RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RNAIII

RNA: RFA_00805

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.......((((((....)))))).....(((((((.(((((((((((...((((((........))))))........((((((((.((..........)).)))))))).....((((((((...........).)))))))...((((((....))))))........((((.(((((....((((.......))))..)))))))))..((((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))........((((((((......))))))))....((((......))))...)))))))).)))((((((((.....)))))))).....((((((((..((((((.............)))))))))))))))))))))..........................(((((((((.........)))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((((.((((..(((((((((((.......((((...((((((((((((((((((((..(((..(((....((((((..(((((.........)))))...(((((....((((((......((((((....))))))..............))))))..))))).)).))))....)))..)))))).(((((((((.....(((..(((((((((.........)))))))))...)))..(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))))....))))))))))).......))))))..)))).((((......))))...)))))))).)))((((((((.....))))))))..))))))))))))........)))))..(((.......))).........))))))..((....((((....))))..))(((((((((.........)))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.................................))))).......((((((........))))))............................................................................(((((.................................)))))..........((((((((..........(((((...))))).......................................))))))))................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).......................................................(((((((((((..........)))))))))))......((((((..............))))))......................................................................................(.(.(((((((((.........)))))))))).)........((((((((.....))))))))...........................................(((((((......))))))).....................................((((.......))))....................................................................................(((((((((.........)))))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....)))).....................(........(((((........))))).........((((((((.((..........)).))))))))....................................((((((....))))))....................................................((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))..........((((((((......)))))))).....(((......)))........).......((((((((.....))))))))........((((.............................))))....................................(((((((((.........)))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((..(((((................((((((((.(..((.....((((((........))))))..)))...((((((((.((..........)).))))))))..........................))))))))..((((((....)))))).........((((((............)))))).....)))))..))).(((((..........))))).(((((((((.........)))))))))........(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).((((((...........((((((((......))))))))....))))))...((..................((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).................))..............(((((((((.........)))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))................(((((((((..((((((........)))))))).((((.((((((((.((..........)).))))))))....................................((((((....)))))).........((((((.((....))...))))))..................(((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((((....))..)))))))))))))).....))))((((((((......))))))))....((((......))))....)))))))....((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).................(((......)))....(((((((((.........)))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).......................................................(((((((..................)))))))......((((((..............)))))).............(((((((........)).)))))................................................(.(((.(((((((((.........)))))))))))).)...(((((((((((.....))))))))))).......................((((................((((......)))).........))))........................(((((((.......))))))).....((((((((...........................)))))))).................................(((((((((.........)))))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((((..........((((((((..............(((((((((((((((((((((((((................))))))))(((((.((((((...(((((......(((((.....((((((....)))))).........)))))........))))).)))))).....))))).......(((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))))....))))))))))).......)))))).......((((......))))...))))))))....((((((((.....))))))))......))))))))........)))))..(((.......))).........))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((...((((((((((((((((.((.((((((..(((((........))))))))))).))((((((((.((..........)).))))))))..........................))))))))..((((((....)))))).......(((((((..((((...(((.......)))))))..)))))))...((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))).)))))))).((((((((......))))))))....((((......)))).........))))).((((((((.....)))))))).....((((((((...........................))))))))...))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........)))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((....................(((..((((((((.......(((....(((((((((((((((((((((((((............[[[[))))))))....................................((((((....))))))............................................]]]]....((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))))))))))).....))))))))))).......))))))....))).(((......)))....))))))))))).((((((((.....))))))))........((((.............................))))......))))).........(((......)))....(((((((((.........)))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))......((((((..((((((((((........(((...(((((((((((((((((.(((((((.((..........)).)))))))..(((((((((((((((......)))))))))))...((((((....)))))).......................................))))........(((((((((......(((.(((((((((.........)))))))))))).....(((((((((((.....)))))))))))..((((..........)))).)))))))))....))))))))))).......))))))..).)).((((......))))...)))))))).))..(((((((.....)))))))......((((((((...........................))))))))))))))............(((....))).....(((((((((.........)))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((...(((((((.((((((((..(((((.....(((((........)))))...)))...((((((((.((..........)).))))))))......................))..))))))))..((((((....)))))).......(((((((..(((...((((.......)))))))..)))))))..(((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))).))))))).((((((((......))))))))....((((......)))).........))))).((((((((.....)))))))).....((((((((...........................))))))))...))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........)))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((((..........((((((((..............(((((((((((((((((((((((((................))))))))(((((.((((((...(((((......(((((.....((((((....)))))).........)))))........))))).)))))).....)))))......((((((((((..........(((((((((.........)))))))))........(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))...))))))))))).......)))))).......((((......))))...))))))))....((((((((.....))))))))......))))))))........)))))........................))))))........................(((((((((.........)))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).......................................................(((((((..((..........))..))))))).....(((((((.(((......))).))))))).............((..(.(..........))))......................................((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(.(((((((((.....)))))))).)).((....(((......))))).))))))...........((((((((......)))))))).....(((......)))................(((((((.......))))))).......(((((.............................)))).)..................(((......)))...............................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))....................(((................................((((((((.((..........)).)))))))).....(((((((.(((......))).)))))))............(((..(.(..........)))))......................................(((((......((((.(((((((((.........))))))))))))).......((((((((.....))))))))....((....(((......))))).)))))............((((((((......))))))))......((......)).................(((((((.......)))))))......(((((((...........................))))).))..........................)))...............................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).................................................................................................................................................................................................................(((((((((.........)))))))))...........((((((((.....))))))))...............................................((........))......................................(((((((.......)))))))............................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((((.((((...((((((((((......((((....(((((((((((((((((((((((((.((..........)).)))))))).((((.((((((...((((((((...(((((.....((((((....)))))).........)))))...)))..))))).)))))).....))))........((((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).))))))))....))))))))))).......))))))....))))(((......)))....)))))))).)).((((((((.....))))))))..))))))))))))........)))))..(((.......))).........))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........)))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.((((((..((((((((((((((((.((((((((..((((((........))))))))).....((((((((................))))))))....................))))).))))))))..((((((....)))))).......(((((((.((((...((((.......))))))).))))))))..(((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))))))))).((((((((......))))))))....((((......)))).......).))))).((((((((.....)))))))).....((((((((..(((...................)))))))))))...))))))..(((...((((....)))).)))(((((((((.........)))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....))))))........(((((..........................................(((((((..((..........))..)))))))...((((.((...........)).)))).)))))(((((....................................................(((((.....((((.................(((((((((.........)))))))))........((.((((((((.....)))))))).))..........................))))...................................((((......)))).....)))))...............................((((((((...........................))))))))..)))))..........................(((((((((.........)))))))))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((((.((((...((((((((((......((((.(..(((((((((((((((((((((((((.((..........)).)))))))).((((.((((((...((((((((...(((((.....((((((....)))))).........)))))...)))..))))).)))))).....))))........((((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).))))))))....))))))))))).......))))))..).))))(((......)))....)))))))).)).((((((((.....))))))))..))))))))))))........)))))..(((.......))).........))))))........................(((((((((.........)))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((..)))))).((((((((...((.((((.((((((..)))).((..))....((((..)))).))(((((((((.............).)))))))).(((((((.(...........).)))))))((...(((((((((((((((..(((..)))(((((((............)))))))))))))))))))))..)...))..(((((((((.(.(((((((((.(......)))))))))))...)))))))))(((((((.((((.(..........))))).))).)))).))))..).)....)))))))).((((((((......))))))))..)))))(.(((.(........).)))).....((((((((.....))))))))((((..)))).((((((((.((.((((.((.(((((......)))))).)))))................)).))))))))(((((((((........).))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(.....................................................)((.(((.(.(((...((......(((((....((((....((((..........((.(((((......((...(((...(...((((((((.........((((.(..(((.....)))...)...)))).)))))))).)..))).))..)))))...)).)))).))))..)))))..)).))).....)....))).(((((((((((.....))))))))))).....(((((.......((....(((((...(.......((((((((......)))))))).)..))))).)).)))))...))..........((((((.(((....(((..((.....((((((((...........(((..........))))))))))).....)).....))).....))).))))))...(((((((((.........)))))))))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.........................((((((((.......(((....((((((((((((((((.((((((((.((..........)).))))))))....................................((((((....))))))....................................................(((((((......((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).((((............)))).)))))))......)))))))))).......))))))....))).(((......)))....))))))))....((((((((.....))))))))........((((.............................))))......))))))........................(((((((((.........)))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((....)))))).....((((((.....(((((((....((((((........))))))........((((((((.((..........)).)))))))).....((.((((.(((......))).)))).))...(((((......))))).......(((((((..(((...((((.......)))))))..)))))))...((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....)))))))))))......((((......)))).))))))))..........((((((((......))))))))....((((......))))....)))))))....((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).))))))..........................(((((((((.........)))))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((...((((((((((...((((((........((((((........)))))).(((((((((((((((.((..........)).)))))))).........((((((.......(((((((((((...((((((....))))))........((((((.(((....((((.......))))..)))))))))))).))))).)))....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....))))))))))).))))))..)))))))))))))..)))))....))))).((((((((......))))))))....((((......)))).........))))).((((((((.....)))))))).....((((((((...........................))))))))...))))))........................(((((((((.........)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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