|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUAGCACACACCUUAUGGGUGUGUAGUGUUUGUGCUAAGGGAAAUCAUAACCUUAGGUAUGUUGUAUAAACAUAACGGCAAACUAGUUAUAGCUAAGGUGUUUCACUACGUUAUAACUUAAAUUAAAGUGCCACAGAGACGAAUCUAUUUAGAAAUAAAUAGAGUGAAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAAUUAGGUAGGGGCACAUGAUGUGUAGCAAUACAACAUCAUGCAAGAUUUGAAUCUUGAGAUUAAUAGUCACAAAAGAAGAAAUUCUUUACAGAACGCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((.......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((......((((........((((...)))).......)))).........(((((...........((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((..........)))...(((((((.............)))))))((((((....))))))...............((((((....))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).(((((.......)))))...))))))......)))))...(((((((((..((((.........................))))..((((((((....)))))))))))))))))........)))).((((.((..(((..........))))).(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).........((....((((((....)))))).....))..)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((.......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).......((((....((((...(((.....)))..)))).....)))).....................((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))((((((....))))))................(((((....))))).......))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...)))))).(((((((((....(((...)))...))))))))).........................((((((((....)))))))).......................)))))).(((.......))).......(((((((((((....))).))))))))((((((....))))))...............((((((....))))))............... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.......))))))..........((((((..........)))))).(((((.......))))).....................................................................((((((((....)))))))).......................)))))).............................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((((...)))))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((.......((((((((...((((...))))..))))))))..........(((((...........((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))...(((..........)))...(((((((((((....)))).)))))))((((((....))))))...............((((((....))))))......).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(..)((((((((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...)))))).(((((((((...((((...))))..))))))))).........................((((((((....)))))))).......................)))))).(((.......))).......(((((((((((....))).))))))))(((((((()))))))).((.......))...((((((....))))))............... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........))))...((((...[[[...))))...]]]...(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).(((.....)))...((((((....))))))............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((..((.((((((.((....)))))))).((.(((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((....(((((((((...((((...))))..)))))))))..........))))))))).))....(((((((....))))))).(((...)))......(((((....((((.........))))..)))))..(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).((((...))))...((((((....))))))..))..)).))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((.......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((((((....(((((...(((.....)))..))))).))..))).......))).......(..(((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))...............)))).((((((((...........)))))))).(((((....)))))................((((((....))))))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.((((((((((((((...)))))))).((.(((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((....(((((((((...((((...))))..)))))))))..........))))))))).))...((((((((....)))))))).......................))))))..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).(((.....)))...((((((....))))))......)).))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((((((((((...)))))))).[[[[[[[[[((((((..........))))))..[[[[[[[[[....(((((.........))))).[[[[..(((((((((..((((.........................))))..((((((((....)))))))))))))))))......[[[[[...)))))).(((.......)))]]]]]((((...))))]]]].]]]]]]]]]....(((((((..)))))))...........]]]]((((((....))))))....]]]]]))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..((((((((((((.(...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((.....)))))).)(((..(((((..(((((...(((.....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))..((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((((((....))).))))))))(((((......))))).......)........(((((....))))).((.(....))...). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..(((((((.....)))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........)))).((((.((..(((..........)))...(((((((((((....)))).)))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....)))))).......)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.((((((((((((((...))))))))....(((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((....((((((((((..((((...))))).)))))))))..........)))))))))......((((((((....))))))))(((...)))..............))))))..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).((((...))))...((((((....))))))......)).))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..(((((..((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))..............(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))......(((((....((((.........))))..)))))..((((((((...........))))))))((((((....)))))).......)))))...((((((....)))))).........))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((.......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((...((((......((................)).......))))......((((...(...)...(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((....))...))))))).................))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..(((((((.....)))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........)))).((((.((..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....)))))).......)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....((.(((((..(((((((.....)))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))..)).((((.((..((((...((((......))))..............((((((((....))))))))....))))..)))))).))).(((((.((..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....)))))).......))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((.((((((((((((((.....))))))).))((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))))......))))(((((.((.(((.......)))...(((.(((((((((((....)))).)))))))((((((....)))))).........)))...((((((....)))))).......))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((((.((....)))))))).).((((((((((.....((((.(.((((((((((((.(......)))))))......(((....))).))))))(((((((.((.(((..........)))))...(........)..(((((((((..))))))))))))))))........(((((..(((((((.......))))))))))))..(((((((((((....)))).)))))))(((((((..))))))))))))..))).))))))).((((...)))).....))).)))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................(...(.(...))..)........(.(.(........).)........)................(.(......).)..........(....(......(.(......).)......).....).........................................................((..............))........((..........)...) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........))))(((((.((..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))((((((....))))))...............((((((....)))))).......))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..(((((((.....)))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........)))).((((.((..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....)))))).......)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((((.....)))))))...(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((....((((....))))...(((......))).....((((......))))))).....)))...((((((((....))))))))......((((.....(((((....((((.........))))..)))))..(((((((((((....))).))))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....))))))......))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........[[[[.[[[[[.))))....]]]]]]]]](((.((({{{{{{.....)))..}}}}}}.((((((.....))))))..(((....((((....)))).(((.....)))........((((......))))))).....)))...((((((((....))))))))......((((.....(((((....((((.........))))..)))))..(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).(((.....)))...((((((....))))))......))))..... |
|
|
|
UCAUAACGUUUGGGUAAUCGCUGCAACGCCAACGUUGUAGAGGAAAGUCCAUGCUCGCACGGCCUGAGAUGGCUGUAGUGUUCGUGCCUAGCCAAUUCAUAAGCUAGGGUAUUCUGGCUGUAAGGCUGGUUUAACGGCAGGGAAAAAACCUAAGUCCUUUCGGAUAUGGUUUGACUACCUUUAAAGUGCCACAGUGACGAAGUCCUUGAAGAAAUGAUAGGAGUGGAACGAGGUAAACCCCACGAGCGAGAAACCCAAAUAAUGGUAGGGGAAUCUUUUCCAAGGAAAUGAACGAUGGGAAAGGACAGGUUGUAUAACCUGUAGAUAGAUGAUUGCCACCGGAGUACGAGGCGUGGGCCGUUUGCAGUACAAAGGAACAGAACAUGGCUUACAGAACGUUAUGAACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((.((((((((....))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((((((....)))))))))).)((.(((.....((((...((((....))))..))))......))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))(((((((....)))))))........))))))).((((((((((((((....))))).....))))))))).......]]]]]]]].).)))))))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((....)))))))).....((.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((............)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))).......................((((((((.((........))..))))))))((((((......))))))................(((((((((...................))))))))).......)))))))................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.((((((((....))))))))...............(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).((..((((((....))))))..))...((.((....(((((...((((....))))..))))).....))........)).............((((...(....)...))))...............................(((...........)))...((((((((..(........)...))))))))((((((......))))))........))))))..................(((((..........................))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((((((.((((((((....)))))))).))...((((((((((((((((((......)))))).)).......((((((..........))))))(((((((((.(....)((..(((((.(.(((((.....(((((..((((((((......((......((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))..(...............(((...........))))..))....(((.(........)..))))))))))))))))......))))).).)))))....))..)))))))))).)))))))))(((.....((........)).....)))..)))).))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((......((((((((....)))))))).......)))...((((.[[[[[[))))..]]]]]].((((((...((((((..........))))))...((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((.......((((..........((((............))))))))...))))))...)))...))).)))).(((......[[[[[[)))..(((((((((.............)))))))))(((((((....)))))))..........]]]]]].....((((..(((....)))[[[[...))))....]]]].))))))........))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.........((((((((....))))))))..........(((.....((((((......))))))..........((((((..........)))))).....((((((....))))))................(((((...((((....))))..)))))..............................((((............))))....................................................((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))................................[[[[[.......................)))]]]]]...))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((((((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..(((((((........))))))).).(((.(((...(((((.(.((((....)))).)))))).....))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................))))..((((((((.(........)..))))))))..(((((......)))))........)))))))).(((((((((.((.............)).)))))))))..................)))))))........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))..(((((.((((((......))))))......(......(((.........(((((((....))))))).....)))(......))....((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...))..)))))......(((............)))...((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))........)))))))..((.....))....(((((((((.....((........)).....))))))))).))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((.((((((........((((((((..))))))))....))))))..........(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((.......((((..........((((............))))))))...))))))..)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((.............)))))))))((((((((..)))))))).......))))))))...............(((((((((......................))))))))).))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((.((((((........)))))).)).(((.((((((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((............))))))..((.((((....((((...((((....))))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).))))))))...(((..((....))..)))...............................................................................................................)))))))).................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).).((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....)).)))))))))))..(((...........)))...(((((((((((........)))).)))))))((((..........))))........))))))).((((((((((................).)))))))))..................)))............ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).).((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).)))))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........)))).)))))))((((..........)))).......)))))))).((((((((((................).)))))))))..(.......).......)))............ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).(((((((((...((((....((......))...))))....))))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)))).)))))))((((..........))))........))))))).((((((((((................).)))))))))..(.......).......)))............ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((....((((......))))(((.(((.((.((((((((.............((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...)))...))).))))))))......((((.((.((..((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))..........)).))))))........))).)))))))...))).))).........)).)))))))))).))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...........................((.((((......((.................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...................)))....)))))))....................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...........................((.((((....((((...(((......)))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).)))))))).............(((((.....((((((((...............))))))))((((((......))))))..........))))).(((..((((...................))))..))).......)))))))).................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((....((.((((((((....))))))))..))....((((((((((((((((......)))))).))).((((((.((((..........))))((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...)))...))).))))))))......((((.((.((..((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))..........)).))))))..))))))))))))).))((((...((........)).)))).((.....))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((..((.((((((((....))))))))..))(((.(((((.((..((((((......))))))..((((((.((((((((.((((........((((.((((.(((((...((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((...(....)...)))))))).))))))))...))))).))).))))))))......((((.((.((.(((((((((.(........)..)))))))))(((((((....)))))))..........)).))))))))))....))).)))))).((((.....)))).))))))).)))))))))).))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(...((.(.(((((((..))))))))))...(((.((((((.((.((((((......))))))))((((((.(((((((..........)))))))....((((((((.((((.(((((.(.((((((...((((((((...((....)).)).))))).((((((((...).((((((..........((((((........))))))))))))..))))).))(((((.(((.(((..(((...........)))...)))(((((..)))))..).))))))).(..((((((........))))))..))....)))))).((........).)..))))))))))))))).)))).))))).).))))))))))).)))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................................................................(.....(........).((.(.(......)..)....).(..............).....(.......)...................(....(.....)....)..........................................(.(....).).......(....(.(.....))..)..(((....)...))....)...)...((....(........)....))........ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.........(((((..........))))).)))(((((((((..(((((((((......)))))).)))..))))((((((..........)))))).((..(((..........)))..))..((((((.....((((...(((......)))..))))......))).......)))((.((..((...((((...(....)...)))).))..))...))...((((...........(((........))).))))..((((((((..(........)...))))))))(((.(.........)))).(...(.((.((....(....((((.....(((.......))).))))...).))))...).)))))).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......))))))...((((...((((((..........)))))).((..((((((....))))))..))..((((((....(((((...((((....))))..))))).....)).......))))............((((............))))...))))..((......))....)))))...(((..((....))..)))...((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))........))))))).((...((((..(((....))).......))))...))..................))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((..((((((......))))))..(((((..((((((((.((((........((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...)))...))).)))))))).......(((.((.....((((((((.............)))))))).(((((((....))))))).............))))).))))....))).)))))..((((.....)))).))))))).)))))))))).))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((......((((((((....)))))))).......))))..(((((((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).....((((((....))))))......((((........(((...((((....))))..))).(((......)))...))))......))))...(((............))).((((.............))))..)))))...((((...............((((.(((((.............)))))....(((((((....)))))))....))))....(((............))).))))..((((...........))))....((((((.........))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.......<<<<<<<.)))).>>>>>>>...........(((((..((((((aaaa..))))))....AAAA..((((((..........))))))....bbb(((......{{{{)))...}}}}.........((((..((((....)))).((((........[[[[[....))))...........((((]]]]].......))))........))))...bbbbbb)))))................BB.BBBB...((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))....BBB....((((..((.....)).))))......((((...........))))....((((((.........))))))..... |
|
|
|
AUCAUAACCGUUCAGGUAACCGCUGCAUCGCAUGCGAUGUAGAGGAAAGUCCAUGCUCGCACAGGCUGAGAUGCUUGUAGUGUUCGUGCCUAGCGAAGUCAUAAGCUAGGGUAGUCUGGUUCUUAGAACUGGGCUAACGGCAAGGUAAGCACCUACGUUCAUCAUGAAUAUGGUGUGAUGCCUUUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUCCGUUUGGAAACAGACGGAGUGGAACGAGGUAAACCCCUCGAGCGAGAAACCCAAAAAUUGGUAGGGGAACCUUCUUGAAGGAAAUGAACGGAGAGAAGGACGGAAGUUUUACUUCUGUAGACAGAUGGUUACCACCGGAGUACGAGGUUCAUCACCGUUUGUAGUACGAAGGAACAGAACAUGGCUUAUCGAACGGGAAUGAGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((.((((((((....))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((((((.....)))))))))).)((.((((....((((...((((.....))))..)))).....)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))........))))))).((((((((((((((.....))))).....))))))))).......]]]]]]]].).))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))......(((.((((((..........))))))..((((..((((...))))..))))...(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)))((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((.............(((((.((.(((((....))))).)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).....))))).......))))))))...))))))..)))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................(((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((.............))))))..(((((((...(((((...((((.....))))..)))))....)))).......)))............((((((((....))))))))...))))).((....))......)))))...(((...........)))....((((((................)))))).......................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((...((((((((....))))))))........(((((.((..((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))).......)))).......((((.((((((((....)))))))).....(((((((((((((((........................)))))..(((((((................)))))))........)))))))).))..(((((((((....(((.........))).....)))))))))..))))...))))))).))))).)))))))))))..)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((....)))))))).............(((((..................................................................................................................................................((((((((....)))))))).......................))))).............................................................................................((((....................))))..................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((....))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.............)))))).....((((....((((...(((.......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((.(((........))).)))))))((((((.......))))))................(((((((((....................))))))))).......))))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((....))))))))...............(..((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.............)))))).....(((((..(((((...(((.......)))..)))))...)))))......................((((((((....)))))))).........................).....((.............))...(((((((................)))))))((((((.......))))))...............(((((.((((....................)))).)))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((.((((((((....))))))))................((((((((......)))))).)).......((((((..........)))))).(((((((((.......)))))))))......((....(((((...((((.....))))..))))).....)).......................((((((((....))))))))................................(.............)....(((((((...(........)...)))))))((((((.......))))))........))))))......................((.......((........)).......)).................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.....((((...........((((((((....))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))..((((((((((...))))))))))...((((......(((((...(((((...)))))..)))))..)))).......(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))...((((((..................))))))..((((((...))))))..................((...(((((.(((.....))).).....))))...)).......)))))))).....))))......). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((((.(((((((((()))))))))).))...(.(((((.((((((((((......)))))).)....((..((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))).)).(((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..)))))).......)((((..........((((((((....))))))))))))..(((((......)))))..)......(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....)))))))))..............)).)))))))))))))))))..)))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.(((((((......))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.............))))))..((((((.....((((...((((.....))))..)))).....)))........)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...((((((((..(........)..))))))))((((((.......))))))........))))))).((...(((((.(((.....))).....).))))...))................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.........((((((((....)))))))).............(((..[[[[[[.)))..]]]]]]....(((...[[[[[[))).......]]]]]].(((((((((((...)))))))))))(((..((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))))........[[[[.....)))..((((((((....))))))))]]]]..(((((......)))))..(((....[[[.....)))...]]]...(((((((................))))))).(((..[[[[[.[[[[.[[[.[[[[[[[[[.[[[.)))........]]].....]]]]]]]]]..]]]]]]]....]]]]]..........))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))...(((..((((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))).......)))).))..))).((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....))))))))).((........))....))))))))...))))))..)))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((.((.((((((((....)))))))).)).....(((((.....((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))).....(((((..(((((...(((((...)))))..)))))...)))))......................((((((((....))))))))......(((((......))))).............................(((((((................))))))).((((((.....))))))....(((((((..........................)))))))..................)))))..))))))))))..)))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..(((((((((((((((....))))))))............((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..((((((((.......)))))))).).(((((((((.(((((.(.((((.....)))).))))))..)))))).......)))..........(.((((((((....)))))))).).)))))...............))))))......................((((((((.((........)).)))))))).(((((((...)))))))........)))))))..((((((((((((((.....)))....)).)))))))))..................)))........... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((.((.((((((((....)))))))).))..((.((((((((((((((((......))))))...(......((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))).......)))).......).((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....))))))))).................)))))))))))))))))..)))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((([[[[[[[[(((((((((..)))))))))......[[[....(((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))))))........)))))((((((((((((((.......)))))))...................)))))))((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))...(((...........)))...[[[[[[[........))))))).]]]]]]]((((((((...)))))))).]]]...]]]]]]]](((.........)))......(((((((............................)))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.(((((((......))))))).......(((...(((((.(((((......)))))((.(((.....((((((..........))))))............................((((((.....((((...(((.......)))..))))......))).......)))))).))......((((((((....))))))))......((.((......)).)).)))))...(((...........))).............)))............................................)))))))....................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.............)))))).)((((((((..(((((...(((.......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.........))))).......)))))))).(((((((((....................))))))))).((.(....))...)...)))........... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((............)))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((.....................)).(((((((((...((((...(((.......)))..))))....))))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)))))))))))((((((.......)))))).......)))))))).(((((((((....................)))))))))..(.......).......)))........... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((.............)))))).)((((((((..(((((...(((.......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.........))))).......)))))))).(((((((((....................))))))))).((.(....))...).).)))........... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((............)))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((.....................))...(((((((...((((...(((.......)))..))))....))))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....))))))))))))))..(((...........)))...(((((((((((........)))))))))))((((((.......)))))).......)))))))).(((((((((....................)))))))))..(.......).......)))........... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((((((.((((............)))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((.....................)).(((((((((...((((....((.......))...))))....))))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)))))))))))((((((.......))))))........))))))).(((((((((....................)))))))))..(.......).......)))........... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))......(((.((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)))((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((.............(((((.((.(((((....))))).)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).....))))).......))))))))...))))))..)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((....((((((((....)))))))).....((.((((((((((((((((......))))))...(((....((((((..........))))))((((((((((((...))))))))))).)(((((((((.(((((.(.(((((...))))).))))))..))))).......)))).....)))....((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....))))))))).................)))))))))))))))))..)))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))............................((.((((......((..................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))..)))))))....................)))....)))))))....................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))............................((.(((.....((((...(((.......)))..))))......)))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((.......)))))).)))....))))))).((...((((....................))))...))................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.(((((.((..((((((......))))))..(.(((((((...((...(((((.........(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))...))))).((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).))......(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))(((((((.....)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).))))))).)....)).))))))))...))))))..)))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...(((.....)))..((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))......(((.((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)))((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((.............(((((.((.(((((....))))).)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).....))))).......))))))))...)).((....))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)).((.((((((((....)))))))).))))))((((......))))..)))))...(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))(((((((.....)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).((.(....).))....))))))))...))))))..)))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((...((((.(((((((..)))))))).))).(((.((((((.((.((((((......))))))))(((((((((((((((........))))))))))((((((((((..((((.(((((((((((((((((((((((.(..((((...))))..)))))))).)))))..)))))..((...))...))))))))))))))))))))...((((((.(((((((((((((....(...)...((((...)))).)))))..((((((..((.......))(..).))))))(((..))))))))))).)...(((..)))..)))))(((((((((.....((........)).)))))))))))))).).))))))))).)))))))..)))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................((.(.(..(((......)))..)......(((..((......))....)))......................(.......).....(..........(...(......)..).........).....(...(..............))..........................................(.....)........).))....((..(.(............)...)...))......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........(((((((((..))))))))).)))(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((..........)...))))).)((((((((..(((((...(((...(..))))..)))))...))))).......)))((.((..((...(((((.((....)).))))).))..))...))......).))))))))...(((...........)))....(((.((...(........)....)).)))(((.(.........).))).......((.......((...((((...((............)).))))...))..))...))))))))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((..((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((..((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((.(((((.(((((...(((((...)))))..)))))..)))))........)))..........(.((((((((....)))))))).)....(((((......)))))..(((((...(((.....)))..((....)).))))).........(((((........(((((((.....)))))))............(((..((.....)).)))......))))).................)).))))))).)))))))))..)))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......)))).........((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))........))))))).((...((((..(((.....))).......))))...))..................))))))..)))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((..((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......)))).......((((.((((((((....))))))))......(((((......)))))..(((((...((((...)))).(((....))))))))......(..(((((........(((((((.....))))))).....(((((..(((..((.....)).)))))))).)))))..)..))))...))))))).)))))))))))))))))..)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((.((((((((....)))))))).......((((.(((...((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((((((.....))))))))))..))).((((....)))).((((...(((....))).((((................))))..))))...((((((((....)))))))).)))).(((((......)))))...................))).......((((....))))...))))))).....(((((....)))))...((((....)))).(((....))).(((.......)))....(((((((............................)))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(((...(((.((((((....)))))).........((((..(((..{{{{{{.)))..}}}}}}....(((...[[[[[[))).......]]]]]].((((((((((.....))))))))))..((((((((....))))..((((.....))))..(((.....)))........))))............((((((((....)))))))).)))).(((((......))))).)))......(((.....))).......))).(((....)))...((((((.....(((((....)))))...((((....)))).(((....)))...<<<<...........))))))...>>>>.........))))....((((((......)).)))). |
|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCGCACAUUCUGUGAUGAAUGUAGUGUUUGUGCUGGAUGAAACGAUAAAUCCAGGCAGCGUAAGCUGACGGCUGGAGAAGGCCUGUGGUGAAAGCUAUGGCGGACUCCUUUAAAAGUGCCACAGAAACGAGCUUUUCGGGAAACCGGAAAGAUGGAACGGGUAAACCCCGCAAGCGAGAAACCCAAAUUUGGUAGGGGAAUCUAAUCACGGCAAAACGAAGCCAGUGAUCGGAACGUGGAAACACGUAGAUAAAUGACUGCCACUUUCGCAAGAGAGUACAAAACACGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)((..((((...(((...(((....)))..)))......))))....(((((...........((((((((....))))))))........)))..))))))))))))))...(((..........)))...(((((((...................)))))))(((((....)))))................(((((....))))).......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........))))))..(((....)))...(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........)))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((.((((((((......))))))..((......((((((..........)))))).((((....))))..(((.(((....(((...(((....)))..)))....))).........)))...........((((((((....))))))))......))((....))......)).))...(((..........)))................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((...(((((((....((((..(((.....((((((..........)))))))))))))..(((.......((((...(((.(((((....))))))))...))))......)))..))))))).....((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....(((..(((((((........))).))))..)))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((((((......)))))).......................................................................................................................................................)))))................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....)))).....((((...((((...(((....)))..))))...))))......................((((((((....))))))))......................)))))...(((..........)))...(((((((.((((........))).).)))))))(((((....)))))................(((((....))))).......))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....)))).....((((...((((...(((....)))..))))...))))......................((((((((....))))))))......................)))))....(............)....(((((((..(((........)))...)))))))(((((....)))))................(((((....)))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..((((......)))).(((((....)))))..)))))..........................((((((((....))))))))......((((.....))))....................(((.......(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))............)))((((((....))))))............... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((((......)))))).))).....(((((((..........)))))).)((......))..............(((...............)))..............................((((((((....))))))))...............................(............)................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)((..(((....(((...(((....)))..)))....))).......(((((...........((((((((....))))))))........)))..))))))))))))))...(((..........))).......((((((((........))).)))))....(((((....)))))...............((((((....))))))......).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((..(..((((((((......)))))).)))....(.((((((..........)))))))((((....))))..((((......))))((((((....)))))).)))))))))......................((((((((....))))))))......((((.....))))....................(((((.....(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))..........)))))((((((....))))))............... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...........(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((..)))))..((((((.....(((...(((....)))..))).....)).).......)))...........((((((((....))))))))......................)))))...(((..........)))...(((((((.(.((........))..).)))))))(((((....)))))..............)...(((....))).................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((((((((((......)))))).....((((.[[[[[[...))))...]]]]]].((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))...........((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...(((......[[[[[)))......((((((((........))).)))))....(((((....)))))..........]]]]]((((((....))))))............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))...((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).))))...((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((......((.((((((((........))).))))).)).(((((....)))))..........))))).(((((....)))))..........))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((([[[[..))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..(((.{{{{...)))((((((....)))))).....}}}}...........]]]]........((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))............(((((.....(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))..........)))))((((((....))))))............... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((..)))))..(((((((..(((((...(((....)))..)))))..))).).......))).......(..(((((((((....)))))))).)))))))..............)))))))...............))))..(.((((((.((........)))..))))).).(((((....)))))...............((............))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..((((())))).).((((((((..((((.(.((((..)))).)))))..)))).).......))).........(.((((((((....)))))))).).)))))..............)))))))...............))))..((.((((((((........))).))))).))..((((....))))................((((((....))))))............... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((.(((((......)))))....((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).))))...((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((......((.((((((((........))).))))).)).(((((....)))))..........))))).(((((....)))))..........))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((.((((([[[[[[[..............)))))................(((((.((((....))))....)))))...))))))..(((((((...((((((.(((((..........]]]]]]].....((((((((....)))))))).......((((..))))(((..)))......((((..)))).)))))......((((((((........))).)))))....(((((....)))))..........))))))))))))).................))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((..(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))...........((((((((....)))))))).......(((.....)))....)))))...(((..........)))...(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))...............((((((....))))))........)))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.........................((((....))))..((........((((....((....))...))))..............((((...........((((((((....))))))))........))))..))...))))))))...(((..........))).......................................................................................)))))))). |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(((((((...((((...(((....)))..))))...))))......).(((((.(...))..((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((.((((........))).).)))))))(((((....))))).......)........(((((....))))).((.(....))...). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(.(((((...((((...(((....)))..))))...))))......((.(((..(...)...((((((((....)))))))).))).)))((....)))))))))))))...(((..........)))...(((((((.((((........))))..)))))))((((......)))).......)........(((((....)))))..(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((....)))).)(((((((...((((...(((....)))..))))...))))......).(((((.(...))..((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((.((((........))).).)))))))(((((....))))).......)........(((((....))))).((.(....))...). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(.(((((...((((...(((....)))..))))...))))......((.((((.(...)...((((((((....)))))))))))).)))((....))))))))))))))..(((..........)))...(((((((.((((........))))..)))))))((((......)))).......)........(((((....)))))..(.......)..... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(((((((...((((....((....))...))))...))))........).(.......((..((((((((....))))))))......)))(....)))))))))))))...(((..........)))...(((((((.((((........))))..)))))))((((......))))................(((((....)))))..(.......)..... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))....)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((...((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..((((......)))).........))))....))))))))))......((((.((((......((((((((....))))))))......((((.....)))).................)))).((((....)))).....)))).....(((((..........(((((....)))))...............((((((....)))))).........))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...............((.((((.....((...............)).....)))).......((((...(...)...(((((.((....)).)))))........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((...((........))....)))))))...............))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((....))))(((((((((...((((...(((....)))..))))...))))........)))...........((((((((....)))))))).........))........))))))))...(((..((...))..)))..(((((((...((........))....)))))))(((((....))))).)))...)........(((((....)))))................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...))).....((((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........))))))(((((....)))))..........))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........((((((((.(((((......)))))...(((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........))))).)).((....))................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........))))))(((((....)))).)(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((.((.(((((((((......)))))).)))..(((.(((((((........)))))))))).....((((..(........)))))((((((((..)(((.(..............).)))))))))))).)).)))))))(((((.((((........).)))...)))))(((..)))(((..(((..........)))..)))..((((((((........))).)))))(..)((((((..))))))..(....((((((.((((((((..)))))))))).))))...))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................(...(......).....).......................(......)......(...............(..)........)..........(..................).................((.(............).))......................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........)))))).((.(....).))..(((.(((....(((...(........)..)))....))).........)))((.(...((..((((((((....)))))))).))...)..))......))))))))))..(((.......)))..)))......((.....(..................)....))..........................(((((....)))))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((...(((((((..................((((((..........)))))).((((....))))......((((...(((.(((((....))))))))...))))...........))))))).....((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))...........((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...(((...........)))...((.((((((((........))).))))).)).(((((....)))))...............((((((....))))))........))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).((((....))))......((((...(((.(((((....))))))))...))))...........)))))).))...((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..((((......))))...(((....))).(((((..............)))))......))))).((((((....))))))...)))).((((.....))))....((((.........)))).((((....)))).((((...............)))).....(((((....)))))...............((((((....))))))............... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....[[[..[[[[[((((((......))))))..(((((...{{{{{{.)))))....}}}}}}.((((....))))..((((......))))...(((....))).[[[[[...)))))......]]]]]..........((((((((....))))))))......((((.....))))...]]]]]..............((((....)))).((((.........<<<<<.)))).]]]...(((....))).(((........)))..((((((....)))))).........>>>>>. |
|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGACUCGCACCACCUGAGAUGGUGGUAGUGUUUGUGCUCAGUGAAUCAAUAAGCUGAGGUAUAGAGGCAUCUAUAACGGCAGACCAAAAUCCUAAGGGAAACUAUGGAUGGAGGCUAUAAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUCCUAGGGAAACCUAGGAAGUGGAACGAGGUAAACCCCAUAAGCGAGAAACCCAAAAUUGGUAGGGGAACUCACACUACUGAAAUGAAGGUAACGUGAGACGUUUUUAAAACGUAGAUAAAUGAUUAUCGCAAGUCAUAACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((.......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((.....(((...((....))..)))......))))....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((..........)))...(((((((................)))))))((((((...))))))..........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((.(((((((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((...((....))..))))((.((.(((....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))...)))..))))....)))))...)))....((((((((((...)).).)))))))...........((((..((((((...))))))......((((((......))))))..)))).))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).......((((((((......)))))).)).......((((((..........)))))).((((((....))))))((..(.(.(....((((...((....))..))))....).).........(((...........((((((((....)))))))).)))...)..))...((((.............((......))..))))................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..(((((...((((((......))))))(((.((((((((((((..........))))).)))))))..((((((((..((....))....(((....)))...))))))))...))).....))).))...(((((....((((((((....))))))))..((((((.......((((.((....................))))))..(((((..((((........))))..))))).)))))).........(((((....)))))....))))).....))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((...................................................................................................................................((((((((....)))))))).......................)))))....................................................................................(((((.......))))).. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((..)))..))))...)))).......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((((.(((........))).)))))))((((((...))))))..........................)))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((...(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((..)))..))))...)))).......................((((((((....)))))))).......................)))))......................(((((((.(((........))).)))))))((((((...))))))............................)))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............((((...(.....)...))))................((((..........((((((((....))))))))))))....................))).......................(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).(((((....)))))...((((.......))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((........)))).............((((....(....)...))))..............................((((((((....)))))))).......................)))))...((............))....((((....((........))....)))).................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......))))))......((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((....(....((((...((....))..))))...).........(((((............((((((((....)))))))).........)))..)))))))).)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......(((((........)))))....)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...)))).((...((((..((.....))..))))...))........((.((((..........((((((((....)))))))))))).))................)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).(((((....)))))..(((((.......))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((...(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((..)))..))))...))))........)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((..((...)).)))...(((((.(((((........))).)))))))(((((.....)))))........(((..(().).)))......)))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))....(((((((((((......))))))(((((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....[[[[........)))..]]]]..............((((............((((((((....))))))))[[[[.....))))....]]]]..)))))...(((....[[[[[[[)))........]]]]]]].....((((..((((..((((((...))))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((.(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........))))).))))))).)).(((........)))(((...(((....))).....)))((((.((.(((....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))...)))..))))))..)))))...)))................(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......((((((......)))))).....))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((([[[[))))))..(((...((...((((...((....))..))))))..))).......]]]]............((((((((....)))))))).......................)))))......................(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).................................... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((.(((((((((((......))))))..(((((...((((((..........))))))..(((((....)))))...((((((.(..(((((...(((())))..)))))..))).).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))...............)))).((((((.(.((........))..))))))).(((((...)))))................((.))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(.((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..((((((..)))))).)..((((((....((((...(((..)))..))))....)))).......))..........((.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))...............))))..((((.(.(((........)))..))))).((((((...)))))).................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).)))))).)).........((....))....(((.............))).(..(((.........)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))...........)....)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......((((((......))))))....)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))(((.((((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((...((((((((..............((((..))))...))))))))....)))))......((((..........((((((((....))))))))))))..)))).....))).((((((.....(((.....(((((((...........)))))))......)))..((((..((((((...))))))......((((((......))))))..)))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((..((.(((((((((......)))))).)))...)).((((((..........)))))).((((((....)))))).....((.((...((((..((.....))..))))...))))......((.((((..........((((((((....)))))))))))).))........((((.............(((....)))..))))..(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......((((((......))))))....)))))).. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......))))))...((((...((((((..........)))))).(((((......)))))..(((((((....((((...(((..)))..))))....))).......))))............((((((((....))))))))...))))................)))))....((..((...))..))............................................................................)))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(.((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((..)))..))))).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((.......).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.....)))))....................((.......)...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(.(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((....((((...(((..)))..))))...))))......(..((.(...).((...((((((((....))))))))......)).))....))))))))))))))..(((..((...))..)))..(((((((.(((........))).)))))))(((((.....))))).................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(.((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((..)))..))))).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.....)))))....................((.(....))...).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(.(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((((...(((..)))..)))))..))))......(((((.(...).((...((((((((....))))))))......)).))))..))))))))))))))..(((..((...))..)))..(((((((.(((........))).)))))))(((((.....))))).................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))....(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((....((((....((..))...))))...))))......(..((.(...).((...((((((((....))))))))......)).))....)))))))))))))...(((..........)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.....))))).................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))....(((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........)))))).)))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))...(((....[[[[[[[)))........]]]]]]].....((((..((((..(((((.....)))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((.(...)))))))....((((((((((((..........)))))).))))))....(((........)))......(((....))).............(((.........)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...)))))).(((..[[[[[[)))...]]]]]]....)))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...............((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...)))))).....))))........(((((..(((((((..........((((..........((((((((....))))))))))))...........((((.........................))))..(((((..((((........))))..)))))..)))))))...)))))....((((((......))))))............ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((......((.............)).....)))).......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((........))..))))))).........................................)))))))).. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((....))))))..((.((((....((((...(((..)))..))))...)))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((........))..)))))))((((((...))))))............................)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........))))).))))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))...)))....(..((((..(....)...))))..).....((((..((((..(((((.....)))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((....(((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........))))).))))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))....(((....)))....))).(((((..((((........))))..)))))...))))).((.(((......((((((......))))))...)))..)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).)))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))...)))....(..((((..(....)...))))..)......))...((((..(((((.....)))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(...)(.(((((((((......)))))).)))(((.(((((((((........))))))((((((((....)))))))).....).)))))((((..)))).((((((((..((......))...).)))))))..((((.(((((((((..))))))))))((((((((...)))))))).)))..).((((((((..))))......((((((((((((((......))))))))))))))))))..)))))((.((((......))))))(((((.......))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................(...)....(.....(......)....).(..................)....(.......)................((......))...........(...(..((..((....))....))..)...).............................(............)... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.(..(((..((((......)))))).)....).).((((((..........)))))).((((........))))..(((.(.((...((((...((....))..))))...)).)........)))((.((..((...((((((((....)))))))).))..))...))...((((...........(((.......))).))))..((.((..((((........))))..)).))((....(...)..)).(.....((....(.....).)).....)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).)))))).))....................((((...((....))..))))..............................((((((((....)))))))).......................)))))...)))....(..((((...........))))..)...........((((..((((((...)))))).......((((........))))...))))...... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((....(((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((((....))))))..((((..((...((((..((.....))..))))...)).........))))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..((......))....)))))...(((...........)))..(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).............................))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.....(((((((((......)))))).))).(((((((((((..........))))).)))))).(((((.......(((...(((...(((...((....))..))))))..)))......)))))...(((((....((((((((....))))))))((((.....((....))))))..((((....(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...)))))).............))))..)))))....)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((.((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((.............))))....(((.....................)))(((((((....))))))).......)))).....((((.........................))))..(((((..((((........))))..))))).((((.....))))..(((((....)))))..(((((.......))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.....)))(((.(((((......))))).(((((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((..((.....))..))))....))).......(((((...[[[.....((((((((....))))))))...............[[[[....................)))))]]]]...]]]...((((........))))..)))..(((((.....))))).(((((....)))))..(((((.......))))).. |
|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCCCGCGCAAGCUGAGAUGCUUGUAGUGUUCGUGCUAAGCCCAAUAAGCUUAGGGGCCGUGUAAACGGCUACGGCGGCCAAACGCGCUAAGGCGUCAGCUAUGCGCUAGUAGGUCUGAAAAGUGCCACAGUGACGAAACGAUCAGGGAAACCUGAGCGGUGGAACGGGUAAACCCCGCGAGCGAGUAACCCAAACUUUUGGUAGGGGCGUUUUGCCAAGCAAAUUGAAGCGACGGCAAUACAGCGGUAACGCUGAGAUAGAUGAUGACUGAAGGAGCUUGUGCCUGAACAAGUUCUGGAACAACACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).)((.((((....((((...(((....)))..))))......)))).....(((((............((((((((....))))))))........)))..))))))))))))))...(((............)))...(((((((.................)))))))(((((....)))))..................(((((((((......))))))))).........))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).))))).....)))))).....((((...((..(((.....(((((....)))))..((..(((((......((((((.((.((((.......)))))).)).)))))))))..)).......)))..))...))))...(((((....)))))...........))))...(((((((((......)))))))))..............))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((....((((((......)))))).......)).((((((.......)))))).((((((....))))))((..(((((....((((...(((....)))..)))).....)))).........(((...........((.(((((....))))).)).)))...).)).................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).)))))((((..(((((.....((((...((..(((.....(((((....)))))(((((((((((......((((((....((((.......))))...)).)))))))))))))..))...)))..))...))))...(((((....)))))...)))))....))))..(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....)))))).....((((....((((...............)))).....))))..........................(((((....))))).....................................................................................................................(((((((((......)))))))))................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......................((((((((....))))))))......................)))))...(((............)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......))))))))).........)))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.....((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......................((((((((....))))))))......................)))))).......................(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))..............).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((((..((((((.(((((((....((((((.......)))))).((((((....))))))..........))..)))))))))))))))).)))))..)..)))))).......((((..........((.(((((....))))).))))))..........((((......((((.......))))......))))....(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.(((((((((......)))))).)........((((((.......))))))..((((......))))...............(((....((....))...))).................................((.(((((....))))).)).......................)).))...........................(((.................))).....((((....))))...................((((((((........))))))))................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((........(((((......)))))..(((((....((((((.......))))))(((((((....)))))).).((((((....((((...(((....)))..)))).....))........(((((............((.(((((....))))).))........)))..)).)))).((((.....(((............))).))))(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................((((((((........)))))))).....))))).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((((..((((((.(((((((....((((((.......)))))).((((((....))))))..........))..)))))))))))))))).)))))..)..)))))).......((((..........((.(((((....))))).))))))((((......((((((....((((.......))))...)).))))))))(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))...............))))))..(((..((.....)).)))...((((((((.((........))..))))))))(((........)))..................(((((((((......)))))))))..........))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........)))............((((((((....))))))))......................))))))..(((..((.....)).)))...(.((((((.((........))..))))))).(((........)))..................(((((.(((.......))))))))...........)))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).))))).....)))))).......((((.[[[.........(((((....)))))...))))...(((....)))]]]...((((...[[[.....))))...]]].....(((((..........[[[[...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......))))))))).............]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).((((.(.((((((......)))))).((((((...((((((.......)))))).((((((....))))))..((((........)))).((.(((((.((((.((((.((.(((((....)).)))))))))......((.(((((....))))).))......((((.....)))).(((((.....(((..(((...)))..))))))))((((..((........))...))))...(((((....)))))..)))).))))).))...(((((((((......))))))))).)))).))...)))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.((((((((((..((((((.((((((.....((((((.......)))))).((((((....))).........)))....))))))))))))))))).))))).....)))))........((...............(((((....)))))..((..((((........((.............................))..))))[[))..((........))...))]]...(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......)))))).((((((....))))))..((((((((..(((((...(((....)))..)))))...)))))........))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))..............))))))).................)))).(((((((.(((........)))..))))))).((((...).)))................((((((((((.(......).))))))))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((.......))))))..(((((....))))).).(((((((...(((((...(((....)))..)))))....))))........)))..........(.((((((((....)))))))).).)))))..............)))))))...((......))....))))...(((((((((........))).))))))..(((((...).))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).((((.((((((((((...(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))).))))).)))))..((.(((((....)).)))))..........((.(((((....))))).))......((((.....))))...(((.....(((..(((...)))..))))))..((((..((........))...))))...(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))............))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.(((((((((..(((((((........((((((((((.......))))))..[[[[[[[....((((.....))))...))))...))))))))))).))))).....)))))).....((((...............(((((....)))))..(((((((((......((((.............(((((..)))))..))))))))))))).................))))...(((((....)))))...........))))...(((((((((......)))))))))........]]]]]]].... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))(((((...((((((......))))))...((((((.((((((.......)))))).((((((....))))))((...((((....((((...(((....)))..)))).....))))......)).((((..........((.(((((....))))).))))))...(((....))).))))))......(((..(((...)))..)))....(((((.................)))))..(((((....)))))..............((..(((((((((......)))))))))....))......))))).. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((..((((((.......)))))).(((((......)))))..((..(((....((((...(((....)))..)))).....)))........((((...((..((...((((((((....)))))))).))..)).))))....)).)))))))))..(((..((.....))..)))....................................................................................................)))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))...((.(....))...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).((((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...))((....))))))))))))))..(((..((.....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((......))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))...((.(....))...).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....))))))....(((((....((((...(((....)))..)))).....))))......((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).)))((....))))))))))))))..(((..((.....))..)))..(((((((((((........))).))))))))((((......))))..................(((((((((......)))))))))....).............. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).((((((((....((((....((....))...)))).....))))........))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...))((....)))))))))))))...(((............))).).(((((((((((........))).))))))))((((......))))..................(((((((((......))))))))).........(...)..... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......)))).)))))....))))))))))))))))).))))).....)))))).....((((...((..(((.....(((((....)))))..((..(((((......((((((.((.((((.......)))))).)).)))))))))..)).......)))..))...))))...(((((....)))))...........))))...[[[[[[[[[.)))..]]]]]]]]]................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((........((((((((((.((((((.......)))))).((((((....))))))...))))......)))))).....)))))).)))))((((..(((((.....((((...............(((((....)))))..(((((((((......((((......((((.......))))......))))))))))))).................))))...(((((....)))))...)))))....))))..(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))...................((.((((......((...............)).......)))).......((((...(...)....(((((.((....)).)))))........))))...))..))))))))...(((..((.....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...............)))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((..((((((.......)))))).((((((....))))))..((.((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..)).))))....)).)))))))))..(((..((.....))..)))..(((((((.................))))))).((((....))))...................(((((((((......)))))))))...........)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((.(((((..(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).)))))....((.(((....((((((...((..(((.....(((((....)))))..((..(((((......((((((.((.((((.......)))))).)).)))))))))..)).......)))..))...)))....(((((....)))))............)))...))).))...))))).))...)))).((............)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))(((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).((((((....)).((....))))))....))))))))))))))))).)))))((((..(((((.....((((...((..((...((.(((((....))))).)).))..))(((....)))(((..(((((...(((..((.....))..)))...)))))(((.....)))..)))..))))...(((((....)))))...)))))....))))..(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..(((((((((......)))))).)))..((((((((((......).))))((((((((((((.((.(..(((.((.((((.(((((..))))).((((((((((((..)...((..)))))).)))))))(((((((((((((((..))))))((((.(((........)))))))((......).)(((((..)))))))))))))))))))))))(........)..)))...))))).))))..).)).((..........))..(((((((((((.(...))))))))))))).)))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................(..................(......).........(...........)........(......)...............((...((.....))...)).................(..............)........(........)...........(....(.....).)..........)..................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.(((((((((......)))))).((...(((.((((((.......)))))).((.((......).))))))))((((.(..((((...(((....)))..))))...).))))((....((..(....((.((...((.(((((....))))).)).))...)).)...))....)).))).))..(((..((.....))..)))....(......(.............)......).((((....)))).......((((...(((..(((((((((......)))))))))...........))).)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))(((((.((((((((((..((((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).)))))......(((((.....((((...((..(((.....(((((....)))))..((..(((((......((((...........................)))))))))..)).......)))..))...))))...(((((....)))))...)))))..........(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((.(((((((((......))))))......(.(.((((((.......)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........)))............((.(((((....))))).)).......(((....))).).).))).))..(((..(((...)))..)))....(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))...........)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).))))).....))))))....((.((.((((...((((((.(((((....)))))((.((((...((.....))))))..))......(((..((.....))..)))))))))(((..((........))...)))....(((((....)))))............))))..(((((((((......))))))))))).)).......))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((...((((((......)))))).....((((.((((((.......))))))..(((((....))))).)))).))))....((((....)))).((((..(((((.............)))))..((((..........(((((....)))))((((.((..........))))))..(((......((((....))))......))).(((.....))).(((.........)))..(((((....)))))............))))..(((((((((......)))))))))............))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.((((((......)))))).....(((((((.(((.......)))....((((((....))))))..(((.((.....)))))..))).((((((..[[[[[....)).))))..]]]]].......)))).....(((((....))))){{{{.{{..)))))...}}}}}}.(((.(((.......)))...(((...(((.....)))......((((.........)))).(((((....)))))............)))...(((((((((......))))))))).............)))... |
|
|
|
GAGAUUUUAUUGGUCAAUCGCUGUAUUUGAAAAAGAAUAUAGAGGAAACUCCACGCUUACACAAUCUGUGAUGAUUGUAGUGUUUAUGCUAAAUGAAAAAAUAAAUUUAGGCAGUAAUUAAUUACUGACGGCAUAACUAACCUAAGGCUUUGCUAUGGUGAUGUUAUAAAGUGCCACAGAGACGAAUAAAGAGAAAUCUUGAAAUGGAACGCGGUAAACCCCAUAAGUAAGAAACUCAAAUUUUGGUAGAGGAAUCUGAUUAAGAAAAUAAGAAUCAAAAUCAGAAGUUAUUAUUAACUAGAUAGAUGAUUGACGCUGAAAAGUACAAAACGUGGGUUAUAAAUAAAAUCUCAUCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((.((((((((......))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((...(((...)))..)))....))))...(((((...........(((((.....)))))...........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))(((((....)))))........))))))).((....)).......]]]]]]]].).)))))))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.....((((((((......))))))))..))...((((((..(((.(((((......)))))(((((((..(((((((...........((((...((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....)))))........))))...(((...(((((..((((.............))))...)))))..)))....)))))))......(((((((..((.........))..))))))).((((((............)))))).)))))))....))).....)))))).....))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((......))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((...(((...)))..)).....)))).....................((((....))))..........................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))................((....)).......)))))).................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.......(.((((((((......)))))))).)......(((((.....((((((......)))))).....(((((((((((..........)))))(.((((((....)))))).).)))))).....................................................(((....))).......................................................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............................)))))......))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((..........))))))...............(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).(((((......))))).............................................................((((....))))............................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........((((((((......))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((...(((...)))..)))....))))...(((((.............((((....))))............)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................))))))).((((....))))................(((....)))......)))))))).).))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((...((.((((((((......)))))))).))....((((((((...((((((......))))))))...(((((((((((..........)))))(.(((((((()))))))).).))))))...............((.((((............((.(((............((((....))))....))).))..........))))..))..........................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............(((....)))......))))))..)).))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...))).(((....[[[[[[.)))..]]]]]].....(((((((...............[[[[[[((((((....))))))..)))))))....]]]]]].(((((...((((.............))))))))).........(((...(((((..((((..........[[[))))...)))))..))).......]]].......(((((((.................)))))))(((((....))))).......))))))))(((....))).................))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((..((......))..)))...))).....))))).......((((....(((...(((((..((((.....((....))))))...)))))..)))....))))..........((((((..((.........))..)))))).(((((....)))))........)))))))(((....)))....(((....)))...))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((..((((((((......))))))))((....))[[[[[.....((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............................................................((((....))))......................................................(((((((.................))))))).((((....))))..........))))).(((....)))......]]]]]......))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((((((((((((........)))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..(((.(((((((((...(((...)))..))))).))))......))).......(..(((((((....)))))))..))))))...............)))))))................)))).(((((((..((.........))..)))))))((((......)))).......))))))).((((())))).))))........................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...)))).....))))...............(((...(((((..((((.....((....))))))...)))))..))).................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))........)))))))(((....)))....(((....)))...))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).......[[[[[[.....((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).(((((((..))))))).[[[[((((((.........(((((((((((((...........)))))..............(((...(((((..((((.....(((..)))))))...)))))..)))......))))))))...(((((((.................)))))))))))))................)))))))]]]]..]]]]]]....]]]]]].....))))))))))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..))..).)))))...).(((((.(...))....((((....))))....)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).((....)).((.(....))...)...)))............ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..))..).)))))...).(((((.(...))....((((....))))....)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).((....)).((.(....))...).).)))............ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((.(.(((...))).))))...)))).....))))......(((((....(((...(((((..((((.............))))...)))))..)))....)))).).......(((((((.................)))))))(((((....))))).......))))))))(((....)))....(((....)))...))))))))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.........((((((((......))))))))............(((((.((((((......)))))).((((((........................(((((((((..(((((((..((((.................)))).))))))))))))....)))).............((((....))))......))))))...........)))))....((((((..(((((...........(((((...........)))))...((((.....((((((.........)))))).....))))......)))))..))))))...))))))))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((......))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((....((..............)).....))))....((((...(...).....(.((....)).)............))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...............)))....))))))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((..(..(((((((..((.........))..)))))))..)..)))))))....)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((.((..(((((((..((.........))..)))))))..)).)))))))....)))).)))))))).((....))..................)))))))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((((...........(((....)))....(((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).......((....((((....))))....))))))))((......))....)))))....)))))).(((((((..(..(((((((..((.........))..)))))))..)..)))))))....)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((........)((((.(..((((((........).)).((((((((......)))))))).(.(((((((((((..)))).(((..)))((((((((....))))))))))))))))....)))..)))))((((((((.............))))))))..(........).((.((((...(((((((.......)))))))....)))).)).(((...))).((((((..(((((((..(((.......)))..)))))))..))))))....(((..))))))))))))((.(((((....)))))))........))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................(...)....(...(......)..).(...............).....(.......)..............(.......(...))..........(.....(....(.......)....)......)..............((..........))....(..........)....................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((..((((...........(((....))).........((((((......)))))).................................(((((......)))))..((((.(((..(((...(((...)))..)))...)))......)))).............((((....))))...................................))))...............(((((((..(...........)..)))))))................)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((.((.((((............(((....))).(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).)))).)).....((((....))))..........)))))..)))............((((((..(((((.........(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............(((....))).)))))..))))))...))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....)))).....((((((((......))))))))..........(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((...((.......))...)))).((((.............))))............((((....))))...((((.............))))...(((((........)))))..(((....)))((((...........))))....((((..(((((((((.........))))).)))).))))............(((((.............))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....)))).....((((((((......)))))))).........(((((((((((((((......))))))..(((((...{{{{{{....))))).}}}}}}.((((((....))))))..((((.............[[[[)))).((((.........]]]]))))............((((....))))...((((.............))))..)))))....(((.....))).(((....)))((((...........))))....((((..(((((((((.........))))).)))).))))...........)))).(((........)))....... |
|
|
|
AGCAUUGGCUAACAGCUGCUUGAAAGAGUAGAGGAAAGUCCACGCUAGCACAACCUGCGAUGGUUGUAGUGAUCAUGCUAGGCCCAAUAAGCCUAGGCUUAGACGACUAGUGCCACAGAGACGAGAAUUGUGAAACGCGGUAAACUCCAUGAGUUAGAAACCCAAAUAUUGGUAGGGGAACUUUUCAACGGAAAUUGAACCAAAGAAAAGAGUUGAUUAAUCAACUAGAUAAAUUGUUAGCACCUGAGAGGGUACAAAACGUGGCUUAUAAAUGCUAAAACACUUGCGCGAGCAGGCGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((....))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)((...(((((........................)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((....))))))........)))))))((((....))))......]]]]]]]].)).)))))(((((((((((....)))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(((((((.((((((....))))))......(((....(((((((((((......)))))).........)))))..((..(((((....)))))....(((((((.(((((.........)))))....(.(((.(((((...)))))....))))...))))))).))....((((((...((........))...))))))((((((....)))))).)))....)))))))..((....))..........((((........)))).(((.(((((....))))).))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((........)))).((....(.(((....((((((((......)))))).)).......((((((.......))))))........(.(....).).........(....)))).)....((....)))).......................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((..((((((....)))))).(((...)))..(((((((...((((((((((((....(((((((((((((((...........)))))))......((((((......((((...)))).......)))..))).))))).)))..)))).....))).)))))....((((((...((........))...))))))((((((....))))))........)))))))((((....)))).......))))))....))))))(((((..((((....))))..))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....))))))...............................................................................................((((((...))))))....................................................................................................((((....))))................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).(...)..................................................)))))...(((...........)))...(((((((.(((........))).)))))))((((((....))))))................(((....))).......))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....)))))).....((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).(...)..................................................)))))...(((...........)))...(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))................(((....))).......))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....((((((....)))))).....)))).........((((((......))))))..........((((((.......))))))..................((.............)).............................(((...........)))...((((((...((........))...))))))((((((....))))))...............((((....)))).......................(((((.(((((....))))).))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((......)))))................((((((((......)))))).)).......((((((.......))))))......................................................................................((((....(........)....)))).............................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(..((((((....))))))..).(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))........((...(((((........(.......).......)))..)))))))))........(((...........)))...((((((..................))))))((((((....)))))).........))))).((((....))))......)))))))).).))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...((((.....((((((....)))))).....))))...))....((((((......)))))).........(((((......((((((())))))).....)))))..((((...........))))..........(((((...))))).....(((...........)))...((((((...((........))...))))))(((((((()))))))).............(.((((....)))).)........(..........).(((((.(((((....))))).))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((.).))))))....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).............................(..).......................)))))...(((...........)))...(((((((..((........)).).))))))((((........))))............................(...)))))))))................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.((....)).)))....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......))))))..((((....))))..((((.............))))...................)))))...(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((....)))))).................................))))))))................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((....)))))).....))))..(((....[[[[[[.)))..]]]]]].(((.[[[[(((((......(((((....))))).....)))))..))).............]]]].........(((((...))))).....(((.....[[[[[.))).....((((....))))....]]]]].......((((((....)))))).......((((.[[[((((....))))))))......]]]....))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((.((((((....)))))).(((...))).((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))((((((....)))).)).............((((((...)))))).(((((...))))).....(((..((....))..)))..((((((...((........))...))))))((((((....))))))........))))))).......(((.(((.....))).)))...)))))).((((.(((((....))))).)))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....))))))..................((((((......))))))..........((((((.......))))))................................................................(((...........)))...((((((...((........))...))))))((((((....))))))...............((((....)))).................))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((((((....)..))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......))))))........((......)).......(.........))))))...............)))))))................))))..((((((.(((........))).))))))....((......))..........))))))).(((......))).))))............................................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..(((((((((((((....))))))...........(((((((((((((......))))))..(((((((.((((((.......))))))..................))................)))))...............)))))))......................((((((.(((........))).))))))...((((....)).))........)))))))......(((.((.((........))))))))).......)...................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((.((((((....)))))).(((...))).((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))((((((....)))).)).............((((((...)))))).(((((...))))).....(((............)))..((((((...((........))...))))))((((((....))))))........)))))))........((.(((.....))).))....)))))).((((.(((((....))))).)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((.............(((...))).((((((.((((((......))))))..........(((((((..[[[[[[[..)))))))....)))))).(((((.........)))))....))))).(((((...))))).....(((...........)))...((((((..................))))))(((((((..)))))))........)))))))((((....)))).........]]]]]]].))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.................(((...)))......((((((((......)))))).))........(((((.......)))))(((((((....)))).)))............((((((...))))))...((((((.(((.............))).)).))))..((((((..................))))))(((((......))))).......))))))))((((....))))................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........(((....))).........(....)....................))))))))....(((.....)))...........................................................................................................................))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((([[[[[[[...(((a...((....ggg.((((((.((((((<<<<<.)))))).bbb.bbbbb(((((((..ccccccccc)))))))....))))))))((....fff....fff(eeeeeeeeee..))A)BBBBB.((((...(((...{{{{{{{.)))...ddddddd..GGG..))))}}}}}.......(((((((CC)))))))...}}..))))))))EEEDDDDDDD)E)EEE..EEECCCCCCC.))))))....BBB>>>>>]]]]]]]FFFFFF) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..).(((((.(...)).......)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).((.(....))...)...)))............................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((((......))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..((.((((.(...).......)))).)))..(....))))))))))))))..(((..((....)).)))...(((((((..((........))..)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).......(...)......)))............................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..).(((((.(...)).......)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).((.(....))...).).)))............................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((((......))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..((.((((.(...).......)))).)))..(....))))))))))))))..(((..((....)).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).......(...)......)))............................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((.(((((......))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((....)((((.(...).......))))..(...).....))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))(((((......)))))........))))))).(((....))).......(...)......)))............................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((....)))))).....))))..((((...((((((......)))))))))).....(((((......(((((....))))).....)))))(((((...(((((...((((.......(((....(((.((((..((...(((...........)))...)).))))..)))......))).........((((((....))))))..)))).)))))...((((....)))).......))))).....))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((((....)))))).(((...))).((((...((((((......))))))))))...(((((((((.......))))))((((((....)))).)).............((((((...)))))).[[[[[)))]]]]].....(((............)))..((((((..................))))))((((((....)))))).......)))))))).......(((.(((.....))).)))...))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....)))))).....((((..((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))........))))...(((((...(((((..((((((...)))))).........(((((......((((...))))......)))))(((((......)))))...........((((((....)))))).......)))))...((((....)))).......))))).....))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((....))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........((....((((...(...)................))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))..))))))).................)))....)))))))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........((...((.((((.............)))).))..((....)))).)))))))).............(((((.....(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........)))))..................))))))))................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((...(..((((((....))))))..)..((((..((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))........))))...))))............((((((..(((((((..(((((.(.(((((...(((..((....))..)))..((((((...((........))...)))))).(((((....)))))...........))))).).)).)))..)))....))))..)))))).))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....((((((....)))))).....))))(((......((((((......)))))).)))....(((((((((...........))))))).))..((..(((((...(((((...((((.......(((....(((.((((..((...(((...........)))...)).))))..)))......))).........((((((....))))))..)))).)))))...((((....)))).......)))))...))))))).(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(..((((((....))))))..).(((.((((((((((((((((......))))))....(((........(((..(((((....)))))....(((((((.(((((.........)))))....(.(((.(((((...)))))....))))...))))))).)))...((((((...((........))...))))))((((((....)))))).))).....))))))((((....)))).......)))))))...))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..)))((((((......))))))...(((.(((((...((((((((......)))))).)).((((((((((((......).))))((((...(((.((.(((((((.............))).).))))).).))..(..)))))..((.(((...........)))..))(((((((((((((..))))))))))))).)))))))....((((((..)).))))..(...((((..))))....)..))))))))...))))))(((((.(((((...).)))).))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................(......((.......))........(.........).((...(........).)).....(...).....................................................)......(((((..(.(..........).).))))).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................(..............).(....(.......)....(((.......)))....(((........))).................(...((.............)).)...(..........).....((..........))....(...(.........(...........).....)....).........)... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....))))))...................(((((......)))))............(((((.......))))).................................................((.....))....................................((........)).........((((((....))))))...............((((....)))).................))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((....)))))).(((...)))...(((((((((((......))))))..........((((((.......))))))((.............)).........................((......))....)))))...(((..(......)..)))..((((((...((........))...))))))((((((....))))))........))))))).(((....)))..........(((........))).........((....))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....))))))....(((.(((((((((((...(((((..((((..((((..((..(((((((.......))))).))...))..))))..)))).......................(((.(((((...)))))....))).........)))))....((((((...((........))...))))))((((((....))))))........)))))))((((....)))).......)))))))...))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((((....))))))...........((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))...(((....)))..))))...........(((((.....))))).((((.....)))).............(((((.(((....))).(((......))).))))).......((((((....)))))).........(((...((((....))))........((((........)))).))).(((((....)))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((((....))))))......(((.........((((((......)))))).((......)).((((.......)))).))).(((....)))..))))...........(((((.....))))).((((.....))))......(((.....)))...........(((((......)))))...........((((((....)))))).(((.....)))...((((....))))..((((((((((........)))........(((....))).))))))) |
|
|
|
GCACAAGUCAAUCGCAGGUAUAAUCAAAAUAUUAUUUUAUAAAUAUAAAUUAUAUUUUGAUUAAUAUUUGAGGAAAGUCCGCGCUAGCACUACCUGUGAUGGUAGUAGUGUUCAUGUUGGGUCUAAUAAACCCAAGCUUAGACGACAAGUGCCACAGAGACGAGCUUAUUUAUUAAAUUCUUCUUUUUCUAUAUUGAGAAUUACAAUUUUUUUCUUAAUAAAUAAGGUGAAACGCGGUAAACUCCAUGAGCUAGAAACCUAAAUUUUGGUAAGGGAGCCCAAUUUGAAGAAAAAAAACUUCGAUUGGGAAGUUUUUUGAUAAGGUUAUUAUUAAAAGAAAAACUUAGAUAAAUGAUUGACUGAUACAGAACGCGGCUUAUUAGUGCAAAAACAGCGUAAAAACGCUGUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.........)))))))))))))))).)))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)((...(((((...........(((((((((((((((((((..((((......))).))))))).......))))))))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((((((((((.....))))....))))))))))........)))))))..........]]]]]]]].).)))))(((((((((((....)))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..(((((((((......((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).((((((((......(((((...((((((((......)))))).)).......((((((.......))))))...............(((..(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........))))))))).....)))....)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))....))))))))..)))))))))..........(((.((....)))))..(((((((((....))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((......((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).((((((((......(((((...((((((((......)))))).)).(((((.((((((.......))))))...((((....(((.......((((..................)))))))..))))(((((((((...........)))))))))......))))).)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((.((((((........)))))))))))...((((((((((.......))))))))))....))))))))..)))))))))((((.((.......)))))).)))).((((((((((....)))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((........................................))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).(...).....((((...........(((....))).......))))........................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((.........................)))))).........................)))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((((((((((((((((.(((.(((....)))))).)))))))))))).))))))........(((((...((((((((......)...))))))).....((((((.......)))))).............................((((((((((((.....................((.............))))))))))))))......)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))....)))))))))........)))))))).........................(((((((((((....))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................((((((......))))))..........((((((.......))))))..................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((................((((((((((((.((.((((....)))))).))))))))))))...........(((.(((((...(((((((...........)))))))(((((((((((.......))))))........((...(((((...........((((((((((((......................................)))))))))))).........)))..)))))))))........(((...........)))...(((((.((((((........)))))))))))(((((((((.....(........)....))))))))).........................))))))))....)))).((((((((((....)))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((.(((....)))))).)))))))))))).))))))........(((((..(((((((((......)...))))))))....((((((.......)))))).((.........))...............((((((((((((.....................(((...........)))))))))))))))......)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))....))))))))).......))))))))).....................))))(((((((((((....))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))).))))))).(((....(((((..(((((((((......))))))..........((((((.......)))))))))..............((((((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))......)))...))))).....)))....(((((((.[[[...)))))))..]]]..(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))..............)))))))))..........(((.........)))(((((((((((....))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((((((((((((((((.((((.........)))).))))))))))).)))))))........(((((....(((...((.((.(((((...(((((...(((((((.......)))).)))...))).))...))))))).)).....((((((((((((((((((.............)))))).............)))))))))))))))...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))...............))))))))..........(((.((....))))).((((((((((....)))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((.((((((((((((((((((.(((.((......))))).)))))))))))).))))))........(((((......(((((......)))))...........((((((.......)))))).............................(((((((((((........................................)))))))))))......)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))((((((.(((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))....)))))))))........)))))))).....................))))(((((((((((....))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((((..........(...(.........................))..))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......))))))...(((....).)).....(((...(((.....(((....))))))...)).........).......(...(((((((....))))).))..))))))...............)))))))................))))..((((.(((.((........))).))))))............(((.....)))............)...)))))).(((.....))).)).)........................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((((((.((((((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).))))))........(((((.....((((((......))))))...(((....((((((.......)))))).....)))............(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))............)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))((((((.(((((........))))))))))).(((((((((((((.....)))))))))....)))).........))))))))..............(......)))).((((((((((....)))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((......((((((((((((...((((((..))))))..)))))))))))).((((((((......(((((..((((((((...........))))))))....((((((.......)))))).................(((.........((((((((((.(((((((.............)))))))....[[[[[[[[[[)))))))))))))...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..]]]]]]]]]].....)))))))...(((((((((((.....)))))))))))....))))))))..))))))))).....................))))(((((((((((....))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((((((((........................................)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)((((((((..(.......(((....)))....).)))))...).(((((.(.......))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((...........................))))).......))))))))....((.(....))...)...)))............................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((((........................................)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)((((((((..(.......(((....)))....).)))))...).(((((.(.......))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((...........................))))).......))))))))....((.(....))...).).)))............................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......((.((((((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).)))))).)).(((.(((((.....((((((......)))))).(((((...((((.((((((....(((.((((((...((....((((..(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))...............))))...))..))))))....(((........)))..)))..(((((.((((((........)))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).....))))))...)))).....)))))....))))))))....)))).((((((((((....)))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.(((((....)))))).)))))))))))).))))))........(((((.....((((((......)))))).((((([[[(((((((.......)))))).)...))).)).........(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))......]]]...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))((((((.(((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))))))....))))).......)))))))))((((............)))).))))(((((((((((....))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((.((((((((........................................))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........((.((((............................))))........................(((((.((....)).)))))................))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))......................................)))....))))))).................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((((((((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))........((.....))((....))..)))))))))).......((((((.((((.((((.......(((.((((((........((..((((((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))......)))..))..((......)).))))))....(((........)))..)))..(((((.((((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))...................)))).).))))))))))))))....))))(((((((((((....))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.(.((((..(((((((((((.(((((((((..))))))))))))))))))))...))))))))(((.((((((((((((((((......)))))).))((((((((((((.(......))))))(((((....).))))..((((...((..))(((((((((.((((((...............))))))..............)))))))))))))((.........))..)))))))))((((((..))))))(((......)))(((((..)....((((((((((..(..))))))))))).((((.....)))).((((.............)))).)))).(((...)))).))))))))))).))))((((((((((......)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................((.........(........)...(.....((.............)).......).(.........)....(...)..(...(..........).....).............(...(..(....(......).....).)...)...........................))............................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((.......((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).((((((((......(((((.....((((((......)))))).(((((...(((((((.......)))).)))...))).))....(((..(((((.((..(((.....)))..)).))))).....(((((((((...........))))))))).....)))....)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))....))))))))...))))))))((((.((.......)))))).)))).((((((((((....)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.....(((((.......)))))..(((((....))))).......))))))....(((.....))).(((((.....((((((......)))))).....(((...(((((.......))))).((((.......))))......((((..................))))..(((((......))))).............((((.....)))).)))..)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))..((((..(((((....))))).(((.........)))...)))).....(((((((.((.......)))))))))....(((((((((....))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((((((((.(((((..<<<<.)))))..(((((....)))))...((((>>>>..))))(((.....)))..((((...[[[[[[[.)))).(((..]]]]]]]))).(((((((.......))))..((((.......)))).....{{{))).((((((((.....))).((((((((((......))))).....cccc...)))....CCCC.aaaa.....))))).........))}}}....AAAA......ddd...))))).DDD...)))....((((((((((......))))))))))..(((.bbb.))).(((......BBB))).............((((((.((.......))))))))))).((((((((((....)))))))))). |
|
|
|
GCUGUCGGUUAGUUGCUGCUUUAAAGAUAUAUUUAAAGUAGAGGAAAGUCCAUGCUUGCACUUGCUGGAAUGCAAGUAGUGUUUGUGUAAAUCAAAGCGAUAAGAUUUAGGAUGUGAUAGCCAUAACGACAUAACUAGUCUAAGGUUAAUACUAUGAUGAUGUUUUGAAAGUGCCACAGAGACGAGGCUUGGUGAAAACCAGGUAUGAAACGCGGUAAACUCCACAAGCAAGAAACCUAAAUUUUGGUAAGGGAAUGUUGCUUUAAGAACAAAUAAUUAAAGUAAUGACAGCAAUUGCUGUAGAUAAAUAACUGACUUUAAAACAGAACAUGGCUUAUUGACAGCAUGCUAUCUAAAAAAAGGAUCAUGAUGAUCCUUUUUUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((((((......))))))))))....{{{.{{{{{(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((.[[[[[[)))).)((((((...((((...(((....)))..))))....))))...(((((...........(((((((....))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((..................)))))))(((((....)))))........)))))))............}}}}}}}}.).))))))..]]]]]]((((((((((((((...))))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((.(((((((...((((((.............(((.((((((((..........)))))))).((((((((....((((((((.....(((....((((..(((((.....(((.......)))...)))))..)).)))))..)))))))).((((((...........(((((((....))))))).........)))..))).))))))))....(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))...)))))).....))))))).)))))).)))))....))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((..........))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((.(....))))).....(.....((((...(((....)))..)))).....)......................((((((....))))))........................)))))...(((...........)))...(((((((((((.........))).))))))))((((((..))))))...........................)))))).................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))...........((((((((..........))))))))........................(((((((((......(((((.....(((.......)))...)))))........................(((...........(((((((....))))))).........)))...................)))))))))............((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))..............................)))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((..................))))..................((((((......))))))..........((((((..........))))))..............................................................................((((((....))))))..................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((((((......))))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).((..(((.......))).))..............((((.............((.((...(((...(((....)))..)))....)).))...(((((...........(((((((....))))))).........)))..))..)))).)))))...(((...........)))....((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))...........................)))))))))))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))....(((((((((((((((.((....)).)))))))).))((((.......))))....(((((((((((..((..(((((.((..(((.......))))).)))))..)).........((.......(((((...........(((((((....))))))).........)))..)).......))......))))))))))).........(((((((((((..........)))))))))))((((((()))))))............))))).............)))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((((..........)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...))))))......((((..(((....((....))...)))...)))).....................(((((((....))))))).......................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((..........)).))))))))(((((....)))))........))))))).................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((((((......)))))))))).......((((.......[[[[[[))))..]]]]]]......(((.[[[[[[...)))....]]]]]]...((((.....))))..(((.[[[[[.)))...]]]]].......................((((........[[[(((((((....))))))).........))))..]]]......(((((..[[[...)))))...]]]...(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))..........(((.........)))..........)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))..........(((.........))).....)))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))............(((((((..........)))))))...((((((.................[[[[[[[[........(((.....(((.......)))...)))........................................(((((((....)))))))...................))))))......]]]]]]]]............(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))..............................)))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.(((((((((((((((..........))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........)))))).((((((...))))))..(((.(((((((((...(((....)))..))))).)))).......))))......(..(((.((((....)))).)).)))))))...............)))))))................)))).((((((((.((..........)).)))))))).((((....))))........))))))..........................................).(..)...))))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((..............(((.(((((.((..(((.......))))).))))).)))........))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))...........((.........))......)))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((((((......))))))))))........((((((((((([[[[[[....))))))...(((((((.......((((((((((((((((((.((((.(((((.....(((.......)))...)))))............(((((((...................(((((((....))))))).)))))))..........))))]]]]]]...)))))))))))...........)))))))....))))))).(((((((....((((((..)))))).............))))))).......)))))...)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((..........)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((.(....))))).)(((((..(.((((...(((....)))..))))..).)).....).(((((.(...))...((((((....))))))..)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......))))))))......((.(....))...).).))).......................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.((((((......))))))....((((((((..((((((((.......(((....(((.(((((.....(((.......)))...))))).))).....)))))))))))...)).))))))......(((((((....)))))))....................))))))....(((.((...))))).......(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))..............................)))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((((..........))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))..................((.(.......((...............)).......)......((((...(...)....(((.((....)).)))..........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...)))))))...............)))....))))))).................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))...((((((..((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))............))))))............)))).)))))))))........(((((((((((((.....))))))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((.((((((((((......))))))))))...((((((..((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))............))))))............)))).)))))))).((...)).(((((((((((((.....))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((((((......))))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...))).))))).))...(((((((....))))))).......(.((......)).)..))))).........(((((.(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))..............)))))...))))))))))))))))))))))........(((((((((((((.....))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((((((((......)))))))))))...(((.(((((((((((((......)))))))...(((((((((.((.(((((((.(.((........))....((..((((((.((.(((((.......)))))))))))))..)))))))))).))...(((((((((..)))))))))((..((.............))...))..)))))))))((.(((........))).))..(((..)))(((((((((..)))))))))(((..(.(((((..))))).)..)))....(((.(......))))).)))))))))).))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................(.(..)).....((...(......).....)).(.............)....(.......)......((((.....((.....(...)....)).....))))............................................................................(.....................)....................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((..((((((((((......))))))))))....(((((...(((((.((((((......)))))).((.(((((.((..((((((((..............(((.(((((.....(((.......)))...))))).)))........))))))))...))..))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))).....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))............)))))..............))).)))))))))........((((((((((((((...)))))))))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((((((((......)))))))))).......(((.((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((...(((((....(((((.((....)).).))))....)))))..(((....))).......))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((....))))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))........(((((((((((((.....))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))...((((((((((......))))))))))....((((....))))..((((((......))))))...(((....((((((..........))))))...((((.....))))..))).(((((.......))))).((((.......((((((............))))))..(((((((....))))))).........))))...........(((((........))))).........(((.(((((((..........)))))))....(((((....)))))...((((........))))..)))....(((((.............)))))...(((((((((((.....))))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.....))))....(((......))).(((((........<<<<)))))..((((((>>>>..))))))..(((((...{{{{{{.)))))....}}}}}}...((((.....))))......(((((.......))))).((((.......((((((............))))))..(((((((....))))))).........))))...........(((((........))))).(((((....[[[.)))))..]]].....(((.....))).(((((....)))))...((((........))))...)))...(((((.............)))))..((((((((((((.....)))))))))))). |
|
|
|
CGCUGUCGGUCAGUUGCUGCUCAAUGAGUAGAGGAAAGUCCAUGCUUGCACUUGCUGGAACGCAAGUAGUGUUUGUGUAAAUUGAACAAAUAGAUUUAGGACGCUAAUAGACGUCACGACUGGACUAGUCUAAGGUCUUUGACUAUGAUGAUGUCCGUAAAGUACCACAGAGACGAGCUUAGUGAAAACUAAGUAUGAAACGCGGUAAACUCCACAAGCAAGAAACCUAAAUUUUGGUAAGGGAAUGUUACUUUAAGAAAAAUAAUUAAAGUAAUGACAGGAUUACUGUACAUAAAUAACUGACUUUAAAACAGAACAUGGCUUAUUGGCAGCGUUCUAUUGAAAAAGGAUCUGUUUGGAUCCUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((...))))))....{{{.{{{{{(((((((((((......)))))).....(((((((((((.........))))))(((((.[[[[[[.)))).)((.((((...(((...((((...))))..)))....))))....(((((..........(((((((....))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))((((.....))))........)))))))............}}}}}}}}.).)))))))..]]]]]](((((((((((....))))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((...))))))...((((((..(((((((............))))))).((((((((((............(((((((((.(((.......((((...(((((((..(((...((((...))))..)))...))))....)))........)))).(((((((....))))))).......)))......((.........))..))))))))).(((((......((((((((((.........)))))))))).......))))).))))))))))...)))))).......))).)))))....))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.)))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.........)))))).((((((....)))))).....((((....((...(((.....)))..)).....))))....................((((((....))))))........................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((.....))))...........................))))))............................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((...))))))............((((..((((((......))))))...((((((.........)))))).......(((((.........((((.(((((((....)))..))))..))))........)))))......((((..........(((((((....))))))).........))))........))))..........................(((((((((((.........)))))))))))((((.....))))........)))))))......................)))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.........)))..................((((((......))))))............((.(..........).))................................................................................((((((....))))))................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((((((...))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((...........................................(((((..(((...((((...))))..)))...))))).....((((........(.(((((((....))))))).).......)))).....))))))))))...(((...........)))....((((((((((.........))))))))))(((((.....)))).).........................))))))))...)))))))........((((((((((......)))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((...))))))...........((((((.((((((......))))))..(((((((.........)))))))..(((((((((.........((((.((((((((()))))..))))..))))........))))).)))).((((.(.....((.(((((((....))))))).))....).)))).......)))))).....((.............))...(((((((((((.........)))))))))))((((.....)))).......))))))))......................)))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((...)))))).(((...)))....((((((((((......))))))..[[[[[[[)))).....]]]]]]].......(((.....[[[[[)))............]]]]]..(((((((..((((........))))...[[[[.)))))))..(((((((....))))))).........]]]]...........(((((..[[[...)))))...]]]...(((((((((((.........)))))))))))((((.....)))).......))))))))).......(((((...(((....)))...)))))...((((((((((((....)))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((...)))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((((((((.........)))))).((((((...)).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..))).)))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((((((...))))))..................((((((......))))))................................................................................................(((..........(((((((....))))))).........))).......................................(((((((((((.........))))))))))).(((.....)))....................................)))))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((...))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((.........)))))).(((((.....).))))..(((.(((((((((...(((.....)))..))))).)))).......))).......(..((.((((....)))).))..)))))))..............)))))))................))))..(((((((.((.........)).))))))).((((.....)))).......))))))))......((.(..)..)............................).).))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((.((((((...)))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((.(.................)..(((((.....).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((.........)))))))))).((((.....))))........)))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((...)))))).....(((((...(((((((((((......))))))...((((((.........))))))(((((((((.(((.......((((.....((((((((((..........))))).......)))))..............)))).(((((((....))))))).......))).....................)))))))))..)))))....(((((((((((.........)))))))))))...)))))............)))))))))......................))))))).......(((((((((((((..))))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((((((((((.))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((.....)))..))..).)))))....).(((((.(...))..((((((....))))))..)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))((((.....)))).......))))))))......((.(....))...)...)))....................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((.))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....).))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((.....)))..))..).)))))....).(((((.(...))..((((((....))))))..)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))((((.....)))).......))))))))......((.(....))...).).)))....................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((((...)))))).......(((...(((((..(((.((((.(((.....((.((((((......................((((((...)).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).......)))......))))))))))))..(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((...)))))).(((...))).((((((.((((((.(...)))))))....((((((((((((.........)))))..((((((...)).)))).....(((((..(((.(.((((...)))).))))...)))))......).)))))).....(((((((....)))))))....................))))))....(((.(.....))))........((((((((((.........))))))))))(((((.....)))).).....))))))))).(((.............)))..))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((...)))))).....(((((...(((((((((((......))))))..((((((((......................((((........)))).....((((((((((..........))))).......))))).....((((..........(((((((....))))))).........)))).....))))))))................)))))....(((((((((((.........)))))))))))...))))).((((...((((........))))..))))....))))).)))))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.(((((((.)))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.........))))))...................((.((((....((................)).....)))).....((((...(...)...(((.((....)).)))..........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))..............)))....)))))))................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((((...)))))).......(((...(((((..(((.((((.(((.....((.((((((......................(((((.....).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).......)))......))))))))))))..(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...((.((((((...)))))).))..((.((((((((((..(((.((((.(((.....((.((((((......................((((........)))).....(((((..(((...((((...))))..)))...)))))........)))))).))..(((((((....))))))).......)))......)))))))))))).........(((((.(((((....((((((((((.........)))))))))).((((.....))))..............)))))...)))))))))))).))))))))).(((....)))(((((((((....)))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((...)))))).......(((.(((((((((((((......)))))).((.((((((......................(((((.....).))))((.((.((((..(((...((((...))))..)))...))))))...))..)))))).))..(((((((....))))))).......))((......))..)))))....(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))).(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......(((((((...)))))))...(((.((((((..(((((((((...).)))))).))((.(((((((((...........)))))((((((..(((((.(((..))).)..))))((.(.((((...)))).)))..))))))...((..)))))))).((..))(((((...).))))(((((...((((((((.(((((...((((((((((..))))))))..))....))((((((((((.......))))))))))..).))..)))))))))))))....(((.(......))))).)))))))))).))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................(.(.(((((....((...))............(..(.......).....)......(..(..............)..)..(((........)))......((.....(.....)...))..............(.(.....).)...................................)))))....(.(..................)....).......).) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........((((((...))))))...................(((((......)))))...........................................((((((..(((.......)))...((((...)))).....))))))..................((.(((((((....))))))).)).................................................((((((((((.........))))))))))...................................................)))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((((...)))))).......(((.((((((.((((((......)))))).((.((((((......................(((((.....).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....)))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))..(((((.....))))).......((((.((........)))))).(((.....))).((((.........))))..........((((........)))).....((((.(((((..........)))))......((((................)))).(((((((....)))))))................))))....(((((........)))))..........((((((((((.........)))))))))).((((.....))))...((((........))))....(((((................))))).....((((((((((....)))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))..(((((.....)))))........(((.((.....[[[))))).((((]]]..))))..(((..............<<<<((((.{{{))))....}}})))...((((.(((((....>>>>..)))))......((((................)))).(((((((....)))))))................))))....(((((........)))))..........((((((((((.........)))))))))).((((.....))))...((((........))))....(((((................)))))...((((((((((((....)))))))))))) |
|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCGGUAGUGUUUGUGCUAGGUGAAUCAAUAAGCCUAGGGACAUCUUUUUGAUGUUACGGCGGGCAAAAAGGCUAAGUCUUUACGGAUAUGUCUGAAUAGCCCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUUCUUGGGGAAACCUAAGAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAUCCGAACAAUCUAUCCUGACUGGAAACAGUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAGACCUAGUUAUCUCUGGAACAAAACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((.((((.....(((...(((....)))....)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((..................)))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((....)))...((((((......)))))).((((((.((((((.(((........(((....((((((.....))))))..))).........(((((..((...(((....)))..)).))))).......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))......)))..))))))..((...(((((((((......((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........)))))))))(((((((.......))))))).))....))))))..))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((..((((((((......)))))).))....)).((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))............((((((((....)))))))).))))...................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))).....)))).)))).....((((((((((....(((((.....(((((.(((.......((((((((....)))))))).(((...(((((...........))).))...))).))).))))))))))..((((((((((.........))).))))))).((((....))))...))))))..))))...((((((((.......))))))))............))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((.................)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((...........))).................................................................((((((((.......))))))))................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........)))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........)..((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...((((....))))..)))).....))))......................((((((((....))))))))...............((((..........................))))..(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)...((((....((((...(((......)))..)))).....)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))....(((((((...(........)...))))))).((((....))))..................((((((((.......)))))))).........).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((......))))))...)).....((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...((((....))))..)))).....))))........((((..........((((((((....))))))))))))...........(((((........................)))))..(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))................))))))..(((...(....)..)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))..............))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))............((((((((....)))))))).......................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((..)))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((..[[[[[[....)))...]]]]]].((((((.....)))))).....((((..((((((...)))))).((((....))))....))))........((((.....[[[..((((((((....))))))))))))...]]].............))))))..(((...[[[[[[[[[)))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........]]]]]]]]](((((((.......))))))).................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((......)))))...........((((((..........))))))..(((((.....)))))......((((....((((...((((....))))..)))).....))))......................((((((((....))))))))....................................................((((((((((.........))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((((((..(((((...(((......)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................)))).((((((((.((.........))..))))))))((((....))))...............((((((((((((.....))))))))))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))...((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......))..........((.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................))))..((((((((((.........))).))))))).(((((..)))))................(((((((((..((...)))))))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((....((((((......))))))...(......((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...))))...((((....))))....)))).......(((...(((...((.((((((((....)))))))).))...))))))...(((((...(((...............))))))))...((((((((((.........))).))))))).((((....)))).....((......))...((((((((.......)))))))).........)...)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..((((((...)))))).(((((..)))))....))))........((((..........((((((((....))))))))))))....[[[[[[.[[[[[...))))))...((((...)))).]]]]]..((((((((((((...)))).....))))))))((((....))))..........]]]]]]..((((((((.......))))))))......]]]]]]))))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...((((....))))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....))))))..(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))...........)))))).. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((.....))))))..((..(((....((((...(((......)))..)))).....))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).)))))))))).(((..((....))..)))...............................................)))........................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))...((.(....))...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...(...((...((((((((....))))))))......)))((....)).).)))))))))).(((..((....)).))).(.(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).)................(((((((((.....)))))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))...((.(....))...).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...(...((...((((((((....))))))))......)))((....)).).)))))))))).(((..((....)).))).(.(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).)................((((((((((...))))))))))....).............. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((....((......))...)))).....)))).......))).......((...((((((((....))))))))......)).((....)).).)))))))))..(((..((....)).))).(.(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).)................((((((((((...))))))))))................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((...((((.(((((((..((((......)))))))..))))...)))).((((.((((.....))))((((.(((((((....(((((..((...(((....)))..)).))))).......)))).........((.((((((((....)))))))).))...))).))))..))))...))))))...((...(((((((((...(((.(((((((((.........))).))))))..((((....))))......))).)))))))))(((((((.......))))))).)).........)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((([[[)))........((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..((((((...)))))).(((......)))....))))......((((...(((......((((((((....))))))))......)))))))..(((((........................)))))..(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).....(((....)))...((((((((.......))))))))...))).)))))..]]].. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((..((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))).................((((....))))..))))))........((((..........((((((((....))))))))))))....((((((.(((((...(((((...........))))))))))..((((((((((((...)))).....))))))))((((....))))..........))))))..((((((((.......))))))))............))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))........((((..........((((((((....))))))))))))................)))))))))......................((((((((................))))))))((((....))))........))))......((((((((.......))))))))................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((.((((......((.................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...))))))).............)))........................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((.((((....((((...(((......)))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).)))))))))).(((..((....))..)))..(((((((.(((.........)))..))))))).............)))...............((((((((.....)))))))).................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((...((((.(((((((..((((......)))))))..))))...)))).((((.((((.....))))((((.(((((((....(((((..((...(((....)))..)).))))).......)))).........((.((((((((....)))))))).))...))).))))..))))...))))))...((...(((((((((...(((.(((((((((.........))).))))))..((((....))))......))).)))))))))(((((((.......))))))).)).........)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((((((((((.(((((......)))))...(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))).....))).))))....))))).((((((....(((((.....(((((.(((.......((((((((....)))))))).(((...(((((...........))).))...))).))).)))))))))).(((((((((((.........))).))))))))((((....))))...)))))).(((((......)))))..))).(((........))).............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).(((((((((((.((((..(((....(((....((((((.....))))))..)))((((..((((((...)))))).((((....))))....)))))))...))))..))).)).((.((((((((....)))))))).))))))))((....))......))))))...(((..(((((((((...(((((((((((((.........))).))))))).((((....))))......))).)))))))))(((((((.......)))))))))).........)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((((((((((((((((((..((((......)))))))..)))))..))))((((((((((.....)))))..((((((((((((((((..)).))))((..))))))))..)))).))))).)))))((...))...))))))..)).))))))(((((((((.(((.(.((...((((((((...)))...((((...)))).)))))...(((((((((((......).))).)))))))((((((..))))))..((..)).((((((....))))))...(((((....))))).))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................(.((.(((......))).)).......((.(((......)).)....)).....................(.......).....(...(.....(((....(...)...))).).........)...........((.......)...)....(...)..........(................)..........)..................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.......)..((((((((((((......)))))).((...(((.((((((..........)))))).((.(((.....))).)))))))((((.(..((((...(((......)))..))))...).))))(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))..(((..((....))..)))..(((((((((((.........))).))))))))(((......)))((.(.(.((.((......((((((((.......))))))))..))))...)...)))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))((((....((((((......)))))).(((((.((.((((...................((((((.....))))))......................................................(((..........(.((((((((....)))))))).).......)))........................................((((((((((.........))).))))))).((((....)))).......................................)))).))..))))).)))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((.((((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))..............))))))..(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))...........)))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((..((((((...)))))).((((....))))....)))).......))).........((.((((((((....)))))))).))))))))..............))))))...((...(((((((((......((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........)))))))))(((((((.......))))))).)).........)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((...((((((......)))))))))...((((((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..((((.......)))).((((....))))....)))).........)))).........((((((((....)))))))).))))..........(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........(((((......)))))...((((......))))................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........[[[[[[((((((......)))))).(((((((((((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..(((((.....))))).((((....))))....)))).........)))..........((((((((....))))))))...))))))........))))..]]]]]]...(((.....))).(((.....((((((((((...{{{...))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))}}}...........))).. |
|
|
|
UGAUAUUUCGGGUAAUCGCUAUAGCAAUAUAGAGGAAAGUCCAUGCUCACACAAUCUGAGAUGAUUGUAGUGUUCGUGCUUGAUGAAACAAUAAAUCAAGGCAUUAAUUUGACGGCAAUGAAAUAACCUAAGUCAUUGGAUAUGGUUAGAAUAGUUUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGCUUUUAUAGAAAUAUAAAAGGUGGAACGCGGUAAACCCCUCGAGUGAGCAAUCCAAAUUGGGUAGGAGCACUUGUUUAGCGGAAUUCAACGUAUAGACGAGACGAUUUUUACGCGAAAGUAAAAAUAUGUAGACAGAUGGUUACCACCGACGUACCAGUGUAACUAGUACACAUUAUGAGUACAACGGAACAGAACAUGGCUUACAGAAAUAUCAUCACUAGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((....)))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((......)).)((.((((.....(((...(((....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((..........)))...(((((((.................)))))))((((((((((((....))))))))).)))........))))))).((((((((((((((((.....))))))).....))))))))).......]]]]]]]].).)))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..((.(((((....)))))..))..))))........((((((......)))))).(((......((((((..........)))))).((......)).....(((.....((((...(((....)))..))))......)))......................((((((((....))))))))......))).................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((((((...(((.............(((.(((((((((((((......)))))).)))...(((((((((..........))))).)))).........))))........((((((((((((((.(((..(((((....)))))..))))))..)))))....((((((((....)))))))).((((..((.....((.......))..))..))))..)))))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......)))))))).)))....)).)))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((....)))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).......................(((((...............)))))..............................((((((((....)))))))).......................)))))))...........................................................................................................(((((.....)))))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((..))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((......)).....((((....((((...(((....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((................))).)))................(((((((((........................))))))))).......))))))...................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((..))))))............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((......)).....(((((...((((...(((....)))..))))....)))))......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((..........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((................))).)))........))))))).(((((((((........................)))))))))................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((.(.(((((....))))).).......(((((((((((((((......))))))...(((.(((((((((..........)))))).))).......................(((.(((((((....(((...................)))))))))).)))((((((((....))))))))....)))................))))))).(((.....)))........(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))...............................((((.......)))).........................))..)))).)))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((....)))))............((((((((((((......)))))).))......(((((((..........)))))).)............((.......(((((...(((....)))..)))))...............)).............((((((((....)))))))).........................)))).....................(((((((((((........))).)))))))).......................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........(((((....)))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........)))))).............((........(((((...(((....)))..))))).............(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))........(((((...(.....(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))............(((....)))..)...))))).......((((.........))))............)))))))).).)))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((.(((((....))))).))...(.((((((((((((((((......)))))).(((((((((((((((..........)))))).))).......................(((.(((((((....((((.................))))))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))))((((.....)))).......(((((((((((........))).)))))))).(.((((((((......))))))))..)...........(....)(((..((((..(((((.....))))).......))))..))).........)))))))).)))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((())))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...((....))..((((((.....((((...(((....)))..))))......))).......)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...((((((((..(........)...))))))))((.(((................)))..))........)))))))......((((..(((.........))).......))))........................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((......(((((....))))).......)))...((((.[[[[[[))))..]]]]]]....(((...[[[[[[))).......]]]]]]...............((((((..[[[[[....)))))).....]]]]]................((((.[[[......((((((((....))))))))))))..]]].......(((............[[[.....)))..]]]...(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).))).......(((((((..[[[..........)))))))((((.........))))..]]]..................)))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).((..(((((((((((..........))))).))))......))..))...........(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))......((.((......)).)).)))))))(((((...))))).......(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).)))........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........(((((....)))))........(((((...((((((((......)))))).))....(((((((((..........)))))).)))...........................(((((((.....((...................)).)))))))....((((((((....))))))))..((.((((((...........((((.....(((.....)))......)))).((((.(((........)))..))))......((((((((......))))))))....................))).))).)).......................................)))))......)))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((((((((((()))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((()))))..((((((((...((((...(((....)))..))))...)).))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).))))))))..............)))))))...............))))..((((((((((........))).)))))))..((((..................)).))........))))))).((.((((.(((((.................))).)).)))).)).).))............................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((..(((((((((((((..))))))......((((..((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((()))))...((((((...(((((.(.((((..)))).))))))....)))).......))..........((.((((((((....)))))))).))))))))..............))))))...(((....)))...))))..((((((((((........))).))))))).((((((.((..........)).))).))).......)))))))..(((((((((...((.........))........)))))))))..................)))).))))........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))((......))....)))))).(((((...))))).......(((((((((((........))).)))))))).((((((((((......)))))))).)).........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((((((....))))).......(((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))(((((..((((((..((((((...........))))))......))))))..........)))))(((..........((((((((....)))))))))))))))))(((..)))......)))))))(((((...))))).)))...((((((((...............))))))))...((((((((......))))))))...........)))))))).(((..((((..(((((.....))))).......))))..)))..................)))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((....))))).......(((...(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((()))))..((.((((....((((...(((....)))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..........))).............)))......................................................)))))))).............................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((..{{{{{{{(cc..cccccccc...cccc(hhhhhhh...))))))))))(((((nnnnnn(bbbb(dddddd.d(..aa..aaa(eeeee([[[[[(.kk)))))....bbb((jjjjjjjj)CCCC.oo(()}..ooooo)AAA.)KK]]]...fffffff..CCCCCCCC.ff((.gg...ggggg.((CC.))..((((<<<(.HHHHHHHmmm)]]EEE))))..)DDDDDDpppp}}}}}}...)))((((((...)MMM.EE))FFllllll....)D....)))))).PPPP>>>))BBBGGGGG.FFFF))OOLLLLLL((((GGFFFOOOOO.)BBBB.............JJJJJJJJ......AANNNNNN)))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((((((((((..)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((......)).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((.......).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................))))))))).((.(....))...)...))).............. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((((((((((((((..)))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((......)).)(((((((...(((((...(((....)))..)))))....)))).......))).))....((...((((((((....))))))))......)).((....))...)))))))))).(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................)))))))))..((.....))........)).............. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((((((((..)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((......)).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................))))))))).((.(....))...).).))).............. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((((((((((..)))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((......)).).((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).).)))))))))).(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................)))))))))..((.....)).......))).............. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((((((.((((((..)))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((......)).)(((((((....((((....((....))...)))).....)))).......))).))(...((...((((((((....))))))))......)).((....)).).))))))))...(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))(((((..................)).)))........))))))).(((((((((........................)))))))))..((.....)).(.....))).............. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((..((((((.(((((......)))))..((((((.((((((((..........)))))).))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))............))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((((((....))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).(((((((((((((((..........))))).))))....(((....))).........(((.((((((((.(((..(((((....)))))..))))..))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))))(((((...))))).......(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).))).......)))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((..))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).............((.((((......((...............)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((........))...)))))))..............................)))....))))))).............................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((..))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((......))..((.((((....((((...(((....)))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))..............................)))...)))))))).((...((((........................))))...))................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((..((((((.(((((......)))))..((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.((((((((.(((..(((((....)))))..))).).))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))............))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((((((.((((....))))........(((..((((((.(((((......)))))..((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))...........)))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................))))))))((.....)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((.(((((((((((((......)))))).(((((((((((((((..........)))))).)))..........((...........(((.((((((((.(((..(((((....)))))..))).).))))))).)))((((((((....)))))))))).))))))((....))......)))))))((((.....)))).)))((((((((((((((........))).))))))))...((((((((......)))))))).)))........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.....((((((....))))))...(((.((((((.(((((((((......)))))).)))....(((((((((........))))))).))..(((((((......)))))))..(((((((((((((..(................)..).)))..))))))))).((((((((..))))))))..((((((((((((...(((...((((.((((.(((...))).))..))))))(((....(..)..((........))((..((.((((((((......))))))))))..))))).).))....))))).))))))).(((..(..((((.((...)).))))...)..))).).))))))))))))))))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................((..............((.(((......)).)....)).....................(.......)......(((...........(((.)))......)))........(...((........)).)..................(..........)...........((............)).........................)).......(............).................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((........)....(((((((((((((......))))))...(((....((((((..........)))))).((......))..)))((...(..((((...(((....)))..))))....)..))(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))).(((..........)))...(((((((((((........))).))))))))(((.(................)....))).......(((...((((((..((((.....((..............)).))))..))).........))).)))........).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((..(((((....)))))..................((((((......))))))........((.(((((..........)))))..))............................(((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))....((((((((....))))))))..............................((((.....)))).......(((((((((((........))).))))))))...((((((((......)))))))).............)))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((((((.(((((....))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((......))..((((......(((((...(((....)))..)))))..............))))..........(.((((((((....)))))))).).))))))..............))))))).(((..........)))...(((((((((((........))).)))))))).(.((((((((......))))))))..).........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((..((((((((((((......)))))).((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).)))........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.....)).)))...(((....))).((((...(((((.(((...((((((......))))))..(((((((.....))).)))).....(((((.......))))).)))..(((...........))).))))).((((.................))))...........((((((((....)))))))).................)))).(((((...((((.....))))..((((.((((((((.((........))..))))))))...((((((((......)))))))).(((.......((((....))))..(((((((((((.....)))))....)).))))...........)))..))))............)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....{{{..))))(((((....))))).......}}}.((((...((((((aaaa..))))))....AAAA....((((..........)))).))))..........((((((((..[[[[[....))))).(((((]]]]]..)).))).......)))..(((((.....((((((((....)))))))).........((((.....((((.(((....((((.....)))).....)))....(((.((........))..))).))))...((((((((......))))))))..(((.......<<<))).>>>....)))).(((((.....)))))....(((((.((.............)))))))...........)))))... |
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|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCGCACAGGCUGUGAUGCCUGUAGUGUUCGUGCUUAGCGAAACAAUAAGCUAAGGUGCUCUAUUAGAGUAACGGCAGGAAAACAAGCUAAGGUUUUUAACUAUGCUUAAGUAUCCUUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGCGGAUAGGGAAACUUAUUCGGUGGAACGCGGUAAACCCCUCGAGCGAGCAACCCAAACAAUGGUAGGGGCGCUUUUUGUUGGGAAUUAAGAACGAGACAAAAAGGCAGGUUAACUGCAGAUAGAUGGUUACCACAUUGCUUUUUCUCCCUGGAAAGUAGUGUACAGAACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((...)))))).)((.((((.....(((...(((.....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((...................)))))))((((.....))))...............((((((((((((......))))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((((((((((.....))))).)))))..((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..)))..........)))))).....(((((((...........((((....((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..(((..((((.((((..(((...........)))..))))))))..))).........))))........((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...))))))..))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....((((....(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((...(((.....)))..)))).....)))).......)))............((((((((....)))))))).))))....((....))))........................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((...((((...))))..)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((...((((...))))..)))).....))).......))))...(((((....((((((((....)))))))).......(((((..((((((.((((..((..(((...........)))))))))((((((...............)))))).)))..)))..))))).........))))).((((((((((((......))))))))))))...)))))).)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((................)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................(((((((((...............))))))))).......................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........))))))))).......)))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................((((((((.((..........))..))))))))((((.....))))................(((((((((..........)))))))))................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(..((((((......)))))).).)))))..((((((..........))))))..(((((...)))))................((................)).................................((((((((....))))))))...............................(((...........)))...(((((((((...............)))))))))((((.....))))...................(((((((........)))))))((((.....))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((.....)))))......(((....((((...(((.....)))..)))).....))).......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((...(....)..)))...((((((((.................))))))))((((.....)))).................((((((..............)))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((...)))))).)((..(((....((((...((((...))))..)))).....)))......(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))...(((...........)))...(((((((((...............)))))))))((((.....))))...............(((((((((((........)))))))))))......).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(..((((((......)))))).).)))))..((((((..........))))))(((((((...)))))).)...((((....((((....(.......)...)))).....))))........((((..........((((((((....))))))))))))........................(..(((...(....)..)))..)(((((((((...............)))))))))((((.....))))........(.......)..((((((((......))))))))((((.....))))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((.....)))))..(((((((....((((...((.......))..)))).....)))).......)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))................)))))...(((...(....)..)))...(((((((((.((.........)).)))))))))(((((...)))))..................((((((((........))))))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).....(((((((((......)))))).)))(((...[[[[[[))).......]]]]]].((((((...))))))..(((..[[[[[[..)))...]]]]]].(((....(((((....))))).....[[[[))).......((((((((....))))))))]]]]..(((......[[[[[...)))....(((........)))]]]]]..(((((((((...[[[[[.......)))))))))((((.....)))).......]]]]]...((((((((((((......))))))))))))................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.....((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((........))..)))).....))).......))))............((((((((....))))))))...))))))......(((..((((.((((..(((..((....)).)))..))))))))..)))..........((((...((((((((((.(((((........))))))))....))))))))))))))))).(((.((((.....)))).)))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))..........((((((..........))))))..((((.....)))).......((.....((((................))))......)).......................((((((((....))))))))...................................................(((((((((...............)))))))))((([[..[[[))).........]]].]](((((((((((........)))))))))))................ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..((((((((..(((((...(((.....)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................)))).(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))...............(((((((((.((.......)))))))))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))..((((((.))))))....((((((...(((((...(((.(..))))..)))))....)))).......))........(..(.((((((((....)))))))).))))))))..............)))))).(.(((.....))))..)))..(((((((((((..........)).)))))))))((((((.))))))................(((((((.((((.....)))))))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(.........((((((......)))))).(((((....((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((........))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))....................(....)(((..(((..((....))..))).)))(((((((...............)))))))..((((.....))))...............((((((((((((......))))))))))))....))))).)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((................)))).....))))........((((..........((((((((....)))))))))))).....[[[[[.[[[[[...))))))...(((.....))).]]]]]..(((((((((...............)))))))))((((.....))))..........]]]]]((((((((((((......))))))))))))...]]]]]]))))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))........((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))..(((((..........(((........))))))))..(((((((((...............)))))))))((((.....))))...............(((((((((((........)))))))))))...))))))....... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).(((((.....)))))..((.((((....((((...((((...))))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..((....))..))).................................................)))......................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((...)))))).)((((((((..(((((...(((.....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........))))))))).((.(....))...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((...))))))...((((((....((((...(((.....)))..)))).....)))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....)))).))))))))...(((..(......).))).))(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........)))))))))..)....(...)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((...)))))).)((((((((..(((((...(((.....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........))))))))).((.(....))...).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((...))))))...((((((....((((...(((.....)))..)))).....)))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....)))))))))))))...(((..((....)).))).))(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........)))))))))..)....(...)..... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((...)))))).((((((((....((((....((.....))...)))).....)))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))).)))))))....(((...........))))))(((((((((((..........))).))))))))((((.....)))).................((((((((..........))))))))........(...)..... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((....((((((......)))))).((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..)))..........)))))).....(((((((.(((((...((((.(((((((((...((..((...((((((((....))))))))......((.((......)).))..)).))...(((.....)))....)))))))))....)))).)))))..............((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...)))))).)))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..((((.....((((((......))))))..........((((((..........))))))(((((((...)))))).)(((((((....((((.(((.((...)))).))))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...............(((.............(((............)))..{{{{{{{{{)))............}}}}}}}}}((((<.<<<))))..........>>>>.[[[[[[[[[[[....))))]]]]]]]]]]]...........))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.....))))).)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...((((...))))..)))).....)))).......((((...........((((((((....)))))))).......(((((.((((((((........................))))..(((((((((...............)))))))))...)))).))))).......))))....((((((((((((......))))))))))))...))))))))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))..................((.((((......((................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((..........))...)))))))..............)))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...((((...))))....((.((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..((....))..)))..(((((((.(((..........)))..)))))))((((.....)))).)))............(((((((((..........)))))))))................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((....((((((......)))))).((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..)))..........)))))).....(((((((.(((((...((((.(((((((((...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))......((.(((....)))..(((........))).)))))))))))....)))).)))))..............((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...)))))).)))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((.((((((.(((((......)))))((((.(((.((((((((..........))))...((((((...))))))..)))).))).....)))).(((((((((..((((....))))..)))))).((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))).)))......))))))..(((((.(((.(((......)))..)))))))).........)).))).(((((((((((.(((((........))))))))....))))))))...))).((..((.((((.....)))).)))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.....))))).)))))..((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..))).(.....)..)))))).....(((((((.(((((...((((.(((((((((((.(((....(.((((((((....)))))))).)....))).))...((.(((....)))..(((........))).)))))))))))....)))).)))))..............((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...))))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((..((((((((......)))))).)))))))...((((((........))))))(((((((....(((..((((((((.(((((((...)).))))).(.(........)).....(..)..))))))))...(((((((((((((((..)))))))).))))..)).((....)).))))...))))).))...)((((((.......((((((((((..(........)..).)))))))).).((.(((((..........))))))))))))).))))))))......((((((((.......)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................(....(......)......(...(......).......).((.........)).....(..(........)..)....(.(((........(....).......)))....).......((..............)).................(((............)))............).......(((.............).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.......)..((((((((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).((((.......)))))))).((((....((((...(((.....)))..)))).....))))(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))..(((..((....))..)))..(.((((((((...........)))..))))).)((((.....))))......((((...((....(((.(((..........)))..)))..........)).)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))............((((..........))))...((((((...))))))....................................................................((((((((....))))))))................................................................................................................((((((((((..........))))))))))................ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((........))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...))))))..............))))))..(((..((....))..)))..(((((((((...............)))))))))((((.....))))...............(((((((((((........)))))))))))................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...(((..((((((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).(((((.....)))))..))).)))....((((..((........))..)))).....)))))......(((...(((((....((((((((....)))))))).......(((((.((((.(((....)))...(((...........)))((.(((((((((...............))))))))))).)))).))))).........))))).(((((((((((........))))))))))).........))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((...((((((......))))))..(((((((.....))).))))...))))....(((((.....)))))..((((........(((..((........))..))).(((....))).....))))............((((((((....))))))))..))).............((((.(((.....((............))..))).(((((........))))).))))........((((.....)))).....((((.......))))...(((((.....)))))...((((.....))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((...(((.(((((((((......))))))....(((...{{{{{{))).......}}}}}}.(((((.....)))))..((((........(((..((........))..))).(((....))).....))))............((((((((....)))))))).......))).....((((............[[[......[[[[[))))..(((((((((]]]............)))))))))((((.....)))).....((((..]]]]]))))))).(((((....)))))...((((.....)))).)))).. |
|
|
|
ACGUGCAAUUUUUGGAUAAUCGCAUGAAAAGUUAUUUUUUAUGAGGAAAGUCCAUGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAAACAAUAAGCCUAGGGACGGAUUAUUUCGUUACGGCGGAUGAAACAGCUAAGUCUCUUGAUAUGCUGGAGUAGGCCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUUUUUGUGGAAACACAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUCGGGGCAUGGAAUGCGUGGAAACGAACAUUGCAUUCUGACUGGAAACAGUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAAAUGGUACCUAGUCAUUUCUGGAACAAAACAUGGCUUAUAGAAAAUUGCAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((.(((((((((...)))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((.....(((...(((....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))((((....))))........)))))))...(((((((((.....))))))))).........]]]]]]]].).))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((..((((....(((((...........))))).))))..((.((((..((....))..)))).)).((((((((....))))...))))......((....)).....))))..))))))..))).))....)).))))))).)))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((.....)).(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((.....).))))..(((((.(....((((...(((....)))..)))).....).)).......)))............((((((((....))))))))...))))))..............))))))).(((..((....))..)))...................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((.(((((((.......))))))).......((((((((.(((((((((....(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).))))).......((((...(((....)))..)))).....))))....))))).....((((((..((((((((....)))))))).(((...(((((...........))).))...))).))....)))).)))))))).((((.............)))).((((.(((.......))).)))).)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((((((...)))))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............((((...............))))...............................((((((((....)))))))).......................))))))).(((((...))....)))...((((((((((....).......)))))))))..............................(((((((((.....)))))))))................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((.....))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((.....))))))))............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................(((((((((((........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((...(.((((((((.....)))))))).)....)))).(((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))..(((((....))))).........................(...........)..............................((((((((....)))))))).......................)))))))..(.............).....((((((((((........))).))))))).((((....))))..................(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............((((....((....))...))))...............................((((((((....)))))))).......................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((........(((((((.......)))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)(((........((((...(((....)))..))))......))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)).)))))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........)))))))).).))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.((((((((.....)))))))).))...)))).((((((((((((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......)))))).)))((((.........))))...((........))(((..........((((((((....)))))))))))....................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).....(((....)))...(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((....((....))...)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((........))..))))))))(((((..)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))...........(((((((((((((......)))))).(((((....((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))....)))))..............))))))).(((...(....)..)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..)))))........)))))))...((((((((.......))))))))................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((.....(((((((((...)))))))))......)))).(((((((((((((......)))))).....((((.[[[[[[...))))...]]]]]].((((((....))))))..(((........((((...(((....)))..))))......)))........((((.....[[[..((((((((....))))))))))))...]]].............))))))).(((........[[[)))...(((((((((.............)))))))))((((....)))).]]]..(((.........((((((((.......)))))))).........)))........))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...))).(((((((((((((......))))))...((((((.((((((..........))))).).))))))...((((((......)))))).((((...(((....)))..))))..((.(((((...)).))))).(((...((.((((((((....)))))))).))...)))((......))....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....))))........)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((([[[[[.((((((((.....)))))))).......))).(((((((.((((({{....)))))...........((((((..........))))))..............................}}((.....<<<<......)).>>>>..(((........)))............((((((((....)))))))).......................)))))))......((....))........(((((((.((........))..))))))).((((....))))........]]]]].....((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((((((((((((((...)))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....(((((..(((....))).))))).....)))).......))).........((.((((((((....)))))))).)))))))..(....).......)))))))...((.....))....))))..((((((((((........))).)))))))..((((()))))........)))))))....(((((((((.....)))))))))....)))))....................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))....((((((.((((((..........))))))..))))))...((((((......)))))).((((...(((....)))..))))..((.(((((...)).))))).(((...((.((((((((....)))))))).))...)))..............))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....))))........)))))))...((..(((.........)))..))....................))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((..((((((.(((((((((...)))))))))......((((.[[[[[[[((((((......))))))..........((((((..........)))))))))).))))))((((((..)))))).....((((...............))))..(((((((........((((..........((((((((....))))))))))))....((((((.((((....]]]]]]]..((((...))))..))))..(((((((((.............)))))))))((((....))))..........))))))..(((((((((.....)))))))))............))))))).))))))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.(((((((.......................(((...)))..((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))..(((........((((...(((....)))..))))......)))......((((...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))))))..........))))))..(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))....................)))))))))... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.(((((((.......)))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........))))))..(((((....)))))...(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......)))))))..((((...))))...)))).........(((........))).............................))))))).......................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((((((.....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))...((.(....))...)...)))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.(((((((((((((((((.....))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((....)))))).).((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....))...)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).)))...))))))))...(((((((((.....)))))))))....).........((...))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((((((((.....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))...((.(....))...).).)))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((((((((.....))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((....)))))).).((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....))...)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).)))...))))))))...(((((((((.....)))))))))....))........((...))))......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..(((((((.((((((((.....)))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)(((((((....((((....((....))...)))).....)))).......))).).....((...((((((((....))))))))......)).((....))...)))))))))..(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((....))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))..............((...))))......... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((...((.((..........(((..((....))..))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))........)).))......))))..))))))..))).))....)).))))))).))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((((((((((((...))))))))).(((...))).(((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........))))))..)))))).)(((((((......)))))))((((.(.(((....))).)))))..((.(((((...)).))))).(((......((((((((....))))))))......)))..............))))))).(((............)))..(((((((((((........)).)))))))))((((....)))).......))))))))....((((((......[[[))))))..............]]]....))))))))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((..((((...(((((((((...)))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((......((((.........(((((..((((((....)))))).............((((...............))))...))))).......))))............((((((((....))))))))...))))))..............)))))))..((((...))))...))))........((((................((((((((....))))...))))...........(((((((((.....))))))))).........))))..)))).))))))))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((................................(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))....(((......((((...(((....)))..))))........)))....................((((((((....))))))))...))))))..............))))))).....................((((((((...............))))))))((((....)))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((......((...............)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...))))))).............)))....))))))).......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((.....(((...(((....)))..)))......)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......))))))).(((..((....))..)))..(((((((((((........))).)))))))).............)))....)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((..((((....(....)...(((.....)))..)))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))......((....)).....))))..))))))..))).))....)).))))))).))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((((((..(((...((.((((((((....)))))))).))...)))(((((.((((....(....)...(((.....)))..)))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))...)))))........))))))((((......)))).......)).))))))).))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((((((((((((((....))))..((......))..))))(((((..((((((((((...............))((((((........))))))...(((((....))))).(((..(((.(...(((((((........))).))))....).)))..).))...)))))).((((..(((((((((..))))))))).....))).((....)).).))).))))((..(((..((........))..)))..)).((.............))..(((((((((..)))))...)))))))))))).(((((((((..((...)))))))))))(((((...)))))......))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................(...................(.(((......)).)....)......................(.......).........(...........((..)).....)...........(.(...............)...).....................(................).....).............((...(........)....))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.....(((((...........)))))......)))))(((((((((((((......))))))...(((....((((((..........)))))).(((((......)))))..))).(.(.....(((...(((....)))..))).......).)(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))).(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))((((....))))((....(((.((......(((((((((.....)))))))))..)).....)))..))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((......(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((.........................................(.((((..((....))..)))).)......((((....))))............................))..))))))..))).......)).))))))).))))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((......((((...(((....)))..)))).......)).......)))...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))..............))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........))).))))))).((((....))))........))))))).).((((((((.......))))))))................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((...((.((..........(((..((....))..))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))........)).))......))))..))))))..))).))....)).)))))))..)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...............)))).((((....)))).((((.((....)))))).....((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((((..((....)))).))))..(((((((......((((............((((((((....)))))))).........))))..((((....(((((...........))))).))))...((((((((((........)).)))))))).((((....)))).........((((((....))..))))..((((......))))..........)))))))............. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((........aaaaaa.)))))....AAAAAA.(((.....)))..((((.(((...((((((......))))))...(((....<<<<<<..))).....>>>>>>.((((((....))))))..(((((((....[[[[[[.))).((((.]].]]]]...))))........))))..))).......((((((((....)))))))).))))....(((...((((....(((((...........))))).))))...((((((((((........)).)))))))).((((....)))){{{.......(((((....))..))).)))..(((((.}}}..........)))))................. |
|
|
|
AUGCAAUUUUUGGAUAAUCGCGUGGUAAAUAUUGCAAUUUUAUCAUGAGGAAAGUCCAUGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCAGUAGUGUUUGUGCUAGACAAAAAAAUAAGUCUAGGGAUGUGCUUUGCGCAUUACGGCGGAUAAAAUGGCUAAGUCUUUGAUAGGCCGGAGUAAUUCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGCUUUUAUGGAAACAUAAAAGGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGAAAAGCUGGAAAAAGAACGGUCUUUUCUGACUGCAUAAGCAGUAGACAGAUGAUUAUCAAAAAAGGUGGUACCUAGUCGCCUUUGGAACAAAACAUGGCUUAUAGAAAAUUGCAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((.(((((((((((.....)))))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((..................)))))))(((((....)))))........)))))))...(((((((((.....))))))))).........]]]]]]]].).))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........))))))))).......((((((((..((..((((.....((((....(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))...))))..))))..))....((((((((...........(((.....((((((..((((((((....)))))))).....))).((....))..))).....)))......))))))))...))))))))....(((...(((((....)))))(((.(((((....)))))))))))..)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((((.........)))))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...))))))).............(((((............)))))..........................................................................))))))).(((((...))))....)...((((((((................))))))))................................(((((((((.....)))))))))................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((...........))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((...)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....)))))................(((((((((.........))))))))).......))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.....((((((((...........))))))))......)))).(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((...)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))))..(.............)....(((((((((((.........))).))))))))(((((....)))))................(((((((((.........))))))))).............................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.(((((((.............)))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((...)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))).......(....)........(((((((((((.........))).))))))))(((((....)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........(((((((((.........)))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)...(((......((((............))))........)))....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))....(((((.(((...........))).)))))..(((((....)))))..................((((((...........)))))).........)))))))).).))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((.(((((((((.(((())))))))))))).))...))))((((((((....((((((((((..(((((((.....((((((..........))))))....)))))..))))))))))))........(((((............))))).................((...(((......((((((((....))))))))......)))))............))))))).(((...(....)..)))...)((((((((((.........))).)))))))((((((....)))))...).((......))...(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((....((...))...)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((.........))..))))))))(((((....)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........))))))))...........(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...))))))..............))))))).(((...(....)..)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.....(((((((((.........)))))))))......))))........((((((......))))))....(((...[[[[[[.)))......]]]]]].(((((((...)))))))..(((........[[[[[..))).......]]]]].................((((.....[[[..((((((((....))))))))))))...]]].....(((((....[[[[[.(((........)))))))).........]]]]]....((((..[[[[.)))).(((((....)))))]]]].....((((((......))))))..((((..[[[.))))..........]]].....))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((({{{{{{.(((((((((.........)))))))))........)).(((((((.((([[[[[[[[[[))).(((((.....((((((..........))))))....)))))....]]]]]]]]]].........((((............))))................................((((((((....)))))))).......................))))))).......................(((((((((.........))).))))))..(((((....)))))........}}}}}}....((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.(((((((((((((((...........))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((((((..(((((...(((...)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).))))))))..............)))))))................)))).((((((((.((.........))..))))))))(((((..()))))).......))))))).((((((((((((.....)))))))))))).)))))....................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((((((((((((....(.......))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........)))))).((((((.....))))))...((((((....((((...(((...)))..)))).....))).......))).)........((.((((((((....)))))))).))))))).((....))......)))))))................))))..((((((((((.........))).))))))).((((((..)))))).......)))))))..(((((((((((.....)))))))))))..))))........................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........))))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))........(..((((((..........)))))).(((((((...)))))))....)..........((((.(((.(((...(((((((.....)))).....))).))).))).))))(((((((....)))))))(..(.............).)....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))........)))))))......((.....)).....(((..((........)).))).....))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((((((.........)))))))))((((((((((((((....((((((......)))))).(((((....((((((..........)))))).(((((((...))))))).((((..........................)))).................((((..........((((((((....))))))))))))))))).......((((............((((...)))).)))))))))))....................))))))).(((((....))))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.(((((((.............)))))))......(((..((((((((((.((......)).))).((((((((.((((((..........)))))).(((((.......)))))..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......))))))).(((...(...)...)))..................................................)))....))))))).......................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...(((((((((kka...a((((((eeeeeee(.ffff(....ddddddddddddd))eeeeeeeeee))))).aaaaaaaa(llll(......bbbbbbb))aaa((DDDDDjjjjEEEEEEEEEE.)EEEEEEEaa((.hhh(mmmmmmmmmmmmmmmm.))aaa(...iiiiii(.ccc.cccccccc(((((....))))gggggggg.)))))))..)LL)FFFF))AA.JJJJAAA..MMMMMMMM((.DDDDDDDD)CCCCCC..((((((.CC.))))))))AHHHALLAAAAAA)A...)AAA((.MMMMMMMM....)CCCIIIAKK.GGGGGGGG....))...IIIBBBBBBB.))))))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((((((((...........)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((...)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).(((((((((.........))))))))).((.(....))...)...)))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((((((((.............))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).).)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((......)))).......)))))))).(((((((((.........)))))))))..((.....)).......)))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...........)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((...)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).(((((((((.........))))))))).((.(....))...).).)))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((((((((.............))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).).)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((......)))).......)))))))).(((((((((.........)))))))))..((.....)).......)))......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((.(((((((((.........)))))))))..))..)))).(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........))))))..(((((((.((.(((((....((((.....(((((..(((...))).))))).......))))..))))))).))).))))..((((((((....))))))))...))))))..............)))))))..(((...((((.(((((((..((((((((((.........))).))))))).(((((....))))).(((((...((((((......))))))..)).))))))))))...))))...)))......))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((((......).)))))))))...........((((((((((((([[[...))))))..(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))]]]))))))).....((((.(((.(((...((((((((...))))).....))).))).))).))))(((((((....))))))).(.((...........))).....))))))).(((............)))..(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).....(((.....)))....(((...............))).....))))))))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((((...(((((((((.........)))))))))........(((((.....((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((((......(((((............)))))..............(((((((..........((((((((....)))))))).........(((((.(((((...(((((...........))))))))))...(((((.((((.........)))).)))))..(((((....)))))..........))))).......)))))))....)))))....)))))...))))).)))).))))))))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((.((((......((..............)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...)))))))...............)))....))))))).......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......))))))).(((...(...)...)))...(((((((.(((.........)))..)))))))...............)))....)))))))..(((.((((.........)))).)))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........)))))))))......(((..((((..((((((((((((((((((.((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))))).))))))))))........((((...((((.....)))).(((....))).......)))))))))...((.((((((((....)))))))).))....(((((...(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).)))))...))))...)))....)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((.(((((((((((((((((.........)))))))))......((((.(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........))))))..(((((((.((.(((((....((((.....(((((..(((...))).))))).......))))..))))))).))).))))..((((((((....))))))))...))))))..............)))))))..((((...))))...)))).(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).)))))....))).(((...(((..((........)).)))...)))........... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((.(((((((((.........)))))))))..))..)))).((((((((((((((((((((((((.((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))))).))))))))))........((((...((((.....))))(((((...))))).....))))))))(.((((.((((((((....)))))))).)...))))((....))......)))))))..(((...((((.(((((((..((((((((((.........))).))))))).(((((....))))).(((((...((((((......))))))..)).))))))))))...))))...)))......))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((......))((((.........))))((..))...(((.(((((...((((((((......)))))).))((((((.((((((((......)))))))...((((((...))))))....((..))((((.(((((...(...).))).))))))((((((((((((((((((..........(((((((((..)))))))))))))..)))))....((((((((...)))...((((...)))).)))))...(((((((((((......)).)).)))))))((((((....))))))).))))..)))).....((((((.(.((...)))))))))..)))))))))))))))....)))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................((.........(.........).((..((......))......))(...........).....(..(........)..)...........(((...((..))...)))...................................(.......)....................................))....((...(............)...))........... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((..(((((((...........)))))))...))..)))).(((((((((((((......))))))..((((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..))))(((.(..((((...(((...)))..))))...).))).(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))).(((...........)))...(((((((..((.........))...)))))))(((........)))......((((...((...((((((.((.....).)))))))............)).)))).)).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........)))))))))......................(((((((((((((.((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))))).)))))))))).................(.......)..(((.......)))..................(.((((((((....)))))))).)..............(((..........................)))....((((((((((.........))).))))))).......................)))))))....((((((.........)))))).....................))))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(((((((.(((((((((.........))))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..((((((.....(((((..(((...))).)))))......))).......)))..........(.((((((((....)))))))).).))))))..............))))))).(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))........)))))))...((((((((.......))))))))....................)))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........)))))))))......(((..((((..((((((((((((((((((.((..(.....((((((..........))))))....)..))))).))))))))))........((((...((((.....)))).(((....))).......)))))))))...((.((((((((....)))))))).))....(((((...(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).)))))...))))...)))....)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((......(((((....)))))..((((.......)))).))))).(((...((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...)))))))...((((...((((.....)))).(((.....)))......)))).))).......((((((((....)))))))).........((((..(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))...........((((......)))).)))).((((..................))))................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........{{{....)))).(((.....)))..((((}}}.....)))).(((([[[[[[[((((((<<<...))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))>>>)))))))...((((...((((.....)))).(((.....)))......))))...........((((((((....)))))))).))))..................]]]]]]]..(((.....)))....(((..((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))....................(((.....)))aaaa))).(((...........AAAA..)))........... |
|
|
|
GUGUAAAAAGCUAAUUGCUGCAUUUUUUAAAAAAUGUAGAGGAAAGUCCGUGCUCACACUAACUGUGAUGUUAGUAGUGUUUGUGUAUGUAUAAUUAAUAAGGCAUAGCAUAGGCAUAUGACGGCAAAUUUUUAAGCUAAGUGAUUUAAAUUAUAUGUUUAAAAAUUUAUAAAAGUGCCACAGAGACGAUUAAUCAAGAAAUUGAUGAGAUGAAACGUUGGUAAACCCCACAAGUGAGAAACCUAAAUUUCGGUAAGGGAAUCUAAUUUAGUAAAUUAAGAAAUUAAAUUAGGAUAGAAUUGUUUACAAUUCUAUAGAUAAAUAAUUAGCGCUACAUUUUUGUAGAACAGAACACGGCUUAUUUUUACAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((((.....).)))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)((.((((....((((..((((.....))))....))))....))))......(((((..........((((((((....))))))))..........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((..................)))))))(((((((((....)))))))))........))))))).(((((....))))).......]]]]]]]].)))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((..((((((......))))))..(((((((((((((............)))).)))))))))......(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........))))...))).......(((((....)))))....((...(((((((....(((.....(((((........)))))....)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))..))...)))))))).))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((.(((((((((....))))))))).))..)))(((((.((.......(((((.((((....((((((((((((((............))))).)))))))))..))))..((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........)))))..((((...(((((....))))).(((((...(((((((....(((.....(((((........)))))....)))..(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).........)))))))...)))))))))......)).)))))....))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((......))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((()))))).....((((....((((...(((........)))..)))).....))))....................((((((((....))))))))........................)))))...(((...........)))...(((((((((((.........))).))))))))((((((..........))))))................(((((....))))).......))))))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))........(((((.....((((((......))))))...((((((((((((............)))).))))))))((........((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))......))................(((((....))))).......................................................(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......)))))....))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((........)))))))................((((((((......)))))).)).......(((((............)))))..........................((((...................))))................................(((((....)))))........................................................((..........................)).............................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).((((((((((((((............))))).))))))))).....((.((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))......(((((.....((((....(((((....))))).........)))))))..)))).....)))))...(((...........)))....((((((((..............)))))))).(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......)))))))).)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...(.((((((((((())))))))))).)...)))(((((.((((((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((...((((((()))))))..))))))))))))........)))......(((....(((((....))))).........))).((......))....))))(............)..........(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......)))))....))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.((((((((......)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....)))).....((((....((((....((........))...))))....)))).....................((((((((....))))))))........................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((..........)).))))))))(((((............)))))........))))))).(((((....)))))......................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((....))))))))).(((...)))...(((((.....(((((..((((...((((((((((((((............)))).)))))))))).)))).((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))))))).(((((((.(((((....)))))..)))....))))..............)))))..(((....[[[[)))..]]]].(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))).............(((((....))))).........(((((((....(((.....(((((........)))))....)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))....)).)))))))).))))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......(((((((((....)))))))))........(((((.....((((((......)))))).((((((((((((((............))))).)))))))))........((((((((((((....(((......)))...))))))))))))........................(((((....))))).......................................................(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......))))))...))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((.(((((((((((((((......)))))))).......(((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......)...))))).(((((..)))))..((((((((..(((((...(((........)))..)))))..)))).).......))).......(..((((((((....))))))))..))))))................)))))))................)))..(((((((((((..........))))))))))).(((.............).))........))))))).((((........)))).))))................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))).............(((((....))))).........(((((((....(((.....(((((........)))))....)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))....)).)))))))).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((..))))))))))........(((..(((((((((((......)))))).....((((((((((............))))).....(((((........((((((((((((...................))))))))))))......))))).....((((....(((((....))))).........))))(((..))).))))))))))............)))........(((((((((((..........)))))))))))((((((((((..)))))))))).......)))))))).(((((....)))))................))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((ggggggggga......((ddddddddd((((((({{{(hh)))))).(((((((((c((ffffffff..ff..f(.<<))C))))))))).ee.)>nnnnnnnnnnn(>F..kkkkk))FFFFFFFF)NNNNNNNNNNN..)A)))))))HH}iiiii([[[KKKKK))...(((.jjjjjj....)]]]mm(..lllll.))))EEDD..)LLFF.LLLMMJDD..JJJ..(((((((((((..}}bbbb..)))))))))))((((((((((II)))))))))).III...)))))))).)GGGGGGGGGJJ...))....DDDDDBBBB))))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))((((((()))))).)((((((((..(((((...(((........)))..))))..).))))).....).(((((.(...)).((((((((....)))))))).)(...)...))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((............))))).......)))))))).(((((....))))).((.(....))...)...))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))((((((()))))).)((((((((..(((((...(((........)))..))))..).))))).....).(((((.(...)).((((((((....)))))))).)(...)...))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((............))))).......)))))))).(((((....))))).((.(....))...).).))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((....))))))))).......(((...(((((.....(((((..((((...((((((((((((((............))))).))))))))).))))...((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).((((.((.(((((....)))))......)).))))..............)))))..(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.....((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((.(.(((((....))))).))))))))))))........)))).......(.(((.(((((....)))))..))))...(((((((....(((.....(((((........)))))....)))..(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....))))).......)))))))).))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((....)))))))))..((((.......(((((.....(((((.(((((...((((((((((((((............))))).))))))))).)))))..((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).........(((((....)))))...........................))))).........))))..........(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.((((((((......))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...............((.((((......((...................)).......))))......((((...(...)..(((((.((....)).)))))..........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...))))))).......................)))....)))))))........................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((.......(((((..((((...((((((((((((((............)))).)))))))))).))))...((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).........(((((....))))).........(((((((....(((...(.(((((........))))).)..)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))....)).)))))))).))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((((((((((((((....))))))))).......(((...(((((.....(((((.(((((...((((((((((((((............)))).)))))))))).)))))..((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).((((.((.(((((....)))))......)).))))..............)))))..(((........)))...))).(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).......))))))))..)))).(((((.....))))).................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((.......((((...((((...((((((((((((((............))))).))))))))).))))(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))))))).........(((((....)))))))).((...(((((((....(((...(.(((((........))))).)..)))..(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))..))...)))))))).))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.......(((((((((((..)))))))))))...(((.((((((.(((((((((......)))))).)))..(((((((((.((.......))))))).))))(((((.(..(.((((((((((((((((..(.......)...)).)))))))))))))))..))))))(((((......((((((((..)))))))).((...)))))))(((.((((((..))).((((((..))))))...(((.....(((((((((((........))))))))))).((((((((((..))))))))))..))))).).)))((.(((((....)))))).)..).)))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................(.....(.((.(......).))...).......((...(......)..))..(................)....((......)).......(.......((...(.(...))..))...).................(...((..(......)..)).).......................................)....((..............))....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((...(((((......)))))..(((((((((.((((............))))..)))))))))........((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))........................(((((....))))).........(((((((....(((...(.(((((........))))).)..)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))..................)).)))))))).))))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((....))))))))).......(((...(((((.....(((((..((((...(((..(((((((((............)))).)))))..))).))))...((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).(((((((.(((((....)))))..)))....))))..............)))))..(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(((((((((....))))))))).....((((.(((((.((((((.(((......))))))))).((((....))))........)))))..((((....))))..(((..((((.......))))..(((((((.....)))))))..(((....))).)))........)))).(((((....))))).(((.......((((.....................)))).((((.....)))).)))..((((.....((((....))))......(((((((((....)))))))))...)))).))))))).(((((....)))))...((((..........)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...[[[..))))((((((((....))))))))......((((.(((((((.{{{{{{..))).}}}}}}.....((((..((.....))..)))).))))..((((....))))..((((.((((....<<<))))..(((((((.....)))))))..(((....)))))))........)))).(((((....)))))..(((.....)))>>>...................(((((.((((.....))))...............((((....)))).))))).((((((((....)))))))).............]]].(((((....)))))...((((..........)))).... |
