|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGCUACUUGCUGGGUGCUGUUGUUACUCUAUCAACCAGCCUUGGGGAAGGUCUGAGAUAAGAGCCACUUGUUGCCUUCACAAGGCAUUGCUUGGUGUAAGCAAGUGAGUUCCCAUCAAAGAUGGCUCAGUUGCAAGCUUAAUGCAAGAGACAUAGCAAAGAAGCCCAAUAUACUUCUGAUAUGGAUGCAAUGCCCAACAGACUGGAAAUGACUCACGGCUGGCAUGUUCAAGCUCAAUGACUGAGGGGAAGCAAGUGAUGGCUUCCUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((...((......((((((..(((..(((((.......)))))...)))..))))))((((..((((((((((..((((((((((((.....(((.((((...)))).)))..)))))))).))))..))).....(((((((((((..(((((..((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))...))))))))(((((((........)))))))...)))..)))))))...)))).))..))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((....((((.........(((((.......)))))..........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((...................................................................................................)))))))))))....................)))))(((((((........)))))))....................))....)))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...(((...........)))....(((((......(((.........))))))))..((((((.((((((((.....(((((((((((.(((((....(.(((((((((((((.(((..(((((((.(((((...)))))..................((......((((....(((((.........)))))..))))...)).....................))))))).))).))))...)))))..)))).).)))))..))))))))...)))...........))))))))..))))))...))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(...........)......................(((((((................(((((.....)))))(((((.......)))))((((((.....................................................................................................))))))..............................(((((..........))))).........)))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.........((((((...((...............))..)))))).......)).(((((..(((((((.......(((..((((.......)))))))...((((((((...(...((((((..(((((...)))))(((..(((((.......)))))))).(((.....(((((.........)))))...)))...........................))))))...)..)))...)))))...........(((..((.((((....)))).))..)))...)))))))...)))))...))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((......).)))).)).(((((......(((.........)))))))).(((((((.((((((((....((((((((((((.(((((...((.(((((((((((((.(((..(((((((.(((((...))))).(((((((((.......))((.....((((.(..(((((.........)))))).))))..))))...........)))))....))))))).))).))))...)))))..)))).)))))))..)))))))...)))))..........))))))))..)))))))..))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...........................(((((.......))))).........................................................(..(((.........)))).................................................................................................................................................(.(........).)..............................)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....((.....)).((((((..(((.(((((((....).))).))).)))..))))))(((((.((((((((....((((((((((((.....(((.((((...)))).)))..)))))))).))))(((((...)))))(((((((...(((((...(((.....((((....(((((.........)))))..))))..))).(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))....))))))).((((((........))))))........))))))))..)))))....))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........((((...))))..(((((...[[[[[[............))))).(((((((.((((((((....(((((((((((((((((...))))).............)))))))).))))(((((...)))))((((((((..(((((..((((.............(((((.........)))))........))))(((((]]]]]]....................)))))....)))))...))))))))(((((((........))))))).......))))))))..)))))))..))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((((((..iiiiiii(aaaaaaaa(<<<<.))))))...jjjjjj.((((((.[[[[[[[[....[[[[[(cccccc.cccccccc.ccccccc(ffffffff)>>>>AAA..))))))eee.e(()FFFFF..((((({{{{{..)))))eee..)AAAAA.))...III..FCCCCC))E((((((((.)CCCCCCC.IIIIFFhhhhh..EEEEEE..JJJJJJ)))))).}}}}}...CC..CCCCCC..C]]]]]))dd)))))))).......]]]]]]]]..))HHHHH.DD)))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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..(((((((..........(((((.........(((((.......)))))..........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((........................................................................))).)))....)))))))))))...........((............((((((..........)))))).)).)...)))))))..)))))....)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((......((((((..(((..((((((....)).))))...)))..))))))(((((.((((((((((..((((((((((((((((.....)))))((((.....))))))))))).))))..))).....(((((((((((..(((((..((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))...))))))))(((((((.(....).)))))))...)))..)))))))..)))))))..)))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................(.(.........................................).)......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((......((((((..(((..((((((....).)))))...)))..))))))(((((.((((((((....((((.......((((.......((((((((..((((((.((((.((((...(((((...))))))))).))))..((((..(((..........)))...))))....))))))(((.....))).))))))))....((.(((((......)).))))))))).......))))..........(((((((........))))))).......))))))))..))))).)).)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....(((((...<<<)).)))(((>>>..)))(((((((...{{{{{.))).))))..}}}}}..(((((((.(((((.....))))).((((.....)))).((((((.....))))))..(((((.((((.....)))).(((((((((.......)))......((((....(((((.........)))))..))))......[[[[[.....))))))....)))))...(((]]]]].....)))(((.....))).(((((((........)))))))........)))))))............))). |
|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGUCACGUGCUGAGUGCGUCACGCUUGUGAUGUCAUCUCUAUCCCACCUCCGGGAAGGUCUGAGACAGGAGCCCCUCGCCGCCCUCACAGGGCGUCACCUGAUAUUCGGGUGAGUGAGCCCCCAGCAACCCACGUUGGAGUGGACCGGUCCGUUAUGUGGGAGAGGCUAUGCAAAAGACGCCGAGCAGGGAUGUGGUGAGAUGGGCGGGUCACUGAUUUGAGGCCCGCCUACUCUUCAUCUGCGCCUCUGCCUGGUGGAUGCCGCCUCCUCCCCGGACCUUGGAAGUGACUCACGGCUGGCUUACUGAGUCCAAUGGCUGAGGCGAGGCAGCUGUGCGCCUCGUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((...((((.((..((((.........((((((((((......))))).)))))........))))))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((.....)))))))(((((((..........(((................................................................................................................................................))).......)))))))))))....................))))((((((((.(...)))))))))........]]]]]]]]....))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((......................................................................(((((((................(((((.....)))))((((((.......))))))(((((...........................................................................................................................................................................))))).............................(((((..........))))).........))))))).....))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........((((((((.((.......))(((((((....))))))).))))))))......(((((((.((((((((...((.((..(((((((((((...))))))((((((((...)))))))))))))...(((((.......)))))......((((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((.(......).)))))))))).)).))).))))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))..))....((((((.(((())))...)))))).....))....(((((((.((...)))))))))..))...))))))))..).)))))).))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
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|
[ FASTA input ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...........((((............................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.......)))))......................................................................................................................................................................................)))).................................................................)))....)))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........((((((((.((((((.(((((.....))))))).)))).))))))))......(((((((.(((((((..((((((((....((((...((((.((((.(((((((.....)))))))....))))(((.....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((.(......).)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).)))).))))))))))).)))..))))....)))).))))).))).......(((.....(((((((.((...)))))))))...)))..)))))))..)).))))).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((.((.(((((...((((((.((....(((((((((((....)))))).)).)))..((((((...((((..(((((.............(((((.((((.....)))).(((((((.....))))))))))))...(((((.......)))))...)))))..))))....))))))(((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).))))).....))))))))...)))))))((((((((.(((.((.((((....)))).))..))).))))))))..))))).((.....))............(((....))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........................)...... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.............((((...................................))))........((((((..(((((((................((((((...))))))((((((((...))))))))................((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.(((.(((.((((((((((((.(......).)))))))))).))..)).).))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))...........................................(((((((........)))))))........)))))))...).))))).))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........((((((((.((((((.(((((.....))))))).)))).))))))))......(((((((.((((((((.((((((((....((((...((((.((((.(((((((.....)))))))....))))(((.....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....((((..((((((..(((((((((((((((((((..........)))))))))).))).)))).))..))))))..))))..))).))))).)))))))))).)))..))))....)))).))))).))).......(((.....(((((((.((...)))))))))...))).))))))))..)).))))).))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGUUACAUACUGAGUGCGUCAAUUCUGUGAUGUCACUUCAUUAUUCCCUCCGGGAAGGUCUGAGACAAGAGCCAAUAGCCGCCCUUACAGGGCGUCACUUGAGCGGGUGAGUGAGUCCCCAGCAACCCCACGGUGGAGUGGACCGGCCCGCUGUGUGGAGGAGGCUCUGCAGGAGAGGCGGGGUGGGCUUGUGGUGAGAGGGAGUGGUCGCAGAUUGAGGCUGCUCCCACCUUACACACGGCUCCACCCGGCUGAUGCUGCCUCCUCCCCGGGCCUUGGAAGUGGCUCUCGGCUGGCUGUAUGAGUCCAAUGGCUGAGGUGGGGCAGCUGCACGGGAUGUGUGCGCGCCCCAUAACCCAAUUCAGACCACUGUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((.(((.........))).)))))((((((......))))))..........)))).((((((..((((((((...(((((((.....((((((...))))))((((((........)))))).((((((...(((....)))....)))...((((((......(((((((((...(((.....(((.(((((((..((((((((..((((((((((.........))))))))))...)))).))))..))))))).)))..))).))))))))).))))))..)))..))))))).((..((((((.........))))))...(((((((....(((((.....)))))..)))))))...))..))))))))....)))))).))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((....((((.........(((((.................)))))........))))...................((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((......................................................................................................................................................................)))))))))))...................)))))(((((((.....................)))))))....................))....)))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((.................))))).((((........))))...........)))).((((((.(((((((((...(((((((.....((((((...)))))).......(((((((......((((.(....(((....)))...).))))..)))))))....(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(.....).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..............)))))))(((((.................)))))..(((((((.((.((((.......))))))))))))).......))))))))..).)))))).))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.....................................................................(((((((................(((((.....)))))((((((....))))))(.(((..........................................................................................................................................................................))).)............................(((((((.....................)))))))........)))))))....)))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((..(((.........))))))))((((((......))))).).........)))).((((((.(((((((((...(((((((...(.((((((...)))))).).....(((((((..(...((((.(..(.(((....))))..).))))).)))))))..(.(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(.....).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))).)............)))))))((((((((.......))....)))))).((((((((.((.(((((.....))))))))))))))...)...))))))))..).)))))).))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((............................((((.................)))).........................................................((((((....)))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((.(((......))).))..(((.(((((((((((......))))).))).))).)))....((((((..((((((((.((((.((.....))((((((...))))))...)))).(((((.((.....))))).)).....((((((((.((......)))))))))).(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.((((((((((.((...)).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........)))))((((((((((.....))))....)))))).(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........................((((.[[[[.))))...]]]]................((((((..(((((((.....((((((.....((((((...))))))..................................................((((((......(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))).)))))).......)))))).(((((.................)))))..(((((((.((.((((.......)))))))))))))........)))))))....)))))).))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.........(((((((........(((((.................)))))......).)))).))....(((((((...............(((((.....)))))(((((((..)))))))...........................................................((.....(((..............................(....................(((((........)))))).)))..)).............................................................(((((((.((................))))))))).......))))))).....)))....)).)) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...(.(((......))).)........((((((((((......))))).)))).).........((((((..((((((((....((((((.....((((((...))))))........(((((.((.....))))).)).....((((((((.((......)))))))))).(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(.....).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..............))))))((((((((((.....))))....)))))).(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((.(((((...)))))...)))))((((((......))))))..........)))).((((((..((((((((.....(((((.....((((((...))))))(((((((..)))))))....((((.............[[[[[[[.)))).((((((......((((((((((((((.......)))))).....((((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))]]]]]]]((((....)))))))))))).)))))).......)))))(((((((((((.....))))....)))))))(((((((...((((((.....)))))).))))))).......))))))))....)))))).))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........(((((.........(((((.................)))))........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.(((..........(((..........................................................................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((.......................)))))).)).)...))))))).))))))....)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........(((((.........(((((.................)))))........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.(((..........(((..........................................................................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((.......................)))))).)).)...)))))))..)))))....)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.(((......)))..........((((((((((......))))).))))).....)))).((((((..((((((((......(((((....(((((.....)))))....))).))(((((.(((.(((((((((..((((((..(((..((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.(((((..(((.((...)).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....)))..))))))..))))...)))))...))).)))))..........))))))))....))))))..)))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.....(((......))).........(((((((((((......))))).)))).))........((((((..((((((((....((((((.(...((((((...))))))((((....[[[[[.[[)))).]]]]].]].....((((((((.((......)))))))))).(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))).............)))))))((((((((((.....))))....)))))).(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...........((((............................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((....))))).....................................................................................................................................................................................))))..............................................................................)))....)))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.(((......)))..........((((((((((......))))).))))).....)))).((((((..((((((((......(((((..(.(((((.....))))).)..))).))(((((.(((.(((((((((..((((((..(((..((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....)))..))))))..))))...)))))...))).)))))..........))))))))....))))))..)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((..(((((((...(((((.((((((.((((......)))).)).)))).))))).....((((((.((...(((((......))).))......(((((.....)))))...)).))).)))..)))))))..))....(((....)))....((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.((((((((((.((...)).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....))).((.(((((.((.(((((.....)))))))))))).......(((((.(((....)))..))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.....)).(((((.((((((.((((......)))).))).))).)))))....)))).((((((..((((((((.....(((((..((((((((.....))))(((((((..(((((.((.....))))).))..((((((......))))...((((((....(.(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))))))))))..)))))))))....))))((((.....))))...)))))...(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..).((((((..(((((((((((((..))(((((((((.((((..)))).)).))))......(((((...)))))((((((....)))).))......((((((...))))))((((((........)))))).....)))..)))((((((..))))))((((((((((...)))).))))))))))))))((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((........).)))))))))).)))))))).))).)))))))..........)))))...((((((.(...)(((((..(((((((.................))))))).(((((((((.((((...))))))).)..)))))....(........)))))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.......................(..)..................................................). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((......)))..........(.((((((((......))))).)))..)....)))).((((((..((((((((...............((((((...))))))..............................................................(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))...................................................((((((.((.(((((.....)))))))))))))........))))))))....)))))).))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((......)))..........((((((((((......))))).))))).....)))).((((((..((((((((......(((((....(((((.....)))))....))).))(((((.((..(((((((((..((((((...((..((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....))...))))))..))))...)))))....)).)))))..........))))))))....)))))).))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..((((.((((.....))))...(((((((((((......))))).))).)))...((((.....))))....))))......(((......(((((.....)))))..........((((...((......))...)))).(((((((.((......)))))))))..(((((((((..(((.......))).((((((((.((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))).))))).(((....))))))))))))..(((((........)))))..))).((((((.((....))))))))...(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......(((.............))).))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....bbbbb.)))).BB.BBB......(((((((((((......))))).))).)))....(((..<<<))).(((((((......(((((...(((((((.....)))).((((((....))))))........(((......(((({{{{{.))))......}}}}}....(((((((((((.....))).(((.aaaa..))).((((((...((((((((((.........)))))))))))))A..)))..((((.AAA..)))).......))))))))..[[[[[.)))....]]]]]..))).((((.....))))...)))))...(((((((.((.(((((.....))))))))))))))........)))))))......>>>....... |
|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGCUACAUGCAGAGUGCAUAUGUCACUCAAGUACCUUGGGGAAGGUCUGAGACAGGAGCCGGUAAUUGCCCCAGCAGGGCAUCCCCUGAAAAGGGGAGCGAGCUCCCAGAGACCCGGGGCCCAAAGGGGGUGGCAUGAGACGCGUGACCGUGUAUCUGGUACUCGCUGAUGCUUACUCCUUCCGGGCAUUGGAAGUGGCUCGCGGCUGGCACUCCCCUGAGUGCAAUGGCUGAGGUGAGGUAAUGGCGCCUCAUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((...((((.((..((((.........(((((.......))))).....))))))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((...........(((....................................................................))).......))))))))))).......................))))(((((((......)))))))........]]]]]]]]....))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
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|
CentroidAlifold(20)
|
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((.....))..((((.....((.((((((.((((((((((.....((((.(((..(((((......(((((((.....(((((.....)))))((((((....)))))).)).)))))...))))).....))).))))))))))))))..(((((....))))).....))))))))....))))..)))))))).(((((((.((((((.....))...)))).))...)))))..(((((((((((((((......))))))).......))))).))).....(((....))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((....(((((...))))).)).((((((....).))))).....))(((((((.((((((((.(((.((((......(((((.....)))))((((((....))))))((((((((((........)))((((..((((((((((((.((.((.((.((((......)))))).)))).))))).)))))))..)))).........))))))))))).((((((....)))))).....)))..(((((((......))))))).......))))))))..)))))))..))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((((..(((.(((.(...(((((((..)).))))).)))))))(((((.(((((((...))).(......))))))))))))))..(.(((((((..))))))))((((..((((((..(((((......)))))((((((.........)))))).....))))).))))).))).))))...))))))(((((((...)))).))).....((.(((((....))))))).((((((..(((.(((.(((......))).))))))..))).))).....((((..)))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.((((........((((..((((.....))))......(((.((.(((((....)))))))))).....)))).......((((.....)))).(((((......)))))..)))).(((........))).(((.....))).(((((...(((((....)))))....(((....))).)))))...))).((((.....)))).((((((..(((((.((((((....))))))...)))))..(((((((......)))))))..........)).))))..))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGUCAUGUGCCGAGUACAUUUGUUACUCUCUCACCUUGGGGAAGGUCUGAGACAAGAGCCGUUUCUGUCCUUGCAGGACAUCUUCCGAGCCGGGAGAGCGAGCUCCCAGACACUCGGUGCAUGGAGGGGUUUGCACAAGAUGCUAGUUAGUAGUUGGUGGCUUGAUACUGCCUUCCCUGGACUAGUUGAUGCCUAUUCAUCUGGGCAUUGGAAGUGGCUUGUGGCUAGCAUGGCACUGAGUCCAAUGGAUGAGGUGAGGCAACUGUGCCUCAUAACCCAAUUCAGACCACUCUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((...((((.....((((.........(((((.......))))).....)))).....[[[.[[[[[.....((((.....(((((.....)))))(((((((...)))))))(((((((.............(((....................................................................................)))........))))))))))).......................))))(((((((......))))))).......]]]]]]]]....)))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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Contrafold
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......{{{.)))).}}}..((((((((((((...((((....((((..(((((....)))))..))))...((((((([[[((((((...))))))(((((((...)))))))))).)))).)))).))))))))))))..................(((((((..(((.....(((........)))....))))))))))(((((((((......)))))))))]]]................................(((((....(((((((....))))))).......)))))........... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(.(((((..((((((..(((((..((((((...((((....((((..(((((....)))))..))))...(((((((....((((.....)))).(((((((...)))))))))).)))).)))).))))))..))))).....))))))...)).))).(((.(.((((((.(((........))).(((.((((((..(..(((((((......)))))))..).((((.(.(((.....))).).)))).))))))..)))....((((((((....))))))))...))))))).)))..)..))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......(((((..(((((..(((((..((((((...........((((..(((((....)))))..))))...(((((((...(((((.....)))))(((((((...)))))))))).))))......))))))..))))).....)))))......(((((((((((....(((.((((...((((((......))..)))).((((((((......))))))))..)))).)))....)))))).))))).)))))........)).(((((((((....)))))))....))................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......(((......)))..((((..((((((..........((..(((.....)))..))(((((.(....(((((((...(((((.....)))))(((((((...)))))))))).))))))))))))))))..))))(((.((((((.......((((....))))(((((.(((........))).(((.((((((..(..(((((((......)))))))..).((((.(.(((.....))).).)))).))))))..)))....((((((((....))))))))...))))).)))))).)))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..).((((((((......)))))(..)(...(((((((..))).))))....)((..))..(((((((((.(((((.((.......)).)))).....(((....((.(((((((((((..)))).(((((((((........)))).))))).((((....(((..)))...)))).(((........))).)))).)).).))...))).).(((((((....((((((..(((.((((((...)))).))))).....)))))))))))))((((((......)))))).........)))))))))..))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................((.........................................))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................((((..((((((...........((((..(((((....)))))..))))...(((((((...((((((...))))))(((((((...)))))))))).))))......))))))..)))).......................................................((((...(..(((((((......)))))))..)..(((...((.......))...)))...))))...........(((((((....)))))))....................... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(..((....((((((..(((((..((((((...((((....((((..(((((....)))))..))))...(((((((....((((.....)))).(((((((...)))))))))).)))).)))).))))))..))))).....))))))....(((((((..(..(((.((.(((........)))..))....(((..(..(((((((......)))))))..).))).)))..)..))))))).)).((((((....(((.....((((((((....))))))))...)))))))))....)..))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...........))).((((..((((((.....))))..))...))))...(((((....)))))..(((((.......))))).((((.....)))).(((...(((..(((((......))))).....))).(((((..........))))).))).(((....)))....(((((.......))))).....((((((....((((((((......))))))))...((((.((.((.....))..)))))).)))))).(((((...((((((((....))))))))......)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...........))))...((((..(((((((((((....)).))))....(((((....)))))..(((((.......))))).((((..[[[))))..((((((....(((((..aaaa))))).........(((((.<<<<.....)))))....((((....))))...(((((>>>>...)))))AAAA.((((........{{{{{{))))..}}}}}}.)))))).(((.]]].))).....)))))...(((.....)))...((((((((....))))))))...........))))....... |
|
|
|
AUGGGCGGAGGGAAGCUCAUCAGUGGGGCCACGAGCUGAGUGCGUCCUGUCACUCCACUCCCAUGUCCCUUGGGAAGGUCUGAGACUAGGGCCAGAGGCGGCCCUAACAGGGCUCUCCCUGAGCUUCAGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAACGGGGCUCCGCGCGAGGUCAGACUGGGCAGGAGAUGCCGUGGACCCCGCCCUUCGGGGAGGGGCCCGGCGGAUGCCUCCUUUGCCGGAGCUUGGAACAGACUCACGGCCAGCGAAGUGAGUUCAAUGGCUGAGGUGAGGUACCCCGCAGGGGACCUCAUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCUCCGCCCAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((...((((.((..(((((........(((((........))))).........))))).))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((.....)))))))(((((((...........(((...................................................................................))).......)))))))))))....................))))((((((((.(((...))))))))))).......]]]]]]]]....)))))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((..(((((((.....)))))))..((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..)))))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................(((((((.((((.....(((((((......)))))))...)))).((((..........)).)).....))))))).....(((.(((((.((((((.......((((.......(.((.......))...).....................)))).))))))))))))))................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....((.((((.(((((...(((..(((((........)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((..(((........(((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).)))))))))))))))).....)))).((((((..((.......))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................((((.................))))......................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......((...(((((....((((.........(((((........)))))...........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((...........................................................................................................)))))))))))...................)))))(((((((............)))))))....................)).....).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(....................((((((.......(((((........)))))...............(((((.(((((.....(((((((......)))))))...)))))((((((.......))))))......)))))........))))))............................................................................................................................(((((((............)))))))...........................).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((......................(..(((((........)))))..)(((((.......))))).(((((.....(((((((......)))))))...)))))((((((((...))))))))...................(((((((.((...............(((((...((((((.((((.(((....))).)))).)).))))....)))))..))))))))).......(((((((..........)))))))...........(((((((.(((....))).)))))))...................)))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((...........(((((........(((((........))))).........)))))........((((((...(((((((......))))))).......((((((((.....))))))))...................((((((...............((((.....)((((.((.((((.((......)).))))))))))....)))........)))))).........((((((..........))))))............(((((((.(((.....))))))))))........)))))).....))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((......(((((((....(.(............).)..)))))))((((.(...).))))..(((((((.....(((((......))))).....(((..((((((((...))))))))(((((((..........(.((((((..((((((.......((((.......((((.((.(((..(((....))).))).))))))....)))))))).)).)))))))......)))))))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((..(((....))))))))))..)))...))))))).)).)))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((.((....(((....)))))(..(((((........)))))..)(((((.......))))).(((((.....(((((((......)))))))...))))(((((((((...)))))))))...((((((.......)((((((((.((((.............(((((.(.((((((.((((.(((....))).)))).)).))))..).)))))))))))))))))))))).(((((((..(....)..))))))).....((((.((((((((.(((....))).)))))))...).....))).)).)).)))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(...........................((((........))))............................................................((((((.......))))))....................................................................................................................................................................................................).))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((.............................(((((........)))))..............((((((((((((.......)))))......(((((.....)))))(((((((.....))))))).....))))))).......................................((((..........................))))................................................................(((((((.(.........)))))))).......................))).))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((...[[[[[[[[[[[)))))..]]].]]]]...]]]]....(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((..((((((((...))))))))((((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((....((((.(((....))).))))..)))))..))))).))))))))))))........)))))))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).....))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((....(((....))))))))((((((.....).)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..........................((((...<<<..))))....(((((.......))))).(((((((...(((((((......)))))))..>>>...((((((((...))))))))...................(((((((.(((..........((((({{...(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..)))))}}..))))))))))........((((((.[[[......)))))).....]]]....(((((((.((((...)))))))))))........)))))))....)))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(..(((.........((((.((........(((((........)))))..........)))).)).....(((((((...............(((((.....)))))(((((((.....)))))))..........................................(((.....(((((((..((((.(........).)))))))))))..)))..........................................................(((((((.((.......))))))))).......))))))).....))).)...)).). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(........................((((((.....).))))).....................((((((((..(((((((......)))))))........(((((((.....)))))))....................((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.((......)).)))))))))))..))))))).)))))))))).........((((((..........))))))............(((((((.((((...))))))))))).......))))))))....)))))))....)) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((((....(((....))))))).((((((.....).)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((.((.........))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).)))))))))).........)))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((....((((..)))))))))(((((........)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...)))))))))...(((((.........((((((((.((((((.......(((((.....(((((........(((((((...))))))).)))))..))))).))))))))))))))))))).......((((((...............))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.(((((......(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....)))))..((((.(((((......((((((......))))))....))))).)))).)))))))..((..(((((((...........((((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))))).))))))))))......)))))))..)).((((((((.(((...(((.....(((((((.((((...)))))))))))...))).....)))))))....).)))..... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((((.......(((((........)))))..............((((((((((((.......)))))......(((((.....)))))(((((((.....))))))).....))))))).......))).))...............(((((......((((..........................))))...))))).................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......(((..........(((((.........(((((........)))))...........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((..............)))))).)).)...))))))).)))))).....).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......((..((((..(((.(((((.....)..(((((........)))))............(((.(....((((...)))).(((((......)))))...).))).(((((((.......)))))))......(((........))))))).((......).).)))(((((.....((...........(..(.......).....)......................)))))..............))........)))).....((.....(((((((............)))))))..))...................))..).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......(((..........(((((.........(((((........)))))...........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((..............)))))).)).)...)))))))..))))).....).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......((..((((......(((((.....)).(((((........)))))...........)))(.(....((((...))))((((((......))))))..).)((((((((((.......)))))))(((((.(((........))).((((((......).)..))))(((.....((.........(............)............................)))))......)))))..)))........)))).....((.....(((((((............)))))))..))...................))..).... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.......((..(((..(...(((((.....)).(((((........)))))...........)))..).....(((...)))..(((((......)))))......((((((((((.......))))))).((((.(((........))).((((.(......)....))))((......((...................................................)).))......))))...)))........)))......(......(((((((............)))))))...)....)).................).... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..(((((........)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.((((((((.....))))))))...(((((.........((((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))))))))).......((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((....((([[[[))))))))(((((((...)).)))))...(((((.]]]]..))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...)))))))))((((((............(((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).))))))))))).......))))))((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))..).)))))))))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((..............)))))(((((........)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......))))))).......(((((((((...)))))))))(((((((((((((...((((((((((....((((......((((.....))))...))))..(((((((...)))))))...))))).))))))))))..)))))))).....(((((((..........)))))))...........(((((((.((((...))))))))))).......))))))))....)))))))))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((........(((((........))))).........)))))..(((...((((.....(((((((......)))))))...))))(((((((((...)))))))))...((((.....))))..((((........))))........................((((............))))...................................(((((((..........)))))))...(((.....(((((((............)))))))...)))..........)))............. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......(((...........((((......................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.......)))))..........................................................................................................................)))).....................................................................))).....).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(......(((.(((.......((((((.......(((((........)))))...........((....))..((((.........))))......)))))).....((((((((((.......))))))((((((.(((........)))....................(((.......))).............................................................))))))))))))).....................(((((((............)))))))...................))).....).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.((((((((.....))))))))...(((((.........((((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))))))))).......((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.((((((((..(((((......(((((((((..((..(((((.......))))).))..)))...(((((((......))))))).)))))).(((((((.....)))))))...)))))((.......))))))))))..)).((.(((..(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..)))))..)))))..))))))((....(((((((..........)))))))...(((((((((((((((.((((...))))))))))).......))))).))).)))))))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((((((.....(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))).))))..((((((((..(((((((......)))))))...(((..(((((((.....)))))))((((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))........)))))))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((..))))).))))))))....(((.(..(((.((((...(((((..)))))(((((((.(((((((((......)))))))..))....((((((((...))))))))..((((.(((.......)))))))(.(...)).))))))).(((.((((...((((((.(((((((((..))))))))).)).))))....))))...)))))))...)))))))(((((((........)))))))...((((((((..((((((.((((...))))))))))((....)).)))).))).)))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................................................(.......................................................................) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(....(((....((..(.(.........(..(................(.......(..((....(.(.(........(.(.....(((((.....)))))...............).)........).....).)..)).......))...............)..).)..)..))...)))..................................................) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((....((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....)))))))))...((((((((..(((((((......)))))))...(((..((((((((...))))))))..((((.............(((((((.((((.........(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..)))))...)))))))))))........))))..(((((..(((.....)))..)))))...(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.........((..(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))).))....((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).....)))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.((((((((.....)))))))).((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((..((((..............)))).(((((........)))))...(((((.......))))).(((((((...(((((((......))))))).(((((....))))).((((.....)))).....(((.......))).((((((...............)).)))).(((((.((.((((.((.....))..))))))))))).....((((......))))..(((......(((((..........))))).(((.....))).(((((((............)))))))...)))..)))))))....))))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.(((((......ddddd...)))))..(((.DDDDD..))).....(((((....[[[))))).(((.<<<.)))((((((..>>>.))))))..(((((....)))))....]]].((((.bbb((((.....))))bbbb))))....(((((.......((((.....)))).....{{{{{)))).}}}}}...aaaaaaaaaaa.)BBBB.AAAAAAAA.AAA(((....(((((((ccccc.....)))))))...CCCCC...(((((((.(((.....))))))))))...)))..BBB........))))))))))).. |
|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGCCACUAGCUUGGGUGUCUAUCACCCUACUUCCGCCUGUGGGAAGGUCUGAGGGAAGGGCCAAAUUGCCGCCCUAGCAGGGUGCCACCUUCUGAAGGUGGAGUGAGUUCCCACCAAUGUGGGUCUCCGAUGAAGCCCUAGAAUUGAGGCAGGAGAAGCGGAGAGGGGUCGUGGGUCGUGGGUCGUAGGCAUCCUCCCCGCGGAUGCCUCUGUGGCUCCGUUCGGGAUUUGAGAAUGACUUACGGCUGACAGCUUUGAGUACAAUGGGAAGAGGUGAAGCACCGCCAGCUUCAUAUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((...((((.((..((((..........(((((.....)))))........))))))...[[[.[[[[[.....((((.......(((((.....)))))(((((((...))))))).(((((((...........(((.......................................................................................................))).......)))))))))))......................))))(((((((.......)))))))..........]]]]]]]]....))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......(((((.....)))))(((((((...)))))))))))))))(((((....)))))..)))).....((((.......).))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((((.(((((..(((......)))...)))))((((((.(((..((((......))))..)))...(((((.........)))))...))))))(((((((...))))))).)))))))(((((....)))))..)))).....(((..........))).((((...(((((((..(((...(((((((((((((...((...((((..((((.(((.....)))))))...))))..))...))))))))))))))))...(((((((....((((.....(((((((.......)))))))....)))))))))))...)))))))...)))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((....((((..........(((((.....)))))........))))...................((((.......(((((.....)))))((((((.....)))))).(((((((...............................................................................................................................)))))))))))....................).))))(((((((.......)))))))......................))....)))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..................))).(((((.....)))))..))))))).........(((((.......)))))........((((.....)))).(((((((...)))))))...(((..(((((....))))).))).......(((..........))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((........((((.(((((.(((.....))))))))..)))).......))))))))))))).))......((......((((.....(((((((.......)))))))....))))..)).)))).)))))))...)))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((.....))))...................(((((((..................((((.....))))....((.......)).....((((...................................................................................................................................))))..............................................................)))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((................)))))(((((.....)))))..))))))).(......)(((((.......))))).......((((((...))))))((((((((.))))))))...(((..(((((....))))).))).......(((..........))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.............................((((.....))))............................................((((.....)))).((((((.....))))))..............................................................................................................................................................................((((.........))))..............................)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....(((......))).[[[[......(((((.....)))))..)))))....]]]]...(((((.[[[[..))))).........]]]]...(((((.(((((((...)))))))...(((..(((((....))))).)))[[[[...)))))...]]]].....((((...(((((((.((((...(((((((((((((........((((.(((((.(((.....))))))))..)))).......)))))))))))))........(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((....))....)))))(((((.....)))))..)))))))((......))((((.((...(((((...((((.((((((...))))))(((((((...)))))))...(((..(((((....))))).)))))))...)))))....)).)))).((((...(((((((.((((...(((.((.((((((((((((.(((((((((((.(((.....)))))))..))))....))).))).))))))))).)).))).(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(([[[[[...............)).(((((.....)))))..)))))))............(((((..................{{))..)))}}..((((((.....)))))).]]]]]..(((((....)))))...........(((..........))).((((...(((((((.((((...(((((((((((((...((..<<(((.(((((.(((.....))))))))..)))...))>>.))))))))))))).................((((.....(((((((.......)))))))....)))).....)))).)))))))...)))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.........(((((((.........(((((.....))))).......))))))).....(((((((................(((((.....)))))(((((((...)))))))................................................((.....(((((..(.............(...((.......))..)).)))))..))...................................................................(((((((.((..))))))))).........))))))).....)))....)).)) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....(((((((.((((.(((.........))).)))).((((((.(((((.......))))).....((((...(((......))).))))...))))))(((((((...)))))))))))))).(((((....)))))..)))).....(((..........))).((((...(((((((.((((...(((.((.((((((((((((.(((((((((((.(((.....))))))))..)))....))).))).))))))))).)).)))..((((....((((.....(((((((.......)))))))....)))))))).)))).)))))))...)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......((((((...))))))(((((((...)))))))))))))))(((((....)))))(((((......(((..........))).)))))..((((((((((..[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[.))))..]]]]]]]].......((((..))))........]]]]]]]]]]]].......(((((((....((((.....(((((((.......)))))))....)))))))))))]]]]))))))...))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........(((((..........(((((.....)))))........)))))(((.((.((((((.....((((.......(((((.....)))))((((((.....)))))).(((((((.(((.........(((....................................................................................................))).)))....)))))))))))...........((.............((((((.........))))))...)).)...))))))).))))))....)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........(((((..........(((((.....)))))........)))))((..((.((((((.....((((.......(((((.....)))))((((((.....)))))).(((((((.(((.........(((....................................................................................................))).)))....)))))))))))...........((.............((((((.........))))))...)).)...)))))))..)))))....)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((....))....)))))(((((.....)))))..)))))))....(((..(((((.......)))))....[[[[.)))....(((((.((((((.....))))))...(((..(((((....))))).))).......)))))........]]]]((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.(((((((((((((.((((......).))).)))))((((((.(((((.......)))))..((.((((...(((......))).)))))).))))))(((((((...)))))))))))))))(((((....))))))))))).....(((..........))).((((...(((((((.((((..((((....((((((((((((.(((((((((((.(((.....))))))))..)))....))).))).)))))))))....))))(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....)))))))))......(((((....(((((.......)))))..)))))))))))))(((((....)))))(((((.......................)))))..(((((((.((((...(((((((((((((((((((((.......)))))))).........................))))))))))))).................((((.....(((((((.......)))))))....)))).....)))).)))))))...))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...........((((.................................))))...................((((.......(((((.....))))).(((((.....)))))...............................................................................................................................................))))....................................................................)))....)))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((((.(((((.(((.(......)))).)))))((((((.(((((.......))))).....((((...(((......))).))))...))))))((((((.....)))))).)))))))(((((....)))))..)))).....((((.......).))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......(((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......((((((...))))))(((((((...)))))))))))))).(((((....)))))(((((......(((..........))).)))))..)).((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))).(((....))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((((.(((.(......)))).)))))((((((.(((((.......)))))((...((((...(((......))).)))).))))))))((((((.....)))))))))))))).)).((...((...(((((......((((.......).))).))))).))((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).))))))))..))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(......)(((((((((((((.(((........))).).))).(((((.((((((((..)).)))))).(((((((.(((..((...)))))))))..)))........((..))).)))))))))))))((((......))))((((((.....................))))))...(((((((((((.((((.(.(((((.(.((((.((((((((((((...((.....))..)))..))))((................))((.(.(((...))))))).)))).))))((((((.......))))))...))))))))))))))))))))))(((..))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................(............................................) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....((((((((.................(((((.....)))))........(((......))).....................................(((((((...)))))))))))))))(((((....)))))..)))).....((((.......).))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).))......((((....((((.....(((((((.......)))))))....)))))))).)))).)))))))...)))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....((.((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......(((((.....)))))(((((((...))))))))))))))).))..((((..(((..((....))..)))....))))..)).((((...(((((((.((((((..(((((..(((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...)))))..)))))..)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((.(((..(((.....))).(((((.....)))))...(((((....))))).(((((.......)))))....))).((((.....)))).((((((.....)))))).)))))).(((((....))))).(((.(((...........))))))...(((((.((((.......)))).((((...((....((((((((.......)))))))).(((.....(((((.........))))).((((.............)))).))).((((.....(((((((.......)))))))....))))..)).))))..))))).....))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((.........bbb......))).(((((BBB..)))))...)))))).(((.....(((((...eee.)))))...(((((dddd..)))DDDD.[[[[[[))E..]]]]]]...<<<<.(((((....))))).(((((.....(((((........)))))......))))).EE)))...(((....(((......{{{{{{..)))..}}}}}}.)))...>>>>.((((ccccccccc)))).(((((.(((.....))).)))))....((((..aaa(((((((.......)))))))....))))..AAACC.....CCC.....CCCC. |
|
|
|
GGGCGGAGGGAAGCUCAUCAGUGGGGUCACAUGUAGGGUGCUUGUCACUCAACCAAUCACCUUGGGGAAGGUCUGAGACAAGAGCCAAUCACUUCCCUAGCAGGGUAUCACCUGAUCUGGGUGAGUGAGUGCACAGAGAAUAUGAGCCAUUGUGAGUUGUCUUUACGGAAGAAACCAGCCAGUACAGCUCUCCAGCACUACUGGUGGAUGUGACCUCACUGGCUUGGAAACACUCAUGGCUGGCAUAUGAGUUUAAUGUGUGAGUUGGAGUACACCUCCAGAACCCAAUUCAGACCACUCUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......(((...((((.....((((.........(((((.....))))).........)))).....[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((...)))))))(((((((..............(((........................................................................))).......)))))))))))...................))))((((((.....)))))).......]]]]]]]]....)))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((...((((.(((((((((((((((.(((((((.(((.........))).))))))).((....((((((((((..((...(((((..(((((((((......))))..)))))..)))))..))........((..(....)..))..))))))...)))).....)).(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...))))).(((.....)))..........)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......(((((((((((((((....(((.((((((..((((((.....((....))..))).))))))))).))).....(((((...(((...((((((((.....)))))).))..)))..(((((..((..((....))..))..)))))..)))))...((.(((((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))..(((....(((((((.......)))))))........((((((((................))))))))..))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((...(((((....((((.........(((((.....))))).........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((...................................................................................................)))))))))))..................)))))((((((.....))))))....................)) |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......(((((((((((((((............(((((((.((.........(((((((.....................)))))))((((((......))))..)))).)))))))..............................................((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))).........(((((((.......))))))).............(((((.....))))).................)))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((........................(((((.....)))))...................(((((((..................(((.....)))..(((((.......)))))(((((((...................................................................................................)))))))...........................((((((.....))))))........)))))))....))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...((((...((((((((((((.((.(((((.....))))).))((.((((..(((......((((.............((((((.((((.((((......))))...)))).)))))).....)))).........)))..))))..))................(.(((((....(((....)))....))))).).))))))))))))(((((......(((((((.......))))))).........))))).))))...)))))....)))......((......)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((((((((((((((((((((((...(((((((.((.........(((((((....(..............).)))))))((((((......))))..)))).)))))))..)))((.......))................))))))........((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))).........(((((((.......)))))))........((((((((((.....))))).......))))).....)))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((............................(((((.....))))).........................................................((((((.....))))))................................................................................................................................................(.(...).).......................))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((........((((((((((((((...((((.[[[[[[))))........(((((....)))))....]]]]]]......(((((..(((((((((......))))..)))))..))))).........................(((((((((((...))))).....[[[[[[[))))))........]]]]]]]..))))))))))))))..(((((...(((((((.......)))))))........[[[[[[[[........)))))...]]]]]]]].....)))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.<<<<<<...(((.(((((((((((((((....(((.(((((..[[((((..........{{{{{{{)).))..))))).)))..(((}}}}}}}..((((......)))).........]])))..............................................((.(((((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))..........((((((....bbb)))))).......BBBaaaaaa))).............))AAAAAA......>>>>>> |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(....((((..........(((((((........(((((.....)))))........))))))).....(((((((..(((((((......)))))))........(((((((...))))))).........................................((......(.(((.(.(((...(......))).)).))))...))......................................................(((((((.()))))))).......)))))))..))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((..(((....((((((((((((((....(((.((((((..((((((..((.((...)))).))).))))))))).)))..((((((.(((((((((......))))..))))).)))))).......((((..((..((....))..))..))))...........((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))))).......((((..((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....)))................. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((((((((((((((.......((((((((((((.......(((((((((((((((...)))............))))))...)))))).(((((((...))))))).))))))..........))))))......(((((((..............[[[[[[[..))))))).((((.....))))...))))))))))))))...............]]]]]]]...))))))))......((((((((................)))))))).....)))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..........(((((.........(((((.....))))).........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((..........(((........................................................................))).)))...))))))))))).........((............((((((.....)))))).)).)...))))))).)))))) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..........(((((.........(((((.....))))).........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((..........(((........................................................................))).)))...))))))))))).........((............((((((.....)))))).)).)...)))))))..))))) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((...)))..((.....)).)))))))).((((......))))....)))))).)))))).)))........((((...((((.(((((((((...)))))...))))...))))))))...)))))).....)).)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...))))).[[[)))..]]]............ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((.((((....((((((((((((((....(((.((((((..((((((..((.((...)))).))).))))))))).)))..((((((.(((((((((.(...)))))..))))).))))))......(((((....................)))))..........((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))))))......((((..((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....)))................. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........(((((((((((((((...(((((.....)))))........(((((....)))))..(((((((.......((((((.(((((((((......))))..))))).))))))...(((((.............)))))..)))))))..............(((((((..............)))))))..))))))))))))))).........((((.(((((.((((((.......)))))).)))))))))...)))))........................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((...........((((.................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....)))))..................................................................................................................))))...........................................................))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((...)))..((.....)).)))))))).((((......))))....)))))).)))))).)))........((((...((((.((((..(((.(....)))).))))...))))))))...)))))).....)).)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....)))................. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((...((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((...)))..((.....)).)))))))).((((......))))....)))))).)))))).)))........((((...((((.(((((((((...)))))...))))...))))))))...)))))).....)).)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))..........)).((....))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((((((((((((((.(.((((((...(((((((.(((......((((((((((((...)))..((.....)).)))))))))((((......))))...))).)))))))..))))(((((..((..((....))..))..))))).(....)...)).(((((((..(((....)))..)))))))).))))))))))))))(((((....)).....)))......))))))))...((.((((((((.((.(.......).)))))))))).))..)))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(..)...((((((((((((((((((((((...(((((((((.(.(((((((.((((((..))))))))).))))))))))))))(((((((((((((((((..(..)))))..))))))))))))).(((((((...........)))))))(((.((((.....)))))))(((((((((.(..........).)))))))))))))))))))))))..(...).((((((..))))))...))))))))..(((.(((((((((..)...(((..))).)))))))).).))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................................(...............).(..............................).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...((((..(((((((((((((.........(((((................................)))))......(((((..(((((((((......))))..)))))..)))))..............................................(((.((((((..(((....)))..))))))))).)))))))))))))...((....))......(((.((((((.......)))))).)))..))))...)))))....)))................. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((.........))).)))))))((.....((((((((((..((...(((((..(((((((((......))))..)))))..)))))..))........((..(....)..))..))))))...)))).....)).(((((((..(((....)))..)))))))..))))))))))))))(((((....)).....)))......))))))))...((.((((((((.((...........)))))))))).))..)))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...((((....))))..........(((((.....)))))..((((.....))))....(((((((.......((((...(((..........))).((((((.....)))))).((((..((((.....(((((....))))).....((((.....)))).....(((((((...((....))...)))))))...))))..)))).)))).(((.....((((((.......)))))).(((.....))).((((((.....))))))...)))..))))))).)))))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((bbbbbb..)))).....(((((.........(((((.....)))))..((((..[[[))))....]]].................aaaa.))))).((((...eee)))).((((..EEE...AAAA..))))((((..((((((.((((.....cccc)))).CCCC.....<<<<<((((.....((((.....))))ddd.))))...DDD.)))))).......((((((.>>>>>.)))))).(((..{{{))).((((((..}}}))))))......))))......BBBBBB |
|
|
|
UUCCCUCCAAAGUCUGUAUUUUACCUGCCUACAAAAGGAGGAGUCCCCGGCGGACUUCCUCAGUAUUCGCAGGUGGGAAAUUCGGUGAAAUCGCUCUGCCCACCAGGGAAAAGGUAAAACUCUCCCUGGUCCUUGGAAGGACUUGUCCUUCUGAGUCUCGUGAGAGAUGCCAAGCGUGGAGACGCUAGGGUGGUCGCCAUAAGAAACUUCAACAGGUCACACUGUUAUGGGAGGCGCCACGGGCAGUUGGUCCCUUUGCAUCCAGAAGGAAGCUUUGGGGCUGUUGAGUGCAAUAUACAGAGCGCUAGAAGGAGUCCUUCCUUCUACGCGUAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............(((((((...(((((..........(((((((((.....)))))).)))........))))).....................((((((......................................................((((....))))..((((((((....))))))))..(((((((............(((((......)))))......))))))).))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).............)))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..........((((((((((((((((.........(((((((((.....)))).))))).......)))))))))..((((.(((....)))..(((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..)))))))))))))...((((((...((.(((....))).))...))))))...)))).....)))))))(((((((((((((...))))))))).)))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((((..((...((((..(((((.....)))))))))..))....)))))))))).....(((((..(((((((((..((((((((.............)))))))).((((((((((....))))))))))((((....)))).))..(((((....))))))))))))))))).......(((.((((((.(((.(((((..(((......)))...)))))))).((((..((..((....))..))...)))))))))))))......))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..................((((..........(((((..............)))))........))))........................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))...((((..(((..................................))).))))))))....................................................)))))(((((((...............))).)))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((((((((((..((.....(((((((((.....))))))).)).))....)))))))))).................((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).............))))).(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((..((((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))))...................((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).............))))))((((((((((((.....)))))))).)))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.((........(((((((.......(((((((((.....)))).))))).........)))))))..................((((((((((((((.............)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))(((((.(((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))......(((((.......))))).))))))))))((((............)))).((((((((((((.....)))))))).)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....))))))).)).)))...)))))))))).................((((((((((((((..((......)).)))))))).(((((((((((..)))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((((..........(((((......)))))))....)))))))))))))).(((((((...((.(((....))).))...)))))))............))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....................................(((((.......)))))................................................................(((((..)......))))...................................................................................................................................................................(.......(((.....)))......).)))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....)))).))))).)))...)))))))))).....((((....))))((((((((((((((...(((...))).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....)))).....(((((....)))))...((((.((((..(((...))).(((((......)))))......))))))))))))))..((((((.[[[[[[...((((....)))))))))).....]]]]]]..))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.((((((((.........(((((((((.....)))).))))).......))))))))........(((....))).((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).(((....))).)))))).((((((((((((.....)))))))).)))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))))...................((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))............)))))))((((((((((((.....)))))))).)))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((.......(..(...(((((...........((..((.....))..))..........))))).)).......(((((.........((.....................)).....((.....))................................................................(..........................)...............................................................................(....)..)))))........))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((((((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))))).......(((....))).((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).(((....))).)))))).((((((((((((.....)))))))).)))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((......((((((...........(((((((.....)))))))..........))))))((((.....(((((..)))))((((((((((((((.............)))))))).(((((((((((..)))))))))))((((..)))).......(((((....)))))...((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))....))))........))))......))))))))((((............)))).(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((..........(((((..............)))))........))))).......................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))...((((..(((.(((........(((..........))).)))..))).))))))))............................................(............((((((.................)).)))).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((..........(((((..............)))))........))))).......................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))...((((..(((.(((........(((..........))).)))..))).))))))))............................................(............((((((.................)).)))).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......[[[[[[[...((((((.(((.....(((((((((.....))))).)))).)))...)))))))))))............(((((.((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))....((((((...((.(((....))).))...))))))...)))))....]]]]]]](((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....))))).)))).)))...)))))))))......((((....))))((((((((((((((..((.(...))).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....)))).....(((((....)))))...((((.((((............(((((.(...))))))......))))))))))))))..((((((......(((....)))......))))))((((....)))))))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.....((((((((.............(((((((.....))))))).............((((((......((((....))))...)))))).......))))))))........((((((....))))))..(((((((..(((((....)))))....(((((....))))).(((((..................(((((......)))))...(((((.((((........)))).))))).)))))))))))).))))))))).(((((....)))))......(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................((((..........................................))))........................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))......................................................))))......................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....)))).))))).)))...)))))))))..((((.(((....))).((((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...)))).....)))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....(((...((((((((((.........(((((((((.....)))).))))).......)))))))))).....(((((..(((((((((..((((((((..((......)).)))))))).((..((((((....))))))..))((((....)))).)).....(((....))).))))))))))))...)))......(((((......)))))...))))).(((...)))...(((((((...((.(((....))).))...))))).((((....))))...)))).((((((((((((...))))))))).)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....))))).)))).)))...)))))))))).((((((((....))))((((((((((((((..((......)).)))))))).((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((....((....))(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...))))......))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.(((...)))((((((((((...((((((((........))))))))....)).))))))))(((((......)))))((((((((((((((((....(..(..))...))))))).(((((((((((..)))))))))))((((....)))).(((......))).(..)....((((((........).((((((.(((.(...))))...)).)))).)))))))))))..))).((((.........))))).)))))))))((((....(...)...)))).(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(..).)....................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((.(.(((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))).)..((((............((((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...))))......))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((..((((((.........(((((((((.....)))).))))).......))))))..)..((((.(((....))).((((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...)))).....)))))))(((((((((((((...))))))))).)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...(((((....))))).(((((.........(((((((((.....)))).))))).......))))).)))).....((((....)))).(((((.(((((((.............))))))).(((.(((((((....)))))))..(((((....))))).....((((....)))).))).(((.((((............(((((......)))))......))))))).)))))...((((((.(((....)))(((....))).))))))....(((((..........))))).(((((.......)))))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..<<<.((((.....{{{...))))....(((((((((.....)))).)))))...((..bbbb)).(((.....((((....))))BBBB...(((((((.............))))))))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))....<<<<<}}})>>>>>)))(((.....))).....>>>..(((((......)))))...))).((((.....((((......aaa)))).((((((AAA....)))))).((((...[[[[.....)))).]]]].(((((((.....)))))))..)))).. |
|
|
|
AGAUGUGGAGGGAAGCUCAGUGCUGAGGCUACAACCUGAGUGCAUUUGUCACUCUCAUACAUUCCUCAGGGAAGGUCUGAGAUUAGAGCCAUCUAUUGUCUUAACAAGGCAUUGCUUGGUUUGAGCAAAUGAGUUACCAUCAAACCUUGUUCUGUUGUCGCUAGACUGCACAAGUAAUAGAAGUGGUUUUCCUCUAUGGAUGCUGAGGCAACUGAUUUGGAAAGUGACUCAUGACUAGCAAAUUCAAGUUCAAUUGCUGAGAGGAAGUCAUUACCUUCCUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(.((((((((((...((((.((..((((.........(((((.......))))).........))))))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((...)))))))(((((((...........(((.................................................................)))........))))))))))).....................))))(((((((.....)))))))........]]]]]]]]....)))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((((...((((((.((((((.........((((((....).))))).........)))))).....((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))..))).)))))))))))....((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....))))))).......) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((((.((((((....))).)))....((((((........................))))))...(((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).)))))))))..))))))))..))..(((.......(((((..((((((((..((............))...))))))))...)))))...((((((.......))))))...)))..))))))).)))))))....)).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((...(((((....((((.........(((((.......))))).........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((..........................................................................................)))))))))))....................)))))(((((((.....)))))))....................))...))..)) |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((....))))..........(((((.......)))))......(((((..((((..((((((((..((((....)))).(((((.....)))))...((((.((((.....(((((((((........((((...(((.(((....))).)))))))...........................((....))..............)))))))))......))))..)))).............((((((.......)))))).......)))))))).))))..))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................(((((.......)))))...................(((((((....((.((........)).)).........(((((.......)))))......................................................................................................................................(((...........))).........)))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((((((((...............)))))((..(((((.(.(((((.((.((((....)))).)).))))).).((((((.(...((((.......))))..)..))))))..)))))).)....((((.....(((((.(.(((.......))).).)))))........))))))))))))))))..)...(((....((((.((((...(..........((.((((............))))..))((((((.......))))))..))))).))))....)))............ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((((()))))).))....)).(((((.......)))))))....(((((..((((..((((((((..((((....)))).(((((.....))))).(((((((((((.....(((((((((...((((.((((...(((.(((....))).)))))))..(((((...((....)))))))((.(((....))).))..))))....)))))))))......))))).)))))..).........((((((.......)))))).......)))))))).))))..))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...........................(((((.......))))).........................................................((((((.....))))))..................................................................................................................................................................................)).)) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((......((((((.....[[[[(((((.......))))).........))))))...]]]].((((((....[[[.......))))))....]]].((((..[[[[[[[))))...........]]]]]]]......(((.(((.[[[))).))).......]]].....))))))))))))...(((....))).....((((((.((((.....(((.((((((............))))))..((((((.......))))))........)))...)))).))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((..((...(((((.(((......))).)))))....))..))))).)))))).....((((.((((((((..((((....)))).((((((...))))))(((((.(((((((((((((.((((.((.((.((((...(((((((((.((......)))))....))))))..)))).(((.....)))....)))).)))).)))))........)))).)))))))))..(((.((......))))).((((((.......)))))).......))))))))..))))(((....))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.......((((.<<((......)).<<)))).........>>.........[[>>......(((((((................((((.......))))...((((((((((....{{{{{{{{{..)))))).............................................((.....((.(((....))).)).....))...}}}}}}}}}.....aa.....)))).......AA....((((((.......))))))........))))))).))))))]]....... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((.........(((((((........(((((.......)))))........))))))).....(((((((...............((((((...))))))(((((((...))))))).....................................(...(.....(((((.((.(...)..)))))))..))...........................................................(((((((.(..)))))))).......))))))).....))))....))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((..((...(((((.(((......))).)))))....))..))))).)))))).....((((.((((((((..((((....)))).((((((...)))))).(((((.....))))).(((((((((.....((((...(((((((((.((......)))))....))))))..))))..((.....)(.(((....))).).......)...)))))))))...((((((............))))))..((((((.......)))))).......))))))))..))))(((....))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((...(((((..((((((.........(((((.......))))).........))))))[[[[[[[))))).....(((.......((((((...))))))..)))(((((((((.....(((((((....(((((...(((((((((...............)))))))))..))))).((((..........))))...............)))))))(((((((((((............))))).......)))))).]]]]]]]........))))))))))))))))........ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((..............................................................))).))).....)))))))))))...........((............((((((.......)))))).)).)...))))))).))))))...))..)) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((..............................................................))).))).....)))))))))))...........((............((((((.......)))))).)).)...)))))))..)))))...))..)) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((.(((((.(((......))).))))).........(((((.((.((((....)))).)).)))))...))))..(((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))......))))))))))...(((.[[[))).((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....]]]..(((....))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.......(((((.(((......))).)))))........))))).)))))).....((((.((((((((..((((....)))).((((((...))))))((((((([[[)))))))(((((((((.....((((...(((((((((.((......)))))....))))))..))))............(((....))).............)))))))))]]]((((((.(.........)))))))..(((((((....).)))))).......))))))))..))))(((....))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((..........((((((.........(((((.......))))).........))))))....((((((((....((((((.....((((((...)))))).....))))))......(((((((((........(((((((((.......))))....))))).........(((((..((((..........)))).))))).........)))))))))...((((((............))))))..((((((.......)))))).......)))))))).)))))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((.....((((...................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....))))).........................................................................................................)))).....................)))).................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.(((((((...((((((.((((((.........((((((....).))))).........)))))).....((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))..))).)))))))))))....((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....))))))).)...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((..(((((.(((......))).))))).((((....(((((.((.((((....)))).)).))))).))))....(((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))...))))))))))))))......(((....((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....))))).((....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((........(.((((((.........((((((....).))))).........)))))).)..(((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))..))..(((...((..(((((.(((((((((...((.((.......))))..))))))).)).))))).))((((((.......))))))...)))..))))))).))))))((....)). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((.(((((..))))))).....((((((((((..)).)).............)))))).((((((((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.((((...(........)....)))))))))))))))(((((((((..))))))))).)).)))))...)))))..((((..........))))(((..((((((((..(((..((..))..)))...))))))).)..))).....(((.(......))))..))))).)....)))))))).))))(((..))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................)).). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(..((.(((......))).))..)..............................(((((((............(((((........................................................(..(((....)))..)......))))).................................................................................((((((.......))))))........)))))))................ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((.(..((.(((......))).))..).........(((((.((.((((....)))).)).)))))...))))..(((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).((..(((....)))..)).))))))))))......))))))))))(((..((((((...((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).)))).....))).)))...))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((((((....))).))).......(((((.......)))))........(((....))).(((((((...((((....)))).(((((.....))))).((((.(((((((...............)))))))..((((..((((.((......))))))....(((.((........))))).))))..((((....((.........))...)))).....))))...(((.((......))))).((((((.......))))))........))))))).))))))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGUCACGCGCUGGGUGUAUCGAUCACCCUCCUUGCUACCUUUGGGAAGGUCUGAGAGAAGGGCCAAGUGUCGCCUUAGCAGGGCGCCAUCUUAGGAAGGUGGGUGAGUUCCCAGCAAUAGGGGUCUCCUGUAAUGCCCCAGUUUGAGGCAGGAGAAGCGGGGCUGGAGGGGCUACUCCCUCCUUCCUGCGGAUGCCUCCGUGGCUUACGCGGGGCUUGGGAAUGACUCACGGCCGGCACGUUGAGUACAAUGGGCAGAGGUGAAGCGGCCGCUUCAUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((...((((.((..((((.........(((((.......))))).........))))))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((...)))))))(((((((...........(((..........................................................................................))).......))))))))))).....................))))(((((((....)))))))........]]]]]]]]....))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((((.....(((((...(((..(((((.......)))))....))).)))))))))..((((((((.((((((((.....(((((((.....(((.(((((((...)))))))(((((((((((((....(((.((((((((................)))))))).(((((...(((((((....)))))))..))))).....)))(((((.....))))).))).))))...)))))).))).((.(((((....))))).)).)))))))...)))).)))).........))))))))....)))....))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((....((((.........(((((.......))))).........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((..................................................................................................................)))))))))))...................).))))(((((((....)))))))....................))....)))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((((..((((((........((((((.((((.((...........(((((.......)))))...((.(((((.....))))).))....)).)))).))))))...))))))....((((............)))).....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...)))))).)))))....................(((((((.......))).))))....((((.....(((((((....)))))))..))))...............(((....))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.........................(((((.......)))))...................(((((((................(((((.....)))))((((((.....))))))((((((....................................................................................................................)))))).............................(((((((....)))))))........))))))).....))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((......)))....)..((((((........((((((.((......((...))...(((((.......)))))..(((.((((.......)))).)))........)).))))))...))))))....(((((((((.....((((.((...)).))))))))).((((((..((((((......)))))).))))))....(((.((((.......)))))))(((((.........((((((.(((.(((...........)))..)))...))))))........)))))...........))))....))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..((((..((((((((.((((((.(...(..((((((.((((.(((..(......)(((((.......))))).((((.(((((.....))))).)).))))).)))).)))))))).)))))).((.(((((..........))))).))..((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...))))))))))))))..))))))))........(((((((((())).))).))))....((((.....((((((((()))))))))..))))...............((((())))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...........................(((((.......))))).........................................................((((((.....)))))).........................................................................................................................................................................................................)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...........)))).......(((.[[[[[[))).....((((((.((((.(((..........(((((.......)))))..(((.(((((.....))))).)))..))).)))).))))))...]]]]]].....((((((((((....(((((.....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...)))))).(((.....)))))))).)))))..)))))(((.[[[[..)))(((((....((((.....(((((((....)))))))..))))))))).........]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((....))..)))).(((((...(((..(((((.......)))))....))).))))).((((.((((((((....((((((((((.((((((...)))))).)).))).))..(((..(((((((((((((.((((((...))))))...(((((.((((..........))))))))).(((((((....)))))))..((((((...(((.....)))...)))))))).)))))...)))))).))).((.(((((....))))).))....(((((((....)))))))..)))..))))))))..))))(((....))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((................((bbbb.....(((((.......))))).........))........(((((((........(((((...((((.......))))..((((.(((((((..((..(((((.((((....(((({{{{{{{{....)))).....[[[}}}}}}}}.[[...)))).<<)))))...))>>)))))))]]))))..]]].BBBB...........)))))......(((.aaaaaa.......)))......(((.....((((((AAAAAA))))))..)))...)))))))...........))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.........(((((((........(((((.......)))))........))))))).....(((((((...............(((((.....)))))(((((((...)))))))..............................................((.....(((((.((..((((........)))..))))))))..)).................................................................(((((((.(.)))))))).......))))))).....)))....)).)) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...........)))..(((((...(((..(((((.......)))))....))).))))).((((.(((((((......((((......((((((...))))))(((((((...)))))))(((((((((((((.((((((...))))))...(((((.((((..........))))))))).(((((((....)))))))..((((((...(((.....)))...)))))))).)))))...)))))))))).((.(((((....))))).))....(((((((....)))))))........)))))))..))))(((....))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.............((((((........(((((.......)))))........))))))((((.((((((((.....((((......((((((...))))))(((((((...)))))))((((((((((((..((((((...))))))...(((((.....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...))))))((((...)))).)))))))))))...))))))))))................((((.....((((((((..))))))))..)))).))))))))..)))).....))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((.......................................................................................))).)))....)))))))))))..........((.............((((((......)))))).)).)...))))))).))))))....)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((.......................................................................................))).)))....)))))))))))..........((.............((((((......)))))).)).)...)))))))..)))))....)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.[[[[(((((.(((...((((....((((((........((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))...)))))).....((((((((((....(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).)))))..)))))..))))...))).)))))....((((.....(((((((....)))))))..)))).............))))...]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((...(((..(((((.......)))))....))).))))))((((.((((((((.....((((......((((((...))))))(((((((...)))))))(((((((((((((.((((((...))))))...(((((.((((.....[[[[.))))))))).(((((((....)))))))..((((((...(((]]].])))...)))))))).)))))...))))))))))....(((((....))))).......(((((((....))))))).......))))))))..))))(((....))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....(((((((((..((((((((.((((((.((((...((((((.((((..............(((((.......)))))......((((((...))))))..........)))).))))))..........((((((...)))))).))))))))))..((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...))))))))))))))..))))((((((((.....)))).)))).......)))))....((((.....(((((((....)))))))..)))).............))))........ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...........((((...................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....))))).................................................................................................................................))))..............................................................)))....)))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(..(((((.(((...((((....((((((........((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))...)))))).....((((((((((....(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).)))))..)))))..))))...))).)))))....((((.....(((((((....)))))))..))))..........)..))))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......))..(((...((((....((((((........((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))...)))))).....((((((((((....(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).)))))..)))))..)))).))))).(((((....((((.....(((((((....)))))))..)))))))))..........(((....))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....)...(((.((((((((((.(((((.(((.....((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))((((((((..(((((.....)))))...(((((.....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...)))))).(((.....)))))))))))))))).....))).))))).)))(((((....((((.....(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).)))..))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...(((((......)))))........(((((.((..))))))).((...........)).(((((((((((.(((((((..(((((((((...........((((((((((((((((((((((((((((.((..(.(((((((((((((........)))..)))))))))))..))))))..))))).)))))))))))))).)))))(((((.(((((..(.(((((.(........)))).))).((((..))))))).)))))))...))))))))))))).))).........)))))))))))...((..))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......................................). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((................(((.........(((((.......))))).........))).......(((((((..((((((((.....((((((.......((..((((.......)))).((((..(((((...(((((.....)))))...(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).))))).....)))).)).....((((......)))).....))))))...)))).))))..........)))))))............))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((.(((((((.((.((((((((..((..((((((.((((.(((..........(((((.......)))))..(((.(((((.....))))).)))..))).)))).))))))(((((((...((((((...))))))...(((((.(..((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).))))..)))))).)))))))))..)))..))))).))..((((....((((.....(((((((....)))))))..)))))))).))))..))).)))..)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((............((((((((((.......))))).(((..........)))..(((((.......))))).))))).((((.....)))).((((((.....)))))))))))).(((.......))).((((((((................)))))))).((((((..((((((......)))))).))))))...((((.(((((.....))))).(((((((.....)))).))).))))..(((....))).(((.....(((((((....)))))))..)))..(((.............))).))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......bbbbb))))........(((((((((((.......))))).(((......cccc)))..(((((.CCCC..)))))......[[[[[.))).]]]]]((((((..<<<)))))).>>>BB((((.......)))).((((((....aaaaa.aaaa....))))))AAAAAAAAA.(((((((....))))))).BBB.)))...(((((.(((.....))))))))...((((..(((((((.......)).)))))....((((..{{{(((((((....)))))))..)))).(((........}}}..))))))). |
|
|
|
GUUCUCUCCGUCCACGGAGGCAGGUUUCUGCCUUCGCACAAAAUGCUCCUGAGAGCGUCCUGGCGCGAAAGCGCCGGGCAGGGCCAUCAGAAAUCAGUCGAGUUUACUUGGCAUGGGAGGCUCUGCGGACGGUUGGUCAUGUGUAUGAACAUGGCUAUUGAGUGCAAUAUGCGAACCUUGAAAAAGGCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......((((((.............................((((((....)))))).(((((((....))))))).(((((((...........((((((....))))))......))))))).))))))...(((((((......)))))))....................((((....))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((.....(((((((((....)))))).))))))))))))))))))).(((((((((......)))))))))..))).(((...)))...((((....)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..........((((((......)))))).((......(((((....)))))...((((((....))))))..(((((((.................................))))))).)..)........................................)))))((((....)))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((.((......((((((((....)))))).)).))))))))).)))))).(((((((((......)))))))))..................((((....)))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((((....))))..((.(((((....)))))))((((((((.(.........((((((....))))))....).))))))))........((((((((......))))))))................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((...........((((((....))))))......))))))))))))))..((((((((......))))))))...................((((....)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((.((.....(((((((((....)))))).)))))))))))).)))))).(((((((((......)))))))))..))).))..........((((....)))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((................(((......)))................(......).............................................................................................(..(((..........))).....).............))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.[[[[[[.(((((((((....)))))))))..............))))))...(((((((....)))))))((((((((........(((((((((....)))))).)))..))))))))]]]]]].(((((((((......))))))))).....((((...))))..((((....)))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((.((.....(((((((((....)))))).)))))))))))).)))))).(((((((((......)))))))))..))).))..........((((....)))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((........((((((....))))))....))))))))))))))))..((((((((......)))))))).[[[))..]]]........((((....)))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.................(......)(............((..........)).............................(.....(((.............)))..)..............................................................(...))....))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((.((.....(((((((((....)))))).)))))))))))).)))))).(((((((((......)))))))))..))).(((...)))...((((....)))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.((((((((((..))))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((...........(((((((..)))))))......)))))))))))))).(((((((((......)))))))))..)))((((...))))..((((....)))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((......)))))))((......(((((....)))))...((((((....))))))..(((((((.(((.......(((..........))).)))..))))))).)..)................................(............((((....)))).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((......)))))))((......(((((....)))))...((((((....))))))..(((((((.(((.......(((..........))).)))..))))))).)..)................................(............((((....)))).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((.....(((((((((....)))))).))))))))))))))))))).(((((((((......)))))))))..))).))..........((((....)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((.((.....(((((((((....)))))).)))))))))))).)))))).(((((((((......)))))))))..)))((((...))))..((((....)))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))..))))............((((((....))))))..)))))....((((......(((((((((......))))))))).....)))).........((((....)))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((..........)))).((......(((((....)))))....(((((....)))))...................................................)..)........................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((.....(((((((((....)))))).))))))))))))))))))).(((((((((......)))))))))..))).))..........((((....)))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((.((.....(((((((((....)))))).)))))))))))).)))))).(((((((((......)))))))))...............))).(((....)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((((....).((((((....)))))).)))..)))))))))))))).(((((((((......)))))))))..))).))..........((((....)))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..)).((((((.(((((((((....))))))))).....((..(((....)))..))((((((((..))))))))((((((((.((..(.(.(.(((((((..))))))))).))))))))))))))))).((((((......))))))((((((..)))).)).........(((((..))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....))))))((((((((....))))))))(((((((...........((((((....))))))......))))))).)))))).(((((((((......)))))))))..)))..)..........((((....)))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((.((((((.(((((((((....)))))))))......((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((.....(((((((((....)))))).))))))))))))))))))).(((((((((......)))))))))..)))..)..........((((....)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....))).(((((....))))).(((((....((((((....)))))).(((((((....)))))))((((((((.((........((((((....))))))....))))))))))........((((((((......)))))))).(((....)))..))))).((((....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((((((....))))))))).......(((((....))))).((((((((....)))))))).((((((.((........((((((....))))))....))))))))..)))))).(((((((((......))))))))).....(((.....)))..((((....)))).. |
|
|
|
UGGACCUGCCCACAAAAGGAGCUCCGUGCUCAGAAUUACGCAGGUGGGAAAUUCGGUGGUUCACGCUGUCCAACAUUACCCUUUCUCUUGAGAGAUCCUGGCGAGGAAUCGCUGGGUGCGGCCAUAAGAAAUCAGCCCCCUAAAAAGGGCAUGGGAGGCUGCACGGACAGUUGGUCCUUGGAAAGAGGGCUAUUGAGUGCAAUAUACAGACUGGGGGCUUUGGCCCCUGGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(..(((((..........((((.....)))).........)))))....................((((((............((((....))))..(((((((....))))))).(((((((...........((((((....))))))......))))))).))))))...((((((.....)))))).............)......((((((((....))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).)))))))...((....))....))))))))))))............((((((((....)))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((.((.......)))).)))((((((((((((((................)))))))..(((((((......((((..((((....))))....(((((....)))))))))((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))((((((((.....)))))))).)))))))..........((((((((....)))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..........((((.....)))).........)))).......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))..(((((((...................................)))))))))))..........................................(((((((......))))))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((.....))))........))))))...................(((((((............((((....)))).((((((((....))))))))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................((((((((....)))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((.....))))........))))))....................((((((.............(((....)))...(((((((....)))))))((((((((.........((((((........)))).))...))))))))))))))..(((((((.....)))))))...................((((((((....)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((.....))))........))))))...................(((((((............(((((()))))).((((((((....))))))))(((((((........(((((((..(....))))).)))..))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................((((((((....)))))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.(..............................((((................))))........................((((....))))............................................................................................((..........)).............................)) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((...((.((((........(((((....)))))...(((((((....)))))))((((((((........(((((((........)))).)))..))))))))((((.....)))).)))).)).))))))))))))............((((((((....)))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((...[[))))........))))))...................(((((((.........................((((((((....))))))))(((((((...........((((........))))......))))))).))))))).(((((((.....))))))).......]]..........((((((((....)))))))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((........((((.....)))).......)))).........((((.....((.(((.)))))........((((((..)))))).............................(...........).........................................................................((....))...))))..)).)). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((.....)))).(((((((................)))))))..(((((((.........(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).))))))).(((((((.....)))))))...................((((((((....)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((.....((((.....))))............))))).........)))))).(((((((..........((((((..)))))).((((((((....))))))))(((((((...........((((........))))......))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................(((((((((..))))))))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........((((.....)))).........)))))......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))..(((((((...((.......(((..........))).))....))))))))))).............................(............((((((........)))))).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........((((.....)))).........)))))......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))..(((((((..(((.......(((..........))).)))...))))))))))).............................(............((((((........)))))).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.[[[[[)))......((((.....))))........]]]]].((((.{{{{{{{{{{{{..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))...))))........}}}}}}}}}}}}............((((((((....)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((([[[[[.........[[[[)))..]]]].(((((((]]]]]...........)))))))..(((((((.........(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................((((((((....)))))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((..(((((...........(((((....)))))..((((((((....)))))))).)))))..........(((((.((((.........)))).)))))...((((.....)))).........))))))))))))............((((((((....)))))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((................................)))).......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))...................................................))))................................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((....(....).((((........))))......))))))..)))))))...((....))....))))))))))))............(..(((((....)))))..).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.........((((.....))))........)))))......((((((((((((..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))...((....))....))))))))))))............)).(((((....)))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((......)).)))))(..(((((((((((.(..((.....))..))))))))..(((((((.........(((((....)))))...(..((((....))))..)((((((((....(....).((((........))))......)))))))))))))))((((((((.....)))))))).))))..)..........(..(((((....)))))..).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((...((......))(((((((((((((((.....((((((((((.((...)).)))))).)))).........((((.(((((..)))))((((..(((....)))(((..(.............).)))(((........)))...))))(((((..(..))))))(((((..))))).))))..))))))..))).).).)))).((((((...).)))))..)) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......((((.....)))).......(((.(((((......(((((.....))))).......)))))...((((....)))).((((((((....)))))))).)))..............((((........)))).)))).(((((......))))).(((((.......))))).((((....)))).......(((((((......))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...[[[[.......[[[.))))..]]]....((((....))))......(((((.....))))).(((......(((..((((....)))).....((((....)))).))){{{{{{{...........((((........)))).)))..}}}}}}}.((((.....)))).........]]]].((((....)))).......((((((((....)))))))).. |
|
|
|
UUCUCAUCAAAGUCUGUAUUUACCUGCCUACACAAGGGGCCCUCUUCCCCCAGAGGGACCCAGCAGGAGCAGGUGGGAAAUUCGGUGGUACACGCCGCCCAUUAAUUUCUCUCUUGAGAGAGUCCAGGCGAGGAAUCGCUAGGGUGUUGCCAUAAGAAAUUCAGUCCGCCUAGCGGGCAUGGGAGGCUUCACGGGCGGUUGGUCCCUAGUGCAAAACUUUCGCGCUAGGAGGCUUUUGAGUGCAAUAUACAGACCGCCUAGUGGUUCCUUGGGAUCAUCUGGGCGGAACGCGAUACCGAUUAUUUUGGUGAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((..(((((..........(((((((((......)))))).)))........)))))....[[[.[[[[[.......((((((........(((((....))))).((((((((....)))))))).(((((((............((((((...))))))......))))))).))))))...((((((((((((((...))))))))))).))).............)))))))((((((((((((((....)))))).)))))))).......]]]]]]]]..)))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).)))))))))....((((((((((..(((((((.....((((((....))))))..((.(((((....))))).))(((..(((..((....))..((((((...))))))......)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))..........((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((.........(((((((((......)))))).))).......)))))))))....((((((.......(((((((....((((((....))))))((((...((((((((((((((((((((((........((((((.((((((...((((.......))))...))))))..((((((((((((((....)).)))))))).)))).)))))))))))))........)))))))))))))))))))....))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((.....(..(((.((((((......)))))).))).).....)))))))))....((((((.....(((((((((.......(((((....)))))(((...(((((((((((((((....................((((((...)))))).................(((((((((((((((((.........)))))))).)))).................))))))))))))))))))))))).....)))))))..))...))))))..))))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.........(((((((.........(((((((((......)))))).))).......)))))))...................((((((.........((((....))))..((.(((((....))))).))(((..(((..........((((((((...)))))).))...)))..)))))))))..((((.(((((((.........)))))).).)))).....................................................................)))))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((........(((.((((((......)))))).))).......))))))))).(((.(((((......(((((((........(((((....)))))..(.(((((....)))))..)(((..(((............((((((...))))))......)))..))))))))))..(((((((((((.........)))))))).)))....................((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))))))))))))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....((((((((((..(.(..(((.((((((......)))))).))).)..)).)))))))))....((((((.(...(((((((((.......((((((()))))))(((...((((((((((((((((((((((........(((((..((((((.(.((((.......))))..)))))))..((((((((((((.........)))))))).))))..))))))))))))........)))))))))))))))))).....)))))))..)).).))))))..))))))))))))) |
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...................................(((((........)))))......................................................................................................................................................................................(..............(.......(((........)))......))..........................)))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.........(((((((.......(((((((((......)))))).))).........)))))))....((((((((((..(((((((.....((((((....)))))).....(((((....)))))...(((..(((.........(((((((((...)))))).)))..)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))..........((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.(((((((.(((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).)))))))((....))....((((..(((((((.....((((((....))))))..((.(((((....))))).))(((..(((........((((((((((...)))))).)))).)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))...)))))))((((((((((((((....)))))).))))))))....((....)).....)))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((......((((((((........(((.((((((......)))))).))).......)))))))).....((((((.......(((((((.....................(((...(((((((((((((((((({{(((..........(((((((([[.)))))).))...)))..)))]].(((..((((((((((((.........)))))))).)))).........}}........))))))))))))))))))))).....))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((......(.(...(((((...........((..(........)..))..........))))).)).....(((((((.........(..........).....(.)...................................(..........................)...............................................................................................(((....))).........))))))).....)..))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((......((((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).)))))))).....((((((.......(((((((....((((((....)))))).(((...((((((((((((((.(((..(((.........(((((((((...)))))).)))..)))..)))..(((((.((((((((((((.........)))))))).))))..................)))))))))))))))))))))).....))))))).......))))))..)))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((.........(((((((((......)))))).))).......)))))))))....((((((.......(((((((......((((((..))))))((((...((((((((((((((((((((((.............((((((...))))))...(((((((((..((((.....))))(((((((.........))))))))))))))))....)))))))........)))))))))))))))))))....))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((............(((((..........(((((...............)))))........)))))(((.((.((((((.........((((........(((((....)))))....(((((....)))))...(((((((..(((.........(((........))).)))...)))))))))))...........................................((............((((((.....................)))))).)).)...))))))).))))))..)))) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((............(((((..........(((((...............)))))........)))))((..((.((((((.........((((........(((((....)))))....(((((....)))))...(((((((..(((.........(((........))).)))...)))))))))))...........................................((............((((((.....................)))))).)).)...)))))))..)))))..)))) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.....(((((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).)))))))))....((((((((((..(((((((.....((((((....))))))..((.(((((....))))).))(((..(((..((....))..((((((...))))))......)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))..........((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))..)))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).))))))))).{{.{{{{{{.(((...[[[[[[.....((((((....)))))).[[[...[[[[[[[[[[[[...(((..(((........((((((((((...)))))).)))).)))..)))........(((((((((((((......).)))))))).)))).[[[.)))]]]..))))).......]]]]]]]]]]]]]]]......]]]]]].......}}}}}}}}))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(((((((((............((((((......))))))...........)))))))))....((((((.......(((((((.......(((((....)))))......((((((((((((((((((((((........((((((.((((((...((((.......))))...))))))..((((((((((((.........)))))))).)))).)))))))))))))........)))))))))))))))........))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.............((((...........................................)))).......................((((........(((((....)))))....(((((....)))))....................................................)))).............................................................................................................)))..)))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.....(((((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).)))))))))....((((((((((..(((((((.....((((((....))))))..((.(((((....))))).))(((..(((..((....))..((((((...))))))......)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))..........((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))..)))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.........(((((((.(((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).)))))))............((((..(((((((.....((((((....))))))..((.(((((....))))).))(((..(((..((....))..((((((...))))))......)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))...)))))))((((((((((((((....)))))).)))))))).....)).(((((.....)))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.........((..(((......(((.((((((......)))))).))).((....)))))..))....((((((((((..(((((((........(((((....))))).((.(((((....))))).))(((..(((....(.....).((((((...))))))......)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))..........((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))..)))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............................................................................................................................................................................................................................................(.(..).)................................(...).............................)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.....(((((((((.........(((((((((......)))))).))).......)))))))))....((((((.......(((((((......((((....))))...(((...((((((((((((...(((..(((............((((((...))))))......)))..))).(((((((.(((((((((((.........)))))))).)))..................))))))).))))))))))))))).....))))))).......))))))..)))))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....(..((((((((.......(((((((((......)))))).)))....)).))))))..)....((((((((((..(((((((........(((((....))))).((..((((....))))..))(((..(((..((....))..((((((...))))))......)))..)))))))))).((((((((((((.........)))))))).)))).....))))..........((((((((((((((....)))))).)))))))).......))))))..))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.((((....)))).(((((........(((....)))((((.....))))....)))))....))))))).....((((.....)))).((((.....(((((....))))).((((.(((((....))))).(((((..((...((....))..)).)))))...)))).)))).((((((..((((.....)))).((((((.........)))))).)))))).(((...........))).((((((((((((((....)))))).)))))))).......((((((.....)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....)))).(((((((.......)))).....((((.....)))){{{.{{))).....}}}}}......((((.....)))).((((....((((((....)))))).....(((((....))))).(((...................[[[[[)))..]]]]].))))..(((.....)))....((((((((((((.........)))))))).)))).(((...........))).((((((((((((((....)))))).)))))))).......((((((.....)))))).... |
|
|
|
GUGGAACAGUGGUAAUUCCUACGAUUAAGAAACCUGUUUACAGAAGGAUCCCCACCUAUGGGCGGGUUAUCAGAUAUUAUCAGGUGGGAAAUUCGGUGGAACACAGUGGAGCCUUGUCCUCCGGGUUAAUGUCGCUUUUGGCAUUGACCCCUGCUCCUGAGAGAAGAAAUAUACUGGGGAACCAGUCUUUACCGACCGUUGUUAUCAGAAAUUCACGGAGUUCGGCCUAGGUCGGACUCCGAUGGGAACGGCAACGGUUGUUCCGUUUGACUUGUCGCCCGCUACGGCGUGAGCGUCAAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACGUCAUUUGUGGCGAACCCGAUACCGAUUACUGCUGCUGUUCCAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((.........(((((..........((((((((....)))..)))))............))))).............((((.....(((((..........((((((((((((....)))))))))))).............(((......(((((....))))))))........((((((............(((((((((((....)))))))))))........))))))....)))))))))((((((.(((.(((......))).))).))).)))..............))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......((((.......))))..((((((((((....))))))))))..((.(((....))).))......(((((....))))).))))))))((((((((........(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))....(((.(((.((....)).))).)))...)))..)))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..(((((((((......((((((((((...(((.......))).(((((((((.....((((...((((((((((...((((((((...((..(((((..........((((((((((((....))))))))))))..))))))).............(((((....))))).))))))))(((((((..((......((((((((((((((....))))))))))).)))))...)))))))...))))))))))..))))))))))).))..))))))....))))............)))))))))(((((....))))).................))))))))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......((...(((((...........((((..........(((((.............))..))).........))))..............((((.................................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((..............................................)))))))...)))).......................................................)))))(((((....))))).....................)).....)))) |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((((((........................(((((((........................))))))).........((((....((((((.......))))((((((((((((....))))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))....))(((((((((((.........((((((((((((((....))))))))))).)))....)))))))))))))))....((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....))))).................))))))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((((((((((.....(((((............................................)))))......................(((.........)))(((((((((((......)))))))))))......................(((((....))))).......((((((((((............(((((((((((....)))))))))))........)))))))))).........((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....)))))............)))))))))...)....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..(((((((((.......(((.........))).(.((((((..(((..................))))))))).).....(((((((.....((((.......))))(((((((((((......)))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((............(((((((((((....)))))))))))........)))))))))))))))))..((((((.(((.(((....)))...))).))).)))...........)))))))))(((((....))))).................))))))))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((...................(((..(((((((..(....................))))))))...)))((((((((...((((((.......))))((((((((((((....))))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))....)).((((((((((.........(((((((((((((((())))))))))))).)))....)))))))))))))))))).((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....)))))....((....))))...))))))))))))).) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...((((....................................(((((............)))))...........................................................(((((........))))).....................................................................................................................................................................................................................))))...)... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((((((......(((.........))).((((.((((((((...((...)).....)))).))))))))...((((((((.......((((.......))))(((((((((((......)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).))))))))(((((.(((((..........((((((((((....))))))))))))))).))))).(((((.....))))).((((((.(((.(((....)))...))).))).)))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).....))))))))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((((((.....(((((((............[[[[[[[...)))))))..............]]]]]]]...................((((.......))))((((((((((((....))))))))))))......................(((((....))))).......((((((((((.........((((((((((((((....))))))))))).)))....))))))))))...........((((.(((.(((....)))...))).)))).............))))))))))(((((....))))).................))))))))))))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....(((((((..........((.......(((.(........(((((............)))))..........).))).)).....(((((((......................((((............)))).............................................................(((......(((.(.((.((((.(......).))))))))))...)..)).........................................................................((((....))))........))))))).....).))))..)))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))....((........(((........(((.(((..........(.......)...(((((((((((......)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).))).)))))).......)).......(((((((((((((....))))))))))).))((((((((....))))))))....((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).....))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((((((.......((((..)))).......(((((((.....[[[[[[.............)))))))..((((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....)))))......(((((((((((............((((((((((((..))))))))))))........))))))))))).....((((((....((((......)))).....)))))).))))))))))..))))))))))((((((..))))))]]]]]]...........))))))))))))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((.................(((((..........(((((.............))..))).........)))))(((.((.((((((((((.................................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((..((........(((....................))).)).....)))))))...))))..............................................((............(((((....))))).)).)...))))))).).))))).....)))) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((.................(((((..........(((((.............))..))).........)))))((..((.((((((((((.................................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((.(((........(((....................))).)))....)))))))...))))..............................................((............(((((....))))).)).)...)))))))...))))).....)))) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))))((((((((........(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))...)))))..)))((((.(((.(((....)))...))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((((..((((((((((((..................)))))))))).)).((((......(((........(((((((.((.((.....).)))......((((((((((((....))))))))))))...(((....))).........(((((....))))).)))))))))).....)))).......(((((((((((((....))))))))))).))((((((((....))))))))....((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....))))).................))))))))))))).) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..((((((((((....((((((((((..................))))))))))..(((((.......((((((....((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).)))))))).........(((((......(((((((((((....)))))))))))...((((((((....)))))))).))))).......))))))..((((....))))...)))))........))))))))))(((((....))))).................))))))))))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((..................((((............................................))))..............((((.................................................(((((....))))).......(((((....))))).........................................................................))))..............................................................................................))).....)))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))))(((((((..(......(((((((((((((((....))))))))))).)))).)..)))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))))((((((((........(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))...)))))..)))((((.(((.(((....)))...))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).......))))..)).)))).((((...)))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((...(((.((((.......))))((((((((((((....)))))))))))))))(((....))).........(((((....))))).))))))))((((((((............(((((((((((....)))))))))))..(....)))))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.....((((..))))(((....(((((((((...(..........)....)).)))))))((.((((((((...)))..((((((..)).))))((((((((((..(....)))))))))))((.(((..)))))))))).)).((((((..)))))))))...((((((((((...(..(....(..(((((((((((..))))))))))))...))....))))))))))..((..(((((....(((..(((..))))))...)))))))(((..)))..))))))))))))...((..)).(((.......)..)).)))))..).))))))))).) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
AGUUGGAACAGCGACGACUCCUACGACUUAGAGACCUGUUUACACAAGGAGGGUACCCUCCCUCAACCAACAGGUGGGAAAUUCGGUGAAACACAGUGGAAUCAUUCCUUCCAGCCUGGGCUCGCUUCCUUCGGGAAGCUAGGCUCAGGUCUUUCCGUGAGGACAGCCUAGCCGGGGACCGGUCUGCCUGGACGUUGUUAUCAGAAAUUCACACGGGUAACCGUGAUGGGAAAGCAACGAGUGUUUUAUUUGACGGGCUUCUGUUUACACAGUGGUCCAGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACAUGCCCUAGGGCUUGAACCCGAUACCGAUUACCGUCCUUGUCCCAACCCUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((..((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((((((((((((..(((((.......)))))..((((((..((((((....)))))).(((((..(((((..(((..(((....)))...))))))))))))))))))).(((((((........(((((((((....))))).))))..))))))).)))))))))..((((((((..(((....)))..))))).)))...)))))....))))))))((.(((....))).)).................))))..))).))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((...(((((....................((((..........(((((..)))))..........)))).................(((.........................................................(((((....)))))....(((((.....)))))........(((((((.................................))))))).)))......................................................)))))((((((....))))))..........................)).....)). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).........((((((((((..(((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.(((.((((((....(((((((....))..)))))..)))))).)))......(((((((....))))).))))))))......)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))............))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.....(.((((((())))))).).....))))))).........((((((((((.((((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.(((.((((((....((((((((())))..)))))..)))))).)))......(((((((....))))).))))))))...)..)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))............))))))))((.((((())))).))....((....)).....)))).)))).))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(.....................................(((((......)))))........................................................((.(((..........)))..))......................................................................................................................................................................................................))).......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).((....))((((((((((...((((.......)))).(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((.(((....))).)).((((.((((......)))).)))).(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))...((....)).))))))))((.(((....))).))....((....)).....)))).)))).))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((........(((((......)))))....)))))))..........(((((((((..(((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))...(((....)))........((((...))))..........(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))..((((((((.((((....)))).))))).)))............))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((((((...(((((((.......(((((....))))).......))))))).((....))((((((((((...((((.......)))).(((((((((.((((((....))))))..)))))))))...(((....)))....((((.((((......)))).)))).(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))...)))).....))))))))((.(((....))).))....((....)).....)))).)))).))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((..........................(((((..........(((((..)))))..........)))))(((.((.((((((...(((.........................................................(((((....)))))....(((((.....)))))........(((((((..((........(((........))).))....))))))).))).............................................((............((((((....)))))).)).)...))))))).)......))))).....)). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((..........................(((((..........(((((..)))))..........)))))((..((.((((((...(((.........................................................(((((....)))))....(((((.....)))))........(((((((.(((........(((........))).)))...))))))).))).............................................((............((((((....)))))).)).)...)))))))........))))).....)). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((.(((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))..(((((((..((((....))))..)))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((((((((.(((((((.......(((((....))))).......))))))).........((((((((((..(((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))...(((....)))....((((..(((......)))..)))).(((((((.........((((((((....))))).)))...))))))).)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))).))))).....))))))))...(((....)))....................)))).)))).))))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..(((((((((((((..(((((((.......(((((....))))).......))))))).........((((((((((..(((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.....((((((((((.((((......)))).))))..))))))............(((((....)))))...))))))......))))))))))....(((((.((((....)))).)))))......)))))).....))))))).................................)))).)))).))))).... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((.(((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))..((((((((.((((....)))).))))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((......(((..........)))..)))).........(((((......)))))..))))).(((((((....((((((..(((.((((((.(((((......(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.(((.((((((....(((((((....))..)))))..)))))).)))........(((((....)))))...))))))....)))))))))))..((((((((.((((....)))).))))).)))......)))..((((..((.((.(((....))).))..)))))).....))))))......)))).)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((((((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((.(.....).(((((....)))))....)).))))))).)))))))))).(((((((..((((....))))..)))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.(.(..(((..........))))))))))...(((((((((((((.(..((.....((((((((((((.((.(.(((((((((...((((...)))).(((((((((((((.(((((((..)))))))..))))))))).....(......)((((((........)..)).)))..))))(((((((.((..(....(((..........)))...))).)))))))(((((........))..))).)))))).)))))).)))))).))))))(.(...).).((((((..))))))(((..(..)))).).)..).))))))))))))).))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((......))............)). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......)))))))......(((.(((((((((...(((.....)))......((((((((.((((((....))))))..))))))))....(((....))).............................(((((((.((.........(((((....)))))....)).))))))).)))))))))..(((((((..((((....))))..)))).)))....))).....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((..((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((.(((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))..(((((((..((((....))))..)))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................))))..))).))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.........))))..................(((((......(((((....)))))((((.((....))))))..........)))))...(((((.......)))))...((((...((((((....)))))).((((..(((.((..((....))..))))).((((.....))))..)))).(((.......(((((...((((((((....))))).))).((((((.....)))))).))))).((((..((((....))))..)))).))).((((....))))...(((......))).((((...((..((....)).))...))))....))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((([[[[[[...)))))...(((((........)))))]......(((((....)))))((((.((....))))))...................(((.....))).((.{{{{{.))...((((((....)))))).}}}}}.(((.((..((....))..))))).((((.....))))....(((...]]]]]...))).......(((((....))))).(((((......(((((.....)))))..((((..((((....))))..((((.....((((....))))....))))..)))).(((((.....................)))))..)))))...... |
|
|
|
ACUAAACAGUGAUGAUUCCUACGUUUUAAGAACCUGUUUACAGAAGGAGGAUAACACUUUAGUGCUUUUCUCAUAUAAGUUCAGGUGGGAAAUUCGGUGAAACACAGCGGAACCAACAACAUCUACCAAGGUGUCGUUGCCCUCCCCAAGCCUAGACGGUGUCUUCUUCUAGGAGGAGCUUAAGUCCAGGUCCUUCCCGUGAGGGCAGUUUUCUUUGCAAUUUUAAAUUUUACUGGGGAACCGGUCUGCCUAAAAAUUGCCAUUGAAGAAUUUAUUGGGACGUCGUUAGCAGAAAUUCACAGAGACCUCUUUCAAAGAAAUUGGUCCCUGAUGGGAACAGCGACGGUAGUUCCAUUUGACUUGUGGUGUGAAAUAAUAUCGACCAUAAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACAGAUUUGAUUUGAAAAUCUGAACCCGAUACCGAUUACCAUUGUUGUUUAGUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..(((((((........(((((..........(((((((((((....))))))))))).........)))))....[[[.[[[[[........((((((...............................................................................((((((....)))))).......................(((((....)))))...................................(((((((...............(((((((((((...)))))))))))...........)))))))...))))))...((((((((((..............))))))).))).............)))))))(((((((((...))))))))).......]]]]]]]]..)))))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((..((((.....(((....)))...(((((...(((....)))...)))))...)))).....)))))))..((((((...(((...(((((.....((((((....))))))((((((..((((...((....((((((((((((((..(((((.((((......)))).)))))...))))).....((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....)))))).......)))))))))..)).........(((.((((..((((...))))..)))).)))..))))...))))))...)))))....((((((((((.(((.......)))))))).)))))......)))...(((.....(((((((.......)))))))....)))))))))....)))))))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((..................((((..........(((((................))))).........))))...................................................................................................................................................................................................(((((((...................................................)))))))..............................................................)))))(((((((.......)))))))......................))...)))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((........(((((..........(((((...(((....)))...))))).........)))))............................(((.((((((....)))))).)))((((((.(...((((.(((.....((((((....)))))).....))).)))).......).)))))).....((...((((((((.......(((((....))))).......))))))))....)).........((((((((((((.((.(....((((((.((((..((((...))))..)))).))).)))...).)))))))).))))))...((((((((((.(((.......))))))))))).)).............)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((((((.((.....(((((.............................................))))).................................................................................................................................................(((((....)))))...................................(((((((............(((.((((...............)))).)))........)))))))..............((((.(((.((......))...))).)))).............)).)))))))(((((...........)))))............)))).))))...)....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((...(....(((((..........(((((.(.(((....))).).))))).........)))))......................((((((...........((((.........(((((((..(.(...((((...))))...).).))))).))................(((....))).....(((..(((((((((.......(((((....))))).......))))))).))..))).......))))..((((((.............(((.((((..((((...))))..)))).))).........)))))))..)))))....((((((((((..............))))))).)))........)....)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((.((.....(((((..........(((((.(.(((....))).).))))).........)))))..................(.((......(((.((((((....)))))).)))((((((.(.((((((.(((((...(((((((())))))))))...))).))))..))...).))))))....(((((.((((((((.(.....(((((....))))).....).)))))))).....))))).....((((((((((((.((.(...(((((((.((((..((((...))))..)))).))).))))..).)))))))).))))))...((((((((((.(((.......))))))))))).)).)).).....)).)))))))(((((((.......)))))))....((....)).....)))))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((......................................(((((................)))))....................................................................................(..((.(............))).....)................................................................................................................................................................................................................................................................................))).....) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......(((((((..(((((..(((......((((((((((...(((....)))...)))))......(((.((((((((..(((((((...)))..))))..((((.((((((....)))))).))))...))))...)))).))).....)))))......)))..)))))((((........(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))))))....((((((((...((((((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((..........)))))...)))((((((((.(((.......))))))))))).)))))))).......)))))))(((((((.......))))))).....(((....))).......))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((........(((((..........(((((...(((....)))...))))).........)))))(((...((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).)))))))((((.((.((((((.((.....)).))))))((((.((.......)).)))).(((....)))...(((((..(((((((((.......(((((....))))).......))))))).))..))))).....)))))).((..((((((((....(((((.((((..((((...))))..)))).))).))(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......)))))))....((....)).....)))))))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((.........((((..........(((((...(((....)))...))))).........))))............................((((.((((((....)))))).))))...........(((({{{............))...[[.......}}}..)).]]..(((....))).....(((...((((((((.......(((((....))))).......))))))))....)))................................(((.((((..((((...))))..)))).))).............................((((((((..............))))))))................)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((.........(((...................(((....)))...(((((((..........))))))).((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))...........(((.((...........)).))))))...................(((....)))...(((((..(((((((((.......(((((....))))).......)))))))).)..)))))............((..((((((((....(((((.((((..((((...))))..)))).))).))(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......)))))))....((....)).....)))))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((((........(((((...[[[[[..(((((...((((..))))...)))))........[[[[[[[[[[..(((((((...)))..))))...........[[[[[.....[[[[[[[..((((.....((((((...........)))))).))))........)))))..(((((((.((((....(((((((((((((((.......(((((....))))).......)))))))........((((((...................))))))..((((..))))..)))))))).....)))).)))))))]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]((((((((..............)))))))).]]]]]..........)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........................(((((..........(((((................))))).........)))))(((.((.((((((.....................................................................................................................................................................................(((((((.(((........(((.........................))).)))....))))))).....................................................((............((((((.........)))))).)).)...))))))).)..)))))...)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........................(((((..........(((((................))))).........)))))((..((.((((((.....................................................................................................................................................................................(((((((.(((........(((.........................))).)))....))))))).....................................................((............((((((.........)))))).)).)...)))))))....)))))...)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..(((((((....(((.(((((..........(((((...(((....)))...)))))...(((((((.((.(((...((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))))).)).....((((((.((.....)).))))))..)))))))....))))).)))(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))....((..((((((((......(((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......))))))).................)))..))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................((((.............................................)))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))...)))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..(((((((....(((.(((((..........(((((...(((....)))...)))))...(((((((.((.(((...((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))))).)).....((((((.((.....)).))))))..)))))))....))))).)))(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))....((..((((((((......(((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......))))))).................)))..))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..(((((((..(((((..(((.((...((((((((((...(((....)))...)))))......((..((((((((..((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))...))))...))))..)).....)))))...)).)))..)))))((((........(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))))))((..((((((((...((((((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((.((....)).)))))...)))((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......))))))).................)))..))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((.(((((((...........(((....)))...(((((...(((....)))...)))))............)))))))..((((((..((.(((((((..(((......(((((.....((((((((((..(((((((((.(((...(.((((((....)))))))....))).)))).((.(((....))).))..((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))....)))))....................(((.((((..((((...))))..)))).)))..)))..))))))))))))......))).((((((((.(((.......))))))))))).))))))).))....(((..((.(((((((.......)))))))..)))))))))))....)))..))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UUAGAGCAGUAGCAACUCCUACGAUUUUAACCUGCUUACGAACUAUUAGUCUGAUCUAAUAAUACAUGCAGGUGGGAAAUUCGGUGAAACACAACAAAUGAGGUUUCAGUUAUUUGGGCUCGUGAGAGCAGCCUGGGGAACCUGGUUAUAAUAGCGGCGCUAUCAGAAAUUCAACGCUAUCAAAUUUUGAUGGUGAUGGGAACGGCGCUAGCAACAAACAUAUUUUAUGUACCUCACGUGUUUGACUUAAUCAUUUACUGGUUAAAGUCUGUUCAGUGCAAUCGUAGGACUUCUAAGCAAUUAGUUGCACCCGAUACCGAUCAAUGGUACUGUUCUAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..(((((((......(((((.........((((((......)))))).......)))))....[[[.[[[[[............((((((.............((((....))))(((((((....))))))).......(((((((.............(((((((((...)))))))))........)))))))....................)))))).......((((((((((.....))))))).))).............)))))))(((((((....))))))).......]]]]]]]]..)))))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))...........((((....((((..((((((.((((...((((((((.((....))))))))))....))))........((((((((........(((..(((((((((...)))))))))...)))..)))))).)).....(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....))))))).)))..))))....))))))))))...((((....)))).)))....(((....))).....))))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((...(((((.............((((..........(((((......)))))........))))...................................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((..........................................)))))))..))))....................................................................)))))(((((((....)))))))......................))...)))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.((((((....(.(.((((((......)))))).).)..)))))).))..........((((((......((((((..((.........((((....))))((((.((....)).))))......((((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).))...............)).)))))).))))))((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))....(((....)))))))).((.(((....)))...))))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((...................................(((((........))))).......................................................((((.(......)))))........(((.......)))................................................................................................................................................................................))).....) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))............(((..........[[[[[[))).....((((((((({{..))}}.)))))))..................((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).....................]]]]]].......((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))...((((....))))))))...................))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).((....))..((...)..((((..(((((...(((....))).((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((..(......(((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).)).....(((((...))))).)))))..)))).((((((((((.....)))))).)))).....)....)))))))))).......((((....))))....((......))..)).))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).......[[[[[.((((((......((((((....((((((...((((....))))...(((((...)))))....))))))((((((.............(((((((((...)))))))))........))))))........(((((...))))))))))).))))))((((((((((.....))))))).)))..........))))))))))..............))))).......]]]]].......))))))))))). |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((...................(((((..........(((((......)))))........))))).((.((.((((((.....................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((..((.......(((.................))).)).....)))))))..))))...........................................................((............((((((......)))))).)).)...))))))).)...))))...)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((...................(((((..........(((((......)))))........))))).(..((.((((((.....................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((.(((.......(((.................))).)))....)))))))..))))...........................................................((............((((((......)))))).)).)...))))))).....))))...)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.((((((((.....)))))))).))))...)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))))).)))..)))).)).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((((((((((...((((((........(((((((...).))))))......))))))...........(((.....((((..((((((.((((....))))((((....))))((((..........))))......((((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).)).....(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....)))))).))))...)))....))))))))))...(((([[[[))))]]]]....(((....))).....))))))))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....((((...((((((.((((((........((((((......))))))......))))))..))))))...((((((............)))))).........((((....)))).....))))............((((((..................))))))......(((((((((.((((....(((((((((.(((((((................)))))))..(((((((.....)))))))....)))).))))).................((((....)))).)))).))))).))))...))))))))))). |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((....................((((..................................))))...................................((((.....(((((....))))).(((((....)))))...................................................................))))................................................................................................................)))...)))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.((((((((.....)))))))).))))...)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..)))).)).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..........((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).))......))..........))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..)))).)).)))))))))......((....))))))))........(((.....)))))))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((..((((((........((((((......))))))......))))))..)))...((.((.((((.((((..((((((..((((((((...((((....))))((((.((....)).))))..))))))((((((.............((((((((.....))))))))..(....)))))))..................)).))))))..)))).((((((((((.....))))))).))))))))).))...))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((..((((((..(.(((((((((((...).)))))))))).)))))))...((...(..((((((((..((..)))))))))))...)).((.(((....)))))..(((.((..(((.((((...)))))).)..))))))))))((.(((((((((...))))))))).)).((.(.(((((((((.(((((((................)))))))((((((....)))..))).......)))).)))))).)))))))).))((((....))))..(((.(.((......))).)))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(......................................................................................................................................................................................................................................................................(((...(.......................)............................))).......).). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..(((((((((....((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((.(..((((..((((((.............((((....))))((((.((....)).))))......((((((((..........((.(((((((((...))))))))).)).....)))))).))......(((.....))).))))))..)))).((((((((((.....)))))).)))).))))).))..))))))))).......(((......)))....(........)..)).))))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......))))..((((.((((((........((((((......))))))......))))))..)))).(((.((........))..)))(((..(((....))).((((....)))).))).((((...((((......(((.....))))))).........(((.(((.....))).(((..((....))..)))))).....((((.....)))).))))..((((..((((((((((.....))))).))))).((((............))))..((((....))))..))))....((((.......)))).......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
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................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CCAUGCUGGACGUACGGGCGAACGCCGCACUUCCUCAAAUUCAAACGCGUUGAAAAGCGCACAGCUCGUUGAGGGGGUAAGGUCGGAGAAACAUCUUCGUUGCGUGCUCGUGAGGAGCGAAGAACGAACGUUCUGCCGAAUGUACCAGAAAUUCAAUCAGUAUGGCCUCGUUUGUCGUACCUGAUUUUGAAACGCAUUCGAGAAGAUUUAUUUUAGUGCAAUGUGUGGCACCUGUUUGUCAGGUAACUCGAUUCCGACUAAUCUUGUCUGUAUGUCUGGUGUGGUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
CRWrnafold
|
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[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
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Contrafold
|
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
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DotKnot
|
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Fold
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[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
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|
IPknot
|
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MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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MXScarna(seed)
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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MaxExpect
|
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAfold
|
[ FASTA input ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((((..(((((((((((((((.((((.......))))..............)))))))))))))))...(.(((((((((((......((((...))))....((((((..))))))..(((((((((((((((..(((...............)))...))))))(..)....))))))))))))))))..))))..((((((...))).)))((((...))))....)...((....)).....)))))))).)))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
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Vsfold4
|
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
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...(((((......)).)))......(((...((((((........(((((....)))))...<<<..)))))).>>>.....((((((....)))))).))).(((((.....))))).(((((....)))))...((((...[[[[[.))))..((((((((((.......)))))).)))).((((((..{{{)))))).((((.........(((..}}})))..(((((.....))))).....((((......))))..)))).....]]]]]....... |
|
|
|
CCGGAACAGUGGCAUUCCUACUACAAACCUGUUUGCACAAGGAGCGGUCGGCGUCAGUCGCACCCUGCUCAGAAAUACAGGUGGGAAAUUCGGUGAAACGCGGCGGAGCAACUAUUUCCGAGGGCCGUUCUCGGUCCUGAUUUCCGUGAGGAAAGCGUUUGGAAUUUAAACGCUUGGACGUUGUCAUCAGAAAUACACCAGUCUCUUGGCUGGAUGGGAAGGCAGCGGAUGCUCCGUUUGACUGUGUUUAGCUUCGGCGACACAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACACUUCUUAUGAGGUGAACCCGAUACCGAUUAUUGCCGGUGUUUCGUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((..(((((((....(((((...........((((((((((....))))))))))...........)))))....[[[.[[[[[.........((((((..............................(((((....)))))(((((((.....))))))).....(((((((............((((((....)))))).......)))))))..))))))....(((((((((..((....)))))))).))).............)))))))((((((....)))))).......]]]]]]]]...))))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
|
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
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ContextFold
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Contrafold
|
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Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......(((((((((((....)))).)))..)))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....))))))))).))........)).......((.((((((....))))))...))..))))))....))))).))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((.((((((...........((((((...((((((.((((....))))....)))))).......((((((..((((((....((((((..(((((.......)))))(((((((....)))))))..(((((....))))))))))).))))))...))))))...((((((............((((((....))))))........((((((((((...)))))).))))..........)))))).............))))))..))))))((((((....)))))).................))))).))))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....(((..............((((..............................................)))).........................((((..............................(((((....))))).(((((.......))))).........................................................)))).........................................................................................)))....))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......((((((...(((.....)))...)))))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....)))))))).)))........)).......((.((((((....))))))...))..))))))....))))).))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((....((((((.....(((.((((((((((.....((((((...(((.....)))...))))))..((((((((..........((......)).(((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))..)))))))))...)))))))).......)))).)))))).))).))))))....))....((((((....))))))...))).(((((........)))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......(((((((((((....)))).)))..)))).........))))))))..(((((.....(((((((((((......(((.(((((((....)))))))....(((....)))(((((((((.....))))))))))))(((((((.(((....).((((((((....)))))).)).)).)))))))..))))))))).(((((((((..((....))))))))).))........)).((((..((.((((((....))))))..)))))))))))....))))).))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((((((((((..(((((..)))))..((((((..((((((((..))))).)))(((..)))....((.((((..((.(((..(((...........(((((.....(((((((((((..)))))))...(((((...).)))).(((((.((..))))))).))))..)))))..)))))).)))))))))).)))).....)))))))((.(((..)..)))).....((((((((..(((..)))))))))))(((..))).....((((..(((((((((....))))))).))))))....(...))))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................(((........................................................................))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((((((((((...................((((..(((((....)))).)....)))).........))))))))..((((((.......((((((((......(((.(((((((....)))))))...((((....)))).((((((((...))))))))..)))(((((((.((.........((((((....))))))....)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....))))))))).)).............((.....((((((....))))))....)).))))))....))))).))))))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((((((((((((.((((....))))......((((((...(((.....)))...)))))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((....((...((((((....))))))))..)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....)))))))).)))........))..(((..((.((((((....))))))..)))))))))))....))))..))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.....)))))......((((((.......))))))..(((....))).(((.(((..........))))))........(((((.((((...((((.......)))).(((((((....)))))))...((((....)))).))))..........((((......)))).))))).........((((((....))))))..(((.(((.(((((.....)))))...(((((((..........))))))).))).(((....)))........((((((....))))))..))).((((((........))))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.....))))).((((....))))......((((((.((((....)))){{{{)))))).........}}}}.....)))))......(((((((((.......)))).(((((((....)))))))....(((....))).((((((((.....))))))))[[...)))))...]]........((((((....))))))..(((.((((.((((.....))))....(((((((..((....))))))))))))).(((....)))........((((((....))))))..))).((((((........))))))...... |
|
|
|
CAUGCCGGACGUACGGACAAACGCCGCACUUCCUCAAAUUCAGACGCACUUUUACAAGUGUUACGCGCAUUGAGGGGGUAAGGUCGGAGGAACUUCUUCGUUGCAUGCUCGUGAGGAGCGGAGGACGAAAGUCCUGCCGGGUGUACCAGAAAUUCGAUCUCUUGGUUCGUCCUUUGAGAUCUUGAAACGCACCCGAGAAGAUGUCUUUUAGUGCAAUGUGCGGCACCUGUGAAAAGUCAGGCAACUCGAUUCCGACUAAUCUUGUCUGUAUGUCUGGUAUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((..(((((((.(((((..........(((((.....)).)))..........)))))....[[[.[[[[[.....(((((.....((((((.....))))))(((((....)))))..(((((((............(((((..............)))))........))))))).)))))................)))))))(((((........))))).......]]]]]]]]..))))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((...(((((...............((((...........(((((....)))))...........))))....................((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((..............................................)))))))))))...................)))))(((((((....)))))))...............................))..)))) |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...........((((.(...........................(((((......)))))............................................................(((((....)))))...........................................................................................(((........))).......................).))))...........) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..(((((((((((((((........((((((....))))))........)))))))))......(((((((..)))))))((((((((((.....))))).(((((....)))))..(((((((...........((((((..............)))))).......)))))))((((((..))))))..)))))..)))))).((((........))))....(((....)))......)))))))))))))))))))) |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.....................(((((...........(((((....)))))...........)))))((..((.((((((......((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((..(((.......(((....................))).)))....)))))))))))..........((............((((((......)))))).)).)...))))))).............)))))..)))) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......((..((((((........((((((....))))))........))))))..))..((((((((.....((...(((((..((((.....))))..(((((....)))))..(((((((..((.......((((((..((.....))...)))))).......((((...(((((....))))).))))....))..)))))))...........)))))..))))))))))....)))))))))))))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((.(......((((((....)))))).......))))))))((((...((((((((.((..((((((...(((((.....)))))...)))))))))))).))))...)))).....(((((((((..............))))))..)))..((((...(((((....))))).))))...))))))).(((((.....).))))....((([[[.)))..]]].)))))))))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((.......((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..((((((((..........(((((.(((((.....))))).(((((....)))))..(((((((...........((((((..............)))))).......((((...(((((....))))).))))........)))))))...........)))))....))))))))....)))))))))))))))))))) |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((......................((((....................................))))....................((((......(((((.....))))).(((((....))))).............................................................))))........................................................................)))..)))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((........((((((....))))))........))))))).(((.....((((((...(((((.......((((.....))))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).)))))..))))))..)))...)))))))....))((..((((((....)).......))))..)))))))))))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..(((((((((((((.......(((((((((....))))))(((.(.(.....).).)))..))).)))))).......(((((((((((.....))))(.(((((....))))).)(((((((....(.....)((((((..((.....))...)))))).......)))))))(((((....))))).)))))))))))))).((((........))))....(((....)))......)))))))))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((..(((((((((((((((....((...(((((....)))))....))...)))))))))))))))...((((....(((((..((..)).((((...))))(((((((..)))))).)((((((((((........)(((((..............)))).)(..).))))))))))))))...))))..(.(...).).......(((((((..)))))))..((.............)).)))))))).))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....................................................................................................................................................................................................................................................................................)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..(((((((..((((((........((((((....))))))........))))))..)................(((((.......(((.......)))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).))))).................)))))).....................................)))))))))))))))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........((((((....))))))........))))))).(((...(..(((((...(((((.......((((.....))))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).)))))..)))))..))))...)))))))..........((((((....)).))))..........)))))))))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((...(((((((.(((((((........((((((....))))))........)))))))..........((((.....))))..((((.((((.....))))..(((((....)))))...((((((.(((((.........)).))).(((.....)))...........)))))).((((......))))..))))..))))))).((((........))))......((((......)))).))))))))))))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((...(((((((..((((((........((((((....))))))[[[.....))))))..]]]....((((((....)))))).(((((((((.....))))..(((((....)))))...((((((.(((((.....<<<<)).))).(((.....)))>>>>.......)))))).(((((....))))).)))))..))))))).((((.....{{{))))......((((...}}})))).))))))))))))))))... |
|
|
|
UUGAACAGUGGUGAUUCCUACGAUUAAGAAACCUGUUUGCAAAAGGGCCUGCCCACGCGGGUCAUCUUAUUUAUCAGGUGGGAAAUUCGGUGGAACACAGUGGAGCCUUGCCUUCCGGGCCAUUGUCUCUGGCAGUGGCCCCUGCUCGUGAGAGAAGAAACUUGCUGGGGAACCAGUCUUUACCGACCGUUGCUAUCAGAAAUUGAACGGGGCCCGGUCCCGCCGGGCCUCGAUGGGAACGGCAACGGUUGUUCCGUUUGACUUGUCGCCCGCCACGGCGCGCUGCAAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACGCCAUUCGUGGCGAACCCGAUACCGAUUACCACUGCUGUUAAGGGCGAAUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((..(((((((........(((((..........(((((((....)))))))...........)))))....[[[.[[[[[........((((((...................................((((((....))))))((..(((((((....)))))))))......(((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))...))))))...((((((((((((((....))))))))))).))).............)))))))(((((....))))).......]]]]]]]]..))))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((..((.......(((((..........((((((((((.....))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).))..))))))..))))))))).(((((....)))))...........)))))))))))................) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((......((((...((((.....((.((((...((((((...........((((((((((...((((((((.((((((((((.......))))(((((((((((...)))))))))))..))).))).............(((((....))))).))))))))((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........))))))))...))))))))))......))))))...)))).))))))))))............)))))))).(((((....)))))...........)))))))))))..(((.......))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..........................((((..........(((((........)))))...........))))..............((((..............................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((..............................................)))))))...)))).....................................................)))).(((((....)))))....................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((.....(((((.......((((((((((....)))))))..)))......)))))............((((.....................(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))......(((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).............))))))))))(((((....)))))............))))))))))...)............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((..((((((((((.....(((((.....((...(((((((....)))))))...))......)))))....).....(((((((.....((((.......))))((((((((((.....))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((.............((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))))..(((((((.((.(((....))).)).)))).)))...........)))))))))(((((....))))).................))))))))).((.......)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(.........................................(((((........)))))..........................................................(.............).....((((((....))))))............................................................................................................................................................(((......)))...........................)..........)) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).......((((((((.......(((((...).)))).(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).))))))))(((((.(((((...........(((((((((.....)))))))))))))).))))).(((((.....))))).(((((((.((.(((....))).)).)))).)))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).)))))))))((....))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........)))))........((.((.........(((........))).(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))...)).))(((((((((.(((.....))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))..........(((((((.((.(((....))).)).))))).))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).)))))))))................. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((......((((((((......(((((((....)))))))...........))))))))..((((((((((...........((((((.....(((((((((((...))))))))))).....((((.............(((((....)))))......(((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))..((((........[[[[[[...))))))))..))))))))))))))))..))))))))))((((((..))))))............)))))))))).......]]]]]].... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((..........(((((........)))))...........)))))((..((.((((((((((..............................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((.(((.........(((...................))).)))....)))))))...))))............................................((............(((((....))))).)).)...)))))))......................)) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((..((.......(((((......(((.((((((((((.....))))))))))...(((....)))..)))....(((((....))))).......((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).))..))))))..))))))))))[[[[..(((.((....)))))..........))))))))))...]]]]..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((.....(((((.......((((((((((....)))))))..)))......))))).........((((((.......(((((...).)))).(((((((((((...)))))))))))...(((....))).........(((((....))))).))))))((((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........)))))))))).........(((((((....(((....)))....))))).))..........))))))))))(((((....)))))............)))))))))).(((.....)))..... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((((((...(((((....(((((.....(((((((((((...)))))))))))......))))).....((((..(((((....)))))......(((((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))....)))).......((((......))))))))).....))))))))))..))))))))))(((((....))))).................))))))))))............ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((.......................................))))..............((((..............................................(((((....))))).......(((((....))))).........................................................................))))............................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((..((.......(((((......(((.((((((((((.....))))))))))...(((....)))..)))....(((((....))))).......((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).))..))))))..))))))))).(((((....)))))...........)))))))))))...)))).......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((((..((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((.(((((...((((((.......(((.((((((((((.....))))))))))...(((....)))..)))....(((((....))))))))))).((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))....(((((((.((.(((....))).)).)))).)))..))))))..))))))))))))))))).((((.((...((....)).)).)))).....))).(((....))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((((((((((.............((.....(((((((....))))))).............((((((..((..(((.((((...((((((...........((((((((((.....))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))))))))(((((((((((.............((((((((((.....))))))))))..(....))))))))))))....)))).))).))..))))))...))(((((.(((......))))))))))))))))))(((((....)))))............))))))))))...)))).......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(..((....))....)......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.(((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((.(((.....((..(............((((((((((.....))))))))))...(((....))).........(((((....))))).)..)).((((((((((.(((.....))).(((((((((((...)))))))))))........))))))))))..)))......(((((.((.(((....))).)).))))).....))))))..))))))))).(((((....)))))............))))))))))................. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........)))))...............((.(((..((.((((((.....((((((((((.....))))))))))...(((....)))...((((..(((((....)))))......(((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))....))))........((.(((....))).)).))))))))..))).))..))))))))).(((((....)))))...........)))))))))))................. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((......))))...((((.......))))......(((((((....))))))).(((((((.....)))))))..))).((((........((((......)))).((((((((((.....))))))))))........(((........))).((((....))))....(((.((((..(((..(((((.......((((((((((.....))))))))))...((((((((....)))))))).))))).....((((......))))....))).)))).((((....)))).)))...(((((....)))))................)))).(((......)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((......))))...((((.......))))......(((((((....))))))).(((((((.....)))))))...((((((((.......((((......)))).(((((((((.<<<<..))))))))).........>>>>.........(((((....))))).)))))))).....(((.(((.....))).((((((((((.....))))))))))..(((...(((.((((.....))))..{{{{...((((......)))).)))(((.}}}}.......)))[[[[[.....(((((....)))))..))).(((.]]]]]........)))....)))...... |
|
|
|
UCCUACGAUUUAGAAACCUGUUUGCUAACGGAGUCUCAGGGCUCACACUAAUAGCAGGUGGGAAAUUCGGUGAAUCACUGCGGAACCCGACAGAGCCUAACAAGCUUUGUCGACCGGUUGCCUUGGCGACUUUUCCGUGAGGAGGGCCUGGGGAACCAGGCUCAUAUGGUCAUUGUCACAAGAAAUCAACUCGGUAGUCCUGUACUAUCGAGGAUGGGAAGGCAAUGGACGUUCCGUUUAACUUGAUCUCAUCAAGGUUUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACGGUCUUAGACCUGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((........(((((..........(((((....)))))..........))))).....................((((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((............(((((((((.....))))))).)).......)))))))...))))))...((((((((...))))).))).............)))))))(((((...)))).)..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..((((...(((((((.(((((((((.......))))))))).(((.(((((((...((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))..............(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..)))))))......((((...)))).))))..))))))..))))))))...((((...)))).).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....(((((((........(((((....)))))........)))))))...((((..(((((((((..(((((((.(((((((((.......))))))))).((.(((((((((((((.....((((.....((((((((....))))))))..))))...))))).......(((..(((((((((.....))))))))))))...))))))))))..)))))))......)))).)))))...)))).........)))))))))).((((...)))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...........((((..........(((((....)))))..........))))........................((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((...........................................)))))))...))))........................................)))))((((.....))).).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......(((((((((((...(((((....))))).......))))))))))).................(((((((.(((((((((.......))))))))).(.((((((....))))))..(((....)))((((((((....)))))))).......(((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....))))))))..)))))))....(((((.....))))).............)))))))))).((((...)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....(((((..........(((........)))..........)))))...........................................................................((....))....(((((....))))).......(.((((((((............(((((((((.....)))))))))........)))))))).)...........((((.......)))).............))))))))))(((........))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.......(((((((((((....((((....))))........))))))))))).............(((((((((((.(((((((((.......)))))))))....(((((....)))))...(((....)))((((((((....))))))))....(..(((((((............(((((((((.....)))))))))........)))))))..))))))))....(((((.....)))))........))))..))))))))..((((...)))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((.(((((((((((..((((((....))))).).....)))))))))))...)))(((.....)))(((((((.(((((((((.......))))))))).((((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))....))((((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....))))))))..)))))))....((((((...)))))).............)))))))))).((((...)))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...........................(((((....)))))............................................................(((((..)..........)))).................................................................................................................(((.............).)).................))................) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((.......((((.........((((......)))).........)))).))........((((......................(((.....)))...................................................(((.....((((..(.((.((((.(......).)))))))))))..)..))............................................................................))))))...)). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......(((((((........(((((....)))))........)))))))........(((((...)))))((((((.(((((((((.......)))))))))...((((((....))))))..(((....)))((((((((....)))))))).......(((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....)))))))...)))))).......((..((((.((.....)).))))..))))))))))).((((...)))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......(((((((((((...((((((..)))))).......))))))))))).....(((((...)))))((((((.(((((((((.......)))))))))...(((((((..)))))))...(((((....((((((((....)))))))).)))))((((((((............(((((((((.....)))))))))........))))))))..)))))).....((((((...)))))).............)))))))))).((((...)))).... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((..........(((((....)))))..........))))).......................((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((.(((.......(((...................))).)))...)))))))...))))................................(............((((.....))).).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((..........(((((....)))))..........))))).......................((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((.(((.......(((...................))).)))...)))))))...))))................................(............((((.....))).).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..((((...(((((((.(((((((((.......))))))))).((.((((((((...((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))..............(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..))))))).....(((((...)))))))))..))))))..)))))))))).((((...)))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......(((((((........(((((....)))))........)))))))........(((((...)))))((((((.(((((((((.(....))))))))))...((((((....))))))..((([[[.)))((((((((....)))))))).]]].(((((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....)))))))).)))))))...........((((.(((...))).))))....)))))))))(((((...)))).).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((..................................))))........................((((.............................................(((((....))))).(((((....)))))......................................................................))))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((...((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))...))((((((.(((..((((((..(((((((((.......)))))))))...((((((....)))))).)))))).....((((((((....))))))))...)))))))))...(((.(((((..(((((((((.....)))))))))(((((((((..(((((.....)))))...))...)))))))..))))).))).....))))))))).(((........))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..(((....(((((((.(((((((((.......))))))))).((.(((((((((((((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))...)))........(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..)))))))....((((((...)))))))))..))))))..)))))))))).((((...)))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((..............))))))....((((..(((((((((((..........)).))))(((((((((((((((((......).))))))))..(.............)(((.(((...).)))))((((((..))))))..((..))..(((((((..(..(((((..(((((.((.......)).))))))))))..)))))))).).)))))))...((((((.....))))))..))))))))).))))))))))(........)..(..) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..(((....(((((((.(((((((((.......)))))))))....(((((((((((((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))...))).........((.(((((((((.....)))))))))..))..))))))))....)))))))....((((((...)))))))))..))))))..)))))))))).((((...)))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......(((..((((((...(((((....))))).......))))))..)))..(((((..(((((...(((((((.(((((((((.......))))))))).(((.((((((((((((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))...)))........(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..))))))).....(((((...))))))))))..)))))..)))))))))).((((...)))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((....))).(((((....))))).((((.......)))).......((((.....)))).......(((((((((.......)))))))))...((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))...((((..............)))).(((((((((.....)))))))))...(((.....(((((.....)))))...(((((.....)))))..((((.....))))...((((.....))))..)))... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........((((.(((((...(((((....))))).[[[[..)))))]]]]........(((.....)))))))..(((((((((((.......))))))))....((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))...((((..{{{{{.......)))).(((((((((.....)))))))))...)))..}}}}}.((((.....))))..(((((.....)))))...(((.....)))))))))))).(((.....))).... |
|
|
|
CCACAAGCUGCAUGCCACAUGUCAUCCCACCCCCAUGUCCCUUGGGAAGGUCUGAGUCAAGGGCCAGAGCACCCUAACAGGACUUUCCCUGAGUUUUGGGGAGGUGAAUUCCCAGAGAACUCAGCUCCCUGCGAGGUCAGACUGGGCUGGACAUGCCACGGACCCACCCUUCUGGGAAGGGCCAGGUGGAUGCCUCCUCAGCCAGAACUUGGAACAGACUCAUGGCCAACCAAGUGAGUUCAAUGAGGUGAGGCACCCCACCCAAGGGGCCUCAUAACCCAAUUCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(........(((((........))))).........)...............((((.....((((....(((((.....)))))(((((((.....)))))))(((((((...........(((..................................................................................))).......)))))))))))....................((((((((.((.......)))))))))).......))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................((((..................)))).....................(((((((..............)))))))........... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........)))))..................................((((....(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((..........................................................................................................)))))))))))....................(((((((..............)))))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........)))))......................(((......((((((......))))))....))).((((((.......)))))).........................................(((.......)))..........................................................................................(((((((.(..........).)))))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((........((((.(.(((((((((((((((..((..(((((....)..)))).)).))))))))))(((((((((((((......))))))..)))))))((.....))))))...).)))))...))))))((((((.(((.(((....)))..)))))..))))......(((((....(...........(((((((((....))..))))))))..)))))((((((.(((.......)))))))))............ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........))))).........................................................((((((.......))))))....................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........)))))..............((((((((((((.....((((((......))))))...)))))((((((.......)))))).....))))))).......................................((((.........................))))...................................(....(...............))..(((((((.((.........)))))))))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................((((((((((......((((........))))....))))))))))(((((((..(((((.....)))))...)))))))....................................((.(((.(((....)))..))))).........................((((.....[[[[[[......))))]]]]]]........(((((((.(((.......))))))))))........... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........(.((......................)))..............................((((.....)))).(((((((.....)))))))...........................................((......((((.((.(((.(........)..)))))))))...)).......................................................(((((((.((.........)))))))))........)). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((...)))).((((.((((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((((((........)))))..)))))).((((.(.(......).)...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))...(((((.(((.....)))....(((((((((....)))..))))))...))))).(((((.(((.......))))))))............. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....((((((........((((...[[[[[[[[...((((((....((((........))))..((((.......((((((((((((((......))))))..))))))))...)))).....))))))))))...))))))((((.......((((((...))))))....))))))))..(((((......((((((.................))))))........)))))((((((......]]]]]]]]))))))............ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((...((.(((.(((..((((.(((((((((((((((((......((((........))))....)))))))))).(((((.(((((........)))))........))))).....))))...))))))).)))..))).)).))..........(((((.(((............))).)))))(((((.............)).)))......................(((((((.(((.......))))))))))........... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.....).)))))..............((((((((((((.....((((((......))))))...)))))(((((((.....))))))).....)))))))......(..(((.......((.....)).(((..(((..((((.........................))))(((....))).....................)))...)))........)))..)..((..(((((((.((.........)))))))))....))..... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........))))).........................((((.....((((....(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((...............................................................................))).)))....)))))))))))..........((........((((((................)))))).)).)...))) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....)..((((((.....).)))))....(....).....((((...(((...))).....((....))(((.....)))..((((((.......))))))(......)((((.........(.((......))...).))))((.......)).........(....(....)..)...........................................((...................))..(((((((.((.........)))))))))..))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........))))).........................((((.....((((....(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((...............................................................................))).)))....)))))))))))..........((........((((((................)))))).)).)...))) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....)..((((((.....).)))))....(....).....((((...((((......((((((....))))))....)))..((((((.......))))))(......)((((.........(.((......))...).))))((.......)).........(....(....)..).......................................)...((...................))..(((((((.((.........)))))))))..))))..... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....)..((((((.....).)))))....(....).....((((..((((...)))..((.........(((.....)))..((((((.......))))))(......)((.(.........(.((......))...).).))((.......))........(.....(....)..................................................((...............)).(((.....))).........)..)).)....))))..... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....(((((....(((((.....(((((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).)))...))))).)))))...(((((.((.(((.((.....))))).))...))))).))).)))))...((.{{{{.))...}}}}..(((((.(((((.((((((((((.((((...))))....(((((((((....)))..))))))...)))))..)))))..)))))...[[)))))......]]...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...)))))((((.((((..((((((((((((((((((((......((((........))))....))))))))))(((((((((((((......))))))..)))))))[[[[.[[[.)))..]]]...]]]].)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))...(((((.((((...))))....(((((((((....)))..))))))...)))))((((((.(((.......)))))))))............ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((........((((.......))))..(((((((....((((........))))..((((.......(((((((((.(((((.....)))))..)))))))))...)))).....)))))))......)))))).......((((......))))..(((((.(((((.((((((((((......((((((.................))))))........)))))..)))))..))))).....))))).............. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((........)))............(((....))).....((((...((((........))))........((((((((.....))))))))....(((.....)))..................................((((...........................))))....................(((...)))..............................(((((((..............))))))).......)))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................((((....(((((.....))))).(((((.......))))).........................................................................................................................))))........................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((...)))).(((((.(((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((.(((......)))...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....(((((...)))))(((((.(((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((.(((......)))...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))....((((.((((...))))....(((((((((....)))..))))))...))))))).(((.(((.......))))))............... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((...)))).(((.((((((((...((((..(((..((((((((((...((((...(((......((((((((.....))))))))(((((.(((.(((.....))).))).))))))))..)))).)))).(((.......))).))))))..)))....)))).)))...))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((..)...((((((((((((((((((.......))))((((((((..((.((((((...)).))))))))))))))...((((((((((((((......))))))..))))))))....((((..)..)))))))))))).)))))...(..)....((((((...)))))).))))))).(((..((((...(.(((((....(((......))).((((..))))))))))..))))(((((..((((......)))))))))..)..))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(.((.(((......(((...(((.(((...((((...((...(.((.(...(.((.(.(......(.....(.((..((((((((.....)))))))).......))...)......)...........).)...)).).).))...).))..))))..........)))..((((.........))))..............)))....))).)))...)).)...))).).....(((.(((((((.((.........)))))))))........))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................((((((((((..((..((((........)))).)).))))))))))......................................................................((.(((.(((....)))..))))).............(((..(((.....)))....(((((((((....)))..))))))....))).((((((..............))))))............ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................(((..(((((......((((........))))....)))))..)))......((((((........)))))).............((((((((.......((((......((((..((.(((.(((....)))..))))).))))...)))))))).)).))...........(((((((..........))))))).......(((((((.(((.......))))))))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((...)))).(((.(((((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((.(((......)))...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.....))))..(((((.............)))))...((((.((.....))))))...((((..((((......)))).(((.((((((......)))))).....(((((((.((.....))..)).)))))...)))..........((((......)))).))))..((((....)))).....((((((.............)).)))).......(((((.(((......)))....((((......)))).)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..(((((...{{{{{....)))))....}}}}}.(((((aaa....))))).(((((((....((((......))))..ccccccccc)))...CCCCCCCCC..AAA.)))).....<<<<.......<<<.....)))))......>>>.(((((.....)))))...(((....))).>>>>.(((((([[[[[[.......)).))))...]]]]]]....((.bbbbbb.))....((((......))))BBBBBB........... |
|
|
|
GUUCUCUCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCUUUUGAGUGCAAUAUGCGAACUUGGAUAUUCCAAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........)))))))....................((((((...))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((..((((((((((...))))))))))..)))))))))......(((((....)))))....((((((....)))))).((((((((((..........(((((((((((...)))..))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).(((...)))...((((((...)))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......((((.........(((((...........)))))))))....((((......(((((....)))))....((((((....))))))..(((((((...............................................))))))).....)))).......................................)))))(((((.....))))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))....(((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...................((((((...)))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....))))..(..((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........))))))))...................((((((...)))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((...((((((((.....))))))))...)))))))))......(((((....)))))...(((((((....)))))))((((((((............((((((((...........))))))))........))))))))))))))...(((((((.........)))))))....))).............((((((...)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......((((((()))))))...(((((((....)))))))((((((((((..........(((((((((((...)))..))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).............((((((...)))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...................(.((.....................)))...................(......).................................................................................................................((((..........))).....)................))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))...(((((((....)))))))((((((((((..........(((((((((((...)))..))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))((((...))))..((((((...)))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........))))))))...))).))..........((((((...)))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))....(((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...................((((((...)))))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.................(..(.....)....................)(............((..........)).............................(.....((((..(.((.((((.(......).)))))))))))..)..............................................................(...)).......))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))..((((((((....))))))))((((((((((.........((((((((.((...))...))))))))....).))))))))).))))))..((((((((.........))))))))...))).((.....))...((((((...)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......((((((..))))))...(((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))((((...))))..((((((...)))))).. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.........(((((...........))))))))))...((((......(((((....)))))....((((((....))))))..(((((((.(((........(((.....................))).)))....))))))).....))))...............................(............(((((.....))))).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.........(((((...........))))))))))...((((......(((((....)))))....((((((....))))))..(((((((.(((........(((.....................))).)))....))))))).....))))...............................(............(((((.....))))).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..)).)))))))))))))))..[[[[[[[[)))).....]]]]]]]]......(((.....)))..(((((.....))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(.(((((....))))))..(((((((....)))))))(((((((((((.........(((((((((((...)))..))))))))....).))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))((((...))))..((((((...)))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))...........((((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))).......((((((((...........))))))))..)))))).(((((..........((((((((.........))))))))....)))))..........((((((...)))))).. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((..............................))))....((((......(((((....))))).....(((((....))))).....................................................................))))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).))..........(((((.....))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..........(((((((((..((((((((((...))))))))))..)))))))))......(((.((..((..(((((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..)).))))))))))))))...((((((((.........))))))))))..)).)))......))).((((.....))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....))))....(((((((....)))))))((((((((((((....)...((((((((...........))))))))....)).)))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).))..........(((((.....))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..)).((((((..((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))....(((.(((((..))))))))((((((((...).)))))))(((((((((((.(...)..(((((((((((...)))..))))))))..).))).))))))).))))))..(((((((((......).)))))))).(((..(...).....)))((((((...)))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................((....))............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))..)..........((((((...)))))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((.((((((.(((((((((..((((((((((...))))))))))..))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))..)..........(((((.....))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((............((((((((.....)))))))).(((....))).......(((((....)))))..((((((((....)))))))).((((............)))).(((((...........)))))))))))))....(((((.((((.((.....))))))...(((((......))))).)))))..........(((((.....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((((.............((((((((.....)))))))).(((....))).......(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((..............(((((...{{{{{...)))))...}}}}}..)))))))))))))))..[[[[[[[[....)))).]]]]]]]]......(((.....)))..(((((.....))))).. |
|
|
|
UCCUACGCAAUUUUACCUGCCUUCAUAAGGAACUCAAAGGGUUCAGUUAGUACUUAACUUACUAUAUAAGCAGGUGGGAAAUUCGGUGGAACUCUAAGAGACAAUCAGCCGGAUCUUUAGCUUAAUUGUUAAAGAACUGUUUCCGUGAGGAAAGUCUGGGGAACUGGACUUGCAGCUGCUGUCACAAGAAAUCAACGCCCUUUGUUGGUGGAUGGGAAGGCAGUAGAGGUCUCUUUUGGCUUGGAUGCAAAUUUGGACGUCCAAGGCUUGCUGAGUGCAAUCGUGGGACAAAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.......(((((..........(((((((((((...........)))))))).))).......))))).....................((((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((...........(((((.......))))).......)))))))...))))))...((((((((((..........))))))).))).............)))))))(...)..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.........((((((...))))))...(((((.......))))).....)))))))))).(((((((........(((((((..(((..((((((((((((......))))))))......)))))))...((((((((....))))))))...((((((....((....(((((((.....)))))))...))....))))))....)))))))..((((((((((..........))))))).))).))))))).....)))))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..........((((..........(((((.....)))))..........................))))........................((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((...................................)))))))...))))...................................................)))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((((((((..........((((((((.......(...........)......................(((....................)))((.((((((((......)))))))).))..((((....))))(((((((....)))))))..........................))))))))...........)))))))).......(((....((((((((((((....))..)))))))).))....)))......)))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((((((((..........((((((((..........................................((......................))((.((((((((......)))))))).))..((((....))))(((((((....)))))))..........................))))))))...........))))))))................((((((((..........))))))))................)))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((.........((((((...))))))(..(((((.......)))))..)..))))))))...(((((((....(((...))).......)))))))(((((((......))))))).....(((((....)))))((((((....))))))......((((((((............((((.......))))........))))))))....(((.(..((((((((((..........))))))).))).)..)))......)))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((.((((((((.(.....(((((((((((...(((((((.......))))).....(..............(((.(...((.....))....).)))((.((((((((......)))))))).))..((((....))))(((((((....)))))))..((())))...............))))))))))..)))....).))))))))))))...(((....(((((((((((((())))..)))))))).))....)))......)))))))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........................(((((.....)))))......................................................................((((............)))).......................................................................................................(((........................).)).................)).......) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.....((((((((((...))))))...[[[[[))))...]]]]].....))))))))))..(((((.....(((...))).....[[[)))))((((((((......)))))))).]]].....(((....((((((((....))))))))....[[[[[[[))).....(((((((.....)))))))..........]]]]]]]........((((.[[[[[[[[))))......]]]]]]]]..((((.....)))).)))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((.{{{.....(((((.[[[[))))).........................)))))))).....((((((.......(((((((.......(((.((((((((......)))))))).))).((((....))))(((((((....)))))))....((((((..........((((((...]]]]))))))......}}}))))))....)))))))....((((((((..........))))))))...)))))).......)))))))....... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((............((....(.....(.........(((..........))).............))))........((...................(((.......).)).................................................((....((((..(.((.((.....))))))))).....))............................................................................))...)).....)). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.(.......((((((...)))))).(..((.......))..)......)))))))))))...((....))..(..(((((((..((...(((.((((((((......)))))))).)))..(((....))).(((((((....)))))))....((((((.((.((....(((((((.....)))))))...)).)).)))))).)).)))))))..).((((((((..........))))))))..((((.....)))).)))))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.........((((((...))))))((((((...))))))..........)))))))))).(((((((((......(((((((.......((((((((((((......))))))))......))))......((((((((....))))))))....((((((((.......(((((((.....))))))).........))))))))..)))))))....((((((((..........))))))))..))))))))).....)))))))....... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((..........(((((.....)))))..........................))))).......................((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((.(((.......(((...........))).)))...)))))))...))))...........................................(..................) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((..........(((((.....)))))..........................))))).......................((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((.(((.......(((...........))).)))...)))))))...))))...........................................(..................) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....)))))))))).(((((((((..((..(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).))).((((....)))).((((((....))))))..))..((((((((.((....(((((((.....)))))))...))....))))))))..)))))))..))((((((((..........))))))))..))))))))).....)))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.((.(((..((((((...))))))....(((.....))).....)))))))))))))))..(((....)))....(((((((.....(.(((.((((((((......)))))))).))))((((....))))(((((((....)))))))....((((((..........(((((((.....))))))).........))))))....)))))))....((((((((..........))))))))..((((.....)))).)))))))....... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((.......((((((...))))))...(((((.......))))).......)))))))..(((((((((......(((((((.......((((((((((((......))))))))......))))......((((((((....))))))))....((((((((.......(((((((.....))))))).........))))))))..)))))))....((((((((..........))))))))..))))))))).....)))))))....... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((...................................................))))........................((((.....................................(((((....))))).(((((....)))))............................................................))))............................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....)))))))))).((((((..(..((..(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).))).((((....)))).(((..(....)..)))..))..((((((((.(.....(((((((.....))))))).....)...))))))))..)))))))..))(((((((((.......).))))))))..)..)))))).....)))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........(((((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((.....))).))).....(((((.((.((..((((((....((((...((((.......(((.((((((((......)))))))).))).((((....)))).)))))))).)))))).)).)).)))))................))))))))..)))......)))))))))))).(((((......((((((((..........))))))))..((((.....))))....)))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))(((.(((.....))).)))......)))))))))).((((((..(......(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).)))..(((....)))(((((..(....)..)))))))..((((((((.(.....(((((((.....))))))).....)...))))))))..)))))))..(.(((((((((.......).)))))))).))..)))))).....)))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......(..((((.((((((((...((((..(((((((((((((.(((.((...((((.....))))......(((((..(((((((..(((...)))..)))).))).(((((((((......)))))))).)..)))))...))..((((((........))))))...))))))).((.......)).).))))))))..))))....))))))))))))..).....((((.(((((((((((..)))..)))))))(((..))).(.(...).).....))))).)) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((.........(((((.....))))).........................)))))))))).((((((..(......(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).))).((((....))))((((..(....)..)))).)).((((((.((.......(((((((.....)))))))......)).))))))....)))))))....(((((((((.......).))))))))..)..)))))).....)))))))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((..((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....))))))..)).((((((..(..((..(((((((.......(((.((((((((......)))))))).)))..(((....)))(((((..(....)..)))))...(((((..((.((....(((((((.....)))))))...)).))..)))))....)))))))..))((((((((..........))))))))..)..)))))).....)))))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....))))))))))...(((((....................))))).((((((((......)))))))).((((.(((....))).(((((((....))))))).))))....((((....((......((((.......))))....(((.(((.......))))))....(((..(((....)))(((....))).))).(((.....))).))....))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....))))).(((...<<<<<<.....))).(((........>>>>>>))).((((......)))).........((((....)))).((((((....)))))).((((.(((((((((((((.......{{{{.))))).}}}}....[[[.)))))))).((((]]]...))))....))))..(((((....)))))..((((.....)))).)))))))....... |
