RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Plant_SRP

RNA: SRP_00009

			GUCGAGCUAAGUAACAAUAGCUUGUAACCCAUGUGGGGACAUUAAGAUGGUGGGACACUGGUUCGGUUCCUCGGAUCGGUUCUGAUGUGGGCAUGUUUCUGAGCUGCCCAGUCCAAGCUGUGAGUAAUUAGUGUUGAGUUGAGCGAAGGCUUGGCUCAUGCAGGUUCUAGAGUCGGAGGGUAAUGCGUGAGGCUGGCUUCACAGAGCAGCGACUACUUCCCGCUUACAGCAGUGGACGGAUCACGGUUUAGCGUCGCUCAGAACCACUAUGGCCUGCUGGUCCGAUCUCAUAUGAACCACCAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((........))))))....((((..)))))))...((((((((((..((.(((((.((.((..(((.((((((((((.(..((.......((((((((.((.(((((.(((((((((((((.(...((((((((((....))))))))))..).))))((..))..(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))))))))..)).))))))))).....)).)))..)))).)))..))..))..))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((((.((((((((((....))))))))))))..(((((((((.(((....)))))))).((((..(((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))).)))))))........(((((((..(((((((((....))))))...)))...))).))))..)))))))))...)))).((((..((((((((...)))..))))).....((((....)))).))))..))))...))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))).)).))).))).))...).))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((..(................(((((((..(....((((((.((.((((((((...((.(((((.(((((((((.(((.(((.((((((((((....))))))))))))).))).........(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....((......))..)))))))).)).....))))))..).))))))).....)..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))........((((((((.........(((..((..(((.(((((((((.....(((......((((((((.((.(((((.(((((((((.(.(.((..((((((((((....)))))))))).))..).)........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))...))))))).....)).)))..))..)))...........))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))...((((((((((..((.(((.((((.((..(((.((((((((((.(..((.......((((((((.((.(((((.(((((((((.....((((.(((((((((....))))))))))))).....(....)..(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))))))))..)).))))))))).....)).)))..)).)))).).))..))..))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))(..((((())))).)....((((((((((........((((.......(((((((..(((..(((((((((.((((((((.(.((.(((((.(((((((((((((.(((.((((((((((....))))))))))))).))))(())....(((((((..((((((((((())))))))...)))...))..))))).)))))))))..)))))))....((......))).)))))))).))...).))))))))).)))))))....))))))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.((((((((.((.(((......((((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(.((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...)))............))..))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))...((((((((((...((((((((((....)))))))))).......((((((.(((....)))))))))(((((.(((((((((......((((((((..(((....)))..))))).))).(((((......[[[[[.......((((((....)))))))))))........]]]]].)))))))))..)))))((((((.((((((((...)))..)))))..[[[[......)))))).....]]]]....))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((...((((((((((....)))))))))).(.(((((((((..((((((((((...((.(((((.(((((((((....((((.((((((((((....)))))))))).((..(((((.(((((((...(.......)....)))))))...))))).))...))))....)))))))))..)))))))...(((......))).))))))))..))....))))))..))).).((......)).))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((...................(((((((..((...((((((..((((((((((......(((((.(((((((((.(((.(((.((((((((((....))))))))))))).)))......................((..[[[.....))......]]]...........)))))))))..)))))..................))))))))..))....)))))).)).)))))))........))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))))....(((....)))))....(.((((((((..((((((((((((.(((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((.((((((((((....)))))))))))))))))).........((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....))))).))))))))))).)).))..))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((..((((((((((......))))))))).(......(((((.(((....)))))))).(((((.(((((((((....(((..((((((((((....)))))))))).((.......................((...(((....)))......)).))....)))....)))))))))..))))).....(((......)))......).........((((....))))...........)..))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...((((..))))......((((((((((...((((((((((....)))))))))).......((((((...[[[[[[[[)))))).((((.(((((((((.........((((((((((....))))))))))....(((((..)))))(((((....((((((((((..)))))))...))).......))))).)))))))))..))))(((((((............]]]]]]]](((...))).....)))))))............))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))....))).....))..))))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))....(((((((....)))....)))).(((((..[[[[[[[)))))..(((((((.((....((((((.((.((((((((...((.(((((.(((((((((......((((((((..(((....)))..))))).)))............(((((((..(((((((((....))))))...)))...))..))))).)))))))))..)))))))...(((......))).)))))))).)).....)))))).)).)))))))....]]]]]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((...((((((((((....))))))))))........(((((.(({{{{{{))))))).(((((.(((((((((....((((.((((((((((....)))))))))).....(((((......[[[.........((((((....)))))))))))......))))]]].)))))))))..))))).....(((......)))...}}}}}}.......((((....))))..............))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))......((((....)))).((((((((((.....((((((......(((((.....)))))..(((((......((((((((....(((((.(((((((((...((((..((((((((((....)))))))))).....(((((.(((((((................)))))))...)))))....))))......)))))))))..)))))......))))))))....)))))))))))....((((....))))..............))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((.((((((...((((((((((....))))))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((..((..((.......))..(((((((..(....(..(((.((.((((((((...((.(((((.(((((((((......((((((((..(((....)))..))))).)))............(((((((..(((((((((....))))))...)))...))..))))).)))))))))..)))))))...(((......))).)))))))).)).....)))..).)..)))))))....))..))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((((....))))..((((((((....))).......)))))....)))))))).((...(((((((.......((((((.((.((((((((...((.(((((.(((((((((..((((((((((((..(((....)))..))))).)))....))))....(((((((..(((((((((....))))))...)))...))..))))).)))))))))..)))))))...(((......))).)))))))).)).....))))))....))))))).....))...........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))...((((((((.((((....))))(((((...(((((((..(....(..(((.((.((((((((...((.(((((.(((((((((..((((((((((((..(((....)))..))))).)))....))))....((..((((.(((((((((....))))))...))).....))))..)))))))))))..)))))))...(((......))).)))))))).)).....)))..).)..))))))).....)))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((.((((....)))))))..((((((((((..((((((..((((..(....((((((((((.((.((((..)))))((.((((..)))).))((((.(.......)))))...(((..)))((((.((.((((((((((.(..((......))...)...)))))))).)))))))))))))))..))))......(((((......))))))(..).((.(((((((.(((......)).).))).))))...)).))))..).)).)))..))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................(.........).(.(..((......(((((....(.((.(..(......((.((.(((..((...((...((((......))))........(((.(......(((...(((..........))).))).....))))...))...))....)))......))...)).....)).))...)...........))))).................))..).)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))......((((((((((..((.............................(..(((....((((((((...((.(((((.(((((((((.....(...(((((..(((....)))..)))))..).............(((((((..(((((((((....))))))...)))...))..))))).)))))))))..)))))))...(((......))).))))))))........)))..)...............))..))))))))))
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))..((((.(((.((((.(((.....))).((((....))))...)))).((((((....)))..((((((...........)))))).)))..((((........))))..((((((((((....)))))))))).)))...(((......))))))).....((((((....))))))......(((.........))).(((....)))...(((((..(((((...........))))).....((((....)))).)))))..................
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RNA: SRP_00011

			GUCGAACUCAGUAACGCGGGCUUGUGAUCCAAGUGGAGACAAUAAGGGGAUGGGACGUUGGGUCGAUCUCAUUGGGCCGGGUUCGGGUUGGGCUAUAUUCUGGCCCGCCCAUUCCAAGUUGGGAGUUGAGGCAUGGGCUUCGAGCGAAGGCUCGGGUCUCAUGUCUUCUAGAGUGGGGGAGACCGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAGCGUCCACCUCCCGCUCUUGACGGUGGAAGGAUUACGGGCCAUUGCCUUCCGAGCCCACUAUGACCCAAUAAGCCGCUCCGAUUGGACCAUCACUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((.(((........))).))....((((..)))))))...((((.(((((..((((((((.(..((.((((((.(((.((.((...(((.((.....(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))((..)).(((((.....((((....(((......)))....))))...))))).)))))))))..)))))))....))))))).))))))).)).))......).)))))).))).))).))).))..))))).))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...(((((((((..((.....))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((.(.((....)).)..((.((((.((.....)).)))).))...)))..)))))..))..)))))))....)))))))..)))))))))))))....)))))))))...)))))))..)))))...))))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.(((........))).))....(((....)))......................(((....)))...............(....((.(........).))..)...(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))....................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((.......)))..))))..((((((...(((...((((.(((...(((((((((.(((....)))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((..(((......((((((((((((.(((((....))))))).))))))))))..((((((((((....(((((((((....))))))......))).....))))))))))...))))))))))....)))))))..)))))))))))))....)))))))))...)))))))..))).....)))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((....................................))))).)))))))))...........................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((..(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).....(((....))).........(((((((..((((((((.....(((.((((((((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....)))))).)))...)).)))).))..)))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(((....((((..((((.(((...((((((((..............(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((((.....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((((((((.((.(((((((((....))))))......)))))...))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...))))))).))))......)))...
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..................((((.....)))).(....)..)(((..(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((...((.((.....(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.....((((....(((......)))....))))....))))))))))))))..)))))))....))))))).)).))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................((.....))(((((...((((..((((.(((...(((((((((........((...(((((((((..((((.(.....(((((((.((.(((((.(((((.....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((((((((.((.((((((((((())))))))......)))))...))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).)).)))))))))...))))))).)))).....)))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((.[[[..)))..]]]((((((...((((..((((.(((...((((((((..(((....)))..(((((((((..((((.......(((((((....(((((.....(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).....((((........((((....(((......)))....)))))))).....)))))......)))))......)))))))..))))))))))))).....))))))))...))))))).)))).....)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).((((..(((....))).)))).((((.(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).....((((......))))((((.((((.(((...))).)))).).))).....)))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(((....((((..((((.(((...((((((((..............(((((((((..((((.......(((((((....(((((.(((((.....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((((((((......((.....(((......))).....)).....))))))))))))))..)))))......)))))))..))))))))))))).....))))))))...))))))).))))......)))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))).....((....)).))......((((((((..((((((.((((...((.(((((((((((((((..((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.((...((((...(((......)))..).)))..))))))..)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....))))).))..)))).))))).)..))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))..((...(((....)))..))....((.(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((.......((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))..((((((((((.......((((.((((.((.....)).)))).)).)))))))))))).)))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((....[[[[[[[[[.[[[[[..................[[[[[[[[[.............[[[[[[[[[..[[[[.......[[[[[[[((((........))))....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))..[[[[[[[[[[...))))))...((((...........))))......]]]]]]]]]].................]]]]]]]..]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]......]]]]].]]]]]...]]]]...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).))).....(((((((.........((..........))..((((((((....(((.......(((((((((...((((.(((((((((.((((((..((((((..((....))..))))))..))))))........((((......(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....)))))))..)))..))))))))..............................)))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(...(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).....))..))))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((.....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...)))).)).))..))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).....))..))))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((.....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...)))).)).))..))))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..........))))(((..(((....))).))).....(((((((..((((((((.....((..((((..((((((((...((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).......))))..))...)))).)).))..)))))))...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...(((((((((..((.....))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.((.(((.((...(((......)))..)))))))..))))).)))))..))..)))))))....)))))))..)))))))))))))....)))))))))...)))))))..)))))...))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.((...))))).((((..(((....))).))))......(((((....(((((........((((((..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((((......((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))..((((((((((.......((((.((((.(((...))).)))).)).))))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).......)))))).......))))).....))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((((((((.(((((........((((((((...((((.(((((...))))).))))...(((((((((......)))))))))))))))))..((((((....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))....((((((.(((((((........)))))))..........((((.....(((((......)))))..))))..((((.........))))..))))))....))))))......))))).)))))...))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))............................(((((.........................(((((((((.............(((((((....(((((.(((((((((.((((((((((....................)))))))))).......(((((....(((((((((....))))))......)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))......)))))))))..............................))))).....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...(((((((((..((.....))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.(..(((.((...(((......)))..)))))..).))))).)))))..))..)))))))....)))))))..)))))))))))))....)))))))))...)))))))..)))))...))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((...))...((((.(((((..(((....)))....)))))..........(((((((((.((.....))...(((((((((..((((........((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......((((..(((.((.((...(((......)))..)))))))..))))..)))))..))..)))))))....))))))...)))))))))))))....)))))))))...))))..))).((......))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...(((((((((..((....))..)(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...((((((((....))((((....(((......)))....)))))))).))..)))))..))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...)))))))..)))))...))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((........))))(((..((((.((((((((((........((((.((.(((((((.((((.(((((((((((((((..(((((((((((..)))))))))))))))))))))..)))))....(((((((((((.(((((...).)))))))).))))))).(......)((((..))).)(((((((..))))))))))))))))))))))))(((((((..)))))))((((((((.(((.((((((((....))).))..))).)))..)))))))))))))))))).)).))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................((..(..(..((((....(.......(((((((.((.((((..((((.((((..(((((.((((((..(((....))).))))))..)).))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))).))))...))))))....)))))))..)..................)............))).....)..).....))..
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((..((....)).........(((...((((((((..............(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).................((.((...(((......)))..))))...........)))))..))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...))).......)))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))..(((..(((....))).)))....((.(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.....((((....(((......)))....))))...))))).)))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...((((((((...((.....))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((..((((((....))))))..))))))))))...(((.(.((....)).)..((.((((.((.....)).)))).))...)))..)))))..))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...)))))))..)))))...))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((...((((....)))).(((.................))).((((((......)).)))).)))))..((((((((...((((((.....)))))).((((........)))).((((.((((((((..((((((....))))))..)))))))).(((...((((......)))).(((((....))))).))).)))).((((((((........)).))))))........((((....)))).))))))))........(((((...........)))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........((((....)))).(((.....<<<<<.......))).(((....((((.[[[.))))...((((....]]]))))((((((.....)))))).))).((((.....)))).....(((....))).(((((....))))).>>>>>...((((.....aaaa))))..AAAA....((((.((((....)))).(((...{{{{{.))).(((}}.}}}..)))......((((....))))....)))).....))).(((((...........)))))...........

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RNA: SRP_00012

			GUCGAGCUAAGUAACGAGAGCUUGUGACCCGAGUGGGGACAAUAAGGUGGUGGAACAGUGGUUCAAUUCCUCGGGUCGGACCUGAUGCUGACAUAUAUCUGAGCUGCCCAGUCCAAGCUGUGAGUAAUCUGUGUGGGUCAGGCGAAGGCUUGACUCAGGCGGAUUCUAAAGUCGGAGGGUAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAGCGACUACUUCCCUCUUACAGCAGUGGAUGGAUCAUAGUUCGAAGUCUCUCAGAUCCACUAUGGCCCGCUGGUUCGAUCUCUCCUGGACCACCACUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..........)))))....((((..)))))))...((((((((((..(((.((.((.(.((..(((((((((.((((.(..((..(.....(((((((.((.(((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))((..))..(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....))))))).).)).))))).))).....))))))..)).).)).).)..)))..))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..(((.((.......))..((((((((((.((((........))))..(((...((.((((..((((((((.(((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))........(((((((..(((((((((....))))))...)))...))).))))...))))))))...)))))).(((((((.....((((...))))..)))))))...)))))))))))))...)))..))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.((((((((((((((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)))).)))))))).....)))))).))))).)))..))).))...))))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))....(((....)))......((((((((((..(((.((.((....((.(((((((...................((((((((..((.(((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))))......((((((...(((((((((....))))))...)))..........))))))))))))..))))))).....)))))..........))).......)))))))..))...))...)).)))..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))........((((((((..((.....((...((..(((((((((.(((..(..(((.......(((((((.((.(((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))).).))).))).....))))))..))...)).......))..))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((..(((.((.......))..((((((((((....((((......(((((((.......(((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))(....)..(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))((((....)))).......)))))))......)))).....))))))))))...)))..))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).(.(((....)))..)...((((((((((..(((.((.((....((.(((((((((.....(.(((((.......(((((((.((.(((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))))......((((((...((((((((((())))))))...)))..........))))))))))))..)))))))....)))))))..)....))))))).....)))))))..))...))...)).)))..))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((.(((.......((...(((.((((((((.((.(((......((((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...)).......).))..))..))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...[[[[[..)))..]]]]]...(((.....))).....((((((((((..(((.............(((((((...((((....(((........((((((....(((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))............((((...(((....(((......)))....)))..)))).....))))))))..)))))......))))))...)))..))))........)))))))...............)))..))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).(.(((.....))).)...((((((((((..(((.((.......((.(((((((.....(((.((((...((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).))...))))))).....)))))))..))........)).)))..))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..(((.((.......)).(([[[[[[[[[....(((.......(((((((.......(((((.(((((((..(((((((.((((((((((....)))))))))).))))))).........(((((.....(((....(((......)))....))).......))))))))))))..))))){{.................)))))))}}.....))).))..]]]]]]]]]....)))..))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((......)))))).....(((....))))))....(((((((((..((((((((((((.(((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).........((((.(..(((.((...(((......)))..)))))...)))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....))))).))))))))))).)).))..))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).(.(((.....))).)...((((((((((..(((.((.((....((.(((((((.....(((.((((......((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))))......((((((......((....(((......)))....))........))))))))))))..)))))))....))))))))......))))))).....)))))))..))...))...)).)))..))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).((((((((..........[[[[[[[[[[....[[[[[[[[....))))))))......................]]]]]]]]((((......(((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))....(((((........((((((((((..)))))))...))).)))))........)))))))((((((.((((((..................)))))).......))))))............)))).]]]]]]]]]]
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..(((..(((.(..(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).)))....).))..))))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..(((..(((.(..(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).)))....).))..))))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((.....))).....((((((((((..(((.((.((....((.(((((((.....(((.((((...((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((..((((...(((....(((......)))....)))..))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).))...))))))).....)))))))..))...))...)).)))..))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((.....))).....((((((((((..(((....((((.....(((((((.....(((.((((......((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))))......((((((...........((((...........))))........))))))))))))..)))))))....))))))))......))))))).....)))))))....)).))......)))..))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))......((((((..........((((((((................((((((...))))))..((((........(((((((....(((((.(((((....(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((((((...........((((...........))))........))))))....)))))...)))))..))))))).......)))).)))))))).......(((((((........))))))))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((.....))).....((((((((((..(((..(.((....((.(((((((.....(((.((((.(.((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((..((((...(((....(((......)))....)))..))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).)).).))))))).....)))))))..))...))...)..)))..))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((..........)))).((..(((....))).)).....)).(((((..(((.((.((....((.(((((((.....(((.((((...((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((..((((...(((....(((......)))....)))..))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).))...))))))).....)))))))..))...))...)).)))..))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((..(((..(.((....((.(((((((.....(((.((((...((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((..((((...(....)((((.((.....)).))))...))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).))...))))))).....)))))))..))...))...)..)))..))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...((..))((..))...)))))((........).)..(((((((((((((((..............((((((((((((.((..((((((....((.((((..)))).)).((((((.(.((((((((((((((((((...).)))))))))))))))))...(((..((.(((((....(((((((..)))))))..(((...)))))))).)).)))))).))))..((((((((((((........))))))))))))))))).)))))))))))).)))..)))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................(..........)..............(..(.((...(......(((((....(.((.(..(....((..((.(((.(..(.(((...((.((....)).))........(((.(......(((...(((..........))).)))....).)))..))).)..)...).))......))...))..))....))..)............))))).....)......)).......)..).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...((.......)).....((((((((((..(((..(.......((.(((((((.....(((.((((......((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))...................(((....(((......)))....)))...........))))))))..)))))))....))))))))......))))))).....)))))))..))........)..)))..))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..(((..(.......((.(((((((((.((((....(((.....((.((((((.(((.((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........((..((((...(((....(((......)))....)))..))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).)))..)))).))).....))))))..))........)..)))..))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).((((((((...((((......((......))....)))).....))))))))..(((.((((........))))....(((((((((....)))).((((.((((....)))).((((....)))).)))).)))))..(((......))).))).....((((((....))))))......(((.(((((.............))))).((((((..................))))))........))).((((((........))))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((.......aaa))).(((.........{{{{)))....cccccc.((((....))))......(((((..[[[)))))....)))..........]]]CCC...CCC..((((((((...(((....))).(((((....))))).))).<<<<((((....))))<<<<<<......((((((....))))))...)))))........>>>>>>.......(((..bbb..)))....(((.(((.BBB.)))>>>.....(((>}}}))))))....}AAA..............

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RNA: SRP_00015

			GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACUAUAAGAUGGUGGAACACUGGAUCGGCCCACGGGUCGGAUUUGUUGUUGGCAUAGGUCUGGACUGCCCAAUCCAAGCUGUGAGUGAACCGUAUGAACCAAGCGAAGGUUUGAUCCGUACGGUUGCUAAAGGUUGAGGGUAUUGCGUUAGGCUGGCUUCACAGAGCAGCGACUACCUCCCGCUCUCAGCAGUGGACGGACAACGGUUCGACGCCACACAAAUCCACUAUGGUCCGCUGGCUCGUAACCCGCUUGAACCACCAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.(......).)))))....((((..)))))))...((((((((((..((.((...(((.(((((((((((((((((.(.(((........(((((((.((..((((.((((.((((.(((((((((.(.(((((....))))).).))))))))).((..))...((((......(((....(((......)))....)))....))))..)))).))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))).))).))).....))..))..))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.(((((..((((((.(((.....)))..))))))..((((((.((.(((...((((....))))((((((((.((.(((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).))))).))))))..))))).))..))))))..........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))....(((....)))...................(.(((.............)))..)........(.(.........).).......((((.((((.(((..(((((.(((.(.(((((....))))).).))).)))))..........(((.............((((...........))))......)))...))).))))..)))).......................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..((..((...((((..((((((((((((((...((((((((...((((........))))..))))...((((((((..(((((.......)))))..(((((....(((((...(((...((((((((((((...............))).)))).)))))...)))...)))))...)))))..))))))))..)))).)))))))).....))))))..)))).....))....))..))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((.............................................(((((((..........(((((((((((((((((((((((.......)))).....)))))))))..........((((....................................)))).)))))))))).............)))))))...............................................))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.(((((.((((((((((((((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)))).)))))))).....)))))).))))).)))..)))..))...))))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......)))))).....(((....)))......((((((((((..((((((((.(((((.((((((((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....)))))).))))).))..))))..))..))))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))....(((....)))......((((((((((..(.......(((((..((((((((((((((.(.((((...(..(((......((..((((.((((.((((((((((((((.(.(((((....))))).).)))))))))..........((((.((.(.......((((.(((....))))))))..)))))).))))).))))..)))).))....)))..)...))))))))))))).....))))))..))).))..........)..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))........((((((((..(.......((..(((.(((((((((((((.(.((((.......(((((((.((..((((.((((.((((.(((((((((.(.(((((....))))).).)))))))))..........((((......(((....(((......)))....)))....))))..)))).))))..)))).))....)))))))..))))))))))))).....)))))..)))..))..........)..))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((.....((((((((((....))))((((((((...((((.....((.((((((.((..((((.((((.(((((((((......(((.......((......))....))).......))))((((......(((....(((......)))....)))....)))).))))).))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).....)))))).(((........)))......))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..((.(((..(((((.(((((((((((((((.(.((((...((.(((...((.((..((((.((((.((((((((((((((.(.(((((....))))).).))))))))).......(..((((.((((.......((((.(((....))))))))).)))))))))))).))))..)))).)).)).))).))...))))))))))))).....)))))).)))).))....)))..))..))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((.(((.....(((...(((.((((((((.((.(((.......(((((((.((..((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))..)))))))))))))......)))...))).......).))..))..))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))((..(((....))).))....(((((((((..((((((.((...(((.(((..((((((((.((.(((.......(((((((.((..((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))..))))))))))))).......)))..)))...).).).))).))..))))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((......(((((..((((((.(((....)))...))))))..((((...))))(((((((((....))))((((((((...((((....(((.((((((.....((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))(((...))).((((...(((((((...(((......)))))).))))...)))).))))).))))..)))).......))))))))))))).)))))))).....))))).....))))).....))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..((.(((..(((((..((((((((((((((.((.(((....(((.((((((((...((((.((((.(((((.((((((((...(((((....)))))...)))))))).(((...))).((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....))))))..))).))....)))..))..))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..........((.....((((((((((((((.((.(((......((([[.((.((..((((.((((.((((.(((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........(((.((....(((....(((......)))....)))...)))))..)))).))))..)))).)).)).)))]]....))))))))))))).....))))))......)).............))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))))....(((....)))))....(.((((((((..((((((.(((((.((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).........((((.(..(((.((...(((......)))..)))))...)))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....))))).).))))))..)).)).))..))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((......)))))).....(((....))))).....(((((((((..(((((((((((((.((((((((((((((((..((((....(.((((((((.((.(((((.(((((((((.(((((((((((((((((....)))))))))))))))))......(..(((((.(....(.....((((......))).....))...))))))))))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....))))).).))))))).).)))).)..))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....))).......(((((((((..((.(((..(((((..((((((((((((((.(.((((....(((.((((((((...((((.((((.(((((.((((((((...(((((....)))))...)))))))).(((...))).((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....))))))..))).))....)))..))..))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...((((..))))......((((((((((.....(((((((((((..)))))((((((((....((((...(((..)))))))........((((.((((((((((((((...[[[[[[...........)))))))))..........((((............((((...........)))).....)))).))))).)))).((((.(((((....)))))...)))))))))))).....)))))).............]]]]]]..))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).))).....(((((((.......((((........))))(((((((....((((.......(((((((((...((((.(((((((((((((((..((((((..((....))..))))))..))))))........((.((......(((....(((......)))....)))....))..)))))))))))..)))).))....)))))))..))))..)))))))................................)))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))((..(((....))).))...((((((((((..((...(((.(.(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).......))..))))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).(...)))))).))).))))).).))..))..))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))((..(((....))).))...((((((((((..((...(((...(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......(((....((((...).)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).......))..))))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))((..(((....))).))....(((((((((..((((((((...(((.(((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......(((....((((...).)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).(...)))))).)))...))).).))..))..))))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..........))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((...(((..((((((((....(((.......(((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......((.....((((...).))).....))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..)))..)))))))).(...).)))...))...))).).))..))..))))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).....((((((((......[[[[[[[[[[..((.((((((((((....))))(((((((.((.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....)))))).))........))))))))..]]]]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((.....(((..(((((.(((((((((((((((.(.((((....(((.((((((.....((((.((((.(((((((((((((((..(((((....))))).).)))))))))(((...))).((((.(((((((((...(((......)))))).)))).)))))).))))).))))..)))).......)))))))))))))))))))))).....)))))).)))).))....)))......))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((......(((((.(((((.....)))))..((((((((.....((((..............)))).....((((((((...((((..((((.((((........)))).(((((.....(((((((((...(((((....)))))...))))))))).........(((((.................)))))....)))))....)))).(((((......))))).(((((....)))))..)))).))))))))..)))))))).....))))).....))))))...........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...................((((((((((.....(((.........(((((.((((((((..............(((((((.....((((......((((.(((((((((....................)))))))))..........((((..........(((....)))................))))..)))).......)))).......))))))).......))))))))......)))))............)))......))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).......................................((((((.....(((........(((((((((...((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...)))...))))))..........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).))).....(((((((..((((((((...((...((((.((((((((...(((........(((((((((...((((.(((((((((((((((..((((((..((....))..))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))...))).)))))))).(...)))))...))...)))..)))..))..)))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((.(((((..((((((.(((....)))...))))))..((((((.((.(((...((((....))))((((((((.((.(((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).))))).))))))..))))).))..))))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..............)).((((((.(((....)))...)))))).((((((..((.(((..(((((..((((((((((((((.((.(((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....))))))..))).))....)))..))..))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((......(((((((((....))))(((((((.((.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....)))))((.((.......)).)).....))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))..((((....)))).....(((((((((((((((((((..(((((..)))))(((((((.((.((((..((((..((((((..))))))..))))..((((((((((..(((((((...))))))..(.(((..)))...)..((((...............(((((((.((......))))))..)))))))(((.((.(......)))))))..)))))))))))))))))))))))((...))))))))))).......((.....))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................(........).((.......))((...((((....(((.(......((...(.....((.......(..((((.(((.((((.(....))))).........((((......(((...(((..........))).)))....))))..))).)).))...............)..))...)....))...............).))).)...............)))...))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.(......).))))))...(((....))).......(((((((((..((..(...........((((.((((((((...((((.......((((((.((...(((..((((.((((.(((((((((.(.(((((....))))).).)))))))))..........((((......(((...(((..........))).)))....))))..)))).))))...))).)).....))))))..)))).))))))))......)))).............)....))..))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....)))........((((((((.................(((..((((((((..(.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........(((..((.(((......(((......)))....)))..)).))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))).))))))).....)..))).....................))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...(((....))).......(((((((((..((.(((..(((((.(((((((((((((((.(.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((......(((....(((......)))....)))....)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....)))))).)))).))....)))..))..))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((.(((((..((((((.(((.....)))..))))))..((((((.((.(((...((((....))))(((((((.((.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).))))).))))))..))))).))..))))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))..((((..(((...((((.....))))....))).(((.(((((....)))))...........((((...........))))...))).((((...(((((.(((((((...(((((....)))))...))))))))))))...))))..))))..........((((((((....)))).(((.........)))...)))).((((.(((((....)))))...))))............(((((.((.((........))))..)).))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....((((....))))......[[[[[[((((.......(((.....)))...((((((....))))))...(((.....)))..)))).(((........))).)))).......(((((((((...(((((....)))))...)))))))))..(((..((...{{{{{..)).))).((((((((....)))).(((..}}}}}..)))...)))).((((.(((((....)))))...)))).....]]]]]].(((((.((.((........))))..)).))).......

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RNA: SRP_00079

			GCGCCGGCUGGAGUCACGUCCAGUUGUCACCCAUGUGGGGGCCAAGCGGAUGAAGGAACAUAUGGCUCUCCGGUCGUGAACGCUUCCGUCGAUAGCGUGUCCUCUUCGAGUCCACAGUCGGCAAGGUCGCUGCCCUGAUGGGUGGCUGACCUGGUUGAUGAUUAGUCCCGCACCGCGUGAGGCAGGAAACUGAGCAGCGAAAAGGGACAGCUGCGGACGGCGAAAGGAUCGCAUGCUUGAGGAGGUGCCACGACCACCCGGGGGGUCCUCUGUGGGACCAACUACCGUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((((((((((......)))))))....((((..))))))).((((((..(..((..((((.(.......(((((((..(((((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.(...((....))..).)))))).))))(....).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...))))))).))))))).............).))))...))..)..))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(.(((..((((((((((((.((((((.(((....))))))..))))))))..........)))))))..(((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.(((((((..(((....)))..)).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))....((..((((((....))))))..)).))).))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((((((......))))))))...(((....))).)).((((((.....((..((((.(((((((((((((((.(((((.........)))))..(((((((((((.....((((((.((((((((((((....))))))).))))).))))))((((.(((((....(((((..((.......))..)).)))....))))).((((....)))).....))))....)))))))))))...)))))....))))))))))...))))...)).....))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........))))).....(((....)))......((((.(...((((((((.((.(((((((((((((...((((......(((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((....))))))).)))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..))))...)))))))).....))))))).)))..))).))...).))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((......))))))))...(((....)))(((((..................)))))(((((((((((..(((((((.((((..(((.(((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))......(((((....(((((....(((....))).)).)))....)))))..))).))))..))))))))))))....))))))))))).)))))))....))))((((((....))))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((......)))))))).............................................(((((((..(((((((.((...((((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).))))))))).)))))))........(((((......)))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((......)))))))....(((....)))))).((((((..(..((..((((.((((((((((.((((..(((((((......(((((((((..((...((((.((((.(((.((((((((((((....))))))).))))).)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))....)).))...)))))))...))))))).)))).....))))))))))...))))...))..)..))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.((((((((......)))))))).).((((()))))(((((..................)))))(((((((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))......(((((....(((((....(((....))).)).)))....)))))..))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))....))))((((((....))))))...........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((........))))))(...(((....)))..).....((.((((((..((.((((((((..(((.(((.((((((((..((..((((((.((..((((.((((((((.((((((.((((((((((....))))))).))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))).)))......))))).).)).).)..)).))))).)...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((......))))))))..........[[[[[[[[.))).(((......))).]]]]]]]].(((((((..(((((((.((((..(((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))))))))))))).)))))))...((((.[[[[[))))..]]]]]...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....)).((((((((((((..(((((.(((....))))).)))..)))))..........)))))))..(((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))...(((..((((((....)))))).....)))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((......))))))))......((...(((((((..................)))))))..(((((((..(((((((.(((..((((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....)))))..))).))))..)))))))...))))))))))))))))).)))))))........[[[[[[..))]]]]]]...........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(.((((((......)))))).....(((....)))))..((..((.((((((..((((.((((((((((((((....(((((....(..((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))).))))))))).))......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).)))))))))))..)))))))....)))))))...))))).)))..)...).)))))))))...))))...)).)))))).)).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((......)))))))(((.(((....))))))....(((..................(((((((((((..(((((((.(((..((((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).)))).))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))))....))))((((((....)))))).....)))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((......))))))))...((((..))))....((((((..............(((((((((((((((.(((((.........)))))..((((((((((([[[[[[(((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))......(((((((...))).....(((....))).(((((...........))))))))).((((.....))))..)))))))))))...)))))))....))))))))..]]]]]].........))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................(((....))).....................................................(((((((((...((((.((((((...................((...)).......................(((((......(((....(((....)))....)))....)))))....))))))..)))).))....)))))))....................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........))))).((..(((....))).)).(((((((((..((...(((.(..((((.((((((((...((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....))))))).)))))))))).....(.(((((......((((...(((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))...))))))))......)))).).)))......))..)))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........))))).((..(((....))).)).(((((((((..((...(((....((((.((((((((...((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....))))))).)))))))))).....(.(((((......((((...(((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))...))))))))......))))...)))......))..)))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........))))).(...(((....)))..).(((((((((..((...(((.(..((((.(((((((.....(((......(((((((.((.(((((.((((((((.((((((.((((((((((....))))))).))).)))))).....(.(((((......((((...(((....)))..)).))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..))).....)))))))......)))).).)))......))..)))))))))
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((...[[[))))))))...(((....((((((((.....(((......))).)))))))).(((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.(((((((..(((....)))..)).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))....))).((((((....))))))......]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.{{{..)))))))(((.(((....))))))..(((((.........((((}}}..(((((((((((..(((((((.(((..((((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).....(.(((((....(((.((...(((....)))..)))))....)))))))))).))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))))....))))[[[[[..))))]]]]].....))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((......))))))))..........((((((((..................)))))))).(((((((..(((((((......(((((((....((((.((((...((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))).....(((((..................................)))))......))))..))))......)))))))...))))))).)))))))........((((((....))))))...........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................(((....)))................................((((((.....(((.......(((((((((...((((.((((((((.((((((..(((((((((....))))))).))..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...))).....))))))...................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((..((((((((((((.((((((.(((....))))))..))))))))..........)))))))..(((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.(((((((..(((....)))..)).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))..)))).)((((((....))))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((....))).(((((.((((((.(((....))))))..))))))))...........(((((((((((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.(((((((..(((....)))..)).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))....)))))))).))...))).(((........))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((((((......)))))))....(((....)))))))((((((.....((.......((....))(((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.((((((((.(((((((..(((....)))..)).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))..))((..((((((....))))))..)).))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((...((..(((...(((....)))...)))..)).))))..((((..))))..)))(((((((.((((((((.((((((..(((((((.(((((((((.((.((((((((((((((((((....))))))).)))))))))))..(...(((((.(.((.((((.((((((..)))))))).))).)))))))..))).))))).)))))))).)))..)))))))))))))))))))))(((((((((..)))))).))).)).)..).)))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................((..........)).(...)...(.(((....((..(((.......(.(........(.((.(((..(.....(.((...))..)...........((......(((...((..........)).)))....))...)......).........))....))...)................)........)....)))...))..........))).)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................(((....)))................................(((((((..(((((((.(((...(((((((((.((((.((((.((((((((.(((((((..(((....)))..)).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..))))))))...))))).)))))))))).)))))))........(((((......)))))...........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((((.((((((.(((....))))))..))))))))..........)))))))..(((((((..(((((((.(((((((((.(((((.((((.((((.(((((..(.(((((((..(((....)))..)).))))).)..).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))..))))..((((((....))))))......)))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((((......))).....((((....)))).))))..((((....((((...(((((((....))))))).(((((.........))))).))))..((((........))))..((((((((((((....))))))).)))))..(((.....)))..))))...)))..(((((.........(((((...........))))).....((((.....)))).)))))...((((..((.((......))..))..)))).((((......)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((......)))......(((....))).((((((..[[[....[[[[.....)))))).]]].(((((...{{{..)).))).}}}...]]]]......aaa...)))))))..(((((((((((....))))))).)))).(((.....))).(((((..........<<<<<.........<<<<<.....))))).>>>>>.....((((.....)))).>>>>>.....((((....bbb)))).(((..BBB))).((((AAA...)))).....

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RNA: SRP_00085

			ACCGGGCUUGGUAACGCUAGUCUAUAACUCAAGUGAGGGUAUCAAAGUGGUUGAACUUUGAGCUUGGCUUAGCUAGUUGGGUCUGUAGACACCGCACCUGGCUUGCCCGUUCCAAGUCGAGAGUGGGUUCAUGUUUCCUGAGCGAAGGCUCGGGUGAUGUGAGCUUUAGAAUCGGGGGGCAAUGCGUUAGGCUGGUUUCACAGAGCUGCGAAAACCUCUACCUCUCGACUGUGGAAGGAUUACAAGCCGGAGUGUCUUAGGCUCAUAUAACCAGCCUGGCUAGCCCAACAGGACACCCAUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.(......).)))))....((((..)))))))....((((((.((..(((((.(((.(..((((......(((((((..(((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))((..))..(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))).)))))))...........))))).))).))).))..)).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))...)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((....(((((((.....)))..)))).((((.(((((((......)))))))(((.((((........((((((((.((((((.....((((((((((..((((((((((((((.(((((..((((((((((...((((((((.......))))))))....))))))))))...(((..((((..........)))))))..)))))....))))))))).)))))))....)))))))).)))))))))))))).......)))).)))..))))..))))...)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...(((((.(((.((.(((.(((((.((((((((..((((.....((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....))))).))))).))).))).))...).))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((...(((((.........(((((.......(((((((......))))))))))))......)))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(((((......))..))))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(......).)))))....(((....)))........(((((.((.....(......(..(......((.(((((((....(((.....((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))...))))))).....))......).)......)......)).))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...(....)(((((((.....(((....)))....(((((((......)))))))(((.((..........((((((((..(((((.....((((((((.((.(((((.((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))..))))))))..)))))))....)))))))).))))).)))))))).....)))))..)))))))...........)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((...((((((...(((.((((((.......(((((((......))))))))))))).)))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(((((......))..))))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).......((((((..((............((...((..(((((((.((((((......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))))))))))))......))...))...........).)..))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((...(((((((.....(((....)))(((.(((((((......)))))))))).))).))))....((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))......)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((.....(((((((....((((......)))).(((((((......)))))))....((((....((..((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))........(((((.....(((.((.(((......)))..)))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))..))...)))).)))))))....))))...)))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..(((....((((.....................(((((((......)))))))...........)))).((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))........((.((.....(((..(((((......)))..)))))....))))...))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))).)))))).......................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))))....(((....)))))....((..((((((..(((((.((.((((((((((((((((((((((.(((((....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))........((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))).)).))..)))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((...(((((.((..........(.......(((((((......))))))).....)...)))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(.(((......)))..).)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((....(((((((.....((((..))))....(((((((......)))))))..(((((...))))).((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((..((((((((((...((((((((.......))))))))....)))))))))).......[[[[[[[[[...(((..)))....)))))....))))))))).)))))......)))))))).))))))))))))))...]]]]]]]]]))))))))))).......)))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((....(((.(..(((((((((.((((((((..((((.....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....))))))))).).))).....))..)))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((....(((.(..(((((((((.((((((((..((((.....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....))))))))).).))).....))..)))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((...(((((.(((..(((..[[[...))).(((((((......))))))).....]]]))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((.((.(((.(...))))..)))))....)))))).))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.....(((((((....((((......)))).(((((((......)))))))....((((........((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))..(((((((................))))))).......................))))))))).)))))......)))))))).)))))))))))))).......)))).)))))))....))))..........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........................................((((((....(((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))......................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.....(((((.......(((....)))....(((((((......)))))))..)))))..((((((.((((((....))).)))...))))))...((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).(((((((.((((.........)))).((....))....)))))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((...(((((((.....(((....)))(((.(((((((......)))))))))).)))).)))....((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((.((((...(((((.(..(((..(((((.(....)(((((((..(..)))))))))))))..)))))))))(((((((.(((((((..(.((.((((((.((.((((((((((((((((((((((..(..(((((((...).))))))..)..))))))))).(...((((.................(((((.(((..))).)))))))))...))))))))).)))))))....)))))))))))))))))))))))....))))..(((.(.......)))).)..))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................((((.(..).))))....((..(.(((...........(((((((.((.((((..(((.((((((.(.(((((((.(.(.(((....))).).).)))))).).)........((.((......(((...(((..........))).)))....))))))).))).)))...))))))....)))))))...............................).))......)..).......)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.............................(((((((......)))))))................((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((..(..(((((((....)))))))..)..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.(((.....))).......((((......)))).(((((((......)))))))(((.((((.....)))).(((.............))).)))..)))).(((........))).((((.(((((..(((((((....)))))))..))))).(((((........))))).....(((.(((((((((..((....))...))))).((((.........))))..........)))).((((.......))))....)))...((((..........))))..))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.[[[))))......]]].....((((......)))).(((((((......)))))))(((.aaaa.))).(((.<<<...................)))..>>>...(((..ccccccc)))....((((..(((((((....))))))).(((....bbbbb...)))..BBBBB...))))..(((({{{{{.....))))....}}}}}(((((CCCCCCC..))))).((((.((..ddd...))))))..DDD............((((...AAAA...))))..........

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RNA: SRP_00099

			GACUGGCUGGGAUAACGCCCAGCUGUAACCAAGUGGAGUCGUUAAAGGUUUAGGAUGGGAUACUGUGUCACUACAUCCUGGAAGUAACAUUGCACGAUGGCUGCCCAUUACAAGGCUGCAGUCUCUAGAGUUGCCUUGGUGGAGACCGAGGUGACUUGUGAGAUAGUGAAACCCGUACCGCCGGAGGCUGGAAACAGAGCACGGAAAAGGGUUCGCUGUAGUACGGUGUAAGGAUAACAGUAGUUGUGUAACUUCCUGGCAUCUCAGUGAUUCGCGAGAUUCAUCUCGGACUAAAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))....(((..)))))))(.....(((((.(((((((.(..((....(.(((....((..((.(...(((((((((.((((.((.(.(((.((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..)))(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..)))).))....)))).))))))))).).).)..)).....))).).))..)..))))))).))))).....)..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((......)))))))....((....)).........((((((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))....((....))))))...((((((((((((((((....(((((((((..((((.((((((.....(((((((..((((.((.(((((..(((((.(((((..(((((((((((((....)))))))))))))..)))))(((((.((((...(((......(((........))).)))....))))))))))))))....)))))))....))))..))))))))))))).)).))...)))))..))))...)))))).....))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((........))))).....((....))..........((((.(...((.((((((.((..(((.((((((((((((((..((((......((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..)))))......)))).....).))).)))))))).....)))))).))))).))).))).))...).))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((......))))))))...................(((((((((...........(.((((((....((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).(((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)..)))))))....)))).)))))))))))))).))......)))))).).(((((....)))))..))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((......)))))))......................((((((........................((.(((((...............((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)..)))))))....))))..........))))).))................................))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))....((....))))))...((((((((((.............((((((....((.(((((........((((((.((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))).)..)))))))....)))).))))))...))))).))......))))))...(((((....)))))..))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((......))))))))..................((((((((((...........(.((((((....((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).(((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)..)))))))....)))).)))))))))))))).))......)))))).).(((((....)))))..))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((........))))))....((....))..........(((.(((..((.((.......((...(.((.(.((((((.....(((((...(((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))).)..)))))))....))))..).))))))))))).)..)).)....)).............)).))..))).)))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))............))))...((((((((((..((((((..(((((((((.......((((((.....((((((((.((((....(((((..(((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))......)))).)))))))))))))).........)))))..))))......))))))..))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))............))))...((((((((((..((((((..((((....)))).((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).(((((.(((...))))))))..))))))..))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((......)))))))...................((((((((((..((((((.....((((((....((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).((((.((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))....)))).)))))))))))))).))......))))))...........))))))..))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((((......)))))))....((....)).))....(.((((((((..((.(((((.(((.(((((((((..((((((.....((...((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).).)))))))).)..)))))))....)))).).))).)))))))))...).))))))).).......))))))).))..))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......)))))))....((....)).)))....(((((((((..((((((..((((....)))).((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).((((.((((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).(((((.(((...))))))))..))))))..))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))....(((..)))))))...((((((((((.......((((((((((.........(((((.....(((((((((((((((.............))))))....(((((((((((((....)))))))))))))............(((((...(((((((...))))..........)))....)))))((((((...))))))..............)))))))))))))))))))...))))).....((((((..))))))..))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((......))))))((...((....))...))..((((((((((..((.((((((.(...(((((((((.((((((((..((((......((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))).)..)))))))....)))).....).))).))))))))......))))))))).).))).))).))..))))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((......)))))))(...((....))...)...((((((((((..((.((.(((.(...(((((((((.((((((((..((((......((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))).)..)))))))....)))).....).))).))))))))......))))))))).).)))..)).))..))))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((......))))))((...((....))...))...(((((((((..((.((.(((.(...(((((((((.(((((((....(((......((((.((.(((((.((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))).)..)))))))....)))).....).))...)))))))......))))))))).).)))..)).))..))))))))).
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.[[[[[)))))))....((....))...]]]]](((((((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..))))).(((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))............))))...((((((((((..((((((..((((....))))....((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.((((((.(((((((((((((....)))))))))))))).)))))(((((.((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))....)))).))))))))))))))....(((((.(((...))))))))..))))))..))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((......))))))))..................((((((((((..((((((..................(((((.....(((((((((.((((....(((((........(((((..(((((((((((((....)))))))))))))..)))))........((((((..((((...))))..((((....((((......)))))))).)))))))))))......)))).))))))))))))))....(((((..........)))))..))))))..))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................((....))...........................................((((((....(((.......((((.((.(((((..(((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))))))....)))))))....)))).......)))...))))))........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......)))))))....((....)).)))...((((((((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((......)))))).....(((...((((..((((....(((((((((.(((.....)))....)))))))))..)))).(((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))).))))))))).))))))).....)))).((((.(((((....)))))))....))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))))....((....))))))...((((((((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..)))))((((.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((((.(...))))))))))((((((...........)).)))).((((((((((((...)))))).))))))((((((..(...((((((...((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((......))))))))))))))))))..(((.(((((.(..(.(((((((((((..))))))))))))..))))))))))))))).).))))))))..).)))...)))))))))))))((.(((((((((...))).))))))))...(..)..(((..)))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................(..(.....).).(..............)((...(...(...(......(.(......(......(((..(.((..(.(.(.(......((.......)))......(......(((...(((........))).)))....).....).).)...)).....).........)).)..)........)..)...............).)...........)........))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......)))))))....((....)).)))...((((((((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..)))))(((((.((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......)))))))....((....)).)))...(((..(((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((..(((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))..)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..)))))..)))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((......)))))))..((((................)))).((((((................))))))........((((....)))).((((.............)))).(((..(((((((((((((....)))))))))))))..))).(((((((..((((........................)))).....(((.(((((.....))))).....(((((....)))))...)))..((((....))))...))).(((((....))))).)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((((((......)))))).((((((.<<<............))).(((((((.(((.....)))>>>.)))))))..........)))..(((((....))))).((((((....[[[[[[[.....)))))).]]]]]]].(((....))).......)).((...((((((..(((.....))).....((((..........)))).{{{{.))))))..........}}}}.((((....))))..((((....))))....)).(((((....)))))............

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RNA: SRP_00152

			GGCCUAGCAACGUGGGCCUGUAACCCAAGUGGGGGCAUGUGGGAAAUGGGACUUUAGUUCGGCCCAUUGGAUCGGAUCCAGUGUUAGCUGCUUGCUGGGCUGCCCAUUCCAAGCCGAGAGUUGAGCUGUGUGAGCCGGACGAAGGUCUGGCUUGGUCAGCUCCUAAAGCGGAGGGCAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAGCGACAACCUCCCGCUCUCGGCAGUGGAAGGAUAACGGGCCGGUGCUGCUUGGACCCACCAUGGUUCACUGAGCUGACUCUUAAUAGGACCAUUUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((......)))))).....((((..)))).....(.(((((((((..((((((.((((..((.((((((((.(((((.(.(((.((....((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))))))))))).)).....)))))).))..)))).)..))).))..))))))))).)
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((...((((.......))))..)).))).....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).)))((((((......)))))))))))))))........))..)))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).((..(((....)))...))..(((((.((((.((..((((((((((.......(((.((((((...........))))))))).((.((((..(((((((((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).......(((((((..(((((((((....))))))...))))).....))))).)))))))))...)))))).....))))))).)))....)).))))..(((((((..((((......))))...))))))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).)))...))).))...).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((........))).......((......)).......(((((((((..((...((((((.((..((((((((((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.............(((......)))...........))))).)))))))))..)))))......))))))))))))).)))))))).....))))))..)))))))).......))..)))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........))))).......(..............)((((((((.........((((((((((((((...))))))).....................((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..))))))).....)))))))...........((......))(((...(((....)))......)))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).....(((....)))........((((((((..((...(.(((((.((.((((((((.(((((.(..(((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))))))).)))))).)).....)))))).)).))))).)......))..))))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..........)))).....(((....))).....(.(((((((((..((..((((.(((.((.((((((((.(((((.((....((....((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))(....).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))..))))))).)).....)))))).)).)))))))......))..))))))))).)
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).......((.(((....))).))((((((((..((..(((((((((((((((((...)))))))....((.(((.....))).))((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((((..((((((((((())))))))...))))).....))))).)))))))))..))))))).....))))))).)))...((((((......))))))..(((....))).....))..))))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........))))).(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.((((((((.((.(((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...))).............))..))))))))...
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....[[[[[)))).....(((....)))..]]]]]....((((((......[[[[[.))))))....]]]]].(((..[[[[)))....]]]]...((((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..))))).......)))).((((..[[[[[[[[[))))..]]]]]...]]]]..........................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......))))))......................(((((((((..((.....(((((((...........((((((...........)))))).......(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..))))).......)))))))....(((((((((......)))))...))))...........))..)))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).....(((....)))......((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))))))..)).))..)))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......))))))......((....)).......((((((((((..((.(((((((((((((((((((((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.((.(........(((.((.....)).))).)..))))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....))))))))))))))))))..)..))..)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).....((((..)))).....(((((...((((....(((((((((.((((((((...))))))))...[[[[[[.)))))))))))))(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.......(((((((..)))))))..]]]]]].....))))).)))))))))..)))))......(((((.......)))))..))))).(((((((...(((....)))......))))))).......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((......)))..(((....))).))......(((((((.........((.(.....).))..((((((((.((.(((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......((((.......(((....(((......)))....))).....))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))))))))))))................................)))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(...)..)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((..(((((((.((((((((((((((((((.(.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).....))))))))))))))))..)....))..)))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).......))..)))))))))).
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PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(...)))))))(((..(((....))).)))...(((((((((....(((((((((..((((((((...))))))))..(((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....)))))))))).))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))))...)))((((((.(...))))))))))))))))............)))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......))))))......((((((((......((((((....((((....))))....((((((((...))))))))...(((((((.......(((((((((........)))).((((((..((((((((((....))))))))))..))))))..........)))))....((((((....)))))).))))))).......))))))..(((((................)))))..)))))))).......(((((((..((((......))))...))))))).......
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........)))))......................(((((((((...........................(((((...............................(((((((((...............................................................................................)))))))))...........................)))))...................................)))))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))...........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((......)))..(((....))).))....(((((((((.........((.(.....).))..((((((((...((((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((.(((((((....))))))).))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))).))))))))................................)))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).....(((....))).......(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..((((.....(((((((..((((.(((....))).)))).((((((..((((((.((((.((((((((...))))))))...))))...))))))...))))))(((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..))).......)))))))..)))))).(((.....))).(((((...(((....)))......))))).........
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................(..........)..........(...(........(((.(((.((.((((..(((((((((.(((.(...(((((..(((....)))..)))))....)))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))))))....))).)))........)..................)..............................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........)))))((...(((....)))..))...(((((((((..((..((.(((...(..(((((.((.(((((...((((......((((.(((.((.((((..(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....((((...(((..........))).))).)..))))).)))))))))...))))))....))).)))).)))).))))).))......)))))..)...)))..))....))..)))))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......)))))).(....(......)...)....(((((((((..(((((((((((..(((((((.....)))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.............(((......)))...........))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00153

			GCCGGUCUUAGCAACGUGGGCCUGUAACCCAAGUGGGGGCAUGUGGGAAAUGGGACUUUGGGUCAACCUAGUGGAUCGGGUCCAGUGUUAGCUGCUUACUGGUCUGCCCAUUCCAAGCCGGGAGUUGGGCUGAGUGACCUGGGCGAAGGGCUGGGUUGCGCACGUCCUAGAGUGGAGGGCAAUGCGUGAGGCUGGCUUCACAGAGCAGCGACUACCUCCCGCUCUCGGCAGUGGAAGGAUAACGGGCCGGUGCUACCUGGGUCCACCAUGCUUCACUAGGCUGACUCUUAAUAGGACCAUUUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((.((((......)))).))....((((..)))))))..(.(((((((((..((((((((((..((((((((.(((((((((.(.(((.((....((((((((.((.(((((.(((((((((.((..((.(((((((((.(....).))))))))).))..))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....).))))))))..)))))..))).))..))))))))).)
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..(((((..(((((((((..((((((((.((.(((.....((((((((..((.((((..(((((((((.(((...(((..(((......)))))).((((((((..(((((.......))))).....((((((....))))))...)).))))))...))).)))))))))...)))))).....))))))))))))))))))))).......)))))))))..))))).....))..)))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(.((((.......)))).)...........(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(....).))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((..........)).))....(((....))))))..(.(((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((.....(.((....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((...(((((((((.(....).)))))))))....))))......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))...)))))))).....).))))))))).)))))..))).))..))))))))).)
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....((.((((.......)))).))..))))....(((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(....).))))))))).)).))))......(((((((..((((((((((())))))))...))))).....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....).))))))))).))))))..)).))..)))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......[[[[[)))).....(((....)))..]]]]](((((((((......((((((.(((((((((...(((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((...(((..........)))..(((....(((((((((.(((((.......)))))..)))((((((....))))))......)))))).)))...)))))))))..)))))......))))))))))))).))))....)))....))))))))).)))))).........)))))))))..
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....((((..)))))))....(((((((((......((((((.(((((((((..((((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((.((((...(((((((((........)))))))))....))))......(((((....((((((((((..)))))))...))).......))))).)))))))))..)))))......))))))))))))).)))))))).......))))))))).)))))).........)))))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))....)))......))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((..((..((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((........))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).......))))))))).)))))).....))..)))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(......)))))).....(((....))))))....(((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.((((((((.((.....)))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))....)).)).))))))))).))))))..)).))..)))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.......((((.......))))....)))))....(((((((((......((((((.(((((((((....((((.......(((((((........(((((((((......))))).))))...(((((((((........)))))))))....(((((.......))))).....((((((....)))))).))))))).........(((((......)))))..))))...(((((...........))))).......))))))))).)))))).........)))))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))...........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(.(....).)..)))..).)).))))......(((((.(..(((((((((....))))))...)))..)....))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((.........)))).(((..((.....))..)))....)).(((((..((..((((((.(((((((((..((..((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((........))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).......))))))))).)))))).....))..)))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(.(....).)..)))..).)).))))....(.(((((.(..(((((((((....))))))...)))..)....)))))))))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((..(.((((.(....))))))))))))))).))(((((((((..((((((((((((((((((((..(((.((((.............)))).)..))((((((((((....))))))))))....((((((((.(((((((((.((((..((.(((......)))))))))...(((((((..)))))))..).)))..((.(((((((((((((........).))).).))))).)))))..))))))))))..).))))))))))))))))))..)).))..)))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(....)..(..(((..(..(.(((........(((((((.((.((((..((((.((((..((((..((((((((..(....)..))))))))..).))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))).))))...))))))....))))))).......)).)............)...)......)))......)..............
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(.(....).)..)))..).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....)))))).....((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(........)..)))..).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.........))))).....((((............))))..........(((((....)))))..((((((...((((....))))....)))))).(((((((((......)))).))))).((((.((((((........)))))).(((((.(((((.......)))))..)))))...((((((((....)))).(((.........)))...))))..(((..((((..((((.........)))).)))).))).(((......)))..)))).....(((.......)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((....(((.(((<<<<<..))).{{{>>>>...>)).....)))))}}}.((((....)))).((((.....))))......(((((((..(((...bbbbbbbbb...)))BBBB.BBBBB...((((((((.....aaaaa))))))))....AAAAA.[[[[[[[[[.......((((((....)))))).))))))).....]]].]]]]]].)))).((((..((((..((((.........)))).)))).....(((......)))....(((.....))))))).......

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RNA: SRP_00178

			GUCGAGCUUAGUAAUGUGGGCUUGUAACCCAAAUGGGGGCAUUAAUGUGGUGGAAUGUUGGGCUGUACCAGAUGGUUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGACUUGCCCUAUCCAAGCUUAGAGUUGGAUCAUGUGGCCCAAUUGAAGAAAUGGACUACUUGAUUCGUAAAGUGGGGCGGAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAUAAGUUUCCGCUCUAAGCGGUGGAAGGAUAACGAGUCGGUGUUCUCUGAGUCCAGUAAUGCCUGAUGGGCUGCUCUAAUUAAACCACCACUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).(..)..(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))))))).))))))))......)))...))))).))).))).))..))))))).)).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))...)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).....(((....)))..............................((........))....(((.((.(.......).)).)))...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((.......((((((....)))))).............))))).)))))))))..))))......................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((......)))....((.(((((((...((((((((((.((((....(((((((((((((((.............)))).).))))))))))..)))))).....)))))))).......(((((........)))))..((((((((((........(((((((.((((.(((((..((((..(((((((((......))))))..))).....))))..))))).)))).))).....))))......))))))).)))...)))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((((((((((((((..................)))))))))))).....................................................))))))))).................................................................)))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................(((((.........................((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))...............................))))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).......(.(((((((...(((((((.((.(((.....((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).))))))............(((..((((((((....))))))...))...........))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))))..........))))).)))).)))....))))))).)..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(..(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))..................((.....(((......))).....))..........)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))).).)).)))))....)))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((.(((((((..((((((((.(..(((...(((.((((((((.(((.((....((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))))).)))))))))))......)))...))).).))).))).))..))))))).)).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....)))......((.(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((((((((((((.((((.(((.((.....))))).)))).)))))))...........((((((((((((((())))))))...))).(.....).)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))))).....))...))))).)))).)))....))))))).)).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..)......(((((((...(((((......(((...((..(((((((((((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......))...))).....)).)))....)))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((.....((.......(((...((..(((((((((((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......))...))).......))......)))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..[[[[[[))))))....(((....))).]]]]]]..(((((((...(((((......(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((((((((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))......((((.......(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...)))......)))))....)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((((.....((.....))..))))))).((((........))))..)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...((......)).........(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).))))))......................................................)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)))).)))....)))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))).)))).))..)))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.((((.....(((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((......(.....((((......))).....))....))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))).)))))))))).....))))..)))))))).))))).)..)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....((((......))))....((((((((((.((((.............))))...))))))))))....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))......((((((((....(((.(((((((.((((.((((((.((((..(((((((((......)))))).....)))..)))).)))))).)))).))).....)))).)))..))))))))......)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))....)))))))))))........((((((..(((((((((....((((((((((((((((((((..)))))))...))).........))))))))))...............))))))))).........)))))).....((((...)))).............)))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).)))...............(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))...............
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((((...........((((((((((...((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))......)))))))).........................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).....))..)))))))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.......)))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))))))))...))).))).))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).....))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.......)))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))))))))...))).))).))..)))))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((.((.....((((((((..(((((((..((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).))))..))))))).......))))))))....))..)).))..)))))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((.((.((((......))))))..(((((((((((((((.((((...)).)))))).).))))))))))...(((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))(.((.((((((((....(((.(((((((.((((.((((((.((((..(((((((((......)))))).....)))..)))).)))))).)))).))).....)))).)))..)))))))).)))..)))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.......((((.......)))).....))))......(((((((...((((((.....((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..)))).....((((((((..............((((((........))))))........((((...(((((.((((.((((((.((((...((((((((......))))))))........)))).)))))).)))).))))).))))....))))))))))))))....)))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................((((.(((((((((...............................................................................................)))))))))..))))......................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((((.(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..))).)))))))).........................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..((........)).)).(((...(((.....)))....))).(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((...(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))......(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.(((((((..(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))).........((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((........)))))).((.((((((..)))))))).....((((((((((......((((((((..))))))))((((((((((.............)))).).))))).(((((((.(((.(((((((((((..)).....((((((..((((((..)))))(.(((((((..((((((((((..)))))))..).)).....))))))))((((..(.............)..)))).(((..)))...)))))))..).)))))))).))))))))))..))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(.....)...(((..((((((.(.......(((((((.((..(((..(((.(((((.((((((.((((.(....((......))).)))).)))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).))))).)))...))).))....)))))))..)...).......)..................)...........)))...)))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))((...(((....)))..))...(.(((((((..((...(((....(((...(((.((((((((.((.(......(((((((.((...(((..(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).))).)).))))))......)))...)))...))).....))..))))))).)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.(((((((...((((((.((((.(((..........))).)))).))))))..........(((((...(((....(((......)))....))).......))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(..(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))).).)).)))))....)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))..(((..((((....))))..(((......))).(((......)))...))).((((((((.((((.............))))...))))))))..((((((..........)))))).......(((.((((((........)))))).(((((....((((((....))))))..(((........)))))))).)))...(((((.(((((.((......)))))))...((((((...........))))))............)))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))..(((..((((....))))..(((...<<<))).(((......)))...))).(((((....((((.....>>>.....)))).(((((.((.....))))))).....)))))..........(((((..[[[[..))))).]]]].(((((((....((((((....))))))..(((........)))))))))).....(((((.(((((......{{{{.)))))}}}}....(((...(((.....))).))).........)))))......

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RNA: SRP_00179

			GCCGAGCUCAGUAGCGUGGGCUUGUAACUCAAGUGAGGGCAUCAGUGUGGUGGAAUGUUGAACAUGCCCAGAAGGUAGGGCUUGUGUGACAAUUCUCUGGCCUGCCCUGUCCAAGCAAAGAGUUGGGUCUUGUGGGCCAAGCGAAGGCUUGGGCUGCUGGGCUCCUAAAGUGGGGUGGACUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAAUAGCUCCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUAACGAGCCAGUGUCAUAUAAGUUCAACGAAUGUCUGAUGGGCUGUUCUAGUUAAACUACCACAUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((((((((((..(((((((((...(((..(((((((((((((((((..(....(((((.((.((..((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))((..)).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).))))).)))..)))).))....)).)))))).))))))))))))......)))))..)))..)))).))).))..)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((.....(((....)))......................(........).............................)))))))((..((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))).))....................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..(((..((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..((.......((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))......))...)))))...)).)))))))...((((((((..............))))))))....))))((........))..))))))))))))))........)))..))))))))))..)))...)))))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...................((((((((((........................((((((((((((((.......................(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))......................................................))))))))).....................))))))))))))))...............................)))))))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).......))))).))))).))).))).))...).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((......)).........(((((((..(((((((((((.(((..(((((((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......)))))..))))))))).))).))..)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))....(((....)))......((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((....(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))...................((((((....))))))..(((........)))...))))).)))..))))))).......)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......))))))))...(((....))).))......(((((((...((((.((..(((((..((((.(((((((((((((......(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))..................((.....(((......))).....))..........))))).)))..)))))))....)).))))).))))))))))))).......))))..))))).))..))))....)))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((......(((((.(((((...(....((((((((((((.(....(((((.((.((..((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).))))).)))..)))).))....)).)))))))))))))))))).........)....))))))))))........)))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))))...(((....))).)....(((((((((((((...(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......((......)...(((((((()))))))).((((........))))).))))).)))..)))))))....)).)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))..)))...)))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.(((((((((((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......)))...)))..........).)..))))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))((..(((....))).))......(((((((......((.(....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((...((((......)))..).)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))...)))...).))........)))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.[[[[.......)))(((((.....)))))..]]]]...((((((((((......(((((.(((((.......((((((((((((((.....(((((....(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((.........((((((....))))))..(((........))))))))))).)))..))))))).......))))))))))))))))))).............))))))))))........)))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))).((......)).(((((((((.....)).)).))))).((((........))))))))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))..)))...)))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....((((((..(((([[[[[...........((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......))))]]]]].......))))))...((((((((..............))))))))......................))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....)))))))))))))).)))).))..)))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((((((((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.((...((((...(((......)))..).)))..))))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))).))))))))).).....))))).)))))))).)))).))..)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......))))))))...(((....))).))...((((((((((......(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))).((......)).(((((((((.....)).))).)))).((((........))))))))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))........)))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...((((..))))......((((((((((......(((((.(((((.......((((((((((((((.....(((((..((((.((((((((.........(((((...)))))........))))))))....))))((((...(((((((((.....(((((((..))))))).((((........)))))))))))))........))))......))))))))))))))))))).............))))))))))........)))))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))(((..(((....))).)))............(((...(((((.(((((..(((((.......((..........(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).))))).............)).....)))))..))))))))))..)))..............
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................((..(((....))).))......(((((((..............(......)..((((((....(((......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))....))))))...............................)))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).......))))))))).).))).....))..)))))))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((((..(((.((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))).))).))))).))).))..)))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).......)))))))))...))).....))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((((..((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))).))))).))).))..)))))))))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.......)).(((..(((....))).)))....((((((((..((((.(((((..(((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))..))).)))))..)).))..))))))))...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).((((.[[[[[[[[[[.)))).(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))........]]]]]]]]]].
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....)))......(((((((((((((..((((((.(((((.......((((((((((((((.....(((((....(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))).((.(...))).(((((((((.....)).))).)))).((((........))))))))))).)))..))))))).......))))))))))))))))))).............)))))))))).))))...)))))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...................((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((......(((((............((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).....((((......)))).....((((....((((((((..............))))))))))))....)))))....)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))........................................................................(((((.................(((((...............................................................................................)))))....................)))))........................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))..........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........((((((...............((........))((((...(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..)))...))))..................................))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..(((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.(..(.((((((....)))))).)..).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).)))))))))))))))))))......)..))..))))))))))..)))...)))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((....)))...)).(((.....)))...........(((((((((((((...(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))..)))...)))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..((..(((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.((((.(((((((.(..(.((((((....)))))).)..)...(((((......)))))))))...((((((....)))))).((((........))))))))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))..)......)..))..))))))))))..)))...)))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((...(((..)))((((....)))(((..(((..(......)..))).....)))(((..((((((.((((.((......)).))))))))))))))(((((.(.(.((((((..(((..))))))).)).).))))))))))))))))))..((.((((.(.....((..((((((..))))))))((((........))))((((((...).)))))((...(((((...(((((.((((....(((...)))..))))...)))))....))))).)).))))).)).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................((....)).(.....)...(...((.((((.........((((.((.((..(((..(((.(((((.(((((..((((.((.(((....)))..))))))..))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).))))).)))...))).))....)).))))........))...)............)....)..)..)...................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))((...(((....)))..))...(((((((((..((...((((...(((..((((..((.(((.(..........(((((.((.((..(((..(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).))))).)))...))).))....)).)))))...).)...)).)).......))))..)))..)))).....))..)))))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..((..(((((((((((.....(((((..(.(((.((((.(((.(((((.((((((.(..(.((((((....)))))).)..).))))))..........((......((.....(((......))).....))....))....))))).)))..)))))))....)..))))))))))))))))..)......)..))..))))))))))..)))...)))))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....)))......((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..((..(((((((((((.....(((((..(.(((.((((.(((.(((((.(((((..(..(.((((((....)))))).)..)..))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)..))))))))))))))))..)......)..))..))))))))))..)))...)))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))............((((.(((((((......)))))))...((((.....)))).((((................)))).)))).((((.(((.((((......))))....(((((((....)))).))).)))..(((((......)))))))))...((((((....)))))).((((........))))(((((......)))))...(((.((......))))).....((((((............)))(((.....)))...))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00181

			GUCGAGCUUAGUAACGUGGGCUUGUAACCCAAGUGGGGAUGUUAAGGUGGUGGAAUAUUGGGCUGUCCCAGAUGGCUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGGCCUGCCCUAUCCAAGUACAGAGUUGGAUCAUGUGGUCCAAUUGAAAGAAUGGGCUACUAGAUUCCUAAAGUGGGGUGGACCCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAAAAACUUCCGCUUUGUGCAGUGGAAGGAUAACGGACCGGUGCCUUCCAAGUUCCAUUAAUGCCUGAUGGGCUGUUCUAGUUAAACUACCACAUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))((..)).(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).)))))).))))))))))).......)))...))))).))).))).))..))))))).))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...)))))))....)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...(((((.....((...........((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....................................................)))))))))..)))))))....))).))))......)).....).).....)))...)))...)).)))))....))))))).....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.....((((((((((((..((((((((...((((((((.......))))))))...)))).)).)).....(((((..((((((((..........))))))))..)))))......)))))))).))))...((((((...((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).)))))))(((.(((((.......))))))))...))))))...))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).....................................................)))))))))..................................................................))))))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))).))......))))).))))).))).))).))...)))))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))......................(((((((..((((((((...((((..((((.((((((((.((((......((((((((..(((((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))..))))..)).)))).))..))))))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((........((.(.((((...(((...((((((((((((.......))))))((((................(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......)))).......((((((....)))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).........)))...))))).))..........))))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.((((((((..(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))........................(((......)))..................))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....))))))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(..(((((((......((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))(....).((((......((.....(((......))).....)).....)))).)))))))))..)))).))....))).))))))))).)))))))).......)))...))))).))))........)))))))..)..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((((((((.......))))))(((((...............(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))......))))).......(((((((()))))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).))).....)))...))))).)))).)))....))))))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).........(((.....(((...((((......)))..).)))....)))....))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))...)))...)).))))).)..))))))).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.(((((((..((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))..))))))).......)))...)))...)).))))).)..))))))).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..[[[[[[)))))))...(((....))).]]]]]]..(((((((.....(((.[[[[(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))))).......]]]](((((((((....)))))))))...........(((((....[[[...)))))...]]](((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))..............))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))((((((...(((......(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....))))))))).(((((.(((((((.((((((((((...(((....))).)))))))).))(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).)))))..).))))))....))))))).....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((......((((...((((...(((.((((((((.((((.............((((...................(((..((((((((.((....)).))))))))..)))..........))))...................(((((............[[[[[[[[))))).]]]]]]]]..............)))).)))))).))......)))...))))..))))........))))))).....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((......)))))).....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....((.((...(((......)))..)))).....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....)))))))))))))).)))).))..))))))).))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.....((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....))))).)))))))).)))).))..))))))).))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...((((((..(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))....((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....(.....)...)))))))....))).....)))).)))))))..))))))....))))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....)))))...(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...))))))))))....(((((((.(((((..........)))))......(((((.(((((((...((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))))))))).......))))))).....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........(((((((........................(((((((............((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....)))))))).......))))).)).............(((...)))........))))))).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..)))).)).))..)))))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..))).))).))..)))))))))...
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((....((...((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...(((((...).))..)).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))...))...)))).)).))..)))))))))...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))(.(((((((((..........)))))))).)).((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((.(.(((...)).)))))))))....))).....)))).)))))))).))))))....))))))).....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...((((..(((((((.....((((((......(((((....(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))...)))))......(((((((((....)))))))))..........))))))..)))))))...))))((((.(((((.((((......((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))............)))).))))).................)))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................((((((((.............................(((((((((..............................................................................................)))))))))...........................))))))))...........................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...)))...)))).))..........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((...(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..)))...)))).))..........................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...))))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((......)))))).....(((.....))).......)).(((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....)))(((((...(((((((((((...((((.(.(((((....)))))).....((((((.....)))))))))).((((((.(....).))))))...((((((((.((....)).))))))))...)))))..((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))..)))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...((((((.....((....))((......)))))))).((..((((...((((..((((((((((.............)))).).)))))..)))).))))..))(((((((((.(......).)))..((((((((.((......)).((..)).((((((((..))))))).)(((.((((((..((((((((......))))))))..)))))))))(((....))).(((.((((.........))))))).))))))).)....))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(.....)..((...((...((.(.......(((.(((.((..(((..((..(((((.(((((..((((((....((......))))))))..))))).......(((.......(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....))).)))..)..).........)...............)..)..)..........).........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))(...(((((((((..((...(((....(((...((..((((((((.((((......((((.((.((...(((..(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....)).)))).).))))))))).)).......))...)))...))).....))..))))))).)).)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.............(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))....................(((..((((((((.((....)).))))))))..))).....((.((((...(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))...)))).))...))))))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....))))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.((((..((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).)))))))..)))).))...))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).((((((.....))...))))..(((......))).((((...(((((....))))).......(((((.....))))).)))).((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))...(((((......))))).(((((....))...))).((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).))))))).(((.(((((.....))))).(((.....)))..)))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).((((((......))..))))..(((..bbbb))).((((...(((((....)))))[[[[[.((((((.....))))))))))...]]]]].(((.....aaaaa.)))AAAAA.........(((((dddddd...))))...DDD(((.....)))((((DDD.{{{{))))......((((......<<<<<<))))..>>>>>>.........}}}}ccc((((........)))))...CCC.(((BBBB.))).(((.....))).........

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RNA: SRP_00182

			GCCGAGCUUUGUAACGUGGGCUUGUAACCCGAGUGGGGGCAACAAUGUGGUGGAAUGUUGGGUCCAUCUUGAUGGAUGGGCUUGAAGGGCUAAUGUUCUGGCCUGCCCUGUCCAAGCACAGAGUUGGGUCAAGUGGUCUAUACGAAAGUAUAGCCACUUGGCCUUUAGAGUGGGAUGGACUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGACUAGUCCCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUCACGGGCUAGUGCUCUUUGAGUCCUAACAAAAACCUGAUAGGUUGCCUAAUUAAACCAUCACUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((........))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((....((....((.(((((((((.(((.((.....((((((((.((..((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))))).))))))))))).......).))....))...)))))).))..))))))).)).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....)))))..((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))........((((.....)))).))))))....)))))))...)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))....(((....)))......................(((....))).......(((((..(..(((((........)))))..)..))))).(((((((((.((((((.((((.((((((....)))))))))).)))))).......((((......................................)))).))))))))).............................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......(((((((..(((.(((..(((((((((.((((((((((((.(((((....))))))))))))))))).......(((((((..(((((((((....))))))...)))....))).)))).)))))))))...)))))).....))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((..............................................................(((((((((..............................................................................................)))))))))..................................................................)))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((.......((((((((....(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))........))))).))))).)))))).))...).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...((......))......((((((((((..(((((.((....(((..(((((((((((((.((((.......((((((((.((..((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))))..)))...)).))).))..)))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........)))))).............(((((((.....(((....(((((((.((((((....))))))(((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((((..(((((((((....))))))...)))....)).))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))...)))......)))))))..................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((...(((....((..((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.((((((....)))))))))).))))))...................(......((......))......)...........)))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).........))....)))..)))))))....)))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((..((((((((((((....))))).(((((((((((((........(((((((.((..((((.(((((((((..(((((((((((.(((((....))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))..))))))))))))).....................))))).))..))))))).)).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))....((....))(((((((.....(((....(((((((.((((((....))))))(((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((((.(((((((((((())))))))...)))..).)).)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))...)))......)))))))..................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.(((((((((((((.......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.((((.((((((....)))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))........)))...))).........).)..))))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))....(((....))).......(.(((((((..((((((((....(((...(((.((((((((.((((.......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).....(.(((((......(((....(((......)))....)))....)))))))))))))))..)))).))....)))))))).)))).))))))))........)))...)))...))))))).)..))))))).)..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....[[[[......)))......(((.....)))]]]]....(((((((..((((((((((((....)))))...(((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))))))))..(((((...)))))...........)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((........)).))).(((..(((......)))..)))..(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))..((.....[[[[[[[...[[[[[[..(((((....)))))((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......((...(((((.(((....(((......)))....)))...))))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))).........(((.....)))))]]]]]]....]]]]]]]....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))))....(((....)))))....((((((((((..((((((((..((((((((((.((((((((((((((......(((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((.((((((....)))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).).......)))))).)))))))))).))..)))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((......)))))).....(((....)))))....((((((((((..((((((((..((((((((((.((((((((((((((......(((((((((.(((.((((.(((((((((..((((((((((.((((((....))))))))))))))))......(.(((((......(((....(((......)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).).......)))))).)))))))))).))..)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))........(...(((((((((....(((......)))....)))..))))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...((((..)))).........(((((((...((((((((((((..)))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............((((((.(((((((..)))))))...........))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).............................................................(((((((.((.(((((.((((((....................((....))......................(((((......(((....(((......)))....)))....)))))....))))))..)))))))....))))))).........................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((......)))).)))...(((....))).........(((((((....((((......))))......((((((((............((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).....(.(((((......(((....(((......)))....)))....)))))))))))))))..)))).))....))).))))......))))))))...............................)))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((.......((((((((.((.(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........))))))))).).)))....))..)))))))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((.(((....((((((((((((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......)))))))))...))).)).))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((.......((((((((.((.(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........)))))))))...)))....))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((.(((....((((((((((((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......)))))))))...))).)).))..)))))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))((...(((....)))..))...(((((((((..((...(((.(..(((((((((.(((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((.((((.((((((....)))))))))).)))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..)))...)))))))........))))))))).).)))....))..)))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((......)))))).....(((....))))))....(((((((((..((...(((....((((((((..((((((((.((((.......((((((((.((..((((.((((((((..(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).........))))))))...)))....))..)))))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....)))((((((...[[[[[[[..(((..(((((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..)))))........)))..))).))))))........]]]]]]]....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((..((((((((((((....))))).(((((((((((((.(.....((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).......(((((...))))).)))))).)..)))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))......(((((((((((((.....((((((........)))))).........(((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))((((.((((......))))((((((....))))))..........)))).....)))))))))..)))).......)))))))).))))))))))))).................)))))))..........))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))......................(((((((........................(((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((((.((((((((((..((((........)))).)))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).......)))))))).)))))))))))))...............................)))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((...(((.........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..(((.((((((....)))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))..........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((......)))).))....(((....))))))......(((((((..((((((((....(((...((..((((((((.(((........((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).))))..))).)))))))).........))...)))...)))))).))..)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....))))).(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......((((.....)))).))))))....)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((((...((.((((.......)))).)).)))))..((((((......)))))))).((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..)))))...........((((.((((.........)))))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))......(((((((..(((((((.((((((....))))))(((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))........((..(((((((((....(((......)))....))).).))))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))))))))..((((.....))))...........)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((........)))))).(((..(((..(..)))).(((((..(......)..)))))((((((..)))))).(((((((((((((((((..))))))))..(((.((((..((((((((.(((.(((((((.(((((((..))))))))))))))..((........))((..))((..((((((..))))))))(.((........))))))))))))))...)))))))(.(((......))))..)))))))))..)))((((.(.(((.((((.((..)..))))))))).))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................(((.....((..(((.(........(((((((.((..(((..((..(((((.((((((.((((.(..(((....)))..))))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))..))...))).))....)))))))..)..........))...........)...))..........)...)......)...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((..((...(................(.(((((..((.(.......(((((((.((...(((..(((((((((.(((((((((((.(((((......)))))))))))))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).)).).).))))).......................)....))..))))))).)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))....((......)).........(((((((...(((((((((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((...(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....((((....((((.(((....(((......)))....)))...)))).)))))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......(((((...))))))))))))....)))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((..((((....((..(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).........))....)))).)))))))....)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((........)).))).(((..(((......)))..)))..(((((((...(((((((((((....))))).(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......((((.....)))).))))))....)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...........(((((..((((((......)))))).((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))......(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....((((......))))....((((((((............))))))))...))))))))).((((....((((.((((....)))).(((........))).....)))).((((.........)))).))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))..........((((((((((...........))))).((((((((....)))))))).((((((((.......<<<....)))))..(((.((.>>>.))))).))).((((.((((((....))))))))))..((((((....((((......))))..))))))[[[[.[[[[[[[[.........)))))]]]]]]]]..(((..{{{{{)))((((....)))).....}}}}}......]]]].(((.((((.........)))))))......

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RNA: SRP_00184

			GUUGAGCUUAGUAACGUGGGCUUGUAAUCCAAGUGGAGACAUCAAAGUGGUUGAAUAUUGGGCUGUACCAGAUGGUUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGACUUGCCCUAUCCAAGCUUAGAGUUGGAUCAUGUGGCCCAAUUGAAGAAAUGGACUACUUGAUUCGUAAAGUGGGGCGGAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAGUGAACAGCUCCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUAAUGGGUCGGUGUCUUAUCAAGUUCAGUAACGCCUAAUGGGUUGCUCCAAUAAACAACCACCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((((..(.(...((((((((.((.(((...(((.((((((((((((.((....((((((((.((..((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).(..)..(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)))))).))..)))).))....)))))))))).))))))))))))......)))...))))).))).)))).)...).)..)))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......((((((((.(((.((((.((((.....(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))..)))).(.(((((..(((.(..((((..(((((......)))))))))..))))))))).)..)))))))....))))))))...))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..)))))))....)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))....(((....)))......................((......))......(((((...((((((.(.......).))))))...)))))..........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))....................................((((..............))))..................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((((......)))))))....(((....))).))......(((((((..(((((((.....(((...(((((((((((((((((......(((((((..(((.((((.((((.....(((((((.((((((.............)).)))).)))))))..))))(((((((.........(((((..(((((......)))))))))).)))))))......))))))).....))))))).)))).)))))))))).....)))...))).....)))))))..))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........(((((((................................................................((((((........((((((((..........)))))))).............................................................))))))....................................................................))))))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).).))).))))))))......))))).))))).))).)))))...)))))).....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))....((......))......((((((((((..((((((((....(((...((((((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).).))).)))))))).....))))...)))...)).))))))..))))))).))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........)))))).......................(((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......(((((((.....((((..((.......(((((((.((((.(((.(.......)))).)))).)))))))......(((((((.....((((((....)))))).................)))))))..))...)))....)...)))))))...)))))))))))))).....))...)))...).)))))))..))))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))...................(......((......))......)...........)))))).))..)))))))....)))))))).))))..))))))))).....)))...)))...)).)))))...))))))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((........((.((((.......)))).)).......)))(.(((((((..(((((((....(((....(((.((((((((((((.((....((((((((.((..((((.((.((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).....(.(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))))))))).))..)))).))....)))))))))).))))))))))))......))).....)))...)))))))..))))))).)...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))....(((....))).......(((((((((..((((((((....(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.((.......(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))....(((((((((.....(((((((()))))))).((((.(....).)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).)))))))))))))).....))...)))...).)))))))..))))))).))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((...((((......)))..).)))....))).)))))))))))..)))).))....)))))))).).))).))))))))......)))...)))...)).)))))...))))))).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).......(.(((((((...(((((((....(((...(((.(((((((((((((......((((((((((...((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).).))))))))))))......)))...)))...)).)))))...)))))))..)..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......)))).((((.[[[...)))).(((....)))]]].(((((((..((((((......(((...((((((((((((((((.......((((((((.(((.((((....(((((((((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))......((((((.....)))..(((((..(((((......))))))))))))))))))).....)))))))....))))))))...))))))))))))).....)))...)))......))))))..))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......)))))).((..(((....))).))...((((((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.((....(((((((..(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((((.....((.....))..))))))).((((........))))..)))))).))..))))))).....))))))))).))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..)))))).)))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).......................(((((((..((((((((....(((...(((((((([[[[[[[[.......[[[[[[[[.[[[.[[[[.))........((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).......(((((((..........((((..(((((......)))))))))..)))))))......]]]]]]]....]]]]]]]]...]]]]]]]]..))).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))))....(((....)))))....((((((((((..((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))).))))))))))).....)))))))).))))).))))))..))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((......(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))).))).))))))))))).....))))).)))))))).))))))..))))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))((..(((....))).))...((((((((((..(((((((((((((.(((...((((((((((.((((.............))))...))))))))))....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((.((.....))....((((..(((((......))))))))).))))))))))))))).(((((((...........))))).))......((((((.((....))))))))))))))..))))))).))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((((.((((((((..((((((...[[[[[[[[.[[[[[[[[....[[[[[[[[[[[(((..)))((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))))..]]]]]]]]]]]..........]]]]]]]](((((((...(((((((((.....(((((((..))))))).((((........)))))))))))))..............)))))))]]]]]]]]..))))))))..............))))))........))))........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).)))..............((((((((.(..(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((....((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((....(((......(((......)))....)))....))))).)))))).....)))))))....)))))))).))).))))))))))).....)))...)))..))).))))))..............
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...((((.......(((...((.((((((................)))))).))..((((.((((((((..((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..))))..........................................))).......))))...))))))).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).))))))))......))))))))).).)))....))..))))))).))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).))))))))......)))))))))...)))....))..))))))).))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))).))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((..((((((((((......((((((((.(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))).))..)))))))....)))))))).)))).))))))..)).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))....(((....)))......((((((((((..(((((((((((((.(((...(((((((((((((((.(..........))))).).))))))))))...(((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))....((((((((.....)))..(((((..(((((......)))))))))))))))))))))))))...((((((.........)))))).........((((((.((....))))))))))))))..))))))).))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...........((((.......))))..........)))).(((((((..(((((((.....((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..)))).....((((((((..............((((((........))))))........((((...(((((...((((((((..............)))))))).......((((((.........)))))).......))))).))))....)))))))))))))))..))))))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))....)))...)))))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((....((((((....(((...(((.((((((((.(((........(((.(((((...((((.((((((((..((((((.((((.((..((....))..)).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....))).)))....))).))))))))......)))...)))...))).)))....))))))).....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.((........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(..((((((.....((((((....)))))).((((.(....).))))))))))..)))..)))))))....)))))))).))).))))))))))).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((((.(((((((.((((..(((....)))..((((((((....(((((((..((((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))....))..)))))))..........)))))))).....(((....(((((((.....((((((....)))))).((((........))))))))))).))).......)))).))))))).)))..)))..)))))))).(((.((....))))).......................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))......(((((((..(((((((((((((..(((..((((((((((.((((.............))))...)))))))))).)))((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((((.....((((((....)))))).((((.(....).))))))))))))))))))(((..(((((.((.......)))))))...)))((((((.((....))))))))))))))..))))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((..........)))).....(((....))).))...((((((((((((((((((.....((((..))))((((((((((........).(((.((....(.((((((.((...))))))))(((((....((..))...))))).)(((((((((..)))))))))..(..)....(((((((..)))))))..)))))..((((...((((((((.(........)))).)).)))....))))..).))))))))(((((.((....))))))).)))))))))))))).)))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(.....)...(((..(.(.((.(.......(((((((.((..(((..((..(((((.((((((.((((.(....((......))).)))).)))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....)))))))..)))........................................).)...).))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))(..(((....)))...)..((((((((((..((..((((....(((...(((.(.(((((((((((......(((((((.((...(((..((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))).))...))).)).....))))))).).)))))))))).)......)))...)))...))))...))..))))))).))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))...........(....)......(((((((..((((((((....(((...(((((..(((((((((.......((((((...(((.((((.((..((....((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).........................................................))..))..)))))))......))))))...)))))))))..)).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......)))))))....(((....))).......(((((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......(((((((..(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((.....((......(((......)))....)).....))))).)))))).))..))))))).....)))))))...))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..))))))).))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..(......)..)))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((..((((((((((......(((((..(.(((.((((.((........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(..((((((.......(((.(((..(((((......)))))))))))))))))..)))..)))))))....)..))))).))).)))))))..)).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).....((((((.......((((.....))))...((((......))))........)))))).((((.............)))).((((((........))))))...((((((.............)).))))....(((((........)))))....((((((....)))))).((((........))))(((((......))))).(((....((((.((.....................))))))...(((((..........))))).)))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((......))))))).....((((((.......((((..bbb))))...((((......))))..{{{{{{)))))).((((......}}}}}}.))))..((((.((.....)))))).(((.<<<<<<<.........)))..((((((........)))))).((((..aaa((((((....)))))).((((..[[[[[.)))))))).(((.]]].))).((((((.]]AAA>>.)))))).....>>>>>(((((.((....)))))))............BBB......

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RNA: SRP_00188

			GUUGGGUUGACCCAGAUGGUUGGGUUCGGUAGGCUUAUAGUCUGGCCUGCCCUCUCCAAGCAUGGAGUUGGAUCACGUGGCUUAGUCGAAAGACCUGGGUUGCUUGAUUCCUAAAGUGGGGUGGACUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAACAGCUUCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUAACGGGUCAGUGCUCAGCGAGUCCAGUUAACGCCCUGAUGGGCUGCUCCAACUAAACCACCACUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.(..(((...(((.(((((((.(.((.(......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))))((..)).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))).).))))))).......)))....))).).))).))))..............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((((((........)))))))((..((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(....)..))))))))).)))))).......((((..............(((......))).............)))))))))))))..)))).))...........................((.(.(..((....))).)))....................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).((((((((...((((((((........))))))))...))))....((((((((((((.....(((.(((.....((((((.(((((((.(((((......))))).......((((((....)))))).)))))))......((((((((......)))))))).....))))))...))).))))).))))......((((....)))).))))))........))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((...................................(((((((((................................................................................................))))))))).........................................................))))))))............
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((.(((.((((((((((((((..((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))).))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).......)))))).))))).))).)))...............
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((.......((((((((..((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))).))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).))))))))..............))).........................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((....))))))).((((((((........))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))))..(((((((((........((..((((((.(((.(.(((((........((((((((......)))))))).............))))).).))).)))))).))((((....)))).............)).)))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((...((.((((((((...(((.......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....))..)))))))).)))))).........................(((......))).................)))))))))..)))).))....)))))))).)))...))))))))........))...))))..)).)))))..............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((...(((.(((((((...(((.......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))))(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))...))))))).......)))....))))....))))))..............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((....))))))).((((((((........))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))))..((((((((((((.....((..((((((.(((.(.(((((.((.....((((((((......)))))))).....)......)))))).).))).)))))).))((((....))))....))......))).)))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((...(((.(((((((((((((.......((((((((.((..((((.((((((((..((((((.(((((((((((....)).))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......).))...))).........................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....(((...((..((((((((.((((.......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....))..)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).))))))))........).)...)))...)).)))................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((.(((((...((((((((........))))))))...))))).)))......[[[[[[.........(((....)))))))))))..]]]]]]..(((((((((((((((..((((((....)))))).(((((........((((((((......))))))))(((.....)))..)))))....)))))((((...((((....))))......))))..))).)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....)))).(((.(((((...((((((((........))))))))...))))).)))......((((((.(((((((((((....)).))))))))).))).))).(((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((...(((....))).))))))))...............)))))))).)))))).))))).......((((....)))).............)).)))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....))))..((.((((....((((((((........))))))))..[[)))).))...]]..((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))))..(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((...(((....))).))))))))...............)))))))).)))))).))))))......((((....)))).............)).)))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((..((((((((((......(((.(((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....)).))))))))))))))))).......((((....(((((((((....))))))......)))....))).).)))))))))..)))))))....)).)))))))))..........).......)............).)))).....))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((.((((((((.((((......(((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)).))))))))))))))))........((((......(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))).))))..............................))....))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((......)))))).((((((((........))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((((....))).)))))))).)))))).....(.((((((((((((.(((((((((...((((((((...((......)).))))))))..................))))).)))))).))))).......((((....)))).)))))..)..............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..)))))).((((((((...((((((((........))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((.........))))))))).))))))..[[[[[[[..((((((..(((((((..))))))).(((((........((((((((......)))))))).............)))))....))))))......((((....))))...)))))))).....]]]]]]]
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..((........)).(((((............((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((.....)).))).)))).))))))........((((......(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....))).))))......)))))...................................))))).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.(..(((((((((.((((((((..((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))).))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........))))))))).).)))...................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....(((.((((((((((((((..((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))).))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......))))).)))...)))).))...............
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....(((((((((.((((((((..((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))).)))))))).)))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........)))))))))...)))...................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....((((((((((((((((((..((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))).))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......)))))))))...)))).))...............
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....(((..(((..((((((((..((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((((((((((((((....))).))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).))..)).)))....)))))).))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).........)))..)))....))).))...............
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).((((((((...((((((((........))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))))..[[[[[[[..((((((((((((((....)))))).(((((.((.....((((((((......)))))))).....))......))))).)).))))))......((((....))))...)))))))).....]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))............((((((((.(.....)))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((((....))).)))))))).))))).)......((((((((((((.(((((((((((.((((((((...(((....))).))))))))................))))))).)))))).))))).......((((....)))).))))).................
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((....))))))).((((((((........))))))))..(((((....)))))..((((((.(((((((((.........))))))))).))))))..(((((((..((((((..((((((....)))))).(((((........((((((((......)))))))).............)))))....))))))......((((....))))................)))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((...(((.....(((((.................................................................................(((((......(((....(((......)))....)))....))))).......................................)))))..........................)))......))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((((....(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))).)))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...)))...))))))..........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....(((...((...(((((((..(((.......((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....))..))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).))))..))).))))).)).........))...)))...)))...................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....)))).(((.(((((...((((((((........))))))))...))))).)))......((((((.(..((((((((....)).))))))..).))))))..(((((((((((((((((((((((....)))))).(((((..((...(((((((((......)))))))).....)...))..))))).)).))))).......((((....))))............))).)))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((..........(((((....((((.(((((((.(((((...(((((....)))))..((((((.(((((((((((....)).))))))))).)))))).....))))).))))))).((((((....)))))).))))..)))))..((((((((......))))))))......))))))..)))))).((((.........((((....)))).))))..................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))(((.(((((...((((((((........))))))))...))))).)))......((((((.(..((((((((....))).)))))..).))))))..(((((((((((((((((((((((....)))))).(((((........((((((((......))))))))(((.....)))..))))).)).))))).......((((....))))............))).)))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..)))))))(((.((((..((..))....(((((((((((((.((.((((((..))))))....(((..((((((((((((..))).)))))))))..))).((......))......(((((((((((..)))))))))))...((...)).((((((((...).)))))))..).).)))))))).((((...)))).((((..((......))..)))).....))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(...(.((......(..((......(((((((.((..(((..((..(((((.((((((.(((((((((.(....).).)))))))).)))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....)))))))..........)).).....................)).)........).........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((...((..((((((....(.(.......(((((((.((...(((..(((((((((.((((((.((((((((.((....))..)))))))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).)).....))))))........).)...))).........................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....))))..((.((((....((((((((........))))))))....)))).))........(((((.(..((((((((....))).)))))..).)))))....((((((((.(((((...................(((((........(((((((........))))))).............)))))....))))).......((((....)))).............)).)))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((...(((((((((((...(((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....)).))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))...))))))))......)))....))))..)).)))))..............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))(((.(((((...((((((((........))))))))...))))).)))......((((((.(..((..((((....)).))..))..).))))))..(((((((((((((((((.(((((((((..(((((((((...(((....))).))))))))...............)..))))).)))))).))))).......((((....))))............))).)))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....))))..(((...(((..((((((((........))))))))..(((((....))))).((((....(((((((((((....)).))))))))).....(((......))).(((((...((((((....)))))).((((........)))).((((((.......)))........((((....)))).))).)))))......((((....))))...)))).....))).)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).(((((((((((((((((((...{{{{{))))))))....(((..[[[[[[..))).]].]]]]((((((((....)).)))))).((((.(((((......)))))}}}}}..((((((....)))))).))))...))))..((((((((......))))))))..(((((((((.((.....)))).))).))))..((((....))))....)))))))............

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RNA: SRP_00239

			GCCGAGCUCAGUAGCGAGAGCCUGUAACCCAAGCGGGGGCACUAAAGGUGGCUGCGGAUGUUUGGUGUGGAUUCUGAUCCUGGGCCCCAUGUUGUUGUAAUCUUGCUGGCUUGCCCGUUCCAAGUUGCGUAGUGGGCCGGAGGGGCUUUGGCGAAGGCCUUUGCUUUGCUUCUCCGGCCCUAAAGUGGCAGGCACAGCGUGAGGCUGGCUUCACAGAGCAGCGAUCACUGCCCGCUUCCAUCGGUGGAAGGAUAACAGGCUGCUGCACCUUGGGCCCGCUUCUGGCCCAGAGUCCCUCUACAACAGACCACCAUCUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((.((((........)))).)....(((....))))))...((((((((..(....((.(((...((((....(((.(((((((.....(((..((..(.....(((((((.((.(((((.(.((.(.((((((..((.(((((...(((....)))...))))).))..)))....((..)).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).))).))).)..)))))))....)))))))..).))..)))..........))))))).)))..)))))))))..)..))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((....))).....(((((.......))))))))......((((((((.((((....(((((((..(((((((((((((.....((((((((......((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))((((((....))))))...))))))))....))))...((((....)))))))))..))))...))))))).((((((.......))))))..))))........))).)))))......
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....)))..........((((.(.....(((((.(((.((.(((.(((((.((((((((.....((((.......((((((((....(((((.((((.(((((.((((((((((((((((((....))).....))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))......(((....)))......((((((((.........((((.((((((....(((.((((((((.................(((((((((((...........((.....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))....))))))))).))))((((((....)))))).(.((((((....(((....((((((....)))))).....)))..)))))).)...)...........))))))).)))..)))))).))))...))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((........)))).)....(((....)))))).......((((.((.(..((((..........((((..((.(((((....................(((((((.((.(((((.(.((......((.(..(((((((...(((....)))...).....)))))).).))........((((....................................)))).......)).)..)))))))....)))))))..........)))))......))..))))..........))))..)))))))....
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))..((..(((....))).))...((((((((..(.....(((((.((((((....(((.((((((((.................(((((((((((...........((.....(((((((((((((...(((((((())))))))..)))))))))))))....))))))))).))))(((((((()))))))).(.((((((.(..(((....(((((((()))))))).....)))).)))))).)...)))((.......))))))).)))..)))))).)))))).))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..)......(((((.((.(..((...........(((...(((.((((((.(((...((((......(.(((((((.((.(((((.((((((.((..((((((.(((((((((((....)))).))....))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...)))...........))..))))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.[[[[[))).((((....(((....)))........)))).]]]]]........(((((((..(((((((((((((.....((((((((..(((.((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))((((((....)))))))))))))))))....))))...((((....)))))))))..))))...)))))))((((((.....[[[[)))))).............]]]]...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))..((..(((.....)))..)).((((((((.((.....(((((.((((((....(((.(((((((.((......))......(((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))).(((((.((((.((....((((((....(((....((((((....)))))).....)))..))))))....)))))).))))).))))))).)))..)))))).)))))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((........))))......(((....))))))...((((((((.((....(((.......((((((......((((((..................((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))..(((((.((((.......(((((.....(((....((((((....)))))).....)))...)))))......)))).))))).)))))))))))).......)))...))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))))....(((....))))).....(((((((.((.(..((((.(((.(((.((.(((((((((((((.(((((((.........(((((((((.((.(((((.((((((.((((((((((((((((((((((....)))).))....))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....).))))))))))).))..))))..)))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))......(((....)))......((((((((.((.....(((((.((((((....(((.(((((((.((......))......(((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))).(((((.((((.((....((((((....(((....((((((....)))))).....)))..))))))....)))))).))))).))))))).)))..)))))).)))))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((........)))).........[[[[[[[)))...((((((((........(((((.((((((........((((((((((...............(((((((((((..................(((((((((((((...(((((((..)))))))..)))))))))))))......))))))).))))(((((((..)))))))...((((((......(((..(((((((..))))))).......)))))))))....))))]]]]]]]...))))))......)))))).)))))..))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))...((((((((((....((....(((.(..(((((((((.((((((((.....((((.......((((((((.((.(((((.((((.(((((.((((((((((((((((((....))).....))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).....))..)))))))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))...((((((((((....((....(((....(((((((((.((((((((.....((((.......((((((((.((.(((((.((((.(((((.((((((((((((((((((....))).....))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).....))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((....(((.....(((....))))))...[[[[[[[)))))....(((((.((((((....((..(((((((..................((((((((((((((........)))....(((((((((..((...((((((....))))))..))..)))))))))......))))))).))))..(((((.(((.(((....((((((....(((....((((((....)))))).....)))..))))))....)))))).))))).)))))))..))..)))))).)))))...]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))......(((....)))......((((((((.((.....(((((.((((((....(((.(((((((....(((.....)))..(((((((((((((((........)))...((((((((((((((...((((((....))))))..))))))))))))).)....))))))).))))).(((((.((((.((.((.((((((....(((....((((((....)))))).....)))..))))))..)))))))).))))).))))))).)))..)))))).)))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((.....(((((.......)))))..((((...)))))))))....)))))))((((..((((....(((((.....((((((((..........(((((((..................(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).....((((((....))))))...))))))))....))))).........(((((.((((................(((((((.......))))))).)))).)))))..)))))))).......
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RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))............................................((((((.......(((.........(((((((.((.(((((.((((.((((..((((((..((((((((((....))).....)))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((........))))......(((....))))))...((((((((.((.(..(((((((.(.((((((((..(((((((((.................((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))((((((....))))))...((((((....(((....((((((....)))))).....)))..)))))).....))))))).....))..))))))))).))).))))..)))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((........))))).....(((....))))))...((((((((.((.(..(((((((.(.((((((((.....((((((.............(((.((((((((((((((........)))....(((((((((..((...((((((....))))))..))..)))))))))......))))))).))))((((((....)))))))))((((((....(((....((((((....)))))).....)))..)))))).....))))))((.....)).))))))))).))).))))..)))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..)((((........)))).((.(((((....)))))))..(((((.((................(((..((((.(.(((((((.(.((.(((((.(..(((...((((((.......))))))((...))(((((((((((((.(((((((((..))))))))))))))))))))))..)))..))).)))))((...))((((.((......)))))).(...(((((.((((((......))))))).).)))....)....((..))........).)))))))(........)..)))))))))).)))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................((..............))..........(((((((.....((...(..(..(....(((............(((((((.((.((((..(.((.(.....((((((.(((((.(.(((....)))...)....)))))).))))).......((.((......(((...(((..........))).)))....)).))....).)).)...))))))....)))))))........)))...........)..)...)....)).........))).))))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((........))))......(((....))))))...((((((((.((.(..((......((((.....((..(((((((..................((((((((((((((........)))....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))......))))))).))))..(((((.(((........((((((....(((....((((((....)))))).....)))..)))))).......))).))))).)))))))..))...))))..))..)))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((........))))......(((....))))))...((((((((.((.....(((((.((((((....((..(((((((.................(((((((((((((((........)))....(((((((((..((...((((((....))))))..))..)))))))))......))))))).))))).(((((.((((.((.((.((((((....(((....((((((....)))))).....)))..))))))..)))))))).))))).)))))))..))..)))))).)))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))((((.......))))..(((((..((....))..)).))).(((...((((....)))).((((.....(((((.........)).)))..))))...))).((((......(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))....((((.((((.((((.....))))))))......((((......)))))))).((((....)))).((((...(((.........)))(((((.......)))))...)))).....))))..............
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...ccccc)))).(((...aaaa)))(((((((.....))).....(((...)))A...((((AAA.))))[[[[))))..(((..bbb))).BBB]].(((((]]CC...))))).CCC....(((((((((((((...((((((....))))))..)))))))))))))....((((.((((.{{{{((((((....))))))...((((......))))..)))))))).(((((.(((..........}}}}..))).(((((.<<<...)))))..>>>..............)))))......

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RNA: SRP_00240

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....((((..)))))))...(((((((((.(...((((..(..(...((.((((.((((.(.(((.(..(.(((......((((((((.((.(((((.((((.(.(((..(((((((((((.(((((....))))).)))))).)))))((..)).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).))).)))))..)))))))....))))))))..)))).).))).)......)))))))).))...))..)))).).))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((......))))))((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......(((((((((...(((((((((((((.((..(((((((((((((...((...(((....)))..(((((((((((..((((....))))..))))))).))))...))..)))))))..))))))..)).))..)))))).)).)))....(((((..........)))))..(((...(((((((.........)))))))..)))..)))))))))...))).))))...))))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(.....((((((((.((....(((.((.(((.((((((((...(((......((((((((....(((((.((((.(((((((((((.((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......))))))))..))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))((.(((....)))))....(((((((((..(..(((((((..(...(((((((((....(((((...((.(((((....((((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((((((((....))))))......))))...))))))))).)))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......))))))))))..))).))))..)))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....)))))).....(((((((.....((((.........((((....((((.(.(((.(......((.....((((((((.((.(((((.((((......(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))).......(((((.......(.....(((......))).....).....)))))......))))..)))))))....)))))))).))....).))).)......))))...)))).......))))...)))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((.....((((.....(...(((((((((...((.(((.(.(((.((((.....(((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).)))).)))))))(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))))))).)))))..)))))))....))))))).)))))))).))).)).......)))))))))....)..))))...))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((((......))))))))((.(((....))))))...(((((((((..(..(((((((..(...(((((((((..(.(((((.(.((.(((((....((((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((.(((((((((((((())))))))......)))).))))))))))).)))))..)))))))....)))))))))))))))).)))..))....).))))))))))..))).))))..)))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....(((((((..(..((.............(((...(.((.(((((((.((((.((.....(.((((((.((.(((((.((((((.((.(((((.(.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....))))).)).)))))))))))))......)))...)))...........))..))))))))...
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..[[[.)))(((....))).....(((....)))]]]...(((((((((.....(((((((......(((((((((......(((......(((((....((((((((....(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))(((((((((...((((......(((......)))....))))...))).)))))).))))..)))))......)))))))))))))....)))(((....))))))))))))...))).))))...))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((((...(((((((......(((((((((....(((((...((((.(((....((((((((.((.(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))((((((..((((((.(((....(((......)))....)))))))))..)))))).))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).)))))).))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(((.(((....))))))...(((((((((.....(((((((......(((((((((....(((((...(((.((((....((((((((.((.(((((.((((..(([[(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))).))....(((((.((.(((......(((......)))....)))..))))))).]]...))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).))))...))))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((..(..((((.((((..(.((((.((((.((((((((((.(.(.(((....(((((((((.((.(((((.((((((.((((((((.(((((((((((((....))))))))))))))))))........((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))).))))))))).....).))))))))))))))..))))..)))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......(((((((((....(((((...((.(((((....((((((((.((.(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))(((((((.((((((.(((....(((......)))....)))))))))).)))))).))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).))))...))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((([[[[[[.....)))))(((((.((((..))))))))).(((((((((.....(((((((......(((((((((...((((.........))))....((((((((((((((...........)))).((((((((((((..))))...(((..)))..)))))))).......))))))......(((((((..)))))))...((((((......(((((((((((....)))))).....)))))))))))...]]]]]]))))......)))))))))...))).))))...))))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..(((((((((..(..((...(((.(.....((((((.(((.((((((((...(((......((((((((.((.(((((.((((.(((((((((((.((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....))))))))..))).))))))))......))))))))).).))).....))..)))))))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.[[[[[))).....]]]]]((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......((((((.(((((.(((((...((..((((....((((((((.((.(((((.((((...((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))))))..))))..)))))))....))))))))))))..)).)))..))....)))))))))))...))).))))...))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((((...(((((((......(((((((((.(....(((.(.((.(((((....((((((((.((.(((((.((((..(((.(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))))))(((((((.((((((.((((...(((......)))..).)))))))))).)))))).))))..)))))))....))))))))))))))).)))).........))))))))))...))).)))))).))))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......))))))))...................(((((((((.....((((.........(((((((((..((((((..((((.(((((...))))).))))............)))))).(((((.(((((((.(((((....))))).)))))))))))).......(((((((.....((((((....))))))...((((((......(((((((((((....)))))).....))))))))))).......))))))).....))))))))).......))))...))))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))..............................................((((((.....(((.......(((((((.((.(((((.((((.((((.((((((...((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((..(..(((((((......(((((((((.(..(((((.(.((((.(((....((((((((.((.(((((.((((.(.((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...))))))))).)))))..)))))))....)))))))))))))))).)))..))....).)))))))))...))).))))..)))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((..((......(((((.(((....))))))))..(((((........))))).))..)))).)))))).((((((...(((((...(((((..((((((((.((.(((((.((((...((((.(((((((((((.(((((....))))).))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))))))..))))..)))))))....)))))))).........((((.......))))..)))))...)))))))))))..........
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......)).))))).((((.(((....)))))))..(((((((((.....(((((((......(((((((((....(((((...((((.(((....((((((((.((.(((((.((((...((((.(((((((((((..((((....))))..))))))).)))).......(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))))))..))))..)))))))....)))))))))))))))..)))..))......)))))))))...))).))))...))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......))))).(((.......))).((((.....(((..........))).((((((..((((.........))))...((((....)))).)))))).))))..........(((.....)))..(((((((..((((....))))..)))))))...((((........)))).....((((((....)))))).....((((.........))))......(((((.........((((.......)))).((((.......))))....((((......))))..)))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......)).))))).(((..((.....))..)))....(((((((.(((.....(((......((((...<<<...)))).(((.....)))))).((((>>>..)))).)))....(((..[[[)))..(((((((..((((....))))..)))))))...((((.....{{{))))(((..((((((....))))))......(((......}}}))).((((....))))..)))...((((]]]....)))).((((.......))))....((((......))))...)))))))...

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RNA: SRP_00241

			GCUCAGGAGGAUUUAUUCUCUGUAACAUCGUGGGUUCGGUUCUGCGUGUGCUUGUAGGACUAAGAGUGAACCUGUUAUGACGCUGUGCUUUGGCUUGUCCAUUUCAAAUUAGGUGUCAACAAUGUGGGCUUAGAGUAGUCUUCGCUUUCAUGGUUGUCAAAGAAGUCGGGAAUGCCUCAGGCUGGCAACAGAGCAGGGAAAACGACUCGCACUUAAUAGUGAAAGGAUAGCAAGCCUUUAUAGCGUCGAAGGUUAUCGCUUGGCUCCUAACUGGUAUUCGCAUGGCUGUGGCAUCAAUACCUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((.(((((((..))))))).....(((...)))..)).......(((((((..((.(((..(..((..........(...(.(((((..(((((((((.(((...(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))))))...))).))...))))))).....))))).)....)..............))..)))).)).........).)))).))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).))).......)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))(((.....(((....((((..((((..((((.((((((....((((((((((.....(((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))))...)))))))...)))))))..)))))))))..)))))..)))))...)))).)).))))..))))..))))...)))...)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((........))......(((.)))......((((.(...((((((((.((.(.((((((((((((.((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)...))).))))))..)).....)))))).)......)).))).))).)).....).))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................((((((......((((((.((..((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))....))))))..........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((....))))))...............(((((.((((.(((((.((.(((.((((.....((((....(((((((((.....(((((((((.(((((..((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))........((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))..))))))))...)))))))...)))))))...))))))))).)))).....))))..)))..)).))))).)))).))))).)))............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))............((.(((((.((((.(((((.(((((((((((.(..(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))..).))))).))))).).))))).)))).)))))..))............
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.((((......))))).......(((......)).)........((.((.((..(((.....(((.((....((((((((((.(.(((((((.((.(((((.((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))))))))))))).)).))..)...)))...............................)).))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))..........((((.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))..........))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((....((((.....))))..)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))).)).))))).)))).))))).((........))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))...............(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(....(((((....)))))....(((....).)))..((..(...(....(((..((((((((((((((.(((((..(((((...(((..((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))).)......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).)))))))))))..)))))))....))))))))))...))))))))))).............).))).)).....)).))...))...)))...)))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((.......(.....).....)).))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).)))).))))).((........))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........((((((......(((((((((((((((((......)))))))))......))))))))..[[[[[[[[[[....[[[[[[[...[[[[[.[[[[[[[[[((((.....(((((......)))))...........)))).......[[[[[....((((.......)))))))))).........]]]]].]]]]]]]]]..]]]]].....]]]]]]]..]]]]]]]]]]...............)))))....((((((((((....)))).....))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.....)))).))).......(((((.((((.(((((.((((((....((((((((((.....((((((((.....(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))..))))..))))))...))))).).))))).)))).)))))................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((...)))........................................................(((((((.((.(((((.((((((..................((......))......................(((((......(((....(((....)))....)))....)))))....))))))..)))))))....)))))))...................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))(...(((.)))..)..((((((((..((((((((.(..(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).......).))).))).))....))))))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........))))((..(((.))).))..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)...))).))))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........)))(...)(((.)))..)..((((((((..((((((((....(((((((.((((((.(.....(((........((((((.((.(((((.((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((....((((....)))..)..))....)))))).))))))))..)))))))....))))))...)...))...)))))..))......))))))).........))).))).))....))))))))...
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((....))))))..........[[[[.((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).)))......]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......((((.....)))).....))))).(((((.((((.(((((.(((((((((((....(((((..(.((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))...))).....)))))))))))))))..))))))))...))))))..))))))))))))))))....))))).))))).).))))).)))).)))))................
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....)))))).........))))).(((((.((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((...(((((.(((((((((.........(((((......)))))..(((((....(((((((.......................))))))))))))..............)))))))))..))))).....)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).)))).)))))................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((.)))...................................((((((......(((........(((((((.((.(((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))......)))...))))..))...............................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....)))))).........((((((((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..)))).))).)))........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((....)))))).........)))).((((((.((((..((((..((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).)))))...))))..)))).)))..))).............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))))))............
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((((((((..))))))))(((((.(((....)))(((((..((..)).....)))))...(((..)))))))).((((((((...).(((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((...(((..)))...)))))))))))))......((((((..(.(((((((((((((..))))))))))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))...).)))))).)((((...........))))....((((((.(.(((.((..))))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(...............)(..........).....(........((.((((.(......((...(.(...........(.(((..((....((.....(..(......)..)....).).......((..(.....(...(((..........)))...)....)..)).)........).))))............)....).))..........).)..))).).)....).....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))...............((((..((((.(((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))).))))..))))................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......)))))...............((((..((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).))))..))))................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((....((((.....))))..)).))))).((((..((((..((((..((((((((((....(((((....((((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))).)))))....))))).)))))...))))..))))..))))................
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....))))))...(((.((((((......)))))))))...(((.((((.....((((.....))))...(((.......)))..)))).(((......))).....)))....(((((......)))))..((((...(((((........)))))....((((.......))))...)))).((((...((((...((((....)))).((((........))))......)))).((((....))))...))))....((((((((((....))))).....)))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....)))))).....((((..aaa.))))...(((..<<<<)))(((>>>...>AAA..)))....(((((((.bbbbbb.....bbbbbb.........))))))).....BBBBBB...((((((((((((((((.............)))).)))...{{{{..)))))}}}}..BBBBBB.........)))).((((....))))..(((.(((..[[[[[))).((((....]]]]]..)))).....)))....((((((((((....))))).....)))))...

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RNA: SRP_00361

			GCCGGGGAAUGUUGCGUCUCCCUGUCACCCGAGCGGGGGCUGAUGGAUGGAAGUUUCGCAUGAUACCGUCGGUCCAGUUCUCCUGCGUCGAUGGCGUGUCCGUUCUGAGCCUACAGUCGACAACGGCAUCUCCCUGACGGGAGGUGGUCGUAGUUGAUGAUUAAUCCGGGACCGCGUGAGGCAGUAACCUGAGCAGCGAAAACGGAUAGCUGCGGGCGGCAGACGGAUCGCAUGCCUGAGUGGGCGGCUGGGCCACCCGACGGGUCCUCUGCGAGGCAACCAACUGUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..........)))))....((((..))))))).(((((.(((..((((((((.(.....(..((((((((.(.(((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.(((((..((..((....)).))..))))).))))(....).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...))))).)))))))))...........).).))))))))..))).)))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.((..(((((((((((((.(.((..(.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....)))))....))))))))))..))).))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...(((((((((((.......)))))))..))))..(((..((((((((.(((.((((.((((((((...(((((.(((..(((((((((((.(((..(((...((((((.((((((((((((....))))))).))))).))))))((....)).))).((((...(((......)))..(((((...........)))))..)))))))))))...)))))))))))))))..)))))))).....)))))))...))))))))..)))..))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....)))......((((((...((.((((((.((.(((.(((((((((...((((......(((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..))))...))))))))....).))))).)))..))).))...))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))((.......))........((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((((..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))..))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))....))))))))))...))))))))..))).))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((..........)))))).).(((....)))......(((.(((..((((((((.....((((((((((((.((.(((((.(((..((((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....)))))......))))))))..))).)))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........)))))....(((....)))))).(((((..((..((((((((.....(((((((.(((((.(.(((((......(((((((((..((((.((((.((((.(((.((((((((((((....)))))))).)))).)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...))))).)))))).....)))))))......))))))))..))..)))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........)))))).(((((....)))...))((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((((..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))..))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))....))))))))))...))))))))..))).))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..)..((((.(((..((..(((......(((..(((((((.((((((((..((..((((((.((..((((.((((((((.((((((.((((((((((....))))))).))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).)))))))))))))))......))).......)))..))..))).))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((......[[[[)))))(((.(((....)))))).]]]]..(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))...))))).)))))))....)))))))......))))))))..)))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((........)))))..(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))....(((....)))....(((((.(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((.((...(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....)))))..))).))))..))))))))...)))))).))))))).)))))))))....)))))......))))))))..))).)))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....)))))).((.((.(((..((((.(((((((.(((((((((((((...((((....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))).)))))))))).).......((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))).)))))..)))))))...).)))))))))..)).))))..))).)).))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........)))))(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).)))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))...((((..))))..........(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((......(((((((((((((((......))).....)))))((((((((....)))))))).................(((((...((((......(((....))).(((((...........)))))..))))....))))).)))))))...))))).)))))))))....)))))......))))))))..)))........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).((..(((....))).)).(((((((((..((.((((((.(..(((((((((((((...((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).....(.(((((......((((...(((....)))..)).))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))...))))))))....))))).).)))..))).))..)))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).((..(((....))).)).(((((((((..((.((((((.(..(((((((((((((...((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).....(.(((((......((((...(((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))...))))))))....))))).).)))..))).))..)))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((.((.(((((.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((...))).)))))(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).....(.(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))))))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........))))))..(((((..((((((((...((((((.......(((((...((((((((.............)))))))))))))))))))..((((....((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))).............((((...(((((.........(((((...........)))))..((((........)))).)))))..))))..)))).)))).)))).)))))((((...))))..............
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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