))))))((.((.....)).))......}}}}}..((..(((((((..)))))))...((((((((...]]].)))))))).........)).))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((.(((.....(((((((....((((((....((((((..............))))))......((((((....))))))...............((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((.....))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((.(((.....)))))...........................................((((...............................................................))))........((((....))))............................................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((.(((.....(((((((....((((((....((((((..............))))))(((...((((((....))))))..)))......((..((((....)))))).(((((....))))).....))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....)))...)))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((......))))))).....((((((....((((((....(((.)))...))))))(((...(((((((..)))))))..)))............................................)))))).........................................................................((((((....)))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).................(((((................))))).(....((((((....))))))...).........((((((....)))).))(((((....)))))..........(((((((...)))))))................((((((....))))))...(((((((.........)))))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))........(((((...(((((((..............)))))))((...((((((....))))))..))...........((((....))))...(((((....))))).....))))).(((((.....))))).................((((((....))))))..........................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((....)))))).......((((((....((((((.....(....)...))))))......((((((....))))))...............((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((.....))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((((....)))))).........((((....((((((....(....)....))))))(((...((((((....))))))..)))........((((((....)))).))(((((....))))).....))))((((((((...))))))))...............((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..................)...)))...........................................((....))...........................................................................................(((..........))).........................((((..(....))))).
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((....))))))....................[[[[......)))))..]]]](((((((.((((((....))))))....(((...(((((((((....))))...(((((....))))).........((((((((...))))))))....)))))......((((((....))))))...(((((((.........))))))))))......)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((.(((.....(((((((....((((((...(((((((..............))))))).....((((((....))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........))))))).....))))..)))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((....)))))).......((((((....(((((................)))))((....((((((....)))))).....))........((((....))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................((((((....((((............................))..........................................................)).............................................))))))..............................(((((((....)))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((....)))))).......((((((...(((((((..............))))))).....((((((....))))))..(((......))).((((....))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).................((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((......(((.....(((((((....((((((...(((((((..............))))))).....((((((....))))))...............((((....))))...((((((..)))))).....))))))((((((...)))))).)))))))..)))....((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((......))))))).....((((((....((((((....(((.)))...))))))(((...(.((((....)))).)..))).(...)......................................))))))((((((.................................................))).)))..(..).....((((((....)))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((......))))))).....((((((....((((((....(((.)))...))))))(((...(.((((....)))).)..))).(...)......................................))))))((((((.................................................))).)))..(..).....((((((....)))))).
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((....))))))(((....((((((.(.(((((((..............))))))).....((((((....))))))..(((......))).((((....))))...(((((....)))))....)))))))((((((...)))))).))).............((((((....))))))...(((((((.........)))))))...........)))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
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RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
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