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AUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGUCAUUGCUAUUGGGGUCCGAUUUAGCCAUGCUAGUUGCACGAGUUCAUACUCGUGGCGAAAAGCUCAGUAACACGUGGCCAAACUACCCUACAGAGAACGAUAACCUCGGGAAACUGAGGCUAAUAGUUCAUACGGGAGUCAUGCUGGAAUGCCGACUCCCCGAAACGCUCAGGCGCUGUAGGAUGUGGCUGCGGCCGAUUAGGUAGACGGUGGGGUAACGGCCCACCGUGCCGAUAAUCGGUACGGGUUGUGAGAGCAAGAGCCCGGAGACGGAAUCUGAGACAAGAUUCCGGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUUUACACUGCACGCAAGUGCGAUAAGGGGACCCCAAGUGCGAGGGCAUAUAGUCCUCGCUUUUCUCGACCGUAAGGCGGUCGAGGAAUAAGAGCUGGGCAAGACCGGUGCCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCAGCUCAAGUGAUGACCGAUAUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGCCACGAAGGUUCAUCGGGAAAUCCGCCAGCUCAACUGGCGGGCGUCCGGUGAAAACCACGUGGCUUGGGACCGGAAGGCUCGAGGGGUACGUCCGGGGUAGGAGUGAAAUCCCGUAAUCCUGGACGGACCACCGAUGGCGAAAGCACCUCGAGAAGACGGAUCCGACGGUGAGGGACGAAAGCUAGGGUCUCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGCUCGCUAGGUGUGACACAGGCUACGAGCCUGUGUUGUGCCGUAGGGAAGCCGAGAAGCGAGCCGCCUGGGAAGUACGUCCGCAAGGAUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACCGGAGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGACUCAACGCCGGACAUCUCACCAGCUCCGACUACAGUGAUGACGAUCAGGUUGAUGACCUUAUCACGACGCUGUAGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCACUUCUAAUUGCCAGCAGCAGUUUCGACUGGCUGGGUACAUUAGAAGGACUGCCGCUGCUAAAGCGGAGGAAGGAACGGGCAACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAUGAGCUGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGUCGAGACAAUGGGUUGCUAUCUCGAAAGAGAACGCUAAUCUCCUAAACUCGAUCGUAGUUCGGAUUGAGGGCUGAAACUCGCCCUCAUGAAGCUGGAUUCGGUAGUAAUCGCAUUUCAAUAGAGUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCAAAGCACCCGAGUGAGGUCCGGAUGAGGCCACCACACGGUGGUCGAAUCUGGGCUUCGCAAGGGGGCUUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAAUCUGCGGCUGGAUCACCUCCUG |
| Reference structure (ext) |
|
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..((...((((((....)))))).))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((....((.....))...)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..))))))))..(.(((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).))))....((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((.........(((.((((.....)))).)))........))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((.(((((((((....)))))))))...)))....))))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....)))))))))............. |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..((...((((((....)))))).))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((....((.....))...)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..))))))))...((((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).))))....((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((.........(((.((((.....)))).)))........))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....)))))))))............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.((((.....(((((((....))))))).......((((.(((((.((((((((..(...(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))..)))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))....)))))..))))....(((((....((((((((......)))))))).......)))).)..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((....(((...)))...)))))))))))).))))))))))...................(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)).))))))(((((.(((.....((((((((((.((((((((((.(((......)).)...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))))))))...)))))..(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((.....((((..........((..............................((((((((..((((((((.((..(((.((((.....)))).))).)).))))))))...)...(.((.((((((((((..((((((.((.........((((......))))..................((((((((.((((((..((((....))))))))).)..))))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))).))))).)))))))...).......)))))))......))((((((((...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))))))))))...(((((((........)))))))............))))....(((((((((.....)))))))))...........)))))))........)))))((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....))........((((((((((....))))))))))............ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((((......))))))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((..((......)).)))))))......((....)).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).).....(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).(..((((((((.....))))))))..)...((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((....(((((((((....(((((((.....)))))))...))))))))).....))))))...((((((.....(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))..((((...((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...(((((((.......((.((((.....)))).))......)))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..(((((((....)))).)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......))))..))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)...(.(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((..(((.(((.((((....((((((((....))))))).).....((((.(((((.((((((((..(.(.(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((((((..((......)).))))))).)...(((....)))))))))).))))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))....)))))..))))....(((((.((.((((((((......))))))))....)).)))).)..)))))))..))).((((.(...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...(((((.)))))..)))))))))))).))))))))))...........()......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)).))))))(((((.(((.....((((((((((.((((((((((.(((......).))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))))))))...)))))..(((((((((.((...((((.........))))).)))))))))).........(((((((((((((((((((((((...))))))))))))))).).((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((.(((.(((((((....)).(((((......)))..................((((((((..((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...)(.(((((.((((((((((..((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....))))))))).)).))))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))).))))).)))))))..)))).....)))))))......))((((((((...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))))))))))...(((((((........)))))))...........))))).)))(((((((((.....)))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))............ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....)))))))))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...((((((((.(((......)))))))))))....(((....)))))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......((((((......(((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).........((((((((((((...(.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.(((.......))).)))........))))...((.(((.(..(((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).))......)))...))))).)))).)...)))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....((((.((..((((....))))..))...)))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).)..((((((((.......))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((()))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))......((.(((((((((....)))))))))......))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((.((((..((((((((((.(((((((((......((((((((..((((((((((....)))))).))))..)))..........)))))........(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((..((......)).)))).))))...(((....)))))))))).((((.((((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((.((....))..))))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))).))))...((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))........(((((((......((((...(((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).)))))).)))...))))))))))).(((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).))(((((((....(((((((.((.......))))).))))(((((((..((((((((.((....((((.........))))..)))))))))).........((((.((((((((((((((((((...))))))))))))))).))).).)))((((((((((.((.(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..((((((.(((..((....(((((.((....)).)))))....))..)))..))))))...((((((((.((((..((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...)))).(((.((((((((((..((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....)))))))...)).)))))).))))).)))))))).((((.(..(((((...))).))..))))).....)))).))))....)).))))).)))))...((((.......))))....(((..((((.(((((((..(((((((........))))))).....)))))))))))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))((.....))......)).))))).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...........((((..((....))..)))).)))).))))))))..... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...((((((((((.(((((((((......(((.((((...(((((((((....))))))).))......((.......(((((((...(((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))....(((((((.((((....))))))))))).....(((....)))))))))).)))))))))).((((((((((..((((((((.(...).)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))))..((((((((......))))))))..(((....)))...))))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))..((((((((((.....))))))))))....((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))....................((((.(.((((.(((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))..((.(((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))........(....)..)))))))....))).)))).)))).).))))...((((((((.(((...((((.........)))))).))))))))).....(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...........(((((.(((.....))).((((((((.((....(((........)))..)).....(((((((...(((((((...(..(((.(((((...))))).))).)...)))))))...((.(((((.(((((((((((..(((((..(....)..(.((((......))))).)))))...(.(((((..(((((((((((..((((((((..)))).)))))))).)))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))))))).)))))))..)))))....)))))))......))))))))....((((((((....((((((((..((((....))))..)))..))).).)..))))))))..........(((((((........)))))))..............(((...(((((((((.....)))))))))...))).....)))))....................((((.(((..(((((((((((((..((((((((..))))))))..)))))))))))))..))).))))..))))......))..((((((((....)))))))).))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..(((((.(((.((((((((((((.(((((((((......((((((...(((((((((((....)))))).((.....))...))))).))))))........(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((..((......)).))))))).)...(((....)))))))))).((((.((((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((.(......)..))))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))).))))...((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......)).)))......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((.(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((......((((((....((((..(((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).)))))))).)))..))))..((((((((((..((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....)))))))).))).))))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))).))))).)))))(((.(((.((..(((((...))).))..)))))))).(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).))))))..(((((((........))))))).(..........).(((...(((((((((.....)))))))))...))))))).))))))............)))))).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...))))........(((((((((....)))))))))))))).))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...)).))))))).((((....)))).).))))))......((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(.((((......(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).)(.(((.(((((....)))))..)))(....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(....)....((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....)).))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).)))))..........(((((((((((((....))))))))).....)))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...)).))))))).((((....)))).).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(.((((......(((((...((((((((((((.(((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).)(.(((.(((((....)))))..)))(....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(....)....((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....)).))))...((.(((((.(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).)))))..........(((((((((((((....))))))))).....)))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...).)))))))).((((....)))).).))))))......((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).((..((.(((((....)))))..((((....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(......)..((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....).)))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))))))....)).(((((((((((((....))))))))).....)))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...).)))))))).((((....)))).).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).((..((.(((((....)))))..((((....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(......)..((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....).)))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))))))....)).(((((((((((((....))))))))).....)))))).. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....))))))).)))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.((((..((((((((.....))))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....((((..(((((((((((((((..((((....))))))))).)).))))))))..((.(((((.....))))).))......))))..))))).)))))...))))))....))))))).......(((.(((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))...)))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((.(((...((((((((((((((((((((..(((.((((((...(((((((((((....))))))(((.....)))..))))).)))))).)))....(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((((((.............)))))).))...(((....)))))))))).((((.((((.(((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))).((((((...........))))))....(((((((((...).)))))))).((((....))))...)))).))))...((((.(...(((((....))))).)))))))))))))).)((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))..........)))......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))((.((((((.....((((((((((.((((((((((((((.(...))))..).)))))))))).)))................)))))))....))).)))))))))...)))))..((((((((.((...(((((.........)))).)))))))))))....((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))).).............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((.((.(((((..........)))))))...((((......((((((....((((..(((...((((((((.....(((.(((((...))))).)))....)))))))).)))..))))..((((((((((..((((((.........(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....)))))))).))).)))))))).....(((((.....)))))........)))))).))))).)))))(((.(((.((..(((((...))).))..)))))))).(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).))))))..(((((((.((...))))))))).(((......))).(((...(((((((((.....)))))))))...))))))).))))))............)))))))((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))))..... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((.......((.(((....))).)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((((((..((......)).))))))))..............)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(........).))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))....(((((((.......)))))))......((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(..(((......(((((.(.((((((((((((..((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))...))))))))...((((((.....((((((((((.(((((((.((.(((......)))....)).))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.(((.......))).)))........))))......((.((((((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((..(((..(((((((....)))).))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))......)))....)))).))))...)))).))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........)))))).))..(((((((.......)))))))............)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((.......((.(((....))).)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((((((..((......)).))))))))..............)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(........).))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))....(((((((.......)))))))......((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(..(((......(((((.(.((((((((((((..((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))...))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))...(((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.((((.....)))).)))........))))......((.(((((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((..(((..(((((((....)))).))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))......)))...))))).))))...)))).))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........)))))).))..(((((((.......)))))))............)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....)))))).))))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((.(.((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.((((..((((((((.....))))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))..(.((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....))))).))......))))).))))).)))))...))))))....))))))).......(((((((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))..))))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((..((((.((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((..........))))))....(((((.......((((((...((...(((((((.((((.((..((((((....))))))...)).)))).(..((((((..............).)))))....).((....)).)))))))..)).))))))(((((((.((((..(((((((.......)))))))))))...)))))))..))))).((.........((((..((.(((((((........)))))))....))...)))).)))))))).).....(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......))))((((....(((((...((((((((((....(((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))).....))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....))))))))))....)))....((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....))))))))((...(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).((.(((((.((((((.....(((((((.((((((((((.(...(((........))).).)).(..(((((((...(..(.....(...(((.(((((...))))).)))..)..)..)......((.((((...(((((((((...(((((..(((.....(.((((......))))).))).))))).(((((.(((((((..(((...(.((((....))))..).)))...)))))))).((.(((((.....))))).....))..))))..))))).))))....))))))....)))))))...)..))))))))....)(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).((.((((((((.......))))))))....)).....)))))).........))))).))..((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..))))..)).))))(((((((((....)))))))))))))))...)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((..((((.((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((..........)))))).....((((.((....((((((...((...(((((((.((((.((..((((((....))))))...)).)))).(..((((((..............).)))))....).((....)).)))))))..)).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...))))).((.(((((((........)))))))....)))).)))))))...))).))...((((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......))))((((....(((((...((((((((((....(((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))).....))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....))))))))))....)))....((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....))))))))((...(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).((.(((((.((((((.....(((((((.((((((((((.(...(((........))).).)).(..(((((((...(..(.....(...(((.(((((...))))).)))..)..)..)......((.((((...(((((((((...(((((..(((.....(.((((......))))).))).))))).(((((.(((((((..(((.....((((....))))....)))...)))))))).((.(((((.....))))).....))..))))..))))).))))....))))))....)))))))...)..))))))))....)(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).(((((.....(((((((........)))))))...)))))..)))))).((.((((((((.......))))))))....)).....)))))).........))))).))..((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..))))..)).))))(((((((((....)))))))))))))))...)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..(((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....))))))).)))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...(((.....)))..)))))))))))).))..))))))...................(((((.(.((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).)))))).(((..(((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....)))..))).)))).).)))))..((((((((.((....((((.........))))..)))))))))).........(((((((.(((..((((((((((...))))))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..........((((((....(((((.((....)).))))).....((((.....((((((..((...(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))..(.((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).)))))))).....(((((.....))))).........))))).))))).)))))....)))))....)))))))(((.(...((..((((...(((((((......((((((..((((....))))..)).)))).......)))))))))))..))...(((((((........))))))).).)))..))))))))....(((((((((.....)))))))))......)))).))))))...................((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).))..... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....)))))).))))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.(((..(((((((((.....)))))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.....(((.(((((...))))).)))....))))))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))....((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....))))))).......))))..))))).)))))))..)))))....))))))).......(((((((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))..))))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
CACCAGGUUGAUUCUGCCUGUUAUAUGUACUAGUGUCGAAGAUUUAGCCAUGCAUGCUUUACGAAUUCACAAGAAGAAGUGGCGGACAGCUCAGUAAUACAGUUAUAAUAUACUCUCUACUAAAGGAUAACCGCGGUAAGCUGCGGGUAAAACUUCAAGCUAUGUGUUUCAUGAAAGAAUUUAUAGUUCAGAGUGUUAGUUUCUGGCCUAUUAGUUAGUAGGUAAUGUAAGGGAUUACCUAGACUAUUAUGGGUAACGGGAGAUGAAUGUCUGAUACCGGAGAGGAAGCCUUAGAAACCGCUUUCACGUCCAAGGAUGGCAGCAGGCGCGAAACUUACCCAAUCGUUUUUUAAGACGGAGGUAGUUAUGACACAUGUGAAUUAUUCACGAGGAAGAUCAAUAAAUCAGAUUUUUUUUACUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAGUAGUGCAUAUACAUGCUGUAGUUAGAAAGUUUGUAGCCGUAUAAGCUUGAAUCAGAGGAAAGGAGGACUCUUAAGGUAAACUUUAACUCUGGUCAAUGCUUAUAUUCGAAGCGGAUGGAGGCACUUGUAUUCAAUAGCGAGAGGUAAAAUUUGAUGACCUAUUGAGGACAAUCAGUAGCGAAAGCGAGUGUCUAGUACGCGUUUGAGGGUCAAGAACGUUAGCCGGAGGAUCGAAGAUGAUUAGAUACCGUUGUAGUUCCGGCCGUAAACCAUGCCUACUUGCCUUGUACAUAGUAUGAAGCAUAGAGAAAUUAAGAGUUUUUGGGCUCUAGGGAUAGUAAUCCGGCAACGGACAAACUUAAAGAAAUUGGCGGAAGGACACCACAAGGAGUGGAUUGUGCGGCUCAACUUGACUCAACACGGGAAAUCUUACCAGGGUCUGUAUAUGUGAGACUGUCCCAUUUAUGGUGGUACACGAUAAUAUACUGAGUGGUGCAUGGCCGUUUUCAACACGUGGGGUGACCUGUCAGGUUUAUUCCGGUAACGUGUGAGGUCACAGUAUUAAUAAGUAUUUUAAUAGACAGCUAAUGGUAAAUUAGAGGAAGUGUGACGAUAACAGGUCAGUGAUGCCCUUAGAUACCCUGGGCUGCACGCGCAAUACAUUGAGUAAGUCAUUUACAAUAGUAAUUUUGAAACUUACUCGCUACUGGGAUCAUCCUUUGUAAUUGGGAUGUGAACGUGGAAUUCCUAGUAAUCGUAGCUCACUAAGUUACGAUGAAUGUGUCCCUGUUCUUUGCACACACCGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGAUGUUGAUAUGAAAUUGCUGCUUGAAUGUGAGGUACUUGAGUAUUAACAACUAGAUAAGAUAUAAGUCGUAACAAGGCUGCUAUAGAAGAAUCUGUGGCAAGAUCAUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((..(((...(((....)))...)))))......(((......((((((((..((...(((((...((((....(((((((....))))))).....))))...((((((((((.......))))))))))...)))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).......(((...((((((....)))))).)))..)).))))))..(((((...))))).(((((((((.........)))))))))..(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).)))))))))).......(((((.....((((...(((.(((((((....((((((....(((...(((.....)))...)))....))))))....)))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.((((((((((...))))))))))..<<..))>>....>>>....>>>.))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...(((((......((((((((((...))))))))))....)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....))).((((......))))...))))))....((((..((((((.((...))))))))..((((((((.....))))))))....))))...)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...((((((((((.((((....))))...)))..)))))))......(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((..(((((((((..(((((.((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.....(((((((...(((.((((.....(((..((((((((..(((((........((((..((((((...(((......)))..))))))(((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...)))))....))))..(((((..........)))))..((((....))))))))).(((((.(.((((.(((..((((((....)))))).(((((..........((((((...))))))..(((((((.........))))))).)))))...))).)))).).)))))....))))))))...))).(((.((((((((....))).))))).))))))).))))))))))..(((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))).((((((((.....((((((((((.(((..((.(....).))............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).)))))((((((((......(((((.(.((((.............((((.((((.(((((..((((..((.((.((..(((((.(..(((...)))..).))).))........((((((....)))))).)).)).))..((((....)))).................))))..))).)).)))).).))))))).).)))))...)))))))).....((((..(((((((((...))).....))))))...))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..........))))).......(((..(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).))))))).))))))..)))))))).))....)))..(((((.(..(((.(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).)))..).)))))......))))).)))).((((((((....))))))))..)))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..((((((((.....(((..((((....((((((((((..((((((((.......(((((...((((((((.....(((((.......(((((((.((....(((((((..(((..((((((((..(((((.((((.........((((((...(((......)))..))))))(((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...)))))))))(((..((((((..........))))))...))).......))))).(((((...((((.(((..((((((....)))))).(((((..........((((((...))))))..(((((((.........))))))).)))))...))).))))...)))))....))))))))...))).....((((((((....))).)))))))).))))..))))))))).((((((((((((.((((((..(((....(((.....)))...)))...)))))))))).)))))))).....(((.....((((((((((..((((................))))....(((((((......))))))).....))))))))))....)))..)))))(((.....(((...((((((.(((((....)))))...(((....)))..)))))))))..))).)))).))))..)))))........))))))))..........((((((....))))))..(((((((..((((....)))).............((.(((((.((((..((((....(((((..(((((((((((..((((((......((((..((((((..............))))))...))))......)))......)))...(((.(((((.((((((((((((((.((.((((((((((((((((...))).)))))))....)))))))).((((((.((((((........)))))).....((((.......))))......))))))...))).))))).)).))))))))))))...)))))))))))...........((((((((((..(((....)))....)))..))))))).))))).....((((((........)))))).....))))...))))....(((((((((.....)))))))))...(((((...........)))))..))))).)).)))))))...)))).(((((((((.....((((............)))).....))))))))).))))))..))))..)))..))))).))).((((((((....))))))))..)))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.((((((((......(((.(((..(((..(((.((((....)))).))))))................(((((((..((.(.(((((...(((((((..((((((....))))))...)))))))..(((((((((.((......)))))))))))..))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((......))))).))))))).))))))..((((((.))))))..(((((((((.......)))))))))...((((((.......(((((.....(.......)....))))))))))).)))))))))).....(((((......(((((...(((((((((((..((((((((((...((((.(((.....)))...)))).))))))))))..)))))))...((((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)...)))))).)))))...((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((......)))))))..((.(((((.....))))).))...)))))..))))).))))).....))))).....)))))))......)))))))).....((((((((....(((....)))........))))))))...........(((((..........)))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((......))))))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....)))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.((((((...(((((((((.((..((...(((....)))...))...((((((((((...((((((............................((((((....))))))............((((((.((((.......)))).)))))).(((...........((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))...........))).....((((.((((((..........)))))).).)))......(((.((.(((((...((((.(((..((((((....)))))).................((((.....)))).(((((((((.........))))))))).......))).))))...))))).)).)))............(((.((((.............)))).)))................(((((((((((.(((((((.((((....(((....).))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.((..((((((((((.(((...........(.............).((((((......))))))..))).)))))))))).)).))).)))))((((((((.......((((((.((((...........))).).........)))))).................(((.((((((...)))))).)))...........((((((....))))))...........((((....)))).............................((.......))...............)))))))).......................))))))...)))).)))))).............................))..))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))...........................((((.......)))).((..(((((...(.((((((...(((..((((...........))))..))).......(((((((((((((((.((((....))))...))..))))))))).((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))..))))...)))))).)...))))).)).........(((((....(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))....)))))...(((.......)))(((((((((....)))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((..(((((...(.....(((.(((..(((..((...(((....)))...))))).............................(((((.....(((.....((((((....))))))......)))...((((((.((((.......)))).))))))(((((.........)))))(((((.((((..((((((((.......))))))))))))...)))))...(((.....((...)).....))))))))(((((..........)))))..((((....))))...)))))).)..((((.(((...(((((......))))).)))))))..)))))..(((((...)))))...(((((((.........))))))).(.(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))))))))))))((((.............((((...(((((((((((.(..(((((((.((((......((....))....))))..)))))))..).)))))))).....(((.((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).))))))).)).))).......)))...))))....((((((....(...((((.........))))...).)))))).......))))......(((.((((((...)))))).)))..((....)).((((((....))))))..((.......((((....)))).....))........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((.......((..............))...((((((......(((((.(...(((.(((((...))))).)))...).)))))(((((.((((..((((((((.(..(((((((((....)))....((......))....))))))..)((((((..(((((........)))))...(..(((((.....)))))..)...))))))...))).)))...).))))))))))...))))))...)).)))))))).)...((((((((((................)))..))))))).....((....((((((........))))))....))....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..(((((.(..(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))..).)))))...).))...).....(((((((((....)))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))........(((.((((.((((((...((((((((((((((((...(((....)))...)))..(((((((((((..((((((..........(..........((.....((((((....))))))......))...(((((((.((((.......)))).)))))))((((..((..((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))).)))..)).))))...((((((.((((((..........)))))).).)))..))..(((.((.(((((...((((.(((..((((((....)))))).................(((((...)))))((((((((((.........))))))))))......))).))))...))))).)).)))........((.((((.((((((((....))).))))).)))).))............(((((((((((.(((((((.((((....(((....).))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.((..((((((((((.(((....((....(((...........)))((((((......))))))))))).)))))))))).)).))).)))))((((((((.......(((((((((((...........))).))........))))))(((..............(((.((((((...)))))).)))...........((((((....))))))...........((((....))))............................((((.....)))).....)))......)))))))).....................).)))))).).)))).))))))(((.....))).................)))).))))))))).)))))).))))..)).(((((((..((.(((.((....))))).))..)))))))..)(((((........)))))......(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...(.....).))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...))..))))))))).((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))..)))))).)))))).)).)))))).)).........(((((....(((.(((((((((..((.((((..((......)))))).))..))))))))).)))....)))))...(((.......)))(((((((((....)))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((...((((((((......(((.(((..(((..((((((........)))))))))................(((((((..((.(.((((((..((((((...((((((....))))))....)))))).(((((((.((.(........)).)))))))))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..((((((((....)))...)))))....((((((((......))))))))..((((...))))...)))))).......(((((...(((((......))))).))))))))...)))))(((((...))))).(.((((((((........)))))))))..((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))))))))))).......((((((......(((((...((((((((((((.(.((((((((...((((((((.....)))))))))...)))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((..((((((((((((.(..))))))).))))))((.....).)..)))))))).))).((((.(((((....)))))..)))).........((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))...((.(((..(.(((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((.(((((((.(....).))))))..)(.(((((.....))))).).....)))...))))).)))).....)))))).....)))))))...)).)))))))).....(((((((.((.((((....))))...))...))))))).......(...((((((........))))))....).....)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((((.....))).)))))))..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....)))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.((((((...((((((((((((.......(((....))).....))).....((((((((((((((.(((...)))((((((......(((((.((((((....)))))).....((((..(((((((...(((......)))..)))))))..)))).....(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).....)))))......))))))...(((((.....(((((((...(((....)))(((.((((((....((((.(((...((((((....)))))).)))))))...(((((((((.......(((((((((((((.........)))))))))).......(((....(((....)))..))).....................)))....)))))).))).........)))))).)))((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))..)))))))...)))))..))))))......((((((((((........(((((((((((......))))).....(((((..(((.....))))))))..))))))...(((...((((((((((((....)))))...(((....))).))))))))))......))))).))))).((((((...))))))...............((((((....)))))).((((((((..((((....))))....((((.(((..((((...((((...((((.....)))).(((((....(((...))).....)))))....)))).))))..))).......))))))))))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).))))((((.(((((((.....[[[[[[[.............)))))))((((((....))))))..]]]]]]]..(((((.....))))).....(((((.....((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((...((((....)))).......))))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).))))))).)))))).....))))).))))(((((..[[[[[[.))))).(((((((((.....((((............)))).....)))))))))..]]]]]].(((....)))..........(((((((((....)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((((...(((.((((((...(((((.((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.................((((((...........((((((....))))))......(((((.((((((((.(((......)))......(((((((...(((.(((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))).)))...))))).)).(((..((((((..........))))))...)))......(((((.((((.((.((((.(((...((((((....)))))).))))))).)).....((((((...)))))).((((((((.........))))))))(((((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))).((((....))))....((((.((...)).)))).((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....((((((((((.(((....((.....)).............(((((((......))))))).))).))))))))))....))).))))).((((..((((..((((.((..((((......)))).....))))))..)))).)))).........)))).).))))...)))))))).)))))..)))))).....((((((....)))))).((((((((..((((....)))).................(((.((...(((........)))..)).)))..((((((..(((((.....(((...))).....))))).)).....))))))))))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..)))))))..........)))))..)))))).)))(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....((((((.((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............)))))))).((((((((.....))))))))...)))))).))))))..)))))))).))..(((((.........))))).(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).........(((....))).))))..)).(((((((((....)))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.((((((...((((((((((((.....................((..((((((((((aa.((((((............................((((((....))))))......((....(((((...................))))).{{{)).......((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..))))).........}}}..........((((((..........))))))...........(((((.(((((........((((...(((((......))))).))))............((((.....)))).(((((((((.........))))))))).<<<<<<<.....))))).)))))...(((((...........>>>>>>>...........................(((((.....(((((((((((.(((((((...(((...((.......))...)))...)))))))))).)))))))).....(((.....((((((((....(((((((.....................)))))))............((....))))))))))....)))......bbbbbbbb.......(((((................................))))).................(((.((((((...)))))).)))...........((((((....))))))...........((((....))))))))).........................................)))))....BBBBBBBB.......................))))))...)))).)))))))).......................AA..))).))))))))).)))))).))))..((([[[[)))............................]]]].............................((.......)).......(((((.....((((((...(((..((((...........))))..)))........((..((((((((((.((((....))))...))..))))))))..((((((((.((((((........))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))...))....)))))).....)))))......((....(((((....(((.(((((((((..((.((((............)))).))..))))))))).)))....))))).....))..........((((((((....)))))))).......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((..((...(((...((((.((((((.........((.((((...(((((((((((....))))))))).))......((.........(((((...(((.((......((((((((.((((((....)))))).).))))))).......(.((.(((....))))).)..........)).)))))).))..((((((((((..((((((((.(...).)))))))))))..)))))))...((((((((....)))...)))))))..((((((((......))))))))..(((....)))...)))))).........((((...(((((......))))).))))))))))......((((.....))))..((((((((((.....))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))..)..................((((.(.((((.(((((((.((.(((((((.(.((((((((.....)))))))))).)))).))))..)))))))..(.((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))........(....)..)))))))....))).)))).)))).).))))...((((((((.(((...((((.........)))))).))))))))).....(((((((((((.(((((((.......)))))))....(....).....)...))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...........(((((.(((.....))).((((((((.((....(((........)))..)).....(((((((...((((.(...(..(((.(((((...))))).))))..)..))))...((.(((((.(((((((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).)))))...(.((((..((((((((...).)))))))..((.(((((.....))))).))....))))))))))).)))))))...))))).....)))))))......))))))))....(((((((((((((.((....))..)))).)..))))))))..........((((((........))))))..............(((...(((((((((.....)))))))))...))).....)))))....................((((((....(((((((((((((..((((((((((...).))..)))))))..)))))))))))))..))..))))..))))......))..((((((((....)))))))).))))))).. |
|
MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((..((((..((((.((((((...((((((((((((..((...(((....)))...))))).....((((((((.....(((((((...(((.((((.....(((..((((((((..(((((.((((.........((((((...(((......)))..))))))(((((...(((..((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))))..))))))..)))))..)))...))))))))).....((((((..........)))))).((((....))))))))).(((((...((((.(((..((((((....)))))).(((((...........(((((...)))))...(((((((.........))))))).)))))...))).))))...)))))....))))))))...))).(((.((((((((....))).))))).))))))).)))))))))).((((((((((((.((((((..((((...(((.....)))...))))..)))))))))).))))))))((((((((.....(((((((((..(((....((.....)).............(((((((......))))))).)))..)))))))))....))).)))))((((((((......(((((..(((((...........))).))..(((..(((((.(((....((....((...(((.(..(((...)))..).)))...))......(((((......))))).))...(((..((((....))))...))).........))))))))..)))((((.....))))......)))))...)))))))).....((((..(((((((((...))).....))))))...))))..((((.(((...))).))))..)))))))).))))))))).)))))).)))).....(((((((..((.(((.........))).))..))))))).))))......((((((((.(((....(((((.....))))).((..(((((.(((.((((((...(((..((((...........))))..))).....(((((((((((((((((.((((....))))...)))..)))))))..((((((((.((((((........))))))............)))))))).((((((((.....))))))))..))))))).))))))..)))))))).))..(((((.........))))).(((((((((..((.((((((......))..)))).))..))))))))).)))..)))))))).....)))))).))).((((((((....))))))))..)))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
