RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - R2_retro_el

RNA: RFA_00814

			ACGUAGCUUAAAACGUUUGGUUCACAUACAUCUGCCUGCUGCCUUGGCACAAUAUCAAAAAGGCAUAAACAUCGCACAUAAUGGUUAUUUACGGCUAUGAGGAUGGUUUUAGUACGUAGGCGUUGCGGAACUUCGGUUCGGAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGGAACUGACCAAAUAACGCAGCCCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUACCUUUGCGAUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.......................................((((((..............)))))).....(((((......................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((......................))))))..............)))..)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......((((..((((..........((((((.(((((..............))))).....((((.(.((((.(.((.....)).).)))).)))))..........))))))....(.((((....)))).)...))))))))..(((...((((((((..(((.(........)))).))))))))....)))..............)))))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............))))))....((................................))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........))))..(((............)))...((((((..............)))))).....((((((....((((..((((..((((((....))))))...((((.((((.((((((.......(((.(((....((((.((.......)))))).....))))))......)))))))))))))).......))))..)))).....)))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............)))))).......................................................((((((....................))))))........((((((((....................)))))))).............................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............))))))......((((........................((..........(((((....(((((((((((....)))))......))))))...)))))(((((((......................)))))))...................))..))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............)))))).....((((((..............................................((((....................))))..........((((((((..(((...........))).))))))))......................)))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............))))))......((((.......................((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).)))).))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........))))..(((............)))...((((((..............)))))).....((((((....((((((......)))))).(((.(((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))..))).)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((........)))........................((((((((.......))...)))))).....((((((....(((((........)(((......))).....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).....)))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............)))))).....(((((........................((..........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))....................))..))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........................((((...[[[[[[))))..........]]]]]]...........................))))))).(((........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).))))))))....[[[[[...)))....]]]]].....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.......((.((.....)).))....)).))).(((((..............)))))......((((((....((((..((((.((.((((....)))).....((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........))))))))))))))....)).))))..)))).....)))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((......).))............(((((..............)))))......(((((.....((((((((..))))))))((((((((.(((..((((.(..(((((((((((....)))))......))))))..)))))..(((((((..(((.(.(.....))))).)))))))........)))...)))).)))).))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..........(..((.....))..)........))((((((..............)))))).....((((((....((((..((((....((((....)))).....((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........)))))))))))))).......))))..)))).....)))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........))))................(((((..((((..))))...........))))).....((((((......................((((((((.....(((((....((((((.(((((..))))).......))))))...)))))((((((((..(((...........))).)))))))).............)))).)))))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(((....((((((..............)))))).................................(((..........(((((....((((((....................))))))...))))).(((((((....................)))))))....................))).)))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............)))))).....(((((.......................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).(((((((...................).))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..........................).))))((((((..............)))))).....((((((.....(((..((((....(((([[[[))))....(((((.((((.((((((.....(((((((......((((.((.......))))))..)))))))........)))))))))))))).).....))))..)))..]]]])))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((((......(((((......((((((..............))))))...............((((((......))))))..)))))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))............))))))))..(((((.......(((((...)))))..........)))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((..............)))))).....((((((......................((((.....(((.(((((....((((((....................))))))...)))))((((((((....................)))))))).......)))........)))))))))).
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................((((((.....((((........))))..(((((((.....(((((....(((((..((((....))))........)))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))..............)))).))).)))))).
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((........))).((..............((((...<<<<<<))))..........>>>>>>.))...((((..(((.....))).((((((((......{{{{..)))).))))...((((((((((....))))......((((.((.......)))))).[[[[[[[)))).....))}}}}..]]]].(((.....)))..]]]........))))..

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RNA: RFA_00815

			ACGUAGCUGAGCGCGUUUGAUAUAGUGAUAAAUGCCUGCUGCCUGGGCUCAACAUCAAAUGCAGGCAUAAACAUCGCAACUAGCAACAAGGAGGAUGGUUUUUAGUACGUAGGCAUUGCGGAACCCUCAACGUGAAGAAGUUCAGAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGAGUCAUUGGUUCGACCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUUCCUUCGCGAUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.......................................((((((................)))))).....(((((............(((((.(((......(((((....(((((((((((...............)))))......))))))...))))).((((((...............))))))..............)))..)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.((((...(((..((...((....)).((((((((....(((........)))...))))))))...)).)))...)))).))..(((((((((......(((((.(..((((((......((.(((........))).)).....))))))..)))))).((((((.(((........)))))))))..............))).)))))).....)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((...(((((((((...((.......(((((.....)))))...)))))))))))...)).....(((((............(((((((((......(((((....((((((.((((..((........)).)))).......))))))...))))).((((((...............))))))..............))).))))))))))).
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.......))))...........(((((................)))))......(((((.....((.))...((((((((..(((..((((.(..(((((((((((...............)))))......))))))..)))))..((((((.((((.....).)))))))))........)))...)))).)))).))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.[[[[...))))........(((((..((((((((.((....))............))))))))....)))))...]]]].....(((((((((.((((.(((((....((((((.((((..((........)).)))).......))))))...))))).((((((.(((........))))))))).......))))...)))).)))))......
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((.........(((((..((((((((.....................))))))))....)))))..........((((((...(((((((.(((((....((((((...............................))))))...)))))(((((((...............))))))).....)))))))....))))))))))...
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((..........................)).((.((((((................))))))....))((((.............((((((((......(((((....((((((.((...................)).......))))))...)))))..(((((...(........)..)))))((((.....))))..)))).)))).))))..
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RNA: RFA_00816

			GCUUGAUCUCUGUAUUUGUUUCUAUUUUGAACAUUUGCCUGCUACCUUGGCAUAACAUCAAUAAGGUACAAACAUCGCAAAAAGUCAUCAUAAGGUGGGUUUUAGUACGUAGGCGCUGUAGAACUUAAUUGUUCUGAUAGAGCAGCGAGUCGUGCAUGCUAGUCUAACAUUUCUUGCUACCUAGUAUCUUUAGAAGAUUUCCCUCCCUUAGCGGUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..........................................((((((..............)))))).....(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))..............)))..)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((...(((((.((((((((.....((((.........)))).....))))...)))).)))))..)))....))))...(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))...............))..)))))..)).)
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CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................((((((..............))))))....((.....................)).......(((((....((((((.((((......)))).......))))))...))))).............................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.((......((.....((((.........)))).....)).....)).)))...(((((.((((.(((((....))))).)))).(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((.....((.....))....)))))).((.....))..............))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((..................((((.........))))...........)))))))...(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((..................))))))).............)))..)))))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((..(((((.......)))))..)))....(((((((............))))))).....(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.(.......).)).))))))..............)))..)))))))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................(((....((((((..............)))))).......................(((..........(((((....((((((......................))))))...))))).(((((((................)))))))....................))).)))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((aaaa.aaaa(((((cccccc.(((<..((.ggggggggggggg(...ddd..))>))DDDGGG.{{{{)G.)))).eee..e(..((ffffff}}}}))[[[[GGGGGGG..CCCCCC.GG).(((((((bbb)))))))))))).)AAAA(((((((((((.)]..]]].FFFFFF.EEEE..)))))AAAA.........))))))BBB
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................((((((..............)))))).....(((((.............((((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...))))).((((((.((.............))))))))((.......))...)))).)))).))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................((((((..............)))))).....(((((.............((((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...))))).((((((.((.............))))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................((((((..............)))))).....(((((.............((((.(((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...)))))...((((..................))))..((.......))...)))..)))).))))).
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..........(((((.(((...((((.....((((.........)))).....))))..))).))))).[[[[[...))))........((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))..............))).))....]]]]].
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((............[[[[.....)))....((((((.........]]]].)))))).....(((((.((((.(((((.{{{))))).)))).(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))((((...))))..........}}}))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((.........((((.....((((.........)))).....))))..)))))))...(((((.((((.(((((....))))).)))).(((((....(((((((((((......))))))......)))))...)))))(((((((..................))))))).......................))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................(((((((............))))))).....(((((.............((((.....(((.(((((.........((((((......))))))..............)))))(((((((..................))))))).......)))........)))).))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................((((((..............)))))).....(((((..........................(((((....((((((......................))))))...))))).((((((..................))))))........................))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((...(((...(((((.((((((((.....((((.........)))).....))))...)))).)))))..)))....))))...(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))...............))..)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((.((((......................(((((((.((((((............)))))).........((.((((.(((((....))))).)))).))..)))))))(((((((((......))))).)))).)))).)).))).)).((((((.........((((.(((...........)))))))..........))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((.(((...((((.....((((.........)))).....))))..))).))))).(((((.....(....).(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((..((.((.....)).)).)))))))..............))..)))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((.((...(((.(((((((..))((..)).......((..))(((((((((..((((((((((((..(.(((..(........)..))))))))..))))...............))))))))))))))))))))))))))...).)).(((.(.(((((((...)))....(((.......)))((((..))))....)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.(.............................).)((.((((((..............))))))....))((((.............((((.(((.....(((((....((((((.((..........)).......))))))...)))))..(((((..................)))))((((.....))))..)))..)))).))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((.....((((.........)))).....)))).............................(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((...(.((.....)).)..))))))).............)))..)))))......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((..((((.(......)))))..))).((.(((((((............)))))))))...(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))(((.....)))...)))..)))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((...(((.(((((..((...((((.....((((.........)))).....))))..))..)))))....)))....))))...(((((..((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..((.((.....)).)).))))))...............))..)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........(((((.......)))))..((((.........))))....))))..............((((.......((((....)))).((((((.((((....)).))))))))......((((.....)))).)))).((((....(((((..................))))).(((.....))).............))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.........(((((.......)))))..((((.....{{{{))))....))))..}}}}........((((......(((((....))))).....(((........))).((((((......))))))....((((..[[[[.[[...))))......]]]]]]...(((....))).(((.....))).............))))..

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RNA: RFA_00817

			AUGUACUAACCUCUAGCUUUUCUUAUACCUUUUGCCUGCUACCUUGGCAUUACAUCUAAAAAGGUACAAACAUCGCAUUGUCAUAAAGAGGUGGUUUUAGUACGUAGGCGCUGUGGGACUUCAUUGUCCCGGUGAUGCAGUGAAUCGUGACUACGAGAUUGUCCAGUAGUUGGUGCUCGUAUCUUUAGAAGAUUUCCUUCCUCGGCGAUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((..........((((((((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))..............))).)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............))))))....((((...............))))......(((((....((((((.((((......)))).......))))))...)))).)(..((....................))..).............................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...........(((((((((..(((((...)))))...)).....)))))))...(((......))).....)))))).....))))))))...(((((.(((((......)))))...((((((((..((((..(((((...........)))))))))))).)))))....((((.....))))..)))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((................................(((((((((((......))))......))))))).........((((((..................)))))).......................))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............))))))......((((...........(((.........(((((....(((((((((((......)))))......))))))...)))))(((((((..................)))))))..................))).))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...........(((((((((((.........)))..........))))))))....................)))))).....)))))))).........(((((......)))))..................((((((...........)))))).......................................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...............................((((((...............))))))...............................))))))(....(((((((((((......)))))......))))))...).....((((((.....(((.....)))..)))))).............................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))....).(((((.......((((((............(((....(((((((((((......)))))......))))))...)))((((((...........))))))..........))))))((((.....))))....))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((........(((((((((((.........)))..........))))))))........))..........)))))).....))))))))...(((((((((((......))))))..(((.......)))..((((((..(.....)..))))))................((((.....))))..)))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((............((.........(((((....((((((.((((......)))).......))))))...))))).((((((..(((.(.......))))))))))...................))..))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((................(((((((((((.[[[[[[[[)))..........)))))))).....................]]]]]]]].)))))))))........((((((......))))))..((((((((..((((..(((((..[[[[[[[..)))))))))))).)))))....((((.....))))...]]]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.........(.(((((((((((.........))))..........))))))).).(((......))).....)))))).....))))))))...(((((((((((......)))))......)))))).(((((((.((((((.....(((.....)))..))))))......((((.....)))).)).))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..............(((((((((((.........))))..........)))))))..........................))..)))))))))...(((((.(((((.[[[[[)))))........]]]]]......((({{{{{.....{{{..)))}}}..}}}}}......................)))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((((...............)))))......(((((..(((.)))...(((.((.(((..((((.(..(((((((((((......)))))......))))))..)))))..((((((.(((..((.....)))))))))))........)))...))..)))..))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((.((((.....(((((((((((.........))))..........)))))))...(((......))).....)))).)))..)))))))))...(((((.(((((......)))))...((((((((..(((..((((((..(.....)..)))))))))))).)))))....((((.....))))..)))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...........(((((((((((.........))))..........)))))))....................)))))).....))))))))...(((((((((((......))))))......))))).(((((...((((((.....((((...))))..))))))......((((.....))))....))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((...........((((.........))))..........))))))......(((((...........((((.((......((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))..((((((.....(((.....)))..))))))..............))..)))).))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((.......................(((((....((((((......................))))))...))))).(((((((................))))))).......................))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((...........(((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...))))).((((((..(..............)))))))((.......))...))).)))).))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((...........(((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...))))).((((((..(..............)))))))(((.....)))...))).)))).))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((...........(((((((.....(((((....(((((.(((((......))))).......)))))...)))))...((((..................))))...(.......)....))).)))).))))).
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...........(((((((((((.........))))..........)))))))...(((......))).....)))))).....))))))))...(((((.(((((......)))))...((((((((..(((..((((((..((...))..)))))))))))).)))))....((((.....))))..)))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((.(((((....(((((((((((.........))))..........)))))))...(((......)))....))))).)))..)))))))))...(((((((((((......))))))..((((((((..(((...(((((...........))))).)))))).)))))....((((.....))))..)))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((((((...........((((.........))))..........))))))((((........)))).....)))))).....))))))))........((((((......))))))............(((((...((((((.....((((...))))..))))))......((((.....))))....))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((...........((((.........((((....(((((((....................)))))))...))))..((((((..................))))))..................)))).))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((((((...............)))))).....(((((.......................(((((....((((((......................))))))...))))).((((((..................)))))).......................))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...........(((((((((((.........))))..........)))))))...(((......))).....)))))).....))))))))...(((((.(((((......)))))...((((((((..(((..((((((..(.....)..)))))))))))).)))))....((((.....))))..)))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((((((.(((.......((((.........)))).......)))))))))....(((......))).....))))).....))))))))).(((((((.(((((......)))))...((((((((..(((..((((((..((...))..)))))))))))).)))))....((((.....))))..))))).))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...........(((((((((((.........))))..........)))))))...(((......))).....)))))).....))))))))...(((((((((((......)))))......)))))).(((((((.((((((.....((((...))))..))))))))....((((.....))))....))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...((.(((..((((.((((((((((((.......)))))..........)))))))...................)))))))))..)))))))...((((((.....(((((((((((......).))))))))))...((((((.........)))))).))))))...(((((...)))))(.............)..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(...........................)..((.((((((...............))))))....))((((...........((((.((......((((....((((((.(((........))).......))))))...))))...(((((..................)))))((((.....))))..))..)))).))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((................(((((((.(((.........)))...........)))))))...(((......)))...............)))))))))...(((((.(((((......)))))...(((((...........(((((...........)))))........)))))....((((.....))))..)))))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................(.((((((...............)))))))....(((((...........((((.((......((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))...(((((.....(((.....)))..))))).(((.....)))...))..)))).))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((.(((((....(((((((((((.........))))..........)))))))...(((......)))....))))).)))..)))))))))...(((((.(((((......)))))...((((((((..(((..((((((..(.....)..)))))))))))).)))))....((((.....))))..)))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..................((((.........))))....((((....)))).(((........)))......))))))....(((.....))).(((((.(((((......)))))..((((.......))))..(((((...........))))).((((....))))....((((.....))))..)))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((............................((((...{{{{{{))))...........}}}}}}...))).(((....((((......))))...((((........)))).(((((..[[[[)))))...(((..]]]].)))...(((((...........))))).((((....))))....((((.....))))....)))...

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RNA: RFA_00818

			ACCUAGCCGAAACACUAUGUUGGAAAGAAGACGCUUGCUACCUAGGCAUAAUGUAAAAUUAGGUAUAAACAUCGCAGUUGUAAACUUGAGGUGGUUUAGUACGUAGGCGUGAUGAUGACUUGUUGAAGUGAAACCACGAAUCGUGCUCGCUAUUACGUUGGCCCUUAAUAGUAUCUAUGAAGAUUUCCCAUCCUCAGCGGUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	......................................((((((...............)))))).....(((((...........((((((((....(((((....(((((((((((....))))).....))))))...))))).((((((..............))))))..............))).)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.(((((((...((((((...(((......)))....)))))).(((((..((((((.(..((((......((((....)))).....))))..))))))).))))))))))))))).....)))))..........))))))))......)))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............))))))....((((................)))).....(((((....((((.(..(.((........)).).).))))...)))))..(((.((............)).)))..............................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.......(((..(((((.....((..(((((....(((.((((((((.....(((((.....(((.((((...))))))).(((((((..(((...((((...........))))...)))))))))).....))))).....))))))))))).....)))))....))....))))))))......)))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................(((((((.............))))))).....(((((................................((((.......................))))..........(((((((..........)))))))........................))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............))))))......((((............((((.......(((((....(((((((((((....))))).....))))))...)))))(((((((..............))))))).................)))).))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.((((((.......................)))))).)))....))))))............(.......).((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(...((((((((((.................))..))))))..)).....).)))........((..(.......).(((((.......(((((....((((.(...................).))))...)))))..(((((((.(......).)))))))...................))))).))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((......(((.((((((.....(.((.......)).)...)))))).))).....)))))......(((((....(....)(.(((((((...((((((....((((.(.....(((....)))....).))))...)))))).(((((((..........)))))))((((....))))...))).)))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.((((((((.................))..)))))).)))....))))))........((((((.....)))((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((.(......).)))))))((((....))))...))).))))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............)))))).....(((((.............((........(((((....((((((..(.((........))..)))))))...))))).((((((((((......))))))))))...................))..))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.((((((...(((......)))........)))))).)))....))))))......(((((...............(((((((..((((....))))[[[[[.((((....)))).)))))))..]]]]](((.[[[[[[[....)))...]]]]]]].....(((.(((.....))).)))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.((((((((..(((((...))).))..))).))))).)))....))))))......(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((.(((((..................[[[[[[[))))).)))....]]]]]]].....................((((((((....(((((....((((......((((....)))).....))))...)))))..(((((((..........)))))))...............))).)))))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((.((((((((......(...)......))..)))))).))))....)))).......((((((((.....))).((((((((((..((((.(..((((((....((........))...))))))..)))))..((((((((((.....).))))))))).......)))....))).)))).))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.(((((..(..................)...))))).)))....))))))......(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).((..((((...))))..)).....))).)))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((............(((((....(((((((((((((((.............)))))))...............((((((......))))))....))))))))........................((((...))))...(((((((..........)))))))...........))))).........)))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..((((.........))))..))...........((((((...............)))))).....(((((...........((((((((....(((((....((((......((((....)))).....))))...)))))..(((((((..........)))))))...............))).)))))))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............)))))).....(((((.......................(((((....((((((...................))))))...))))).(((((((............))))))).......................))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............)))))).....(((((............(((((((....(((((....(((((.(((((....)))))......)))))...))))).((((((..............))))))((......))....))).)))).))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............)))))).....(((((............(((((((....(((((....(((((.(((((....)))))......)))))...))))).((((((..............))))))(((....)))....))).)))).))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.((((((((...(((((.....((((((.((..((((((......))))))..))......))))))...)))))....(((((...((((...)))).))))).))))))))))).....)))))..........))))))))......)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.(((((......((((...))).).......))))).)))....))))))......(((((((((...))))((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((............(((((.........(((((..((((..((((((((.............((((..((((...))))...))))....((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).....))))))))...)))).)))))..........))))).........)))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((...)))).................((((((...............)))))).....(((((...........(((((.......(((((....((((.......................))))...)))))..(((((((..........)))))))...................)))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((...............)))))).....(((((.......................(((((....((((((...................))))))...))))).((((((..............)))))).......................))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.(((((.((.(((......)))....))...))))).)))....))))))......(((((.((.....))..(((((((...((((((.(..((((....(.((((....)))).)...))))..))))))).(((((((.(......).)))))))...............))).)))).))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((.........)))).......(((.(((((((((((.............)))))))........)))).))).....((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))..))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.(((((.((.(((......)))....))...))))).)))....))))))......((((((((.....)))((((((((...((((((....((((....(.((((....)))).)...))))...)))))).((((......)))).(((.((((...)))).))).....))).)))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((((...))))...((..((((((..(((((((((((........).))))))))..).)...)).))))...(((..))).))...)).)..))))((((((((((((..))...(((..)))(..)((((((.....(((((..((..)..)..)))))........))))))...)))))))).))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.........................)))((.((((((...............))))))....))((((............(((((((....(((((....(((.......(.....)...........)))...)))))..((((................))))((((....))))...))).)))).))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................(((((((..........................................((((((....((((....(.((((....)))).)...))))...))))))......)))))))..........................................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................(((((((.............))))))).....(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.......(((..(((((.........(((((....(((.(((((((...((((((...(((......)))....)))))).(((((..((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).))))))))))))))).....)))))..........))))))))......)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...........))))).........(((((.....))))).((((.....))))..((((.((......))))))........(((((((..((((....))))......((((....)))).))))))).......(((.((((......))))..........((((....))))...........)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.(((.....)))...........((((..[[[[.))))..............]]]]....(((((......((((((.{{{{.)))))).((((....)))).)))))((((....)))).....(((.....)))...((((......))))..........((((....)))).......}}}}..)))).

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RNA: RFA_00819

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((...........................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((..............................))))))..............)))..)))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((...((((((...............))))))....((((.................................))))......(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).......................................)))...............................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......)))))))))))((((...((((.......))))....)))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((..((...(((....)))..(((((...((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))).)))))..))...)))).)))).))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((..................................................((((((....................))))))........((((((((............................)))))))).......................))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............))))))......((((............................((((.........(((((....(((((((((((....)))))......))))))...)))))(((((((..............................)))))))..................)))).))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............))))))..................((((..........))))...(((...............................((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).))))))))..................)))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............))))))......((((......(((((((........)))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.((............))))).)))))))).............)))).)))).))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((......(((((((........)))))))((((.(((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((((.((.....)))))))....)))))))..............)))..)))).))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((........))).......(((((((((((.......))....))))))........))).....((((((((......))))))))(((((((((((..(((((....))).)).)))(((((((((((........))))))))...((((((((....(((.((((((...)))).))))).))))))))......)))....)))).)))).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((.............................((..........(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.................))).)))))))....................))..))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((......))))...((((...[[[[[[))))...........]]]]]].....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.(((.(((...))))))))).)))))))).............)))).)))).))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......))))))))))).(((...((((.......))))....)))......(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))((((...))))...)))).)))).))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((([[.(((...)))))]].)).)))))))).............)))).)))).))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((......))))...........(((((...............)))))......(((((......((((((((......)))))))).(((((((.(((..((((.(..(((((((((((....)))))......))))))..))))).(((((((((...(((.(((..........))))))))))))))).......)))...)))).)))..))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...)))))))..........((((((((((((...............))))))....((((........((((((((......))))))))...))))..........))))))((((((((....((((((((........))))))))...((((((((....(((...((((...))))...))).))))))))....................)))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((.........................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((..............................))))))........................))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).((((((.((.........................))))))))((.......))...)))).)))).))))).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((((((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...))))).((((((.((.........................))))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((.(((.....(((((....(((((.(((((....))))).......)))))...)))))...((((..............................))))..((.......))...)))..)))).))))).
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......((((......))))...[[[[[))))...((......)).......]]]]].....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))..............)))).)))).))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))((((...))))...)))).)))).))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((.....((((...((((((((((...............))))))........))))...)))).....))))))))))....((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).((((((....((((........)))).))))))........(((((...)))))..)))).)))).......
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((............................((((.....(((.(((((....((((((....................))))))...)))))((((((((............................)))))))).......)))........)))).))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............)))))).....(((((.........................................(((((....((((((....................))))))...))))).((((((..............................))))))........................))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..)))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((.((((.((((......)))))))))))....)).((((.......)))).............(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...)))))((((((((....(((.((((((...)))).))))).)))))))).............)))).)))).))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.(((((.((((...))))).)))))))(((((((..)))).).)).(((((((((((((.(((..(((...((((.......))))..)).)..))).))))))))))(......)...)))(.(((((..))))))....((((.(((((........))((((...((((.((((((...)))).))))))))))(...(((...)))....))))).)))(...)..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((........................)))((.((((((...............))))))....))((((............................((((((((.....(((((....((((((.((........)).......))))))...)))))..(((((.....(((.................)))..)))))((((.....))))..)))).)))).))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((......))))..........................................(((((......((((((((......))))))))((((((((.....(((((.(..((((((.((((....)))).......))))))..))))))((((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))).............)))).)))).))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((.......(((((((......))))))).((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.((((......)))))))))))...((((((...............)))))).....(((((......((((..((......))..))))((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))..............)))).)))).))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((......))))...((((((((.....)))).............))))......((((....((((.......))))....(((((....)))))........(((.....))).((((....))))......((((.((.......)))))).((((.((((........)))).((((.....))))..(((.....))).))))........))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....[[[[))))..]]]]...((((((((.....)))).............))))......((((.....((({{{{{{.)))..}}}}}}..(((((((.........((((.....)))).(((....))))))....((((.((.......)))))).((((.((((........)))).((((.....))))..(((.....))).))))...)))).))))..

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