RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - RNaseP_arch

RNA: ASE_00001

			GAGGAAAGUCCCGCCUCCAGAUCAAGGGAAGUCCCGCGAGGGACAAGGGUAGUACCCUUGGCAACUGCACAGAAAACUUACCCCUAAAUAUUCAAUGAGGAUUUGAUUCGACUCUUACCUUGGCGACAAGGUAAGAUAGAUGAAGAGAAUAUUUAGGGGUUGAAACGCAGUCCUUCCCGGAGCAAGUAGGGGGGUCAAUGAGAAUGAUCUGAAGACCUCCCUUGACGCAUAGUCGAAUCCCCCAAAUACAGAAGCGGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[.((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((............(((((((((((................((...((((((((((....))))))))))..))........))))))))))).......)))).)))))))))))...((.((((((((..((((..]]]]]))))))))))))...))...........................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.((........((((((((((....))))..((((.....)))).....(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))(((......(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...)))..........)).)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.........((((..(((...(((((.(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))))))))..)))((....(((((((((....(((....)))...)))))))))....)).........))))........))..)))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((............(((((((((((.........................................................))))))))))).......))))...)))))))))...((....(((((.................)))))......))...........................)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((..............((...((((((((((....))))))))))..))......))))))))))))))......))))).)))))).........(((((((((....(((....)))...))))))))).(((.....)))................)).)))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((............((((.((((....))))(((((((...)))))))....((((...........((((((((((((((....................(((((((((....)))))))))...........))))))))))))))......))))...))))................(.....................).....................................)))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....))))((((((.....))))))(...((((...........((((((((((((((..............((...((((((((((....))))))))))..))......))))))))))))))......)))).)))))))))))......((((((((.....((....))....))))))))................................)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((.......((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...(.......((((((((((((((........(((...((...((((((((((....))))))))))..))...))))))))))))))))).....)))))).)))))))........(((((((((....(((....)))...)))))))))((((.....))))...............)).)))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.........((((...........(((((.((((....)))).(((((.....)))))...........................((((.............................(((....)))....................))))....................)))))...............(((.................))).....................................))))....)
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...........((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))(((....[[[((((((((....(((....)))...))))))))(((((.....))))).)))......]]]....)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((........(((...((...((((((((((....))))))))))..))...)))))))))))))))))......))))).)))))))))).....(((((((((....(((....)))...))))))))).(((.....)))...................)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((...(((.......)))...((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))...((....(((((((((...((......))....))))))))).[[[))...]]]................)).)))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(.(((((............((((.((((....))))..((((.....))))......................((.(((.((((................(........((.(((....))).))..........).....)))).))).))..............))))........(.((..(((((.................))))).....)))...........................)))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.((.(((.(((((.(((((((...)))))))...(((((..(......).((((((((((((((...................((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).))).))....(((((((((....(((....)))...))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.......((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((........(...(((((((((((...........(((................................)))........))))))))))).(...)))))).)))))))))))(..((....(((((.................)))))......)))(...)..)..).........((........)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.((.(((.(((((.((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).))).))....(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...........((((....(((.(((((.(((((((...)))))))...(((((..........(((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........)))))))))))))).)....)))))))))).))).......(((((((((..(.(((....))))..)))))))))((((.....))))..))))............)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((...(((((((..(((((....)))))..........)))))))..(((((...........((((((((((((((.....((((...))))...((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).......))))......(((((((..........................(((((.....))))))))))))............)))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....)))))(((((.....))))).....................(((((.(((((.........................................................))))).)))))..............)))))))))...((....(((((.................)))))......))...........................)))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.(..(((.(((((.((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).)))..)....(((((((((..(.(((....))).).))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........)))).((.((..((((((.(((....))).((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))...((....(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...................)).))))..
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.....(((((((((((((((...).))))(((((.....)))))((..((((..(.(.((((.((((((((((((((((..............((...((((((((((..))))))))))..))....)..))))))))))))))))))))))))))))))))...((..)).(((((((((((...........))))))))))))))))((...)).....((((..)).))..)).))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.(..(((.(((((.(((((((...)))))))....((((...........((((((((((((((...................((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))).))))).)))..)....(((((((((....((......))...)))))))))((((.....))))..)))).........)).)))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..{{{{{..))))........((((.(((((....)))))..(((.....))).(((......................)))......(((..<<<<<))).(((((.((((((((((....))))))))))....((((.......))))[[[[))))).....>>>>>]]]]..........((((((((.................)))))))).((((.....))))..))))..............}}}}}..

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RNA: ASE_00002

			GAGGAAAGUCCCGCCUCCUGGCCUAAAGGAGUCUCUAUAGAGACAAGGGCAACACCCUUGGCAACUAUACAGAAACAAGUACCUUGAAAGCUACAUGUGAAAAUGAUUGUGCCCCUUCCUCUGGUAACGGAGGAAGAAACAUGAGAGUAGCUUUCAAGGAUGAAAAGAUAGACCUCCUAGGAGCAAGUAGAGGGAAAGAUGAGACUAGGCCCGAUUUCCCUCUAGGACGCAUAGCCAAAUCCCCCAACCAUUACAAAAGCGGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[.((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.............(((((((((((...............((.....(((((((((....)))))))))...)).......)))))))))))........)))).)))))))))))...((.((((((((...(((...]]]]])))))))))))....))..............................)))))))).
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Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........))))....((((..(((((((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((.(((....))).(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))..............))))))))......((((((((((........[[[[[[[[.))))))))))(((............))).................]]]]]]]]
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Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....)).((.((((((.....(((..(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..))))))))))))).............))).))))))))...((((((((((........[[[[[[[[.))))))))))((........)).......................]]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((.......((((((((.(((((...((((((.....))))))....))))).........((.(((((((((((((.(((....))).(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))))........))).))))))))))....((((((((((.................))))))))))(((............)))................)))))))).
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((....((((....(((((..(((((.....((((((.....)))))).....................(((((((((((((............(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))........))))).))))).........((((((((((.................)))))))))).........)))).....................)))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((....(((((.......)))))(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))...........))).)))).((.((...((((((((((.................))))))))))....))....))......(((...............)))....
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((((.......))).(((((....)))))..))))......((((...............))))...((((.....((((............))))...(((((((((....)))))))))......((((.....)))).((((..............)))).....)))).(((((((((..((..........)).))))))))).))))....((((.........................))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........))))..((((((.....(((((....))))).((((.....)))).(((.............(((.....)))......((((((....)).)).))))).(((((((((....)))))))))......((((.....)))).((((..............)))).........[[[[[[[[[[........))))))...]]]]]]]]]]........((((.........................))))..

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RNA: ASE_00009

			CGGCGGUGGGCGGCUGACCGAAAGGAGGAAAGUCCCCCCACCCGCUGUGGCGGAAGGCCCCUGAGAAGGGGCGGAGGAGGAACAGAAACGAGACCGGUGCGGGGAAAUGCGAUGAUUCCGCAAGGAUGAGGUCACCCGCUCCGGAUGAAACGGCCUCCUCCCCGCCGGGUGCAACGCGUAAGCGGCUCAGUCUAAUGCCGCCGGAACAGAAGGGGGCUUACUACCGCCA
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Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
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Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((....))).........((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((.......(((...(((....)))....))).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((....[[[...)))))......]]].)))))))).)))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((..((.......))..)).)).)))).)))))).(((((.((((((((....))))))((((((((........((...((((.(((((((..((((.......)))).........)).))))).)))).))......))))))))((((((.((...)).))...))))...........(((.((.........)).)))...)).))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(([[[[[[[........((....)).....[[[[[[[.[[[[[..))((((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((.............(((....)))........))))).)))).........)))))))))))).]]]]]..........(((((..........)))))..........]]]]]]]..]]]]]]]))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(.((...((..((....)).)).(((.(((((...........((....).(((((....)))))......((((............((((.((((.((...........(((....))).....))..)))).))))........))))......).....((((........))))...........................)))))))).))).)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((..((.......))..)).)).))))).))))).(((((.((((((((....))))))((((((((........(....((((.(((((....((((.......))))..((.....)).))))).))))..)......))))))))..((((...............))))..........(((.((.........)).)))...)).))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((....))).........((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((....((((.......))))............))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...((....))((((...)))...((((......(((((...(((((......)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((....))).......))))))))))).(...)))))))...))))))).))))(..(((....))))(...).....)))))))...((........)..).)).))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...((....))((((...)))...((((......(((((...(((((......)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((....))).......))))))))))).(...)))))))...))))))).))))(..(((....))))(...).....)))))))...((........)..).)).))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........((....))....((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((...............)).)).))))).)))))((((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((..(((((....).)))).........)).))))).)))).........))))))))..((((..(((.....)))..))))......(((.(((...............))))))...))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((...............))))(((((...((((.((((((...((((((....))))))...((((((............((((.(((((....((((.......))))............))))).))))...........))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))....)))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........(....).....(((.(((((((((......(((((...(((((......))))).....................(((((.(((((.............................))))).))))).................))))).))))...(((....)))...........................)))))))).)).))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........((....))....((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((..(......)...((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.(((((.((....)).......(((((((..((((....))))...((((((....)))))))).)).)))............((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).))))......))))).)))..))))).((((...(((....)))............(((.((.........)).))).......)))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((((((....((.((.....)).))(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((..(......)...((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))....((....)))).))))))....(((.((.........)).)))...)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((..(((.............))))))))))).))))((((((.(.(((((((..)))))))((((((((.((.(.(((.(..(((((((((((((...(...............)....))).))))))))))..)))))))))))))))((.(((((.(((.((((..........)))..).)))).))))))...((........)).)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........((....))....((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((....(......(((....))).)...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((..((....)).)).((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((..((.......))..)))).((((..((((....))))...(((((......))))).....................((((((((((((..((((.......)))).....((((((..................)))))).))))))).((((((.........)).))))...........))))).......)))).....)))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((..((.......))..))))(((............((((...((((((....))))))aaaaa(((...........[[[[..[[[[)))...]]]]...((((.....))))..]]]]..)))).<<<<.<<......AAAAA))).>>>>>>.((.....))...(((((..{{{{{...)))))............}}}}}..)))))))).

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RNA: ASE_00014

			GGCGGCGCCGGCCGGCGGCCCACGGCCCCCCAGCCAGGGGGGCUGAGGAAACUCCGCCCUCCCCGCGGCGGCCGGGCCCCGCAAGGGGCACGGGUGAAACCCGUGGCAACGGCACAGAAACGACACGGCCCCGGGGCGUGUCGAGGACGCGGCUAGGCCGCCCUGGCAACAGGGCGGCAGCAAACCGCAGAGGAACCCCGGGGAUGCGGUGAAACGGCCGCCCCCGGCGGAGCAAGGCCCCCGGGCGGUGAGGGCCGCGCGAAGCCCGGGGGGAGACCGCUUAGCCCAAUGCCGCCGAAGUACAGAAGGCGGGUUAUGGCCGGCGCCGCC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((((...(((((((((.....)))))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{.((((((((((....)))))((((((...))))))((...((((............(((((((((((............((((.....((((((((....)))))))).......)))).......)))))))))..))........)))).)))))))))))...(((((((((((..((((.}}}}}})))))))))))))....))............))))))...........]]]]]]]]..)))))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.((.(((((((((.....)))))))))......(((((.((((.(((((...((((.(((((....)))))((((((...)))))).....)))).......((((((.(((....)))))))))....)))))....(((((((((....)))))))))...........))))....((((((..(((((......))))))))))))))))...))((((((((((((....))).......)))))))))....)))).((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(..((((((((..........((((.............)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((............(((((((((((...........................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((..(((((.................)))))......)))).............................))))))))..))))))))..)..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).....((((..((((((..........(((((....)))))((((((...))))))................(((((((.((....))))))))).....((((....(((((((((....)))))))))......))))..........)))))).)))).......))))))...(((.((((..(((((((((((.................)))))))))....)))))).))).....(((((...........))))).....)))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.........(((.................)))............((................(((((....)))))(((((.....)))))........................(((((........................((((((((....)))))))).....................)))))...........(((.(.......................................................).)))...............................)).....)))))))))))..
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).....((((..((((((.((..((((.(((((....)))))((((((...)))))).....)))).......(((((((.(((())))))))))).....((((...((((((((((....)))))))))..)...)))).......)).)))))).)))).......))))))...(((.((((..(((((((((((.((..(.....)))...)))))))))....)))))).)))..((.(((((...........)))))))...)))))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((..........((((.............)))).......(..((((............(((((.((((....)))).(((((.....)))))...........................((((...........................(((....)))........................)))).......................)))))...............(((.................))).........................................)))).)....))))))).)))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((....(((.....(((.(((((((.(((....))).)))))))....))).[[[[.(((((....)))))((((((...)))))))))..]]]].......(((((((.[[[[[[[[))))))).....((((....(((((((((....)))))))))......)))).......]]]]]]]]............)))))))..((((((.......(((((((((.(((.......)))...)))))))))....[[[[[[.........)))))).........]]]]]].....)))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.(((((((((.....))))))))).)).....)))))((((((.((((((((..((.((((..(((((((((((...)))))))....((..............)).((((((((((((((...))))))(((..(((((((((....))))))))))))...((.....))..))))))))..(((((......))))))))).)))).))..))))..((.(((((....))))).))..).))).))))))......((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........(((((((((.....)))))))))((....))............((.....((.(((((....)))))((((((...))))))................(((((((.((....))))))))).....(((((...(((((((((....))))))))).))....))).........[[[[[[..[[[[[....))]]]]]]]]]]]..........(((((((((.((.........))...))))))))).....................{{))...........}}.......)))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((....((..((((((...........)))))).))..((.(((((..............(((.((((....))))..((((.....))))......................((((.(((((.............((.........((((((....))))))...........))........))))))...)))...............).))........((((..(((((.................)))))......)))).............................)))))))..))))))))..))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.(((((((((.....))))))))).)).....)))))((((((.((((((((..((.((((..(((((((((((...))))))).......................((((((((((((((...))))))(((..(((((((((....))))))))))))...((.....))..))))))))..(((((......))))))))).)))).))..))))..((.(((((....))))).))..).))).))))))......((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).......[[[[[[.......[[[[[[[.[[[[.......(((((((((((...)))))))...............((((((.((((..)))))))))).....((((((..(((((((((....))))))))).....((((((......(((..))).)))))).....))))))))))[[[[[.......[[[[[[[[[.....))))))).....]]]]]]]]]....]]]]]..]]]]...]]]]]]]..........]]]]]]...))))))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(..((((((((((((((...(((((.............)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((...............................)...)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((..(((((.................)))))......)))))(...)..)..))))))).....((........)..)..))))))))..)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........((((((.(((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((....(((((((((.....)))))))))........)))))((((((.((((((((.....((((..(((((((((((...))))))).......................((((((((((((((...))))))(((..(((((((((....))))))))))))..............))))))))..(((((......))))))))).)))).....)))).....(((((....))))).....).))).))))))......((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((........(((((((((.....))))))))).......((((((.......(((((((...(((((....)))))..((((.....(((((..................)))))((((((((...((((......))))...(((((((((....))))))))).................))))))))..(((((.......(((((...))))).......(((((((((.................)))))))))...)))))...))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((...((((((((.....))))))))(((....)))((((((((((((((((((((.(((((....)))))(((((.....))))).....)))).......((((((.(((....)))))))))....))).(((..(((((((((....))))))))))))....)))...((....))))))).).))))....)))))))((((((((.((.((((.(((((((.(((.......)))...)))))))((....)))))).))))...)))(((...........))))))....)))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).).))((((((...((((((((.((((((((((..))))))))))...).).))))))...(((((..(...(((((((.(((..))))))))))(..)...((((((((((((((((..)))))))))......(((((((.............)))))))....(((.(((((((((((((((..(((((.(........))))))..)))))).))))))).)).)))))))))))..))))).((......))).))))))))..)))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((.....))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((.............(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((.......((((((((..(((((......))))))))))).)).(.....)......)))))...)))))))....)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(((((..((((((((.......))))))))........((((.......)))).))))).(((((....)))))..((((.....((((....))))........(((((((.((....))))))))).....((((....(((((((((....)))))))))......)))).......(((((((...(((((......)))))..((((.((........))))))(((((....)))))......)))))))............))))....(((((...........)))))....))))))))))))))
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RNA: ASE_00116

			GAGGAAAGUCCAGCCACCACUGGACACACAGACAUUCCCCCAAGGAUGUAGGGCGAGAGCUCUGGCUCUGGCACAGAAACGAGACCGCGCCGCGUAAAGCGAUGAUGCCGCAAGGCUGAGGUCGCGCGGGAGGCGGAUGAAACGGCGAAACCCUGUGGGUGCAAGCCAAAAUAGAGCUGAGAACGCGGACGUCCAGCCGAGCUCGGGUAUGGCGCUAAGCUGAAUGCCGUCAAAGAAACAAAAGCUGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[[.(((((((((((......))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((...........(((....))).......)))))))..))))........))))..)))))))))))...((((.....(((((.......(((..]]]]]])))))))).....))))..............................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.....(((......)))....(((.....)))((((((((....)))))..((.((((.......((((.(((((((((.....))).....(((....))).......))))))..((((((((....(((...((((...))))....)))........((.......))...))))).)))...))))((((((((.....)))..))))))))).))..)))...)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((((......)))))).........)))).....((((((...(((..(((((((....((((...............((((((((...(((.(((((((....)))....))))))).....))).......)))))..((((...))))....))))...))))))).....)))..)))))).(((.((((..((((((((.....)))..)))))((.......))...)))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......)))))).......((............))..((((....))))......................(((..((((.....(((((...(((....)))....)))))))))....))).......(((...((((...))))....)))......(((((........((....)).....)))))................................................
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((((((.((.....))))))(((((....)))))((...(.((............((((.((((((...........(((....))).......))))))...))))........)).)..)))))))))))...((((.....(((((.......(((........)))))))).....))))..............................)))))))).
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Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((((......))))))..[[[....))))........]]](((((......[[[[)))))....]]]]..((((.(((((((((.....)))..((((((....)))....)))))))))..((((((((....(((...((((...))))....))).........(((......))).))))).)))...))))(((((...[[[[.[[[..)))))..............]]]]]]]...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......((((((......)))))).(((((...((((((((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))).)))..))...)))))((((.((((..((((((((.....)))..)))))..............))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......(((((........)))))...((.((.......[[[)).))............((((.((((.....(((((...(((....)))....)))))))))...)))).......(((...((((...))))....))).......]]]...........................................................................
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((....((((((...).))))..)..((.(((....))....(((((....)))))......(((............(((.((..(((...........(((....))).......)..)).))..)))........))).........................(((((..................)).....)))......................................))).)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.....(((......)))((((((......))))))...((.(((((....))))).))............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....))).................((((.(((.((((...((((......)).))...)))).))))))).............)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.[[[[[[......((((((......))))))...[[[..[[[[[[[[[[....(((((........((((.(((((.....((((...(((....)))....)))))))))...))))................)))))))))..]]]]].....]]]]].....]]]....]]]]]]((((..))))..((((((..........)))))).............)))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((........)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((...........(((....))).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((((.....(((((.....................))))).....)))))(...)..)..)............((........)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((........)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((...........(((....))).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((((.....(((((.....................))))).....)))))(...)..)..)............((........)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((...[[[[[[))....]]]]]]......((((((......)))))).((((.((..(((.(((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))))))...((((.(((.((((..((((((....))).)))..)))).)))))))..............)).)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.....(((......)))((((((......))))))(((...[[[[[))).]]]]]...............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....))).................((((.(((.......(((...........))).......))))))).............)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......)))))).......................((((((....))))))...(((((............((((((.((((.........))))...............))))))..(((((......((((...((((...))))....((((.....(((((.....................))))).....)))).....))))....)))))............)))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((........)))))(((((....))))).....................(((((.(((((............................))))).))..)))................)))))))))...((((.....(((((.....................))))).....))))..............................)))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......((((((......)))))).((((.((..(((.(((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))))))...((((.(((.((((..((((((....))).)))..)))).)))))))..............)).)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((((((......))))))......((((((......))))))...((.(((((....))))).))..............((((((......(((((...(((....)))....))))).((((.((((((((....(((...((((...))))....)))........((.......))...))))).)))...))))....))))))....)).((.((((................)))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((.(((......)))((((((......)))))).))((.(((((....))))).))...((..((((.(((((((((.....)))..((((((....)))....)))))))))..((((((((....(((...((((...))))....)))........((.......))...))))).)))...))))((((((((.....)))..))))).))............)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((......)))))).........)))).((..))(....(((((..)))))...)))..((((((((.(((.((((((((.............).).))).).))..(((((((.(...)).))...((.(((((((((.(((..))).))))))).)).)).(((((.(.((((..))))))))))))))))).)))))).))((((((((.((((.......)).)).)..).))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......((((..........))))..............(((((((..............((((....(((...(((((...(((....)))....))))))))....)))).......(((...((((...))))....)))....)))))))..........................................................................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......((((((......))))))..(((.((..(((.(((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))))))...((((.(((.((((..((((((....))).)))..)))).)))))))..............)).)))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......((((((......)))))).((((....)))).(((((((((................)))((((.........)))).....((((....((((.......)))).....((((.......)))).......)))).....))))))......((((...(((((.....)).)))...(((.....))).....))))......................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((......))))))......((((((......)))))).((((....)))).((((((.....)))..((((.(((((..((((.........)))).....((((....((((.((..............)))))).(((.....)))...))))........[[[[.[[.)))))...]]]]]]....))))........{{{{.{{{....)))..............}}}}}}}...

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RNA: ASE_00120

			AGCCGAAGGGCAGCUACCGGUUUCUAUAGAUUUAAUGUCUGUAGUUAAACUGAGGAAACUCCACCCAUCAUGCAGAGCCGUGGUGCCGUAGCAUCAGCUGAGAGGCUGGACCCUGGAGCAGAAACGACACGUCUCCUGGUGGAUGAUAAUGAAGCUUCACCCUCAAGGAGCAGACUGACAUCAGGAGGACCGGUGAAACGGCCAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUGCUGCCUGUGAUUACUGUAGGAGGCAGAGGUAGUCCGCCCAGAUGAAUGCUGCCGAACAGAAGGUGGGUUACUCUCGGCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((...((((((((((((((.....))))))))..))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{..(((((((((....))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............(((((........))))).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..}}}}})))))))).....))))............))))))........]]]]]]]].)).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..))))..((....))....((.((.(((((.(((((..(((((.....((((((....))))))..((((..((((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...))).)..)))).....)))))..))))).....((((((..(((........)))..))))))....))))).))))....))))))..)))).........(..((........))..).......))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((.((((...((((((.(((((..((((.(((...(((......)))..)))...........(((((((((((............(((((........))))).......)))))))).))).))))..)))))....))))))..)))).((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...)))))).(((.........)))....))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((..)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.......................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))..........................)))))))).)).))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))...................((((...((((((.(((((....((((((....))))))......................((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).........)))))....))))))..)))).((((.....((((((..............)))))).....))))................((........))..........))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..............((((.((((((((.....))))))))...))))(((....)))..(((.(.........(((((.(((....)))((((((....))))))......................((((((((((............((((..........)))).......))))))))))....(........).....))))).......((((.....(((((................))))).....))))...........................).)))........))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........((((((.((((((((.....))))))))...))))).)..(((.(((((((((........((((((.((((.....((((((....))))))....................((((((((((((............(((((........))))).......))))))))))..))......))))....))))))))))...((((.....(((((.....(.......)..))))).....))))..........................)))))))).)).))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((......((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))..........((((...((((((.(((((..((((((((....))))))....................((((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).).).))..)))))....))))))..)))).((((...(.((((((((.......))...)))))).)...)))))))).((......(((((........))))).....))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............(((..(...................)....))).......(..((((............(((((((((....))))(((((....)))))...........................((((................(((........)))...........)))).......................)))))...................((................))......................................)))).)......))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....))).(((((.(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))....(((((((......)))))))..))))).((((((....)))))).....((((.........[[[..))))..]]]............(((((..[[[[..)))))...(((....)))]]]].(((..[[[.)))...]]]((((((..(((.[[[[...)))..))))))....((((.....)))).....]]]]((((...........[[[[[.........)))).....]]]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((.((((...((((((((((((..((((.(((...(((......)))..)))...........(((((((((((............(((((........))))).......)))))))).))).))))..)))).))..))))))..)))).((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).....))))....(((((........)))))))).)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((........(((((((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).........((((...((((((.(((((.....(((((....))))).......................((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).........)))))....))))))..)))).[[[[.....((((((..............)))))).))))]]]].............(((((........))))).......))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((...((..((((((.......................)))))).))..((.(((((.............((((.((......)).(((((....))))).....................((((((.((((.............((((((.....).)))))........)))).))))..))...............))))........((((.....(((((................))))).....))))...............(..).......)))))))..)))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).((.....))........((((...((((((.(((((..((((((((....)))).......................(((((((((((.((....))...(((((........))))).......))))))))).)).))))..)))))....))))))..)))).((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).............(((((........)))))....)).))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((((((((((.((((((((.....)))))))).....(((......(((((..(((((((......)))))))........((((((....))))))....))))))))..(((...)))(((((((((............(((((........))))).......))))))))))))))))).......((((((..))))))............((((((..............)))))).[[[[[[[[[[[.........))))))........]]]]]]]]]]].))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((..)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))..((........)..).)).))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((..)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))..((........)..).)).))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))...((.((.(((((.(((((..(((((.....((((((....))))))..(((((..(((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...)))...))))).....)))))..))))).....((((((..(((........)))..))))))....))))).))))....))))))..)))).........(((((........))))).......))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((....(((((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...[[[[.((((...((((((((((((..((((((((....)))))......................(((((((((((............(((((........))))).......))))))))).))..)))..))))).)..))))))..)))).[[[[.....((((((..............))))))..)))]]]].....]]]]....(((((........)))))....)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).............((((.((((...((((((.(((((....((((((....))))))...((((...............((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).))))....)))))....))))))..)))).((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...))))))....................))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((..)))))(((((....))))).....................(((((.(((((.......................................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))..........................)))))))).)).))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))......((.((((...((((((.(((((..((((.(((....))).(..(((((..((((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...))).)..)))).)..).))))..)))))....))))))..)))).)).......((((((.(.((....)).).)))))).))))))..)))).........(..((........))..).......))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))...((.((.(((((.(((((..(((((.....((((((....))))))..(((((..(((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...)))...))))).....)))))..))))).....((((((..(((........)))..))))))....))))).))))....))))))..))))........)).(((((.....((........)).))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.(((...((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))(((((((((.((((...((((((.(((((..((((((((....))))((.(((((..((((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...))).)..)))).)..))))))..)))))....))))))..)))).((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....)))).....))))....(((.....)))..)))))))).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.((((((((((((((.((..((((...........))))..)))))))))....((..(.(((....((((((((((((.....((((((..)))))).((((((...)))(...(((..)))..)(..(........)..))))(((((((((........))((((..))))....)..)))))))))).))..))))))...))))))......((((((((.(........).))))))))))))))((((((((((..)).))).((...))..)))))...))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........)........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.............((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))....((((.((((...((((((.(((((..(..(((((....)))))........................(((((((((............(((((........))))).......))))))))).......)..)))))....))))))..)))).((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....)))).....)))).............................))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))...((....((((...((((((.(((((..(.((((((....))))))...((((.......(((...)))(((((((((.((....))...(((((........))))).......)))))))))..)))).)..)))))....))))))..)))).)).......((((((...((....))...)))))).))))))..)))).........(..((........))..).......))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((..(((((.(((....((((((.....)))))).(((..........))).((((...............)))).)))))))).((((((....)))))).)))).(((...........(((((......)))))........(((((........))))).......((((.((....)))))).......(((((....)))))...((((.....((((((..............)))))).....)))).............(((((........)))))....))).)))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((..(((((.(((((((..((((.....)))).(((.....))).))))))).....(((((((......)))))))..))))).((((((....)))))).)))).(((...........(((((...{{{)))))........(((((}}}.....))))).......((((.((....)))))).........(((....))).(((.((.((.....))))))).....((((.....)))).(((((.[[[[[..........)))))........]]]]]....))).)))).

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RNA: ASE_00121

			AGCCGAAGGGCAGCUACCGGUUUCUAUAGAUUUAAUGUCUGUAGUUAAACUGAGGAAACUCCACCCAUCGUACAGAACCGUGAUGUCUAAGACAUCUGCUGAGAGGCAGGACUCUGGAGCAGAAACGACACGUCUUCUGGUGGAUGAACAUGAAGAUCCGUUCUGAUUGACACCAGGAGGAACGGUGAAACGGCCAAUCCACGGGAUGCAAGGGUAAACACUGCCAGUGAAUCCUGUAUGAGGCAGAGGUAACUCGCAUAGAUGAAUGCUGCCACCAACAGAAGGUGGGUUACUCUCGGCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((...((((((((((((((.....))))))))..))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{..((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............((.....)).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..}}}}})))))))).....))))............))))))..........]]]]]]]].)).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(.((((....(((((((((((((.....))))))))..)))))..((.....))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......)))).).))))).....))))..)))))..((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....))))(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...))))...))))(((((.......)))))....)..))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).......)))..((.((((((((...(((..(((((.(((..((((((....))))))..)))))).))...))).(((.(((((((((((((((((..........))))..)))..))))))))))..(((((.....(((.((((...)))).....)))...)))))...)))....))))))))))....((((((..((((......))))..(((((.......))))))))))).))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((..............................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((((((((.....))))))))..))))))....................(((((.(((((((((...)))))(((((.((((......))))..)))))......))))..)))))((((((............(((((((..(((....)))..)))))))...........))))))(((((.....(((.......))).....)))))..........(((....)))(((........)))..(((((.......))))).......))))).
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........((((((.((((((((.....))))))))...))))).)..(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((.....((((..........)))).........))))))))..)).........))).)))))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))...)))..((.((((((.(((((((((...)))))(((((.((((......))))..)))))......))))..)))))((((((............(((((((..(((....)))..)))))))...........))))))(((((.(...(((.......)))...).))))).).))...(((((....)))((((......))))))(((((.......))))).......))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........(((...........................)))..........((((............((((((((((...)))))(((((....)))))...........................((((................................)))).......................)))))..................(((................))).......................................)))).....)).))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....))).......(((..((((((((.....)))))))).......(((....))).))).......(((((((((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....[[[[[[[[[[.................)))))).....]]]]]]]]]]...(((......[[[.))).(((((((.....((((.....)))).....)))))))....]]].((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((.........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))............................(((..((((((....))))))..)))...................(((((((([[[............[[[[[[[......))))))))]]]]]]]...........]]]...(((((.....((......{{{)).....)))))........}}}.........(((........)))..(((((.......))))).....))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((..((((((.......................)))))).))..((.(((((............(((((.((((...)))).(((((....))))).....((((............((((((.((((.............((.....))........)))).))))..))........))))...))))).......((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))..)))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...))).))).((((((((..(((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).......((((((((((((...............[[[[[[.......)))))))))]]]]]]....))).......)))))..............((((...))))....))))))))......((((((..((((......))))..(((((.......))))))))))).))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....))).......(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).((((.[[[[[[[[...(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...)))....((..(((.((((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....)))))).))).))..))))...(((.....)))....]]]]]]]].((.((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).))).)).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.....((((.....)))).....)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((((((((.....))))))))..)))))).......((((((..((((.....(((((..((((.......((((((....))))))..((((...))))...))))..((((((((((...((((..........)))).......)))))))))).)))))...)))).......(((((((.....((((.....)))).....)))))))....(((((......................)))))..........))))))......))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....))))).....................(((((.(((((..............................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).(((((((.........(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....(((..((((((..............(((((((..(((....)))..))))))).....((((..(((.(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...)))....))))))))))..))).)))))))..)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).((.....)).))).)).......(((((..((((.......((((((....))))))..((((...))))...))))..((((((((((...((((..........)))).......)))))))))).)))))...........((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))))).((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.(((...((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))(((((..((((((((((.((((.((((...))))((((((.((((......)))).).))))).....))))..)))).((((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....))))))(((((.((..((((.....))))..)).)))))))))))(((((((....)))((((......))))))))..........)))))))).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.((((...))))..((......))((((((.((((..((((((((..))))))))((((((........))))))))))))))))((((((..))))))..(((..)))....(((.((((..((((((((((.((...((..))(((((((((..(..........))))))))...((((((((..((..))..)))))))).(((..(((((.((...........)))))))..)))))..((....((..))...))))))))))))))))))))).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))..................................(((((....)))))...........................................................................................(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........(((....)))........................................))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).(((((((.........(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....(((..((((((..............(((((((..(((....)))..))))))).....((((..(((.(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...)))....))))))))))..))).)))))))..)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((............))))..((((((((.....)))))))).....((((((....((((....(((..........)))(((.....))).(((((....))))).....)))).(((((((.....)).)))))..(((.((((..........)))).......((((.........))))..........))).(((((..((..((((.....))))..))..)))))...(((..........)))((((......))))..(((((.......))))).....))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((............)))).(((..((((.....)))).(((.....))).)))..(((.{{{{..{{{.((((..[[[[.(((.....))).(((((....)))))...[[[.))).]]].....]]]]<<<))))..>>>..........((((..bbbb))))..((((BBBB.....))))..}}}....(((.....)))....}}}}...(((.....)))....((((..(((...aaaaaaa)))((((......))))..(((((.AAAA..))))).AAA).)))....

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RNA: ASE_00145

			GGCAGAGGGAGCCCGGCUGCCCGUGCCGUGAGGCAUGAGGAAAGUCCCCCCACCCGUUCGGGCACGCGGCCGGACACACGUCCGGGGCGGGAGACCGCCGGCACUGGAACAGACACGACACGUCCCUCCCACACCGAUGAGGCGCGCGACCCACCCCGAAAGGGACGGCAGUUAACCCGCCGAGGGCGUGGCCGCCACACCGGCGGCCACGGACCGGUGAUCGACACCCCAAUGGGAGGGGAGCGAUGGAACGGCCAACCCCCGCCGGUGCAAGUCCACGCGCGCAUGGUAGCCCGAACCACCCGAAAGGGGCCGCGUGGACGCUCAGCCGAAUGCCGGGCCGAACAGAAGGGGGCUUACUCCCCUCAGCUCGUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((....((((((....))))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[[[[.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((.........((((.((...((..(((....)))..))..)).....)))).......((((((((.....))))))))......((((.....))))....))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((.........]]]]]]]]..(((....)))..)))))))))............))))))..........}}}}}}}}.)).)))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((.(.(((((((..((((((((....)))))).))...((((((((.((((((.(((....((.((((((....))))))..(((....)))....((((((.............(((.((((..........)))).)))...(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))..))))))..))...))).)))))).)))).).)))....((((..(((......)))....(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....))))...)))))))).....((.(((((.....)))))))..)))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((...))).)))..)))....(((.(((((..((((((((.....((((((.....(((((((((....))))).((((((....(((((((...((........((...((((.(((((.(((((....((((...(((((..(((....)))..))..)))....)))).....((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...))......))..)))))))...(((((((((....((((.......))))(((....)))..))))))))).))).)))....))))..))))))....)))))...)))..))))))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.....................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((............((((((....))))))((..((((((((....(.((((((.....(((((((((....))))))((((((.....((((....................(.(((((((((.........((((..........(((....))).............))))..((.((((((((((.....))))))))))..))((((.....))))....))))))))).)........)))).....))))))(((((..(((((((((.((.((((.......))))(((....))))))))))))))))...))).....)))..)))))).)..)))))))).)).))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...........(((((....))))).....((((((((......((.(..........((((((....))))))(((((....)))))........................(((((((..........((((......((..(((....)))..)).........))))....................................................)))))))..........................(((....(((((((((.....((....)).......((....))...))))))))).....)))............).))....)))))))).)).))))).)))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((........(.((((((....)))))).)..(((.(((((.....((((((.(..((((((((((....))))))(((((....)))))((...(((.............(((((((((((..((.....((((.((...((..(((....)))..))..)).....))))..)).((((((((((.....))))))))))....((((.....))))....)))))))))..)).........))).)).))))((((....(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....)))).......).))))))....)))))))).)).))))).)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((........((((((((....)))))).)).((((((((....(.((((((.(...(((((((((....))))))((((((.(...((((.....(.......)......(.(((((((((.........((((...(((((..(((....)))..))..)))....))))..((.((((((((((.....))))))))))..))((((.....))))....))))))))).)........))))...).))))))(((((..(((((((((.((.((((.......))))(((....))))))))))))))))...))).....)))).)))))).)..)))))))).)).))))).)))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...........((((......)))).......(..((((..............(((((..((((....))))..(((((....)))))..................................................................................................................................................................))))).....................(((....)...))..................................................)))).)...)).))))).))....)
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...........[[[[)))((((((....)))))).....]]]]..(((..[[[[..)))...]]]]((((((....))))))(((((....))))).....(((.............[[[.[[[[))).......]]]].]]].(((....(((....))).[[[[.))).....]]]]....((((((((...[[[[[[))))))))..]]]]]].(((...[[[[..)))..]]]].(((......[[[[.......)))((((....(((((((((....((((.......))))(((....)))..))))))))).....))))...]]]].(((.......[[[[)))......]]]].........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((........((...((((.(((((...(((.((.((....(((..((((((....))).((((.........)))).((.((((((((((.....))))))))))..)).))).)))....)))).)))...))))).))))...))...........)))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))....))))))....)))))....)).))))).)))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.(((........((((((((....)))))).))......(((((....((((((........((((((....))))))(((((....)))))........................((((((((..........(((..........(((....))).[[..........)))]]....((((((((((.....)))))))))).....................)))))))).................................(((((((((.((.((((.......))))(((....))))))))))))))..................))))))....)))))....)))..))).)))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....((...((((((....)))))).))..((.(((((.................((.(((((....)))))..((((....))))......................(((..((((((.......................((......))....................................................................)))..)))..)))................))..........((((.........................................))))............................)))))))..)))))))))))....)
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............(((((((((((..((.....))........((..(((....)))..(((.........)))..)).((((((((((.....))))))))))....((((.....))))....))))))))..))).......((.......)).)))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..))))....)))))....)))))....))).)))).)))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((..)))..)))))..((((....))))(((((.((((((((......((((((((...[[[[(((((....))))).(((((....))))).(((((((...............((((((((((((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).............)))))))))..........(((.......))))))))))..[[[[[[[[[.........))))))))..(((....)))..]]]]]]]]]......(((.....)))]]]].......)))))))).....))))).......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((....(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((....................).............))....................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((....(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((....................).............))....................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.[[[[[.)))......((((((((....)))))).)).((((((((......(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..))))....)))))....))))))))....]]]]]........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((............((((((((((((................(((....(((....))).[[[[.))).....]]]]....((((((((((.....))))))))))....((((.....))))....))))))))..))).)....(((.......))))))))))..(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....))))..))))....)))))....)))))....))).))))........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((............((((((....))))))....((((((((......((((((......(((((........((((((((((....)))))....)))))..............((((((((((((((.............................((((.........))))....((((((((((.....))))))))))...))))).............)))))))))..........)))))....((((.((((....(((((((((.........((((..............))))))))))))).....)))).....))))))))))....))))))))....)))))........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((.....................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((..(.(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((...(((.((.((.(.((((.((..(((....)))..)).........(((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))).))).).))))).)))...))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))....)))))).)..)))))....)).))))).)))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...((((((...))..((((((((....)))))).))....))))(((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))....))))))....))).)).(((............)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((..(.((((((.(..((((((((((....))))))(((((....)))))(((.(((...)))...((...((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...))))).....))))((((....(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....)))).......).)))))).)..)))))....))))).)).)))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..)))).)))))(((((..(((((..((((.((((((((((..(((((((((.(..(((.((..).((((((((((..((((..))))))))...((((((..(..((.((.(((((((((((((((...))).......(((.(((((..)))).(((........)))...)))).(((((((((.....)))))))))(((((........).))))).)))))))))..(((.(((...((((..........))).)....))))))..)).))..))..)))))))((((..))))...))))))))))...))))))...)))).((...))).)))))))))))))))))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((..(.........((((((((....)))))).))......(((((....(((((.(((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((....................((..(((....)))..)).........(((((.(..((((((((((.....))))))))))..))))))...................))))).))))................)))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..))).....)))))....))))).....)...))).)).....
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((..........((((((((....)))))).)).((((((((.....((..(.((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))).)..)).......))))))))....))))).)))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((.(((.((((((....))))))......((((............))))..))).((((((....))))))(((((....)))))....))))......((((...((((...........))))..(((((((...((((..........((((.........))))....((((((((((.....))))))))))....)))).(((...((((.......))))..))).(((.((((........)))).......))).)))))))......((((..............))))..))))...((((.((.....)).))))........(((((.......)))))..))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.{{{{(((...)))))((((((....)))))).......}}}}......bbb...)))..BBB.((((((....))))))(((((....)))))...............((((...((((..(((...............................))).((((.........)))).))))((((((((..aaaa.)))))))).....AAAA.(((...((((...<<<.))))..)))..............>>>(((((((...[[[[[[[[.))).)))).((((..............)))).]]]]]]]](((..((.....))..)))........((((((.....))))))....)))).

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RNA: ASE_00148

			GGCAGAGAGAGCCCGGCCACCGCGGCGUACCGACAGGCACACACGUGCCAGCGGGUACGCACGCGAGGAAAGUCCCCCCACCGCCGGGCAGGUGACCGGGGAAACCCCGGGACGGGAGACCGUCGGCGCUGGAACAGCAACGAGACCCCUCCACCCGACCGAUGAGGCGCGGGCGGUGGCAUCGCCACCGUCUCGGCGCGAGCGGCACGGGGUGCAUCGUGCGCCCCGAAGCGAGCGGGCACCGCCCGCGACGCAGCCGCGAGCGUGCGAACCCGACGCAAAACGGCCACUGGUCGGACAAAGCAACGGGGAGCUAACCCGCCGAGGGAUGAGGGUGGAGAACGGAUGGAACGGCGAAUCCUCACCGGUGCAAGUCCACGCCACGCGGAUCGGCCGCACGGUAGCCCGGCAGGGACGUGGACGCUCAGCCGAAUGCCGGGGCGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCAGCCAUGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[[.(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((.........((((.((((((((((...))))))))))..(((((((((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))))))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((..(((((...))))).......]]]]]]..)).)))))))............))))))..........}}}}}}}}.)).)))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((..(((((.....((..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))..(((....)))..((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).....)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......))).(((....((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))(((((((((((((...(((((((((......((((((...))))))........(((((.((((.((((...(((.........((((((((..(((((..(((..((((((((((...))))))))))..((((..(((((.(((((((((...)))))))))..((..((((((...))))))...)).)))))..))))(((.......)))......)))....))))).((......((((.......))))........)).))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))))))).))))))).))....((..(((((............)))))..))...))))))))..)))))...)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..........((((...................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((................................................................................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...........(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))....((((((((....((.......(((((((((((...))))))(((((....)))))...((((...))))..........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))((((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).))..((((..((....(((((...)))))......))..)))).........))))..)).....)))))))).....................)))))(((....(((((((....((((.....))))..................))))))).....)))...........)).......))))))))....))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........(((.....................................))).....((((((((..................((((((...))))))(((((....)))))........................(((((((..................................................................................................................................................................................))))))).................................(((((((...................................)))))))............................)))))))).)).))))).)))....
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.....((..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).)))).)).((((((((....((((.(((((((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((...)))).......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...)))))))))).)((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...))..........).....)))))(((((..(((((((((..((((.....))))..))...(((....))).)))))))))...)))...))))..)))).......)))))))).)).))))).)))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........(.(((................................)).).).......(..((((............(((((.(((((...))))).(((((....))))).............................................................................................................................................................................................................................................)))))..................(((......).)).....................................................)))).)...)).))))).)))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((((((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))......(((((......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))(((((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).))).((((........(((((...)))))..........)))).........)))).........))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))))))))).(((((............))))).........))))).....))))).)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((((((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).(((...))).(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...))))))))).)).(((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))).((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))...))....))))))))...))......(((.((....)).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).)))..)))).(((((.((.....))..))))).........))))).....))))).)))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((.....((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....[[[[[[[[.....(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))...((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))............................)))...))))))))..((((.....))))......)))))))............[[[.........)))).]]]........]]]]]]]].....)))).)))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....((..((((.....((......................))......)))).))..((.(((((...............((.(((((...)))))..((((....))))......................(((((((.................................................................................................................((((..........................((......))...........................))))))))..)))................))..........((((.........................................))))............................)))))))..)))))))))))....)
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.....((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...))))))))).))((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))...))....))))))))...))......(((.((....)).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...)))))))).)).))))).)))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....[[[[[[[[.[[[[))))))).]]]].((((((...))))))(((((....)))))...((((...)))).......(((((((((((..(((........))).(((((((...)))))))((((((((...(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).))))).(((.......((((........(((((...)))))..........))))..)))....)))))))).....))))))))...........(((((.........((((....(((((((....((((.....)))).(((....))).......))))))).....))))..)))))))).........]]]]]]]]....))))).)))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((...................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(........................................................................................................................................)..........................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((...................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(........................................................................................................................................)..........................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.......((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((................((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...((((..........))))...))))))).......))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).)))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........((((((((((((...(((((....)))))..).))))))).))))....((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........(((((((((((((((...))))))))).))((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).....((((........(((((...)))))..........)))).........)))).........)))))))).......(((.[[[....)))...]]].)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))........(((((............))))).......)))))))).)).))))).)))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........((((...................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((................................................................................................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((........(..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))..).((((((((...(((((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((................((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...((((..........))))...))))))).......))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).)))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((((((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))......(((((......(((((((.(.((.((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))(((.(((((.(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))...)))))...((((..((....(((((...)))))......))..)))))))....))))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....)))).)).).))))))).))))))))).(((((.((.....))..))))).........))))).....))))).)))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((((.((.(.(((((..(((..)))..(((..))).((..((((((.(.(......))))))))..((((........)))).((((((...))))))((((((..))))))(((...............)..)).(((((((((.(((...)))...((((((((((...)))))))))).((((...(((.(.(((((((((((((((......)))))).(((((...)))))((....)).(((..)))))))).))))))))....)).)).((((((..))))))...((((((...)))))).(((...)))))))))))).((((.((((((....))))..))))))))..((((((((((.((((((((.((((..)))))))))).).))).))))))))...)))))).)))))))))......((........))..))))).)))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...............................)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((......(((...((((((((((((.(.(((((....))))).)).))))))).))))......((((.....(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))...((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))...........(((.(......).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).)).....))))............)))..........................)))).)))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.......((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).)))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: ASE_00154

			GGCAGAGAGAGCCCGGCCACCGCGGCGUGCCAGCAGCACGCAGCUGCCAGCGGGCACGCACGCGAGGAAAGUCCCCCCACCGCCGGGCAGGUGACCGGGGAAACCCCGGGACGGGAGACCGUCGGCGCUGGAACAGCAACGAGACCGCUCCCCCGCGAGUGGAUGACGUGGCGCGAACCGACCCGCGAGGGAAGGGAGCUAACCCACAGAACGCAGACCGGGGGAGAACGGAUGGAACGGCGAACCCUCACCGGUGCAAGUCCACGCCACGCGGCGCGAGCCGCACGGUAGCCCGGCAGGGACGUGGACGCUCAGCCGAAUGCCGGGACGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCAGCCACUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((((((((....(((......))).....))))))).))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{.(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((............((((.((...((..(((....)))..))..))....))))...........))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((..(((((....)))))......}}}}}}...)).)))))))............))))))..........]]]]]]]].)).)))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((........(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((((((...(((((((......((((((...))))))..(((....)))..((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))..).))))......))....)))))).).....((.(((((.....)))))))......))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......))).(((....((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))(((((((((((((...(((((((((......((((((...))))))........(((((.((((.((((...(((......(((((((((((...(((..((..(((((.....((..(((....)))..))..))).))...))...)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))))))).))))))).))..(((...((.............))..))).......))))))))..)))))...)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..........((((..................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((...............................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((................................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...........(((((((((((.(((((.....)))....)).))))))).))))....((((((((.............(((((((((((...))))))(((((....)))))...((((...)))).......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))................)))))(((....(((((((((..(((((....)))))..))...(((....))).))))))).....)))....................))))))))....))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........(((....................................))).....((((((((..................((((((...))))))(((((....)))))........................(((((((.......................((..(((....)))..))........................)))))))..........................((.....(((((((.(................................).)))))))......))....................)))))))).)).))))).)))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((........(.((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))..)..(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))...((((.........((......((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)).......))))......)))))))))...((((.......(((((....))))).(((((...((((.(((.........))).))))..)))))))))........)))))))).)).))))).)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.....((..(((((((((((.((.(((....())))..)).))))))).)))).)).((((((((......((.(((.(((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((...)))).......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))..........).....)))))(((....(((((((((..(((((....)))))..))...(((....))).))))))).....)))....)))))...........)))))))).)).))))).)))....
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DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........((((.(..........................).......))))......(..((((............(((((.(((((...))))).(((((....)))))..........................((((............................................................)....))..)........................)))))...............(..(((..........)......).......)).....................................)))).)...)).))))).)))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((..((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((..........(((....)))............))))....)))....))))))))..)))......(((..........))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))............))))))...........(((.....)))))))).)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.....((..(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).)).((((((((.((((........)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).(((((...((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).)))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((...((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..))).......................)))...))))))))..(((((....)))))......)))))))........))))............)))))).......................)))).)))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((...((..((((.....((.....................))......)))).)).(((.(((((..............(((.(((((...))))).(((((....))))).....((((............(((((((.((..((.(.....................(((....))).........))))................).))))..)))........))))....))..).......((((.....(((((.................))))...).......))))...............((..)).......)))))))).)))))))))))....)
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.....((..(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).)).((((((((.((((........)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).(((((...((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).)))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))....[[[[[[[[.[[[[))))))).(((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((..............(((((((((((...((((....(((((...........)))))................))))...........))))))))..)))......))))).....)))))]]]]...(((((((....(((((....))))).(((....))).......)))))))......(((.....)))...........]]]]]]]]....))))).)))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((..................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((.....)))........................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))......))....)))))).........(((((.....)))))))).)))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))....((((((((.((((....[[[.)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((.(.(((......(((((((((((...(((......((((..........(((....)))............))))....)))....))))))))..)))......(((..........))).)))..)))))))))..(((((....))))).(((((]]]((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).)))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......(((((......(((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((...............(((((((((((.........)))))((((........))))......))))))....................(((((....................))))).))))))).......))))..(((((....)))))......))))))).)))))..................)))))).........((((((.....)))))).........
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((...(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((((((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((..(...((((.((...((..(((....)))..))..))....)))).)..)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))..).))))......))....)))))).).......(((((.....)))))))).)))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((......))......)))))))......((((((...))))))..(((....)))(((((((((...))))...(((.(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).)))......(((((((((..(((((....))))).(((....)))....)).))))))).))).))))).))).((.......(((.((((.....)))))))...))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((..(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((.(.((.((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).)).).))))))).)))....))))......))....)))))).)........((((.....)))))))).)))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((((.((.(.((((.((..(((.(((((..((((((...((((.(.(.(......)))))))...((((........))))(((((((...))))))((((((..))))))((((.(((..((..(..(((..(.((((((((.((((((.(...((((((((..(((((((...).)))))).)))..).))))...)).)))))))))))).(((......)))....))..)))..)..)).....)))))))..(((((...).)))).((..))..)))))))..))))..))))))))))).)))))))))......((........))..))))).)))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......)))))))........))))............))))))........................))).)))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))......))....)))))).........(((((.....)))))))).)))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))........(((..((((........)))).(((((.....)))))(((((....))))).(((..................))).(((.((((.........)))).((((........)))).)))..))).((((.((...............(((((....................)))))...((((........))))..(((((....)))))..)))))).((((.................))))...)))))).........(((((.....)))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......<<<<<.........<<<<))).(((((>>>>.)))))...>>>>>........(((.....(((((((((([[[[....)))).(((((.....))))).((((....))))]]]](((.....))).........(((((((((((.........))))).(((........))).......))))))....................))))))............((((........(((((((...{{{{{))))..(((((....)))))..)))....((((.......}}}}}.....))))...))))............((((.....)))).)))........

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RNA: ASE_00155

			GGCAGAGAGAGCCCAGUUCCCGUGCCCGAGACGGGCAUGAGGAAAGUCCCCCCACCGUCCGAACGGGUGACCGGGCGCAAGCCCGGAGUCGGAGACGGCUGGCGCUGGAACAGAAACGAGACCGCUCGACCCGACCGAUGAUGCGCGCGCGACGGCUCCGCCGUCGCCGGCGCGGCCGUCACGGCCGCGUGCGAACCGACCCGUAAGGGAAGGGAGCUAACCCGCAGAGGGAUGAGGUGGCGUCGCCAUCUCCGACGGUCGAGAACGGAUGGAACGGCGAAUCCUCACCGGUGCAAGUCCGCGCCGCGAAGGGUAGUUCGGACGGCGCGUCGGGUUCGCCCGUCGCGCCCUCGGGGGGCUCGCCCCGAGAAGGCGCGGACGCUGAGCCGAAUGCUGGGACGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCAGCCGCUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((...((((((((...))))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{{.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((.........((((((.((((((((...))))))))))(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..)).....)))).......((((((((...))))))))...))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((..........}}}}}}}.(((((((((((....)))))))))))(((((((......)))))))..)))))))))............))))))..........]]]]]]]].)).)))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))..(((....)))....(((((...((....((((....))))...((((((........((.((((((((...))))))))))..(((((((...)))))))..((...((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))))))........))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....)))))....)).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....)))))).((((((((.(((.(((((((...((....((((....)))).(((.........(((((((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))..((..(((....)))..)).........))))..))).))...)))))))))).)))))))).((((.............))))..(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........)))))..)).))))..)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..........((((.........)))).....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((...........................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((..................................................................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......(((((((((((...)))))))).)))((((((((...(((((((.......((((((((....)))))).((((((((.(((.((((((..........((((....))))....................((((((((...))))))))..(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..))...(((.....))).......))))))))).))))))))..)).....)))))))................((((.((.(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))..)).))))...................)))))))).)).))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........(((((((.....)))))))....((((((((...................((((((....))))))(((((....)))))........................(((((((....................................................................(((....)))...............................................)))))))..........................((.....(((((((((..................................................................)))))))))......))....................)))))))).)).))))).)))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......(((((((((((...)))))))).)))(((.(((((((((.........(((((((((((....))))))(((((....)))))...((((.........((......(((((((...((.....((((.(.((((((((...))))))))...((((((((...)))))))).((...((..(((....)))..))..))...).))))..))...((((((((...))))))))....)))))))..)).......))))......)))))))))...(((((((((..................((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......(((((((((((...)))))))).)))((((((((...(((((((..(...(((((((((....)))))).((((((((.(((.(((((((.........((((....)))).(((.........((((((.((((((((...))))))))))(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..)).....))))..)))......)))))))))).))))))))..))).)..)))))))..........((....((((.((.(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))..)).)))).......))..........)))))))).)).))))).)))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........(((.............)))......(..((((.............(((((.(((((....))))).(((((....)))))...............................(......................((...)).....).....................................................................................................................)))))....................................((((..............)))).............................................................)))).)...)).))))).)))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....(((((((......(((((((((....))))...((((((((.(((.((((((..........((((....))))(((..............(((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))......(((....)))...........(((.....)))....)))))))))))).)))))))))))))....)))))))...(((..........((((....(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..))))))))).....))))...))))))))..........))))).....))))).)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((.........((((((((((((..((......))((.((((((((...)))))))))).((((((((...)))))))).((...((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))))..)))))))..))).))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..((((((..((((((((((((((((......)))))))..))))).)))).))))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((......(((((((((((...)))))))).))).(((((((...(((((((.........((((((....)))))).((((((((.(((.(((((((.........((((....))))....................((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))).....((..(((....)))..)).......((.......))......)))))))))).)))))))).........)))))))................((((....(((((((((..........((......((((((.((((....)))).))))))[[[[[[[.))...]]]]]]]..))))))))).....))))...................)))))))..)).))))).)))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((.....((((((((.......)))))).))..((.(((((................((.(((((....))))).(((((....))))).....((((............((((((.(((.........................................(..........)........................................................................))).)))..)))........))))....))..........((((..........(......((........((.................)..)))).......................))))............................)))))))..)))))))))))....)
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....)))))).((((....))))...(((((.........((((....))))...((.(((........((.((((((((...)))))))))).((((((((...)))))))).((...((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))).)).............))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..((((((..((((((((((((((((......)))))))..)))))).))).))))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((.....((((((..)))))).((((((....)))))).........(((((.(((((((........((((....))))...((((((....(((((((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))......(((....))).............)))).......((((((((...))))))))...)))))).....((((..........))))...)))))))..(((((((((.((((......))))...((((((.(((((..))))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))....)))))......)))))..........))))).....))))).)))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((.........)))))((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.....................................................................)........))..............................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((..................................................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((.........)))))((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.....................................................................)........))..............................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((..................................................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((....((((....))))...((((((.....((.(((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))..((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))))))........))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((.........((((.[[[))))......(((........((.((((((((...))))))))))(((((((((...))))))))).........(((....)))...........(((.....)))..((((((((...))))))))...))).......]]]......))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..((((((..((((((((((((((((......)))))))..)))))).))).))))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........((((.........)))).....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((...........................................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((..................................................................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((....((((....))))...((((((.....((.(((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))..((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))))))........))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....(((((((..(...(((((((((....))))...((((((((.(((.((((((..........((((....))))(((((.((.....((((((.((((((((...))))))))))(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..)).....))))..))..)).)))))))))))).))))))))))))).)..)))))))...(((((....))..((((.((.(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))..)).))))...))))))))..........))))).....))))).)))....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....................((((((....)))))).((((....)))).................((((....))))....................((((((((...))))))))..((((((((.....)))))))).....((..(((....)))..)).......(((.....))).................................................................(((((((((..................((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))...............)))))..........))))).....))))).)))....
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((((((.....))))))).))))........((((((....))).))).((((((....)))))).((((....))))..((((...........((((....))))..............))))..(((((((.....))))))).(((((((((.....)))))).((((........))))..........((((.((..((......)).))))))...))).((((........))))..((((..........)))).....(((((......))))).((((......))))...(((((..((((....))))..))))).((((((((....)))).....((((....))))...))))..(((((((.........((((.....))))))))))).....
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RNA: ASE_00187

			CAUGCGAGAGAGGCUGGACGGCUGACGGGCCUUCGGGUCUGAGGAAAGUCUCCCCACCGCUCCGGAUACACGAACAUCUGUAAAGGAUGUCGGGCGAGAGCCCGGGCCCUGGCACAGAAACGAUAACCAUCCUCUGAAAAUGCGAUGAUGCGGAAGCUGAGAUCUCAGGGUAAAUGGAUGAAACGGCGAACCCUCGUGGGUGCAAGUUGGAAAUCGGGGAGAAGAGAAUUCCGGACUCUCCCGGUUGUUUUUGGAAACGCAUAGCCGAAUGCCGUCACUGCAAGAGUCCUCAGGACCAUUUCCUCCACUGAUGGGUGAUAGGAAAUCUUUGCAGGAACAGAAGGGAGCUUACGUGCCUCACUCGCAUAAAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...(((((((((((((((((((...((((((....))))))....{{{.{{{{{((((..[[[[[[..(((((((((((.....))))))(((((....)))))((...((((.............(((((((((((............((....)).......))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((...(((((((....((((...]]]]]]))))))))))).........)))............))))))((((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))).......}}}}}}}}.)).)))))))))))......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).......(((((((..((.((((.........((((((.....)))))).((((....))))..((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...))))))...((((..((((....))))....))))......))))))).((((.........)))).(((((((...((....)).)))))))...))))))..((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).))))))...((..(((....)))..))))))).)))))))...)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.....(((((((((......((((((..((((..(((((((.....((((.((...((....(((((..(((...((((((....))))))..)))...)))))..)).....(((((........((((....))))....((((....)))).......))))).....((..((((....))))))..))))))....)))))))......))))))))))...(((((((..........)))..))))....))))).(((((((.((((...)))).(((((((..(((....)))...))))))).)))))))...........)))).....))))).)))))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.....((((....).......(((((..(((...(((((((..................((((((.....))))))(((((....))))).(((((..................(((...............))).........((....)))))))..................((((....))))..............))))))).......)))))))).((((...................................((((((..((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))........))))))).....))))).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...........((((((....))))))................................((((((.....))))))(((((....)))))...........................((((((......((....((....)).....))))))))....................(((....))).............................................................................((((((..(((.....)))..(((((..((((....))))...)))))...))))))....................))))).)))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((...........((((((....))))))....(((.(((((((((..........(((((((((((.....))))))(((((....)))))((...(.((.............((((.((((((............((....)).......))))))...))))........)).)..))))))))))).............((((((..............))))))((((..(...((....))...)))))..........(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))........))))))))....))))).)))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((.((((....)))).)).(((((..((((..(((((((.....(((..........((((((.....))))))(((((....))))).(((((.....((..........((((.((.........)).))))......))(((())))))))).............((((.((((....)))).)..))))))....)))))))......)))))))))(((((..((((((........((((......)))).....(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))).))))))))))))..))))).......))))).)))))))....
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DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((.........(((((......)))))......(..((((..............(((((.(((((.....))))).(((((....)))))............................((((.............((....))........))))......................................................................................................)))))....................(((....)))....................................)))).)...)).))))).)))........
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).......(((((((.((((..............(((((.....)))))((((((....))))))[[[[[[(((((((...(((....))).))))....)))......))))............]]]]]].....(((....((((..((((....))))....))))...)))))))))).(((....[[[[.)))..]]]].(((.[[[[[....)))...]]]]].)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))......(((....)))....))))).)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.(((.((((....)))))))..(((((((.....(((((((.......((......)).((((((.....))))))(((((....))))).(((((((((((((...(((....))).))))....)))(((...((....))....))).)))))).....(((....((((..((((....))))....))))...))))))))))......)).))))).(((((..(((((((((.(((.((((......)))).(((.(((..((....)))))))).(((((((.((((....))))..))))))).))).)))))))))..))))).......))))).)))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((....((((...((((((....)))))).......(((((((..................((((((.....))))))(((((....))))).((((((......................................((....))........))))))..................((((....))))..............)))))))................{{{{............................))))...((((((..((([[...)))(((<<<...<<<<.)))>>>>..]]>>>....))))))........}}}}........))))).)))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((..((((((.(((...((..((((((....)))))).)).(((.(((((................(((.(((((.....))))).(((((....)))))......(((.............(((.((((((((...........((....)..)....)))))).))..)))........))).....))..).......((((......(((((......................))..))).....))))....................................................................................)))))))).)))))))))..)).....).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((.((((....)))).))..(((((.(.....(((((((.......((......)).((((((.....))))))(((((....))))).(((((((..((((...(((....))).))))......)(((...((....))....))).)))))).....(((....((((..((((....))))....))))...))))))))))......)..))))).(((((..((((((........((((......)))).....((((((..((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))))))))..))))).......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...(((((((..))))))).......(((((((.(((([[[[[[........((((.....((((((((((((....))))))(((..)))..............))))))..........))))..))))...(((((..))))).....................((((....))))..............))))))).((((..]]]]]].)))).(((((((............)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))....................))))).)))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((...(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((.......)))))(((((....)))))((...((((.......((....(((((((((((............((....)).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((...(((((...............................))))).....)))(...)..)..)))))))............................................................((........)..).)).)))))))))........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((...(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((.......)))))(((((....)))))((...((((.......((....(((((((((((............((....)).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((...(((((...............................))))).....)))(...)..)..)))))))............................................................((........)..).)).)))))))))........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((..((.((((.........((((((.....))))))(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...))))))...((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..(((((((....))))....((((((((.....(((((((..................((((((.....))))))(((((....))))).(((((((((((((...(((....))).))))....)))(((...............))).)))))).....(((....((((..((((....))))....))))...))))))))))......)).))))))[[[[[..[[[[[[........((((......)))).))).((((((..((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))]]]]]]..]]]]].......))))).)))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((.....((((..((((........)))).......((((((....))))))(((((((..((((..............))))....((((....))))............)))))))...)))).....((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((............)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))....................))))).)))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((..........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((.......)))))(((((....)))))......................(((((.(((((...........................))))).))..)))................)))))))))...((...(((((...............................))))).....))....................................................................................)))))))).)).))))).)))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((..((.((((.........((((((.....))))))(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...))))))...((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.(((((...((..((((((....)))))).......(((((((.....((((.........((((((.....))))))(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...)))).....((((..((((....))))....))))......)))))))..))...))))).))))..(((((((...((....)).)))))))..((..((..(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..))....(((.((....)).))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((.(((...)))......((.(((((((........((((((....))))))(((((((((((((...(((....))).))))....)))(((...((....))....))).))))))..)))))))...((((..((((....))))....))))....)))))))))......))))((.....))(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(.(...)(.((((((((..)))))).)).)(((.(((((..(((((((((.((((........))))))))).))((((((..))))))....((((.((((((((((....((((((((..))(........).(..)(.(((((..))))).)...).)))))..((((.((((((....))))...((((((((.((((((..)))))).)))).)))).))))))))))))))))..(((((........))).))(((((((((...(((((...((((...........)))).)))..))....))).))))))))))))))))))))).)..)))))))))))).)..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................(.(..............(....)....(...............................)..............(.................)............).)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((...................................(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......((....((....)).....)).))))))............((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).((((((..((((...))))..((((((.((((....))))..))))))...))))))......(((....)))....))))).)))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((..((((.((......))..((((..(.........(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))..)..))))....)))).((((....))))..............)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((..((((....))))..((((((....)))))).......))))......(((............((((((.....)))))).((((....)))).)))...(((.((((..............))))....(((......)))...)))...(((.((.......)))))...((((((.((((....)))).....((((..(((((((((..............))).)))))).((((....))))......)))).))))))........(((((((.((((.....)))).((((....))))..))))..(((((...........))))).)))..((((.......))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((......((((....))))..((((((....)))))).......{{{{{{{..((((aaaaa((((....bbbb))))..(((((((((((....)))))).(((.ccc.cccc.........)))))CCCC....[[[)))B..]]]...CCC...(((.((BBB....))))).....)))).((((....)))))))...........AAAAA}}.(((...}}}}}.)))(((((((((((.<<<<.)))).....>>>>..)))....((((((..(((.....))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))........))))......((((.......))))....

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RNA: ASE_00191

			GAGGAAAGUCCAGCCAUCACCCUAAACCCCGGUGCCGCAAGGCAUCGGCCGAGAGGCCGGACCCUGGCGCAGAAACGACACGUCUCCCGAUGGAUGAUAAUGAGGCCCCAAUUAAAGGGGUUGAUUGACAUCGGGAGGAUCGGUGAAACGGCCAAUCCGGGGGAUGCAAGGGUGAAAAUCUGCCAAUGAUAUGAGGCAGAGAUUGCCCGCUUAGAUGAAUGCUGCCUAAACAGAAGGUGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............(((((.......))))).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....((((((..(......)))))))....))))...........................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.....))...((((........((((((.(((....)))...(((((....(((((...)))))..........(((.((((((((((.....((((..((((((.......)))))).)))).))))))))))....)))...)))))...)))))).......(((..(...((((((..........))))))..)..))).....))))...((..(((.......)))..))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((...((((.((((((((((....))))..(((((....(((((......(((...........)))(((((((((.....((((...(((((.......)))))..)))).)))))))))..)))))....)))))...)))))).......((((((...((((((..........))))))..))))))..)))).......(((......)))..)))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((......................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((......(((((..........))))).....))))...........................)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((...((((((((((....))))((((((....)))))).....(((............((((((((((((.......(...((((((.......))))))..)...))))))))))..))........)))...))))))......)))))))...((((((..........))))))....................(((((((.......)))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(.................((((....))))((((((....))))))......................((((((((((....................................))))))))))....................................................................................................).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((.(((((........((((((((((....))))((((((....))))))....((((............((((((((((((...........((((((.......))))))......))))))))))..))........))))..))))))))))...(((((....((((((..........))))))...)))))...........................).)))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((...((((((((((....))))((((((....))))))....((((............((((((((((((......(((..((((((.......)))))).)))..))))))))))..))........))))..))))))......)))))))...((((((..........))))))....................(((((((.......)))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((............(((((.((((....)))).(((((....)))))...........................((((................(((.......)))...........)))).......................)))))...................(((..........)))......................................)))).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.[[[[..............((((((....))))))((((....))))))))..]]]]............((((((((....((((.((((..((((((.......)))))).)))).))))....((((.(((......))).))))))))))))...((((((...((((((..........))))))..))))))..(((.......[[[[[[)))......]]]]]]...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).((.(((.(((.......(((((((....)))))))(((....)))((((...((((......((......((((((((((.....((((.((.((((.......)))))).)))).))))))))))....))......)))).))))))))))))..((((((...((((((..........))))))..))))))............(((((((.......)))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((....((((((((((....)))).(((((....)))))......(((..............((((((((((...(((.....((((((.......)))))).)))..))))))))))............)))...))))))...[[..))((((...((((((..........))))))..))))..]]..........(((((((.......)))))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....((.(((((............(((((.((((....))))..((((....))))......................(((((((((((.............(.((((....).))).)........))))))))..)))...............))))).......((((......(((((..........))))).....))))...........................)))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).....(((((((...((((((.(.(((.(((..((((((....))))))..))).))))............((((((((((......(((..((((((.......)))))).)))..))))))))))...(((......)))...))))))......)))))))...((((((..........))))))....................(((((((.......)))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))(((..(((((((...((((((((((....))))..(((((....(((((...)))))..........(((.((((((((((...........((((((.......))))))......))))))))))....)))...)))))...))))))......)))))))...((((((..........))))))........))).........(((((((.......)))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))(((((ffffff(.....((((((((<<<<))))))))((((..{{{{(..[[[[[(.aaa....((.cc))aaaaaaaaaa..)).((((..((((((.gggg..)))))).)))).AAAAAAAAAA.))))fff..)}}}}.ee)AAA]]..]]].)FFFFFF...((((((..GGGG.dd.))))))..>>>>..)))....CC.EE(((((((...DD..)))))))FFF
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............((.............))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..........))))).....)))))(...)..)..).........((........)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............((.............))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..........))))).....)))))(...)..)..).........((........)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..((((......(((((((...((((((.(((....)))...(((((....(((((...))))).......(((....((((((((((...(((.....((((((.......)))))).)))..)))))))))).)))......)))))...))))))......)))))))...((((((..........))))))))))..))............((..(((.......)))..))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).....(((((((...((((((.......(((..((((((....))))))..))).................((((((((((.....((((..((((((.......)))))).)))).))))))))))...(((......)))...))))))......)))))))...((((((..........))))))....................(((((((.......)))))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.((((.....((((((((....))))))))......(((((....((((...............((((((((((...........((((((.......))))))......)))))))))).)))).....))))).....))))))))...((((((...((((((..........))))))..))))))............(((((((.......)))))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((......................................))))).))..)))...............)))))))))...((((......(((((..........))))).....))))...........................)))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))...((((........((((((.(((....)))...(((((....(((((...))))).......(((....((((((((((...(((.....((((((.......)))))).)))..)))))))))).)))......)))))...)))))).......(((..(...((((((..........))))))..)..))).....))))...((..(((.......)))..))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((........((.(((.((((.....((((((((....))))))))..((..(((((....(((...)))......(((.((((((((((...(((.....((((((.......)))))).)))..))))))))))....)))...)))))..)).)))))))))..((((((...((((((..........))))))..)))))).))).((.....((..(((.......)))..)))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..((((......(((((((...((((((((((....))))))((((....))))(((...((((.......(((....((((((((((...(((.....((((((.......)))))).)))..)))))))))).)))........)))).)))))))......)))))))...((((((..........))))))))))..))............((..(((.......)))..))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((.((.(((((((.(((((((((((((..(.(((.((((((..))))))....(((...)))..((((.....(((((((((..(...(((.(((((((.......)))))))))).))))))))))..))))))).)))).))..))))))).)...)))))))).)((((((..........))))))......(((((......).((.(......))).)))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))...............((((((.(((....)))..(((((....)))))......((...............((((((((((.......(...((((((.......))))))..)...)))))))))).............))...)))))).......(((..(...((((((..........))))))..)..)))............((..(((.......)))..))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))...((((........((((((.(((....))).((((((....))))))....((((.......(((....((((((((((...(((......(((((.......)))))..)))..)))))))))).)))........))))..))))))...((..(((..(...((((((..........))))))..)..)))))...))))...((..(((.......)))..))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((.(((....))).((((((....))))))....((((............((((....))))...........((((((.......))))))......((((((.....)))))).....))))..)))))).......((((((...((((((..........))))))..)))))).....))))...(((((((.......)))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...((((..(((.........)))(((....))).((((((....)))))).[[[))))............((((....))))...........((((.(((((((.....))))))).((((((.....))))))....)))).(((..]]])))((((.(((....))).(((..........))).....))))..))))........(((((((.......)))))))...

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RNA: ASE_00196

			AGGGGGCUGGUGACUUUCCCCUCUUUAAGAGGGGAGGAAGUUCCGCCCACCCCAUUUAUGGGCAGCGUCCCCUGAGAAGGGGCGGGAGAUGCAGCAGAAACGACACGGCUCCGGAAGAGAUGACGAUGAUAGUGAAAGUUGAGGACUUCCGGAGAACCGGUGAAACGGGCAUCUCCCCUGCCCGGGGUGCAAGCCGGUUUCGGCGCUUAGCCGAAUGUCACCGAAAUUACAGAAGGCGGGCUAUAGCCCCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((((...)))))))....[[[.[[[[[(((((......(((((((.(.(((((....))))))((((((((((............((((((((((((..............((....))......)))))))))..)))........))))))))))))))))))))))...((((....))))............))))))............]]]]]]]]..))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((((.....))))))))).(((.(((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((................(((((((((....(((.............))).....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....((((((((((...)))))))))).(((.(((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((..........((.((((((((((((....(((.............))).....)))))))))..))))).......))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((.......)))).....(((.(((((((((........((((((())(((((....))))).......((((............(((((((((((..............................))))))))..)))........)))).......)))))..))))...((((....))))..............................))))))))..))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((......((((((.(.(((((....))))))(((((((((.............((((((((((((....(((.............))).....)))))))))..))).........))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))....)))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((...(...............).....)))(((((.((...................((((....)))).......((((.............((((((((((((............................)))))))))..))).........))))..............))..............................................)))))....)))))))).
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((((...)))))))))..))))(((((((((((......((((((.(.(((((....))))))(((((((((....(......(.((((((((((((...((((.............))))....)))))))))..)))).....)..))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))..)))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((........(((.(......)))).......(..((((.............(((((....((((....)))).............................((((.............(((.......)))........)))).......................)..)))).......(..(........))...............................)))).)..)))))).)))
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....((((((((((...))))))))))....((((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((................(((((((((...((((.............))))....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........))))))...)))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....((((((((((...)))))))))).(((.(((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((..........((.((((((((((((...((((.............))))....)))))))))..))))).......))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((....((..((((.((...).))))).))..((.(((((.................(...(((((....))))).......((((............((((((.((((........((............))......)))).)))..)))........))))......)........(((............)))..............................)))))))..)).))))))
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....((((((((((...)))))))))).((.((((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((.............((((((((((((....(((.............))).....)))))))))..))).........))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....((((((((((...))))))))))....((((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((.............((((((((((((............................)))))))))..))).........))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........))))))...)))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((((bbb))))))))))..((cccccccccccccc((.<<<<<<<<<((((((.{{.))))).ddddddddd.)).....cc...((.((((((((()>>>>)>>.BBB..[[[[[[[[[[....)))))))))ccccccc....)).DDDDDDDDD>>>)CCCCCCCC]].CCCCCCC(((((]]]].)))))..)))))CC...]]]]....CCCCCC}}.)))))))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((.......)))))((((...)))..(((((........((((((())(((((....))))).((....((((.......((...(((((((((((............((.......)).......))))))))..))).(...))))))).....)))))))..))))(..((((....)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((.......)))))((((...)))..(((((........((((((())(((((....))))).((....((((.......((...(((((((((((............((.......)).......))))))))..))).(...))))))).....)))))))..))))(..((((....)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((((((((((.....)))))))..)))))(((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((................(((((((((....(((.............))).....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))....)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(...((((((((((...)))))))))).((.((((((((((((......((((((.(.(((((....))))))(((((((((..........((.((((((((((((...((((.............))))....)))))))))..))))).......))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........))))))))))))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....((((((((((...))))))))))....((((((...((((....))))..(((((.((((........)))).)))))................(((((((((............................)))))))))...((((((..((((((.......))))))..............((((((.....))))))..))))))...........))))))...)))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((.......)))).....(((.(((((((((........((((((())(((((....))))).......................(((((.(((((..............................))))).))..)))...................)))))..))))...((((....))))..............................))))))))..))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....(((((((((.....))))))))).(((.(((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((................(((((((((....(((.............))).....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((.(((((((((((((...))))))))..))))))))))).)).(((((.(((((((...(((((....))))).(((((((((................(((((((((....(((.............))).....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........((.((((....)))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....(((((((((.....))))))))).((.((((((((((((......((((((.(.(((((....))))))(((((((((................(((((((((....(((.............))).....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..((((((((((((...))))))))..)))).((((((.((((((..)))))....(.((((((..)))))))(((((((((.((.(.(((..(((((((((((((...(.(((....))).).((.((..)).))))))))))..)).))))))))))))))))))(((.((((.((...))))))(((((((((..........))).))))))...))))))))))...))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((......(((((((((...)))))))))..((..(((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((.............((((((((((((....(((.............))).....)))))))))..))).........))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........))))).)).)))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((......((((((((.....))))))))..((.((((((((((((......((((((...(((((....))))).(((((((((................(((((((((....(((.............))).....)))))))))..(((......)))))))))))))))))))))))).....((((((((((.....))))))....))))...........)))))))).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.......(((((((((.....))))).)))).....(((((.........)))))..(((((((......))))..((((....................))))..........)))...........(((.....))).((((....)))).....((((((.......)))))).......((((...((((((.....)))))).(((...............))).))))..))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((....((((((((.....))))))))........(((((.........)))))..((((((((....)))))..((((....................))))..........)))....[[[[...(((.....))).((((......((((....<<<)))).((((..>>>))))...{{{))))..(((((.}}}.))))).[[[[)))............]]]].]]]].))))))).

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RNA: ASE_00205

			UAGGGGAGCCUAACAGGGGGCCACGGGAAACUGGGGAAACUCCAGCCUCUCGCCCAGGGGGAGUCCCGCGAGGGACGGGGUUAGGUGCUCCGACAACUGCACAGAAACGAGACCUGCGGUGGGCCAGAUGAAAAUGAUCAUUUACCCCAUCUGGCGACGGAUGGGAGGGUGUGAGAGACCUAUCGUGGGUUGAAACGGCAGAUCUCCCCUUGAGCAAGUAGGGGAGGAUAGGGCAAAAUGACUCCCCUGAUACGCAGAGCCUAAUCCCCCAAGUACAGAAGCUGGGUUAUUGUUAGGCUCCCCU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((...(((....)))....[[[.[[[[[((((.{{{{.((.((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((............(((((((((((...............((.....((((((((....))))))))....)).......)))))))))))........)))).))))).))))))...((.((((((((...}}}}))....))))))....))............)))))).........]]]]]]]]...)))))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..((((((...))))))..)))))..((((((..(((((....)))))..(((((..(((((......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))))))).........)))).....(((.(((......))))))...)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((..........((....)).....(((.((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((............(((((((((((.......................................................)))))))))))........))))...)))))..)))...((..(((((...............))))).....))...........................))))))))...)))))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((....(..(((((..((((((...))))))..)))))....((....(((((....)))))((((((((((.(........((((..........(((((((((((((.(...((........)).....((((((((....))))))))...........).)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))..((((...........))))........).))))))))))))...............)...)))))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((...................(....).(((((................(((((....)))))(((((.....))))).....((((...(......(((((((((((((......................((((((((....)))))))).............)))))))))))))....).))))..(((((((.........)))))))......................................................))))).....))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((.(((......(((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((..........(((((((((((((...............((((...((((((((....))))))))..)))).......)))))))))))))............(((((((.........)))))))...((((...........)))).....)))).......))))))......))).)))))))).)))))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((..((((.(((((..((((((...))))))..)))))..((((....(((((....)))))((((((((((.((.((....((((.(.(......(((((((((((((.(...(((......)))(((..((((((((....)))))))).))).......).)))))))))))))....)))))).((((((((.........))))))))..((((...........))))....)).)).))))))))))))..((......)))))))).)))))))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((.........((((()))))......(..((((..........(((((.(((((....)))))(((((....)))))..............................(((((.............(..................)..................)))))........................)))))..............((..((........)).)).....................................)))).)...))..))))).)))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((..(((....))).(((...))).)))))..((((.(((((((((((....)))))(((((((..(((((......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......)))))).(((......)))))))..)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((..((((.(((((..(((((.....)))))..)))))....(((((((((((....)))))(((((((..(((((......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......)))))).(((......))).)))).)))))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((........(((...(((((.....)))))...))).....(((((.(((((....)))))((([[[[[[[[[))).....((((..........(((((((((((((......................((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))..(((((((.........)))))))......]]........................]]]]]]])))))...................)))))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((.(((((.(((...((..((((..)))).))..((.(((((..........(((.((.((((....)))).(((((.....))))).......((............((.((((((((......................(.((((((....)))))))..............)))))))).))........)).....)).))).......(.((..(((...............)))......)))...........................)))))))..))))).))).)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..(((((.....)))))..)))))..(((((((((((((....))))((((((.....))))))....((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))..))))))))).((...((((((((...............))))))))....))...)))).....(((.(((......))))))...)))))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((....(((((..((((((...))))))..)))))[[[[[.....(((((....)))))[[[[[[[[[[[[[[......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))....))))).]]]]]..((((((((...............))))))))..........]]]]]]]]].............]]]]].....)))))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((....)))((((...)))...(((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((...(((((((((((...............(((...............)............)).......))))))))))).(...))))))).)))))))..)))(..((..(((((...............))))).....)))(...).....)))))))...((........)..)...)))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((....)))((((...)))...(((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((...(((((((((((...............(((...............)............)).......))))))))))).(...))))))).)))))))..)))(..((..(((((...............))))).....)))(...).....)))))))...((........)..)...)))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((....((.(((....)))))..(((.(((((.(((......(((((((((((....)))))(((((((..(((.((.....((((..........((((..(((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......))))))......))).)))))))).)))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..((((((...))))))..)))))..(((((((((((((....))))((((((.....))))))....((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))..))))))))).....(((((((((...............)))))))).).......)))).....(((.(((......))))))...)))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.......(((((..((((((...))))))..)))))....(((((((((((....)))))(((((((..(((((....................(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))...........((((((((.........))))))))...)))))...)))))))...................))))))...................)))))))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((..........((....)).....(((.((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....................(((((.(((((.......................................................))))).)))))...............)))))..)))...((..(((((...............))))).....))...........................))))))))...))))))).)))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..(((((....).))))..)))))..((((((..(((((....)))))..(((((..(((.((.....((((..........((((..(((((((.(..((....))..((((...(((((((((....)))))))).)...))))..).)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))))))).........)))).....((((.((......))))))...)))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((...(((....)))((....))))...((((((..((((((..(((((....)))))..(((((..(((((......((((..........((((..(((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...)))))))))))...)).))))))((((((....(((......))))))))))))))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((..(((....)))((....))...)))))).((((.(((((((((((....)))))(((((((..(((.((.....((((..........((((..(((((((.(((((((......))))))..((((((((....))))))))...........).)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......)))))).(((......)))))))...))))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.(((((.(((.(.((((((...))))))..((((.((..))))))(((((...).))))((((((((((.(((..(((((((..)))))))))...(((((.(..((((((((.(((((..)))))....)))))))).((..).(((((....(((....((((((...................(((((((...((..)))))))))))))))...)))...))))))....))))))))))))).))))(..)...).)).).)))))))))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((........((((..((((.......))))..))))...........(((((....)))))..(((((..(((........((((..........((((..(((((((.....................(((((((((....)))))))).)...........)))))))..))))......)))).((((((((.........)))))))).....)))...))))).............................(........).......)))))))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..(((((....).))))..)))))..((((((..(((((....)))))..(((((..(((((......((((..........((((..(((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))))))).........)))).....((((.((......))))))...)))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....))).......((((........(((((.....))))).(((((.......))))).(((....))).((((((.....))))))...((((((.............)))))).)))).(((((......)))))...((((((((....)))))))).((((.......)))).((((........))))....((((((((.........)))))))).(((((...........))))).......(((((((((..((((.((......)))))).....)))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....))))...(((((((..((((..(((((.....))))).(((((.....))))).(((((....)))))(((.....<<<<)))....(((>>>>..........{{{..)))}}}..((((((......))))))..((((((((....)))))))).((((.......)))).((((........))))......))))....((((..(((((((([[[.[[[[.......)))))))).........]]]].]]].((((.((......))))))....)))).))).)))).

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RNA: ASE_00209

			AACCGAAGGGCAGCUGACGGCCCAUUUUUGGGCUGAGGAAACUCCACCCAUCAUACAGAACCGCGGUGCCGUGAGGCAUCAGCUGAGAGGCUGGACCCUGGAGCAGAAACGACACGUCUUCUGGUGGAUGAUAAUGAAGCUUCACCCUUAAAGGAGCAGACUGACACCAGGAGGACCGGUGAAACGGCCAUUCCGCGGGAUGCAAGGACAAAUACUGCCUGUGAUUACUGUAGGAGGCAGAGGUAGUCCGCCGAGAUGAAUGCUGCCGAAACAGAAGGUGGGUUACUCUCGGCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((((....)))))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............(((((.........))))).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..]]]]])))))))).....))))............)))))).........}}}}}}}}.)).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((....))..(((((.((((((....)))))).((....))..(((((((.(((((..((((((.(((....)))..(((((....)))))...(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))...(((.(........)))))))))....((((....(((((.....(((......))).....)))))...))))..))))))).....))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.(((.......(((((((....))))))).......)))(((((((.(((((..((((((.(((((.(((..((((((....))))))..))).............((((((((((((((............(((((.........))))).......))))).))))))..)))..)))))....))))))...(((...........))))))))....((((....(((((..((..((.........)))).)))))...))))..))))))).....))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((........)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((........................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).)).))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((....)))))))((....)).................((((((((((....))))((((((....)))))).....................(((((((((((............(((((.........))))).......))))))))).))................)))))).......((((.....((((((..............)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))).
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Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(((((........)))))......(..((((............((((((((((....)))))(((((....)))))..........................(((((..............((..(.........)..)).........)))))......................)))))..................(((................)))......................................)))).)...)).))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..[[[...)))).....((((..(((....)))..)))).....]]]......((((((....))))))........(((((...(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).[[[.........)))))..]]]((((................[[[[[[.......))))...]]]]]].((((((..[[[[[[[.....))))))...................]]]]]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((.((((..(((((((....))))))).))...))...))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((....))........((((((....))))))(((....)))................((((((((((....))))((((((....)))))).........(((...........[[[[[[[[[............(((((.........)))))...))).]]]]]]]]]..(((......))).....)))))).......((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))).
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..((((((...(((((((....))))))).......(((...((((........((((((.(((((......((((((....))))))...((((...............((((((((((............(((((.........))))).......)))))))))).))))....)))))....))))))))))...)))......((((((..............)))))).[[[[[[[[[[[.........)))))).........]]]]]]]]]]].))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((........)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((.............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))...((........)..).)).))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((((........)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((.............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))...((........)..).)).))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((....))..(((((.((((((....))))))(((....))).(((((((.(((((..((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))...((.((........)))))))))....((((....(((((.....(((......))).....)))))...))))..))))))).....))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.......(((((((....))))))).(((...))).)))...........((((((((((....))))((((((....))))))..(((((..(((..(((...))).....................(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...)))))).......((((.....((((((..............)))))).....))))((((((((.(((.(((((.........))))))))).))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((...(((((((....))))))).............((((........((((((.(((((......((((((....))))))..(((((.............(((((......)))))........(((((.........))))).........)))))............)))))....)))))).......((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...))))))...........((((.....))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..........((((........)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((........................................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).)).))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((((...(((((((....))))))).((.....))...((((...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).....))))...)))))).........))).((......))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((((((....))))((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((......))((.((((((((....)))))).)).)..(((((..(........)...(((((..)))))(((.((((((((..))))))))))))))))...).(.(((..))).)((((((...............(((.(((......)..).).))))))))).(..)(((((..))))).(((........)))..)((((.((..(((((((.(........).)))))))...))))))(((((((((....((((((.......))))))...))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((....))))))(((....)))................((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...)))))).......((((.....((((((.(..........).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((........)))).....((((.((.........)))))).............))).(((....))).((((((....)))))).........(((((((.....)).)))))...............(((((.........))))).......((((.((....))))))...(((.(((((....)))))...((((.....((((((..............)))))).....)))).)))........((((((.........)))(((.....)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((........)))).....((((.((((....)).)))))).............))).(((....))).((((((....)))))).(((.(((.((((.......[[[[[))))..]]]]]...(((..(((((.........))))).......((((.((....)))))).......))))))...(((((((.((.((.....))))))).....((((.....)))).....)))){{{{{{{........(((.........))))))....}}}}}}}.

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RNA: ASE_00210

			AGGGGGCUGGUGACUAUCCAAUUGGGAGGAAGCUCCGCCCACCCAUUAUGUGCAACAAUCCCGAGAGGGAUUGAAUGGGGCAUAGAAACGACACGGCCUUAAAACAGAUGACGAUGAUAUCCGAAAAUUGAGGAGUUUUAAGGAAUCGGUGAAACGGCCCCAUUCUGCACGGGUGCAAGCAUUAGCGUUUAGCUGAAUGUCGCCGAAAUUACAGAAGGCGGGCUAUAGCCCCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((...((.....))....[[[.[[[[[(((((...(((((....((((((....))))))(((((((((............((((((((((((.............((......))......)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((....))............))))))............]]]]]]]]..))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....(((((...((((.((.........)).))))....(((((..((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..((....))....(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))..(((....((((((....))))))((((............)))).))).)))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(((()))).....(((.(((((((((......(((((...(((((....)))))......((((............(((((((((((...............................))))))))..)))........)))).....))))).))))...((....))..............................))))))))..))))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........((....))(((....)))(((.(((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((((((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((((((((.....)))).))))...(............)))).....)))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.......................((.((((((((((.....(((((...(((((....))))).(((((((((............((((((((((((.............................)))))))))..)))........))))))))))))))))))).........................................)))))))...))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((.(((....))).))..((.((((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((.(((((((((.......(((...........))).....)))))))))...))........)))))))))))))))))))...(((((.((.....))..))))...).............)))))))...))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.......)((..))((((....))))((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((((((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((((((((.....))).)))))((((............)))))))..)))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((........(((()))).......(..((((...........(((((...((((....)))).............................((((...........((.(........))).......))))........................)))))..........(.(()).).............................)))).)...))))).)))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...............((((....))))((((........((((((..................(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))((((...((((((((.....))).)))))))))...............))))..)))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....)))))..(((.((((((((((.....(((((...(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((((((((.....)))).))))................)))))))).)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((................((((....))))((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((.(((((((((......((((....[[[....)))).]]])))))))))...))........)))))))))))))))))))...((((((((.....))).))))).(((............))).)))...))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((....((..(.......).))..((.(((((..............((..(((((....))))).......(((............((((((.((((..............((......)).......)))).)))..)))........))).....))..................................................)))))))..))).)))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((....)))....(((.((((((((((.....(((((.(((((((....)))))))((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))).))))))))))...((((((((.....)))).))))................)))))))).)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...............((((....))))((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((..........(((..(((((((((..............(((.........)))))))))))).....))).....)))))))))))))))))))......(((((.....)))))....((((............)))))))..)))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((()))).((((...)))..(((((......(((((...(((((....))))).((...((((.......((...(((((((((((............(((......))).......))))))))..))).(...)))))))...))))))).))))(..((....)))(...)..)..)))))))......((........)..)..))))))))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...(((()))).((((...)))..(((((......(((((...(((((....))))).((...((((.......((...(((((((((((............(((......))).......))))))))..))).(...)))))))...))))))).))))(..((....)))(...)..)..)))))))......((........)..)..))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....))))).)))))))............)))))))).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((....)))....(((.((((((((((.....(((((.(((((((....)))))))((((((((.......(((.....(((((((((......((((....[[[....)))).]]])))))))))..)))........)))))))).))))))))))...((((((((.....)))).))))................)))))))).)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...............((((....))))...((((.....(((((..(((((((....)))))))......)))))............(((((((((......((((...........))))....)))))))))....))))....(((((..(((((....((((......(((((.....)))))....)))).......)))))...))))).)))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.........(((()))).....(((.(((((((((......(((((...(((((....)))))......................(((((.(((((...............................))))).))..))).................))))).))))...((....))..............................))))))))..))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.((.........((((....))))...(((((.....((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))))))))..))))).......(((((......((((............))))))))))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...............((((....))))((((.((.....((((((..((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((.(....).......(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))((((...((((((((.....))))).)))))))............)).))))..)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..(((.(((........)))))).((((((((((.....(((((..(((((((..)))))))(((((((((..(((((((((...((((((((((..............((((.......))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))(((((......)))))(((((.(........).)..)))).)))))...))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....(...((....))...).(((.(((((..........(((((..((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((.....)))...(((.((((((((((.....(((((.(((((((....))))))).(((((((.......(.......(((((((((.............................)))))))))....)........)))))))..))))))))))....(((((((.....))))).)).................)))))))).)))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....)))))..(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.(((.........))).((((....))))))))...((((........(((((((....)))))))..((((((..............)))))).....)))).((((...........))))....(((.....((((.((..........)))))).(((....))).))).(((((.....))))).....(((............)))((((....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.........))).((((....))))(((((((((((..[[[[[.(((((((....)))))))..((((((..............)))))).....)))).((((...........))))....((((....)))).)))).....((((.....]]]]]))))....((((((((.....)))).)))).(((............))).)))...))))))).

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RNA: ASE_00213

			AGGGGGCUGGUGACUAUCCAACUGGGAGGAAGCUCUGCCCACUCAAUUACGUAGAUUUCCUGAGAAGGAAUAAACAAAGUAUAGAAACGACACGGUUCCAAAAAAUAUGACUAUGAUAUUUUAAAAUUGAGGAUUUUUGGAAAAUCGAUGAAACGACUUUGUUUUGCGUGAGUGCAAGCAUUAUGCGCUAAGCUGAAUGUCACCGAAAUUACAGAAGGCAGGCUAUAGCCCCCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((...((.....))....[[[.[[[[[(((((....(((((.(.(((((....))))))(((((((((............((((((((((((.............(((....)))......)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((.....))............))))))............]]]]]]]]..))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((....))).)).(((.((((((((((....(((((((.(((((....)))))...(((((((.......(((.....(((((((((.............................)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...(((((..((.....))..)))))................)))))))).)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((........(((((((....))).)))).(((..(((((((..(((((....)))))..((((((((.......(((.....(((((((((....((...(((....)))...)).....)))))))))..)))........)))))))))))))))((((((.......))))))....)))..))))))........((........))..))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..........(.....).....(((.(((((((((....(((((....(((((....)))))......((((............(((((((((((...............................))))))))..)))........))))......)))))))))...((((.))))..............................))))))))..))))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((......................((.(((((......(((((((....(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((.............................)))))))))..)))........))))))))).)))).((((((.......)))))).................))).......)))))))..)))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.....................(((.((((((((((....(((((...(((((....))))).(((((((((...(...(....((((((((((((.............................)))))))))..)))..)...).)))))))))))))))))))..........((.....)).......................)))))))).)))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((.(((....))).))..((.((((((((((....(((((...(((((....)))))..((((((((............((((((((((((.............(((....)))......)))))))))..)))........)))))))).))))))))))...(((...)))..............................)))))))...))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....)).))).(((.(((((..((.((((.((..((((((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((.((.........))...............)))))))))..)))........))))))))).((...((((((.......))))))..)).....)))..)).))))..))..)))))))).)))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((........(((()))).......(..((((..........(((((...((((....)))).............................((((...........((.(........))).......))))........................)))))..........(.((.)).).............................)))).)...))))).)))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((....)))....(((.(((((.......(((((((((.(((((....)))))...(((((((.......(((.....((((((((((((....)))....(((((....))))).)))))))))..)))........))))))))))))))))(((...(((((.............)))))))).............)))))))).)))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....)))))..(((.((((((((((....(((((...(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((.............................)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...(((((..((.....))..)))))................)))))))).)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((..................[[[.[[[[[.................(((((....))))).(((((((((............((((((((((((.............................)))))))))..)))........))))))))).......(((((.......)))))............))).............]]]]]]]]..))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((..(.......).))..((.(((((..................((((....)))).......................(((((((((((..............(........).......))))))))..)))........................(((.........)))..............................)))))))..)))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....))).)).(((.((((((((((....(((((...(((((....)))))..((((((((.......(((.....(((((((((((((.......))))..............)))))))))..)))........)))))))).))))))))))...(((((..((.....))..)))))................)))))))).)))))))).
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...((.....))((((...)))..(((((....(((((....(((((....))))).((...((((.......((...(((((((((((..............(((....))).......))))))))..))).(...)))))))....)))))))))))(..((((.)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..))))))))
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...((.....))((((...)))..(((((....(((((....(((((....))))).((...((((.......((...(((((((((((..............(((....))).......))))))))..))).(...)))))))....)))))))))))(..((((.)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..))))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....))).)).(((.((((((((((....(((((...(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((.........(((....)))..........)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...(((((..((.....))..)))))................)))))))).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(.....(((....)))....(((.((((((((((....((((((..(((((....)))))..((((((((.......(((.....(((((((((((((.......)))))..............))))))))..)))........)))))))))))))))))))...(((((.............)))))................))))))))))))))))).
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....))).)).(((.((((((((((....(((((...(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((.........(((....)))..........)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...(((((..((.....))..)))))................)))))))).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..(((.(((........)))))).((((((((((((...(....).((((((..))))))(((((((((...((((((.((.((((((((((((....(....................)...))))))))))..)))))))))).)))))))))..)))))))..((((...))))....(((((.(........).)..)))).)))))...))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....(...((....))...).(((.(((((........(((((((..(((((....)))))..((((((((.......(((.....((((((((...............................))))))))..)))........)))))))))))))))........((....((.....))....)).................)))))))).)))))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((.(((....)))))..(((.((((((((((....(((((...(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((.............................)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...(((((..((.....))..)))))................)))))))).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((((.......((((....)))).........(((.....))).((((....))))...........))))......((((.(((((((((.(((.......))).((((....))))..))))))))).......((((((....)))))).)))).(((((.......)))))..(((....((((...............)))).)))..))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.........)))..(((....))).(((......(((.....))).((((....))))..........(((((........<<<<.((((....[[[..)))))]]].((((....)))){{{{{)))).}}}}}.....((((....)))).((((....)))).(((((..((.....))..))))).>>>>...........))).......))))))).

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RNA: ASE_00222

			GGGAGAGAGAGCCCGGCUGCCGCGGGCGUCGUGCGACGCGCGCGAGGAAAGUCCCCCCACCUGUUCGGGCAGGUGACCAGACGCAAGUCCGGGGCGGGAGACCGCUGGCUCUGGAACAGAAACGACACGUCUCGGCCCGACCGAUGAUGCGUGCGAACCCGACCGCGAGGAAGGGGAGUUGACCCGCAGAGGGAGUGUGGUCGGUAUCCCGUGGUUCGAAUCCACGGAUUGCGAGCGCGGUUCGACGCGUCUCUGACGCGGGACCCGCGACCGAGUGCGACGGCACGAGCCGUCGAACACGCACGGCGCGAUUGACCACACUGAGACGGCCGAGGAGCGAUGGAACGGCGAACCCUCACCGGUGCAAGUCCGUGCCGUGGUAGCCCGAACAUCUCGCGGCUCCGCCGCGAACGGCGCGGACGCUUAGCCGAAUGCUGGGACGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCACCCGUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((...((((((((((....))))))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{{{.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((.........((((.((...(((..((....))..)))..)).....)))).....((((((((((((...((((((.......))))))..((((..((((((((..((((((...))))))))))).))).((((((((((((((....)))))))....)))))))))))))))))))))))....))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((......}}}}}}}}...(((((((...)))))))..)))))))))............))))))..........]]]]]]]].)).)))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.....((..((((.(((((....))))).)))).)).((((((((.(((((((....)))))))..(.(((....))).).(((((....)))))...((((.(((.....((((.((((((((.....)))).)))).)).))..(((..((....))..)))..)))..(((((((((((((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).))))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).....)))).)))))))).))))))))......))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...)))))))...((((((((....(((((((.((((((((.....(((...((((((((((.......)).))))))))..........((((((((((((...((.....((((..(((.(((..((....))...)))..)))...))))..)).((((((((((((...((((((.......))))))...(((..((((((((..((((((...))))))))))).))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).)))))))))))).....)))))))..))).)).....))).....)))))..)))..(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).((((((.....)))))).)))))))..))))))))....))))).)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..........((((..............)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((............................................................................................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((....................................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...........((((.(((((....))))).))))....((((((((....(((((((.....((((((.(((....))).))(((((....)))))...((((...)))).........((((((((....(.....((((......(((..((....))..))).........))))..)..((((((((((((...((((((.......))))))..((((..((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...))))))))))))))))))).....))))))))....................))))((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..........)))))))..))))))))....))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........((((.((..........)).))))....((((((((....................((.(((....))).))(((((....)))))........................(((((((....................((...((....))...))........................................................................................................................................................)))))))..........................(((....(((((((((....................................))))))))).....)))....................)))))))).)).))))).)))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((........(((((.(((((....))))).)))).)..(((.(((((((((..........(((((((.(((....))).)).((((....)))).((...(.(.............((((((((((...((.....((((......(((..((....))..))).........))))..)).((((((((((.....((((((.......)))))).......(((.(((((..(((((.....)))))))))))))......((((....))))..(((((.........)))))....).))))))))).....))))))))..)).........).)..)))))))))))...(((((((((((.((.......))...(((((((...)))))))))))))))))).((((((.....))))))..........)))))))).)).))))).)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...........((((.((((((())))))).))))((..((((((((....(((((((((((.((((((.(((....))).))(((((....)))))...((((...)))).......(.((((((((...((.....((((.((...(((..((....))..)))..)....).))))..)).((((((((((((((.((((((.......))))))))((((..((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...))))))))))))))))))).....)))))))).)..................))))((((((..(((((((((((((....)).......(((((((...))))))))))))))))))))...))))..))))....)))))))..)))))))).)).))))).)))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........(.(.((..........)).).).......(..((((..............(((((..((((....))))..(((((....)))))...............................................................(.....................)...................................................................................................................................................................)))))..................(((........).))........................................................)))).)...)).))))).)))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((...)))..((((.(((((....))))).))))....((((((((.(((((((....)))))))....(((....)))...(((((....)))))...((((.(((....(((...((((((((.....)))).))))))).....(((............)))..)))..(((((((((((((((((((((((...((((((.......))))))..((((..((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))))))))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....((((((((((((((.........)))(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).....)))).))))))))....))))).)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......)))))..((((((...)))))).((.((((((((.(((((((....))))))).((.(((....))).)).((((....)))).(..((((...))))..).((.((((((((.....)))).)))).))((...(((..((....))..)))..)).(..(((..((((((((((((((.(((..((((((.......))))))..)))......(((((..((((((...)))))))))))((((.(((.((((((((((....)))))))....))).)))))))...)))))))))......((((.............))))...)))))..)))..)..(((((((((((((....))........((((((...)))))).))))))))))).((((((.....))))))..........)))))))).)).))))).)))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......)))))(([[[[[[)).]]]]]]....((((((((.((({{{{{{{.....))).((.(((....))).))(((((....)))))........................(((((((..........((((..((..(((..((....))..)))....))...)))).....((((((((((((...((((((.......))))))...((....(((((((..((((((...))))))))))).))..(((.((((((((((....)))))))..)))...))).)).)))))))))))).....)))))))..........................(((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).<<<<)))......>>>>.}}}}}}}..))))))))....))))).)))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....((..((((.((..........)).)))).))..((.(((((.................((.(((((....)))))..((((....))))......................((((...((((......................................................................................................((......))............................................................................)))).))....))................))..........((((..............................................))))............................)))))))..)))))))))))....)
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...))))))).(.((((((((....(((((((.(((((((.((...(((...((((((((.((......)).))))))))...............(((((((....(........)......(((..((....))..))).......(((.....)))((((((((((((...((((((.......))))))...((...((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).))).)).)))))))))))).....)))))))..)))..)).............))))..)))..((((((((((.((....)).......(((((((...))))))).)))))))))).((((((.....)))))).)))))))..)))))))).)..))))).)))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...)))))))...((((((((.(((([[[[[[[[[.))))............((((((((............))))))))............(((((((((...((((....((((((((........)))).................))))(((((((((((((((.....((((((.......))))))((((((..(((((.....((((((...))))))....))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))))))))))))))))......((((.............))))...)))))..))))....(((((((((((....]]]]]]]]]..(((((((...))))))))))))))))))............))))))))).......))))))))....))))).)))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((..............)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.........................)........))...........................................................................................................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((....................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((..............)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.........................)........))...........................................................................................................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((....................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((.((((.(((((....))))).))))......(((((..(((((((....))))))).(((..(((...((((((((((....)))))....)))))..............((((((((...((.....((((..(((.(((..((....))..)))...)))...))))..)).((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))).)))))))))))).....)))))))).))).)))..((((..(((......)))....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))......)))))...)))....))))).....))))).)))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...)))))))...((((((((.((([[[[[[[.....))).(((..(((...((((((((............))))))))..............((((((((.(..................(((............))).......(((.....)))((((((((((((((.((((((.......))))))))......((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))....))))))))))))....))))))))).))).)))........................(((((((((((...............(((((((...)))))))))))))))))).((((((.....)))))).]]]]]]]..))))))))....))))).)))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........((((..............)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((............................................................................................................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((....................................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((.((((.(((((....))))).))))......(((((..(((((((....))))))).(((..(((...((((((((((....)))))....)))))..............((((((((...((.....((((.((((.(((..((....))..)))...))).).))))..)).((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).)))))))))))).....)))))))).))).)))..((((..(((......)))....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))......)))))...)))....))))).....))))).)))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((............(((.(((((....))))).)))(((..((((((((.(((((((....))))))).((.(((....))).))(((((....)))))...((((.(((.....((((.((((((((.....)))).)))).)).))..(((..((....))..)))..)))..(((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....)))).)))))(((......)))........)))))))..((((.(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))))))))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).....)))).)))))))).)))))))).)))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.(((.((((.((((((((((..)))))(........)((.(((((((((((((....)))))))((((((((..))))((((((...)))))).)))).((...))..(((((.(((((((((.((..))))).))..)))))))))(((......)))).))))).))..)))))))).(..(((((((((((...((((.((((((((((..))))).))))))))).((.(((((((...)))))))))..((((.((((((((((((((....)))))).).))))..))))))))))))))))))..).))))(((.((........)))))..(((((((.(((((.((((((((((((((.........((..))(((((((...)))))))))))))))))..)))))))).....((((...)))).))))))))...)))))))).)).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((............(((.(((((....))))).))).....((((((((....(((((((.........((.(((....))).))(((((....)))))...................................................(((..((....))..)))..................((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).)))))))))))).....................................((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..........)))))))..))))))))....))))).)))....
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: ASE_00346

			UAUGGGAUCCCUAGCGGGGGUAACGGGGCAAACCCUGAGGAAACUCCGGCCUCCAACCCUUACAAGAACCCCGUAAGGGGUAGGGAUAGAAUCCCUGGCUACUACACAGAAACGAAGCCCUAAUACUAGAUAGAUGAUUGGACCUACUAGCAAGUAAUUGCUAGUAGUACAUGAUAGAUGAAAGUAUUAGGGCUUGAAACGGUAGACCUCUUGGGAGCAAGUUGAAGGGGGAUGAGCAAAGGGUUGACUCCUUAUAGUACGCUUAGUCGAAUCCCCUCAGUACAGAAGCCGGGUUAUGCUAGGGAUCCCUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((...(((((....)))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{.((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((...........(((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))........)))).)))))))))))...((...((((((..(((..}}}}}}))))))))).....))............)))))).........]]]]]]]]..))))))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....))))))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((..(((((....))))).(((...))).)))))).((((...((((((((((....)))))((((((...))))))..(((((............((((((((((((..((.......((...((((((((((....))))))))))..))......))...))))))))))))......)))))...)))))...((...(((..(((((((.......((((..(((......)))..))))......))))))).....)))..)).))))...))))))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((...........(((((((((((.......................................................)))))))))))........))))...)))))))))...((...(((((.................)))))......))...........................))))))))...)))))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((..(((((....((....))...)))))))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))(((((((...........(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....))))).....(((....)))......(((((((...(.(((.....((........))...))).)....)))))))...........)))))))..))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((......................((....))..(((.................(((((....)))))((((((...)))))).....((((...(.....(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))....).))))......................((((((.....................................))))))...........))).......))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((((((((((((((.............)))).....(((.(((((((((........(((((.((((....)))).(((((.....)))))((...((((..........((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))).......)))).)))))))))))...((....(((((((.......((((..((........))..))))......)))))))....))....))))))))..))))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((..(((((....((....))...)))))))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))(((((((.....(.....(((((((((((((.........((((...((((((((((....))))))))))..))..)).......)))))))))))))....))))))....((((....))))(((..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))))))........)))))))..))))))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(...(.((((((........(((((....))))).........((((............((((((((((....)))))(((((.....)))))..........................((((........................(((....))).......................)))).....................)))))..........................................................................))))......))))))....))..
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((.((((.........(((((((((((((.(((.....)))....((((((((((....))))))))))..(((.....)))..)))))))))))))......))))....((((....))))((((..((((((.....(((.....(((......)))...)))......))))))))))......)))))))))..))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((.......(((((....)))))....(((.(((((.((((((.((..((((.(((((....)))))((((((...))))))(((((((...........(((((((((((((..((..((.((.(...((((((((((....))))))))))..))).))..))...))))))))))))).....))))).)).))))..))...))))..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))).......)).)))))))).)))))))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((((((.(((...((..(((((....))))).)).(((.(((((............(((((.((((....)))).(((((.....)))))......(((...........((((((.((((...............((.....((((....))))............)).......)))).))))))........)))....))))).......(.((..(.((.................))).......)))...........................)))))))).))))).)))))..))
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.[[[[[[...)))))........((((((((((..............]]]]]](((((((((((((...))))))..(((((...........(((((((((((((................((((((((((....))))))))))...............))))))))))))).....)))))))))))).)))).........(((((((..........((((((...............)))))))))))))..........))))))...)))))))))))))..
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((..(((((((((((...........(((...........................)))...........))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((...(((((.................)))))......)))(...)..)..)))))))...((........)..)...)))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((..(((((((((((...........(((...........................)))...........))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((...(((((.................)))))......)))(...)..)..)))))))...((........)..)...)))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((((((((((((..(((((....))))).(((...))).))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((.((((.......(.(((((((((((((.........(.((.(.((((((((((....))))))))))).)))..........)))))))))))))).....))))....((((....)))).....(((((((.....(((.....(((......)))...)))......))))))).........)))))))))..))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((.......(((((....))))).......((((((...((((((((......(((((....))))).........((((((.....((((.........(((((((((((((................((((((((((....))))))))))...............)))))))))))))......))))....((((....))))......)))))).....))))))))..........((((...................))))....))))))...)))))))))))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))....................(((((.(((((.......................................................))))).)))))...............)))))))))...((...(((((.................)))))......))...........................))))))))...))))))).)))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))...........(..((((....))))..)..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((((((((((((...(((((.......(((....)))..)))))..)))))((.....(((((....)))))............(((((((.((((.........(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))......))))....((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))).........))))))).)))))))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((...((((((((((....)))))((((((...))))))(((((((...(......)(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....))))).)))))))((.....((....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))....)).....)))))))..))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((..((((((..(((((.(((((....)))))))))))))))).((((((((.........)))))))).....((((...(((.((((.((((.(.(((((.((((((((((((((...((((....((..((((((((((....)))))))))).))...))))....)))))))))))))))))))))))...((((..))))...((..))(((((((.....((((((..)).))))(.(........))....)))))))((..))..))))))))..))))))))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((..............(((((((((((((............(...((((((((((....))))))))))..)............)))))))))))))..............((((....))))......((((((.....(((((.....))))).................))))))..........)))))))))..))))))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((.(((((....(((....))).((((.........))))..)))))..((((.(((((....))))).((((.....)))).((((...............))))......((((........)))).(((((((((((....)))))))).((((.............)))).))).))))...((((......((((....))))...((((((.................))))))...((((...................))))....))))......))))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((.(((((....(((....))).((((.........))))..)))))..((((.(((((....))))).((((.....)))).((((...............))))......((((........)))).(((((((((((....)))))))).((((.............)))).))).))))........(((((((((....))))...((((((..........[[[[[[[))))))...((((......]].]]]]].....)))).......)))))..))))))))))))..

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RNA: ASE_00359

			GAGGAAAGUCCACCCACCUGCUGAGCGCGCAGCCGUAUGCAAGUACGGGUGGCGAGAGUCACGGCUAUGGCACAGAAACGACACGGCCUGCCCCCAGCCAUGAUGCGAUCGAGUCCAUUCGUGGGCAAUGCGUCCGCUCCCAACAAGCGCGGAUGUCUCGCUGAUGCAUAAGGGUAGGUAGCGACGAAACGGUGAAUCCUGCGGGUGCAAGCCAAAACAGGGCAACAAGGCUGCUCAGUGCCUGCCCGGGUAUGGCGCGUAGCUGAAUUGCCGCACCGACAGAAGCGGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[[[.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............((((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((....(((.]]]]]]])))))))).....))))............................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....(((((((....(((...((((((....))))))..((((((.((((.((((..((((................))))...)))).))))........(((((....)))))...((((((((...........))))))))))))))..))).....))))))).((.......(((((....(((..(((....)))....)))(((((...((((((...((((((....)))))).....))))))...))))).)))))......)))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((............................................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((..................))))).....))))............................)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((.......))))((((((....))))))(((((....)))))................((...(.((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))..........)))))))).)...)).................(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....................((((((....))))))(((((....)))))........................(((((..................................................................................)))))............................................................................................................)))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((......((((.......))))((((((....))))))(((((....))))).......((............((((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........))))))))..))......(((((.....((((.......((((.....(((((....(((........)))))))).....)))).))))((......))..)))))......)).))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((......((((.......))))((((((....))))))(((((....)))))..........(.....((.(.(.((((((((...(.(((...((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))..))))....)))))))).).).)).....)...........(((((............(((((...((((((...(((((((((())))).)))))))))))...))))))))))(.......))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(..............(.....)(((((((((.(....).))))(((((....))))).........................(((((....(.....(................................((............)).................)..)))))).....................)))))................(((((..................)))))............................................))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).....((((((......(((.[[[..))).....]]](((((....)))))...((((((..............[[[[[[[[...))))))..((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........]]]]]]]].(((......[[[[[.....))).(((....))).......(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))).]]]]].....))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..........(((((.(((.(((((.(((...((((((((((((..((((.((((..((..(((...((...))..)))..)).)))).))))....)))...))))))))).)))..((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))....))))).....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))..))).)))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.....................((((((....))))))(((((....)))))(((....................[[[[[[[[...))).............(((((....)))))...((((((((...........))))))))...............]]]]]]]].........................................(((((...((((((...(((((...........)))))))))))...)))))..............)))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(............((..(((((...))....).).).)).(((.((((.((((....)))).......(((............((((((...(((.(.......................................((.......))......).))).................)))..)))........)))................((((.....(((((..................))))).....))))...............((..))........))))))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).....(((((....(((.((.((((((....)))))).)))))....(((.(((.....(..................)......))).))).........(((((....)))))...((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))..............(((..(((((............((((....((((((...((((((((....))).)))))))))))....)))))))))..)))..)))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((.[[[[[[..[[[[[[[[[[[[..........))))))........]]]]]]..(((((..........((((((((((......................((((((((((....((((((((...........)))))))).((((((...............)))))).............))))))))))............)))))....)))))....)))))((((..))))..]]]]]]..(((..............))).]]]]]]....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......................................).............)).........))))))))..)))......)))))).)))))))))))(..((((.....(((((..................))))).....)))))(...)..)..)..........((........)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......................................).............)).........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((..................))))).....)))))(...)..)..)..........((........)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).....(((((([[[(((.((.((((((....)))))).)))))...((((.((((.............................)))).))))........(((((....)))))...((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))..............(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..))).))))))]]].
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...(((((((..........(((((............(((((....))))).......................((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........)))))))).........))))).......))))))).............(((((...((((((...((((((....)))))).....))))))...)))))..............)))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((............................................................................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((..................))))).....))))............................)))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....((((.....(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))..)))).(((.(((..((((.....(((((....(((........)))))))).....))))..))).))).....((((..........)))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((..(((.((.((.((((((((....))))..(((((....))))))))).)))).)))...((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((....(......)(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.(.(.((((.((((((((((......)))))))((((((((((..))))))..))))).)))))......((.((.(((....))))).))(((((....))..)))..((((((((((((.(((.(.(..)(..).)))).))).((((((...((((.(((((((.(((((..((((....)))(((((((((...).))).).))))...((..)).)..)).))))))))))...))))....).))).)))))))).)))((..))))).)))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((..............((((((....))))))(((((....)))))................((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((..(((.((..((..((((((....))))))(((((....))))).))....)).)))...((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((.......))))((((((....)))))).((((....)))).((((..((((................))))...)))).....((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))...(((((....(((((..((.........))....)))))..))))).(((......(((((.......)))))..(((((....))))).(((.....))).......(((..........))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((..((((....<<<))))((((((....)))))).((((....)))).((((..((((................))))...)))).(((.>>>.))).(((((....))))).(((((((.(((.......)))((((.....)))).)))))))..)))).(((..........((((..(((..{{{)))...((((......bbb......)))).BBB.((((((}}}.))))))[[[.))).]]]......aaaa))))......AAAA.....

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RNA: ASE_00360

			GAGGAAACUCCACCCAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCGCAAAGAUGAAUGCUGCUAAAACAGAAGGUGGGUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............(((....))).......))))))))))...))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..]]]]])))))))).....))))...........................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..((((((((..((((..((((....))))((((((....)))))).((((((((((.......(((((((..........))))))).))))).....(((((....))))).......)))))..))))....((((...(((...............)))..))))..))))))))......((((((...((....))...)))))).........))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((...............................))))))))...)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).((((((((..........).(((((....)))))(((((....)))))..(((((............(((.((((((((((..(...(((.........))).....)..)))))))))))))))))).............(((((((.((.(((((.....))))).)).))))))).............................................)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....)))..((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).......................((((((((((.............................))))))))))....................))))).......((((.....(((((................))))).....))))...........................))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((.((((..(((...((((((....))))))...)))).)))...........((((((((((............((......)).......))))))))))....................)))))))))...((((.....((((.....(......).....)))).....))))...........................)))))))).
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((.........(((((((((....))))))((((....))))...[[[[[........))).....((((((((((......(((...............)))..))))))))))...]]]]].............(((((((.............[[[[[[....)))))))...]]]]]].....(((.[[[..)))...]]].............)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((.....(((((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((................((((((((((..((..((..((......))..)).))..))))))))))...)))))..))))...))).(((((((.((.(((((.....))))).)).)))))))..........((((((...((....))...)))))).........)))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((.............(((((....)))))(((((....))))).......................((((((((((......(((.........)))........))))))))))......................((((((.((.[[[[.....[[[[[[.)).))))))....]]]]]].....]]]]...........................)))))))..
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((........((..((((((....)))))).(((....))).))...(((.(((((..((..(((.((((((((((..((........((......))...))..)))))))))))))..))....(((((((((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..)).......)))).)))............)))))....)))..)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((........((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((................((((((((((.............................))))))))))...)))))..))))...(((.(((((((....(((((.....)))))....)))))))..))).....((((((..............)))))).........)))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..((((((((..(((((....((((((....))))))..........(((((................((((((((((.............................))))))))))...)))))............))))).......(((((.....))))).......))))))))......((((((..............)))))).........))))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((...............................))))).))...)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((........((..((((((....)))))).(((....))).))...(((.(((((..((..(((.((((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))))))..))....(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).)))............)))))....)))..)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....)).((((((((((........)))))).(((((..((((((((....))).(((((((..(((....((..(((.((((((((((..((........((......))...))..)))))))))))))..))......))).(((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))).....))).))))....)))))..)))))...........)))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((........((..((((((....))))))((((....))))))...(((.(((((..((..(((.((((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))))))..))....(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).))))))).((...)))..)))).)))............)))))....)))..)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((........)))))).(((((((..)))))))....((((((..((((((((...(((((((.((((((((((..(.........................)))))))))))))))))).(((((.(....((..)).((...)).))..))))))))))))..)))))).(((((((((((((((((......).))))))))))))))))...)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....))).(((((((..............((((....))))...(((....))).........................((((((((((......(((...((......))..)))..))))))))))..............((((...(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))...........))))..............................)))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..((((........)))).(((....))).((((((....)))))).(((((.((((.......(((((((((.....)).))))))).))))......(((((....))))).......))))).......(((((....)))))...(((((.....))))).......((((.....)))).((((((...((....))...)))))).........)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............((((..((((....)))).(((((....)))))..(((((....(((.....{{{{{{.)))........}}}}}}...........(((((....))))).......)))))..)))).(((((....)))))...(((((.....))))).((((..((((.....)))).[[[[[))))............]]]]].........)))))....

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RNA: ASE_00417

			UAGGCGAGGGGGCUGGGGGCUGUCGGGCUCGUACCCGAGGAAGUUCCGCCCACCGCACCGGGGCCGCGGUGCCGCAAGGCACCUCCCGAGAGGGAGGGCAACGGCACAGAAACGACACGUCCCUCGGGGGAUGUGGAUGAAAGCGGAGAAGGCUCCUGGCGACAGGAGCCGAGCUAACCCGCAGACAAUCCCGAGGGGAGCGGUGAAACGGCCGUCCCGCGGGGUGCAAGGCCGAGUUAGGGCCAAUGAGUUCCCGGUGUGAGGCCCGUGGUAGGCCGCUUAGUCGAAUGCCCCCGCAGGUACAGAAGGCGGGCUAUAGCCCCCUCGCCUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((...(((((....)))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{{.((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((.............((((....((((((((....))))))))........))))......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((......(((((...(((..}}}}}}}))))))))......))))............))))))............]]]]]]]]..))))))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((.(((((...((.(((((((.((..((((.(((...((((((((((..((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).......)))))))))).)))..((((....))))......))))..)).))..)))))))..))))).)).)))))))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((.........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.............................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((......(((((..................)))))......))))..............................))))))))..)))))))))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..(((((((((......((((((....((.((((((....))))))))..))))))............((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....))))))))))..(((........)))...............((((.......))))........))))))))).................................................))))..)))))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((.................(((((....))))((((((....)))))).........)............((((((((((..............(......((((((((....))))))))..........).......))))))))))..........(((((...(((((((........((......................)).......)))))))..)))))................................))))..))))))))))))...
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((.(((((((((((...(.((((((....((.((((((....))))))))..)))))).)........(.((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....)))))))))).)((((......))))((((())))).....((((.......)))).......)))))))))..((((.......)))).............((......)).......)).))))..)))))))))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((..........((((....)))).......(..((((.............((((((((((....)))))(((((....)))))...........................((((............................(((....))).........................)))).......................)))))...................(((..................)))..........................................)))).)....))))))).)))...
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))......(((((((((.((((.((((((.......((((((....))))))....))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....)))))))).............(((.((((((..((((.((((......)))))))).))))))....[[[[..)))..]]]]........)))))))))..(((.((((....)))).............[[[[[.))).......]]]]]...)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((..((((((.(((((......)))))...))))))(((...(((((((((.((((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....))))))))..((......)).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((.......))))........))))))))).))).....((((.((((((..((...((((......))))..)))))))).)))).)))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..((((((((((.....((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..(((.(((((......)))))))).))))))....((((.......)))).......)))))))))).................................................))))..)))))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((((....((..(((((....))))).))..((.(((((.............(((((.((((....))))..((((....))))......................(((((((((((..............((.......(((((((....)))))))...........)).......))))))))..)))...............))))).......((((......(((((..................)))))......))))..............................)))))))..))))))))...))))
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((((.(((((......)))))...))))))(((...(((((((((.((((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....))))))))..((......)).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((.......))))........))))))))).))).....((((.((((((..((...((((......))))..)))))))).))))))))))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..((((((((((((((.((((((.......((((((....))))))....))))))........(((((((((..))))))))).......))))....((((((((....))))))))...(((((((((......((((...)))))))).....(((((.....[[[[[[.....))))).)))))...........)))))))))).((((.......))))((((..........]]]]]].........))))))))..)))))))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((b..bbb((hhhhhh(.ccc..cccccc))..bbbbbbbbbb.b((.((((((aa.aa(.((((((....))))))[[[.)))))).....eeee.)Hgggggggggg..gggg(.dd...CCCCCC..dddddddd))).DDDDDDDD.bbb(.(()GGGG..DD.GGGGGGGGGGiiiii(...)))))).CCC.<<<<<<<<<...)]].BBBB.B)BBB..]A.B)BBBBBBBBB).(((((((.>>>.)IIIII..EEEE..AAA>>>>>>.HHHHH.....))))))).)))))))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((....)..............................)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..)))))))))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((....)..............................)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..)))))))))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((.(((((...((.(((((((.((..((((.(((...((((((((((..((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).......)))))))))).)))..((((....))))......))))..)).))..)))))))..))))).)).)))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((((((.(((((......)))))...))))))(((...((((((((((((((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....)))))))).....(((.......(.((((((..((((.(((((...).)))))))).)))))))...[[[[..)))..]]]].......)))))))))).))).....((((.((((((.......((((......))))....)))))).))))))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..((((((((((.....((((((.......((((((....))))))....))))))........((((((((....)))))))).......((((....((((((((....))))))))........)))).....((((((.((((................)))).))))))....((((.......)))).......)))))))))).((((.......))))...........((((......))))........))))..)))))))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......(((((..((((((.((((.((..((((.((((...(((((.((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........(((.((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....))))))))))....))).....)).))))))))))).))..((((.......))))...)).))))))).))).)))))..((....)).))(((((...((((((....)).......))))))))))))))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((((..(((((......)))))((.....))))))..((((((((((((..((((((....))))))((((....)))).)))(((.((((........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).......((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).....)))))))))))).(((((((((....))))...(((...((..((....))..))...)))))))).)))))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((.((((.....((..))(((.(((((((((((((((((((((.(.((((((.(.(..((((((((..))))))))).)))))))))(......).((((((((((((..((......))((((.((((((((..(((......).))))))))))))))....)).))))))))))(((((......)))))(((..)))..(((.(((((....))).))..))))).)))))))))((..))))))))))))))..))))))))))))))......................))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((((.(((((......)))))...))))))......(((((((((((((....(((....))).((((((....))))))....))))..........((((((((....)))))))).......((((....((((((((....))))))))........)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((.......))))........))))))))).((((.......))))............((((((............)).))))...))))))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((((((((((......))))).........((((<<<<<....)))).>>>>>(((....))).((((((....))))))....))))..........((((((((....)))))))).......((((....((((((((....))))))))...{{{{{)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((..}}}}}))))........))).......((((.......))))((((.((.....[[[[[[))))))......]].]]]]...))))))))))))).

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RNA: ASE_00418

			GAGGAAAGUCCAGCCACCGCACCGGGGCCGCGGUGCCGCAAGGCACCUCCCGAGAGGGAGGGCAACGGCGCAGAAACGACACGUCCCGGCGGAUAUGGGGAUGAAAGCGGUGAAGGGCCCCGGCGACGGUGCCCGAGAUAACCCGCAGACGACCCGUCGGGGACCGGUGAAACGGCCGUCCCGCGGGGUGCAAGGCCGAGGAAGGGGCGAUGAGUUCCCGGUGGGAGUCCCGUGUUAGGCCGCUCAGUCGAAUGUCCCCUUGAUACAGAAGGGGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((.............((((....((((.(((....))).))))........))))......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((......(((((...(((..]]]]]]]))))))))......)))).............................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.....)).......((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).)).....((((.((((((.(......).))))))..((((((...((((.(((....))).))))....((((.((..(((..(((..(((((((((......))..((((((....(((.....)))......))))))....)))))))..))).))).)).)))).))))))..))))...((((((((.......))))))))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.............................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((......(((((..................)))))......)))).............................)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((.((((((((...((((((....((.((((((....))))))))..))))))..........((((((..........))))))............)))))))).).)))))................(((..((((((((((((((((......))))...................................)))))))))))).)))........................((((((((.......))))))))...
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((...((((.........((((((((((....))))((((((....))))))...(((((............(((((((((((..............((((....((((.(((....))).))))........)))).......)))))))))..))........))))).))))))))))...((((......(((((.....(.......)....)))))......))))...............(((((.......)))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(.((((((.((((((((.(.((((((....((.((((((....))))))))..))))))..........(((((((.......).))))))...........))))))))).).))))).).....((((.((..(((..((((((((((((((((......))))((((()))((.......))........))......)))))))))))).))).)).))))................((((((((.......))))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))....(((((.[[[[[[[[)))))((((.......((((((....))))))....)))).......((((......((((.(((((((((......((((.....]]]]]]]]...(((...))).......))))......((((((((((((........((((((((((..))))))....))))...............))))))))))))..)))))))))..))))....))))...((((((((.......))))))))...
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((...............................)...)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)...........((........)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
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