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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SAM
RNA: PDB_01073
| GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA | |||
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] | ((((((((......(((((((((.[[[[)))...)))))).(((..((((..)))).)))....]]]]((((((..))))))...)))))))). | |
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Alterna | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))). |
| CMfinder(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............(((...(((.....)))......))).((((.(((....))))))).................................. |
| CRWrnafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...........((((..(((((((........)))..((((....))))))))..)))).(((((....)))))...)))))))). |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.................................(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((......(((...(((.....)))......))).((((.(((....)))))))........(((((....)))))...))))))).. |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.........(.(((((.(((((((........)))...(((....))).)))).))))).)((((....))))....)))))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((............(((.....)))..........(((.((((....)))))))..(((...[[[[[))).]]]]]...)))))))). |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....(.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))........(((((....)))))...))))))).) |
| DAFS(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....(.(((...(((.....)))......))))((((.(((....)))))))........(((((....)))))...))))))).) |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((........(((.[[[......)))......]]]((((.(((....)))))))...(((..[[[[)))...]]]]...)))))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.(((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))).((((.(((....)))))))..)))...(((((....)))))...)))))))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((............(((.....)))..........(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((.(.(((((((((((((((((..))).))))))).(.(((((..))))))))))))))((((((((..))))))))))))))))). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((...(..((((.((((.....)))).)...))).((((.(((....)))))))...)....((((((..))))))...))))))).. |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...(..((((.((((.....))))....))))..((.(((((.).))))))....)..(.((((((())))))))..)))))))). |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ......((......(((..((((.....)))).....))).((...............))........((..(((.........)))))...)) |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))). |
| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.(((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((............(((.....)))..........((((.(((....))))))).........................))))))... |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...))))))).. |
| PETfold_2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))). |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...))))))).. |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))). |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))). |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(.....)..(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))). |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....(((....(((.....)))..........(((.((((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))). |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....((((((.....((((.(((........)))...))))........)))...))).(((((....)))))...)))))))). |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.........((((...((((...........))))..((((....)))).....))))..(((((....)))))...)))))))). |
| RNASampler(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....))))))).........................)))))))). |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...))))))... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...))))))... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....(((....(((.....)))..........((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))). |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))). |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(((.((..))))).(((.(..(((((((((((...)).))).).)))(((.(((..))).)))(((((((((..))))))).))))..)))) |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.............................................................................)))))).). |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((........................................................(..).....(.....).....)))))).). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((............(((.....)))..........(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.(((....)))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))). |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.........(((.((.((((...........))))..((((....)))).))...)))..(((((....)))))...)))))))). |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((............((((((((...........))))..((((....))))......)))).(((((....)))))...)))))))). |